Plierea proteinelor; conformatiile predominante

Structura lipidelor si acizilor nucleici

Asocieri dintre macromolecule si liganzi
Forte moleculare in structuri
biologice

Complexitatea este greu de inteles prin
studierea directa a biomoleculelor

Chiar daca sunt nebiologice dar
instructive pentru a permite trecerea
la sisteme complexe simple
sisteme model

Forta Coulomb
r
q q
W
0
2 1
4tc
=
Punct de vedere termodinamic
Cand se masoara entalpia aceasta este
atribuita interactiunilor electrostastice si
legaturilor de hidrogen.
Entropie mare: interactiuni hidrofobe
T
G
T r
q q
r
q q
T
S
c
c
=
c
c
=
|
.
|

\
|
c
c
=
c
c
c
tc tc
1
4 4
2
1 1 1 1
T
G
S
c
c
=
T
G S
c
c
=
c
c
1
S=G, daca nu depinde de temperatura
Dar
Constanta dielectrica este puternic dependenta de
temperatura: descreste cu 0,46% per grad Kelvin
0046 , 0
1
=
c
c
T
c
c
G S 0046 , 0 =
La temperatura T=300 K
G ST 38 , 1 =
Concluzie:
Contribuia entropica este mai mare
chiar decat energia libera
Din calculele precedente
Enatalpia atrage sarcinile de semn contrar
Entropia le disperseaza
Interpretare moleculara: ionii restrictioneaza miscarea (in
principal rotatia) moleculelor de apa
Balanta intre fortele dintre ioni si fortele ioni- molecule de
apa complicata dar exprimata printr-un singur
numar .
Energia Born
Energia necesara pentru a plasa un ion
intr-un mediu de o anumita constata
dielectrica
Lucrul mecanic necesar pentru a aduce
o sarcina mica q pe suprafata unei
sfere care are deja sarcina q
r
q q
G
tc
o
o
4
' '
=
Lucrul total pentru a incarca sfera de la
sarcina 0 la valoarea q
}
= =
q
r
q
q q
r
G
0
2
4
' '
4
1
tc
o
tc
Max Born 1920
Se poate calcula energia pentru
a plasa un ion intr-un solvent de
o anumita constanta dielectrica
In cazul apei:
Energia de hidratare
r
q
G
tc 4
2
=
H=G+TS
T
G
S
c
c
=
r?
Distanta dintre centrul ionului si
patura exterioara electronica a
contraionului in cristal
Prin diferenta dintre energiile proprii se
poate estima energia libera de transfer a
ionului intre doua medii diferite
Exemplu: ionul de sodiu cu r=0,95 pentru a
fi transferat din apa =80 in mediu
hidrocarbonat cu =2 diferenta de energie
este de 85 kcal/mol.
Coeficientul de partitie dintre apa si
ulei
63 /
10
A
=
RT G
e
Extrem de dificil de trecut un ion
din apa in interiorul proteinei sau
membranei
Forte imagine
Ion la marginea unui
plan infinit ce
separa doua medii
cu
1
si
2

|
|
.
|

\
|
+

=
1 2
1 2
'
c c
c c
q q
Energia potentiala de interactiune
r
q
U
1
2
1 2
1 2
8tc c c
c c
|
|
.
|

\
|
+

=
Aproape (diferente <5-10%) la
fel de dificil cu plasarea in
mediul hidrofob al unei sarcini
Interactiunea sarcina-dipol
d=aq, momentul dipolar
La distante mari, r>>a
U~1/r
2

!!!
Interactiune dipol-dipol
U~1/r
3

Pentru dipoli in solutie supusi
agitatiei termice
kT r
d d
U
6 2
2
2
2
1
3c
=
Forte de dispersie
Sarcinile fluctueaza rapid in timp:
dipoli instantanei
Forte de atractie sau de respingere
6
1
~
r
U
La distante mari
La distante mici
La distante mici
r
U
1
~
Molecule cilindrice
cu axe paralele
5
1
~
r
U
Plane paralele
2
1
~
r
U


Science 296 (5574): 1876-1880
Copyright 2002 by the American Association for the Advancement of Science
Dynamics of Thymocyte-Stromal Cell Interactions Visualized by Two-Photon Microscopy
Philippe Bousso,1 Nirav R. Bhakta,2* Richard S. Lewis,2 Ellen Robey1
Thymocytes are selected to mature according to their ability to interact with self major
histocompatibility complex (MHC)-peptide complexes displayed on the thymic stroma. Using two-
photon microscopy, we performed real-time analysis of the cellular contacts made by developing
thymocytes undergoing positive selection in a three-dimensional thymic organ culture. A large
fraction of thymocytes within these cultures were highly motile. MHC recognition was found to
increase the duration of thymocyte-stromal cell interactions and occurred as both long-lived
cellular associations displaying stable cell-cell contacts and as shorter, highly dynamic contacts.
Our results identify the diversity and dynamics of thymocyte interactions during positive selection.
1 Department of Molecular and Cell Biology, University of California, Berkeley, CA 94720, USA.
2 Department of Molecular and Cellular Physiology, Stanford University School of Medicine,
Stanford, CA
Forte hidrofobe
Uleiul formeaza faze
separate de mediul
apos
Macromoleculele
se aranjeaza in structuri care
minimizeaza contactul dintre
gruparile polare si domeniile
hidrofobe
O explicatie a efectului hidrofob
Forte de dispersie
Efect dirijat
entropic
Panta creste la
adaugarea
ionilor in solutie
Forte de respingere
Gruparile hidrofile interactioneaza favorabil
cu apa
Este dificil de indepartat apa si de adus
suprafetele hidrofile in apropiere
Forte de hidratare
Distanta de echilibru ~ 20-40 A
Doua bistraturi lipidice:
se atrag prin forte hidrofobe
- Se resping prin forte hidrofile
Exemplu
Forte de hidratare

Scade exponential cu 1/r
Unde sunt fortele electrostatice de
interactiune dintre bistraturile
incarcate electric?
Importante doar
daca distanta este
mai mare de 25 A
In procesul de fuziune membranara
Fortele de hidratare sunt un
obstacol important
Ioni divalenti
vezicule
Facilitata de:
Legatura de hidrogen
In procese catalitice poate
ajunge si la 20 kcal/mol
Repulsia sterica
Potential Lennard-Jones