Baze azotate

Deoxi + Rdacin + ozin (R)

+ idin (Y)
Acid deoxi + Rdacin + ilic (R)
+ idilic (Y)
Sau
Deoxi + Rdacin + ozin (R) fosfat
+ idin (Y) fosfat
DEOXINUCLEOTIDE i DEOXINUCLEOZIDE
Deoxinucleozide Deoxinucleotide
Rdacin + ozin (R)
+ idin (Y)
Acid + Rdacin + ilic (R)
+ idilic (Y)
Sau
Rdacin + ozin (R) fosfat
+ idin (Y) fosfat
NUCLEOTIDE i NUCLEOZIDE
Nucleozide Nucleotide
James WATSON i Francis CRICK n 1959
Erwin Chargaff (1905 2002)
Regulile lui Chargaff:
= ; =

[]

=
+
+
:
raport de specificitate
an (canelur) mic
an (canelur) mare
Modelul B - ADN
Denaturarea ADN-ului
Temperatura de topire a ADN-ului
Ecuaia Marmur-Doty: Tm=41.1 (G+C) + 16.6 log[Na+] + 81.5
mpachetarea acizilor nucleici
Nucleozomul
Annunziato, A. (2008) DNA packaging: Nucleosomes and chromatin. Nature Education 1(1):26
Acizii ribonucleici (ARN)

Spre deosebire de ADN:
conin
Riboz n loc de deoxiriboz
Uracil n loc de timin
exist ca structuri monocatenare, cel mult cu zone
autocomplementare

Cele mai cunoscute tipuri
mARN (mesager)
rARN (ribozomal)
tARN (transport)
Tip Funcie Diversitate
Numr
de
nucleotide
Intensitate
relativ de
sintez %
Coninut
relativ la
total ARN
celular %
Stabilitate
mARN
transport
informatia
de la ADN la
ribozomi
ridicat
(cteva mii
de tipuri)
500 - 6000 40 - 50 3
instabil
perioada de
injumtire
de 1 -3 min
rARN
intr n
structura
ribozomilor
3 specii:
23S
16S
5S
2800
1540
120
50 90 stabil
tARN
transport
aminoacizii
pn la
ribozom
50 - 60 75-90 3 7 stabil
Caracteristici ale diferitelor tipuri de ARN
1-Metiladenozin (m
1
A)
N
N
N
N
Riboz
NH
H
3
C
N
6
-Izopenteniladenozin (i
6
A)
N
N
N
N
Riboz
NH
Adenozin (G)
1-Metilguanozin (m
1
G)
N
N
N
N
Riboz
O
H
2
N
H
3
C
N2,N2 Dimetilguanozin (m
2,2
G)
N
NH
N
N
Riboz
O
N
CH
3
H
3
C
N
NH
N
N
Riboz
O
N
N
N
N
Riboz
O
H
3
C
N
NH
N
N
Riboz
O
H
2
N
9
1
2
3
4
5
6
7
8
Guanozin (G) Inozin (I) 1-Metilinozin (m
1
I)
N
N
Riboza
NH
2
O
6
5
4
3
2
1
N
N
Riboza
NH
2
S
N
N
Riboza
NH
2
O
CH
3
Citidina (C) 2-Tiocitidina (s
2
-C) 5-metilcitidina (m
5
C)
Uridina (U)
NH
N
Riboza
O
O
CH
3
Ribotimidina (T)
NH
N
Riboza
O
O
H
H
H
H
Dihidrouridina (D)
NH
N
Riboza
O
O
1
2
3 4
5
6
NH
N
Riboza
S
O
4-Tiouridina (s
4
-U)
NH
N
O
O
Riboza
H
Pseudouridina (+)
N
N
N
N
Riboz
NH
2
1
2
3
4
5
6
7
8
Acidul ribonucleic de transport (tARN)
Pseudouridina ()
Baze atipice in strucura tARN
Procariote Eucariote
70 S
80 S
50 S
30 S
60 S
40 S
5 S
23 S
34 r-proteine
16 S
21 r-proteine
5 S
5,8 S
28 S
45 r - proteine
18 S
33 r- proteine
S
v
r
=

e
2
13
10
n care:
v este viteza de deplasare a substanei n [cms
-1
] n
cmpul centrifugal creat la rotaii pe secund ntr-un
rotor cu raza r [cm].
ARN ribozomal (rARN)
S S =

|
\

|
.
|

3 4 10
75000
60
8
10 27
5
2
13
,
.
Tipuri de nucleaze
2. Tip de acid nucleic hidrolizat:
ADN-aze, ARN-aze
1. Tip legtura clivat:
a, b
3. Locul aciunii nucleazelor
endonucleaze,exonucleaze
4. Numr catene
monocatena (ss), duplex (ds)
Enzime
Tip de acid
nucleic
Tip de
legtur
scindat
Specificitate fa de baze
Exonucleaze
Fosfodiesteraza din veninul de arpe ADN, ARN a
ncepe de la captul 3' terminal
formnd 5'- nucleotide
Fosfodiesteraza din splina bovin ADN, ARN b
ncepe de la captul 5' terminal
formnd 3'- nucleotide
Endonucleaze
ARN-aza A (pancreas) ARN b 3'-PO
4
pirimidin
ARN-aza din Bacillus subtilis ARN b 3'-PO
4
purin
ARN-aza T
1
ARN b 3'-PO
4
guanin
ARN-aza T
2
ARN b 3'-PO
4
adenin
ADN-aza I (pancreas) ADN a
Cliveaz ntre pirimidine i purine,
secioneaz dsADN, formnd capete
3'OH libere
ADN-aza II (splin, timus, Staphilococus
aureus)
ADN b oligoprodui
Nucleaza S1 ADN, ARN a cliveaz doar ssADN, ssARN
Exemple de nucleaze
Enzimele de restricie secioneaz duplexul la anumite scevene
Endonucleaze de restricie
Palindrom
Are aceleai secvene pe ambele
catene ale duplexului ADN
Nomenclatur
EcoR I
E = genul Escherichia
co = specia coli
R = tulpina RY13
I = prima enzim izolat

BamH I
B = genul Bacillus
am = specia amyloliquefaciens
H = tulpina H
I = prima enzim izolat


+
+
P
-
O
O
O
O
O
O
O
HO
O OH
HO
O
O
OPO
3
-2
O
O
P
-
O
O
O
O
O
OH
O
H
-
OH
(H
+
)
-
OH
(H
+
) (H
+
)
-2
O
3
PO
O
O
OH
Aciunea bazelor asupra acizilor nucleici
Acizi nucleici
(structura : caracteristici generale - sumar)


1. Structura primar similar (deoxi)nucleotide ataate fosfodiesteric)

2. Structura secundar
ADN : duplex format din catene antiparalele, complementare unite
prin legturi de hidrogen
ARN : structuri monocatenare, eventual cu zone
autocomplementare ( stem loop, hairpin)
tipuri functionale eseniale:
m ARN: suport pentru informaia genetic preluat de pe
ADN
r ARN : component a ribozomului, sediul si mediatorul
translaiei
tARN : molecul adaptor, cu rol de legatura codon
(mARN) : aminoacid