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GUA RPIDA DEL PROGRAMA POPGENE ver 1.32.

Programa de anlisis de poblaciones.

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. Mxico. 2012.

Fernando Gonzlez Andrs.

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I. APLICACIN A DATOS CODOMINANTES.

Pg. 5

1. PREPARACIN DE LA MATRIZ BSICA DE DATOS. 2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. Pg. 6 3. REALIZACIN DEL ANLISIS. Pg. 7

3.1. Para realizar el anlisis de manera ordenada, primero se realizarn los anlisis intrapoblacionales. Pg. 7 3.2. A continuacin se realizarn los anlisis interpoblacionales. II. APLICACIN A DATOS DOMINANTES. 1. PREPARACIN DE LA MATRIZ BSICA DE DATOS. 2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. 3. REALIZACIN DEL ANLISIS. Pg. 8 Pg. 10 Pg. 10 Pg. 11 Pg. 12

3.1. Para realizar el anlisis de manera ordenada, primero se realizarn los anlisis intrapoblacionales. Pg. 12 3.2. A continuacin se realizarn los anlisis interpoblacionales. Pg. 13

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Este programa calcula ndices para estimar la diversidad gentica dentro de las poblaciones y entre poblaciones. Adems tambin calcula las relaciones genticas entre las poblaciones, realizando una labor anloga al programa NTSYS.

I. APLICACIN A DATOS CODOMINANTES.

1. PREPARACIN DE LA MATRIZ BSICA DE DATOS. El archivo de entrada en este programa es de tipo solo texto. El archivo de entrada debe describir el genotipo para cada uno de los individuos de la poblacin considerada. Lo ms aconsejable es preparar los datos en un archivo de MS Excel, y luego guardarlo como texto delimitado por tabulaciones. Hay que poner especial cuidado para que no se corten columnas, pues el ancho de campo en los archivos solo texto es menor que el que permite MS Excel. La reduccin de la anchura de las columnas es una medida eficaz para evitar el problema descrito. El contenido de estas filas es importante, sobre todo el nmero de poblaciones y el nmero de loci. Entre estas lneas y el inicio de los datos debe haber una lnea de separacin.

Individuo 1
Datos de la Poblacin 1

Individuo n
Datos de la Poblacin 2

Locus 1 Locus 2 Locus 3 Locus 4

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2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. La opcin de carga debe coincidir con el tipo de datos que se tengan.

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3. REALIZACIN DEL ANLISIS. La opcin de anlisis debe ser congruente con el tipo de datos que se tengan.

3.1. Para realizar el anlisis de manera ordenada, primero se realizarn los anlisis intrapoblacionales.

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3.2. A continuacin se realizarn los anlisis interpoblacionales.

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II. APLICACIN A DATOS DOMINANTES.

1. PREPARACIN DE LA MATRIZ BSICA DE DATOS. Las consideraciones generales son las mismas realizadas para el caso de datos codominantes (I).. Individuo 1 Individuo n

Datos poblacin 2

Datos poblacin 1

Cebador 1 (locus 1)

...

Cebador n (locus n)

...

El contenido de estas filas es importante, sobre todo el nmero de poblaciones y el nmero de loci. Entre estas lneas y el inicio de los datos debe haber una lnea de separacin.

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2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA POPGENE. Igual que en el caso anteior, la opcin de carga debe coincidir con el tipo de datos que se tengan.

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3. REALIZACIN DEL ANLISIS. La opcin de anlisis debe ser congruente con el tipo de datos que se tengan.

3.1. Para realizar el anlisis de manera ordenada, primero se realizarn los anlisis intrapoblacionales.

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3.2. A continuacin se realizarn los anlisis interpoblacionales.

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