Cap 3 Bilant de Populatii

03.06.
2014 1 Ingineria Bioproceselor si Bioreactoare

Bilan de Populaii
Anumite evenimente specifice ale ciclului celular(i.e., distributia plasmidelor catre
celulele-fiica in timpul diviziunii celulare in culturile recombinante) influenteaza
performanta globala a culturii si impun dezvoltarea unui model de bilant de populatii
bazat pe numarul de celule pentru a obtine o descriere corecta a acestor procese.
Proprietatile celulei sunt descrise de vectorul y, care poate contine informatii despre
continutul celular ai componentilor intracelulari, varsta si marimea celulei, etc
Distributia celulelor in interiorul populatiei este data de functia de distributie a
densitatii f(y,t), definita astfel incat f(y,t)dy reprezinta numarul de celule pe unitatea
de volum in interiorul spatiului de proprietate de la y la y + dy la timpul t. Prin urmare
numarul de celule pe unitatea de volum in populatie este dat de
( ) ( )
,
V
N t f t d =
}
y
y y
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York, 2003
03.06.2014 2 Ingineria Bioproceselor si Bioreactoare
Bilan de Populaii
Determinarea numarului total de celule din bilantul de substrat

Pentru o distributie a celulelor cu diferite cinetici de consum a substratului, viteza
volumetrica de consum a substratului pentru un singur substrat limitativ este data de
Bilantul de masa pentru substratul limitativ devine astfel
( ) ( ) ( )
, ,
S
V
q t r S f t d =
}
y
y
y y y
( ) ( )
, ,
in
S
V
S S dS
r S f t d
dt t
=
}
y
y y y
Daca r
S
(y, S) este considerata independenta de starea celulara, solutia pentru starea
stationara a bilantului de masa rezulta in
( )
( )
in
S
S S
N t
r S t
Bilan de Populaii
Pentru un sistem omogen(sau pentru un element de volum omogen dat), bilantul
dinamic pentru functia de distributie
Viteza de schimbare a
proprietatilor r
i
viteza in lungul
axei i de proprietate in spatiul total
de proprietate V
y

( )
( ) ( ) ( )
( ) ( )
, , ,
, , ,
in
f t f t f t
t f t h t
t t
c
+V = (

c
y
y y y
r y y y
Viteza neta de formare a
celulelor cu proprietatea y
datorita diviziunii celulare
Debitul net de celule cu
proprietatea y
Ecuatia de bilant de populatii este aplicabila numai pentru bioreactoare omogene (cu
amestecare perfecta), unde functia de distributie a densitatii este aceiasi pentru fiecare
element de volum din bioreactor. Ipoteza este rezonabila pentru bioreactoarele la scala
de laborator, in timp ce pentru bioreactoarele folosite in industrie nu poate fi aplicata .
Bilan de Populaii
Forma generala a bilantului de populatii
Cu un spatiu fizic ne-omogen, functia de distributie a densitatii devine deasemenea o
functie de pozitie in spatiu f(z,y,t) , unde z este spatiul fizic de stare, in timp ce
f(z,y,t)dzdy este numarul de celule din interiorul spatiului fizic cuprins intre z si z + dz si
din interiorul spatiului de proprietate cuprins intre y si y + dy.
Numarul total de celule pe unitatea de volum din populatie este dat de
Efectul dilutiei
( ) ( )
( ) ( )
( ) ( ) ( )
, , ,
, , , ,
, , , , , ,
t f t
f t f t
dV
t f t h t
t V dt V
V (
c

+ + +V = (

c
z
y
v z z y
z y z y
r z y z y z y
Viteza neta de formare a
celulelor cu proprietatea y
datorita diviziunii celulare
Transportul net
convectiv de celule
cu proprietatea y
( ) ( )
, ,
V V
N t f t d d =
} }
y z
z y z y
Forma generalizata a bilantului de populatii devine
Viteza schimbarii
de proprietati
Bilan de Populaii
Henson, M.A., 2003, Dynamic modeling of microbial cell populations, Current Opinion in Biotechnology 14:460467
Bilan de Populaii
Bilan de Populaii
Formarea celulelor cu proprietatea y este descrisa de functia h(y,t) care permite si
descrierea aparitiei unor evenimente discrete, ca diviziunea celulara. Functia h(y,t) este
deseori impartita in doi termeni:
Viteza de formare a
celulelor cu proprietatea
y
( ) ( ) ( )
, , , h t b t f t
= y y y
( ) ( ) ( )
, , , h t h t h t
+
= y y y
Viteza de disparitie a celulelor cu
proprietate y datorita diviziunii
Diviziunea celulara eveniment singular (relativ independent de ceea ce se intampla cu
celelalte celule).
Considerand b(y,t) frecventa de diviziune b(y,t)dt este probabilitatea ca o celula cu
proprietatea y la un timp t se divide in intervalul t t + dt.
Bilan de Populaii
Independent de proprietatile celulare si conditiile de mediu, doua noi celule se
formeaza ca urmare a diviziunii unei celule cu proprietatea y.
( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
* * * *
, 2 , , , , , ,
V
h t b t p t f t d b t f t =
}
y
y y y y y y y y
( ) ( ) ( ) ( )
* * * *
, 2 , , , ,
V
h t b t p t f t d
+
=
}
y
y y y y y y
Functia de partitionare probabilitatea formarii celulelor cu proprietatile y si y*-y,
respectiv, in urma diviziunii unei celule cu proprietatea y*.
( )
( )
* *
*
, , 0,
, , 1
i i
V
p t y y
p t d
= - >
}
y
y y
y y y
Bilan de Populaii
In unele situatii este suficient sa se obtina informatii legate de compozitia medie si de
deviatia standard a populatiei.
Acestea pot fi calculate pornind de la momentele functiei de distributie a densitatii
( ) ( )
, ,
y
n
n
V
M y t y f y t dy =
}
Momentul de ordin zero este egal cu numarul total de celule pe unitatea de volum.
Momentul de ordin unu este egal cu compozitia medie a celulei
( )
( )
( )
( )
( )
1
0
,
y
V
y f y t dy
M t
y t
M t N t
= =
}
Momentul de ordin doi al functiei este asociat variantei
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
2
2 2
2
2
,
y
V
y f y t dy
M t
t y t y t
N t N t
o

= =
}
Bilan de Populaii
Pentru a dezvolta o intelegere fundamentala a eterogenitatii celulare si efectul
acesteia asupra dinamicii populatiei microbiene, sunt necesare metode biochimice de
analiza care ofera informatii la nivel mono-celular.

Citometria in flux a aparut ca o metoda foarte puternica de a masura distributia
proprietatilor celulare in interiorul unor populatii mari de celule. Combinand tehnici
de marcare a celulelor si analiza a dispersiei luminii si a semnalelor fluorescente,
celulele pot fi diferentiate tinand cont de marime, continut de proteine, continut de
ADN si de alte proprietati intracelulare.

Citometria in flux a fost combinata cu tehnici de injectie in flux pentru a produce
sisteme automate care ofera masuratori in timp real a distributiei proprietatilor
celulelor.

Cand ii sunt asociate modele de populati celulare corespunzatoare, citometria in flux
in timp real poate permite dezvoltarea sistemelor computerizate care au capacitatea
de a monitoriza si controla distributiile celulare in fermentatiile microbiene.
Bilan de Populaii
Cea mai riguroasa abordare pentru a descrie efectul eterogenitatii celulare asupra
dinamicii culturilor microbiene se bazeaza pe Ecuatia Bilantului de Populatii(PBE
Population Balance Equation).

Celulele individuale sunt diferentiate folosind variabile alese corespunzator care
caracterizeaza starea intracelulara. Modele de PBE bazate pe un singur parametru de
stare, precum varsta sau masa celulei, sunt cele mai des intalnite, datorita simplitatii
lor.

In general ecuatia de bilant de populatii este cuplata cu ecuatiile de bilant material ale
nutrientilor importanti din mediul extracelular.

De obicei se considera un singur substrat limitativ, din motivul simplitatii.
viteza de crestere
pentru o singura celula
viteza de
diviziune
functia de
partititionare
functia de distributie a
numarului de celule
concentratia
de substrat
viteza de
dilutie
concentratia
substratului la intrare
Bilan de Populaii
Disponibilitatea modelelor discretizate PBE si/sau a modelelor aproximative de ordin
redus faciliteaza proiectarea controllerelor cu feedback, care pot regla in mod direct
distributia variabilelor legate de distributia celulelor.

Studiile recente s-au concentrat asupra chemostatelor ,unde viteza de dilutie si
concentratia initiala a substratului limitativ sunt potentialele variabile manipulate.

Aceste studii au pus in evidenta relatia dintre the modelul dinamic al ciclului celular si
strategia de control prin feedback aleasa.

Metabolismul celulelor individuale si dinamica populatiei pot avea de asemenea un
impact major asupra proiectarii pornind de la un model a controllerelor.
Bilan de Populaii
Modele de asamblare celulara

Un dezavantaj al folosirii modelelor PBE este lipsa unei baze biochimice ce determina
functiile fiziologice asociate cresterii si diviziunii unei singure celule.

Incorporarea cailor de reactie intracelulare care ofera descrieri mecanistice ale acestor
procese celulare este posibila daca functia de distributie reprezinta fractia masica
(mai degraba decat numarul) a celulelor cu o anumita stare interna.

Starea intracelulara este reprezentata de un vector, potential de dimensiuni mari, care
contine concentratiile diferitelor specii intracelulare aceste modele de PBE
structurate metabolic se asteapta sa fie greu de manipulat prin calcul intrucat
discretizarea lor va produce un numar foarte mare (10
6
, in functie de descrierea
metabolica ) de ecuatii diferentiale ordinare neliniare.
Vector de stare
intracelular
Vector parametrii
intracelulari (reactie si
fenomene de
transport)
Vector parametrii
extracelulari
Vector de stare
extracelulara(substraturi,
metaboliti si alte specii)
Bilan de Populaii
Un model dinamic al unei singure celule microbiene care descrie corespunzator
procesele celulare de interes este necesar. Vectorul de stare al modelului de ecuatii
ordinare diferentiale neliniare contine concentratiile diferitelor specii intracelulare.

Un ansamblu este construit pornind de la un numar potential mare de modele celulare
individuale in care parametrii intracelulari sunt modificati aleator fata de valorile lor
nominale pentru a surprinde eterogeneitatile asociate proceselor celulare particulare.
In general perturbarile aleatoare sunt presupuse a fi normal distribuite cu zero medie
si varianta corespunzatoare oricarui set de date disponibile.

Modelu ansamblului celular este completat adaugand ecuatii diferentiale, care
surprind dinamica concentratiei speciilor extracelulare relevante.

Datele obtinute din simulari pot fi folosite pentru calcularea dinamicii distributiilor
celulare, raportandu-se la orice proprietate intracelulara prezisa de modelul celular
individual folosind un numar suficient de mare de modele celulare individuale,
mediile ansamblului celular sunt independente de numarul de celule iar distributiile
celulare calculate sunt rezonabile.
Bilan de Populaii
Bilan de Populaii

Datorita nivelului de detalii introduse in formularea lor matematica, modelele de
bilant de populatii celulare reprezinta cea mai precisa metoda de a descrie
fenomenele complexe asociate cresterii celulare, consumului de nutrienti si formarii
de produsi in culturile microbiene.

Formularea acestor modele permite, firesc, integrarea informatiilor despre diviziunea
celulara si partitia materialului celular urmand diviziunea. Acest tip de informatii pur
si simplu nu este prezent in modelele de tip continuum(care trateaza biomasa ca pe o
entitate omogena).

Contrar modelelor continuum, care pot prezice doar o medie a proprietatilor
populatiei, modelele de bilant de populatii sunt capabile sa prezica distributiile de
proprietate pe intreaga celula.

Problema controlului diferitelor momente ale distributiei masei celulelor intr-un
bioreactor continuu prin manipularea vitezei de dilutie este rezolvata.
Mantzaris, N.V., Daoutidis, P., 2004, Cell population balance modeling and control in continuous bioreactors, Journal of Process Control
14, 775784
Bilan de Populaii
Anumiti metaboliti de interes(e.g. anticorpi monoclonali produsi de celulele
hybridoma) sunt produsi doar in ultima parte a ciclului celular unde masa celulara este
mai mare.

Pentru a mari productia de metabolit, este necesar sa se atinga o distribuitie a masei
celulare pentru care momentele de ordin zero si unu sa fie maxime iar cel de ordinul
doi minim.

Modelul folosit pentru simulari si generarea controllerului este un model celular de
bilant de populatii, structurat pe masa, care ia de asemenea in consideratie consumul
de substrat.

Trei cazuri diferite de control al parametrului de iesire sunt luate in consideratie:
a) momentul de ordin intai al distributiei (concentratia biomasei),
b) momentul de ordin zero al distributiei (densitatea celulara)
c) momentul de ordin doi al distributiei.
14, 775784
Bilan de Populaii
Dinamica functiei de distributie de stareN(x,t) este descrisa de ecuatia generala de
bilant de populatii
In cazul in care se pleaca de la presupunerea ca celulele mama isi impart egal
materialul intre cele doua celule fiica, ecuatia generala de bilant de populatii devine o
ecuatie functionala partial diferentiala
14, 775784
Bilanturile materiale pentru substratul S sunt incluse
Bilan de Populaii
Doua expresii diferite ale vitezei de crestere pentru o singura celula sunt luate in
considerare
Celulele se divid cu viteza:
14, 775784
Functia de partitie- distributie simetrica beta
Functia de distributie a probabilitatii diviziunii se presupune ca depinde doar de masa
celulei- partea stanga trunchiata a unei distributii Gaussiene
Bilan de Populaii
Se considera ca nu are loc decesul celular si ca celulele cresc intr-un propagator
continuu, din care ies cu o viteza de dilutie D. Cu aceste presupuneri, dinamica
populatiei celulare devine
Bilantul de masa pentru substrat
14, 775784
Termenul de crestere evidentiaza faptul ca celulele cu masa m sunt pierdute ca
urmare a cresterii lor in celule cu mase mai mari. Termenul de diviziune descrie
pierderea celulelor cu masa m in urma diviziunii in celule fiica cu mase mai mici.
Termenul de nastere arata formare celulelor cu masa m ca rezultat al diviziunii celulare
al celulelor cu mase mai mari. Termenul de dilutie reprezinta viteza cu care celulele ies
din bioreactor.
Bilan de Populaii
Simulari in bucla deschisa viteza
de crestere liniara

Densitate celulara stationara(zero
moment) (cercuri goale)
Moment de ordin 1(patrate goale)
Moment de ordin 2(cercuri pline)
Concentratia substratului(patrate
pline) functie de viteza de dilutie
14, 775784
Bilan de Populaii
Controlul momentului de ordin intai al distributiei viteza este liniara in raport cu m
14, 775784
Metodele de control neliniar pot fi folosite pentru a impune un raspuns de ordinul intai
in bucla inchisa pentru concentratia de biomasa
Legea de control necesara este
Necesita masuratori doar pentru concentratiile de substrat si biomasa, cea din urma
pentru momentul de ordin intai care depinde de ea.
Bilan de Populaii
Simulare in bucla inchisaviteza de crestere
liniara.

Valoarea parametrului de ajustare a
controllerului: k1=1.

Parametrul de iesire controlat: concentratia
biomasei. M
1
(0)= 4.999 g/l (D = 0.1 h
-1
) M
1,sp
= 3
g/l (D = 0.953 h
-1
).
(a) Dinamica iesirii controlate si intarii
manipulate. Linie continua: concentratia
biomasei(moment de ordin 1). Linie
punctata: viteza de dilutie.
(b) Dinamica distributiei masei in intreaga celula
14, 775784

Cap 3 Bilant de Populatii

Încărcat de

Informații document

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Cap 3 Bilant de Populatii

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

03.06.

2014 1 Ingineria Bioproceselor si Bioreactoare

S-ar putea să vă placă și