NATUREZA E ESTRUTURA DO MATERIAL GENTICO

CIDOS NUCLEICOS
INTERVENO EM MUITAS REACES IMPORTANTES

TRANSPORTE DA INFORMAO GENTICA

DUPLICAO FIEL

TRANSCRIO SELECTIVA

VARIABILIDADE

REPLICAO

DNA
TRANSCRIO

RNA
TRADUO

PROTENA

NOMENCLATURA DOS CIDOS NUCLEICOS

BASES RARAS DNA RNA

As clulas tambm contm nucletidos com o grupo fosfato noutras posies: 2 monofosfatos 3 monofosfatos 2,3 monofosfatos cclicos Exemplos: Adenosina 3,5 monofosfato cclico (cAMP) Guanosina 3,5 monofosfato cclico (cGMP) Funes?

Os cidos nucleicos formam-se atravs de ligaes fosfodister entre nucletidos sucessivos

O esqueleto covalente hidroflico Os grupos OH dos acares estabelecem ligaes de hidrognio com a gua Os grupos fosfato encontramse completamente ionizados e carregados negativamente a pH=7 As cargas negativas so neutralizadas por interaces inicas com cargas positivas das protenas, ies metlicos e poliaminas

OLIGONUCLETIDOS < 50 nucletidos POLINUCLETIDOS > 50 nucletidos

AS PROPRIEDADES DAS BASES AFECTAM A ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DOS CIDOS NUCLEICOS

Compostos com caractersticas bsicas fracas Molculas conjugadas; a ressonncia entre os tomos do anel confere s ligaes propriedades de duplas ligaes parciais Molculas planares ou quase planares que apresentam tautomerismo consoante o pH Molculas hidrofbicas e relativamente insolveis a pH prximo da neutralidade da clula Interaces hidrofbicas entre as bases minimizam o contacto com a gua e estabilizam a estrutura tridimensional dos cidos nucleicos Grupos funcionais (azoto do anel, grupos carbonilo e amino exocclicos) estabelecem ligaes de hidrognio entre as bases

EXPERINCIA DE GRIFFITH

EXPERINCIA DE HERSHEY CHASE

1953

ESTUDOS DE CHARGAFF
A composio em bases do DNA varia de espcie para espcie Os DNA isolados de diferentes tecidos da mesma espcie apresentam todos igual composio em bases A composio em bases do DNA de determinada espcie no varia em funo da idade, do estado nutricional ou de mudanas do meio ambiente Em todos os DNA celulares, independentemente da espcie, o n de adenosinas igual ao n de timidinas (A = T) e o n de guanosinas igual ao n de citidinas (G = C)

AS CADEIAS POLINUCLEOTDICAS ADOPTAM ESTRUTURAS EM HLICE

A ESTRUTURA EM HLICE DETERMINADA PELAS PROPRIEDADES DAS BASES

Molculas conjugadas, planares, hidrofbicas e praticamente insolveis em gua

EMPILHAMENTO DAS BASES (stacking)

mantido por interaces hidrofbicas, van der Waals e dipolo-dipolo

A DUPLA HLICE DO DNA

MODELO DE WATSON-CRICK
1953
2 CADEIAS POLINUCLEOTDICAS COMPLEMENTARES ANTIPARALELAS (estabilidade) SULCO MAIOR (ideal para ligao de protenas) E SULCO MENOR ESTRUTURA ESTABILIZADA POR:
ligaes de hidrognio foras de van der waals interaces dipolo-dipolo

A CONFORMAO DA DUPLA HLICE EST RELACIONADA COM A EXPRESSO DOS GENES, DADO QUE INFLUENCIA A LIGAO DE PROTENAS REGULADORAS

FORMAS TRIDIMENSIONAIS DIFERENTES DO DNA

A VARIAO ESTRUTURAL DO DNA REFLECTE 3 PARMETROS: diferentes conformaes possveis da desoxirribose rotao nas ligaes que constituem o esqueleto fosfo-desoxirribose rotao livre na ligao C - 1- N - glicosdica

Desoxirribose: Endo Exo

Possibilidade de rotao livre em 7 ligaes diferentes do esqueleto de fosfo-desoxirribose

Rotao livre na ligao C - 1- N - glicosdica Devido a condicionamentos de ordem estrica apenas 2 conformaes estveis se observam: Syn Anti

DIFERENTES FORMAS TRIDIMENSIONAIS DA MOLCULA DE DNA

SOLUES QUE PROVOCAM DESIDRATAO DO DNA EXISTNCIA INCERTA

CERTAS SEQUNCIAS INDUZEM FORMA Z ZONAS DE REGULAO

ESTRUTURAS POUCO HABITUAIS DAS SEQUNCIAS DE DNA

ESTRUTURA EM GANCHO APENAS UMA CADEIA DE DNA OU RNA EST ENVOLVIDA

ESTRUTURA CRUCIFORME AS DUAS CADEIA DE DNA ESTO ENVOLVIDAS

EMPARELHAMENTO DE HOOGSTEEN
Posies de Hoogsteen N-7, O6 e N6 das purinas

H - DNA

TAT

CGC

GGC

AAT

TETRAPLEXES DE GUANOSINA

a) anti-paralelos

b) paralelos

Formam-se nos telmeros que so regies ricas em guanosinas

INFORMAO GENTICA CODIFICADA NO DNA

SEQUNCIA ESPECFICA DE AMINOCIDOS NUMA PROTENA FUNCIONAL

RNA
ESTRUTURA
Cadeia simples Conformao helicoidal com rotao para a direita Interaco por empilhamento de bases (mais forte entre purinas)

ESTRUTURAS MAIS COMPLEXAS DAS MOLCULAS DE RNA

PRESENA DE SEQUNCIAS COMPLEMENTARES dupla hlice na forma A nunca se observou a forma B a forma Z apenas foi observada em laboratrio

EMPARELHAMENTO INCORRECTO, OU BASES NO EMPARELHADAS, LEVAM FORMAO DE: Salincias (bulges) Crculos (loops)

ESTRUTURAS MAIS COMPLEXAS DAS MOLCULAS DE RNA

O RNA PODE EMPARELHAR COM REGIES COMPLEMENTARES DE RNA OU DNA: Emparelhamento G C ou A U (T) Ligaes de hidrognio que no seguem a regra de Watson-Crick Emparelhamento G U muito comum Emparelhamento antiparalelo

ESTRUTURAS TRIDIMENSIONAIS NICAS E COMPLEXAS

tRNA da fenilalanina de levedura

Ribozima em cabea de martelo

Intro de Tetrahymena thermophila

SUPERCOILING DO DNA

TOPOLOGIA (DO DNA)

ESTUDO DAS PROPRIEDADES DE UM OBJECTO QUE NO SE ALTERAM SOB DEFORMAES CONTNUAS AS DEFORMAES CONTNUAS INCLUEM MUDANAS CONFORMACIONAIS DEVIDAS A MOVIMENTO TRMICO OU A INTERACES COM PROTENAS OU OUTRAS MOLCULAS AS DEFORMAES DESCONTNUAS ENVOLVEM A QUEBRA DA CADEIA DE DNA

SUPERCOILING DO DNA
O supercoiling corresponde ao sobre-enrolamento da dupla hlice de DNA como resultado de uma tenso estrutural

A replicao e a transcrio do DNA requerem a separao das cadeias de modo que afectam e so afectadas pelo supercoiling

Propriedade intrnseca da estrutura terciria do DNA Ocorre em todos os DNA celulares e encontra-se altamente regulado em cada tipo de clula

SUPERCOILING DO DNA

10,5 pares de bases por cada volta da dupla hlice

Menos voltas da dupla hlice Maior nmero de pares de bases por volta

Tenso termodinmica

Nos DNA circulares isolados a tenso estrutural aliviada preferencialmente pelo supercoiling, em vez da separao das cadeias, porque requer menos energia que a necessria para a quebra de pontes de hidrognio In vivo, contudo, favorecida a separao de cadeias dado que permite o acesso informao nelas contida

Cada clula desenrola activamente o seu DNA com ajuda de processos enzimticos de onde resulta um estado de tenso que representa uma forma de energia armazenada

Estado de desenrolamento: Facilita a compactao do DNA Permite o acesso de enzimas necessrias separao de cadeias que ocorre em diversas fases do metabolismo do DNA

A MAIORIA DO DNA CELULAR ENCONTRA-SE DESENROLADO O DESENROLAMENTO PROVOCA TENSO TORCIONAL QUE INDUZ O DNA A DOBRAR-SE SOBRE SI PRPRIO

REMOO DE UMA VOLTA PROVOCA TENSO ESTRUTURAL

SUPERCOILING DO DNA
Enrolamento da dupla hlice sobre si prpria DNAs circulares fechados DNAs lineares complexados com protenas que bloqueiam as extremidades da dupla hlice Supercoil negativo favorecido pelo desenrolamento da hlice Supercoil positivo favorecido pelo sobre-enrolamento da hlice

NMERO DE LIGAO Linking number N de voltas completas de uma cadeia sobre a outra

NMERO DE LIGAO
Linking number
N de voltas completas de uma cadeia sobre a outra

O DESENROLAMENTO DO DNA PROVOCA MUDANA NO LINKING NUMBER

CRCULO RELAXADO Lk = 20 = Lk0

Lk = Lk - Lk 0 Lk = Lk - Lk
0

QUEBRA DA CADEIA

Lk = - 2

nick

Lk = NO DEFINIDO

Lk = 18

A DIFERENA ESPECFICA DE LINKING

-2 __ = - 0,1 = 20
SUPERCOIL NEGATIVO

Lk Lk0

N VOLTAS ELIMINADO N VOLTAS NO DNA RELAXADO

O GRAU DE DESENROLAMENTO ( x 100) DA MAIORIA DOS DNA CELULARES 5 - 7%

PROMOO DE ESTRUTURAS CRUCIFORMES PELO DESENROLAMENTO DO DNA

SUPERCOILS NEGATIVOS E POSITIVOS

TOPO-ISOMERASES
Enzimas que afectam o supercoiling do DNA
FUNES Manter o DNA no estado de supercoiled,

importante para a funo de muitas enzimas tal como a RNA polimerase Aliviar a tenso induzida pelo desenrolamento da dupla hlice durante os processos de replicao e de transcrio Necessrias para a condensao e empacotamento do DNA no mnimo espao possvel

TOPO-ISOMERASE
Conhecidas como enzimas

TIPO I

nicking - closing Monomricas ( 100 kD) Presentes eucariotas Formam No um intermedirio de cofactor covalente transitrio com o DNA necessitam em procariotas e

Linking number = n

Linking number = n + 1

energtico para a sua actividade Removem supercoils negativos > Lk

TOPO-ISOMERASE

TIPO II

LK = 0

LK = - 2

Introduz supercoils negativos - < LK Requer a presena de ATP - ATPases Relaxa supercoils positivos ou negativos Mecanismo de inverso de sinal

Durante todos os processos biolgicos em que o DNA est envolvido (replicao, transcrio, etc), a dupla hlice separa-se. As foras que a mantm unida devem ser adequadas para manter a sua estabilidade, mas suficientemente fracas para facilitar a separao das cadeias quando necessrio. O estado dinmico da dupla hlice

caracterizado por um movimento constante das partes abertas ao longo da cadeia.

TIPOS DE SUPERCOILING DO DNA

PLECTONMICO
IN VITRO

SOLENOIDAL
COMPACTAO DO DNA IN VIVO

PROPRIEDADES QUMICAS DOS CIDOS NUCLEICOS

DESNATURAO
Processo correspondente separao das duas cadeias da dupla hlice
A desnaturao pode ser provocada por: aumento de temperatura compostos alcalinos foras inicas baixas reagentes desnaturantes (compostos que enfraquecem ou quebram as pontes de hidrognio)

EFEITO HIPOCRMICO
A absorvncia de uma soluo de DNA cerca de 40% inferior soma das absorvncias das bases individuais No entanto, quando o DNA se desnatura completamente o valor da sua absorvncia atinge praticamente o valor esperado atravs da soma das absorvncias das bases individuais

RENATURAO
Processo correspondente ao reemparelhamento das bases aps uma desnaturao

1 PASSO

2 PASSOS

Observa-se novamente um EFEITO HIPOCRMICO

tm - TEMPERATURA DE FUSO

DEPENDE: pH FORA INICA TAMANHO DO DNA SEQUNCIA NUCLEOTDICA

A DETERMINAO DO tm A pH E FORA INICA FIXOS DEPENDE DA COMPOSIO EM BASES

A SEPARAO DE CADEIAS ANTES DA REPLICAO E DA TRANSCRIO D-SE EM ZONAS RICAS EM PARES A=T

HIBRIDAO
Processo correspondente reassociao de duas cadeias, com igual ou diferente origem DNA - DNA RNA - RNA DNA - RNA

TRANSFORMAES NO-ENZIMTICAS
ALTERAES EXPONTNEAS NA ESTRUTURA COVALENTE DOS NUCLETIDOS CONSTITUINTES DOS CIDOS NUCLEICOS OCORREM MUITO LENTAMENTE, MAS REVESTEM-SE DE IMPORTNCIA FISIOLGICA PORQUE A CLULA TOLERA MAL ALTERAES NA SUA INFORMAO GENTICA

MUTAES

ALTERAES QUE PROVOCAM MUDANAS PERMANENTES NA INFORMAO GENTICA. ENCONTRAM-SE RELACIONADAS COM OS PROCESSOS DE ENVELHECIMENTO E CARCINOGNESE

POR QUE QUE O DNA TEM TIMINA E NO URACILO?

DESAMINAO

DESPURINAO

RADIAO ULTRA-VIOLETA

RADIAES IONIZANTES Xe

ABERTURA DO ANEL FRAGMENTAO DAS BASES QUEBRA DO ESQUELETO COVALENTE DOS CIDOS NUCLEICOS

PRECURSORES DO CIDO NITROSO

Provocam desaminao Usados na alimentao como conservantes

AGENTES ALQUILANTES
Provocam a metilao das bases DMS metila guanina em O6metilguanina que no pode emparelhar com citosina

DANOS OXIDATIVOS
A fonte mais importante de alteraes mutagnicas no DNA Durante os processos de irradiao, ou como produto intermedirio do metabolismo aerbico, formam-se espcies de oxignio super-reactivas (perxido de hidrognio, radicais hidroxilo, radicais superxido)

A clula dispe de sistemas de defesa (catalase, superxido dismutase) para destruir estas espcies reactivas, convertendo-as em produtos inofensivos A alterao do DNA ocorre devido a um grande e complexo grupo de reaces que vo desde a oxidao da desoxirribose e das bases at a ruptura na cadeia nucleotdica

METILAO DAS BASES DO DNA

Certas bases so enzimaticamente metiladas Adenina A e citosina so metiladas geralmente mais em frequentemente que guanina e timina metilao ocorre determinadas sequncias e regies do DNA A funo da metilao conhecida em certos casos, enquanto que em outros permanece por esclarecer Todas as DNA metilases utilizam a S-adenosilmetionina (SAM) como dador de grupos metilo

FUNES DA METILAO EM E.coli

Dois sistemas de metilao: 1. Mecanismo de defesa que auxilia a clula a distinguir o seu prprio DNA do DNA estranho (metila o seu DNA e destri o DNA estranho que no apresenta grupos metilo) 2. Mecanismo de reparao de erros

ocorridos durante a replicao (metila as adenosinas da sequncia GATC em N6metiladenosina)