Sunteți pe pagina 1din 8

Capitolul 3 ORGANIZAREA INFORMAIONAL A ADN: GENELE.

STRUCTURA I LOCALIZAREA GENELOR

3.1. CONCEPIA CLASIC DESPRE STRUCTURA GENEI 3.1.1. Gena - unitatea de structur a materialului genetic.
n concepia clasic, gena reprezenta un segment de pe cromozom precis delimitat, continuu (indivizibil), care determin un anumit caracter fenotipic. Gena ocup n cromozom o poziie fix, ntotdeauna aceeai, numit locus. Locus-ul unei gene poate fi situat pe cromozomi somatici (autozomi) sau pe cromozomii sexuali; fiecare tip de gen ocup acelai locus pe cromozomii omologi. La indivizii unei specii, o gen se poate gsi n forma denumit ancestral sau slbatic. Gena slbatic poate suferi o mutaie, genernd o form alternativ a genei. Aceast variant alternativ a genei, care ocup acelai locus i influeneaz acelai caracter se numete gen alel. Exist situaii n care o gen sufer mai multe mutaii diferite, producnd variante alelice numite alele multiple; efectele fenotipice ale alelelor multiple sunt diferite, dar se limiteaz la acelai caracter. Exemplul clasic l reprezint alelele multiple A1, A2, B i O pentru locusul care determin grupul sanguin ABO(H). Gene alele care ocup loci omologi pot fi identice, definind starea de homozigot, sau diferite heterozigot. Termenul de hemizigot se folosete pentru a defini situaia, diferit de homozigot i heterozigot, n care la brbaii XY o gen de pe cromozomul X nu are echivalent pe cromozomul Y, existnd deci o singur gen pentru un caracter. n cursul meiozei, homozigoii produc un singur tip de gamei ( homogametici), iar heterozigoii, ca urmare a segregrii genelor alele, produc dou tipuri de gamei (heterogametici). La heterozigoi, alelele diferite se pot manifesta fenotipic diferit. Uneori, una dintre alele este mai puternic i se manifest fenotipic; gena i caracterul care se manifest la heterozigoi se numesc dominante. Gena care nu se manifest fenotipic la heterozigoi, ci se exprim numai n stare homozigot se numete recesiv.

3.1.2. Fenomenul de nlnuire genic (linkage) i ncruciare cromozomial


(crossing-over) Fiecare cromozom este alctuit din mai multe gene nealele, care ocup fiecare un locus distinct. Ele au o dispoziie liniar n cromozom, una dup alta. nlnuirea fizic a locilor aflai pe acelai cromozom se numete sintenie. Genele situate pe acelai cromozom au tendina de a se transmite grupat (odat cu cromozomul respectiv) de la prini la descendeni, prin gamei. Fenomenul n care genele nealele situate aproape una de alta pe acelai cromozom nu segreg n meioz i au tendina de a se transmite mpreun n succesiunea generaiilor se numete nlnuire genic (linkage) (fenomenul se refer la loci, nu i la alele). Genele dintr-o regiune cromozomial transmise mpreun formeaz un grup de nlnuire (linkage group) sau haplotip. Numai genele situate foarte aproape una de alta se transmit totdeauna mpreun, nlnuite. De exemplu, genele C, D i E care determin grupul sanguin Rhesus (Rh), localizate pe cromozomul 1, se transmit nlnuite. Genele situate mai la distan una de alta pe acelai cromozom pot fi separate prin crossing-over. n profaza primei diviziuni meiotice, cromozomii omologi se mperecheaz ( sinaps) pe ntreaga lor lungime, formnd uniti alctuite din patru cromatide denumite tetrade (excepie fac cromozomii sexuali X i Y, care se altur prin capetele braelor scurte). La locul de contact (chiasm) dintre cromatidele dispuse central ale unei tetrade (una aparinnd cromozomului patern, iar cealalt cromozomului matern) se produc apoi fenomene de crossing-over, constnd n schimburi reciproce (ncruciate) i egale de gene. Pentru c o gen trece astfel de pe un cromozom pe omologul su, producnd o schimbare a poziiei genelor parentale, fenomenul este numit recombinare genetic. Recombinarea genic intracromozomial produs prin crossing-over este ntmpltoare i nu poate fi prevzut. Probabilitatea de producere a crossing-over-ului ntre dou gene este direct proporional cu distana fizic dintre ele: cu ct genele sunt mai apropiate, ansa de recombinare este mai mic i invers. Distana dintre dou gene de pe acelai cromozom se exprim n centiMorgan (1cM = 1Mb = 106 pb) sau procent de recombinare.

3.2. CONCEPIA ACTUAL DESPRE STRUCTURA GENEI


n prezent, gena este definit ca un complex liniar de secvene nucleotidice care produc un polipeptid sau o molecul de ARN funcional . Complexul cuprinde secvenele codante, secvenele necodante i secvenele reglatoare. Gena poate fi definit astfel, n termeni simpli, ca fiind o unitate de transcripie. Numai o mic parte din ADN nuclear (25%) formeaz cele aproximativ 25.000 de gene umane. n funcie de produsul codificat i de ARN-polimeraza care realizeaz transcrierea, genele sunt clasificate n: gene care codific moleculele de ARNr de 28S, 18S i 5,8S - gene ribozomale (gene de clas I), transcrise de ARN-polimeraza I; gene care codific proteine (gene de clas II), transcrise de ARN-polimeraza II; gene care codific ARN de transfer i alte molecule mici de ARN (ARN mic nuclear, ARN mic nucleolar) (gene de clas III), transcrise de ARN-polimeraza III. Densitatea genelor nucleare umane este de 1/45 Kb ADN (1/0,45 n ADN mitocondrial), iar distana medie dintre gene este de 25-35 Kb. 3.2.1. STRUCTURA GENELOR CARE CODIFIC PROTEINE Majoritatea genelor umane au o structur discontinu, fiind alctuite din secvene codante i secvene necodante. Genele care codific proteine sunt alctuite dintr-un cadru de citire ( reading frame), flancat de secvene de reglare a genei (fig. 3.1). 3.2.1.1. Cadrul de citire Cadrul de citire, aflat n regiunea central a genei, reprezint regiunea transcris, sub aciunea ARN-polimerazei II, n ARN mesager precursor (ARN premesager). El este alctuit din secvene codante numite exoni i secvene necodante numite introni. Exonii sunt secvenele codante ale genei, care codific anumite regiuni ale proteinei numite domenii. Regiunea central a genelor ncepe i se termin cu exoni, ceea ce nseamn c orice gen are n exoni i n-1 introni. Numrul exonilor variaz de la o gen la alta, fiind cuprins ntre 2 i cteva zeci. Exist gene mici cu un singur exon - genele ADN mitocondrial, genele histonelor, genele interferonilor, gena SRY, gena receptorului angiotensinei II, etc.. Lungimea exonilor variaz n limte largi (lungimea medie este de 150 pb) (de exemplu genele insulinei 150 pb, gena distrofinei 180 pb).
3

Intronii sunt secvenele care, n general, nu codific nici un produs specific i care sunt transcrise iniial n ARNm precursor, dar nu se regsesc n ARNm matur. Numrul intronilor variaz de la 2 la genele insulinei, la 79 la genele distrofinei. Lungimea intronilor este variabil (ntre cteva sute i cteva mii de pb), de obicei mult mai mare ca a exonilor. Majoritatea intronilor ncep cu dinucleotidul 5'GT (situs donor) i se termin cu dinucleotidul 3'AG (situs acceptor). Aceste secvene dinucleotidice au rolul de semnale pentru decuparea corect a intronilor n timpul procesului de matisare (splicing).
Situs iniiere transcripie boxa CAAT Activator Codon START (ATG) E1 5 UTR ER boxa CG boxa TATA I1 E2 I2 Situs terminare transcripie Codon STOP (TAA) E3

Situs poliA

3
3 UTR

Figura 3.1. Structura genelor care codific proteine

Rolul intronilor nu este nc bine cunoscut. Iniial se considera c funcia intronilor ar consta n separarea exonilor, dar mai recent se accept c ei au rol n autoclivarea ARN, respectiv n reglarea expresiei genelor, iar n unele cazuri au chiar funcii codificatoare. Cadrul de citire al genei ncepe cu situsul de iniiere (start) al transcrierii. Situsul de iniiere este urmat de o regiune netradus numit 5'UTR (untranslated region), care conine o secven consens (prezent la toate genele) i codonul start ATG (locul de iniiere a translaiei, corespunztor primului aminoacid din lanul polipeptidic). Urmeaz primul exon. Dup ultimul exon din cadrul de citire exist o secven netradus 3'UTR, care ncepe cu unul dintre codonii stop (TGA, TAG, TAA); codonii stop reprezint semnalul de oprire a translaiei. Regiunea 3'UTR se continu cu secvena AATAAA care reprezint situsul de terminare al transcripiei. La circa 20 de nucleotide n aval de situsul terminator se afl situsul de poliadenilare, denumit astfel, deoarece la acest nivel la ARNm se adaug circa 200

de nucleotide cu adenozin; tot la acest nivel se produce i desprinderea ARN-polimerazi i eliberarea moleculei ARN sintetizate. 3.2.1.2. Secvenele de reglare a genei Secvenele de reglare a genelor sunt secvene netranscrise, dispuse de o parte i de alta a cadrului de citire. Majoritatea se afl la captul 5 al genei. a) Promotorul reprezint o succesiune de secvene situat n amonte de cadrul de citire, ntinse pe o distan de circa 150 pb fa de situsului de iniiere a transcrierii. Promotorul conine mai multe secvene nucleotidice scurte, pe care se fixeaz nite proteine reglatoare numite factori de transcripie (TF II transcription factors). Factorii de transcripie au rolul a lega ARN-polimeraza II astfel ca transcripia s nceap exact la situsul de iniiere (cu primul nucleotid) i de a activa enzima, deoarece ARN-polimeraza nu poate recunoate direct promotorul i nu poate iniia singur transcripia. Promotorul cuprinde mai multe secvene: (1) Boxa (cutia) TATA (Hogness) este secvena TATAAA, situat la 25-35 pb n amonte fa de situsul de iniiere a transcrieii. Boxa TATA reprezint locul la care se fixeaz ARN-polimeraza II prin intermediul factorului de transcripie TFIID. Aceast secven este necesar pentru iniierea corect a procesului de transcriere (n punctul de start) i asigur expresia genei la un nivel bazal. Mutaia secvenei permite iniierea transcripiei, dar deplaseaz punctul de start fa de normal. Boxa TATA este prezent la majoritatea genelor specifice unui anumit tip de esut (specific tisulare). La genele comune (housekeeping genes) este prezent, n locul boxei TATA, secvena GC (insulele CG). (2) Boxa CAAT (secvena GGCCAATCT) i boxa GC (secvena GGGCGG) sunt secvene situate n amonte de boxa TATA, la circa 70-80 pb, respectiv 90 pb fa de situsul de iniiere, de care se fixeaz ali factori de transcripie i avnd rolul de a crete eficiena transcrierii. n regiunea proximal a promotorului se mai afl o serie de secvene ADN care, dup fixarea anumitor FT, stimuleaz intens sau, dimpotriv, blocheaz transcripia. Ele determin astfel specificitatea expresiei unei gene n funcie de esut i de stadiul dezvoltrii: (3) Secvenele octamerice (ATTTGCAT) sunt secvene care determin expresia specific a anumitor gene n funcie de tipul de celul sau de stadiul dezvoltrii ontogenetice.

(4) Secvenele (elementele) de rspuns (response elements) sunt secvene care determin transcripia temporar a anumitor gene n funcie de anumite semnale extracelulare (temperatur, concentraia unor ioni, substane nutritive, hormoni, morfogeni); aceste semnale activeaz anumii FT care se fixeaz pe secvenele de rspuns. b) Intensificatorii (activatorii) (enhancers) sunt secvene ADN care cresc nivelul bazal al transcripiei, amplificnd activitatea promotorului (de zeci-mii ce ori). Activatorii sunt situai n amonte fa de promotor, adesea la sute sau mii de pb fa de situsul de iniiere. O serie de intensificatori funcioneaz predominant sau exclusiv n anumite esuturi, ceea ce sugereaz rolul lor n diferenierea celular. c) Atenuatorii (silencers) sunt secvene ADN situate, de asemenea, n amonte de promotor i care reduc sau uneori chiar reprim (blocheaz) transcripia unor gene. 3.2.2. CLASIFICAREA GENELOR CARE CODIFIC PROTEINE Genele care codific proteine se clasific n gene comune i gene specifice. (1) Genele comune, denumite i gene menajere(housekeeping genes), sunt gene care se exprim n toate celulele; n general, ele sunt transcrise n permanen (la un nivel sczut) i codific proteine indispensabile funciilor celulare (metabolisme intermediare, sintez de proteine, etc.). Genele comune reprezint peste 90% din genele exprimate n orice tip celular i se afl n regiunile eucromatice bogate n GC. (2) Genele specifice sunt genele a cror expresie este limitat n timp sau n spaiu. Limitarea n timp se refer la expresia genelor n anumite stadii ale dezvoltrii, diferenierii sau ciclului celular. Limitarea spaial se refer la exprimarea specific a genelor n anumite esuturi (de exemplu muscular, nervos, etc), n anumite linii celulare (de exemplu celulele derivate din creasta neural), n anumite tipuri celulare (de exemplu celulele liniei eritrocitare) i chiar n celule individuale (de exemplu neuroni olfactivi, limfocite B). Acest tip de expresie st la baza diferenierii celulare. Majoritatea genelor sunt unice, prezente n dou copii n genomul diploid. Unele gene au fost ns duplicate n cursul evoluiei: uneori cele dou copii pot fi aproape identice i folosite alternativ n transcripie (de exemplu, genele 1 i 2 pentru -globin); alteori cele dou copii pot suferi modificri minime care nu le altereaz funcia, ele putnd fi exprimate n
6

diferite perioade ontogenetice (de exemplu, genele , , i pentru -globin) sau n esuturi sau organe diferite (de exemplu, genele pentru amilaza salivar sau pancreatic). Unele copii sunt nefuncionale i se numesc pseudogene (notate ). n genom pot fi prezente un numr mai mare sau mai mic de secvene similare unor gene funcionale. Genele care au structur asemntoare formeaz familii de gene. (1) Familii clasice de gene. Aceste gene (de exemplu familia genelor ARNr, familia genelor histonelor, familia genelor -globinei) au, probabil, origine comun, fiind rezultatul duplicaiei unei gene ancestrale. Fiecare dintre genele unei familii poate codifica proteine care se aseamn structural i funcional. Unele dintre genele familiei pot fi nefuncionale, formnd pseudogene. (2) Familii de gene care codific factorii de transcripie . n acest grup sunt cuprinse familiile genelor HOX, PAX, SOX, etc., care intervin n embriogenez; genele acestor familii au n comun o secven care codific un domeniu identic al proteinei, prin care aceasta se fixeaz pe ADN-ul genei int (de exemplu, domeniul homeobox pentru genele HOX). (3) Superfamiliile de gene conin un numr mare de copii ale unei gene rezultate n urma duplicaiei excesive a unei gene ancestrale i au structur i funcie diferit. Cele mai cunoscute sunt superfamilia genelor imunitii (imunoglobine, receptorii limfocitelor T, complexul major de histocompatibilitate - HLA) i superfamilia genelor care codific receptorii nucleari pentru hormoni. 3.2.3. ELEMENTE GENETICE MOBILE n general, genele au o poziie fix n genom. Unele secvene de ADN se pot deplasa uneori dintr-o poziie cromozomial n alta, fenomen numit transpoziie; secvenele respective se numesc elemente transpozabile sau transpozoni. n funcie de mecanismele realizare a transpoziiei, elementele transpozabile se mpart n transpozoni i retrotranspozoni. (1) Transpozonii sunt elemente care se deplaseaz ca atare, adic sub forma de secvene ADN. Transpozonii conin n structura lor i genele care codific enzimele (transpozaze) necesare exciziei i inseriei lor. Elementul transpozabil de origine i pstreaz de cele mai multe ori poziia neschimbat i doar copiile acestuia, realizate prin replicare, se deplaseaz i se integreaz n alt poziie din genom. La om, fenomenul de transpoziie este nc discutabil.

(2) Retrotranspozonii sunt elemente transpozabile a cror migrare se realizeaz prin intermediul transcriptelor ARN. Denumirea provine de la faptul c mecanismele transpoziiei sunt asemntoare celor prin care se realizeaz deplasarea retrovirusurilor. ARN este copiat, sub aciunea reverstranscriptazei, ntr-o molecul de ADN care va fi integrat, la ntmplare, ntr-o alt regiune a genomului. Retrotranspozonii au originea n elemente retrovirale, care se integreaz n genomul celulelor germinale i se transmit n stare latent n succesiunea generaiilor. Retrotranspozonii reprezint marea majoritate a elementelor transpozabile la om, ocup circa 10% din genom i sunt reprezentate de dou familii - LINEs i SINEs, diferite prin lungimea i originea lor: LINEs sunt produii transcripiei efectuat de ARN-polimeraza II, n timp ce SINEs deriv din transcriptele primare ale ARN-polimerazei III. Existena elementelor genetice mobile demonstreaz plasticitatea genomului.