Politica de rezisten pasiv a lui Rugova a reuit s menin Kosovo n linite n timpul rzboiului cu Slovenia, i rzboaiele cu Bosnia i Croaia

la nceputul anilor '90. Cu toate acestea, cum a fost evideniat prin apariia UCK, a dus la creterea frustrrilor populaiei albaneze. La mijlocul anilor '90, Rugova a pledat pentru o for de meninere a pcii ale Naiunilor Unite pentru Kosovo. n 1997, Miloevici a fost promovat la funcia de Preedinte al Republicii Federale Iugoslavia (Serbia i Muntenegru, care cuprinde nc de la nceputurile sale, n aprilie 1992).Continuarea represiunii srbe, a radicalizat muli albanezi, unii dintre ei susinnd c numai cu ajutorul rezistenei armelor se poate duce la o schimbare a situaiei. Pe 22 aprilie 1996, patru atacuri la personalul de securitate srb s-au efectuat aproape simultan n mai multe pri ale provinciei Kosovo. O organizaie pn atunci necunoscut, numit "Armata de Eliberare din Kosovo" (UCK) declarase c este responsabil pentru aceste fapte. La nceputul anului 1997, Albania s-a prbuit n haos dup cderea preedintelui Sali Berisha. Termenul ,,Rzboiul din Kosovo (sau Conflictul din Kosovo) este folosit pentru a descrie dou conflicte militare paralele din provincia respectiva:

19961999: Conflict ntre forele srbe i iugoslave, precum i armata de eliberare din Kosovo, o grupare paramilitar de gheril a etnicilor albanezi, susinut de NATO. 1999: Rzboiul dintre Republica federal Iugoslavia i NATO, n perioada 24 martie - 10 iunie 1999 cu scopul de atac asupra civililor i armatei Iugoslaviei, rebelii albanezi continund rzboiul cu forele iugoslave, printre care o deplasare masiv a populaiei n Kosovo.

n februarie 1998 conflictul devine evident. Dup numeroase ciocniri ntre poliie i separatiti, soldate cu mori si rnii n ambele tabere, unitai ale armatei srbe atac satul Prekaz, considerat ca fiind un adpost al Armatei de Eliberare a Kosovo sau UCK (albanez Ushtria lirimtare e Kosovs sau UK) a fost o organizaie gheril format de albanezi kosovari, avnd ca scop obinerea independenei fa de Iugoslavia la sfritul anilor 90. Campania mpotriva forelor de securitate srbe a precipitat o mare lovitur pentru armata Iugoslaviei, ducnd la rzboiul din Kosovo. Intervenia armatei de forele de securitate ale Iugoslaviei i a militanilor srbi n Kosovo a nsemnat exodul albanezilor kosovari, i criz de refugiai, determinnd n cele din urm intervenia militar NATO pentru a opri ceea ce a fost identificat (de rile NATO, organizaii ale drepturilor omului, UE, i mass-media de Vest) ca fiind o campanie pornit a purificrii etnice.Conflictul a fost ncheiat de un acord de negociere care a solicitat ONU s preia administrarea i procesul politic, inclusiv cldirile instituiilor locale, stabilind statutul final al regiunii.

n februarie 1996, UCK a ntreprins o serie de atacuri mpotriva obiectivelor, care a inclus, poliia srb, birouri guvernamentale i civililor srbi din vestul provinciei Kosovo. Autoritile srbe au denunat ca fiind o organizaie terorist iar numrul de forele de securitate n regiune a fost ntrit cu voluntari exerni. Voluntari externi-UCK a primit voluntari din ri precum Suedia, Belgia, Regatul Unit, Germania, SUA, i Frana.De obicei UCK i rspltea voluntarii internaionali cu un pasaj acas, ca gest de mulumire.Dup rzboi, organizaia UCK a fost transformat n Corpurile de Protecie Kosovo, lucrnd alturi de forele de patrulare NATO din provincie. Succesiunea armatei UCK rmne puternic n Kosovo. Fotii membrii joac un rol important n politica kosovar.Fostul lider politic al organizaii, Hashim Thai este n prezent preedintele Partidului democrat din Kosovo i prim-ministru al provinciei din ianuarie 2008. Fostul lider militar al organizaiei, Agim eku a fost prim-ministru dup sfritul rzboiului. Aceast micare a determinat multe contradicii n Serbia, deoarece Belgradul l-a considerat un criminal de rzboi, cu toate acestea tribunalul de la Haga l-a condamnat. Ramush Haradinaj, fost comandant UCK, a lucrat ca prim-ministru al provinciei pentru o perioad scur de timp, nainte ca acesta s plece de bunvoie la Tribunalul Penal Internaional pentru fosta Iugoslavie la Haga cab sa fi judecat pentru crimele sale din rzboi, i achitat de orice acuzaie.Fatmir Limaj, un fost comandant cu grad nalt al UCK, a fost de asemenea i el la tribunalul del Haga i achitat de orice acuzaie n noiembrie 2005. n prezent este ministru al transporturilor i comunicaiilor.Hajredin Bala, un fost gardian al prizonierilor UCK a fost condamnat la 30 noiembrie 2005, la 13 ani de nchisoare pentru neglijarea a trei prizonieri, la tabra de nchisoare din Lapushnik, rolul su personal pentru "ntreinerea i punerea n aplicare a condiiilor inumane" a taberei, sprijinirea de tortur a unui prizonier, precum i participarea la omorrea a nou prizonieri din lagrul de la care au fost luai i dui pe munii Berisha i ucii pe 25 sau 26 iulie 1998. In martie acelas an, apare prima rezoluie a Consiliului de Securitate care impune Iugoslaviei un embargo asupra armelor ca o consecin direct fa de evenimentele din Kosovo. Tot n 1998 se hotrate i implicarea fortelor NATO n restabilirea pcii iar n urma unui acord de ncetare a focului parile admit ca 2000 de observatori OSCE sa fie trimii n zon pentru a supraveghea aplicarea acestuia.n iunie 1998, sunt implicate n lupta din Kosovo i forele NATO, ca o modalitate de a pacificare a parilor aflate n conflict. n acelai an, preedintele Statelor Unite din acea perioad, Bill Clinton, s-a angajat s apere Kosovo iar dac va fi nevoie s implice chiar i fore armate n acest conflict. La scurt timp, Marea Britanie va condamna i ea guvernul de la Belgrad, iar mpreun cu Statele Unite ale Americii va iniia o propunere de rezoluie a Consiliului de Securitate. Uniunea European s-a declarat nemulumit