Ghid de utilizare a softului de modelare moleculara HyperChem 5

Crearea de mici molecule in 2D si 3D Se selecteaza elementul chimic (Build > Default Element > C ~ elementul de referinta pentru compusi organici) Se selecteza Draw tool ( ) (primul din stanga) Se pozitioneza cursorul pe suprafata grafica, apoi L-click - se aseaza primul atom, L-drag - prima legatura. Printr-o combinatie de L-click si L-drag se traseaza scheletul de carbon al compusului (backbone) L-click pe o legatura o transforma in legatura dubla, apoi tripla Double-click pe un ciclu il aromatizeaza

Transformarea din 2D in 3D In meniul Build > Add H & Model Build Masuratori geometrice Caracteristicile atomilor In meniul Select > Atoms Se alege Select tool ( ) (al doilea din stanga) Se pozitioneza cursorul pe atomul de interes - L-click - in partea inferioara a ferestrei sunt afisate tipul si coordonatele geometrice ale atomului selectat) Masurarea distantelor legaturilor Select > Bonds, apoi L-click pe legatura respectiva Masurarea unghiurilor L-drag de la primul la ultimul atom, apoi se elibereaza butonul stang al mouse-ului Masurarea unghiurilor de torsiune L-drag de la primul la ultimul atom, apoi se elibereaza butonul stang al mouse-ului Dupa selectie unghiul de torsiune poate fi constrans la o anumita valoare din Build > Constrain bond torsion Masurarea distantelor non-bonded Select > Multiple selections R-click pe o zona libera a suprafetei grafice, pentru a deselecta selectia anterioara L-click consecutiv pe doi atomi neuniti printr-o legatura Legaturile de hidrogen R-click pe o zona libera a suprafetei grafice, pentru a deselecta selectia anterioara In meniul Display > Show Hydrogen Bonds sau Recompute Hydrogen Bonds Minimizarea energiei sistemului Alegerea campului de forta: Setup > Mol. Mechanics > Amber > Options: - distance dependent Scale factor 1 Electrostatic, Van der Waals scales 0.5 Cutoffs - none Setup > Select parameter set > Amber 2 Construim cicloxehanul (conformatia "scaun" este implicita - are energie minima) Compute > Single Point > sunt afisate Energy, Gradient Compute > Geometry Optimization > se alege algoritmul Polak-Ribiere Transformarea cicloxehanului din "scaun" in "baie" Definirea unui plan de reflexie Select > Multiple selections

 Se alege Selection tool L-click pe legaturile 1-2 si 4-5 pentru a selecta planul de reflexie In meniul Select > Name selection: se alege PLANE Reflectarea unui capat al moleculei In meniul Display > Show Hydrogens L-drag pentru a extinde selectia la toti atomii de o parte a planului selectat Edit > Reflect Optimizarea structurii Calculul functiei de densitate de probabilitate a orbitalilor moleculari Setup > Ab initio > se alege un set de baza, plus celelalte optiuni Compute > Single point (este utilizat modulul Hyper Gauss) Dupa efectuarea calculelor, se pot reprezenta grafic diferitele proprietati ale orbitalilor moleculari, precum densitatea totala de sarcina sau potentialul electrostatic (se selecteza din meniul Compute > Plot Molecular Properties) Simularea dinamicii si comportamentului de echilibru Alegerea structurii initiale Se incarca unul sau mai multe fisiere de structura (de exemplu in format pdb) Sarcinile partiale ale atomilor sunt fie predefinite, fie calculate prin mecanica cunatica, fie aproximate Alegerea campului de forta Setup > Molecular Mechanics > Amber > Options > OK Solvatarea structurii Setup > Periodic box > se seteaza dimensiunile si distanta minima solut - solvent Optimizarea geometriei Dinamica moleculara Compute > Molecular dynamics > se seteza parametrii Heat time 0.1 ps Temp step 30 K Run time 0.5 ps Step size 0.0005 ps Data collection period 4 Turn constant temperature off In timpul simularii se pot reprezenta grafic energia cinetica, potentiala, si energia totala a sistemului Exista alte doua variante de simulare: Langevin dynamics - in care se introduce un termen de frictiune si un termen stochastic pentru a simula coliziunile intermoleculare Metoda Monte Carlo, in care este explorat spatiul configurational al unui compus prin mutari individuale, succesive, ale pozitiei unui atom, si recalcularea energiei ansamblului - sunt retinute mutatiile care duc la minimizarea energiei, insa se introduce si un termen aleator pentru acceptarea mutatiilor care cresc energia sistemului, pentru a evita "caderea" sistemului intr-un minim local de energie.