Sunteți pe pagina 1din 66

Cum determina proprietatile fizico-chimice ale atomilor structura si functia biomoleculelor?

Viata s-a dezvoltat in mediu apos

Apa este o molecula cu proprietati speciale care are influenta deosebita asupra biorganismelor ~ 70-80% din greutatea celulelor specia moleculara cea mai abundenta ~ 7% ioni anorganici si molecule mici (amino acizi = baza constitutiva a proteinelor), nucleotide (--acizi nucleici), lipide (--membrane), glucide (--celuloza) Restul: macromolecule si agregate macromoleculare

- Hidrofil
Molecule care se dizolva in apa (glucide)

-Hidrofob
Molecule care nu se dizolva in apa (lipide, grasimi) Molecule care evita apa

Molecule care prefera apa

Molecule amfifile (amfipatice)

Cam schizofre!
Contin regiuni hidrofobe si regiuni hidrofile
Exemplu: fosfolipidele (componente de baza ale membranelor)

Chimia unor molecule foarte mici poate fi importanta pentru viata

Exemplu: Ionul de hidrogen, H+ (1 Da) este foarte important pentru structura/functia unei molecule cu masa de 1011 Da (ADN din cromozomul 1)

Un numar mic de principii de baza din chimie (fizica?) este suficient pentru intelegerea proceselor de la nivel molecular la nivel celular

Super glue in lumea vie?

Interactiuni (forte) de atractie dintre atomi molecule ansambluri supramoleculare

Forte puternice: legaturi covalente (simple, duble, triple); sunt implicate o pereche, doua, trei de electroni Forte atractive slabe: interactiuni necovalente.
Determina structura/functia proteinelor, acizilor nucleici, lipidelor, glucidelor

Tipuri de interactiuni slabe


Ionice Legatura de hidrogen Van de Waals Efectul hidrofob

Scara energiilor in biologie

0.6 kcal/mol

Atractia dintre sarcini de semn opus

Legatura de hidrogen

http://www.northland.cc.mn.us/biology/Biology1111/animations/hydrogenbonds.html

Energia legaturii de hidrogen

In procese catalitice poate ajunge si la 20 kcal/mol

Rotatie libera in jurul legaturii simple de simple

Flexibiliatea, dinamica biomoleculelor

Nu exista rotatie in jurul legaturii duble

Repulsia sterica

Potential Lennard-Jones

Doua

obiecte nu pot ocupa in acelasi timp aceeasi regiune din spatiu

Principiul lui Pauli: doi electroni nu pot avea aceeasi stare cuantica

Crestere rapida a energiei la intrepatrunderea norurilor electronice

Exponentiala


ro

Cum se estimeaza razele Van der Waals?

Se considera atomii ca doua sfere rigide de anumite dimensiuni, sfere care nu se pot intrepatrunde

http://webhost.bridgew.edu/fgorga/protein s/van_der_walls.htm

La distanta mica miscarea sincronizata a electronilor se extinde la un numar foarte mare de molecule

http://www.chemguide.co.uk/atoms/bonding/vdw.html

Gaz
heliu neon argon

Tf (C ) -269
-246 -186

cripton -152 xenon -108

radon

-62

Ne

Xe
+ -

Forma moleculelor este importanta


CH3-CH2-CH2-CH3 CH3-CH-CH3 | CH3 -0,5o C -11,7o C

Formula CH3(CH2)10CO2H CH3(CH2)12CO2H CH3(CH2)14CO2H

Lipide saturate Nume (acid) lauric miristic palmitic

Tm(0 C) 45 55 63

CH3(CH2)16CO2H
CH3(CH2)18CO2H

stearic
arahidic

69
76

http://www.cem.msu.edu/~reusch/ VirtualText/lipids.htm#lipid1b

Lipide nesaturate Formula Nume (acid) Tm (0 C) palmitoleic 0 oleic 13 -5 -11 -49

CH3(CH2)5CH=CH(CH2)7CO2H CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7CO2H

CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7CO2H linoleic CH3CH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH(C linolenic H2)7CO2H CH3(CH2)4(CH=CHCH2)4(CH2)2CO2H arahidonic

www.

sciencecar toonsplus.
com

Structuri biologice: aspecte generale


Pentru biolog:
Organizarea macroscopica sau microscopica vizibila a unui organism

Exemple

Structura scheletului
www.enchantedlearning. com/.../skelcolor.GIF

Structura celulei

http:// www.c ellsaliv e.com/

Structura mitocondriei

http://micro. magnet.fsu.ed u/cells/mitoc hondria/image s/mitochondri afigure1.jpg

In biofizica

Termenul de structura are o definitie mai larga

Se aplica si la:

Structura atomilor

http://molaire1.club.fr/e_atomequan1.gif

Marimi dependente de timp

Electrocardiograma normala

Sonograma radarului la lilieci

Retele metabolice

Ecosistem

Matematica

Sistem: agregat de elemente cu o anumita interelatie dintre ele Structura sistemului: totalitatea interelatiilor

In biofizica

Sisteme Relatiile dintre

DINAMICE

elemente

INTERACTIUNI

Retele metabolice
Elementele sistemului:
metabolitii Interactiunile: reactiile metabolice

Ecosistem Interactiune dintre

indivizii populatiei

Macromolecule biologice ca sisteme

Exista patru nivele de organizare

Structura primara
Secventa liniara a monomerilor elementelor) dintr-un lant monomer liniar (sistem)

Structura secundara
pozitionarea in spatiu a monomerilor (elementelor) intr-o parte a moleculei (sistemului) unul relativ la celalalt

Structura tertiara

pozitionarea in spatiu a regiunilor omogene de structuri secundare (elemente) dintr-o molecula (sistem)

Structura cuaternara
http://pqs.ebi.ac.uk/
pozitionarea in spatiu a macromoleculelor (elemente) intr-un complex supramolecular (sistem).

Structuri periodice (cristale)

Structuri neperiodice (structuri biologice)


cristale aperiodice: structura inalt organizata de elemente care nu se repeta periodic

Procesele de formare a structurilor biologice (dezvolare a vietii, reproducere, )

Entropia SCADE

PARE sa fie in contradictie cu principiul al doilea al termodinamicii

Procese spontane din sisteme IZOLATE se produc cu o crestere a entropiei In sisteme IZOLATE entropia atinge maximul

Nici un sistem biologic (chiar ecosistem!) incluzind si mediul NU poate fi considerat izolat

Pamantul NU este un sistem izolat


Primeste energie de la Soare Emite (iradiaza) energie

Flux permanent de energie (substanta)

Sistemele biologice sunt sisteme dinamice la neechilibru

Structuri la echilibru:

Cristale de sare obtinute prin evaporarea apei Structuri la neechilibru (disipative)

Autoasambalarea (autooraganizarea)

Plierea spontana a proteinelor Aranjarea in structuri supramoleculare (complexe enzimatice)

Entropie
Masura Masura

a ordinii

a dezordinii (lipsei de

ordine)

Un sistem cu maxim de dezordine maximul de entropie

Entropia este un parametru extensiv


Entropiile S1 si S2 a doua subsisteme se pot suma

S=S1+S2

Rotatie libera in jurul legaturii simple de simple

Flexibiliatea, dinamica biomoleculelor

Nu exista rotatie in jurul legaturii duble