Cerc de culori, desen in acuarel de Goethe, 1809

Impresiile despre natur din urma cltoriei n Italia i preocuparea sa cu evoluia plantelor, l-au ndemnat pe Goethe n direcia tiinelor naturale, despre care n august 1791anun noua sa lucrare. El efectua cercetri n colaborare cu Gttling la metodele de extragere a zahrului din sfecl i de reciclare a hrtiei cu acid clorhidric deflegmat.Grdina botanic din Jena urm s fie organizat dup regnul fundamental al vegetaiei. n timp ce Goethe se ngrijea de Universitate, el neglija familia, uneori pentru perioade de lung durat. Dup moartea lui Gttlings, n locul acestuia Goethe l-a numit n 1810 pe farmacistul Johann Wolfgang Dbereiner.

Goethe cu Schiller, statuie n Weimar

n anul 1791 Goethe preia conducerea teatrului din Weimar, i Christiane devine consiliera lui; prin felul ei plcut, ea putea negocia cu, i s se ngrijeasc foarte bine de a ctori. n 1792 Goethe ia parte la eecul campaniei din Frana, a coaliiei conservatoare i a emigranilor. La 20 septembrie1792, la Valmy, rzboaiele revoluionare franceze iau ntorstura mpotriva coaliiei, unde Goethe ntr-un cerc de ofieri spunea renumita propoziie: Von hier und heute geht eine neue Epoche der Weltgeschichte aus, und ihr knnt sagen, ihr seid dabei gewesen. (De aici i de azi ncepe o nou epoc a istoriei lumii, i voi vei putea spune, c ai participat.)

Christiane Friederike Wilhelmine Herzlieb

La asediul Mainzului n 1793, Goethe scria la teoria culorilor. Valmy i Mainzul devastat, i devin lui Goethe simbolurile de turbulen din istoria lumii.