.1i1.: ';.

'tF4:4

i:i
rr .;

ji.

?li!'.1

' :"'1n:+ tla .-.:'

::i

f,l

{r'-}
llrrl

H
.x FT l:l t l
t l :

ffPL*U

Fl. ,r:lrI X
l':rJ'

'i fr,, X.
,Fi ,(-t

pre ff*
F."
:4

f..

I
f -.'

'
.:

*.,;

lq

Yrt, ' ' '

Ars Docendi
9dlf)4 r &vv

5. Conforma{ia

tridimensionall

a proteinelor

5.1. Legitura PeptidicI prezinti o Leg5tura peptidicd, pland 9i rigidi, cu putine exceplii' carbon s succesivisunt situali pe pdrlile conformatietrans. astfel incat atornii de opusealegrupdriipeptidicecareiiunegte.Con|ormatiacisestecuaproximativ8 de energieeste mai Aceastacliferenld kcal/rnol ntai pulin stabila decat cea trans. circa 107odin de prolind 5i de aceea. micd in legaturilepeptidiceurmatede resturi intr-o astfel de legdturd in resturile de prolina clin proteine sunt irrplicate
r r n e lA t r a t a t i rte din acesto

cis. confortnatie ScheletuluneiproteinepoatefiprivitcaSecvcntalegdturilorpeptidiceplane 3'16)' i n t r ee l e ( F i g u r a g i r i g i d el e g a t e

leterminatdde :ducestructura \. Degi la ora a proteinelor. numai prin excizia unor ru functia lor

"::'(N"'il:::*-":
f f i , 1

pcptidiec F l c " t " 3 . m C L - l - , r * a t i i l e t r a n s9 i c i s a l e l e g i r t u r i i

barte sirnplii. -o proteinirgi clositulterior e unuisingur r p e c t i v ua l cid le protozoare

CaracteruIparlialdedLrblalegattrraalunitaliipeptidicesedatoreaza dte o x i g e n u l9 i c a r b o n u l r i n c a d r u ls i s t e r n u l urie p r e z e n t a delocalizdre i i l e c t r o n i l on atornii implica[i in legatura carbonilic ai atomul de azot irninic. in consecinlir, care participala formarea irnpreuni cu atomii ce carbona ai aminoacizilor peptidica Jr' 1 7 ) ' i l a n( F i g u r : cn a c e l a Sp s.e g A s e s i acesteia

Fieura J. | 7. ('onlormaliaertinsaa unul lcllt pollpcptl!llc

55

-l
5. Conforma{ia tridimensionali a proteinelor

rl *l
h'1

5.1. Legitura peptidicl Legdtura peptidica, pland 9i rigida. cu pufine exceplii, prezintd o trans, astf'elincAt atornii de carbon u succesivisunt situali pe pirfile conforrnatie Conformaliacis este cu aproximativ 8 opuse ale gruparii peptidicecare ii une$te. stabild decAtcea trans. Aceastadiferenfdde energieeste mai kcal/rnol mai pr-rfin circa l0% din rnicd in legdturilepeptidiceurmatede resturide prolinir gi de aceea. resturile de prolina din proteine sunt implicate intr-o astfel de legdturd in c o n f o r r n a l ic ei s . peptidiceplane legdturilor unei proteinepoatefi privit ca secventa Scheletul q i r i g i d el e g a t e J.l6). i n t r ee l e ( F i g u r a

-J
Itata estc

rati de ructura la ora inelor,

"0.'"&N"',,?*.*" u,un,u.,
prin
rle 5,\Y/118 5',

t unor lia lor

pcptidice t r a n sg i c i s a l e l e g i r t u r i i Figura 3.16.Conlbrnratiile

rrnpla. : i n i rg i Iterior ;irrgur I acid zoafe

Caracterul parfial de dubla legaturd al unitatii peptidice se datoreazi dte o x i g e n r "q r li c a r b o n u l r i n c a d r u ls i s t e r n u l urie p r e z e n t a delocalizirie i l e c t r o n i l on , tornii implica{iin legdtura c a r b o n i l i cq i a t o m u l d e a z o t i m i n i c . i n c o n s e c i n l i ra careparlicipi la formarea ce carbono ai atninoacizilor peptidiciimpreundcu atorr-rii J'17). plan (Figur:r in acelagi zrcesteia, se gdsesc

F i g u r a J . 1 7 . C o n l o m r a l i ae x t i n s da u n u i l a n { p o l i p e p t i d i c

55

ce definescconformafia scheletului catenei Ca urmare,mdrimile geometrice legdturile de covalente leagd fomate simple care polipeptidicesunt unghiurile fiecare Co de grupdrile peptidice plane adiacente.Acestea sunt unghiurile de torsiunesau diedralereferitoare la legdturile dintre Co.- N (unghiul q) gi Cc - C fiecdrui rest de aminoacid(Figurr 3.18).in principiu. (unghiul y) corespunzdtoare g i < p y p o t v a l o r i i n t r e - 1 8 0 "9 i + t 8 0 ' , a s t f e li n c A tt o a t ec o n f o r m a l i i l e lua unghiurile posibileale cateneipolipeptidice pot fi descrise de aceste unghiuri conformalionale. Prin conven{ie, conformaliain careq-0' li y:0' esteceain care legdturilepeptidice consecutivesunt coplanare.Varialiile pozitive ale unghiurilor <pgi y corespund r o l a t i e i n j u r t r l a c e l o rd e c e a s o r n i c .

Figura J.18. Unghiurile dc torsiune ale fleclrei catene p o li p e p t i d i c e

Experimentele cu peptidc modcl au d o v e d i tc d r n u l t ec o m b i n a t ia i l eu n g h i L r r i l o pr g i r 1 r n u s u n tp o s i b i l e datorita colizir-rnilo re r i c e st dintrc a t o m i i i m p l i c a f i i n l e g h t u r ap e p t i d i c a ,p e d e o pafte, gi acegtia gi sllnt grupiirile laterale ale de diagrama arninoacizilor,pe de altd parte. lnformatiile de acest tip firrnizate (!-igura Ramachandran J.I 9). Glicin4 singurul aminoacid care nu c o n t i n en i c i u n a t o m d e c a r b o nI a n i v e l r - r cla t e n e i laterzrle, permiteexistenlarnult rnai multor valori posibilepentru unghiurileq ii \y. Diagrarna Ramachandran referitoare la resturile de glicini dintr-o catenir polipeptidicddovedegteacest plus de permisivitate(!'igura3.20).De aceeaacest aminoacid se gdsegte in locurileundecatena polipeptidica face o intoarcere in scurt. i n s c h i m b , p r o l i n a e s t e a m i n o a c i d u lc u c e l e m a i m u l t e c o n s t r a n g e r i confbrmationale, datoritdcatenei salelaterale ciclice.

56

i : -H

'tului catenei : care Ieagd n g h i u r i l ed e p)9i Ca-C in principiu. onformaliile rrma!ionale. ile peptidice r corespund
-90

-140

*1ao

o 0 (r'1")

recarercatene

t ' i g u r a J . 1 9 . D i a g r a n t aR a n t a c h a n d r a c ne a r a t i v a l o r i l e u n g h i u r i l o rq g i y p e n n i s ed i n p L r n c d tc v e d e r es t c r i c p e n t r up o l i - L - a la n i n i .

Figura J.20. DiagrarnaRantachandran pentru r e s t u r i l ed e g l i c i n d d i n t r - u n l a n l p o l i p c p t i d i c .

model au r r i l o rg q i r y e r i c ed i n t r e i,pedeo terale ale :matiilede diagrama care nu ,lul catenei " i l e < p9 i y . -o cateni ceea acest : in scurt. ,nstrdngeri

5.2. Structura sccundard a proteinelor Structura a unei protcinepoatefi definitadrcpt cclnforrnatia secundard locallr a scheletulu cia t e n e p i olipeptidice. ,u p o s t u l a t P a u l i n gg i C o r e y ,d o i c l a s i c ia i c h i r n i e ip r o t e i n e l o r a un principiu structural impoftant, conform ciruia, in proteine trebuie si se forrneze numirul m a x i m p o s i b i l d e l e g d t u r id e h i d r o g e n i n t r e g r u p a r i l cc a r b o n i lg i i m i n o d i n c a d r u l l e g a t u r i l op r eptidice i olipcptidice. d e l a n i v e l u lc a t e n ep M o d e l e l e d e p l i e r e a s c h e l e t u l u ic a t e n e i p o l i p e p t i d i c es u n t : h e l i r u l , structurileB pliate, care sunt structurirepetitivegi buclele(bends,loops sau turns), caresunt structurinereDetitive. Proteinelece pot adopta.in solulie, o serie de confbrmafii au o structurir (.,random dezordonatd coil"). 5.2.1. Helixul Prin rotirea cu acela;i unghi in jurul fiecdrui atorn de carbon o, catena polipeptidica Helixul poatefi caracterizat prin: adoptdo conformaliehelicalir. per tur de spird(n); a) numirul de unitdti de arninoacizi b) pasul spirei (p), care este proieclia unui tur de spird complet pe axa helixului; (d); d:p/n. c) cre$terea helixului pentrufiecarerest de aminoacid 57

De Helixurile pot fi de dreaptasau d e st6nga,deci prezintd chiralitate' in regiunile trebuie sd prezinte unghiuri <p V, care sd se gdseascd asernenea, perrnisive ale diagrameiRamachandran. Structrrracrhe]ixesteunaranjamentrigidalcateneipolipeptidice,careprezintd gi numdrul tnaxim de legituri de hidrogen perrr.risive simultanunghiuri conformalionale de Paulingin 195l. in cazul polipeptidelor A fost descoperiti peptidice. intre unitatile 9i estecaracterizat L. o helixulestede dreapta din seriastericd din o-aminoacizi alcatgite de torsiune de aminocizipertur de spird'p-5,4 A, d:t,5 A 9i unghiurile de n=3,6resturi fonneazd intre oxigenul carbonilic al Q:-51' gi y:-47". Legdturile de hidrogen se la o distan{d n+4,ceeace conduce iminic al aminoacidului n gi hidrogenul arninoacidului legdturii de N"'O de 2,8 A care este aproapede optimul necesarpentru formarea se stabilesc ai hidrogen(2,55-2,17A). intre atomii implicali in legdturapeptidicd explicd stabilitatea interac{ii van cle Waals, pe linga cele cle hidrogen, ceea ce secundard' a acestuitip de struclurd rernarcabild

l
I
---*-r'-

n=4

n-3

^=2

ffi|ixrrldedrcapta5istingasuntdeflnitecuvalorinpoZltlve. negatlve. resPectlv

zru fost Teoretic, se pot fbrma gi a helixuri de stAnga,dar acesteanu d c t e c t a tP e d n i a c u mi n P r o t e i n e . exteriorul Catenele laterale R ale aminoacizilor sunt orientate spre in urma cilindrului delimitat de s helix, pentrua evita impiedicdrilestericerezultate sau cu alte resturi. cateneipolipeptidice cu scheletul interacfiei in apd' Peptidelecu cel pulin l3 resturi de aminoaciziigi asumd spontan' teilnodinarnicaa structurii 0 conformalie.Degi diferenfaintre stabilitatea aceasta numitl,,random coil", estemici, poli-Ldezordonatd, helix gi cea complet nepliatd, alaninaadoptdo conformaliehelicaldin solulii apoase' 58

ralitate. De in regiunile :areprezintd de hidrogen rlipeptidelor caracterizat : de torsiune arbonilic al la o distanfd legdturiide stabilescEi stabilitatea

acestuitip de structurd din regularitatea impoftantdce clecurge O proprietate pliere. Dupd ce s-a format care se aplica gi altoraestecooperativitateain secundare, a resturilorurmetoarede aminoacizise succesivd un singur tur de spir6, addugarea face mult mai rapid. Av6nd in vedererestricliilesterice,unghiul g esteaproximativ corect pentru fiecare rest addugat,iar pentru unghiul y se ajunge la conformalia corectdprin formarealegdturiide hidrogendintre oxigenul carbonilic9i hidrogenul dintr-o grupare imino a unei legdturi peptidice deja fixatd intr-o conformalie helicala. probabil datorite acest tip de structurf,secundara, Clicina dezorganizeazi a lanlului polipeptidicconferitede posibilitdlileconformalionale entropieicrescute s helixul, ale unghiurilor g gi V pentru resturile glicil. Prolina dezorganizeazd. datoritd valorilor restrictive ale unghiurilor g 9i V, care fac ca helixul sd se De regula, resturileprolil se gisesc la sfhrEitulhelixurilor. Toli ceilalli torsioneze. aminoacizi se pot integra in acest element de structurd secundard'put6nd sa-l laterale ce in general, aminoacizii cu cate-ne stabilizezesau sd-l destabilizeze. a helixul, pentru ci favorizeazi prezintd constantedielectricernici, stabilizeazd de hidrogenclintreunitalilepeptidice. forrnerrca legdturilor u helix prezintaun momentde dipol, pentrucd toate lcgaturilede Structura g i s u n tp a r a l e l e c u a x as t r u c t r r r i i . di i r c c l i e in aceeaq h i c l r o g es nu n to r i e n t a t e i e rt u r d e r e s t u rd i e a m i n o a c i zp e s t eu n h e l i x 3 , 6 r : ,a d i c ac o n l i n e3 , 6 Aceasta spira gi l3 atorni, inclusiv atomul de hidrogen implicat in formarea legaturii de p o s i b i l es u n l : 2 , 2 t , 3 r 0 i clicale (Figura 3 . 2 2 )A . l t e s t r u c t u rh $ i 4 , 4 r 0 .I l e l i x u l hidrogen 2.21nunit gi panglica(..ribbon")nu a fost observatin naturdniciodat:i.Ilelixul de estemai sublire;i rnai alungit decatcel a gi a fost observatocazionalin dreapta 31e a catenei proteine.licAnd legitura intre o structuri u lrelix ;i o porliune adiacenta rar in proteine,la capdtulC-terrninal, polipeptidice. Helixul n (4,4y,)a fost observat

ru au fost exteriorul te in urma Ln,in apd, :ructurii a :i, poli-L-

J.2J). cu o helixul (Figura 5i estemai scurtgi mai lat comparativ conlinutul proteinelorin u lrelix variazd de la 0 la 100%. De exemplu, pe cAnd in proporlie de 75-809/o, mioglobina are o astfel de structuri secundard de loc. c h i m o t r i p s i nn au o p r e z i n t d

59

I , ' i g u r a3 . 2 2 . S t r u c t u r au n r r iu - h e l i r d c drcapta

F i g u r a J . 2 3 . R c p r e z e n t a r es ac h e r n a t i c t ai d r t ' e r i t e l otri p r - r rd i e helix

5 . 2 . 2 . S t r u c t u r : rB p l i a t l Acest element de structurdsecundari(numit B pentru ci a fost descoperit dupd c helix) este stabilizatprin legdturide hidrogence se formeazdintre lanluri polipeptidiceinvecinate.$i in acest caz, unghiurile q gi y se gdsescin regiunea

gi este permisivd a diagramei Ramachandran de hidrogen. formarea legdturilor

capacitatea maximd de

complet polipeptidici B pliatn,estenumite catend O catend B 9i esteaproape extins6.Ca urmare,distanlaaxialaintre aminoaciziivecini estecle3,5 A, in contrast a helix. c u 1 , 5A p e n t r u sau intre in conforrnaliaB legaturilede hidrogense pot forma intracatenar adiacente. Structura polipeptidice catene B pliatapoateexistain douavariante: a) antiparaleld,in care lan!urile polipeptidice invecinate au polaritate de hidrogenformatesuntparalele; opusa.iar legdturile in aceeagi direclie,iar punlile de sunt orientate in carecatenele b) paraleld, suntconcurente. hidrogenconstituite Catenelelateraleale aminoacizilorsunt orientatede o parle qi de alta a lantului polipeptidic.Structurap pliatirse prezinti ca o foaie de hArtieimpdturitain 3.2.1). evantai(Figura la tipul de aminoacizicare pot existalimitdri referitoare in anumitesituagii p structurii.Atunci cAndcatenele participala fbrrnarea B sunt foarteaproapeuna de frbroineidin mltase gi al proteineidin pinza de alta intr-o proteini, cum estecazLrl paianjen,au un continut foarte ridicat de resturide glicini gi alanina,care prezinti
ri a-hclix dc

i n i v e l u lu n e i m a r i i u n t p r e p o n d e r e nl!a r a d i c a l i iR c e i m a i r n i c i . A c e ; t i a r n i n o a c i zs proteicii. parti din secventa Structurap pliatd antiparaleliaparein proteinefibrilare de tipul trbroinei produs[ de vicrmele de mdtase,dar se gdsegte9i in (care este o B keratinei), pani in prczent.in multc cazuri, globulareanalizate aproximativ80% din proteinele intreagaproteindconline numai p structuri. La nivelul proteinelorglobulare,acest rnotiv structural consti din 2 pAna Ia l5 catene polipeptidice(media fiind 6). in medie 6 resturi.De de aminoacizi,prezentAnd Catenelep au pAna la l5 restr-rri Arareori se A prezintd$asecatenep antiparalele. exetnplu,lectina concanavalina cd intAlnegte o structurdB paraleli cu mai putin de 5 lan{uri, ceea ce sLrgercazil cu ceaantiparaleld. aceasta estemai pulin stabilacomparativ

descoperit ntre lanfuri in regiunea

6l

fdl

Antiparalela

Figurl 3.2.1. F,rrtra-

Este posibil ca aceasta sd se datorezedistorsiondriilegaturilor de hidrogen comparativ cu cele din structura paralela. De asemenea, in unele proteine, se intAlnesc gi B strLrcturi rnixte paralela_antiparaleld. 5.2.3.Structu rile nerepetitive Structuriresecundare repetitivereprezentate de c herix gi structurd priatd fJ reprezintd circajumdtatedintr-o proteindgloburard medie,resturfiind reprezentat de segmente polipeptidicenerepetitive care fonneazdo conforrnalie (..coil,, de bucrd

62

VA"

ordonate decdt acestestructurinu sunt sau ..loopconformation celerePettttve' cu o anutniti structurd in proteine' porliunile de catend polipeptidica brusc direc{ia'numite repetitivdsunt legatecu fragmentecare schimbd secundard . ' r e v e r s e t u r n s . . S a u . . B b e n d s ' . ( n u m i t e a g a p e n t r'in ucddecelemaimulteorifac care se gasesc generalla suprafa{a antiparalele), legdturaintre dou6 structuri B de bucle in formd de ac de pdr Acestease mai cunosc9i sub dentrrnirea proteinelor. bends"). (,.hairPin c6 sunt alcatuitedin patru caracteristicaesentiali a acestorstructuri este restuluide arninoacidn din prima legdturd aminoacizigi cd oxigenul carbonilical peptidicaaacestuimotivformeazdolegdturddchidrogencuhidrogenuliminicn+4 confbrmaliile acestorelementede (Lrltirna). al celei de-a treia legdturi peptidice secvenlain aminoacizi' S-a constatatca structurdsecundardvariazdin func{ie de glicinagiprolinasegdsescfrecventinp'.bends.''dirtoritaroluluide..balama gi al restric{iilor pe de o parte, f l e x i b i l d , ' ag l i c i n e ii n t r e r e g i u n id e I a n {p o l i p e p t i d i c , alta. La ora actuald' se apreciazi cd confbnnationaleimpuse de prolina pe de [3.'bends"'F'steprobabil ca care conlin prolina contribuielarconstituireir secvenlele nerepetitivein staciiile initiale ale plierii fbrrnareaacestor structuri secunderre cle[] structuri' Existi cooperativia elementelor asan'rblarea sir deterrnine proteinelor de torsiune: prin valorile unghiLrrilor doui tinuri clestructurd B.,bcnds",caredif'er[
'l iPul I cu : q2=- 60"' tyz: 30. rP:=-90', Vr:0" q 2=- 60", rYt: 1211" Il cu: rP::90', ry.r:g''

.v o
I
i

o
:

?
*" )

I
)

rqo
r de hidrogen proteine, se

'I'iPul

de h e l i x 3 1 e i,a r t i p u l l l p r e z i n t d t f o r m i id i s t o r s i o n a td T . i p u lI e s t ec o n s i d e r ao adeseoriglicinainpoziliaS.Deasemenea,intrrnbeletipuridep.,bcnds',,aldoilea restde aminoacidestefrecventprolina' cu mai rnult de 60 de resturide arninoaciziconfirl Aproapetoate proteinele nuuritebucle O ("f) curbe alcatuitedin 6 pind la l6 unitali constitutive, elemente omega),carepot contineB..bends"9i care loops,"pentrucd au forrna Iitereigrecegti sunt ocupatede catenele constituieentitdti globulare compacte,ale ciror cavitali gdsescde regula la suprafata lateraleale aminoacizilor constituenli.Acestea se biologica' gi probabilau rol in recunoaqterea proteinelor Multeproteineprezintdregiunidezordonate.carepotfireprezentatede SecventececonlinaminoacizicuradicalionizatlapHfiziologic,saudecapeteleN-

ctura B pliata eprezentat de bucla (,,coil"

63

lril

giC-terminale,careSuntcaracterizatedeposibilitateadeasemigcaliberinsolutte. lega o au rol funclional' respectiv' pot Adeseori. acestesegmentepolipeptidice rnoleculdspecificd.Astfel,eleauoStructuradezorganizaldinabsenlaligandulLrigi unaorganizatainpreZentaacestuia.Aceast6flexibilitateasigrrrdposibilitatea biologica' oroteineide a-qi exercitafunclia
(a) rinul I
(b) tlPuttt

rrJs Plur4 fes- liPurrdc P ' he

5.3.Structuraterliari
Dinpunctdevederealconforrnalieispafiirle'proteinelepotfiglobularesaLl carrsecvenlerepetitivesau pseudorepctitive' flbrilare. proteinelefibrilare prezinta suntr[spunzatoarepentruconforrna{ialorregulatd,pecAndceleglobrrlrrrenua[I0 unicd deterrnini o a structuriiprimare.o structurdprimard caracteristicd aserrenea strttcturdtriclimensionaliunicdcareseformeazdprinpliereainspatitrattttei proteine. Structuraterliardauneiproteineestearanjamentultridimensionalrealizat prinpliereaelementelordestrr-rctur[secundard;iinteracliiledintrecatenelelaterale aleaminoacizilorconstituen{i.Unitateaconstitutivaastructuriitertiareeste reprezentatadedorneniu.carecontinecombinaliideelementedeStructtlr. de resturi de aminocizi 9i prezinti un este alcdtuit din circa 50-200 secundard, din punct de Domeniile sunt unitd,tiindependente diametru de aproximativ 25 A. 64

)r in solulie. pot lega o i g a n d u l u ig i posibilitatea

unei proteineglobulare mici' Proteinelede vedere structllralgi au caracteristicile , i t i n a ,c a r ee s t eo i o t a v e au n u l , d o u ds a ut r e i d o m e n i i .i n s c h i r n b t m i c i d i m e n s i u np 260 de domenii in cele , rezintd de 3000 kilodaltonip e n o r m dd i n I n u g c h i , proteind se pliaza pentrua forma un domeniu' dupd rnai multe proteine,catenapolipeptidica urtndtorul caretreceprintr-o regiuneflexibila,de tip..balama"gi apoi se organizeazd d o r n e n i u .C h i a r c d n d o p r o t e i n de s t e a l c a t u i t ad i n t r - u n s i n g u r d o m e n i u . a c e s t a o fosd. Multe proteine,de exernplu con{ine adeseadoi lobi intre care se gdse$te h e m o g l o b i n ac . o n s t a ud i n s u b u n i t d l id e m d r i m e a d o m e n i i l o rg l o b u l a r ea l e t l n o r m de dirnensiun i ici. proteine ale proteinelorsunt adeseoricodificatede o singurd Domeniile strLrcturale - orneniile s e c v e n l ic o d a n t id e A D N , a d i c dd e u n e x o n a l u n e i g e n ed e l a e u c a r i o t eD de acesttip pot servi ca moclulemobile din punct de vedereevolutiv, care apar in n o i p r o t e i n eg i s e m u l t i p l i c d i n t i r n p u l e v o l u l i e i . A s t f e l , d e e x e r n p l u ,d o m e n i i c i q i i n t r - o s e r i ed e n u n u m a ii n a n t i c o r p i se gesesc s t r u c t u r a ld ei n i m u n o g l o b u l i n e in principal dintre clomeniise gasesc [-a interfirta ale ceh,rlelor. proteinede suprafaJd nepolari, dar se forrneazi ;i ttn nurnir rlic de legaturi de hidrogen' arninoaciz-i Clentrulcatalitic activ 3l enzinrelor este localizat de reguli la interfhta dintre dornenii.irr tintpul actului catalitic pot avea loc rni;ciri ale dorneniilor9i de hidrogen de la nivelul interfelelor.De asetneneareorganizdriale legdtr-rrilor situsurile cle legare a unor rnolccule rnici, de tipul nicotinamid adenirl ce prezintd i n t r e d o u i i d o m e n i ia l e u n e i p r o t e i n e (iN A D ' ) , s e g d s e s c dinuclcotidulu procesparticipagrupdri arle miri rnulteastfelde ulitir1i,ceeace inseamni cI la zicest donrenii. a m i n o a c i z i l op rr e z e n !iin a r n b e l e s-a putut detertnina pril stu{ii de rlilractiecu razeX pe proteinecristalizate, apar a multor proteinegi s-a observatca, in toate acestea. tridirnensional6 structura geornetrice specificc-. cu aranjamente secundard de structurd ile elernente cornbina{ii sau motive' secundare carese numescsuperstructuri htiipinB, p-a-p. sunt:helix-loop-helix, structurale rnotive Celernaidesintdlnite dor"rivarianteale motivului hclix-loop-helix. prezentate in figura 3.26 sr-rnt c sunt legateprintr-o regiuneloop de lungime variabili. in acestcaz, doud segmente Varianta (a) se intdlnegtein proteinelece se leagd la ADN (unul din segrnentele cu proteinele iar varianta(b) esteasociatd cu acidul nLrcleic) helicaleinteraclioneazd r e g i u n i il o o p ) . m i j l o c u l d e c a l c i us e a n c o r e a z i i n c a l c i u( u n c a t i o nd i v a l e n t ce leaga Motivul hairpin p prezintddoud cateneB, legateprintr-o bucld de lungirne variabild, care pot fi antiparalele(rigura 3'27a)sau paralele (Figurile3'27 b 9i c)'

obularesau etitive, care are nu au o o Jetermind ,r!iu a unei ,nal realizat rele laterale :rliare este e structurd prezintd un in punct de

65

(Figuru poate face spre dreapta dintre catenelep se Conexiunea 3'27c)' (Figura stAnga mai frecvent' sau spre intAlnegte

3.21 b). ceea ce se

Helix I lclix

{i

l^r, r1

i[ Loop ' i !

(b)

Figunr 3.26' Variiltte alc motivultli holixlurp-hellx

Altreileamotiv,p-a-p'esteconstitLlitclindotricatenepparalele.legatcspre

dreapta;: :T::[$::1il'.:1.

cupor;rritate douio herixuri '-u, 'n care ,norivur

3'29)' (Figur:r diferitdsunt legatedirect -^.^^^:izriau o clistrib'1iespatialadif-eritl' lor' amtnoa< polaritatea cle in funclie tiri sa in interiorul proteinclor' se gdsesc'inprincipal nepolari Astl-el,aminoacizii sunt prezen{iqi la in unele cazuri,aceqtia Totu;i, apos. aib6 contactcu solve'tul suprafalaexterni,undesuntaglorneraliinregiunihidrofbbe,careconstitttiesitrrsuri deinteracliecualteproteinesaulipidedelanivelulmembranelor.CeiionizalilapH unul lon s o l v e n t r "a r lp o s ' i^ ,. enzimatici sau la legarea de e*"mplu' la cataliza participdnd' definiti, fiz-iologicse gdsesc dar neionizali la pH polari aminoacizii rnetalic. in sfdrgit, distribuiliatitlasupratulup,ot.in.lorcAtgiinin teriorulacestora,un<leparlicipdla din interiorul acestora' grr'rpdri de hidrogen cu alte formarealegdturilor

"t':: l" o'' gisesc se gic nzioro ""'o"i ,f ;:'T'ffi -l:":i:"::,,il1T,:::":1,' se gisesc rn rlrtrl:':":"":;" Dacd acegtia

66

D), ceea ce se

(a) bct, slructurB entiparalell

(b) h(l! structur[ prralch cu cont'cllrc sprc drt!Pta

.o; '- i: : -,

'a 3.26. Variiurte motivului hclixr e li x

le, legatespre cu polaritate ,1iala diferita. nelor, lir[ sd prezentigi la tituie situsuri ioniza{ila pH ctioneazd cu funclie bine .rea unui ion ic se gdsesc e participala
l cP J . 2 8 .N { o t i v u Figura B

(c) bct! struclura paraltlr cl c0neclrre sprc \langl

l a i r P i nB F i g u r a 3 . 2 7 . M o t i v r - rh

Fkurl 3.29.Motivul ccrdin

u n e l ep r o t e t n e

67

structurater{iard 5 ' 3 . 1 .F o r { e l ec e s t a b i l i z e a z i polipeptidice'restr"rrile arninoacizi 'de plierii in spaliu a catenelor in ur,-,ra aflateladistan{dmareincadrulstructtrriiprimare,devin invecinateiarcatenelelor sunt: de interacliicarese pot stabili Tipurile interactioneaza. laterale L e g i t u r i d i s u l f u r i c e , c a r e s u n t l e g d t u r i c o v a l e n t e , s t a b i l i t stabilizeaza eintrerestttride spaliale a proteinei. Acestea -r*rganizirii ,n cistein[ apropiate polipeptidice' tridimensionalia catenelor structura lnteractiieIectrostaticeceserealizeazdprininteractiiionice(pr-rntile saline)giprinlnt".u.liidipol.dipol.Interacliileionicesestabilescintreradicaliai arninoacizilorclesemncontrar.Exernpledeastfeldeperechideionisunt:Glu..Lys sauAsp...Arg.Radicaliiionizatiaiaminoacizilor,fiindexpugilaexteriorr-rl moleculeiproteice,suntsolvatatidernoleculeledeapi.P e r e c h i l einsit deio nidesetnn lir contribuie in miezul proteinelorglobtrlare' lxerscate gasesc se care contrar la stabilizarea deqi contribu!ia ecestor interacfii stabilizareastrr.rcturiiter!iare. estemtca' structuriitridimensionale Interactii|edipo|-dipo|.care.rparindipoliindugigi/saupermanentiaiunor r n o l e c u l e n e u t r e d i n o * a . v e d e r e e l e c t r i c ' s u n t c t t n o s c t r t c s r . r bale c l e legf,tr"rrilor nrtmireadefbrle ca grupdrile carbonil qi irnino thptr.rlui Datoritd van der waals. peptidicesuntdipolipenrranenti,pelingdlegaturiledehidrogen,datoritircirnpurilor electricerezicltraleacesteainterarclioneazigiprinforleva n d ece rW znls.Deasemenea' determind de dipol in grupdri vecine' ceea moment un induc dipolii pemanenfi a p a r i l i a u n o r l b r l e d e a t r a c l i e . A c e s t e i n t e r a c l i i s u n t t n u l taltf-el' r n a i s orice labed ecAtcelcionice. rnoleculi De ctt creitereadistan{ei' r-i. astfelincit dir-ninLreazi variazdcu neutrddinpunctdevedereelectricareunmomentcleclipolnlicrezultatdinmigcarea r a p i d d a e l e c t r o n i l o r . A c e s t r l o m e n t d e d i p o l t r a n z i t o r i r " r p oc) larizeazielectroniidin 3'30 care detennind tln moment de dipol (Figurr grupdrile invecinate generAnd London' Acesteasunt for{e de dispersie grupdrilor ,.in^a. c[tre cealaltd. atragerea caresuntextremi]eslabe(energiadeasociereesteproporlionalicur-6)'Nurnarul mareclecontacteinteratorniceinproteinefaccaforleleLondonslinfltlc-ntezemajor conformaliaacestora.inmiezr'rlproteiccuconstantidielectricdscizutl,interacliile pliereaO:"ltl"tl":^^+ semnificativ influenleazA llll ruLr rtv.!s " '-'-dipol-dipol llpol-olpol ^,, ^ *.:: d.rnrre rlonor slat intre un,rest *: iau nagtere Legiturile de hidrogen

(O): t:t:Y:i: (D-H) 9i un alt restcu un atom.acceptor acida fi c, N

il:il#il;;;,

slabe decdt punlile decAtcele van der Waals' dar mai puternice mai sunt hidrosen 68

A poate biologice, in sistemeie

de Legrturile ei S.::ff:[::

de arninoacizi ar catenelelor rtre resturi de a stabilizeaza rnice(pun!ile lre radicali ai r n t :C l u . . L y s la exteriorul ioni de sernn ' i b u i ei n s d la stabilizarea n e n ! ia i u n o r irea de forte : Iegdturilor i cArnpurilor e asemenea, c determini c e l ei o n i c e , :e moleculd in miqcarea : c t r o n i id i n determin.i ie London, ). Nurndrul rlezemajor interacfiile
lir l!: . ,::l ',i::
'j:'
..1.::

( F i g u r a : . : t ) . A s t f e l d e l e g a t u r is e p o t fbrma s a l i n eg i l e g [ t u r i l ec o v a l e n t e S e r " S e r ,A s n " ' S e r . resturile G l n . . . C y se , tc.

t'al lrrer{ctil iltl'r di}rol1lrrnlilrnlj

oc oo
{b) Iiltrrarlll illpol.(llliDl lrrd[s

-4f,ry-

+rryryrqp;-

Fnrll

dr dispr|sic I,oDrlerl

- a :

Figura 3.30. lnterac{iilcdipol-dipol. Irrrcnsitatca dipolului estc rcprezcnrati dc g r o s i m e as a g e { i i( a ) I n t c r a c l i i d i p o l dipol (b) Interacliidipol-dipol indus ( c ) F o r f c d e d i s p e r s i cl - o n d o r r
Protcturi
|

llll'r

Prottini

/
-CH:

\
-

| O . . . . n . - C - C H l , _ c H , _" r).

L . e g a h u id e ruuosen

-CH2-CH2-

cH ^, \

)c-cHr*cH,* d'

i"geM

'cH cH. I CH" CH.

" t lr[erac[ihidrolobe tl vm tler waalr ln3-unl CH:

CH3-CH*CHt-th-tnl

lonor slab ereche de ldturile de r A tp u n ! i l e

t CHA

__CH,-C" -

lo \f, . ; - C t s , -'

Legami ionice

Figura3.31.Tipuride interaclii carestabilizeaza structura tridirnensional6 a proteinelor

69

>

in care in proteine,rnulte legdturide hidrogen sunt membre ale unei relele cu acceptori multipli 9i fiecare acceptor formeazd fiecare donor interactioneazir din proteine legdturide hidrogencu mai mulli donori. Legdturilede hidrogeninterne apoqi. se formeazaastfel incAt ia nagterenumdrul lor maxim posibil. in solvenli apd. de legdturide hidrogencu moleculele cornpletnepliateformeazd proteinele plierea Legaturilecle hidrogen interne constituieo bazd stlucturaldpentru c a t e n e l op r oliPePtidice. nepolare sa i9i Fortele hidrofobe sunt cele ce determina substan{ele una contactul cu apa gi moleculele amfipatice (cu o parte polari 9i rninirnizeze cd proteinele apolara) sd formeze micele in solulii apoase. Datorita faptului lateraleale aminoacizilor in carecatenele un fel de micele intramoleculare, formeazd hidrofobesunt nepolarisunt departede contactulcu moleculelede apir,interac{iile proteinelor' i r n p o r l a n tp e e n t r us t r u c l u r a in Desi aceste tbrfe sunt mai slabe 9i decit fo(ele van der Waals' ele rnolecularecare irnplicd un numdr mare de contacte nepolare' ansarnblurile in confbrnra{ia constituie o realri fortir $i influenteazdrnajor plierea proteinelor nativf,. sttnt ale anlinoacizilor laterale pr o t e i c e c . atenele i n i n t e r i o r u lm o l e c r - r l e l o fose existentesunt urnplute cu moleculedc foarte strins. Eventualele impachetate de irlpachetare(raportulclintrevolumul inveligurilorvan dcr Waals apd. Densitatea r e g i u n e9 i v o l u m u l t o t a l a l r e g i u n i i )i n i n t e r i o r u l p r o t e i n e l o r a l e a t o r n i l o rd i r . r t r - o ordin de tndrime globulareestecleaproximativ0,75. Aceastl valoareestede acelagi cristalelormoleculareforrnatede molecule organice lnici' cu cea corespunzatoare cu ttn cristal De aceeas-a tras concluziacd interiorulunei proteineesteaserndndtor Totugi, regiunile ctt rnulte legituri de hidrogen sunt molecular,bine irnpachetat.

mai lax. irnpachetate 5.4. Structura cuaternar[ a proteinelor De$i rnulte proteine globulare func{ioneazdca monomeri, in sistemele proteicecomplexe' biologiceexisti un numdr imensde exemplede ansambluri a Structura cuaternarh a proteinelor reprezintd asocierea ordonatd globularepentru a forma un agregatfunc{ional.Aceastaimplica doud subunitdtilor tipuri de ansambluriProteice: sunt, din punct de vedere structural'foarle Prirnul tip, in care subunitdlile lor spalialddepindede naturaspecificda interacliilordintre diferite.iar organizarea

i.,
i r ,t

i ,

ele in care formeazd in proteine en!i apogi, e apd. tru plierea are sd i9i ari ;i una proteinele rirroacizilor 'ofobe sunt Waals, in polare, ele :onforma!ia cizilor sunt r o l e c u l ed e r der Waals proteinelor de rndrime , a n i c er n i c i . ,u un cristal lrogen.sunt

s u b u n i t d t i ld ei f e r i t e neregulate.

foarte general.acesteansambluriprezintdforme geornetrice

din copii multiple s u n ta l c d t u i t e e oleculare A l d o i l e at i p , i n c a r ea g r e g a t e lm interacliilor ale unuia saumai multor tipuri de subunitdlidiferite.Datoritarecuren[ei agregateformeazi, in general, structuralespecifice dintre subunit6li. asernenea geometric. din punctde vedere regulate aranjarnente P r o t e i n e l ea l c d t u i t e d i n s u b u n i t d t i i d e n t i c e s e n u m e s c o l i g o m e r e , i a r Un protomerpoatefi constituitdintr-un se numescprotorneri. respective subunitdtile care Astfel, hernoglobina, singur lan! polipeptidicsau din mai rnulte lanluri dif-erite. (or0,), p o l i p e p t i d i cd ee a - g l o b i n d d i n d o u dc a t e n e e s t ea l c d t u i t d 9 i d o u dd e p - g l o b i n a r-rB. un dimer alcatuitdin doi protorneri poatefi considerat[ Legaturile care se stabilesc intre subunititile dintre arnbelc tipuri de ansambluriproteice sunt: hidrofobe, de hidlogen 9i urreori sub forrni de pun{i d is uIf u r i c e . asirnetrici(pentrtr sunt conrpugifundarnental AvAnd in vederecd proteinele esteevidentci cel mai simplu rnodelde cir sunt alcdtuitenurnaidin L-aminoacizi), unor r, b). Formarea J.32 liniare(liigurn estefbrmareaagregatelor structurd cuaternard de irrtcrac!ie in urma repetiliei unLri singur tip agregatese realizeazd asenlenea i d c n t i c ea , d i a c e n ta c l ea n s a m b l u l u i . s t r u c t u r a ls i ip e c i f i c id i n t r eu n i t a t i l e a proteinelor O alta modalitatede aranjarcpentru acestnivel de organizare rezult[ structltri in urrna asocieriisr-rbLrnitdlilor estesirnetriaciclici sau rota!ionala. ( F i g u r a g ) . M o l e c u l e l cs i t r e t r i c c c t t l.:J f, p l a t e ( f i g u r a J . J 3a - e ) s a u p o l i e d r a l e structurdplatd sunt cle regulir dimeri sau trimeri. Agregatelernai tnari, sunt ir.l general poliedrice, ceea ce dovcdegteexistenJarnai mr,rltortipuri de interac{ii un numir lix incorporeazti acestea De asemenea, intre subunitdlile. intermoleculare liniarc qi ctr simetrie de agregatele spredeosebire de copii ale unei subunitali, helicala. helicale ale subunitililor Destul de frecvent, se observi gi aranjarnente helicalesunt,in general, moleculare c, rl). Agregatele 3.32 noleculareidentice(Figura

n sistemele plexe. crdonatd a nplica doud tural, foarte :tiilor dintre

qi se intAlnesc in inveliqul autoasamblare ce au proprietateade asociate cu strgcturile proteical virusurilorfilamentoase, unde formeazdun containercilindric in careeste addpostit acidul nucleic viral (Figura 3.1.t).Datoritd faptului cir inveligul este rezultatul interacliei a numeroasecopii ale aceleiaqiproteine, acest aranjament reprezintd o utilizare foarte eficientaa informaliei conlinutein acidul nucleic viral (Figura 3.3,1).

7l

n i a r ds a ul r e l r c a l i r

w.
I ;i policdrrcd cu simetrierotalionald Fisura J.33.f ipun clett'uttt'-Ii-uottrnare

72

Figura

3.31'

Structttra nucleocapsidei r"irusulut

n r o z a i c u l u it u t u n u l u i

Structurile cuaternare helicale 9i poliedriece joacd un rol central in autoasamblarea structurilor biologice de climensiuni foarte mari pornind de la subunitdli identice. Stabilizareaacestorase realizeazd atunci cand toate subunitdlile in mod similar din punct de interaclioneazd vederegeometric,precumionii intr-un cristal sau echivalente nu sLlnt simetrice din cadrul structuriicuaternare clesare.Interacfiile se Cel rnai sirnplutip de neechivalenla chiar daca au loc intre subunitaliiclentice. le laterale ale ttnor inregistreazdla unele contacte intre dimeri. unde catene axei de simetriesunt forlate si adopte anrinoaciziindividuali sittratein apropierca srt ic r i c e ' strprapune a c v i l ar r n e l e pen{ru p o z i r id i iferite are consecinte functionale foafie subunitd{i Forrnarea agrcgatelor din cle de contactpermit o rnodalitate Interacfiilede la nivelul supraf-elelor irnporlante. i n d i v i d u a l e .E v e n i m e n t u lp r o d t r s a t u n c i c a n d o c o m u n i c a r ei n t r e s r r b t r n i t a ! i l e se propaga9i la din agregatinterlclioneazicu un ligand sau un substrat subunitate ie b a z a f e n o r n e n u l ud i n t c r a c l i ic o n s t i t u i e n i v e l u l c e l o r l a l t es u b u n i t s l i .A s e m e n e a de control biochimice ie n sistemele 9 i p e r r n i to s e r i ed e m e c a n i s m e cooperativitat biochirnice. proceselor pentrureglarea

6. Corelatiiintre structura primari qi conformatiaunei Proteine

de structllraprimard, ceca SecundarA Structr,rrile 5i tertiarasunt determinate cel tnai ce este o confirnrarea faptului cd conforrnaliapliata nativa este structurl teoreticeste posibil sd sc realizeze stabilace se poate forma. Pornindde la aceasta. structurii proteinei pomindu-sede la secvenp de aminoacizi' Practic' anticiparea incd greu de atins. La ora actuald.avdnd acesttip de prediclie,rdmAneun deziderat domenii' in vederecd un nllmar mare de proteineconfin un numar mic de tiptrri de studiile din unora,folosind informatiile acumulate esteposibil sd se prezicdstructura inrudite. de difractiecu raze X ale proteinelor 73

s6 formeze structurl in acest moment. este clar c6 r,rniiaminoacizi tind 3.35 se observdcd acidul glutamic' de un anumit tip. Analizand figr,rra secundare forrnatoride cr helix, pe cand rnetioninagi alanina par sd fie cei rnai irnporlanli prolina, structurip pliate.De asemenea. gi tirozinatind s6 forrneze valina.izoleucina g l i c i n a ,a s p a r a g i n a ,a c i d u l aspartic ;i serina se gdsesc p
cr helix

bend

Glu Met Ala Leu Lys Phe Gln Trp lle Val Asp His Arg Thr Ser cys Tyr Asn Pro Gly

cel

rnai

frecvent

in

conformalia B turns' care permite o schimbarein scutl a direcliei catenei

polipeptidice.

rclatrvi ['igura 3.35' Probabilitatca a u n u i a r r i n o a c i d d e a s c g a l s li n t r rrn itrtttn.tit elcnlsnt de structttrit sccttndari

devenitclasic.c.re a un experiment, in 1956,ChristianAnllnsen a ef-ectr-rat ribonuclcazei de aminoacizi9i conforrnafia relaliei dintre sccvenla doveilit existenla dintr-o singurir cateni bovine, proteind, cu activitate enzirnaticir, alcatuitd polipepticticafbrmatf,clinl24resturideaminoacizi,carecontinegipatrulegaturi agent de scindare e disulfurice. prin tratarea acesteia cu B rnercaptoetanol, la pFI:8' s-a disulfurice, solufie de uree 8M, care depliazd proteina. legdtr-rrilor (conformalia.,randomcoil")' care nLlmal ob{inut o structuracornpletclezorganizatd ([igrrra J'J6)' acrivitate nzimlticir prezinta prin activitatea gi-a recapdtat in urma acestuitratament, denaturatd E,nzirna indepdrtareapmercaptoetanolului;;iureeiprindializa'Anfinsenadeduscd sunt reoxidatein prezenta aerului iar gruparile sulfhidril ale enzirnei denaturate punct de vedere catalitic' Acest enzima se repliaza spontanin forma activd,din de aminoacizidetermini experimenta dovedit cd infbrmalia con{inutain secvenfa (Figura J'J7)' complexi a ribonucleazei tridimensionald structura

74

reze structuri dul glutamic, elix, pe cAnd 3nea, prolina. ina , acidul ra se gasesc 'ecvent in turns, care bare in scurt catenei &*
a., h
j). tf we t lll li 0Pmxryb.tutra
,i

&

*"

i
I , :tt,

.t' i i"" \ ' ' "1*"

''t

'-:,a..-: '.8_

[
!

,' /
r'

.os'$, ,i\.,
\ &--J

'- ." \ , - . ir,,\

t'Ribonuleu* diruJirrire rme

e s .-., '

'\

)'

Ribonuleui

mtivi

Ribonuleui

&mlr|Eri

pdu6

Figura 3.36. Reducerea ai b o n u c l e a z e i $i denaturarer

cu puti gngii 6mrt il,e

P-rmnepioetaml

---'-**\
; ,r r 1 . ta'rt \

.:f::.",,
r)4
; %

l,-/ I

r'ti#J

l i g u r a 3 . 3 7 . I i o m r a r e ar i b o n u c l e a z en de unnc dc i a t i v ei n p r o z e n t a lJ-nrercaotoetanol

n,,\*---1.*-

ilitatcarelativi a se gisi intrdc slructuri

reduses-a realizatin prezenfi cle uree 8M. Dacd reoxidarcaribonucleazei dupi care ulterior,agentuldenaturant a fbst indeparlat, rcfirccrea activitafiia fbst in j u r d e l o % .M o t i v u l e s t e c d , i n a c e s tc a z , r e l a c e r e a p u n t i l o r d i s u l f u r i c es - a f h c u t greqit. Conformatia acestei formc enzirnaticeprezintiro energie libe-ri rnarc. in prezentaunor urme de p rnercaptoetanol in solufie, aceastirformd trece in una cornplet activei.pentru ci agentul de reducere calalizeazdreformarea punlilor enzirna nativir. Conlbrrrralianative este disulfurice pdnd cAnd este reconstituitir caracterizatA de cea mai mici energie Iiberd. deci are cea mai mare stabilitate greEitformate. cornpartrtiv cu fonna cu legdturidisLrlfurice

lasic, care a bonucleazei ur5 catend LtruIegdturi scindare a pH-8, s-a )are nu mai

7. Denaturarea$i renaturareaproteinelor
vitateaprin dedus cd aerului iar itic. Acest determind proteineloreste o altcrare conforrnalionala extremd datoratd Denaturarea gi c a t e n e ip o l i p e p t i d i c e u n o r e f - e c t o rfii z i c i g i c h i m i c i , c a r e c o n d u c el a d e p l i e r e a legAturile peptidice adoptareaunei structuri randorn coil. in stare clenaturate, de apdinconjr,rrltoare. formeazd leghturide hidrogencu moleculele tdria interacliilorhidrofbbecare favorizeazd Agenfii denaturanfi diminueazd plierea.

75

l:'lr:

Proteineledenaturateigipierdactivit6!ilebiochirnicecaracteriSticeiar ploprietatifiziceca:Vascozitatea'constantadesedimentaregiabsorblialuminiisrrnt modificate. AtuncicAndoproteiniinsolutieesteincilzita'igimodifichabsorbanlain UV.vAscozitateasirotaliaopticiintr-r.rnintervalingustdetemperatura.Faptr"rlci intr-un nativf,se clezorganizeazd dovedeitecI structura acestprocesestediscontinuu modcooperativ,jnsensulciapariliauneidezordiniintr-oanumitdregiun eacatenei random coil' structurii care colapseazdin polipeptidice destabilizeazdrestul Temperaturilepeste50"Cauacestefectasupraproteinelorpentrucdodatdcu cre$tereatemperaturiisemirregteagitaliarnoleculardgilegaturilehidrofbbe'vander Waalsgidehidrogensedesfac.E'xcepliefacproteineledinbacteriiletermofile'ce rnodificate prezint[ conformalii tridirnensionale triiesc in izvoare termale, care bacteriileobilnuite' sensibilfald de omologii lor clin proteinelorse face: denaturarea De asemenea, se rriodificdstareade cel fiziologic' deoarece a) la varialii lnari cle pll fati de ionizareacatenelorlateralealeaminoacizilor,ceeaceschirnbirdistribr"rlia de fbrmarea gi posibilitatea polipeptidice c 1 es a r c i n i l a n i v e l u l c a t e n e i orlice l c g a t u r i l oi r b)inprezenlacletergen{ilor,cirreinteraclioneirzahidro|obcuresttrrilcapolare (la concentralii rnai tnari cle l0 "M)' ale aminoacizilor constituen{i responsabile pcntru menlinerea interferind cu interac!iile hidrofobc structuriiter!iarea Proteinei' c)inprezenlaunorsubstanleorganicerniscibilecuapa,caredeshidrateaza 'rbil. U n e l es d r u r i , r - : r : * x +^ :, : estemal varl' proteinelor Efectul slrurilor asuprastabilit[tii prin structura proteinelor' probabil ca: (NHr)zSO,r 9i KFlrPOl stabilizeazi iar altele' ca KSCN 9i LiBr' o destabilizeazd intensificareafo(elor hidrofobe' clea distrugefbr{elehidrofobe' probabilprin capacitatea RolrrlionilorastlpraStabilitatiiproteinelor,indiferentdeidentitateaacestora, de seriileHofmeister: estedescris
Anioni Cationi > Cl{]coo- > cf > Br > I-> cloi > s(lNso"2->[l2PO4caz*> Bl2* NIl"*, Cs*, K*, Nat> Lin > NIg2t>

proteina

sunt: l-' a proteinelor careau efectde denaturare Ionii din seriileHofmeister, categoria Ba2* qi sunt numili agenli caotropi' in ClO4, SCN , Li* Mg2*, Ca2*9i sub forma ionul guanidind (Gu*)' folosit frecvent agenlilor caotropi intre 9i 76

racteristice iar l i a l u m i n i is u n t absorbanla in turd.FaptLrl ci nizeazd intr-un a catenei 3iune r a n d o r nc o i l . cd o datd cu ofobe, van der : termofile,ce Lle rnodificate ( G u C l ) g i u r e e ac g u a n i d i n eh i idroclorice i i e 5 - 1 0 M , s u n tf o l o s i t i . a r e ,i n c o n c e n t r a l d polipeptidice. in funclie de anionul in rnod curentca agen!idenaturan(i ai catenelor ef-ectul cationuluiguanidindestediferit. Astfel GuSCN esteun cu care esteasociat, mult mai eficientdecdtGuCl, pe cAndGu:SOr are efect stabilizant agentdenaturant a l s t r u c t u r ip i roteinelor. u$or gi cd acest proces este uneori Faptul cd proteinelesunt denaturate reversibil.arata cA diferenlelede energieliberd intre conformaliapliata gi random 3.J8). coil nu sr-rnt, de regula,mari (Figura

flcd stareade r b ad i s t r i b u t i a le formare a turile apolare de I0-6M), mentinerea ieshidrateazi Unelesdruri, "obabil prin estabilizeazi Iea acestora,
Pliai [ilemtmil-*y

Figura 3.3ti. Rcprczentarca proccsului dc dcpliere il proteinelor in fiurcfie de agerttttlut concentratia dcnaturant

lui Anfinsen,denaturarea cornpletd a unei proteineera Pdni la experirncntul pliata a unei privita ca un procesireversibil.La ora actuali, se considerd cd stare:r proteinese gisc$tc in echilibru terr-nodinamic cLl cea nepliati. O serie de rezultate denzrturate experimentale indica faptul ceiproteinele sunt fiecvent in echilibru cu o stare denaturatdcompactd de ,,globul topit" in care grupdrile hidrofobe devin gi existi unele elementede structurdsecundari.Pornind de la aceastd aglornerate stare, polipeptidasc poate rearanjalent, trecdndprintr-o serie de intermediaride pliere.pdni la conforrna(ia nativd. La nivel celular, plierea catenelorpolipeptidiceeste afectate de rnediul de sau inhibatdde proteinecunoscute sub denurnirea celular complex qi catalizata uneori izomerizarea unor legdturipeptidicela chaperoni moleculari.Pliereanecesitd care participi prolina din forma trans in cis. De exetnplu, in experimentul lui Anfinsen, etapa lirnitanta de vitezd in replierea ribonucleazeieste izomerizarea legdturii peptidice la care participa Pro 93. In vivo, aceastAizomerizare este enzima proteincatalizatdde peptidil-prolil (cis-trans)izomeraze.De asemenea, gi reformareapunlilor disulfurice pAndcdnd scindarea disrrlfid izomerazacatalizeazd,

tN-

e l o rs u n t :I - , n categoria sub forma

iaunagtereleg6turile_S-S-corecte,careasigureconformatiatridimensionalA stabild.

8. Proteinelestructurale fibroase
Acesteproteinesegasescinpiele.tendoanegioase,avandrolstructural.de cili 9i flageli' undeau rol in motilitate' de sus!inere 9i in rnugchi' protectie, lungi, al caror motiv structLlral proteineleubroaseprezintamolecule foarte Acesteade reguld nu cristalizeirza secundare' structura c1e dominantestereprez-entat c i s e a s o c i a z d i n f l b r e . S t u d i i l e d e d i f r a c l i e d e r a z e X p r i n f i b r e a u funei u r n i strLlcttlri zatinformalii absenlei repetitiveale structurii'datorita unitetile la numai referitoare tridimensionaleaacestora.AvAnclinvederec[,inacestcaz,catenelepolipeptidice surrtaranjateinunitalirepetitiveSepoatededuceinmarepartestructura,in unitali' acestor organiT-area daci se cunoaEte ansamblu, Celemaibinecaracterizateproteinefibroasesunt:(rgipkeratinele. colargenu 9l i elastina' 8.1. Keratinele Keratinelesuntprclteinerezistenteginereactivedinpunctrlevedereclrirrric.
! 1 .
l l : ' i

Suntprincipalulcomponentalepiderrneiqialproducfiunilorcornoasealepielii:par' coarlle'unghiiqipene.Acesteproteineaufbstclasiflcateincrkeratine.caresunt prezentelamamif.eregip.keratine,careseglsescinpisiri,reptileginevertebrate. 8.1'l' a-Keratinele Marnif-ereleprezintdinjr.rrcle30devariantedekeratine,carelufost in doua tiPuri: clasificate aclo aminoacizicu caracter a) tipul I' carecon{inen.rulli bazic aminoacizicu caracter b) tipul ll, careconline mulli in filamentelorintermediare de keratindcare intrd in constitulia Filamentele tip' u n m e m b r ud i n f i e c a r e p i e l i i .c o n l i nc e l p u l i n c i t e celulele de pdr este electronicd' s-a dovedit cd firul Prin studii de microscopie compus'inprincipal,dincelulemoatle,careconlinrnacrofibrile(ctrundiametrr.rde aproximativ2000A)alcatuitedinrnicrofibrile(formatedincr-keratindgiavindo mdrimedeaproximativ80A),caresuntcimentateimpreunddeunmatrixproteic amorfcuunconlinutridicatdesulf.Microfibrilelesuntalc1tuitedinprotofilamente. 78

,.1;r
I

i i i
rti

ii
. li ' ' , i : i ' l i , i ' i l i
r i , .

,rj'

: t ,i . :
!

, l i i ,

, r l ,
t . ,