Microscopia cu fluorescen este folosit n scopul evidenierii fluorescenei unor structuri biologice primare (naturale), dar i a celor secundare

(structuri provocate cu ajutorul substanelor numite fluorocromi). Metoda de studiu se bazeaz pe proprietatea unor substane de a emana, atunci cnd sunt iluminate cu radiaii cu lungime de und mic, energia primit, sub forma unor radiaii cu lungime mai mare. Aceste fenomen este cunoscut sub denumirea de fluorescen. [4, 22] Fluorescena primar (spontan, natural), sau autofluorescena, este produs de compuii organici sau anorganici tisulari (ai esuturilor), expui la lumin ultraviolet. Cu ajutorul fluorescenei pot fi identificate unele structuri biologice, cum sunt: a) Pigmenii: clorofilele i porfirinele emit fluorescen roie; lipocromii sau pigmenii carotenoizi emit fluorescen verde; cromolipidele emit fluorescen galben-verde; lipofuscina emite fluorescent rou-brun; b) Aminoacizii (fenialanina, tirozina i triptofanul) emit fluorescen albastr; c) Bacilul Koch i unele virusuri emit fluorescen verzui stralucitoare; d) Dintele natural: este autofluorescent, proprietate care l deosebete de dintele artificial; e) Aminele biogene (adrenalina, noradrenalina, serotonina) dein fluorescen verde-stralucitor.