Microscopia de fluorescen este o ramura a microscopiei care studiaz fluorescena compuilor organici i anorganici concomitent cu absorbia i reflexia.

De obicei cercetarea respectivei proprieti are loc n prezena unei molecule numite fluorocrom: proteina verde fluorescent, fluorescein .Proba de analizat este supus unei lumini cu o anumit lungime de und. Radiaia luminoas este absorbit de ctre fluorocrom, care mai apoi va emite o alt radiaie luminoas cu o alt lungime de und (de aici i o alt culoare a luminii emise, culoare diferit fa de cea primit). Un microscop folosit n acest scop este format din: surs de lumin, de regul o lamp cu xenon sau lamp cu vapori de mercur, oglind dicroic , un filtru de excitaie i un filtru de emisie. Microscopia de fluorescen este utilizat mai ales