STRUCTURA ACIZILOR NUCLEICI

Dup provenienta lor, respectiv dup materialele din care au fost extrasi, acizii nucleici erau considerati de dou tipuri: acizi timonucleici (acizi nucleici animali) acizi zimonucleici (acizi nucleici vegetali). Ulterior denumirile lor au fost nlocuite cu denumirile de: acizi dezoxiribonucleici (ADN) acizi ribonucleici (ARN).

 Combinaia dintre o baz i o pentoz se numete nucleosid, iar combinaia celor trei componente nucleotid.
Compozitia chimica a acizilor nucleici Compus chimic Baze azotate a) Purinice Adeninia, Guanina Adeninia, Guanina ADN ARN

b) Pirimidinice Pentoza Acid fosforic

Citozina, Timina 2-Dezoxiriboza Radical

Citozina, Uracil Riboza Radical

Bazele azotate sunt substante organice in care atomii de carbon si de azot sunt grupati in cicluri. -bazele purinice : adenina(A),6-amino purina si guanina(G),2-amino-6oxipurina -bazele pirimidinice : citozina(C), timina(T) si uracilul(U)

Componenta glucidica este o pentoza cu 5 atomi de C. Radicalul fosfat(P) formeaza legaturi esterice cu pentozele. Legatura se face intre al cincelea atom de carbon al unei pentoze si al treilea atom de carbon al pentozei urmatoare legand nucleotidele intre ele si formand catene(lanturi) ribonucleotid (ADENOZIN-5-FOSFAT)

dezoxiribonucleotid (DEOXIADENOZIN-5-FOSFAT)

 Legtura dintre pentoz i baza azotata este Nglucidic.La purine, legtura Nglucidic se formeaz ntre poziia N9 a purinei i poziia C1 a pentozei, iar la pirimidine legtura se realizeaz ntre poziia N1 a nucleului i poziia C1 a pentozei. Adiionarea radica lului fosforic se realizeaz, prin intermediul poziiei 5 a nucleosidului.

Att conectarea bazelor cu pentoza, ct i a nucleosidului cu acidul fosforic se realizeaz prin pierderea unei molecule de H2O.

Exista diferente nete la nivelul structurii acizilor nucleici:

ACIDUL RIBONUCLEIC (ARN)

Complex macromolecular, structural i funcional, similar n anumite privine, ADN-ului. ARN-ul rezult din polimerizarea unor ribonucleotizi, care determin formarea unor lanuri lungi, monocatenare (structur primar). Pe anumite poriuni scurte monocatena de ARN se poate rsuci n jurul ei, determinnd apariia unei structuri duble ntre secvenele complementare de baze (structur secundar).

Se poate vorbi de mai multe posibilitati de abordare structurala a ADN-ului: Structura primara, care ne arata insiruirea bazelor azotate pe scheletul format din pentoze unite prin punti fosfodiesterice. Structura secundara, care ne arata forma de dubla elice stabilizata de puntile de hidrogen dintre bazele azotate complementare. Structura tertiara, ce explica compactarea moleculei cu ajutorul proteinelor, fenomen necesar potrivirii cu dimensiunile reduse ale nucleului.

Structura primara ADN

Structura primara ia in consideratie ordonarea si gradul de polimerizare a celor patru nucleotide in monocatena ADN.

Structura secundara ADN

Dar, starea naturala a ADN nu este monocatenara ci bicatenara, deoarece bazele azotate incadrate intr-o catena se imperecheaza instantaneu, spontan, cu bazele azotate complementare, rezultand o a doua catena, complementara celei initiale, ca o imagine in oglinda. Bazele azotate se leaga complementar : o baza purinica se uneste cu o baza pirimidinica, sau mai exact, A-T si G-C (formand un cuplu sau o pereche de baze pb). Analizele chimice ale ADN au dus la stabilirea regulii lui Chargaff (1951) conform careia : A+G=T+C, A/T si G/C =1 si A+T/G+C este diferit de 1 si caracteristic fiecarei specii (la om e de 1,7)

Apar legaturi de hidrogen intre bazele de pe o catena si bazele de pe cealalta catena conform unui principiu al complementaritatii.

Forma clasica de ADN descrisa de Watson si Crick reprezinta tipul B. In alte conditii, duplexul de ADN se poate gasi sub alte forme structurale.

ADN de tip B se prezinta ca o elice formata din doua lanturi antiparalele, stabilizata prin legaturile de hidrogen din interior. Daca legaturile fosfodiesterice ale primei catene au orientare 3-5, pe cealalta catena complementara aceastea au orientare 5-3, astfel ca aceste doua catene se infasoara una in jurul celeilalte si ambele deopotriva, in jurul unui ax virtual. Diametrul este de 20 A, pasul elicei (distanta pentru o rotatie completa de 360) este de 34 A si cuprinde o spira cu 10 perechi de nucleotide. Deci distanta dintre 2 nucleotide de pe acelasi lant este de 3,4 A.

In configuratia ei spatiala, molecula de ADN prezinta doua santuri laterale (incizuri) : unul mai mic si altul mai mare, cu rol in recunoasterea si fixarea histonelor pe ADN la nivelul santului mic sau a moleculelor proteice reglatoare la nivelul santului mare. In conditii fiziologice, molecula de ADN are o mare stabilitate metabolica, datorita legaturilor fizico-chimice dintre elementele unei catene, precum si dintre cele doua catene.

STRUCTURA TERTIARA ADN

In realizarea structurilor tertiare ale AND un rol fundamental il au enzimele numite topoizomeraze, care au capacitatea de a cliva si apoi reface o catena ( topoizomeraza I) sau ambele catene simultan ( topoizomeraza II).
Topoizomerazele prin capacitatea lor de a da nastere unor forme topologice diferite ale ADN, joaca un rol important in desfasurarea proceselor de replicare, transcriptie si recombinare genetica. AND-ul celulelor eucariote se asociaza cu proteine histonice formand nucleoproteina. Proteinele au o dispozitie discontinua la exteriorul helixului complementar. In urma acestei asocieri diametrul moleculei se mareste.

Analiza nucleoproteinelor prin metode fizico-chimice a aratat ca : - AND-ul constituit din doua catene complementare dispuse helicoidal, este molecula neramificata, putin rigida, prezentandu-se ca un polimer flexibil si fragil - molecula de nucleohistona are o lungime de aproximativ 4000 nanomicroni; daca este separata histona AND-ul rezidual poate ajunge la 7000, ceea ce confirma rolul histonelor in arhitectura spatiala a moleculei de AND

- la om celula somatica cu cei 46 cromozomi contine aproximativ 7X10 la -9 mg AND=5,6X10 la 9 perechi de nucleotide. Dispozitia rectilinie a acestor nucleotide ar da un fir de AND cu lungimea de cca 2m.

TIPURI DE ADN
S-au descris trei tipuri de ADN: A,B si Z Caracteristicile moleculare ale diferitelor tipuri de ADN
Tipul de ADN Perechi de baze/ pas elice Rotatia pe perechi baze Cresterea verticala pe perechi baze () Diametrul moleculei ()

A B Z

11 10 12

+ 34,7 + 34,0 - 30,0

2,56 3,38 5,71

23 20 18

+ = rotatie stanga; - = rotatie dreapta

 Tipul A e caracterizat printr-un helix larg, prezinta bazele azotate orientate puternic spre interior.Duplexurile hibride ADN-ARN apartin structural formei A. Tipul B reprezinta structura generala a macromoleculei de ADN in celulele active metabolic. Diferentele dintre baze sunt de obicei usor de evidentiat in scobitura principala, care reprezinta locul principal de contact pentru proteine care leaga specific secventele de ADN. Tipul Z, singurul cu rasucire la stanga, este in contrast cu forma clasica, respectiv tipul B. Este o forma compacta avand cele mai multe perechi de baze pe rotatie. Numele este dat de forma in zig-zag a catenei fosfo-glucidice. Este intalnit la polimerii care au secventele de baze purinice si pirmidinice alterate.

ADN A

ADN B

ADN Z

FENOMENUL DE DENATURARE- RENATURARE.

In conditii fiziologice, molecula de ADN are o mare stabilitate metabolica, datorita legaturilor fizico-chimice dintre elementele unei catene, precum si dintre cele doua catene. Totusi, sub actiunea unor enzime, cele doua catene ale ADN se pot desface partial, pe segmente limitate, si functioneaza ca matrita pentru sinteza unor molecule noi, complementare. Prin incalzirea unei solutii de ADN la o temperatura de 85-95oC sau prin mentinerea la o concentratie mare de saruri, legaturile de hidrogen dintre cele doua catene complementare se pot rupe. Procesul este numit denaturare, rezultand ADN-denaturat. Renaturarea reprezinta capacitatea catenelor complementare de a reface dublul helix. Procesul are loc printr-o racire treptata, lenta, care permite refacerea puntilor de hidrogen si reasocierea catenelor rezultand ADN-renaturat.

 Temperatura de denaturare difera de la o specie la alta, fiind dependenta de procentul de legaturi triple de hidrogen, fiind proportionala cu procentul acestora in molecula de ADN.

S-a observat ca zonele cu o cantitate mai mare de guanina si citozina sunt mai greu de denaturat din cauza legaturii de hidrogen in plus dintre acestea.