Universidade Federal de Uberlndia Instituto de Gentica e Bioqumica (INGEB)

Curso de edicina ! "isci#lina de Bioqumica I Estudo "iri$ido% &mino'cidos( #e#tdeos

e #rotenas
)) Escreva a frmula geral de um aminocido. D exemplos de:
a) Aminocidos com um grupo amino e dois grupos carboxilas.
b) Aminocidos com um grupo carboxila e dois grupos amino.
*) Defnir ponto isoeltrico p!) de um aminocido.
+) "omo os aminocidos D# diferem dos aminocidos $% &ual tipo encontrado nas prote'nas%
,) Dado um pept'deo com a seguinte se()ncia de aminocidos:
*al+,et+-er+!le+./e+Arg+"0s+10r+$eu
!dentif(ue os aminocidos polares# os aminocidos aromticos e os aminocidos contendo
enxofre.
-) Escrever as forma i2nicas predominantes da glicina e suas cargas l'(uidas em p3 45 p3 6#785 p3
9#:5 p3 ;#<:5 p3 46. &ual ser o p! da glicina%
.) Escrever as forma i2nicas predominantes do glutamato e suas cargas l'(uidas em p3 45 p3 6#4;5
p3 9#:5 p3 ;#<95 p3 46. &ual ser o p! do glutamato%
/) Entre os aminocidos polares# citar a(ueles (ue em p3 9 apresentam grupo = com carga
negativa aminocidos cidos)# carga positiva aminocidos bsicos) e carga nula polares sem
carga).
0) Demonstre a estrutura do dipept'deo formado (uando a alanina reage com a glicina por meio de
uma liga>?o pept'dica. 3 mais de um produto poss'vel para essa rea>?o%
1) &uantas pept'deos diferentes ser?o poss'veis de serem formados a partir de 7 aminocidos:
glicina# treonina e alanina.
)2) &ual dos aminocidos aromticos apresenta ioni@a>?o do grupo =. &ual ser o p! desse
aminocido%
))) -olu>Aes contendo aminocidos podem atuar como tampAes fsiolgicos tamponamento em
p3 9)%
Os aminocidos apresentam comportamento anfotricos, atuando tanto como bases quanto
como cidos, assim, so bons tampes fisiolgicos.
)*) B pCa da cadeia lateral do grupo imida@ol da /istidina <#:. &ual a ra@?o de cadeias
laterais n?o+carregadasD carregadas em p3 9#:.
A razo de 1:1 ! que o p" uma unidade maior que o p#a
)+) &ual dos aminocidos citados a seguir apresentam carga l'(uida E6 em p3 baixo% E (ual
deles tem carga l'(uida de +6 em p3 alto% Aminocidos: Aspartato# alanina# arginina# glutamato#
leucina e lisina.
carga l$quida %& : 'lutamato, Aspartato, Alanina, Arginina, lisina. carga l$quida (&: )eucina
),) Escreva e(ua>Aes para mostrar as rea>Aes de dissocia>?o i2nica dos seguintes aminocidos:
aspartato# valina# /istidina# serina e lisina.
)-) Existe algum aminocido (ue poderia servir como um tamp?o em p3 F#:. -e /ouver# (ual
deles%
*im, a Alanina que funciona como tampo, seus grupos ioniz+eis esto entre ,,-. e 1,-.. / o
p0 est pr1imo do dos grupos ioniz+eis.
).) Diferencia prote'nas globulares de prote'nas fbrosas.
)/) Defna desnatura>?o em termos de seus efeitos nas estruturas secundrias# terciria e
(uaternria
)0) Gas prote'nas# o aminocido prolina fre()entemente encontrado em s'tios onde a cadeia
polipept'dica se curva em um Hngulo fec/ado. Iustif(ue a presen>a desse aminocido nessas
estruturas# tambm c/amadas de dobras J.
)1) "omenta+se (ue a diferen>a entre a l? e a seda a diferen>a entre as estruturas /elicoidais e
a de fol/a pregueada. *oc considera esse ponto de vista vlido% Iustif(ue sua resposta.
*2) =oupas de l? (ueratina) encol/em (uando lavadas em gua (uente# mas artigos feitos de
seda fbro'na da seda) n?o. -ugira uma ra@?o para isso.
A l formada pela queratina, uma prote$na fibrosa que tem sua constitui2o em forma
0elicoidal que encol0e com gua quente, por isso a caracter$stica de encol0er e +oltar, !a seda,
que uma prote$na produzida pelo bic0o(da(seda, formada pelas prote$nas fibroina e serina,
mas sua constitui2o secundria do tipo b(fol0a, fazendo com que elase encol0a muito pouco
com a gua quente
*)) *oc est determinando a se()ncia de aminocidos de uma prote'na e deve conciliar
resultados contraditrios. Em uma tentativa voc determinou uma se()ncia (ue tin/a a glicina
como aminocido G+terminal e uma asparagina no "+terminal. Entretanto# em outra tentativa# os
seus resultados indicaram a fenilalanina como G+terminal e a alanina como "+terminal. "omo
voc conciliaria essa contradi>?o aparente%
A fenilalanina is3mero da glicina e, por isso, os resultados indicaram a fenilalanina como 4(
terminal e a alanina como 5(terminal
**) Escrever a estrutura completa do tripept'deo Kl0+$0s+Klu. &uais s?o os res'duos "+terminal e
G+terminal# respectivamente% Em uma eletroforese em p3 9#8# para (ual dos plos o pept'deo
migraria%
*+) &uantas liga>Aes pept'dicas apresenta um nonapept'deo%
4o+e liga2es pept$dicas.
*,) Lma solu>?o de um pept'deo de se()ncia descon/ecida foi dividida em duas amostras. Lma
amostra foi tratada com tripsina e a outra com (uimotripsina. Dedu@a a se()ncia do pept'deo
completo# analisando os fragmentos formados aps o tratamento com as en@imas# como
descritos a seguir:
1=!.-!GA:
$eu+-er+10r+Ala+!le+Arg
Asp+Kl0+,et+./e+*al+$0s
&L!,B1=!.-!GA:
*al+$0s+$eu+-er+10r
Ala+!le+Arg
Asp+Kl0+,et+./e
Dica: A tripsina cliva ligaes peptdicas preferencialmente em aminocidos que possuem grupos
R carregados positivamente (Arg, Lys, is!" A quimotripsina cliva ligaes peptdicas
preferencialmente em aminocidos aromticos (#yr, $%e, #rp!"
Asp('l6(7et(80e(9al()6s()eu(*er(:6r(Ala(;le(Arg
*-) A liga>?o pept'dica estabelecida pela rea>?o do grupo M+amino de um aminocido e M+
carboxila de um outro aminocido# com sa'da de uma molcula de gua% &ual a nature@a
(u'mica da liga>?o pept'dica% .or(ue esta liga>?o r'gida e plana%
*im, uma rea2o de s$ntese por desidrata2o, que tem um carter parcial de dupla liga2o no
permitindo que a molcula normalmente gire sobre esta liga2o. A estrutura dessa liga2o uma
estrutura plana.
*.) Defnir estrutura primria# secundria# terciria e (uaternria de prote'nas. &ual destas n?o
defnida para todas as prote'nas%
*/) &ue tipos de liga>Aes eDou intera>Aes estabili@am a estrutura em M+/lice e fol/a pregueada%
E (uais tipos de liga>Aes eDou intera>Aes estabili@am a estrutura terciria e (uaternria de uma
prote'na% Bbs. A maioria dos autores n?o considera as prote'nas com mais de uma cadeia
polipept'dica unidas por liga>Aes dissulfeto como apresentando estrutura (uaternria# pois o
posicionamento dos res'duos de cistina seria considerado estrutura primria).
*0) B Ncido poliglutHmico polipept'deo sinttico constitu'do somente por glutamato) tem uma
conforma>?o M+/lice em p3 < e uma estrutura secundria ao acaso acima de p3 <. Iustifi(ue
essa observa>?o. Dica: analise o estado de ioni@a>?o da carboxila no grupo =).
*1) Defnir estrutura nativa e desnaturada de uma prote'na. "ite os principais agentes
desnaturantes e expli(ue como causam a desnatura>?o.
+2) B colgeno uma prote'na rica em .ro e 30p B3+.ro). "omo o 30p n?o um aminocido
comumente encontrado em prote'nas# sua incorpora>?o no colgeno pode ser explicada de duas
maneiras: a) .ro /idroxilada antes da incorpora>?o no colgeno5 b) .ro /idroxilada depois da
incorpora>?o ao colgeno ps+traducional). .ara testar as duas /ipteses# os seguintes
experimentos foram reali@ados: &uando
48
"+.ro .ro sinteti@ada com carbono radioativo) era
administrada a um rato e o colgeno da cauda isolado depois de algumas /oras# foi poss'vel
encontrar a prote'na radioativa marcada)5 entretanto# se
48
"+30p for administrada ao animal#
nen/uma radioatividade foi encontrada no colgeno. &ual a conclus?o do experimento%
+)) B (ue s?o prote'nas simples# prote'nas conOugadas# grupos prostticos# lipoprote'nas#
metaloprote'nas# glicoprote'nas e fosfoprote'nas% "ite exemplos.
+*) "alcular o p! da valina# $isina# serina e glutamato. &uais as respectivas cargas de compostos
anfotricos em p3 abaixo e acima do p!%
++) Lm pept'deo formado de aminocidos com grupo = n?o carregado apresenta um p! igual a
<#:. Lma muta>?o pontual resultou na troca de um dos aminocidos por lisina. B (ue acontecer
com o p! desse pept'deo%
+,) A estrutura do aminocido isoleucina apresenta (uantos carbonos assimtricos% E (uantos
estereois2meros% Escreva as frmulas estruturais de todos estereois2meros da isoleucina.
+-) Lm pept'deo apresenta a se()ncia Klu+3is+1rp+-er+Kl0+$eu+Arg+.ro+Kl0. &ual a carga l'(uida
da molcula em p3 7#F e 44 Dica: utili@e os valores de pPs encontrados na tabela de
aminocidos). Estime o p! do pept'deo.
+.) As /istonas s?o prote'nas encontradas no nQcleo das clulas eucariticas associadas
fortemente ao DGA# (ue possui muitos grupos fosfato. B p! das /istonas bem elevado# cerca de
4:#F. &uais res'duos de aminocidos devem estar presentes em nQmero relativamente elevados
nas /istonas% De (ue modo esses grupos contribuem para a forte liga>?o entre /istonas e DGA%