In absenta informatiei privind organizarea cromatinei in cele mai multe celule, este imposibil de descris starea de tranzitie care separa cromatina reprimata ( condensata ) de cromatina exprimata (dispersata ). Genele de mentinere ( gene exprimate bazal in toate tipurile de celule de-alungul intregii dezvoltari ), de exemplu, gena pentru glucozo 6-fosfat dehidrogenaza, gena codificata pentru -actina, sunt intotdeauna replicate in prima jumatate a fazei S a ciclului celular. In acelasi context, celelalte gene care nu sunt exprimate constitutiv sunt replicate mai tarziu in cea de-a doua jumatate a fazei S a ciclului celular. Totodata s-a observat ca replicarea genelor care se exprima intr-un anumit tip de celula este precoce, in timp ce in celulele in care aceste gene sunt neexprimate este tarzie. De exemplu, la mamifere, cromozomul X activ este replicat inaintea celui inactiv. Heterocromatina poate fi divizata in heterocromatina constitutiva si heterocromatina facultativa. Divizarea se face in functie de permanenta starii de condensare a acesteia ( permanena, nu permanenta ). Heterocromatina constitutive = condensate pe tot parcursul ciclului cellular si va contine regiuni de ADN care vor fi reprimate permanent. La mamifere, cea mai mare parte a heterocromatinei constitutive se gaseste in apropierea centromerelor, dar si in regiunile particulare, cum ar fi bratele distale ale cromozomilor Y. De asemenea, acest tip de cromatina apare si in regiunile telomerice. In principal, s-a observant ca secventele de ADN din regiunile heterocromatinei constitutive sunt secvente inalt repetitive si foarte putin secvente codificatoare. Se considera ca heterocromatina contine anumite elemente care pot afecta starea de exprimare a genelor invecinate. Astfel, daca genele active isi schimba pozitionarea => translocari / transpozitii si se apropie de regiunile heterocromatinice, acestea vor avea tendinta de a deveni inactive ( efect de pozitionare ). Contrar formei constitutive, heterocromatina facultative este inactivate specific in cursul anumitor stadia de dezvoltare ale organismului. Un exemplu il reprezinta inactivarea cromozomului X in celulele mamiferelor. Desi in celulele femelelor exista 2 cromozomi X, unul singur va fi functional in procesul de transcriptie. ( si, bineinteles, a urmat o gluma sexista a lui monsieur Sergiu : )) )Celalalt va ramane condensate sub forma unei mase de cromatina numita corpusculul Barr. Se considera ca acest fenomen reprezinta un mecanism normal de compensare prin care celulele ambelor sexe dispun de acelasi numar de cromozomi X active. ( iar aici a dres gluma de mai inainte ).
2
Aberatii cromozomiale O serie de modificari accidentale ce altereaza informatia genetica apar cel mai adesea in cursul replicarii ADN si, de cele mai mute ori, acestea sunt datorate actiunii unor agenti din mediul extern. Astfel, parti din cromozom se pot pierde sau segmente cromozomiale se pot schimba intre cromozomi diferiti. Apar ca urmare a unor resturi in molecula de ADN, iar frecventa lor poate creste foarte mult in urma expunerii la agenti de mediu cu efect asupra macromoleculei de ADN, de exemplu agenti biologici de tipul virusurilor, fizici de tipul radiatiilor gamma sau X sau agenti chimici ( sunt si in cursurile de acizi nucleici agenti alchilanti etc. ) De asemenea, cromozomii anumitor specii prezinta zone fragile care au o susceptibilitate crescuta la ruperi ale moleculelor de ADN. Generatiilor urmatoare le sunt transmise aberatiile cromozomiale care apar in timpul meiozei sau in timpul fenomenului de crossing-over anormale. Tipuri de aberatii cromozomiale: inversii = un cromozom este rupt in 2 locuri, iar segmentul situat intre cele 2 pozitii este reatasat, dar in sens invers. apar la aproximativ 1% din populatia umana pot fi paracentrice = daca implica un singur brat al cromozomului afectat pericentrice = daca rupturile se produc de-o parte si de alta a centromerului. daca o celula cu inversie cromozomiala intra in meioza, atunci cromozomul afectat nu se poate imperechea cu omologul normal deoarece ordinea genelor este diferita => imperecherea insotita de formarea unei bucle ce poate conduce la aparitia unui fenomen de crossing-over. translocari = atasarea unui cromozom sau fragmentelor de cromozom la un altul intr-o celula somatica, aceste modificari pot sa nu aiba niciun efect asupra functiei unei celule. totusi, acest tip de eveniment creste probabilitatea ca celula sa se transforme si sa devina maligne. de exemplu, cazul cromozomului Philadelphia, care apare exclusiv in celulele maligne, dar nu in celulele normale ale pacientilor care sufera de anumite forme de leucemie => este o versiune scurta a cromozomului 22 de la om. S-a constatat ca segmental lipsa este transferat cromozomului 9, acesta continand o gena implicata in proliferarea celulei. Ca urmare a translocarii, o mica parte a genei este afectata, iar proteina sintetizata ca urmare a exprimarii acestei gene va contine aproximativ 600 de resturi de aa suplimentare. Aceasta proteina noua, mai lunga, conserva activitatea catalitica a proteinei originii, dar nu se supune mecanismului de reglare celulara. la fel ca si inversiile, pot cauza probleme in procesul de meioza deoarece continutul in gene este modificat.
3
pot fi balansate reciproce = se produce cate o singura rupture pe 2 cromozomi, cu schimb de material genetic robertsoniana ( fuziune centrica ) = presupune fuziunea dintre 2 cromozomi acrocentrici. Rupturile materialului genetic apar in apropierea centromerilor fiecarui cromozom, iar transferurile de material genetic duc la obtinerea unui cromozom foarte mare si a unuia foarte miccare se pierde. deletii = pierderea unui fragment dintr-un cromozom in functie de localizare sunt terminale = ca urmare a unei singure rupturi la nivelul unuia dintre bratele cromozomului interstitiale = ca rezultat a 2 rupturi si se soldeaza cu pierderea regiunilor cuprinse inre acestea. de obicei, lipsa unui segment dintr-un cromozom duce la pierderea unei gene si are consecinte chiar daca cromozomul omolog este normal. cromozomul sub forma de inel = forma speciala de deletie care apare atunci cand la capetele cromozomului se produc rupturi care sunt urmate de fuziunea regiunilor acceptoare. duplicari = repetarea unei anumite portiuni dintr-un cromozom. responsabile de prezenta mai multor exemplare ale anumitor gene la nivelul genomului. un exemplu clasic de duplicare este acela care afecteaza genele globinelor. izocromozomii = apar atunci cand unul dintre bratele unui cromozom este pierdut, iar bratul ramas este duplicat = > se va obtine un cromozom cu 2 brate scurte sau lungi, identice. cele mai frecvente cazuri se intalnesc la niveul cromozomului X.
Compactarea ADN nuclear la EK
In celulele EK unitatile de baza a organizarii cromatinei este nucleozomul. Impachetarea precisa a molecului de ADN depinde de un grup de proteine bazice numite proteine histonice. Nucleozomii formati din ADN si proteine histonice sunt organizate in filament de 10 nm prin interactii cu o alta clasa de proteine histonice, iar la un nivel superior de organizare este obtinut prin compactarea acestor filament si formarea unui solenoid cu diametrul de 30 de nm. Ulterior, cromatina se organizeaza in bucle si domenii distincte prin intermediul fixarii pe matricea bogata in prot. Fiecare bucla se pare ca are o singura origine de replicare si se comporta ca o unitate
4
independenta de replicare. Practic, buclele sunt unitati de suprarasucire independente cu structura topologica proprie. Ultimul stadiu al compactarii materialului genetic al EK este reprezentat de cromozomul mitotic. Nucleozomii Se formeaza in urma interactiilor dintre moleculele de ADN si prot. histonice . Aceste protein histonice prezinta in structura un % mare de alfa helix, iar la pH fiziologic sunt incarcate pozitiv. Aceste proteine prezinta in structural lor un % foarte mare de resturi de Lys si Arg, acesti aa reprezinta aproximativ un sfert din totalul aa din compozitia histonelor. Acesti aa cu character basic pot suferi modificari posttranslationale, reversibile, de tipul acetilarilor, metilarilor sau fosforilarilor. Studiile comparative de secvente si de structura au dus la impartirea familiei histonelor in 2 grupuri: pe de-o parte: H2A, H2B, H3 si H4, iar pe de alta parte: H1. Daca ne referim la prima clasa, sunt extreme de bine conservate evolutiv. De exemplu, histone H4 de la bovine si mazare are in compozitie 102 resturi de aa, iar in ceea ce priveste structura primara, difera doar prin 2 resturi de aa. Structura histonei H1 este mult mai variabila de la o specie la alta. Structura tertiara a histonelor din primul grup demonstreaza existenta a 2 domenii la nivelul proteinelor un domeniu central, globular, hidrofob un domeniu N-terminal, hidrofil, incarcat pozitiv si flexibil. histona H1 poseda la capatul C-terminal si un al treilea domeniu, flexibil, hidrofil, cu ajutorul caruia reuseste sa lege molecula de ADN care intra si iese de pe nucleozom. Fiecare nucleozom este reprezentat de 147 perechi de baze de ADN rasucite in 2 ture de dubla elice stanga in jurul unui octamer histonic ce contine cate 2 copii din moleculele H2A, H2B, H3 si H4. Miezul nucleozomilor are un diametru de aproximativ 10 nm si este format din proteine histonice. Nucleozomii sunt uniti unii de altii prin segmente de ADN numite ADN de legatura cu o lungime de aproximativ 60 pb. Pentru fiecare nucleozom in parte exista o melocula de histona H1 pozitionata la exterior, care este asociata cu cele 2 extremitati ale ADN ce intra, respective ies de la nivelul nucleozomului. Sunt astfel organizati in filamente de 10 nm prin intermediul interactiilor cu histonele H1. Daca se realizeaza experimental eliminarea selective a hist. H1, cromatina va capata un apect dezorganizat. In general, resturile de aa bazici ale hist. din prima clasa sunt grupate catre extremitatile molecule, iar regiunile hidrofobe ale acestora formeaza miezul octamerului histonic. Regiunile hidrofobe favorizeaza astfel agregarea sub forma de octamer, in timp ce regiunile polare bazice formeaza cozi flexibile orientate catre exterior unde pot stabili interactii ionice cu gruparile fosfat incarcate negativ din structura ADN. In ciuda faptului ca molecula de ADN este strans asociata cu octamerul histonic prin intermediul suprafetei interne, partea exterioara a acesteia ramane expusa si poate interactiona cu moleculele de reglare.
5
Studiile de cristalografie au demonstrat ca resturile de incarcate pozitiv ale histonelor sunt reunite sub forma de perechi la exteriorul octamerului. Aceste resturi perechi formeaza o spirala care contureaza un traseu care urmeaza dublul helix ADN in jurul nucleozomului. Chiar daca asamblarea hist. cu dublul helix ADN nu depinde de secvenele in perechi de baze, acest lucru nu semnifica neaparat ca pentru o anumita gena nucleii cromozomilor sunt localizati aleator. S-a demonstrat ca anumite regiuni genice au preferinta pentru legarea la nivelul nucleozomilor. De asemenea, pozitionarea nucleozomilor poate fi influentata si de capacitatea ADN de a se rasuci in jurul octamerului histonic. Astfel, segmentele de ADN bogate in A si T sunt mai flexibile si se curbeaza mai uor decat regiunile bogate in G si C. In consecinta, nucleozomii au tendinta de a se forma in regiunile in care raportul A:T este optim deoarece acesta diminueaza energia necesara rasucirii ADN in jurul octamerului. Acest lucru a fost constatat si prin evidentierea faptului ca regiunile bogate in A si T se gasesc preferential in locurile unde fosa minora a dublului helix este orientate catre octamerul histonic. Formarea nucleozomilor reprezinta prima etapa in condensarea ADN, iar interactiile cu hist. H1 asigura un raport de compactare de 7:1.
Niveluri superioare de organizare a cromatinei Primul nivel de compactare superioara nucleozomilor este reprezentata de filamentele de 30 nm. Pentru formarea acestor filamente se presupune ca fibrele condensate se formeaza prin impachetarea nucleozomilor intr-o structura spiralata ( numita aranjament solenoid ) care contine cate 6 nucleozomi pentru fiecare tura de rasucire. Formarea acestor filamente de 30 nm creste raportul de condensare al cromatinei de inca 6 ori. Se considera ca filamentele sunt stabilizate prin interactii ale hist. H1 ce apartin nucleozomilor vecini. In momentul extragerii histonei H1 de la nivelul filamentelor solenoid de 30 nm, cromatina se deruleaza si se transforma inapoi in sirag de perle. Urmatorul stadiu de condensare a moleculei de ADN il reprezinta organizarea filamentelor de 30 nnm intr-o serie de bucle suprarasucite. Se estimeaza ca fiecare bucla de ADN contine secvente de 10 pana la 150 kpb marime. Se pare ca buclele ADN sunt fixate la baza de proteine specific eafod, iar controlul compactarii este asigurat de topoizomeraze. Normal, buclele de cromatina se etaleaza in interiorul nucleului si nu sunt vizibile, dar pot fi evidentiate prin tehnci experimentale. Cromozomul mitotic reprezinta ultima etapa de condenare a cromatinei. Atingerea acestui stadiu in care 1 micromol de cromozom contine aproximativ 1 cm de ADN compactat se face prin procese inca necunoscute.