Sunteți pe pagina 1din 14

ANALIZA GENOMULUI LA BETA VULGARIS

STUDENT: BROSCARU DANIELA MASTER MGP AN I

ANALIZA GENOMULUI LA BETA VULGARIS

Eucariotele sunt reprezentate de: protiste, fungi, plante si animale. Fiecare specie din cele 4 regnuri prezinta un numar caracteristic de cromozomi. Cromozomii eucariotelor pot fi observati si studiati in special in timpul diviziunii mitotice, in metafaza cand in celulele somatice formeaza perechi identice (cromozomi bicromatidici) si ating gradul maxim de condensare si prezinta morfologia cea mai constanta. Dimensiunile cromozomilor pot varia intre 1-50 microni lungime si 0,1-2 microni latime. Cromozomul uman desfasurat are o lungime de aprozimativ 4cm si contine 3 miliarde de nucleotide. (SASSON, 1988, din Bazele geneticii, Ghiorghita G.)

1. Structura cromozomului metafazic la eucariote Fiecare cromozom metafazic este format din doua subunitati separate intre ele longitudinal, denumite cromatide (brate), care se unesc printr-o structura numita centromer, cu diametru mai mic decat al cromozomului, de aceea se mai numeste si constrictie primara. La capetele cromozomilor se gasesc telomerii, acestia asigurand replicatia si stabilitatea cromozomului, totodata impiedicand cromozomii sa se lipeasca prin capete. Apara capetele cromozomilor de actiunea degradativa a exonucleazelor, asigurand replicarea exacta a portiunilor terminale cromozomiale. (TAMARIN, 1991 din Bazele geneticii, Ghiorghita G.) Unii cromozomi pot prezenta la capetele cromatidelor, constrictii secundare, urmate de o structura heterocromatica numita satelit. Este o formatiune sferica, avand rol de organizator nucleolar. De obicei, numarul de sateliti coincidecu numarul de nucleoli din nucleul celulei. Pe cromatide exista mai multe origini de replicare repliconi, secvente de nucleotide unde incepe replicatia in timpul fazei S a ciclului celular. Centromerul are rolul de a fixa cromozomul pe filamentele fusului nuclear si de a asigura deplasarea acestuia spre cei doi poli in timpul diviziunii celulare. Are un rol deosebit in mentinerea unitatii structurale a cromozomului si are o structura speciala.

Inima centromerului este formata din ADN mare (aprox. 220 pb) si este impartita in 4 regiuni. La suprafata centromerului se afla kinetocorul alcatuit din ADN si proteine. Exista specii (unele plante si nevertebrate) la care centromerii sunt difuzi si ocupa intreaga suprafata a cromozomilor (cromozomi policentrici) Cromatidele sunt unitatile morfo-functionale de recombinare si segregare cromozomiala. Observatiile electronice au evidentiat faptul ca fiecare cromatida este formata din cate 2 filamente fine cu diametrul de aproximativ 30 , cromoneme sau subcromatide. Cromonemele se spiralizeaza si se scurteaza puternic in timpul diviziunii. Pot fi colorate specific, astfel, putandu-se observa pe cromoneme portiuni mai intens colorate, care apar ca niste ingrosari pe cromozom si se numesc cromomere care le dau aspectul unui sirag de margele. Daca se folosesc coloranti bazici, se pot observa pe cromatide, zone care se coloreaza mai intens, numite heterocromatice si zone care se coloreaza mai slab (normal) zone eucromatice. Zonele heterocromatice au o densitate mai mare a cromonemei, deci procesele de condensare si decondensare sunt mai intense aici, decat in restul cromozomului. Aceste zone sunt mai des intalnite in zona centromerului, la capetele cromatidelor in telomere si in zona organizatorilor nucleolari. Heterocromatina poate fi de doua tipuri: constitutiva permanent condensata, prezenta de la nastere pana la sfarsitul vietii, de exemplu, la cromozomul Y de la Drosophila melanogaster. facultativa - un tip de heterocromatina care sufera modificari de-a lungul dezvoltarii individuale, de exemplu, unul din cromozomii X de la femelele vertebratelor, apare in nucleul inetrfazic intens colorat, corpuscul Barr sau cromatina sexuala si care este nefunctional din punct de vedere genetic. 2. Forma, numarul cromozomilor. Tipuri de cromozomi. Pentru identificarea cromozomilor caracteristici unei specii se folosesc diferite metode: bandarea cromozomilor, determinarea dimensiunilor lor in metafaza, determinarea pozitiei centromerului si a raportului dintre marimea bratelor, determinarea cantitatii de ADN din fiecare cromozom. * Bandarea cromozomilor se realizeaza prin diverse metode chimice si de colorare. In acest mod se pot evidentia o serie de benzi care au aceeasi dispozitie la cromozomii omologi si la indivizii aceleiasi specii.

Numarul de cromozomi este caracteristic fiecarei specii, variind la speciile de plante si animale. Numar de Specii de animale Numar de cromozomi (inclusiv omul) cromozomi (2n) (2n) Secale cereale (secara) 14 Drosophila melanogaster 8 (musculita-de-otet) Allium cepa (ceapa) 16 Bufo viridis (broasca raioasa) 22 Beta vulgaris (varza) 18 Rana esculenta (broasa de 26 lac) Zea mays (porumb) 20 Sus scrofa (porc) 38 Citrullus vulgaris 22 Mus musculus (soarece) 40 (pepene verde) Fagus silvatica (fag) 24 Homo sapiens sapiens (om) 46 Vitis vinifera (vita de 38 Ovis aries (oaie) 54 vie) Triticum aestivum 42 Bos taurus (bou) 60 (grau) Solanum tuberosum 48 Canis familiaris (caine) 78 (cartof) Clasificarea cromozomilor se face dupa mai multe criterii. Cel mai des folosit criteriu este pozitia pe care o ocupa centromerul pe cromozom (LEVAN, 1964 din Bazele geneticii, Ghiorghita G.) Din acest punct de vedere exista cromozomi: - metacentrici cu centromerul situat la jumatatea cromozomului, cromatidele fiind egale; - submetacentrici cu centromerul situat submedian, cromatidele fiind inegale; - subtelocentrici cu centromerul situat in pozitie subterminala; - telocentrici sau acrocentrici cu centromerul situat terminal, la unul din capetele cromozomului. Tipuri de cromozomi Forma cromozomilor este caracteristica fiecarei specii. Cel mai usor se pot observa in metafaza cand sunt puternic spiralizati si dispusi in placa ecuatoriala. Cele mai frecvente forme sunt: - de bagheta (bastonas), a literelor V, X, J, O; - cromozomi politenici sau uriasi din glandele salivare ale musculitei de otet; - cromozomul in perie de lampa prezent in ovocitele pestilor , reptilelor, amfibienilor si pasarilor; - cromozomii sub forma de inel apar sub influenta factorilor mutageni sau in stari patologice. Rezulta din fenomene de rupere-unire a unor cromozomi sau a unor fragmente ale acestora Specii de plante

3. Compozitia chimica a cromozomilor Arhitectura cromozomilor eucariotelor este complexa, fiind alcatuiti din punct de vedere chimic din: 13-15% ADN; 12-13% ARN; 68-72% proteine histonice si nonhistonice. Proteinele histonice sunt proteine bazice cu molecule de dimensiuni mici, care au in compozitia lor un continut ridicat de lizina si arginina. Au o serie de functii importante in celula: asigura stabilitatea moleculei de ADN, sunt represori ai genelor. Sunt de doua tipuri: histone nucleosomale H2A, H2B, H3 si H4 si histone internucleosomale H1. Proteinele non-histonice sunt bogate in acizii glutamic si aspartic, de aceea au caracter acid. Se gasesc in cantitati mici in cromozo, o molecula la 3000 de nucleosomi si se sintetizeaza pe tot parcursul ciclului celular. Mediaza cuplarea ADNului cu histonele. ioni de magneziu si calciu; mici cantitati de lipide. 4. Structura moleculara a cromozomilor S-a incercat explicarea structurii moleculare a cromozomilor prin mai multe teorii: teoria multifibrilara (polifibrilara), strutura monofibrilara, structura nucleosomica, ultima fiind cea mai acceptata. Identificarea si studiul morfologiei cromozomilor la Beta vulgaris au constituit o problema deoarece cromozomii sfeclei sunt foarte mici si totodata sunt foarte asemanatori intre ei, cromozomii sunt relative izomorfi. Chiar si la speciile indepartate din punct de vedere fitogenetic, cum sunt Beta bulgaris si Beta trigyna, studiul cariotipului s-a putut realize doar la nivelul meiozei pe baza conjugarii cromozomilor. In momentul de fata studiul cariotipului la sfecla se realizeaza cu ajutorul tehnicilor ingineriei genetice ale ADNr si PCR( Kleine si colab. 1997), prin care nu numai ca se completeaza harta genetic a sfeclei, dar se

executa si transferul de gene de interes economic de la formele ancestral la formele cultivate de sfecla. Cele mai multe studii de natura citogenetica sunt orientate pentru cercetarea sfeclei de zahar si a formelor salbatice si mai putin pe directia sfeclei furajere. La sfecla de zahar lungimea cromozomilor este cuprinsa intre 2 si 3,2 (Stanescu si Rizescu 1976), iar la sfecla furajera valoarea lungimi este mai mare. Literatura de specialitate nu precizeaza existent unor asemenea studii de natura citogenetica la genotipurile de sfecla furajera.

Cariotipul la genotipul diploid monogerm androsteril la sfecla furajera

Cercetari anterioare privind cariotipul la genotipurile diploid monogerme androsterile de sfecla furajera, nu au existat. Ca urmare drept standard pentru cunoasterea cariotipului la sfecla furajera s-a folosit modelul cariotipului formelor ancestral de B procumbens dupa Mesbah (Mesbah si colab 1997). Dupa analiza a 10 cariotipuri s-a alcatuit cariotipul definitiv al liniei diploid monogerme androsterile citoplasmatic ( fig 1D), iar pe baza lui s-a efectuat idiograma (fig 2 E) Din analiza biometrica a cariotipului (tabelul) se constata ca lungimea bratului lung al cromozomilor variaza intre 4,48 pentru perechea 1 de cromozomi si 1.33 pentru perechea IX. Bratul scurt al cromozomilor are valori cuprinse intre 2.29 pentru perechea I si 0.61 pentru perechea III. Lungimea totala a cromozomilor descreste treptat de la perechea I pana la perechea IX. Comparativ cu formele ancestral care au lungimea cromozomilor cuprinsa intre 4.4 pentru perechea I si 2.8 pentru perechea IX ( Mesbah si colab 1997), Formele diplode cultivate de sfecla furajera au lungimea cromozomilor mi mare, ca rezultat al restructurarilor cromozomale. Daca lungimearelativa a cromozomului, la formele ancestral, variza intre 14.14 la perechea I si 9 la perechea IX, la gentipurile diploid monogerme, androsterile valorile sunt superioare la acest parametru. Astfel lungimea relative variaza intre 18.37 la perechea I si 6,59 la perechea IX, iar indicelke centromeric are valori cuprinse intre 45,26 pentru perechea IX si 13 pentru perechea III.

Pe baza raportului dintre bratele cromozomilor care are valori cuprinse intre 1,21 si 6,69, s-au stability 3 tipuri de cromozomi: perechile I,V,VI,si VIII au raportul bratelor cuprins intre 1,95 si 1,7, sunt de tip submetacentric, iar perechile II, III, IV sunt de tip subtelocentric, iar perechea IX este de tip metacentric.Perechea I prezinta sateliti.

Potrivit conceptiei lui Levitzky (1931) si Stebbins (1971) cariotipurile care poseda cromozomi heteromorfi sunt cariotipuri asimetrice si sunt mai speializate decat cele primitive, care prezinta cariotipuri simetrice. Din datele inregistrate rezulta ca acest cariotip este asimetric. Cariotipul formelor cultivate diploid a suferit modificari fata de formele ancestral, datorita restrucurarilor cromozomale survenite in urma interventiei de lunga durata a ameliorarii. Acest aspect rezulta si din diferentele dintre lungimea medie relative a cromozomilor a celor 2 forme de sfecla ancestral si cultivate care la formele ameliorate este mai mare.

Cariotipul genotipului tetraploid de sfecla furajera-Lovrin 533-90

Alopoloploidul Lovrin 533-90 este un tetraploid galben si este rezultatul unui amestec de 10 familii valoroase plurigerme cu o mare capacitate de productie de polen, drept pentru care s-a folosit ca polenizator al diploizilor monogermi androsterili in procesul de obtinere al hibrizilor triploizi monogermi androsterili. Dupa analiza a 10 cariotipuri s-a alcatuit cariotipul definitive al genotipului tertraploid lovrin533-90( fig 2) iar pe baza lui s-a efectuat idiograma ( fig 2A )

Dupa analiza idiometrica a cariotipului ( tabelul 2 ) se constata ca lungimea bratului lung al cromozomilor variaza intre 4,14 pentru perechea I si 1,43 pentru perechea XVIII. Bratul scurt al cromozomilor are valori cuprinse intre 1,53 pentru perechea II si 0.62 pentru erechea I. Lungimea totala a cromozomilor descreste treptat de la perechea I pana la perechea XVIII. Comparativ cu formele diploid care au lungimea relative a cromozomilor de r=4,47%, genotipul tetraploid Lovrin533-90 de sfecla furajera are lungimea relative a cromozomilor mai mare( 5,33%) ca rezultat al restructurarilor cromozomale, el fiind rezultatul hibridarilor libere a 10familii polenizatoare, in scopul obtinerii unor linii genetice cu o vigurozitate deosebita, capcitate de productie polinica ridicata rezistantea la conditii nefavorabile si precocitate mai mare. Lungimea relative este cuprinsa intre 7,21 la perechea I si 3,93 la perechea XVIII. Indicele centromeric prezinta prezinta volaremaxima de 45,35 la perechea cromozomalaXV si minima de 13.02 la perechea I.

Pe baza raportului dintre bratele cromozomilor care are valori cuprinse intre 1.20 si 6.68 s-a stability ca genotipul tetraploid de sfecla furajera Lovrin prezinta 3 tipuri de cromozomi subtelocentric , submetacentric si metacentric. Si acest genotip de tetraploid de sfecla furajera prezinta un cariotip asimetric, fiind rezultatul unui lung process de hibridare libere prin care au avut loc restructurari cromozomale cu importante consecinte asupra calitatii linie ca bun polenizator in primul rand.

Controlul genetic al caracterelor morfologice

In cadrul acestui grup de caractere pentru sfecla si in speta pentru cea furajera sunt in atentia amelioratorilor forma capatanii, culoarea, morfologia frunzelor si capacitatea de lastarire generative. Realizarea si forma capatanii. Privitor la determinismul genetoic a formarii capatanii se cunsoc putine date din literature de specilaitate. Cert este ca in urma unei hibridari indepartate dintre dua genotipuri extreme variabilitate descendentelor este foarte mare in ceea ce priveste forma capatanii (fig ). Acest fenomen denota ca deterinismul ereditar al capatanii este de natura poligenica cu raporturi de interactiune complexe intre gene. Culoarea capatanii este un caracter deosebit de important cu o variabilitate pronuntata si cu un determinism genetic complex. Culorile de baza ale capatanilor sunt: alba, galbena si rosie cu diferite tonalitati si nunte intre ele. Dupa cum apreciaza Kelle si Knapp si aceste insusiri sunt determinate genetic de doi loci simbolizati cu Y si R care afecteaza culoarea hipocotilului( Muresan si Craciun 1972) Diferentele alelice ale celor 2 loci detremina variabilitatea de tonalitate. Culoarea de baza a capatanilor specifica unui numar foarte mare de genotipuri este conferita de urmatoarele formule: yyr=alb,uuRr yyRR= capatana alba , la plantule hipocotil rosu; Yyrr si YYrr=capatana galbna; YyRr, YYRr- capatana rosie. Prin studii s-a stability ca cei doi loci R si Y sunt in linkage si in parial linkage cu locusul C ce confera sfeclei rezistenta la virusul incretirii frunzelor.Theurer(1968) arata ca la nivelul locusului R se afla si alte allele cum este Rt ce determina formarea de benzi de culoare rosie petiolului ca si alea Rp pentru culoarea roz a p[etiolului si a hipocotilului.

In component locusului Y se afla si alela Yr. Acelasi Theurer (1968) arata ca genele Y si Yr sunt hipostatice fata de R si determina o productie ridicata si o extindere a culorii rosii. Gena mutant bl detremina o suberificare a radacinii( Munerati 1930) conferindu-I culoarea neagra. In procesul amelioararii sfeclei furajere dominante sunt genotipurile la care capatana este colorata din 2 motive importante: -s-a contatat ca sfecla colorata prezinta o productie mult superioara fata de genotipurile care au capatan de culoare alba -din considerenta practice, pentru a elimina erorile in analizele genetice din colectie au fost indepartate acele forme de sfecla furajera care aveau culoarea alba a capatanii culoare intalnita si la sf de zahar si aceasta pentru a nu se produce in mod intamplator hibridari intre sfecla furajera alba sic ea de zahar. Morfologia frunzelor. In procesul ameliorarii exista un numar insemnat se caracteristici care se pot evidential deosebirile dintre diferite genotipuri cum sunt: forma, marimea, numarul,culoarea si modul de dispozitie a frunzelor. La genotipurile furajere cultivatenumarul, suprafata foliara sunt mult superioare fata de formele salbatice. SUnt putine date de specialitate in ceea ce priveste studiul genetic al determinismului caracteristiclilor frunzelor Gena recesiva pl imprima o dispozitie semiparalela a nervurilor, iar gena re este represiva si determina formarea frunzelor in ultima parte a ciclului biologic al primului an de vegetatie( Knapp 1958).

Anomalii cromatice foliare.Crearea unor genotipuri de sfecla cu o capacitate de productie ridicata implica si o buna cunoastere a genofondului si care exercita un control al partii vegetative foliare. Aparitia unor jutatii in echipamentul ereditar ce coordoneaza metabolismul fotosintetizator determnihna o diminuare simtitoare a productiei de sfecla furajera si nu numai.Aceste anomalii sunt determinate de prezenta unor allele mutante. Astfel gena Cl determina formarea unor pete galbene-roscate, neregulate ca forma aspect fenotipice ce se asociaza cu o diminuare a ratei de crestere in vivo. Gena Co imprima o intensificare a biosintezei pigmentilor din grupa betalaninelor si betaxantinelor, nervurile devenind rosii sau galbene. Aceasta gena este in linkage( Muresan si Craciun 1972) cu cea care faciliteaza rasucirea frunzelor si care afecteaza in mod direct reducerea ratei de dezvoltare a plantei. Gena Tr prin prezenta ei active pe suprafata foliara se formeaza un numar impresionant de pete mici care la genotipurile cu gena R culoarea poate vira in rosu. Gena letala recesiva w intervine in blocarea biosintezei pigmentului clorofilian.

Genav1 determina formarea de Frunze albinotice cu pete neregulare verzi, parallel cu o diminuare simtitoare a ratei cresterii. Gena Au in functie sde starea in care se afla poate afecta in proportii diferite procesul biosiuntezei clorofiliene. Astfel genotipurile in stare homozigota dau nastere la plante cu Frunze complet albinotice pe cand la cele heterozygote frunzele plantulelor sunt galbene, iar la cele adulte sistemul foliar nu este afectat. Gena lu actioneaza doar in stadiile inaintate ale ciclului biologic al plantei adulte intensificand caile metabolice ale pigmentilor grabind inaintarea celulei vegetale spre senescenta, frunzele devenind galbene. Genele seriei alelice vi,vi1,vi2,vi3 afecteaza biosinteza clorofiliana doar in stadiile juvenile, incetandu-I activitatea total, plantele devenind normale cu Frunze verzi. Morfogeneza lastarilor generative, Sfecla furajera cultivate este o plaanta bienala, pe cand formele ancestral ale sectiunii Beta prezinta forme anuale, bienala si perene.Cum formele actuale ameliorate sunt rezultatul selectiei din cele salbatice, rezulta lesne cum un numar unsemnat de genotipuri pot forma lastari floriferi chir in primul an de gevetati, fenomn determinat genetic de conditiile ecologice ale arealului respective. Exista un numar insemnat de factori pedoclimaterici ce pot influenta formarea lastarilor floriferi: temperature scazuta,umiditatea ridicata,la incepuytlui cicluloui

vegetative, existent unui fotoperiodism optim, perioadele secetoase din primavera, variatiile termiceetc. Gena B in stare homozoigota dominant, detremina la plantele anuale formarea lastarilor floriferi. Alela recesiva b determina inflorirea plantelor biennale, iar gena B este in linkage cu loci Y,R ca de altfel si cu genele Cl,Tr si v1