Ministerul Educatiei al Republicii Moldova Universitatea Tehnica a Moldovei Facultatea Calculatoare, Informatica si Microelectronica Catedra Microelectronica si Inginerie Biomedicala

Disciplina: Modelarea sistemelor biomedicale

Raport
Tema: Pachete de modelare a sistemelor biomedicale

A efectuat :

studentul grupei ISBM-111 Timotin Pavel

A verificat:

Conf. univ., dr. Pocaznoi Ion

Chisinau 2013
1

Cuprins: Lucrare nr.1 1. Mediul de modelare AnyLogic..3 1.1. Istoria de dezvoltare a pachetului AnyLogic....3 1.2. AnyLogic si Java..4 1.3. AnyLogic ca limbaj de simulare...6 1.4. Librarii AnyLogic.6 1.5. Simularea batailor inimii..7 1.6. Modele de simulare in AnyLogic12 1.6.1. Agent bazat pe model epidemic ..12 1.6.2. Boli cardiovasculare....14 Lucrare nr.2 2. Mediul de modelare BioUML...16 2.1. Introducere...16 2.2. Conceptele principale si posibilitatile BioUML..17 2.2.1. Modelare vizuala.17 2.2.2. Modelare Meta.....17 2.2.3. Diagrama de tip....18 2.2.4. Motor de simulare....19 2.2.5. Baze de date.20 2.2.5.1. Interfata cu utilizatorul...23 2.2.5.2. Baze de date de import...26 2.2.5.3. Cautare text....28 Lucrare nr.3 3. Sisteme de modelare a circulatiei sangvine (Samara-dialog)..29 3.1. Introducere29 3.2. Obiectul supus modelarii..29 3.3. Scopul si destinatia programului..29 3.4. Modelul matematic...30 3.5. Submodele descries..31 3.5.1. Modelul schimbului de oxigen.31 3.5.2. Modelul sistemului circulator.......34 3.5.2.1. Modelul arterelor in circuitul mare35 3.5.2.2. Modelul arterelor in circuitul mic..36 3.5.2.3. Modelul venelor in circuitul mare..38 3.5.2.4. Modelul venelor in circuitul mic....39 3.5.2.5. Modelul capilarelor in circuitul mare.40 3.5.2.6. Modelul capilarelor in circuitul mic...41 3.5.3. Parametrii sistemului circulator si sensul lor42 Concluzie....43

Lucrarea nr. 1 1. Mediul de modelare AnyLogic 1.1. Istoria de dezvoltare a pachetului AnyLogic AnyLogic AnyLogic este o aplicaie de modelare a simulrilor de tip multi -metod dezvoltat de XJ Technologies. La nceputul anilor 90 s-a manifestat un interes semnificativ pentru abordarea matematic n cazul modelrii i simulrii proceselor paralele. Aceast abordare poate fi aplicat la analiza acurateei programelor paralele i distribuite. Grupul de cercetare Distributed Computer Network (DCN) din cadrul Universitii Tehnice din Sankt Petersburg a dezvoltat un astfel de sistem de software n vederea analizei acurateei programelor; noua aplicaie fost denumit COVERS (Concurrent Verification and Simulation). Acest sistem permitea notaia grafic a modelrii structurii i comportamentului sistemului. Aceast aplicaie a fost dezvoltat n cadrul cercetarea pentru Hewlett Packard (?). n 1998, succesul acestei cercetri a inspirat laboratorul DCN s nfiineze o companie avnd ca scop dezvoltarea unui software de simulare de nou generaie. n cursul dezvoltrii s-a pus accent pe metodele folosite: simulare, analiza performanei, comportamentul sistemelor stohastice, optimizare i vizualizare. Noul software lansat n 2000 se baza pe cele mai noi realizri ale tehnologiei informaiei: o abordare orientat spre obiect, elemente din limbajul standard UML, folosirea limbajului Java, un GUI modern, etc.

Fig.1 Trei abordri ale simulrii unei ntreprinderi Aplicaia a fost numit AnyLogic, deoarece era compatibil cu toate cele trei binecunoscute abordri de modelare:

Dinamica sistemelor, Simulare bazat pe evenimente discrete, Modelare bazat pe ageni . Orice combinaie a acestor trei abordri n cadrul unui singur model.. Prima versiune AnyLogic a fost AnyLogic 4, deoarece numerotarea a fost continuat de la COVERS 3.0.
3

Apariia AnyLogic 5 n 2003 a reprezentat un mare pas nainte. Se axa pe simularea ntreprinderilor din urmtoarele domenii: Marketing i concuren, Sntate public , Industrie, Reele de aprovizionare , Logistic, Piaa de retail, Procese de producie, Dinamic social i de ecosistem, Aprare, Managementul proiectelor i al achiziiilor, Infrastructr IT, [14] Dinamica fluxului de persoane i simularea traficului , Industria aeronautic. Industria fotovoltaic Cea mai recent versiune, AnyLogic 6, a fost lansat n 2007. Platforma pentru mediul de dezvoltare al modelelor AnyLogic 6 este Eclipse. AnyLogic 6 este un software de simulare de tipmultiplatform deoarece ruleaz pe Windows, Mac OS and Linux.

1.2. AnyLogic i Java AnyLogic cuprinde un limbaj de modelare grafic i de asemenea permite utilizatorului extinderea modelelor de simulare folosind cod Java. Caraterul Java al aplicaiei AnyLogic avantajeaz att specificarea extensiilor modelelor prin codare Java, ct i crearea de applet-uri Java, care pot fi deschise n orice browser obinuit. Aceste applet-uri faciliteaz mprtirea i plasarea modelelor AnyLogic pe pagini web. Versiunea Professional permite pe lng applet-uri Java i crearea de aplicaii Java de sine stttoare, care pot fi distribuite utilizatorilor. Aceste aplicaii Java pot constitui baza pentru aplicaii de suport al deciziilor.

Fig.2 Modelarea simulrilor de tip multi - metod

4

n ce msur corespund abordrile de simulare nivelului de abstractizare Modelele AnyLogic pot fi bazate pe oricare din principalele paradigme de modelare a simulrii: cu evenimente discrete sau orientat pe proces (DE), bazat pe dinamica sistemelor (SD) i bazat pe ageni (AB). Simularea bazat pe dinamic de sistem i cea cu evenimente discrete sunt abordri tradiionale de simulare, cea bazat pe ageni este nou. Practic, abordarea bazat pe dinamica de sistem este orientat n special spre procese continue, n timp ce modelele sistemelor cu evenimente discrete (prin care se neleg toi descendenii GPSS, cunoscut i sub denumirea de abordare orientat pe procesul de simulare) i bazate pe ageni, opereaz ndeosebi n timp discret, ca de ex. sar de la un eveniment la cellalt. Simularea bazat pe dinamica sistemelor i cea cu evenimente discrete au fost predate n cadrul universitilor unor grupuri foarte diferite de studeni, i anume ingineri de management i economie, industrial i de cercetare operaional. Astfel, s-au conturat dou comuniti distincte de specialiti care nu comunic niciodat ntre ele. Modelarea bazat pe ageni era pn de curnd considerat un subiect pur academic. Cu toate acestea, cererea tot mai mare pentru optimizarea global a ntreprinderilor a determinat modelatori importani s se orienteze spre abordri combinate, pentru o mai bun nelegere a proceselor interdependente complexe, care pot avea caracteristici foarte diferite. n ce msur corespund abordrile de modelare nivelului de abstractizare. Modelarea bazat pe dinamica sistemelor, ocupndu-se cu agregate, se folosete n mod evident la cel mai nalt nivel de abstractizare. Modelarea cu evenimente discrete se folosete la nivel sczut pn la mediu de abstractizare. n ceea ce privete modelarea bazat pe ageni, aceast tehnologie este folosit la toate nivelurile de abstractizare, iar agentul poate modela obiecte de naturi i mrimi diverse : la nivel fizic agenii pot fi de ex. trectori, autovehicule sau roboi, la nivel mediu clieni, la cel mai nalt nivel companii concurente. AnyLogic permite modelatorului s combine aceste abordri de simulare n cadrul aceluiai model. Nu exist o ierarhie prestabilit. Astfel, de exemplu, se poate crea modelul unei industrii de transport de marfa, unde transportatorii sunt modelati ca ageni, care acioneaz i reacionez independent. n acelai timp funcionarea intern a transportului i infrastructura retelelor lor poate fi modelat cu o simulare folosind evenimente discrete. Asemntor, se pot modela consumatorii ca ageni, al cror comportament agregat alimenteaz un model de dinamic de sistem, captnd fluxuri precum ncasri sau cheltuieli, care nu trebuie legate individual de ageni. Abordarea limbajului combinat este aplicabil direct n cazul unei arii largi de probleme complexe de modelare, care pot fi modelate cu una din oricare dintre abordri, dei cu compromisuri.

1.3. AnyLogic ca limbaj de simulare

Fig.3 Constructii de simulare bazate pe limbajul de modelare AnyLogic Limbajul de simulare AnyLogic este alctuit din urmtoarele elemente: Diagramele de stoc i de flux sunt folosite pentru modelarea dinamicii sistemelor. Diagramele de stare sunt folosite mai ales la modelarea bazat pe ageni pentru a defini comportamentul agenilor. Se folosesc de asemenea la modelarea cu evenimente discrete, de ex. pentru a simula avaria mainilor. Diagramele de activitate se folosesc pentru definirea algoritmilor. Pot fi folosite la modelarea cu evenimente discrete, de ex. pentru direcionarea apelurilor, sau n modelarea bazat pe agent, de ex. pentru logica de decizie a agenilor. Diagramele de flux de proces sunt construcia de baz folosit pentru definirea proceselor n cazul modelrii cu evenimente discrete. Privind aceast diagram de flux putem observa de ce abordarea cu evenimente discrete este adesea numit orientat pe proces. Limbajul include de asemenea: construcii de modelare de nivel sczut (variabile, ecuaii, parametri, evenimente, etc.), figuri pentru animaie (linii, elipse, etc.) modaliti de analiz (seturi de date, histograme, diagrame), aplicaii de conectivitate, imagini standard i structuri de experiment.

1.4. Librrii AnyLogic AnyLogic cuprinde urmtoarele librrii standard:

Enterprise Library a fost proiectat pentru a sprijini simularea DE n domenii precum industrie, reele de aprovizionare, logistic i sntate public. Folosind obiectele Enterprise Library se pot modela sisteme reale sub form de entiti (tranzacii, clieni, produse, componente, vehicule, etc.), procese (secvene de operaiuni care n mod caracteristic implic iruri de ateptare, ntrzieri, utizare de resurse) i resurse. Procesele sunt specificate sub form de diagrame de flux. Pedestrian Library este dedicat simulrii fluxului de trectori ntr-un mediu fizic. Permite crearea unor modele de cldiri intens circulate (precum staii de metrou, puncte de control etc.) sau strzi (numr mare de trectori). Modelele permit colectarea de statistici despre densitatea trectorilor n diferite zone. Acest lucru asigur o perfoman satisfctoare a punctelor de lucru cu ncrctur ipotetic, estimeaz durata de staionare n anumite zone i detecteaz eventuale probleme legate de geometria intern - cum ar fi efectele adugrii prea multor obstacole i alte aplicaii. n modelele create cu Pedestrian Library, trectorii se mic n spaiu continuu, reacionnd att la diferite tipuri de obstacole (perei, zone diferite) ct i la ali trectori. Trectorii sunt simulai sub forma unor ageni care interacioneaz, caracterizai prin comportament complex, ns AnyLogic Pedestrian Library ofer o interfa de nivel mai ridicat pentru crearea rapid a modelelor de trectori sub form de diagrame de flux. Rail Yard Library permite modelarea, simularea i vizualizarea operaiunilor unei ci ferate de orice complexitate i dimensiune. Acest model de cale ferat poate fi combinat cu modele cu evenimente discrete sau bazate pe agent n funcie de: ncrcare i descrcare, alocarea resurselor, mentenan, procese de producie i alte activiti de transport.

1.5. Simularea batailor inimii: Este nevoie de simulat bataile inimii dupa formula dx/dt=(x-x3-b)/p si db/dt=x-x0 unde x raza inimii, b variabila de timp, p parametru 1. Se deschide mediul de simulare AnyLogic si se formeaza un nou model

2. a. b. c. d.

e.

Interfata de lucru se imparte in mai multe zone Zona ierarhica unde se prezinta ierarhia modelului nostrum Zona grafica unde se construieste modelul Paleta zona unde sunt atasate toate utilitele necesare Zona de modificare a proprietatilor unde putem introduce denumiri a variabilelor sau alte utilite introduce formule de lucru sa oforma o legatura intre grafice si aceste variabile etc. Zona de indicare a erorilor.

3. Din paleta in subdiviziunea dinamica sistemului tragem pe zona de lucru entitatea in care vom introduce variabila x In zona parametrilor denumim entitatea ca x introducem valoarea initiala x0 si introducemformula de lucru (x-x3-b)/p
8

4. In caz de necesitate putem introduce un comentariu, pentru asta intram in paleta in subdiviziunea prezentare si alegem text. Daca dorim parametrii textului pot fi modificati in zona parametrilor Introducem variabila b careia ii atribuim valoarea initiala 0 si formula de lucru x x0 si dupa aceia unim intre sine entitatile cu sageti Introducem si valoarea initiala x0 careia ii atribuim valoarea normala 0.5 si parametrul p cu valoarea normala 0.01

5. Pentru o vizualizare mai avansata introducem grafice pentru aceasta intram in paleta in subdiviziunea statistica si alegem grafice de timp Le tragem pe zona de lucru dupa care in zona parametrilor introducem valoarea pe care o va prezenta
9

6. Pentru a vedea o evolutie in timp a sistemului putem introduce o imagine in zona de lucru in zona parametrilor reprezentind dimensiunea figurii ca o functie de x

7. Pentru a vedea mai multe variatii posibile putem modifica parametrii in timpul simularii de aceea alegem un slider careia ii atribuim parametrul p si intervalul lui de variatie 0.01 la 0.5

10

8. Pentru a porni simularea apasam pe tasta Pornire si apare interfata de simulare pe care apasam iarasi pornire

11

9. Acum putem vizualiza simularea batailor inimii si in caz ca dorim putem mari si micsora viteza sistemului:

10. In caz ca nu sau introdus grafice putem vizualiza evolutia variabilelor in timp facind clic pe entitati

1.6. Modele de simulare in AnyLogic Pentru a crete eficiena instituiilor medicale putem utiliza tehnici de rezolvare a problemelor. De exemplu , cum trebuie s fie plasate camerele ntr -un spital , pentru a minimiza timpul de deplasare ntre ele. Sau pentru a analiza eficiena resurselor- cheie : medici si asistente medicale. Luind n considerare procesul de efectuare a procedurilor n vederea identificrii blocajelor , de a optimiza echipamentele de ncrcare . Pentru a face fa acestor provocri necesit o analiz detaliat i experimente care spitalele descrcate nu i pot permite . Modelarea, simularea ofer o gam larg de opiuni pentru rezolvarea unor astfel de probleme
12

n domeniul medical i farmaceutic fr a fi nevoie de experimente costisitoare i obositoare n viaa real . Folosind simularea, poate fi rapid i uor de redat o varietate de situaii pe un ecran de computer . Cel mai i mportant, n timpul experimentului de simulare niciunul dintr pacieni sufer . 1.6.1 Agent bazat pe model epidemic Acesta este un model bazat pe un agent de rspndire de boli contagioase . * Avem n vedere o populaie de 10000 de oameni . Ei triesc n zona de 10 pe10 km i sunt uniform rspnditi n jurul zonei respective . * O persoan tie toat lumea care triete in raza de 1 km de el . * Iniial 10 persoane aleatorii sunt bolnave i infecioase , i toat lumea este sensibil ( nu sunt imuni ) . * Dac o persoan infecioas intra in contact cu o persoana susceptibila , acesta din urm devine infectata cu probabilitatea de 0,1 . * Dup ce a fost infectata , o persoana nu devine imediat infectioasa. Exist o perioada de latenta , care dureaza 3-6 zile. Oamenii din perioada de latenta sunt numiti expusi . *Durata bolii dup perioada de latenta ( adic durata fazei infecioase ) este distribuit uniform ntre 7 i 15 zile. * n faza infecioas o persoan n medie contacteaza cu 5 persoane pe zi . * n cazul n care persoana i revine , el devine imun la boala , dar nu pentru totdeauna . Imunitatea dureaz 2-3 luni. Rezultatul modelului este numrul de persoane infecioase a lungul timpului. Structura terminologica i de ansamblu a acestei probleme este luata de la modelele compartimentale n epidemiologie , i anume de la SEIR - Susceptible Exposed Infectious Recovered. Problema SEIR este iniial rezolvat cu ajutorul ecuaiilor difereniale ; abordarea este aceeai ca i n dinamica sistemului. Cu toate acestea , sunt adugate detalii care nu sunt bine captate de modelul compartimental: spaiu i comunicarea depinde de spaiu i durata de faza, distribuite uniform . Motivul din spatele utilizarea agentului. Abordarea pe baza este naturaleea ei : s nu tim cum s obin ecuaii globale pentru o anumit boal , dar tim cursul a bolii i poate modela cu uurin la nivel individual . Putem varia parametrii modelului in timpul rularii i se poate urmri dinamica bolii. Parametrii cei putem varia: 1. Durata latentei minima si maxima 2. Numarul de persoate infectate initial minim si maxim
13

3. Numarul de personae imune minim si maxim 4. Probabilitatea de infectare la contact 5. Numarul de contacte pe zi

Si ca rezultat putem analiza dinamica raspindirii bolii infectioase:

Ca rezultat efectuind analiza a situatiei epidimiologice a 10000 de persoane intr-o localitate putem observa ca numarul de infectati este intr-o permanenta fluctuatie ca rezultat al pierderii imunitatii persoanei. 1.6.2. Boli cardiovasculare Acest model se concentreaza asupra bolilor cardiovasculare i relaiile sale de sperana de via. Costa dintr-un grup de 1000 de pacienti, este simulat pentru o 100 de ani. Toti pacientii ncep de la varsta de 0 ani. n fiecare an, fiecare pacient poate muri, avea un IM, un accident vascular cerebral, sau nu au nici un eveniment. Probabilitatea de a muri depinde IM a individului de existent unui accident vascular cerebral. Probabilitile de IM i accident vascular depend de individ, care este distribuit aleatoriu in grup. Fiecare eveniment (deces, IM, accident vascular cerebral), are un cost eveniment asociat. n plus, IM si accidentul vascular cerebral, de asemenea, costul de fundal se adaug n fiecare an dupa ce un pacient are evenimentul corespunztor. Statisticile speranei de via, IM i
14

distribuiile de vrst, accidentele vasculare cerebrale si costul total acumulat este afiat n timp ce modelul este n funciune.

Dupa cum se observa putem analiza si istoria evolutiei bolilor cardiovasculare la fiecare pacient in parte Ca parametru nu putem modifica nimic in acest sistem insa putem analiza rezultatele speranta de viata, primul infarct miocardic, primul accident vascular cerebral, evolutia bolilor in societate. Concluzie: Mediul de simulare Any Logic ne permite sa simulam diferite procese atit biologice cit si din alte domenii tinind cont de procesele ce au loc in modelul dat, interdependenta intre aceste procese si principalul este descrierea matematica a lor Lucrarea nr. 2 2. Mediul de modelare BioUML 2.1. Introducere BioUML este o platforma software open-source pentru analiza datelor tiinifice despre om, cercetare i ale biologiei computationale avansate dezvoltate de oamenii de stiinta de la Institutul de Sisteme de Biologie din Novosibirsk, Rusia. Platforma este disponibila gratuit on-line i utilizate n laboratoare de cercetare mai ales n instituiile academice - pentru descoperirea originilor si Prevenirea Bolilor. Exist o versiune comerciala disponibila de la firma german bioinformatica geneXplain, care are unele caracteristici adugate. Din punct de vedere al utilizatorului BioUML este un banc de lucru al utilizatorului mediu , care se ntinde intr-o gama complet de capabiliti , inclusiv acces la baze de date cu date experimentale , instrumente pentru descrierea f ormal a structurii i funcionrii sistemelor biologice , precum i instrumente pentru vizualizarea lor, este integrat simulare , parametrii de montaj i analize ( Figura 1.1 ) .
15

Fig. 4 BioUML banc de lucru - modelul ciclului celular vizualizare i simulare 2.2. Conceptele principale i posibilitile BioUML 2.2.1 Modelare visuala Reconstrucie a sistemelor biologice complexe, de la o cantitate foarte mare de date experimentale necesit un limbaj formal care poate fi uor neleas att de ctre om i calculator . Este cunoscut faptul ca reprezentare grafic a sistemului complex este cel mai potrivit mod de nelegere a structurii de catre om . Aceast abordare este utilizat pe scar larg n inginerie i informatic . Cteva exemple sunt : MATLAB / Simulink ( http://www.mathworks.com ) AnyLogic ( http://www.xjtek.com ) - muli - metoda de software-ul de simulare UML ( http://www.omg.org/uml/ ) - cel mai cunoscut limba grafic pentru informatic . O alt trstur distinctiv a BioUML este integrarea strns cu baze de date de pe cai biologice , motoare de interogare, ce permite utilizatorului de a gsi interaciunea componentelor sistemului i de a arata rezultatele ca un grafic editabil .

16

Fig. 5 Flux de date n BioUML 2.2.2. Modelare Meta Nucleul de BioUML este un meta - model. Acesta ofer un strat abstract ( grafic compartimental de atribuite ) pentru descrierea formal complet de gama larga de sisteme complexe biologice i alte . Coninutul de baze de date pe cai biologice , SBML ( Hucka M. i colab . , 2003 ) i CellML ( Lloyd CM et al., 2004) modele , precum si cai biologice n format BioPAX pot fi exprimat n termeni de modelul meta i utilizate de BioUML . Aceast descriere formal poate fi folosit atat pentru reprezentare vizual i de editare a structurii sistemului biologic cit i pentru generarea de cod automatizat pentru a simula un comportament model. Meta - model de domeniu neutru ce mparte descrierea sistemului n trei niveluri interconectate: 1 . Structura grafic - structura de sistem este descris ca grafic compartimentat ; 2 . nivelul bazei de date - fiecare element grafic poate conine trimitere la un obiect baz de date ; 3 . Modelul matematic - orice element grafic poate fi element de model matematic .

17

Fig. 6 Sistem de dou reacii chimice consecutive ( a) , descrierea oficial a acestuia , folosind trei niveluri de modelul meta ( b ) , i care corespunde modelului matematic ( c ) , care pot fi generate automat pentru simulari de sistem . 2.2.3 Diagrama de tip Tipul de diagram definete : tipuri de componente biologice i interaciunile lor, care pot fi afiate pe diagrama ; vedere diagrama constructor - se genereaz o vizualizare ( imagine ) pentru fiecare element grafic, lund n considerare particularitile domeniului problemei . controler semantic - asigur integritatea semantic a diagramei n timpul editrii sale . Diagrama de tip poate fi definit ( creat) pe dou ci : 1 . programatic - ca de clasa Java punerea n aplicare interfa special . Exista 5 tipuri predefinite de diagrame care permite pentru a descrie sistemele biologice complexe la nivel celular cu un nivel diferit de detalii i formalitate ; 2 . declarativ - ca document XML . BioUML ofer Graphic Notation Editor care permite utilizatorului avansat de a crea i edita tipuri de diagrame

18

Fig. 7 Exemplu de diagram generate de BioUML banc de lucru , utiliznd notaia grafic KEGG . 2.2.4 Motor de simulare BioUML ofer dou motoare de simulare alternative : 1 ) motor de simulare Java - pe care le genereaz n mod automat i compileaz codul Java pe baza modelului vizual ( diagrama ) de un sistem biologic . Pentru simulare am adoptat bibliotec odeToJava, care ofer metode de soluii numerice ambele sisteme rigide i non- rigide de ode . Pentru rezolvarea ecuaiilor algebrice este folosit Newton Solver . 2 ) motor de simulare MATLAB - genereaza automat cod pentru MATLAB i invoc MATLABengine pentru a simula un comportament model de folosind JMatlink bibliotec Principalele componente ale motorului de simulare sunt : generator de cod , procesor formule , ecuatii algebrice Solver i rezultatele scriitor . BioUML ofer procesor puternic formul care analizeaz textul i expresii MathML , rezultatul
19

este prezentat ca arbore de sintax i utilizate de formatare pentru a genera corespunztoar codul Java pentru Matlab ( Figura 1.5 ) .

Fig. 8 Analiz i conversii de expresii matematice de motor de simulare . 2.2.5 Baza de date Modelarea sistemelor biologice necesit o integrare strns cu datele experimentale . Caracteristica distinctiv a BioUML este integrarea strns cu bazele de date biologice . n acest scop, vom introduce conceptul de tip de baz de date . Tipul de date definete: tipuri de date ( gena , proteine , ARN , substan , reacie , etc ), care sunt stocate n baza de date ; cartografiere a coninutului bazei de date n elemente diagrama i tipuri de diagrame care pot fi folosite cu baza de date ; Tipuri de diagrame care pot fi utilizate pentru a prezenta coninutul bazei de date ca un set de diagrame . motor interogare pentru a gsi interaciunea componentelor sistemului . Rezultatele cutrii pot fi afiate ca grafic i editat de ctre utilizator . 1.6 motorului de cutare BioUML ofer 3 tipuri de motoare de cutare pentru lucrul cu baze de date : cutare de date ( filtru ) - acest motor de cutare hri coninutul bazei de date n obiecte Java i filtreaz aceste obiecte Java conform condiie de filtrare pentru fiecare proprietate , de exemplu name = " TP53 ".
20

 Cutare text integral - motorul de cutare folosete Lucene total a motorului de cutare de text . n acest scop, coninutul bazei de date este , de asemenea, mapate n obiecte Java i apoi aceste obiecte Java sunt indexate de Lucene . Datorit utilizrii index acest motor de cutare este mult mai rapid dect de cutare de date , folosind filtre . cutare grafic - acest motor de cutare gsete interaciunea componentelor i afieaz rezultatul ca un grafic editabil .

Fig. 9 Dialog de cutare de date pentru KEGG / compus , panoul din stnga rezultate cautare , panoul de top dreapta - condiii de filtrare , panoul din dreapta jos - descriere detaliat a substanei selectate n tabel. de actualizare specificat . Modelarea sistemelor biologice necesit o integrare strns cu datele experimentale . Caracteristica distinctiv a BioUML este integrarea strns cu bazele de date biologice . Baza de date poate fi instalata local sau pot fi accesate prin internet de pe server BioUML . Serverul BioUML suporta acces securizat la bazele de date . Administratorul serverului poate configura setrile de securitate pentru accesul la fiecare baz de date instalata pe server . Informaii n cazul n care baza de date este instalat ( local sau pe partea de server ), precum i cu privire la disponibilitatea sa este afiat folosind pictograme diferite ( Figura 9) .
21

Fig. 9 culoare albastru - baz de date instalata local , accesibil pentru citire i scriere ; galben - baz de date la distan, publice , de accesibilitate pentru citire i scriere este specificat de cercetare i scrisorile W ; culoare roie - protejat la distan de baze de date , utilizatorul trebuie s se logheze pentru a avea acces la baza de date , accesibilitatea pentru citire i scriere este specificata de cercetare i scrisorile W ; Culoarea verde - baz de date protejat la distan , utilizatorul conectat cu succes, accesibilitate pentru citire i scriere este specificat de cercetare i scrisorile W;
22

de baze de date la distan public , necesit log - in pentru scris la distan protejate citit doar de baze de date , necesit conectai pentru a citi baza de date protejate de la distan , necesit conectai pentru citirea i scrierea Figura 3.1 . Pictograme pentru baze de date locale i de la distan . 2.2.5.1 Interfaa cu utilizatorul Interfaa cu utilizatorul de acces la bazele de date este format din : panou de depozit care arat coninutul bazei de date ( Figura 3.1 , de sus ) ; inspector de proprietate care afieaz informaii despre nodul selectat n panoul de depozit. Inspector file are 2 proprietati: vedere - afieaz informaii despre nodul selectat n panoul de depozit ca HTML de text o editare - permite unui utilizator pentru a edita informaiile despre nodul selectat motoare de cutare - 3 tipuri de motoare de cutare pot fi utilizate de lucru cu baze de date : cutare de date de stare de filtrare , cutare n text complet i de cutare grafic pentru dialog baza de date de ncrcare - ajuta un utilizator pentru a configura conexiunea de BioUML banc de lucru cu serverul BioUML pentru acces la baze de date de la distan . Dialoguri de baze de date de sarcin ( Figura 3.1 ) ajut un utilizator pentru a configura conexiunea de la BioUML cu serverul BioUML pentru acces la baze de date de la distan . Expertul de configurare , baze de date de ncrcare ofer aceeai interfa de utilizator . Din punct de vedere a utilizatorului baza de date de la distan instalata pe partea de server arata similar cu bazele de date instalate la nivel local , astfel nct am putea numi acest proces n calitate de instalare sau de ncrcare a bazelor de date de la distan . Pentru a instala baze de date la distan folosind dialog de baze de date de ncrcare 1 . Selectai din meniul de date > Load element de date . Dialog de baze de date de sarcin va fi deschis ( Figura 3.2 ) . 2 . Specifica URL-ul Server pentru conexiunea cu serverul BioUML sau putei utiliza serverul implicit BioUML . 3 . Introducei numele de utilizator i parola pentru autorizare de server ( folositi valori goale pentru conectare oaspete) 4 . Facei clic pe butonul Find baze de date . Toate bazele de date instalate pe serverul BioUML specificat vor fi afiate n mas bazele de date disponibile . Coloanele tabelului sunt :
23

Numele bazei de date de server - numele bazei de date de pe server BioUML Numele bazei de date client - numele bazei de date modul n care va fi afiat n copac depozit . De nume baz de date implicit pe partea de client este la fel ca pe partea de server , cu toate acestea un utilizator se poate schimba . De exemplu, utilizatorul poate aduga versiunea de baz de date sau server denume ca sufixul . Disponibilitate - descrie disponibilitatea bazei de date : o publice - baze de date este la dispoziia publicului pentru citire i scriere ; o publice , doar pentru citire - baza de date este la dispoziia publicului pentru a citi doar , o citire public , protejat la scriere - baza de date este la dispoziia publicului pentru citire , de scriere utilizatorul trebuie s acceseze n doar , o protejat utilizatorul trebuie s conectai pentru a citi / scrie informaii din baza de date , o protejat , doar pentru citire - utilizatorul trebuie s autentifici pentru a avea acces la baza de date , doar pentru citire Tipul de acces - fie " link " ( baze de date vor fi legate i accesate de la distan ), sau "copie" ( baze de date vor fi copiate de pe server i accesate la nivel local ) 5 . Pentru a obine informaii cu privire la o baz de date : o selectai baza de date n tabel fcnd clic pe corespunztoare brut ; o pres Ia baza de date butonul Info , o informare cu privire la baza de date va fi afiat n panoul de mesaje ( Figura 3.3 ) . 6 . Selectai n Instalai bazele de date coloan pentru a fi instalate fcnd clic pe caseta de selectare corespunztoare . 7 . Apsai butonul Install . Informaii despre procesul de instalare va fi afiat n panoul de mesaje . 8 . Apsai butonul nchidere pentru a nchide caseta de dialog dup instalarea cu succes a bazelor de date de la distan . Note : 1 . Baza de date poate fi instalat doar o dat . Dac vei alege aceeai baz de date care urmeaz s fie instalat din nou, va fi omis i mesaj corespunztor va fi afiat n panoul de mesaje , de exemplu : AVERTIZA : Baza de date cu acelai nume exist deja ( " Chebi " ) 2 . Unele baze de date (baze de date complexe ) include informaii de la alte baze de date . n timpul instalrii BioUML banc de lucru verific automat astfel de dependene i sugereaz pentru a instala baze de date necesare ( Figura 3.4 ) . Apsai butonul OK pentru a instala baze de date necesare prea . 3 . Unele baze de date poate solicita de plug -in-uri suplimentare, care nu sunt incluse n mod implicit mprire a BioUML banc de lucru .

24

Versiunea public a BioUML banc de lucru nu include plug - in-uri pentru urmtoarele baze de date : TransPath ; GeneNet .

Fig. 10 Dialog de baze de date de sarcin . INFO : Baza de date : Biopath Versiune: 0.8.5 Upadate : 05.02.2009 Disponibilitate : citire publica , scriere protejata Descriere : Descrierea testului pentru baze de date Biopath Statistici : date : celul : 84 compartiment : 220 conceptului : 2388
25

gene : 442 literatur : 1533 proteine : 3561 reacie : 4838 raport : 25008 ARN : 38 substan : 4894 Diagrame : 555 dicionare : informaii de baze de date : 30 de tip legtur : 2 specii : 9 uniti : 2 Simulare : 2 Figura 3.3 . Exemplu de informaii despre baza de date , care este prezentat n panoul de mesaje .

Fig. 11 Dialog care arat dependen de baze de date instalate de la alii . 2.2.5.2 Baza de date de import Extensii BioUML ofera import de baze de date din surse externe , cum ar fi BioPAX , fiiere OBO sau DASserver extern .

Fig. 12 Importa meniu baz de date extern . Tipurile acceptate de surse : Import DAS ( furnizate de DAS plugin ) 3.3.1 Import DAS
26

Aciune import DAS permite crearea de noi baze de date n baza de date DAS server extern . NOT : nainte de DAS importatoare verificai setrile de server proxy n dialog Preferine BioUML n dialog Import DAS introducei numele de server DAS i baze de date de pres Gaseste ... buton . Lista disponibile sorces DAS vor fi afiate n tabelul de mai jos ( Figura 3.8 )

Fig. 13 Import de dialog DAS . Putei selecta surse DAS pe care dorii s instalai prin verificarea casetele de selectare din coloana Install . Opional, putei specifica nume arbitrar de noi baze de date n baza de date coloan nume Client . Putei citi descrierea suplimentar de baze de date prin apsarea butonului informaii de baze de date Ia n timp ce este selectat surs . n cele din urm apsai butonul Install pentru a instala surse selectate ca bazele de date BioUML . Baze de date noi vor fi create i este disponibil de la copac depozit ( Figura 3.9 )

27

Fig. 14 Baza de date DAS deposit arbore . 2.2.5.3 Cutare Text Cutare text ofer elemente de baz de date de cutare de domenii de elemente indexate . n cele mai multe cazuri element poate fi gsit de nume , titlu , descriere i n alte domenii specifice . Panou de cutare n partea de jos a arborelui de baze de date este cel mai simplu mod de a utiliza funcia de cutare . Selectai baza de date sau subcoleciei n copac baze de date , introducei ir de cutare n cmpul de text panoul de cutare i facei clic pe butonul de cutare pe panoul de cutare ( Figura 3.5 ) .

Fig. 15 Folosind panoul de cutare . Concluzie: BioUML ne permite sa simulam diferite procese biologice tinind cont de parametrii reali ai procesului, aceasta realizinduse prin conexiunea la baza de date sau prin realizarea unei baze de date proprii.

28

Lucrare nr.3 3. Sisteme de modelare a circulatiei sangvine (Samara-dialog) 3.1. Introducere: n biologie i medicin exista o tendin pronunat spre utilizarea metodelor matematice precise i tehnici de calcul pentru studiul proceselor care au loc n corpul uman i , n special , unul dintre sistemele fiziologic e majore -sistemul circulator . n acest sens , de interes special este simularea numerica a proceselor de reglementare i control n sistemul circulator , crearea de probleme matematice i software bazate pe rezolvarea i sprijinul circulator artificial. Scopul su principal este de a gsi abordri n construirea sistemelor reale i elementele de comand de sprijin pentru sistemul circulator artificial 3.2. Obiectul supus modelarii: Obiectul model este simplificat ca sisteme de rezervoare circulare: ventriculului stang al inimii ( HL ) , vas arterial din circulaia sistemic ( AL ), rezervor capilar venos a cercuitului mare ( VL ), ventriculul drept al inimii ( HR ), rezervor arterial pulmonar ( AR ), rezervor capilar-venos a circuitului mic ( VR ). Sistem de valva aortica, tricupsidian, mitral si artera pulmonara a oferi un flux unidirecional de curent de snge prin vasele circuitului .

3.3. Scopul si destinatia programului: Implementarea software a modelului matematic este destul de simplu de neles. Prezena de descriere a parametrilor modelului, metodologia de modelare a diferitelor patologii v permite s utilizai implementarea software a modelului n scopuri de instruire i demonstraii. n acelai scop, este utilizarea de grafic pe calculator la afiarea procesului de modelare i identificare. Prezentarea obiectului simulat ca un sistem de control permite setarea i realizarea cu ajutorul unor modele matematice de diferite sarcini cu caracter de cercetare. n primul rnd, aceasta este problema clasica a sistemelor dinamice controlate: controlabilitate, observabilitate, identificabil. Pe baza unui model matematic poate fi construit sisteme de control reale i elemente de sprijin pentru sistemul circulator artificial. Formularea i soluionarea problemei de identificare ne permite s definim un set de parametri ai modelului a sistemului circulator de msurtori ale diferitelor curbe fiziologice ale corpului uman real. Implementarea software a modelului ne permite s monitorizam devierea paramet rilor identificati la valorile lor normale. Acest lucru permite utilizarea modelului i a procesului de implementare software pentru probleme de diagnostic.
29

Dezvoltarea de o varietate de senzori non-invazivi, cu o interfa Bluetooth wireless permite un model matematic al sistemului circulator pentru identificarea parametrilor care reflect starea atletului n timpul procesului de formare. Dezvoltarea rapid de mijloace non-invazive de msurare a parametrilor de activitate cardiovasculare, prin reele locale wireless bazate pe Bluetooth, Wi-Fi i dispozitive de comunicaii mobile poate fi folosit un model matematic al sistemului circulator ca nucleu al elementului "inteligente" pentru dezvoltarea de dispozitive de management al sistemelor care sunt dezvoltate n cadrul programului "casa inteligent ". Aceste sunt stimulatoare cardiace intelectuale, pompe de insulina i alte dispozitive similare cu feedback.

3.4. Modelul matematic: Un model al sistemului circulator , baza pentru dezvoltarea a ceea ce este clasa de modele propuse de profesorul V. Solodyannikovym. Caracteristica principal a acestei clase este c aceste modele permit studiu ( modelul ) de oscilaie ( n special periodice) procese a obiectului simulat . Modelul este de auto reglare , care reflect proprietile homeostatice principale a sistemului circulator. Un model matematic al sistemului circulator , o caracteristic de care este pe ciclul cardiac non - medie i posibilitatea de simulare n timp real a proceselor oscilatorii neliniare .

Schema modelului:

Fig. 1 Reprezentarea schematica a modelului Unde: AV- supapa aortica

30

MV-supapa mitrala PV-supapa arterei pulmonare TV-supapa tricupsida

Rezervoare HL , AL , VL sunt n circulaia sistemic , i HR , AR , VR - in circulatia mica . Parametrii numerici ce descriu rezervoarele nu sunt constante, dar sunt schimbate sub influena semnalelor de control , care sunt la rndul lor formate din funciile de msurare ale vectorului de stare a sistemului . Astfel , se reueste de obtinut un obiect pe baza de bucle de feedback . Conturul controlat de ejacularea spontana a continutul cavitatilor, pune n aplicare principiul reglementrii a debitului cardiac , n conformitate cu cunoscuta lege Frank - Starling . Conturul controlului neuro-umoral implementeaz interdependena multipla de stri ale sistemului circulator , mediat de subsisteme nervoase si hormonale ale organismului . Controlul n bucl sunt magnitudinea factorului neuro - umoral , care este o expresie numeric din totalul de control a aciunilor mecanismelor neuronale si hormonale .

3.5. Submodele descrise: 3.5.1. Modelul schimbului de oxigen Modelul este schimbul de oxigen n organism, nu este menit s descrie detaliat acest proces biochimic complex , limitnduse la maximile valorilor numerice integrate . La baza modelului schimbului de oxigen este conceptul de insuficienta de oxigen . Cu o cantitate relativa a gradului datoriilor de oxigen DO2 poate fi descris ca o msur a concentraiei de acid lactic i alte produse oxidate ale metabolismului n esuturile corpului . Putem apela chiar i la aceast cantitate factorul oboseal . Parametrii de intrare ai modelului sunt valorii schimbul de oxigen de SpO2 saturaie de snge arterial , care caracterizeaz eficiena plmnilor , ma gnitudinea a concentraiei de hemoglobin din snge i cantitatea de RO2 consumului de oxigen din tesuturi ale corpului ( factorul de sarcin ) . Valoarea AO2 concentraia de oxigen din saturaia arteriala de oxigen din sngele arterial este proporional cu concentraia de hemoglobin i (1)
31

n cazul n care coeficientul de proporionalitate CH are in vedere capacitatea hemoglobinei de a ingloba oxigen. Valoarea gO2 de livrare a oxigenului n esuturi este proporionala cu fluxul sanguin prin esut i diferena n concentraiile de oxigen al sngelui arterial i venos (diferena de oxigen arterial - venos ) (2) unde fluxul de sange prin tesuturi Q = Fij , i = AL, j = VL;
VO2 - concentraia de oxigen din sngele venos .

(3) Rata de schimbare a datoriei de oxigen este proporional cu diferena dintre consumul si de livrare de oxigen : (4) unde A1 , A2 - parametrii numerici, determinati n mod empiric , DO2 - datoria de oxigen , care caracterizeaz nevoia nesatisfacuta acumulata de oxigen . Modelarea se va efectua pentru o persoana cu urmatorii parametri:

Fig. 16 Parametrii individului supus modelarii In urma modelarii parametrilor schimbului de oxigen ca insuficienta de oxigen si cerinta de oxigen am primit urmatoarele grafice:

Fig. 17 Simularea parametrilor schimbului de oxigen (insuficienta de oxigen in ml si consumul de oxigen in ml/s )
32

Trebuie de avut in vedere ca parametrii dati pot fi modificati:

Fig. 18 Modificarea parametrului de necesitate de oxygen Dupa modificarea acestui parametru am obtinut deja noi grafice:

Fig. 19 Evolutia parametrilor dupa modificare Parametrii metabolismului de oxigen si sensul lor:
He SpO2 CH RO2 AO2 VO2 AO2-VO2 DO2 Continutul de hemoglobina in singe Saturatia singelui arterial Capacitatea de oxigen a hemoglobinei Intensitatea metabolismului oxigenului in tesuturile organismului Cantitatea de oxigen in single arterial Cantitatea de oxigen in single venos Diferenta de oxigen intre single arterial si venos Insuficienta de oxigen

33

gO2 A1 A2

Transportul de oxigen in tesuturile organismului Intensitatea totala a schimbului de substante Statutul functional al organismului

3.5.2. Modelul sistemului circulator: Obiectul model este simplificat ca sisteme de rezervoare circulare: ventriculului stang al inimii ( HL ) , vas arterial din circulaia sistemic ( AL ), rezervor capilar venos a cercuitului mare ( VL ), ventriculul drept al inimii ( HR ), rezervor arterial pulmonar ( AR ), rezervor capilar-venos a circuitului mic ( VR ). Sistem de valva aortica, tricupsidian, mitral si artera pulmonara a oferi un flux unidirecional de curent de snge prin vasele circuitului . Presiunea sangvina Pi n seciunea i descrie urmtoarea relaie Vi volumul de sange in acest domeniu vascular : (5) n formula precedenta, cea mai mare parte modulul Gi descrie proprietile de rigiditatea a peretelui vascular , i - volumul neincordat a peretelui vascular . Valorile flexibilitatii in volum i volumul netensionat caracterizeaz tonusul vaselor nii liniar dependente de parametrii sistemului dinamic starea vectorul x i vectorului A : (6) Rata de variaie a volumului de snge Vi i - zona m apatului vascular este determinat de diferena dintre fluxul de snge de intrare i de ieire , adic , nu exist o ecuaie diferenial : (7) unde Fki -valoarea debitului de intrare , Fij -valoareadebitului de ieire , k -indicele de rezervoar " in amonte " , j - index al rezervorului " in aval " Cantitatea de fluxul de sange in zona dintre Fij pe sectorul intre i si j este determinatde presiunea diferenial ntre aceste bazine: (8) Valorile de conductivitate Yij ale poriunilor corespunztoare ale patului vascular sunt descrise n dependena neliniara generala privind starea vectorul x i vectorului A a parametrilor de forma :
(9) 34

3.5.2.1. Modelul arterelor in circuitul mare: Sistemul concretizat in relaiile ( 5 ) - ( 9 ), se poate implementa si la arterele din circulatia mare ( rezervor AL ) . Tensiunea arteriala PAL este descris de dependena de volumul de singe VAL in acest sector : (10) n formula 10 flexibilitatea de volum GAL descrie proprietile de rigiditate ale arterelor , AL - volumul netensionat a sectorului vascular. Valorile flexibilitatioi de volum i volumul neincordat caracterizeaz tonusul vaselor de sange . n modelul nostru , aceste valori sunt liniar dependente de factorul neuro - umoral :

(11) (12)

Ecuaia ( 11 ) exprim faptul c o cretere a elasticitii a peretelui arterial prin creterea efectelor neuro - umorale , formula ( 12 ) exprim faptul c are loc ngustarea arterelor prin creterea influenelor neuro - umorale . Viteza de schimbare a volumului de snge n artere VAL e determinat de diferena de fluxul de sange de intrare i de ieire , de exemplu , exist o ecuaie diferenial : (13) unde FHLAL - cantitatea de flux de sange prin valva aortica , FALVL = Q - cantitatea de fluxul de snge prin capilarele din circuitul mare . Valorile fluxului sanguin i FALVL FHLAL sunt definite prin formulele ( 8) Marimea conductivitatii YHLAL a sectorului valvei aortice este un parametru al modelului , i anume , una din componentele parametrului vectorului A.

35

Fig. 20 Analiza parametrilor arteriali in circuitul mare (fluxul de singe prin supapa aortei si presiunea in ventricolul sting)

3.5.2.2. Modelul arterelor in circuitul mic: Sistemul concretizat in relaiile ( 5 ) - ( 9 ), se implementeaza si la arterele din circulatia pulmonara ( rezervor AR ) . Tensiunea arteriala PAR este descris de urmtorul - dependente de volumul de snge VAR pe acest sector : (14) n formula ( 10) flexibilitatea de volum GAR descrie proprietile de rigiditate ale arterelor , AR - volumul neincordat a sectorului vascular . Valorile flexibilitatii de volum i volumul neincordat caracterizeaz tonusul vaselor de sange . n modelul nostru , aceste valori sunt liniar dependent de factorul neuro - umoral :
(15) (16)

Ecuaia ( 15 ) exprim faptul c are loc cresterea elasticitatii peretelui arterial cu creterea efectelor neuro-umorale , formula ( 16 ) exprim faptul c are loc ngustarea arterelor prin creterea efectelor neuro-umorale . Viteza de schimbare a volumului de snge n artere VAR e determinat de diferena de intrare i de ieire a fluxului de sange , de exemplu , exist o ecuaie diferenial :
36

(17)

unde FHRAR - cantitatea de fluxul de sange prin valva pulmonara , FARVR - cantitatea de fluxul de snge prin capilarele din plamani . Valorile fluxului sanguin i FARVR, FHRAR sunt definite prin formulele ( 8 ) . Marimea conductivitatii YHRAR a sectorului valvei pulmonare este parametru al modelului , i anume , una din componentele parametrului vectorului A.

Fig. 21 Analiza parametrilor arteriali in circuitul mic (fluxul de singe in artera pulmonara si presiunea in artera pulmonara) 3.5.2.3. Modelul venelor in circuitul mare: Sistemul concretizat in relaiile ( 5) - ( 9), poate fi implementat si la venele de la circulaia sistemic ( rezervor VL ) . Sub presiunea venoasa PVL se refer la presiunea de intrare n atriul drept , care n modelul nostru face parte din circuitul mare venos rezervorul VL . Aceast presiune este suma dintre componenta vasculare , definit prin ( 5 ) , iar componenta PVL0 , definite deactivitatea atrial : (18) n formula ( 18 ) descrie flexibilitatea in volum GVL descrie proprietile de rigiditate ale peretilor venosi , VL - volumul neincordat a sectorului a patului vascular . Valorile flexibilitatii de volum i volumul neincordat caracterizeaz tonusul a venelor . n modelul nostru , valoare GVL este linear dependent de factorul neuro - umoral , iar valoarea VL e un parametru
(19) 37

Ecuaia ( 19 ) exprim faptul c are loc creterea elasticitii peretelui venos cu o cretere a influenelor neuro - umorale . Pentru volumul de snge VVL n modelul nostru este scris ecuaia algebric a balanei de volume :
(20)

unde W -volumul total al sngelui n sistemul circulator , iar sumele rmase sunt determinate de ecuaii difereniale ( 7 ) .

(21)

Conductivitatea zonei considerate a apatului vascular n modelul nostru este exprimat prinecuaia :
(22)

Membrul A6PVL n ecuaia ( 22 ) exprim dependena de conductivitate a tensiunii arteriale venoase care : cretere de presiune provoac expansiunea lumenului venelor , crescnd astfel conductivitatea . Membrul A7RO2 exprim un fapt cunoscut venos funcia de pompare muschilor scheletici in lucru . Muschii in lucru sunt un factor suplimentar de accelerare a fluxului de sange venos .

Fig. 22 Analiza parametrilor venosi a circuitului mare (Presiunea minimala si maximala in circuitul sistemic venos ) 3.5.2.4. Modelul venelor in circuitul mic Sistemul concretizat de relaiile ( 5 ) - ( 9 ), se poate implementa si la venele din circulatia pulmonara ( rezervor VR ) . Sub presiunea venoasa PVR se refer la presiunea de intrare n atriul stng , care in modelul nostru face parte din rezervorul venos al circuitului mic VR.
38

Aceast presiune este suma dintre componenta vasculare , definit prin ( 5 ) , precum i componentele PVR0 , determinat de activitatea atriului :
(23)

n formula ( 23 ), flexibilitatea de volum GVR descrie proprietile de rigiditate ale peretilor venosi , VR - volumul neincordat a sectorului a patului vascular . Valorile flexibilitatii de volum i volumul neincordat caracterizeaz tonusul venelor . n modelul nostru ,valoarea GVR este liniar dependenta de factorul neuro - umoral, iar valoarea parametrului VR este
(24)

Ecuaia ( 24 ) exprim faptul c are loc o cretere a elasticitii peretelui venos cu o cretere a influenelor neuro - umorale . Pentru VVR volumul de snge nregistrat n modelul ecuaiei difereniale stocate ( variant a formulei ( 7 ) )
(25)

Debitul din atriul stng n ventriculul stng prin valva mitral :

(26)

Conductivitatea zonei considerata a apatului vascular n modelul nostru este exprimat prin ecuaia :
(27)

Membru A16PVR n ecuaia ( 27 ) exprim dependena de conductivitate a tensiunii arteriale venoase care : la creterea presiunii provoac expansiunea lumenului venelor , crescnd astfel conductivitatea . n ecuaia ( 27 ) nu exist nici un termen analog cu " muchi " A7RO2 membru n ecuaia ( 22) pentru conductivitate a venelor din circuitul mare .

39

Fig. 23 Analiza parametrilor venosi ai circuitului mic (presiunea in venele pulmonare si presiunea medie in venele ciruitului mic) 3.5.2.5. Modelul capilarelor in circuitul mare: n modelul capilarelor in circuitul mare nu sunt alocate la un rezervor separat . Volumul de snge n capilare este inclus in rezervorul venos VL. Capilarul de snge are un debit Q = FALVL conform ( 8) este descris de o dependen liniar de diferena dintre presiunea n artere i PAL presiunea PVL n ven de :
(28)

Conductivitatea zonei considerate exprimat prin ecuaia :

(29)

apatului vascular n modelul nostru este

Membrul A4DO2 n ecuaia ( 29 ) exprim mathematic ipoteza unei dependene pozitive de conductivitate a capilarelor a nivelului de nevoia nesatisfcut de oxigen Membrul A3 exprim fenomenul de vasoconstricie , cu o cretere a efectelor simpatice , ceea ce duce la creterea rezistenei periferice .

Fig. 24 Parametrul capilarilor circuitului mare ( Rezistenta capilarelor in circuitul sistemic periferic )
40

3.5.2.6. Modelul capilarelor in circuitul mic: n modelul nostru de capilare pulmonare nu sunt alocate la un rezervor separat . Volumul de snge n capilare este inclus in rezervorul venos VR . Capilarele de snge cu debitul q = FARVR conform ( 8 ) este descris de o dependen liniar de diferena dintre presiunea n artere PAR si presiune PVR n vene de :
(30)

Conductivitatea zonei considerate a apatului vascular n modelul nostru este exprimat prin ecuaia :
(31)

Membru al A14DO2 n ecuaia ( 31 ) exprim mathematic ipoteza unei dependene pozitive de conductivitate la nivelul pulmonar a capilarelor de nevoia nesatisfcut de oxigen . Membrul A13 exprim vasoconstricia pulmonara fenomen prin creterea efectelor simpatice , ceea ce duce la o cretere a rezistenei vasculare periferice . Fapt cunoscut vasele mici ale plamanilor n funcie de influenele simpatic - adrenalina i-a exprimat o valoare semnificativ mai mic fa de aceeai parametru A13 la A3 capilarelor in circuitul mare n ( 29 ) .

Fig. 25 Analiza parametrilor capilarelor in circuitul mic 3.5.3. Parametri sistemului circulator si sensul lor:
Artere: PAL PAR VAL VAR GAL0 A9 AL0 Presiunea in artere in circuitul mare Presiunea in artere in circuitul mic Volumul de singe in arterele circuitului mare Volumul de singe in arterele circuitului mic Flexibilitatea de baza a arterelor circuitului mare Tonusul arterelor circuitului mare Volumul neincordat al arterelor circuitului mare

41

A8 YHLAL GAR0 A19 AR0 A18 YHRAR Vene: PVL PVR VVL VVR YVLHR0 GVL0 VL A11 GVR0 A12 VR YVRHL0

Sensibilitatea simpatica a arterelor circuitului mare Conductivitatea arterelor circuitului mare Flexibilitatea de baza a arterelor circuitului mic Tonusul arterelor circuitului mic Volumul neincordat al arterelor circuitului mic Sensibilitatea simpatica a arterelor circuitului mic Conductivitatea arterelor circuitului mic

Presiunea in venele circuitului mare Presiunea in venele circuitului mic Volumul de singe in vene a circuitului mare Volumul de singe in vene a circuitului mic Conductivitatea de baza a venelor circuitului mare Flexibilitatea de baza a venelor circuitului mare Volumul neincordat al venelor in circuitul mare Tonusul venelor in circuitul mare Flexibilitatea de baza a venelor circuitului mic Tonusul venelor in circuitul mic Volumul neincordat al venelor in circuitul mic Conductivitatea de baza a venelor circuitului mic

Capilare: Q q YALVL0 A3 A4 YARVR0 A13 Fluxul de singe prin capilarele circuitului mare Fluxul de singe prin capilarele circuitului mic Conductivitatea de baza a capilarelor circuitului mare Sensibilitatea simpatica a capilarelor circuitului mare Sensibilitatea de deficit de oxigen a capilarelor a circuitului mare Conductivitatea de baza a capilarelor circuitului mic Sensibilitatea simpatica a capilarelor circuitului mic

42

Medicina la calculator: ncepnd cu anul 1973 , mpreun cu Institutul de Transplant i organe artificiale AMS (director - academician V. I. Shumakov ) de la Universitatea de Stat din Samara , sub conducerea profesorului I. V. Solodyannikov saa efectuat dezvoltarea de metode matematice i software pentru modelare i identificar e de hemodinamica n condiii artificiale i auxiliare de circulaie . n special , au fost dezvoltate modelele i programele cu parametri de identificare a diferitelor valve cardiace artificiale si au fost testate pe standuri hidrodinamice , un numr de modele i programe de simulare i identificarea parametrilor organismului n considerare , cum ar fi bucle de control neurohumorale si alte metabolismului esutului . Au efectuat numeroase teste medicale i tehnice de programe dezvoltate in moduri , cum ar fi contrapulsaie intraaortica , schimbri de sarcin , insuficien cardiac , hipoxie , etc ( Mai mult de 20 moduri ). Conform msurtorilor din corpul real sunt estimate ( identificate ) parametrii de modelul su matematic . Cu parametrii modelului identificate pot studia comportarea organismului n diferite moduri ( ncrctur fizic , insuficiena cardiac , ateroscleroza , hipoxie , etc) . Modelul este utilizat n bucla de control i suportul circulator artificial , n special pentru counterpulsatie intra- aortica . Set adecvat de programe implementate pentru Windows. Folosind rezultate posibile n procesul de nvare , operatie pe cord , n studiile fiziologi ce , studii de stres pe piloi , astronaui, sportivi , marinari , alpiniti , etc Software dezvoltat i de msurare complex de monitorizare i identificare a parametrilor sistemului circulator al organismului uman presiune invazive n termeni reali de resuscitare sau departament cardiosurgical .

Fig. 26 Msurarea sistem complex bazat pe intrri analogice firmei E140 date " L card ".
43

HUB - multicanal tensiune amplificator S # 1 - S # 16 - senzori de presiune invazive . Figura prezint o diagram de msurare complexa, multi- tensiune i amplificator de presiune invaziva senzori . Ca sursa de semnal analogic poate fi folosit nu numai senzori de presiune arterial invaziv , dar i semnalele analogice de la alte dispozitive medicale .

Fig. 27 Senzor de presiune invaziva . Este indicat de ctre S # 1 - S # 16 . Pentru a se potrivi cu semnalele de ieire ale dispozitivelor de msurare i ADC Tensiune de intrare E140 ar trebui s fie utilizat un dispozitiv special multi- canal ( eventual pn la 16 canale ), amplificator de tensiune cu o gam de tensiuni de ieire pe canale de 10 V.

Fig. 28 Amplificator de tensiune multicanal LA UN16 destinat s armonizeze amplitudine variaz de dispozitiv E140 i senzori .
44

Realizare - Programul tehnic al echipamentului de msurare se bazeaz pe convertor tensiune firma E140 L -Card analog -digital , care este proiectat pentru a masura curent continuu i curent alternativ , precum i pentru intrare , ieire i de prelucrare a informaiilor analogice .

Fig. 29 Aspect modul E 140 Modulul E140 este un software universal modern i un dispozitiv hardware pentru a fi utilizat cu un USB standard i magistral serial proiectat pentru introducerea sistemului de msurare multicanal , producia i procesarea de informaii analogice i digitale , ca parte din calculatoarele personale IBM compatibile . Acest modul poate fi considerat ca dispozitiv suficient de compact i ieftin de colectare de date multi - canal .

Concluzie: In urma efectuarii lucrarii date de laborator am observat ca procesele biologice pot fi simulate si prezise prin intermediul pachetelor de simulare si modelare, acestea avind un mare plus ca nu necesita efectuarea experimentelor pe organisme, celule si sisteme de organe in plus aceste simulari pot fi comprimate in timp returnind un rezultat mult mai rapid ca in situatie reala.

45