Structura Acizilor Nucleici

Un clugr din secolul XIX pe nume Gregor Mendel a introdus pentru prima oar noiunea de gen: unitate de baz responsabil pentru deinerea i transmiterea a unei caracteristici unice.

Importana biomedical a acizilor nucleici: baza chimic a ereditii

Iniial s-a crezut c proteinele car informaia genetic, pn la mijlocul secolului XX, cnd s-a descoperit c ADN-ul este baza ereditii, datorit faptului c este capabil de autoreplicare.

Acizii nucleici sunt ADN-ul i ARN-ul

ADN Sediul principal al localizrii ADN-ului este nucleul celulelor. Sedii secundare sunt: mitocondriile i cloroplastele (n celula vegetal). ARN Diferitele tipuri de ARN sunt localizate n nucleu, citoplasm, mitocondrii, ribozomi.

Ce sunt acizii nucleici (ADN and ARN)?

Acizii nucleici sunt polinucleotide (produi de policondensarea aunor uniti denumite nucleotide). Nucleotidele reprezint unitatea monomeric a acizilor nucleici i sunt compuse din: - o baz azotat heterociclic: - purine: adenin (A) i guanin (G) - pirimidine: citozin (C) i timin (T) pentru ADN citozin (C) i uracil (U) pentru ARN - o pentoz: - dezoxiriboza (este prezent n ADN) - riboza (este prezent n ARN) - fosfat

STRUCTURA BAZELOR AZOTATE

Pirimidinele
Citozina
NH2
4 5 3 2

Timina
O H3C NH O

Uracil
O NH

NH
1

NH

NH

Atomii heterociclului pirimidinic sunt numerotai de la 1 la 6 (astfel ncat atomii de N din ciclu s primeasc indicele minim).

Bazele azotate prezint fenomenul de tautomerie

NH2 NH2 C N N NH C NH

NH

forma amino

forma imino

Citozina

C HN O N

C OH

forma lactam

forma lactim

Bazele azotate prezint fenonemul de tautomerie

Formele mai stabile:
Forma lactam este mai stabil dect forma lactim Forma amino este mai stabil dect forma imino

n acizii nucleici exist formele lactam i amino

Purine
Adenina
NH2
6 1

Guanina
O N
7

N
2

HN H2N N

N NH

N
3

NH
9

Atomii heterociclului purinic sunt numerotai de la 1 la 9 (astfel ncat atomii de N din ciclu s primeasc indicele minim).

STRUCTURA PENTOZELOR DIN ACIZII NUCLEICI

Pentoze
Riboza
HO

Dezoxiriboza
HO CH2 OH O
1

5 CH2
4

OH O
2

OH OH

OH

lipsete 2-OH

Atomii de carbon ai pentozelor sunt numerotai de la 1 la 5. Pentoza din ADN este dezoxiriboza, cruia i lipsete gruparea hidroxil 2-OH. Pentoza din ARN este riboza.

STRUCTURA NUCLEOZIDELOR

Structura nucleozidelor: baz + pentoz

Nucleozidele sunt derivai ai bazelor azotate care au o pentoz legat de un atom de azot din heterociclu: N9 pentru purine N1 for pirimidine printr-o legtur -Nglicozidic.

Legtur -N-glicozidic

STRUCTURA NUCLEOTIDELOR

Structura nucleotidelor
Nucleotidele sunt compose din nucleozide (bas + pentoz) i 1, 2, sau 3 grupri fosfat (se formeaz o legtur esteric ntre fosfat i 5-OH). Mononucleotide (nucleozid-monofosfat)= nucleozid + 1 fosfat Nucleozid-difosfat = nucleozid + 2 fosfat Nucleozid-trifosfat = nucleozid + 3 fosfat

Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide (cnd pentoza = riboz)

Baza Adenina (A) Nucleozidul Adenozina (A) Nucleotidul Adenozin monofosfat (AMP) sau adenilat

Adenozin difosfat (ADP)

Adenozin trifosfat (ATP)

Baza

Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide (cnd pentoza Nucleotidul = riboz) Nucleozidul

Adenozina (A) Adenozin monofosfat (AMP) Adenozin difosfat (ADP) Adenozin trifosfat (ATP) Guanozin monofosfat (GMP) Guanozin difosfat (GDP) Guanozin trifosfat (GTP) Citidin monofosfat (CMP) Citidin difosfat (CDP) Citidin trifosfat (CTP) Uridin monofosfat (UMP) Uridin difosfat (UDP) Uridin trifosfat (UTP) Timidin monofosfat (TMP) Timidin difosfat (TDP) Timidin trifosfat (TTP)

Adenina (A)

Guanina (G) Guanozina (G)

Citozina (C)

Citidina (C)

Uracil (U)

Uridina (U)

Timina (T)

Timidina (T)

Terminologie comparativ
Ribonucleotide
Adenozin monofosfat (AMP) sau adenilat Adenozin difosfat (ADP) Adenozin trifosfat

Dezoxiribonucleotide
Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP) sau dezoxiadenilat Dezoxiadenozin difosfat (dADP) Dezoxiadenozin trifosfat (dATP)

Baza

Terminologie Dezoxiribonucleozide/nucleotide (cnd pentoza = dezoxiribo z) Nucleozidul Nucleotidul

Dezoxiadenozina (A) Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP) Dezoxiadenozin difosfat (dADP) Dezoxiadenozin trifosfat (dATP) Dezoxiguanozin monofosfat (dGMP) Dezoxiguanozin difosfat (dGDP) Dezoxiguanozin trifosfat (dGTP) Dezoxicitidin monofosfat (dCMP) Dezoxicitidin difosfat (dCDP) Dezoxicitidin trifosfat (dCTP)

Adenina (A)

Guanina (G) Dezoxiguanozina (G)

Citozina (C)

Dezoxicitidina (C)

Uracil (U)

Dezoxiuridina (U)

Dezoxiuridin monofosfat (dUMP) Dezoxiuridin difosfat (dUDP) Dezoxiuridin trifosfat (dUTP)

Dezoxitimidin monofosfat (dTMP) Dezoxitimidin difosfat (dTDP)

Timina (T)

Dezoxitimidina (T)

Funciile fiziologice ale nucleotidelor

Crmizi pentru sinteza acizilor nucleici Compui macroergici care furnizeaz energia necesar diferitelor procese biologice (ex. ATP, GTP) Reglatori alosterici ai diferitelor enzime (ex.ADP e activator alosteric al ICDH din ciclul Krebs) Donori de grupe metil (ex.Sadenozilmetionina) Mesageri intracelulari ai hormonilor hidrofili (ex. AMPc, GMCc)

Nucleotide naturale libere: AMPc

NH2 N N
O CH 2

Adenine

N N

Ribose
OH

O P O

AMPc

3,5adenozin monofosfatul ciclic (AMPc) este mesager secund imlicat n transmiterea mesajului hormonal din mediul extracelular n interiorul celulei.

STRUCTURA ADN 1. structura primar 2. structura secundar 3. structura teriar

James Watson Francis Crick 1962 Nobel Prize

http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/300/5617/255 http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/icons/Watson.Crick.Nature.jpg

STRUCTURA PRIMAR A ADN-ULUI

O HN H2N
5' end HO

Guanine
N N

Lanul polinucleotidic al ADN

(structura primar/covalent)
ADN este un polidezoxiribonucleotid n care gruparea 3OH a unui dezoxiriobonucleotid este legat la gruparea 5OH a dezoxiriobonu-cleotidului vecin printr-o legtur fosfat diesteric. Lanul polinucleotidic este polar:prezint dou capete distincte.

N
CH 2

NH2 N

Cytosine
O

3linkage

O O P O O
CH 2

N
O

5linkage

O P O O
H3C O

Captul 3este cel cu gruparea Thymine 3-OH liber. Captul 5este cel cu gruparea NH 5-OH liber sau fosforilat.
O

NH

O P O O

CH 2

Lanul polinucleotidic al ADN este ncrcat negativ la pH-ul fiziologic.

OH 3' end

O HN H2N
5' end HO

Reprezentare simplificat a lanului ADN

Guanine
N N

N
CH 2

Pentoza: linie orizontal

NH2 N

OH 5 P 5 3 C 3 G

Cytosine
O

Baza: litera corespondent Leg. fosfodiesteric: linie oblic i P la mijloc

O O P O O
O CH 2

N
O

P
O H3C

O P O O

Thymine
NH

NH

P 5 OH 3 T

O P O O

CH 2

OH 3' end

Reprezentarea simplificat a catenei de ADN

O HN H2N
5' end HO

Guanine
N N

N
CH 2

NH2 N

Cytosine
O

Prin convenie o caten de ADN se scrie n direcia 5- 3.

O O P O O
O CH 2

N
O

ex. GCT nseamn 5GCT 3

O P O O
H3C O

Thymine
NH

NH

O P O O

CH 2

OH 3' end

STRUCTURA SECUNDAR A ADN

Dublu helixul ADN

Watson i Crick au decoperit c structura secundar a ADN este un dublu helix format din dou catene de ADN asociate prin mperecherea bazelor Inelele glucidice legate prin resturi fosfat constituie scheletul extern al dublu helixului, n timp ce bazele azotate hidrofobe sunt orientate spre interior i perpendicular pe axa helixului. ADN-ul uman conine aproximativ 3,5 x 109 perechi de baze.

Dublul helix al ADN ( structura secundar)

1. Stabilitatea ADNdc este asigurat de: - interaciunile hidrofobe dintre bazele azotate suprapuse (stivuite) de pe aceeai caten - legturile de hidrogen ce se stabilesc ntre bazele azotate de pe o caten i cele complementare de pe cealalt caten. 1. Cele dou catene de ADN sunt antiparalele.

ADN dublu helix (structura secundara)

3. G-C are 3 legturi de H. A-T are 2 legturi de H. Cele dou catene sunt complementare (G is complementar C, A is complementare T). Nr. A = Nr. T Nr. G = Nr. C

4.

5.

Dublu helix ADN (structura secundar)

6. Exist mai multe confomaii ale ADN; Conformaia B: descris de Watson i Crick are orientare dreapt, pasul dublu helixului este 34 (3,4nm), diametrul de 2nm, iar nr. perechi baze per tur este 10; cea mai rspndit. Conformaia A: dublu helix de dreapta dar mai compact, pasul elicei este de 2,8nm, nr. perechi baze per tur este 11. Conformaia Z: dublu helix de stinga, pasul elicei 4,56nm i nr. perechi baze per tur este 12.

STRUCTURA TERTIAR A ADN: polinucleozomul

De la ADN la cromozomi
In eucariote ADN-ul este stocat n nucleu. Deoarece nu este suficient sapiu iar molecula ADN-ului este extrem de mare (lungimea ADN de la o singur celula uman e 2m!!!), ADN-ul trebuie compactat. Exist cinci nivele de compactare a ADN care conduce la o scdere de 10.000 de ori lungimii ADN.

Nivelele de compactare a ADN n nucleu -Primul nivelr

Dublul helix de ADN se nfoar n jurul unui octamer proteic format din histone- fiecare unitate de ADN spiralat de 1,75 ori n jurul unui compelx histonic se numete nucleozom.

Histonele sunt proteine bazice cu mas molecular mic (max. 20.000), bogate n aa bazici (Arg pt.H2A, H2B i, Lys pt H3, H4).

n jurul octamerului histonic (H2A H2B H3 H4)x2 este spiralat ADN-ul nucleozomic fomat din 140 perechi de baze. Nucleozomii sunt legai ntre ei prin ADN intrenucleozomic sau ADN linker format din 30 perechi de baze).Histona H1 itercaioneaz cu ADN linker, avnd rol n superspiralizarea nucleozomilor. Polinulceozomul seamn cu nite mrgele pe a (=fibrile de cromatin de 10nm ).

Nivelele de compactare a ADN n nucleu -Primul nivel-

Mrgele de ametist

Aparena de mrgele pe a a ADN

Nivelele de compactare a ADN n nucleu -al doilea nivel Polinucleozomul se superspiraleaz pentru a forma structura de solenoid. Solenoidul conine 6-7 nucleozomi per tur.Pasul e de 10nm, diametrul de 30 nm. Solenoidul formeaz fibrele de cromatin de 30 nm.

Nivelele de compactare a ADN n nucleu

-nivelele 3,4 i 5-

r
- Fibrele de cromatin se compacteaz i mai mult form domenii n form de bucl. - Aceste domenii n bucl sunt superspiralizate i organizate n structuri distincte numite cromozomi. - ADN -ul uman nuclear ( genomul) const n 23 perechi de cromozomi.

Diferena dintre celulele diploide i celulele haploide

Majoritatea celulelor eucariote conin perechi de cromozomi i sunt astfel denumite diploide. Celulele care conin cromozomi nepereche sunt denumite haploide.

Cromozomii genomului uman