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1. Maduracin del RNA 2. Cdigo Gentico 3. Traduccin del mRNA: Sntesis de Protenas 4. Regulacin de la Expresin Gnica
OBJETIVOS DE APRENDIZAJE
Regulacin de la expresin gnica -Describir los niveles que existen en la regulacin de la expresin gnica en la clula y su importancia funcional. -Citar que secuencias y protenas regulan la unin de la RNA polimerasa al promotor procariota y eucariota. -Dibujar un esquema que resuma los 4 posibles tipos de regulacin transcripcional, teniendo en cuenta la presencia de efectores. -Conocer las estructuras tpicas de los factores de transcripcin como hlice-giro-hlice, dedos de zinc, regin bsica-cremallera de leucina, y hlice-lazo-hlice bsica. -Definir opern, protena represora y protena activadora en el contexto de la regulacin de la expresin gnica en procariotas. -Explicar cmo y porque se inducen los genes del operon lac en presencia de lactosa y en ausencia de glucosa. -Describir las caractersticas generales de la regulacin transcripcional en eucariotas. -Dar algn ejemplo de modificaciones en los nucleosomas que regulan la transcripcin. -Conocer la influencia de la metilacin del DNA en la regulacin de la transcripcin. -Enumerar el orden de sucesos en la activacin de la transcripcin de un promotor eucariota tpico. -Dar algn ejemplo de regulacin de la transcripcin en eucariotas inducida por ligandos. -Describir los mecanismos bsicos de regulacin traduccional. -Entender como se forman los micro-RNAs y cual es su importancia biolgica. -Conocer que es el proteasoma y el esquema general de degradacin de protenas ubiquitinadas. -Dar un ejemplo de regulacin del desarrollo embrionario por localizacin diferencial de mRNAs.
A: Textos recomendados
NELSON D.L. y COX M.M. Lehninger. Principios de Bioqumica. 5 ed. Ed. Omega, 2009. WATSON J.D., MYERS R.M., CAUDY A.A. and WITKOWSKI J.A. Recombinant DNA: Genes and Genomes- a short course. 3rd ed. Ed. W.H. Freeman and Company, 2007.
Recursos en la Web
Molecular & Cellular Biology Education Project Virtual Cell Animation Collection Lac Operon : The Movie http://vcell.ndsu.nodak.edu/animations/lacOperon/movie-flash.htm
1. Niveles de regulacin de la expresin gnica 2. Regulacin de la transcripcin: generalidades 3. Regulacin de la transcripcin en procariotas 4. Regulacin de la transcripcin en eucariotas 5. Regulacin de la traduccin 6. Degradacin de protenas: ubiquitina y proteasoma
El problema fundamental de la qumica fisiolgica y de la embriologa es comprender por qu todas las clulas de los tejidos no expresan en todo momento todas las potencialidades inherentes a su genoma F. Jacob y J. Monod J. Mol. Biol. (1961)
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Secuencia rica en AT
1. La secuencia del promotor determina la afinidad de la RNA polimerasa y condiciona la tasa de transcripcin en los genes constitutivos o housekeeping. 2. La expresin de los genes regulables depende de protenas reguladoras que favorecen o interfieren la interaccin de la RNA polimerasa con el promotor (induciendo o reprimiendo la expresin gnica).
PROMOTOR EUCARIOTA
RNA pol II
TBP
Secuencias reguladoras
La RNA polimerasa presenta baja afinidad por el promotor y requiere, generalmente, un conjunto de factores de transcripcin que se unen a diferentes secuencias reguladoras situadas: -En la regin promotora -En regiones muy alejadas del promotor (secuencias potenciadoras o enhancers). Las secuencias de los promotores eucariotas son muy variables y pueden carecer incluso de caja TATA o de la secuencia Inr.
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E. coli tiene 7 subunidades , que permite el reconocimiento de distintos promotores por la RNA polimerasa. Cuando las bacterias estn sometidas a estrs trmico se sustituye la subunidad 70 por la subunidad 32 que dirige a la RNA polimerasa a una serie de promotores con una secuencia consenso diferente, controlando la expresin de genes especficos.
En eucariotas algunos factores de transcripcin generales, como la protena de unin a TATA (TBP) pueden considerarse factores de especificidad.
-REPRESORES: impiden el acceso de la RNA polimerasa al promotor, o bloquean su movimiento una vez que se ha unido. En procariotas el sitio de unin del represor se denomina operador, y se encuentra generalmente cerca del promotor. Se denomina regulacin negativa. -ACTIVADORES: potencian la interaccin de la RNA polimerasa con el promotor, unindose a secuencias en el promotor (procariotas y eucariotas) o a secuencias alejadas del promotor o enhancers (eucariotas). Se denomina regulacin positiva.
La unin de represores y activadores al DNA esta regulada por seales moleculares (EFECTORES).
Los efectores pueden activar o inhibir la transcripcin actuando tanto sobre los represores como sobre los activadores.
Las cadenas laterales de los aminocidos (en el factor de transcripcin) interaccionan con grupos dadores o aceptores de enlaces de H en las bases del DNA formando enlaces de hidrgeno.
2) Tienen dominios de unin caractersticos: Hlice-giro-hlice Dedo de zinc Regin bsica-cremallera de leucina Hlice-lazo-hlice bsica
Para interaccionar con las bases en el surco mayor del DNA, una protena requiere una estructura relativamente pequea que sobresalga de forma estable de la superficie de la protena.
La interaccin de un dedo de zinc con el DNA es dbil. Muchas protenas tienen varios dedos de zinc (en la figura superior 3 dedos de zinc).
El lazo alargado esta sujeto en su base por un in Zn2+ que estabiliza la estructura. El dedo de zinc se une al surco mayor del DNA mediante la hlice de uno de los lados del dedo.
Ejemplos: TFIIIA, Sp1, receptores de hormonas esteroides
Las protenas con dedos de zinc tambin se pueden unir al mRNA actuando como represores de la traduccin.
Los aminocidos bsicos (K, R) interaccionan con los fosfatos cargados negativamente del DNA.
Regin bsica
Subunidad 2 N-terminal
Subunidad 1 N-terminal
El opern es una unidad de expresin gnica constituida por un conjunto de genes que suelen estar metablicamente relacionados, un promotor nico y secuencias adicionales que regulan el promotor. La transcripcin conjunta de estos genes da lugar a un nico mensajero policistrnico (que puede codificar para distintas protenas).
mRNA policistronico A B C
DNA
(Regulacin positiva)
-galactosidasa
(Unin del represor)
Galactsido permeasa
Tiogalactsido transacetilasa
Cuando hay lactosa en el medio se inducen los genes que pueden metabolizarla
-Galactosidase
Regulacin negativa
O1
O2
LACTOSA
-galactosidasa
Deficiencia de lactosa
Protena receptora de cAMP (CRP)
Abundancia de lactosa
Regulacin positiva:
CRP
Regulacin negativa:
Represor Lac
Es posible obtener mltiples combinaciones de histonas modificadas. Se ha propuesto que podra existir un cdigo de histonas que determina los genes activos inactivos. Estos cambios suelen ser muy estables. Se piensa que el ambiente podra causar cambios epigenticos en el DNA o en las histonas que se transmitiran a la descendencia.
Nucleosoma
No es reconocido como una base alterada y puede dar lugar a una mutacin puntual (substitucin de C por T).
El orden de sucesos en la activacin de la transcripcin en un promotor de Pol II tpico es: 1) Unin del activador a una secuencia especfica. 2) Modificacin y remodelacin de la cromatina. 3) Interaccin con el mediador. 4) Unin de TBP en la TATA. 5) Unin de otros factores de transcripcin, incluida la RNA pol II: formacin del complejo de preinicio (PIC) 6) La fosforilacin del dominio carboxilo-terminal (CTD) de la RNA pol II por TFIIH provoca el inicio de la transcripcin.
Forma un dmero con el receptor del cido retinoico o con el receptor de la vitamina D
Los PPAR son factores de transcripcin que al unirse a su ligando especfico (T) forman heterodmeros con el receptor nuclear RXR. El dmero se une a regiones especficas del DNA conocidas como elementos de respuesta, estimulando la transcripcin de los genes que contienen estos elementos.
5. REGULACIN DE LA TRADUCCIN
1) En eucariotas la transcripcin y transporte de un mRNA hacia el citoplasma requiere un tiempo. Sin embargo, la traduccin de un mRNA reprimido (almacenado en el citosol) producir una rpida sntesis de protena. 2) En algunas clulas (eritrocitos inmaduros, oocitos inmaduros) no hay transcripcin y el control traduccional es esencial. 3) La regulacin traduccional es responsable de formar gradientes de protena durante el desarrollo.
Destacaremos 4 mecanismos de regulacin traduccional: 1) Represores de la traduccin: Protenas que se unen al 3UTR o 5UTR de los mRNA e interaccionan con factores de inicio de traduccin o con la subunidad ribosmica 40S. 2) Fosforilacin de factores de inicio de traduccin. 3) Protenas de unin que impiden la interaccin entre eIF4E y eIF4G reprimiendo as la traduccin. En mamferos se denominan protenas de unin eIF4E (4E-BP). (Cuando 4E-BP se fosforila es inactivo, permitiendo la traduccin) 4) Represin dirigida por RNA
Uno de los mecanismos ms importantes de regulacin de la traduccin en eucariotas tiene lugar por la unin de protenas represoras en la regin 3UTR del mRNA. Estas protenas interaccionan con factores de iniciacin o con el ribosoma para inhibir la traduccin.
En situaciones de estrs se suele inhibir la traduccin mediante: Activacin de quinasas que fosforilan eIF2. Activacin de caspasas (un tipo de proteasas) que proteolizan factores de iniciacin de la traduccin.
APLICACIN MDICA
1) Podemos introducir RNA duplex en una clula
3) Que degradan o silencian el mRNA diana Una de las hebras del miRNA maduro se asocia con mRNA diana provocando inhibicin de la traduccin o degradacin del mRNA
2% de los genes animales son miRNA 1/3 de los mRNA pueden estar regulados por los miRNA
La ubiquitina es una protena de 76 aminocidos que se une covalentemente a residuos de lisina a travs de una ruta dependiente de ATP en la que intervienen tres enzimas diferentes.
Las protenas ubiquitinadas son degradadas por un gran complejo denominado proteasoma 26S.
El proteasoma 26S puede ser complementado con complejos reguladores que cambian en funcin de las condiciones celulares.
Por ejemplo, la partcula 19S se puede reemplazar por otro regulador alternativo, degradando a otras protenas no ubiquitinadas
El huevo de Drosophila junto con 15 clulas nodriza, esta rodeado por una capa de clulas foliculares. A medida que se forma la clula huevo se depositan distintos mRNA en la zona anterior y posterior. Ejemplo: bicoid (anterior) y nanos (posterior)
Bicoid Factor de transcripcin que activa genes de segmentacin. Es tambin un represor de la traduccin.