Sunteți pe pagina 1din 53

3.

Inlantuirea genica (linkage) si


cartografierea

“ Segregarea independenta a caracterelor”


“PRINCIPIUL ASORTARII INDEPENDENTE” a genelor
nealele (situate pe loci diferiti) este:
- totdeauna ADEVARAT pt. gene situate pe cz. diferiti
- uneori adevarat pt. gene situate pe acelasi cz.

Gene sintenice (= avand locii pe acelasi cromozom) se


pot transmite:
 independent, cand sunt separte prin crossing- over
 inlantuite, cand au locii apropiati pe cromozom
3. Inlantuirea genica (linkage)
Conceptul de inlantuire/linkage

Are la baza posibilitatea ca 2 loci sa se afle pe


acelasi cromozom la distanta mica unul de altul a.i.
cel mai probabil se transmit impreuna (co-segrega)
in timpul meiozei

Recombinarile intre cei 2 loci sunt cu atat mai rare
cu cat sunt situate mai apropiate perechile de gene
Distanta fizica (in pb) intre 2 loci conteaza in
cartografierea fizica; dar distanta fizica #
distanta genetica utilizata in hartile genetice!

Nr. mare de recombinari


(crossing – over)
A B
Recombinari putine sau
absente (valori scazute ale
fractiei de recombinare)
A B

Harta genetica = o reprezentare a pozitiei relative a genelor pe cz.,


bazata pe frecventa/fractia de recombinare meiotica intre 2 segmente
de ADN o harta de inlantuire ( nu este o localizare fizica a genelor!)
Proportia descendentilor
recombinanti in raport cu
nr.total de descendenti este
denumita fractie de
recombinare (θ)

Non -
rec om binanti

Figure 6-2
3. Inlantuirea genica (linkage)
θ reflecta distanta dintre 2 loci
(si nu gene!)
Cea mai mare valoare POSIBILA a θ
0,5, adica 50%  NU EXISTA INLANTUIRE
corespunde frecventei de segregare a genelor
avand loci pe cz. diferiti!

Daca θ< 0,5  EXISTA INLANTUIRE

Ex. Daca θ = 0,05, inseamna ca in medie alelele sintenice vor


segrega impreuna de 19 ori din 20 segregari posibile  o
recombinare (c-o) va avea loc intre ele in medie doar intr-o
meioza din 20
Frecventa de recombinare

• θ este raportul intre numarul de descendenti recombinanti


si numarul total de descendenti
• Unitatea de masura a distantei genetice este
denumita Morgan
1 centiMorgan (cM) = distanta genetica in care se produc
recombinari cu o frecventa de 1%

1cM ~ 1.000.000 pb (1.000kb)


3. Inlantuirea genica (linkage) si
cartografierea
- loci foarte apropiati, inlantuiti, “lincati” care nu sunt
niciodata separati prin crossing-over: distanta
genetica este de 0 cM (θminim = 0,0)
- loci neinlantuiti, “nelincati”: distanta genetica este
mai mare sau egala cu 50 cM (adica: fiecare alela a
unui locus are o probabilitate de 50% de a fi co-
transmisa cu orice alela de pe celalalt locus, iar
atunci θmaxim = 0,5)
FAZE DE INLANTUIRE

Intre 2 perechi de gene alele (A/a si B/b) avand loci situati pe


acelasi cz. exista 2 posibilitati de dispunere, numite faze de
inlantuire:
 cuplare sau cis ( A si b, respectiv a si B)
 repulsie sau trans (A si B, respectiv a si b)

A b

a B
Recombinarea creeaza noi haplotipuri

Haplotip: combinatie specifica de loci, unul continand deseori


o gena marker pentru o boala

Haplotipul ab poate fi rezultatul recombinarii sau mutatiei


(recombinarea actioneaza mai rapid)

A b

A B
a B

A b a b

a B
Dezechilibrul de inlantuire
Frecventa teoretica cu care se gasesc anumite
haplotipuri intr-o populatie se calculeaza prin
produsul frecventelor individuale ale genelor
alele ce il alcatuiesc.
Daca se compara frecv. teoretica cu cea reala (din
acea populatie) se pot gasi 2 situatii:
3. frecv. reala nu difera semnificativ de cea
teoretica (genele haplotipului sunt in echilibru de
inlantuire)
4. frecv. reala > frecv. teoretica ( asociere alelica
preferentiala, dezechilibru de inlantuire)
Echilibru de linkage
In conditii de echilibru (recombinari multiple), in
haplotipuri alelele apar independent una de alta.

Examplu: Daca alela A are o frecventa de 0,3 si


alele b o frecventa de 0,4
→ frecventa haplotipului Ab:
0,3 * 0,4 = 0,12.

.
Cum aflam daca 2 gene sunt situate
pe acelasi cromozom?

Cromozomi diferiti θ = 0.5

Acelasi cromozom θ ≤ 0.5

Cu cat θ este < 0,5 cu atat distanta dintre cele 2


gene este mai mica.
Harti ale genomului

Genetic maps (hartile genetice) masoara


in centimorgani distanta dintre 2 markeri situati pe
acelasi cromozom.
Physical maps (hartile fizice) masoara in
perechi de baze distanta fizica dintre cei 2 markeri
(secventierea intregului genom: ~3,3 miliarde pb).
Analiza asocierii si dezechilibrul inlantuirii

• Atunci cand intr-o familie o alela marker segrega cu un


FENOTIP ANORMAL (boala) inseamna ca exista inlantuire
(linkage) intre markerul respectiv si locusul genei bolii.

• Ex. In acest arbore genealogic alela A segrega cu boala


Daca in imagine se adauga cromozomii (barele verticale) avand
gena bolii, se observa inlantuirea (lincajul) fizica intre locusul
marker si cel al bolii; respectiv alela A a markerului segrega cu
boala in aceasta familie autozomal dominanta, deoarece este
suficient de apropiat de locusul alelei ce provoaca boala, a.i. nu
a mai avut loc nici o recombinare (c-o)
Lincaj si recombinare

• Daca consideram 2 loci (nu obligatoriu unul al alelei bolii


si celalalt marker) ei sunt:
 Lincati / inlantuiti daca proportia de gameti recombinanti

este <½
 Nelincati / neinlantuit atunci cand fiecare tip de gamet se
formeaza cu aceeasi probabilitate (frecvente egale de
aparitie in gameti a combinatiilor posibile in caz de
dihibridare respectiv: AB, ab, Ab, aB)
Lincaj si recombinare
Lincaj si recombinare

• Inlantuirea este o proprietate a doi loci.


• Inlantuirea nu variaza intre populatii
• Inlantuirea nu depinde de frecventele
alelice, dar capacitatea de a detecta prezenta
inlantuirii depinde de acestea.
• Inlantuirea necesita observarea transmiterii
gametilor de la parinti la descendenti
Asocierea alelica
Asocierea alelica

• Asocierea se refera la populatia formata din gameti si prin


urmare nu necesita observarea transmiterii de la generatia
parentala la cea filiala.
• Doua alele sunt asociate, daca evenimentul ca un gamet sa
poarte alela A nu este independent de evenimentul ca acel
gamet sa contina alela B.
• Adica, cu alte cuvinte, A si B se vor intalni in acelasi
gamet ori mai frecvent ori mai putin frecvent decat este
asteptat pe baza de sansa.
• Asocierea alelica este utilizata in genetica populatiei.
Asocierea alelica

• In ex. anterior, in prima populatie de gameti genele A si B


apar exclusiv impreuna, adica sunt total, complet
asociate.
• In a doua populatie de gameti nu apare o asociere, caci
alelele se cupleaza intre ele la intamplare: A si B se
amesteca cu a si b.
• Este important de retinut ca spre deosebire de inlantuire,
asocierea este populational-specifica. Ea depinde de
frecventele alelice si de dinamica din interiorul populatiei
studiate, adica este diferita de la o populatie la alta.
Lincaj fara asociere: un anumit marker
alelic va segrega cu boala, dar alela
specifica poate sa apara in diferite – alte -
combinatii in alte familiile analizate
In acest caz o alela marker este cuplata cu alela bolii la
un fondator si este transmisa in familie pe cz. ‘bolii’;
dar deoarece nu exista nici o asociere, cuplarea alelei
respective cu cea a bolii este intamplatoare.
Poate varia de la o familie la alta, care alela marker segrega cu
boala; in exemplele urmatoare alela A apoi a segrega cu fenotipul
bolii
DEZECHILIBRUL LINCAJULUI
Dar oare ce se intampla atunci cand exista si
inlantuire pe langa asociere alelica!?
DEZECHILIBRUL LINCAJULUI

• Alela A segrega cu fenotipul bolii in ambele pedigree-


uri, adica o alela particulara este cuplata cu alela bolii la
fondatori si transmisa ca urmare a inlantuirii.

• Datorita asocierii alelice din cadrul populatiei exista


tendinta ca aceeasi alela marker sa fie cuplata cu alela
bolii in ambele familii studiate.

• Deci dezechilibrul lincajului apare atunci cand alelele


sunt mai frecvent impreuna decat s-ar datora
sansei/intamplarii, ele fiind fizic apropiate pe catena
ADN-ului. Multipli arbori genealogici demonstreaza
excesul transmiterii aceleasi alele la indivizii afectati.
CAUZELE ASOCIERII ALELICE

 MUTATIA
MIGRATIA
EFECTUL DE
FONDATOR
DRIFTUL
GENETIC
SELECTIA
MUTATIA
Cel mai cunoscut este modelul noii (de novo) mutatii:

- O alela noua, aparuta pe


un singur cz. ancestral
poate conduce la asocieri
intre ea si alele de pe
diversi loci din genom

- initial exista un marker polimorf


(alelele A si a) si alela normala,
salbatica (N); apoi apare noua
mutatie pe un singur cz. si creeaza
asocierea intre alelele A si D (alela
mutanta ce provoaca boala)
Boli cauzate de mutatii produse intr-o singura
gena
• 1. Mucoviscidoza (fibroza chistica) este o b. autozomal recesiva
cauzata de mutatii la nivelul genei CFTR*. 7q31 Simptomul major
este mucusul cu vascozitate crescuta din plamani, ce conduce la
infectii.

• 2. Anemia falciforma este o b. autoz. rec. cauzata de o mutatie


punctiforma in gena ß-globinei. Hematiile in forma de secera
impiedica microcirculatia normala si priveaza organele de O2.

• 3. Coreea Huntington o b. autoz.dom. cauzata de mutatii ale genei de


la 4p16.3. Simptomele incep la varsta adulta si constau din tulburari
psihice si neurologice, cu miscari necontrolate si dementa progresiva.

*CFTR= cystic fibrosis transmembrane conduction regulator gene


MIGRATIA (INTRARI SI IESIRI)

• Asocierile apar cand se amesteca doua sau mai multe


populatii.
• Frecventele alelice vor fi diferite in populatiile care se
amesteca.
Frecv. alelica/genica = frecv. cu care o alela este prezenta
pe un locus genic dat intr-o populatie
• Pt. a gasi gene ale unor boli, studiind populatiile noi, ce apar
in urma acestor migrari, este foarte util cand populatiile
initiale aveau boli a caror prevalenta era diferita

Prevalenta = nr. de bolnavi dintr-o populatie intr-un


anumit moment temporal
Efectul de fondator
Initial exista o populatie
‘ancestrala’, cu multi
indivizi, unde nu exista
asociere intre alela
marker si cea a bolii.
Apoi un grup de indivizi
se desprinde, acestia
avand rolul de fondatori:
ei poarta numai o parte
din totalul de cromozomi
ai populatiei ”mama”
(genofondul initial). Pe
baza de sansa, pot sa
apara asocieri!
Ex. pt efectul fondatorului

In Vechiul Ordin AMISH din Pennsylvania* apare frecvent displazia


condroectodermala, a carei simptomatologie include si polidactilia.

Fie mutarea unei parti a


populatiei in alta zona, fie
reducerea indivizilor ca
urmare a schimbarilor de
mediu, determina o
frecventa disproportionata a
genelor fondatorilor in noua
populatie.
* Bolile transmise genetic sunt mai frecvente in populatiile inchise, casatoriile consanguine
previn variatia genetica, fiind pastrate caracterele populatiei initiale. Bolile recesive sunt mai
frecvente decat in alte populatii.
DRIFTUL GENETIC
Se refera la schimbarile de la parinti la descendenti a frecventelor
genice; aceste schimbari apar in populatiile mici prin imperecherea
intamplatoare a gametilor, ceea ce conduce la asocieri alelice pe
baza de sansa.

O frecventa alelica poate creste sau


diminua pe baza de sansa; nu fiecare
individ va avea urmasi si nici nr.
acestora nu este acelasi la diferiti
genitori, apoi doar ½ din gene sunt
transmise.
Efectul, numit drift genetic
intamplator, este f. intens:
1.In populatiile mici (100 de indivizi
reproducatori sau mai putini)
2. Cand gena este neutra (nici
avantajoasa, nici dezavantajoasa)
DRIFTUL GENETIC

• Eventual intreaga populatie poate deveni homozigota pt. o


alela sau - la fel de probabil – alela poate sa dispara!
• Inainte ca aceste lucruri sa se intample, alela reprezinta un
polimorfism (poli = multe; morph = forma), adica un
fragment de ADN, care are mai mult de o forma
(alele), fiecare dintre acestea aparand cu o
frecventa de cel putin 1%
• Polimorfismele contribuie la variabilitate: polimofismele unei
gene pot avea/ nu functii diferite
• Polimorfismele pot fi avantajoase, neutre sau dezavantajoase
Un ex. de drift genetic sunt gheparzii, care au cel mai redus
nivel de variatie printre mamifere: daca de obicei indivizii
inruditi au aprox 80% din gene in comun, la gheparzi se
ridica la aprox. 99%! Consanguinizarea a dus la o rata
scazuta a supravietuirii, la o calitate redusa a spermiilor si
o mai mare susceptibilitate la imbolnaviri. Acestea fiind
urmari ale lipsei diversitatii genetice.
SELECTIA NATURALA
SELECTIA NATURALA
• Se refera la modul in care speciile se adapteaza la mediu
• Conduce la schimbari evolutive, atunci cand indivizi cu
anumite caractere au o rata mai inalta de supravietuire sau
reproducere decat alti indivizi din cadrul aceleasi
populatii; astfel primii vor transmite carqcterele genetice
ereditare descendentilor
• Apare atunci cand combinatiile alelice ofera avantaj (sau
dezavantaj) selectiv, conducand la asocieri intre alele.
• Realizeaza o diferenta semnificativa dpdv al supravietuirii
si reproducerii intre diferitele genotipuri sau chiar intre
diferitele gene
We can quantify the rate of decay in large, random mating populations as being related to the amount of
recombination between two loci.
The greater the recombination fraction (θ), the faster the decay of allelic association.
D represents the disequilibrium coefficient.
When D is 0, there is no disequilibrium and the alleles are independent. As D increases, the amount of
disequilibrium also increases.
When θ = 0, there is no decay of allelic association.
When θ = .5, meaning no linkage, the disequilibrium coefficient (D) is halved in each generation, and so
decays quite rapidly.

Allelic association will only persist if the loci are close together.
Stabilirea relatiei de linkage
• Este dificila prin studii traditionale bazate pe
analiza pedigree-ului
– nr. mic de descendenti

Daca 2 gene sunt linkate una dintre ele poate fi folosita


ca marker : studiul co-transmiterii markerului si afectiunii
in familiile cu indivizi afectati/neafectati

•Studiile populationale pot fi utilizate pt. stabilirea


linkage-ului folosind rezultatele recombinarilor.
Marker genetic
• Segment de ADN cu o localizare cromozomiala
cunoscuta si a carui transmitere poate fi urmarita

• 2 segmente cromozomiale aflate in vecinatate se


transmit impreuna: markerul poate fi utilizat pt. depistarea unei
mutatii genice

• Markeri molecular utilizati in genetica umana:


– Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs).
– Minisatellites :VNTR markers
– Microsatellite: CA/GT repeatitii
– SNPs: Single nucleotide polymorphism (polimorfisme
mononucleotidice)
Who cares?
•Dezechilibru de linkage permite identificarea
unor mutatii genice implicate in etiologia unor
boli genetice.

Ipoteza: Daca un marker genetic este asociat


cu un anumit caracter sau afectiune atunci
varianta genetica cauzala se gaseste in
apropierea sa.
Stabilirea linkage-ului
• Examplu: linkage intre locusul Secretor
(marker) si gena distrofiei miotonice (cz. 19)
• Distrofia miotonica (Dm): afectiune autosomal
dominanta caracterizata prin atrofie musculara
progresiva, chelie frontala (expresivitate
variabila)
Se utilizeaza un In acest pedigree
marker genic pt. a afectiunea se asociaza
stabili transmiterea cu o alela se/Se?
unei afectiuni se
III-1 si III-2
au
genotipuri
informative
Homozigot
Heterozigot (normal) pt.
(bolnav) pt. alela recesiva
alela a markerului
markerului
Se/se Cu cat cele 2 gene
sunt mai apropiate
cu atat valoarea
Heterozigot predictiva este mai
(normal) pt buna
alela
markerului
Dm se Dm se
+ Se + Se
4 cM

Dm se + se
+
X
4 cM
Se Dm Se

In 96% din cazuri indivizii purtatori ai


alelei Se nu vor fi afectati
LOD score! Logarithm of Odds
Formula de calcul:
(Probabilitatea aparitiei unui anumit pedigree daca
markerul si locusul afectiunii sunt linkate cu o fractie

de recombinare de 10% intre ei


LOD (θ=0.1) = log10 ---------------------------------------------
Probabilitatea aparitiei aceluiasi pedigree daca
markerul si locusul genei sunt nelinkate
LOD > 3 (log 1000:1) → exista linkage;
Pt. a obtine acest rezultatat 10 meioze semnificative sunt necesare (o
singura familie)
Ce este dezechilibru de linkage ?
Linkage – se refera la pozitia relativa a unor loci.
Linkage-ul este cosegregarea unei afectiuni sau caracter cu o
anumita regiune genomica in diferite familii
(intr-o anumita familie este implicata orice alela a
markerului)

Asociere – proprietate a alelelor: o anumita alela a genei sau markerului


este gasita in asociere cu afectiunea sau caracterul

Linkage Disequilibrium (DL)– prezenta linkage-ului Si asocierii


Cosegregarea unei anumite alele cu afectiunea intr-un nr.
semnificativ de familii

Deci, DL este tendinta anumitor alele de pe cei 2 loci sa


se gaseasca impreuna mai frecvent decat ar fi de
asteptat
Linkage - versus - Asociere
• Studii pe familii in care • Studii pe indivizi afectati si
afectiunea genetica segrega neafectati neinruditi
• adecvata cand exista un • Porneste de la premisa ca ca
nr.relativ mic de gene ce exista 1 sau un nr.foarte mic
confera o susceptibilitate de variante genetice ce
confera un risc crescut
• Aplicabila cand anumite alele
ale acestor gene ofera o • Aplicabila cand exista un nr.
susceptibilitate crescuta mai mare de gene implicate,
fiecare avand un efect
• Nu este necesara cunoasterea modest asupra fenotipului
defectului genetic ci doar a
tipului de transmitere