1

Cutnd calculatoare n celula biologic

Dup douzeci de ani

Discurs de recepie
Acad. Gheorghe Pun

Precauii i explicaii preliminare
Titlul anterior cere unele precizri pe care m grbesc s le aduc nc de la
nceput.
Pe de o parte, el promite prea mult, cel puin n raport cu preocuprile mele din
ultimele dou decenii i cu discuia care urmeaz. Este adevrat c exist ncercri de a
pune celula ca atare (bacterii, de exemplu) sau pri ale acesteia (molecule de ADN, n
special) s calculeze, dar o direcie de cercetare mult mai realist, cel puin deocamdat,
i de care m-am ocupat, este cea care caut n celul idei utile informaticii, modele de
calcul, care, trecnd de la structuri i procese biologice la modele matematice, de tip
computaional, nu numai c pot asigura o eficien sporit calculatorului tradiional,
electronic, dar se pot i rentoarce n punctul de pornire, ca instrumente de lucru pentru
biologie.
Privind celula prin ochelarii matematicianuluiinformatician, aceasta este
descrierea scurt i precis a demersului i aici se plaseaz experiena personal de
cercetare pe care se bazeaz textul de fa.
Pe de alt parte, titlul anun deja intenia autobiografic. Fiind un moment de
sintez, dac nu i de bilan, un discurs de recepie nu poate fi mai puin autobiografic
dect este, se spune, orice roman sau orice volum de versuri. S nu uitm, viaa prin
lumea de curii i semne (Ion Barbu) a matematicii impune o mare doz de singurtate,
ne-a reamintit acest lucru i acad. Solomon Marcus n discursul su de recepie, iar
singurtatea (se presupune c) nelepete, dar i ndeprteaz de lumea-ca-lume, de
nu mai tii la un moment dat ct dintr-un matematician mai este al lumii i ct al
matematicii. De aceea, se poate considera c un matematician este autobiografic i n
teoremele sale, i n demonstraiile pe care le gsete teoremelor sale, i n modelele pe
care le propune.
Privind retrospectiv, constat c m aflu la captul a dou perioade de cte dou
decenii fiecare, ultima dedicat n ntregime cutrii de calculatoare n celul, prima
consacrat aproape sistematic pregtirii instrumentelor necesare acestei cutri. Mai ales
despre experiena celei de a doua perioade va fi vorba n cele ce urmeaz.

Un alt titlu posibil
Pentru o vreme, am avut n vedere i un alt titlu, mult mai general, anume, De
la bioinformatic spre infobiologie. Era n acelai timp o propunere i o previziune, iar
paginile care urmeaz ncearc s dea consisten acestei previziuni. De altfel, ea nu-mi
aparine, n mai multe locuri s-a vorbit despre o nou vrst a biologiei la fel s-a prezis
i pentru fizic bazat pe folosirea paradigmelor informaional-computaionale, dac
nu cumva i pe intervenia unor noi capitole de matematic, neelaborate nc. Este vorba
nu despre aplicarea informaticii, fie ea teoretic sau practic, n biologie, ci de trecerea
la un alt nivel, la o abordare sistematic a fenomenelor biologice n termeni de inspiraie
computaional, preponderena informaiei fiind implicit. ncercri care ilustreaz
aceast posibilitate, chiar necesitatea ei, pot fi gsite n multe locuri, mergnd napoi n
timp pn la E. Schrdinger i John von Neumann. ntr-o carte recent, Infobiotics.
2

Information in Biotic Systems (Springer-Verlag, 2013), Vincenzo Manca pledeaz i el
pentru o nou biologie, pe care o numete infobiotic, plecnd de la observaia c
viaa este prea important pentru a fi investigat numai de biologi. A reformula: viaa
este prea important i prea complex pentru a fi investigat numai de biologia
tradiional cu sublinierea c, de fapt, tocmai biologii sunt cei chemai, nu numai s
fie beneficiarii, ci i s dea contur infobiologiei. Alturi de informaticieni i, cu mult
mai plauzibil i mai eficient, prelund de la acetia idei, modele, tehnici, apropriindu-i-
le i dezvoltndu-le. Este aici o pledoarie pentru multi-inter-trans-disciplinaritate
(ncepnd cu studiile universitare), dar i un semnal: nu numai c este nevoie, dar, se
pare, este i timpul.

Contextul
Cu titlul de acum n fa i cutndu-i un gen proxim oficial, prima sintagm
care ni se ofer este calculul natural (natural computing) cu meniunea, ns, c ea
acoper o foarte larg varietate de cercetri, incluznd bioinformatica i tinznd i spre
infobiologie. Pentru a avea o descriere autorizat, s mergem la Handbook of Natural
Computing, editat de Grzegorz Rozenberg, Thomas Bck i Joost N. Kok, n patru
volume masive, la Springer-Verlag, n 2012. De la nceputul prefeei, aflm c acesta
este domeniul de cercetare care investigheaz modele i tehnici computaionale inspirate
din natur, dar investigheaz, n termeni de procesare a informaiei, i fenomene care au
loc n natur. Generalitatea este evident, adugnd la dorina de a identifica n natur
(atenie, nu numai n biologie) idei utile informaticii, un punct de vedere care, spuneam
i mai devreme, chiar dac nu este complet nou, pus sistematic n funciune poate duce
la o nou paradigm n cercetarea biologic i nu numai: abordarea n termeni de
procesare a informaiei, depind deci abordarea tradiional, de tip chimico-fizic.
Ideea a fost formulat i n alte contexte: punctul de vedere computational (la
procesarea de informaie se adaug aspectul esenial al calculabilitii) poate conduce la
o nou fizic este previziunea lui Jozef Gruska, mare promotor al calculabilitii
cuantice, un pionier al informaticii, rspltit ca atare cu o diplom de ctre Seciunea de
Informatic a IEEE (s amintim c i Grigore C. Moisil a primit o asemenea diplom).
Pe aceeai tez este construit i volumul colectiv A Computable Universe.
Understanding and Exploring Nature as Computation, editat de Hector Zenil i publicat
de World Scientific n 2013, cu multe capitole incitant-entuziaste (Ipoteza universului
calculabil, Universul ca un calculator cuantic) i cu o prefa de lungimea unui
capitol, semnat de Roger Penrose, nu totdeauna de acord cu ipotezele din carte.
De altfel, handbook-ul de calcul natural invocat mai devreme include calculul
cuantic printre domeniile pe care le are n vedere. Iat cuprinsul lui (seciunile mari, fr
capitole): Automate celulare, Calcul neural, Calcul evolutiv, Calcul molecular, Calcul
cuantic, Algoritmi inspirai din natur, Modele alternative de calcul. Exist o doz de
anexionism aici (de pild, automatele celulare nu prea au de a face cu celulele din
biologie), dar s reinem c seciunea dedicat calculului molecular acoper calculul cu
ADN, calculul membranar i procesarea genelor la ciliate, primele dou fiind exact
ceea ce ne preocup n continuare.

Popularitatea unui domeniu
Rmnnd numai la nivel editorial i al conferinelor (nu mai adaug i proiectele
de cercetare, finanarea, deci), se poate constata c exist o veritabil mod a calculului
natural, mai general, a calculabilitii neconvenionale, mai restrictiv, a bioinformaticii.
3

Doar cteva exemplificri: Editura Springer are o serie separat dedicat
monografiilor de calcul natural, chiar aa intitulat, ba chiar i o revist Natural
Computing. Exist o conferin Unconventional Computing, devenit ntre timp, uor
pleonastic, International Conference on Unconventional Computing and Natural
Computing. BIC-TA, adic Bio-Inspired Computing Theory and Applications, este o
alt conferin de real succes, judecnd dup numrul de participani, al crui format l-
am stabilit, mpreun cu colegi din China, n 2005, i care se organizeaz de atunci
anual n Extremul Orient, ceea ce explic participarea masiv, cercettorii chinezi fiind
foarte activi n acest domeniu.
Am ajuns astfel la genul proxim cel mai restrictiv: calculabilitate inspirat din
biologie. Este important de notat c termenul bioinformatic are un dublu neles, cu
determinare, ca s spunem aa, geografic. n Vestul pragmatic, el acoper mai ales
aplicaiile informaticii n biologie (n scenariul standard, se pleac de la probleme
spre instrumente, fr a teoretiza prea mult). n Europa ambele direcii de influenare
sunt avute n vedere dinspre biologie spre informatic i invers. Dei este natural ca
aceste direcii s se dezvolte n paralel, n colaborare, lucrurile nu stau totdeauna aa. n
cutare de soluii pentru probleme curente, unele realmente urgente, din domeniul
biomedical, de exemplu, matematica i informatica vin adesea cu instrumente puse la
punct n alte domenii. Exemplul tipic sunt ecuaiile difereniale, cu o glorioas istorie n
fizic, astronomie, mecanic, meteorologie, i care sunt mprumutate de biologie, nu
totdeauna cu verificarea adecvrii lor. Voi reveni asupra acestui subiect, de mare
importan pentru promovarea unor instrumente noi.
Strategia european, a construirii unei teorii matematice, care abia ulterior i
gsete aplicaii, are atractivitatea i avantajele ei dar i capcanele ei. European fiind,
matematician fiind, am fost mult mai atras de aceast strategie, cu vremea devenind ns
tot mai interesat de realitate, de aplicaii.

Ce nseamn a calcula?
Revin la titlu, cu ntrebarea fundamental privind definiia noiunilor de calcul i
de calculator. O ntrebare de acelai gen cu Ce este matematica?, avnd multe i
variate rspunsuri, niciunul satisfctor pe deplin. Dac procesarea de informaie este
calcul, atunci putem vedea calcule peste tot n jur. Cu un detaliu foarte important ascuns
n formularea dinainte: putem vedea, noi, oamenii. Un observator adic, pentru care un
proces are semnificaia unui calcul. Nu vreau s mping discuia pn la speculaii de
genul cderea unui copac, ntr-un lac, la mijlocul unei pduri pustii, face sau nu
zgomot, innd seama c nimeni nu-l aude? subliniez ns c ntrebarea a fcut
obiectul unei lucrri acceptate acum civa ani la o conferin de calcul neconvenional
i nici nu vreau s-L consider pe Dumnezeu, omniprezentul, omniscientul, observator
universal (dect, cel mult, pentru zgomotele din pdurile fr ali martori, nu pentru
calcule...).
Un exemplu la limit, dar sugestiv, este cel al unei picturi de lichid care cade
prin aer. n vremea asta, ea rezolv instantaneu prin forma pe care o ia, o ecuaie
diferenial. Este acesta un calcul? N-a merge att de departe. La fel cu tot ce se
ntmpl n celulele unei frunze sau din corpul unui om, la nivel biochimic sau chiar la
nivel informaional.
Ideea calculului ca proces considerat ca atare de un observator nu este nou.
Una dintre concluziile crii lui John Searle The Rediscovery of the Mind (MIT Press,
1992) este tocmai aceasta, c un calcul nu este o proprietate intrinsec a unui proces, ci
este observer-relative.
4

O formulare sugestiv a necesitii observatorului n definirea unui proces ca
fiind un calcul i aparine lui Tommaso Toffoli. Citatul care urmeaz apare ntr-un
articol cu un titlu-afirmaie: Nothing makes sense in computing except in the light of
evolution (Journal of Unconventional Computing, vol. 1, 2005, 3-29).
Tocmai am vzut c nu este util s numim calcul orice cuplare netrivial ntre
variabile de stare. Dorim n plus ca aceast cuplare s fie intenionat stabilit pentru a
prezice sau manipula cu alte cuvinte, pentru a cunoate sau a face ceva. (...) Dar acum
apar alte ntrebri, cum ar fi: Stabilit de ctre cine sau ce? Cu ce scop? Cum putem
recunoate intenionalitatea?
Departe de mine gndul de a strecura consideraii animiste, spiritualiste sau
mcar antropice n definiia calculului! Conceptul de calcul trebuie s apar ca o
construcie natural, bine caracterizat, obiectiv, care s fie recunoscut ca atare i
util oamenilor, marienilor i roboilor deopotriv. (subl. n., Gh.P.)
ntrebrile lui Toffoli sunt de inut minte i de discutat, dar ne ndeprteaz de
subiect. S revenim la John Searle i la o lectur tehnic a ideii de calcul care implic un
observator, ntreprins de Matteo Cavaliere i Peter Leupold, cel dinti fiind unul dintre
primii mei doctoranzi la Sevilla, Spania. Ei au o serie de lucrri cu acest subiect, citez
doar una recent a lui Peter Leupold, Is computation observer-relative?, prezentat la
Sixth Workshop on Non-Classical Models of Automata and Applications, Kassel,
Germania, iulie 2014. De fapt, n abordarea celor doi apar, implicit, doi observatori,
unul s-l numim observator de ordinul nti care urmrete un proces simplu,
traducnd ntr-un limbaj exterior paii efectuai de proces, iar al doilea, mai aproape
de observatorul lui Toffoli, interpretnd drept calcul rezultatul activitii primului
observator. Cavaliere i Leupold consider o serie de perechi proces-observator de
ordinul nti care, separat, au o putere (de calcul) redus, dar care mpreun conduc, din
punctul de vedere al observatorului de ordinul al doilea, cel exterior, la puterea de calcul
a mainii Turing.

Maina Turing
S pornim ns din alt direcie, de la accepiunea dat de matematic
termenului de calcul. Deja de prin anii 30 ai secolului trecut avem o definiie a ceea ce
este calculabil, rspunsul pe care Alan Turing l-a dat ntrebrii ce se poate calcula
mecanic?, formulate n 1900 de David Hilbert. Mecanic, deci algoritmic,
reformulm noi astzi. Au existat mai multe propuneri (amintesc doar funciile recursive
i lambda-calculul), din partea unor nume mari ale matematicii-informaticii (i amintesc
doar pe Alonzo Church, Stephen Kleene, Emil Post), dar soluia pe care Turing a dat-o
aa-numitei Entscheidungsproblem a lui Hilbert, ceea ce el a numit a-main iar astzi
este cunoscut ca main Turing, a fost acceptat ca fiind cea mai convingtoare (fapt
atestat pn i de exigentul Gdel). Acesta este n informatic modelul standard de
algoritm (nu am spus definiie, pentru c nu avem dect un neles intuitiv al ideii de
algoritm, dar putem spune c pe aceast cale dispunem de o definiie a ceea ce este
calculabil).
Fr a intra n amnunte, menionez c problema lui Hilbert, a zecea n lista sa,
era mai general. Ea pleca de la rezolvarea algoritmic a ecuaiilor diofantice (cele cu
coeficieni numere ntregi), dar n formulare Hilbert spunea: Entscheidungsproblem
[problema deciziei n logica de ordinul nti] va fi rezolvat atunci cnd vom avea o
procedur care s ne permit ca pentru orice expresie logic s decidem printr-un numr
finit de operaii dac ea este valid sau satisfiabil... Entscheidungsproblem trebuie
considerat ca principala problem a logicii matematice. La acest nivel general,
5

teoremele lui Gdel rspund negativ programului lui Hilbert, iar problema a zecea a fost
rezolvat complet tot negativ n 1970, de Yurii Matijasevich (dup eforturi
ndelungate ale mai multor matematicieni: Julia Robinson, Hilary Putnam, Martin
Davis). i Turing aduce un rezultat de tip negativ, el nu numai c a definit frontierele
calculabilului, dar a i produs un prim exemplu de problem plasat dincolo de aceste
frontiere, nerezolvabil algoritmic, problema opririi (nu exist un algoritm deci, o
main Turing care, dndu-i-se o main Turing arbitrar, cu date iniiale arbitrare, s
spun dac maina se oprete vreodat sau calculeaz nencetat). La problema opririi, de
altfel, se reduc, direct sau indirect, toate demonstraiile ulterioare de nedecidabilitate.
Importana mainii Turing pentru informatic, inclusiv pentru calculul natural,
este att de mare, c merit s zbovim puin asupra ei.

Cteva detalii mai tehnice
Este interesant s notm c atunci cnd i-a definit maina, Turing a plecat
explicit, o spune nc de la nceputul articolului, de la ncercarea de a abstractiza modul
n care calculeaz un om, reducnd la minimum resursele i operaiile efectuate de
acesta. S-a ajuns astfel la un calculator care const dintr-o band potenial infinit,
mrginit la stnga, mprit n celule, n care se pot scrie simboluri dintr-un alfabet
finit, dat; aceste simboluri sunt citite i rescrise de un cap de citire-scriere, care citete o
singur celul, o poate modifica, apoi poate rmne pe loc sau se poate muta la celula
din stnga sau la cea din dreapta; activitatea capului de citire-scriere este controlat de o
memorie, care se poate afla, la rndul ei, ntr-un numr finit de stri. Avem astfel de a
face cu instruciuni de forma s
1
s
2
b D, cu semnificaia: n starea s
1
, citim simbolul a,
trecem n starea s
2
, modificm a n b (a i b pot fi egali) i deplasm capul de citire-
scriere aa cum ne indic D. Se pornete cu banda goal, cu maina aflat ntr-o stare s
0
fixat, numit stare iniial; se scriu pe band datele iniiale (de exemplu, dou numere
care trebuie nmulite), se poziioneaz capul de citire-scriere pe prima celul din stnga
i se urmeaz instruciunile programului (de nmulire) pn se ajunge ntr-o stare
final, iar maina se oprete, nu mai exist nicio instruciune care s poat fi urmat.
Coninutul benzii la acel moment este rezultatul calculului.
Extrem de reducionist, dar acesta este cel mai general model de calcul
algoritmic n lipsa unei definiii anterioare a ceea ce este calculabil, afirmaia este doar
o ipotez i ea poart numele de tez Turing-Church. Dar, ceea ce a fcut maina Turing
atrgtoare au fost nu numai simplitatea i puterea sa (s-a demonstrat c poate simula
orice alt model de calcul), ci i robusteea (puterea de calcul nu i se schimb dac se fac
adugiri n alctuire sau funcionare, cum ar fi adugarea de benzi, prelungirea infinit a
benzii i n partea stng, funcionarea nedeterminist) i, mai ales, existena mainilor
universale: exist o main Turing, TMU, care poate simula orice main Turing
particular, TM, n sensul urmtor. Dac pe banda mainii TMU scriem un cod al
mainii TM, cod(TM), i date de intrare x ale mainii TM, atunci maina TMU ne va
furniza acelai rezultat pe care ni-l furnizeaz TM plecnd de la datele x. Ceva mai
formal (dar omind totui unele detalii), avem TMU(cod(TM),x) = TM(x). Iar Turing a
demonstrat c exist maini Turing universale. Se ntmpla n 1936, n lucrarea On
computable numbers, with an application to the Entscheidungsproblem, publicat n
Proceedings of the London Mathematical Society, Ser. 2, vol. 42, 1936, pp. 230-265, cu
o erat n vol. 43, 1936, pp. 544-546.
Avem aici certificatul de natere al calculatoarelor de azi, numite de aceea i
de tip Turing-von Neumann (atunci cnd a realizat primele calculatoare electronice
6

programabile, la mijlocul anilor 1940, John von Neumann a fost n mod esenial
influenat de ideile lui Turing).
Cteva lucruri merit a fi subliniate: codul mainii TM este programul de
simulat/executat pe TMU, plecnd de la datele x; instruciunile mainii TMU constituie
sistemul de operare al calculatorului; datele i programul sunt plasate n acelai loc
(pe banda TMU, n memoria calculatorului) de aici posibilitatea de a le procesa n
acelai fel, deci vulnerabilitatea la virui.
Important pentru calculul natural: activitatea mainii Turing este secvenial, la
fiecare pas se execut o singur instruciune. n multe locuri din natur, dac nu n
majoritatea, n particular, din biologie, procesele sunt paralele, ceea ce constituie o mare
atractivitate pentru informatic, dar nu sunt neaprat sincronizate, ceea ce ridic
probleme pentru informatic.
Mai sunt i alte diferene ntre maina Turing, calculatoarele biologice i
calculatoarele electronice, pe care le voi aminti la momentul potrivit.
Reinem deocamdat c, n cele ce urmeaz, a calcula are nelesul sugerat de
maina Turing: exist o intrare i o ieire, iar ntre ele exist un algoritm care face
trecerea de la intrare la ieire, rezultatul unui calcul fiind obinut n momentul n care
maina se oprete. Restrictiv, dar precis. Avnd un asemenea cadru la ndemn, putem
cuta calcule n jur, mai mult, le putem studia ntr-un context foarte bine dezvoltat,
teoria calculabilitii un ansamblu, de fapt, de mai multe teorii, precum teoria
automatelor, teoria limbajelor formale (gramaticilor), teoria complexitii calculului i
altele.

Informatic i matematic
Poate c acesta este locul n care s amintim nc o discuie cu variate luri de
poziie, legat de relaia dintre informatic i matematic. Ea a aprut i n Academie,
apare n nvmntul superior (prin anii 6070, la vremea sputnicilor i
hidrocentralelor, multe faculti erau de matematic-mecanic, acum mecanica a fost
nlocuit cu informatica), chestiunea este dezbtut uneori i n pres. De fapt, contextul
este mai larg, punndu-se uneori sub semnul ntrebrii relaia matematicii cu celelalte
tiine, cu coala, cu societatea. Exist persoane care se mndresc cu faptul c nu au
fost buni la matematic, exist opinia c matematica este un lux, un feti naional
(sintagma a aprut de curnd n titlul unui articol de ziar dedicat subiectului), pe scurt,
c se face prea mult caz de matematic i, deci, se face prea mult matematic. Iar acest
curent de opinie capt extindere, ajutat i de informatic (nu trebuie s mai tim tabla
nmulirii, o tie calculatorul pentru noi).
Sigur, exist o problem cu educaia matematic. Ct, ce i, mai ales, cum? i
mai sunt i alte ntrebri; le putem gsi, adesea i cu soluii, n scrierile din ultimii ani
ale profesorului Solomon Marcus dedicate educaiei. Problema nu se poate ns
soluiona de jos n sus, matematicienii din cercetare i din nvmntul superior sunt cei
care trebuie s i-o asume o spune, de pild, Juraj Hromkovic, de la ETH Zrich, ntr-
un articol din revista Curtea de la Arge (www.curteadelaarges.ro, august 2014),
bazndu-se pe activitatea practic n aceast direcie a centrului unde lucreaz (activitate
materializat, printre altele, n manuale de matematic de un tip nou). Matematicienii
trebuie s fie i cei care s ias n public i s pledeze pentru matematic, prima vin
este a lor dac domeniul i pierde din popularitate. Pentru matematician, matematica
este un mare joc, care, ca orice joc, are recompensa intrinsec, n nsi buna sa
desfurare, prin urmare, este explicabil ca interesul pentru popularizare s fie sczut,
7

dar cei care-i laud infirmitatea matematic, fie ea real sau pretins, sunt de obicei
mai vizibili, mai vocali, iar pericolul este evident.
Rmnnd la relaia dintre matematic i informatic, s consemnm c
informatica teoretic, aflat la intersecia celor dou tiine, este adesea considerat
parte a matematicii de ctre informaticieni i parte a informaticii de ctre matematicieni,
avnd uneori probleme i n cadrul informaticii de altfel, ca orice ramur teoretic a
unei tiine cu mare pondere practic. Evident, false probleme n sine, dar care pot avea
urmri administrative neplcute.
Apelez, fiind de aceeai prere, la o voce autorizat, Edsger W. Dijkstra, un
clasic al informaticii, ba chiar al celei practice: ajunge s menionez c prin anii 60 a
lucrat la implementarea limbajului Algol la Centrul de Matematic din Amsterdam i tot
el este promotorul programrii structurate, care a fcut epoc printre creatorii de
software. (Poate ar trebui s adaug aici c primii patru ani dup absolvirea facultii am
programat din plin, n Cobol i Fortran, ba chiar am realizat programele pentru plata
salariilor la o mare uzin bucuretean mi amintesc, aadar, ce nseamn informatica
practic.)
Sfritul informaticii?, se ntreab Dijkstra retoric-ironic n titlul unei note
aprute n Communications of the ACM (vol. 44, martie 2001, p. 92), care ncepe cu
urmtoarea fraz: n universiti, industrie i lumea comercial, exist o prere
rspndit cum c informatica n sine s-a ncheiat i, deci, ea s-a maturizat, trecnd de la
un subiect teoretic, pentru cercettori, la o chestiune practic, pentru ingineri, manageri
i antreprenori. Apoi: Aceast prere este corect numai dac identificm obiectivele
informaticii cu ceea ce s-a obinut deja i uitm acele obiective pe care nu am reuit s
le atingem, chiar dac ele sunt prea importante pentru a fi ignorate.
Mult mai explicit este Dijkstra n discursul pe care l-a susinut n mai 2000, la un
simpozion (In Pursuit of Simplicity) organizat la Universitatea din Austin-Texas cu
prilejul retragerii sale. Titlul discursului (publicat n Information Processing Letters,
vol. 77, febr. 2011, pp. 53-61) este semnificativ: Under the spell of Leibnizs dream.
Reiau cteva fraze-aforism:
Ceea ce este frumos teoretic tinde s fie profund util. (...) n proiectarea de
sisteme digitale sofisticate, elegana nu este un lux de care ne putem dispensa, ci o
chestiune de via i de moarte, un factor major care decide ntre succes i eec.
n zilele noastre, exist o asemenea obsesie a aplicaiilor c, dac universitile
nu sunt atente, forele externe, cele care fac distincia [dintre teorie i practic], vor
trage o linie ntre cele dou i pot ncerca s-i surghiuneasc pe teoreticieni n ghetoul
unor departamente separate i n cldiri separate. O simpl extrapolare ne spune c,
dup o vreme, practicienii vor avea puine de aplicat; lucrul acesta este bine cunoscut,
dar nu a mpiedicat niciodat minile contabile s omoare gsca cu ou de aur. Cel mai
ru lucru cu institutele explicit dedicate aplicrii tiinei este c ele tind s devin
institute dedicate teoriei de mna a doua.
Pledoaria pentru a ne aeza sub ndemnul/vraja lui Leibniz este evident, pentru
c simbolurile direcioneaz raiunea, iar, dup ce vom avea un limbaj n care toate
adevrurile raiunii se vor reduce la un fel de calcul, erorile vor fi doar greeli de
calcul. (E adevrat, programul lui Leibniz, preluat i formulat n termeni mai precii de
David Hilbert, nu poate fi realizat; pe de o parte, matematica este prea exact-riguroas
iar realitatea prea complex i nuanat pentru a putea transforma totul n calcule, pe de
alt parte, teoremele lui Gdel au artat c nici programul lui Hilbert nu este realizabil.)
Bineneles, relaia matematicii cu informatica este mult mai complex, dar nu
este aici locul pentru a o explora n mai multe amnunte. nchei ntorcndu-m n
8

punctul din care am plecat: calculatoarele de azi, programabile, de tip Turing-von
Neumann, s-au nscut din teorema de universalitate a lui Turing, din 1936. Interesant (i
reconfortant pentru poziia lui Dijkstra) este c, n urma unui vot pe internet, din 2013,
menit a identifica cea mai important descoperire tiinific sau tehnologic britanic,
locul nti a fost ocupat, surprinztor pentru vremurile noastre pragmatice, de maina
Turing i teorema de universalitate a lui Turing, care au ctigat competiia cu
linoleumul, motorul cu abur, telefonul, cimentul, fibra de carbon i altele asemeni.

Calculeaz natura?
Avnd n minte calculabilitatea n sens Turing, ntrebarea devine i mai
restrictiv, dar discuia dinainte ne ofer limitele ntre care s cutm rspunsul: da, cel
puin la nivelul... oamenilor, respectiv, da, oriunde exist un proces care poate fi
interpretat drept calcul de ctre un observator potrivit. Opinii care se plaseaz mai
aproape de prima sau de a doua dintre aceste limite pot fi gsite uor, citez doar una din
extremitatea foarte permisiv, ba chiar trecnd peste ea, pentru c nici observatorul nu
mai este invocat.
La nceputul capitolului 2 (Molecular Computation) al volumului colectiv
Non-Standard Computation (T. Gramss, S. Bornholdt, M. Gross, M. Mitchel, Th.
Pellizzari, eds., Wiley-VCH, Weinheim, 1998), M. Gross spune: Viaa este calcul.
Fiecare celul n parte citete informaie dintr-o memorie, o rescrie, primete date de
intrare (informaie asupra mediului), proceseaz date i acioneaz conform rezultatelor
tuturor acestor calcule. Pe total, zilioanele de celule care populeaz biosfera efectueaz
cu siguran mai muli pai de calcul pe unitatea de timp dect toate calculatoarele
oamenilor puse la un loc.
n cele ce urmeaz, adopt o poziie mai conservatoare i mai productiv: avnd
n minte definiia matematic a calculabilitii, n spe, abordarea de tip Turing, s
privim n jur, n special n biologie, n cutarea de idei, suporturi de date, structuri de
date, operaii cu acestea, moduri de control al operaiilor, arhitecturi de calculatoare,
care pot sugera (1) noi modele de calcul, (2) ci de folosire mai bun a calculatoarelor
existente, (3) posibiliti de mbuntire hardware a calculatoarelor existente, eventual
chiar (4) noi tipuri de calculatoare, bazate pe materiale de provenien biologic. A se
observa ambiia n cretere de la un obiectiv la altul. De remarcat c n calculul cu ADN
s-a ncercat nc de la nceput realizarea de calcule n eprubet, adresndu-se astfel,
direct, obiectivul al patrulea.
Am avut aici n vedere n primul rnd interesul informaticii, dar primul obiectiv
acoper i cea de a doua direcie de cercetare menionat n prefaa handbook-ului de
calcul natural, investigarea n termeni informatici a proceselor care au loc n natur, iar
aceast direcie ar trebui subliniat explicit, separat, mai ales pentru a anuna un efect
colateral al demersului, anume rentoarcerea la biologie, furnizarea de modele utile
biologului.
La ora aceasta, calculul cu ADN a fost foarte puin de ajutor informaticii
(practice), puin de ajutor biologiei i mult folositor nanotehnologiei, prin sugerarea
unor noi probleme i teme de cercetare, n timp ce calculul membranar are aplicaii
semnificative i n informatic i n biologie, cu promisiuni poate chiar mai mari n cel
de-al doilea domeniu, inclusiv n biomedicin i ecologie.
O precizare: interesul informaticii acoper i interesul teoretic, care nu trebuie
s duc neaprat la aplicaii, n sensul imediat al termenului. S ne gndim, de exemplu,
la ciliate. n procesul de diviziune, cnd trec de la genele micronucleare la cele
macronucleare, aceste unicelulare duc la bun sfrit operaii complicate de tip procesare
9

de liste, i asta de milioane de ani, cu mult nainte ca informaticienii s dea nume i s
studieze aceast structur de date. Evident, ciliatele nu la calcule se gndesc n timp ce
fac acest lucru, dar, noi, oamenii, putem construi teorii de toat frumuseea plecnd de
aici, inclusiv modele de calcul, echivalente uneori cu maina Turing. Trimit pentru
referine la monografia Computation in Living Cells. Gene Assembly in Ciliates
(Springer-Verlag, 2004), de A. Ehrenfeucht, T. Harju, I. Petre, D.M. Prescott i G.
Rozenberg.

O dilem etern
Discuia anterioar ne mpinge inevitabil spre lunga dezbatere privind relaia
dintre invenie i descoperire. Bibliografia este imens, citez doar cartea-bibliotec a
acad. Solomon Marcus Invenie i descoperire, Cartea Romneasc, 1989. Ct este
invenie i ct descoperire n informatic cu particularizare n calculul natural? Nu
ncerc un rspuns, vor fi attea cte puncte de vedere, cte experiene personale i cte
situri filosofice. Modelele cu care lucrm sunt de natur matematic, punctul de vedere
platonician ne asigur c totul este descoperire, pentru c matematica nsi este
realitate revelat. Da, dar s-a convenit c noiunile, conceptele, teoriile i modelele sunt
inventate, teoremele descoperite, demonstraiile inventate. Pentru a continua alternana,
putem aduga c aplicaiile sunt descoperite. Modelele sunt, deci, considerate invenii.
A introduce ns o nuan. Modelele se aaz pe structuri care exist, dar nu au
primit nc nume. n plus, un zid poate fi descoperit i de un arheolog care tie ce caut
i de un pomicultor care sap cu alte motive dect descoperirea unei fundaii de biseric,
n timp ce un model de calcul nu poate fi vzut ntr-o celul dect de un informatician
care are deja n minte modele de calcul. De pild, procesele numite de biologi simport i
antiport exist, funcioneaz dintotdeauna n modul lor ingenios, dar ele nu calculeaz
dect pentru matematicianul care caut un model de calcul bazat pe trecerea de
obiecte dintr-un compartiment al celulei n altul. Calcul prin comunicare, am cutat
o vreme aa ceva, intuind c exist, i am avut rezolvarea atunci cnd un biolog (Ioan
Ardelean) mi-a vorbit despre operaiile de simport i antiport. Un model mai degrab
descoperit dect inventat. Dar, o descoperire care nu s-a fcut prin scoaterea la lumin a
obiectului descoperit, ci prin suprapunerea pe o felie de realitate a unui model intuit,
similar unor modele existente deja i actualizat n dialogul dintre limbajul formal i
realitate. Invenie i descoperire n acelai timp.

O alt nesfrit discuie
Nu continui cu alte ntrebri la fel de fluide, menite a-i pstra interesul n ciuda
orictor rspunsuri. (De pild, dndu-ne prilejul de a ne ntreba ct este tiin i ct art
n informatic, Donald Knuth i intitula un impresionant tratat, planificat a aprea n
multe volume, Arta programrii calculatoarelor. ) Ating ns un alt subiect sensibil, cu
care am fost confruntat uneori sub forma ntrebrii gazetreti, dar nu lipsite de noim:
n cercetrile dumneavoastr legate de celul, v-ai ntlnit cu Dumnezeu? Evident, se
ateapt altceva dect un rspuns de tipul da sau nu i la fel de evident este c, dac
lum ntrebarea n serios, eum pe nisipurile mictoare ale opiunilor personale,
credinei, metaforei.
Dac Dumnezeu este ordinea, organizarea, binele, Dumnezeul lui Spinoza, care
se manifest prin armonia legilor universului, cum ar spune Einstein, atunci da, l
ntlnesc continuu, i n celule i n afara lor. Mai mult: n titlul unei cri traduse la
Humanitas, n 2011, Mario Livio se ntreab Este Dumnezeu matematician? Rspund n
10

stil platonician: nu, Dumnezeu nu este matematician, El este chiar matematica
(gramatica lumii) deci, iari, m ntlnesc zilnic cu El.
Dac ns Dumnezeu este ceea ce-mi propune Cartea, atunci m aliniez lui
Galilei, care, ntr-o scrisoare ctre don Benedetto Castelli, de la 21 decembrie 1613,
spunea (reiau dup Edmond Constantinescu, Dumnezeu nu joac zaruri, Editura
MajestiPress, Arad, 2008; din pcate, scrisoarea respectiv nu apare n volumul Galileo
Galilei, Scrisori copernicane, Humanitas, 2010): Dumnezeu a scris dou cri, Biblia i
Cartea naturii. Biblia a fost scris n limbaj omenesc. Cartea naturii a fost scris n
limbajul matematicii. De aceea, limbajul Bibliei este nepotrivit pentru a vorbi despre
natur. Cele dou trebuie studiate independent una de alta. Cartea naturii, mai aduga
Galilei, ne nva cum merge Cerul, Biblia ne nva cum s mergem la Cer.
Dup secole de separri mai degrab dogmatice, de ambele pri , alternnd
cu ncercri multe dintre ele patetice de reconciliere a tiinei cu religia, spusele lui
Galilei pot prea simpliste sau conformiste, dar ele taie cu eficien un mereu regenerat
nod gordian. Consemnez, la extrema sofisticat, situaia oarecum simetric a lui Francis
S. Collins, nu numai contemporan cu noi, dar i legat de subiectul discursului de fa: el
a fost director al National Human Genome Research Institute, liderul faimosului proiect
al genomului uman. n 2006, a publicat o carte mult discutat, tradus n 2009 la Editura
Curtea Veche, intitulat Limbajul lui Dumnezeu. Sintagma a fost folosit i de Bill
Clinton, atunci cnd, n 2001, a anunat completarea celei mai importante i mai
impresionante hri ntocmite vreodat de omenire, secvenierea celor n jur de trei
miliarde de litere ale crii vieii. Chiar dac titlul ar sugera asta, Collins nu este
ns nici creaionist i nici adept al proiectrii inteligente, ci teist evoluionist, iar
concluzia sa este c Dumnezeul Bibliei este i Dumnezeul genomului (p. 222 n cartea
citat), iar tiina poate fi o form de religiozitate (pag. 240). O alt poziionare
confortabil dar n cele ce urmeaz rmn alturi de Galilei...

Limitele calculatoarelor actuale
Moda calculului natural, cu deosebire a celui inspirat din biologie, nu are numai
motivaia interioar, a multelor direcii de cercetare explorate n ultimele decenii i
dovedite a fi interesante teoretic i utile, sau mcar promitoare, practic, ci are i o
motivare exterioar, legat de limitele calculatoarelor actuale, unele dintre ele resimite
tot mai acut. Calculatoarele sunt invenia cu cel mai mare impact a secolului XX, cu
implicaii resimite n toate componentele vieii noastre, din comunicare n funcionarea
sistemului bancar, din sntate n armat, de la numeroasele gageturi care ne nconjoar
la internet. Cu toate acestea de fapt, tocmai pentru asta calculatoarele pe care le
avem acum au limitri de care ne lovim tot mai des (cu meniunea c exist i aici, ca n
mai toate lucrurile, ceva bine n ru i ceva ru n bine: calculatoare puternice pot fi
folosite i n scopuri bune, dar i n scopuri rele cum ar fi spargerea de servere, de
sisteme de criptare, pe care se bazeaz comunicarea protejat). S gndim ns pozitiv i
s notm c exist multe lucruri pe care calculatoarele nu le pot face nc, dar pe care
ne-ar plcea, sau chiar folosi, s le fac.
Procesoarele devin tot mai rapide i mai compacte, capacitatea memoriei lor tot
mai larg. Da, dar pn cnd? A fost mult repetat aa-numita lege a lui Moore,
enunat n 1965 de Gordon A. Moore, cofondator al Intel Corporation, cu referire la
numrul tranzistorilor de pe un circuit integrat, extins apoi la costul pe unitatea de
informaie memorat, formulat uneori i n forma n fiecare an, calculatoarele devin
de dou ori mai mici, de dou ori mai ieftine i de dou ori mai puternice. Exponenial
pe fiecare dintre cele trei dimensiuni, tinznd deci rapid spre limita cuantic n
11

dimensiunea procesoarelor. Chiar la nivelul mai tehnic, confirmat pentru cteva decenii,
al dublrii capacitii procesoarelor, legea de fapt, o observaie, urmat de o
previziune a fost ajustat, cu dublarea prevzut mai nti la un an i jumtate, apoi la
trei ani. nc nu e ru, dar nu va putea continua prea mult nici n acest ritm.
Problema e ns alta. Progrese se fac continuu i se vor mai face la nivel
tehnologic, dar calculatorul actual are limite principiale, peste care nu poate trece numai
prin progrese tehnologice. Recunoate amprente, dar nu fee de persoane, joac ah la
nivel de campion mondial, dar GO joac numai la nivel de nceptor, demonstreaz
teoreme de calculul propoziiilor, dar nu trece mult peste acest nivel (i nici nu distinge
ntre o teorem trivial i neinteresant i una care merit a fi pus pe hrtie). Toate
acestea i multe altele, n primul rnd pentru c este calculator... Turing-von Neumann.
Secvenial adic. Uniprocesor. (Mai are i alte slbiciuni, mai puin restrictive n
aplicaiile curente de pild, este un destul de mare consumator de energie.) Calculeaz
tot ce se poate calcula, dar asta n principiu, la nivelul competenei. ntlnim i un
aspect istoric aici. La nceput ne-a interesat ce se poate calcula, unde este frontiera
calculabilitii, a decidabilitii algoritmice. Chestiuni fundamentale matematic, dar n
aplicaii devine relevant performana, resursele cerute de un calcul dat, ce putem
calcula acum i aici, n condiii precizate. Ct electricitate consum un calculator sau
ct spaiu ocup nu mai sunt ntrebri de interes curent, aa cum erau prin anii 60 (sunt
nc de interes n condiii speciale, n cosmos, robotic), dar n ct timp primim
rspunsul la o problem sau rezultatul unui calcul este un aspect crucial n orice
aplicaie. i, spuneam, nu promisiunea tehnologic este relevant aici, ci abordarea
matematic, frontiera teoretic dintre fezabil i nefezabil.

O mare provocare: complexitatea exponenial
O puternic teorie s-a dezvoltat asupra acestui subiect, teoria complexitii
calculului, care a definit nc de la nceput ca fiind fezabile problemele care se pot
rezolva n timp polinomial n raport cu dimensiunea datelor de intrare. (Exemplu: avem
un graf o hart cu localiti i osele ntre ele cu n noduri. n ct timp poate un
algoritm s ne spun dac graful conine un drum hamiltonian, adic unul care trece prin
toate nodurile, o singur dat prin fiecare? Dac acest timp este mrginit de un polinom
n n, atunci spunem c algoritmul este de complexitate polinomial.) Problemele de
complexitate exponenial, care cer un timp de tip 2
n
, 3
n
etc. pentru o intrare de
dimenisune n, au fost considerate nefezabile. Prima clas a fost notat cu P, a doua cu
NP, abrevierile venind de la polinomial, respectiv, polinomial nedeterminist: o
problem este n NP dac putem decide n timp polinomial dac o soluie propus
pentru ea este cu adevrat soluie sau nu (ghicim o soluie, apoi verificm dac ea este
corect; mai tehnic, soluia este gsit de o main Turing nedeterminist, care are mai
multe alternative la un pas de calcul i contm pe faptul c alege totdeauna calea cea
bun, fr a examina exhaustiv posibilitile). Pentru detalii, se poate consulta, de
exemplu, cartea clasic a lui C.H. Papadimitriu, Computational Complexity, Addison-
Wesley, 1994.
S amintim i c n clasa NP exist o subclas, a celor mai grele probleme din
NP, problemele NP-complete; o problem este de acest tip dac orice alt problem
din NP se poate reduce la ea n timp polinomial. Prin urmare, dac o problem NP-
complet s-ar putea rezolva n timp polinomial, atunci toate problemele din NP ar avea
o astfel de rezolvare. Problemele folosite n criptografie sunt de obicei NP-complete.
O teorie foarte frumoas, care, n varianta de baz, are ns trei slbiciuni: (1)
nc nu ne poate spune dac P = NP, dac nu cumva soluii polinomiale se pot gsi i
12

pentru problemele pe care acum le considerm de complexitate exponenial, (2) teoria
nu ine seama de detalii cum ar fi coeficienii i gradul polinoamelor i care, practic,
pot avea o influen crucial asupra timpului de calcul, i (3) teoria ia n seam cazurile
extreme, este de tip worst case, numr paii de rezolvare a problemelor cele mai
dificile dintr-o clas, n timp ce realitatea se plaseaz de cele mai multe ori la mijloc,
spre medie. Iat un exemplu cu relevan practic: problemele de programare liniar
sunt n P, pentru c algoritmul elipsoidal al lui Leonid Khachian (1979) rezolv
problema n timp polinomial, dar polinomul cu pricina este att de complex nct n
practic, n majoritatea cazurilor, acest algoritm este mai puin eficient dect vechiul
algoritm simplex, propus n vremea celui de-Al Doilea Rzboi Mondial i considerat
unul dintre primii zece cei mai importani algoritmi imaginai vreodat, chiar dac el
este, teoretic, de complexitate exponenial.
Din aceste motive, teoria complexitii s-a rafinat i diversificat (complexitate
medie, algoritmi aproximativi ultimii avnd o direct legtur cu calculul natural), iar
definiia fezabilitii s-a redefinit cu mai mult grij.
Oricum, convingerea este transformat n slogan: calculatoarele Turing-von
Neumann nu pot rezolva n timp rezonabil probleme de complexitate exponenial.
Interesul fa de problema daxc P = NP este enorm. Pe de o parte, majoritatea
problemelor practice (netriviale) sunt n clasa NP, deci sunt nefezabile, nu pot fi
rezolvate eficient, pe de alta, majoritatea sistemelor criptografice n uz se bazeaz pe
probleme de complexitate exponenial, rezolvarea lor polinomial putnd duce la
spargerea sistemelor. Problema este deschis nc din 1971 (a fost formulat de Stephen
Cook), iar n anul 2000 a fost inclus de Clay Mathematical Institute, Cambridge,
Massachusetts, n lista celor apte probleme ale mileniului, rezolvarea ei fiind
recompensat cu un milion de dolari.
Dac importana problemei pentru informatica teoretic nu poate fi
supraestimat, nu este clar care ar putea fi urmarea practic a unei soluii, indiferent care
ar fi aceasta. Exist multe discuii pe aceast tem a se vedea, de exemplu, S. Cook,
The importance of the P versus NP question, Journal of the ACM, vol. 50, 2003, pp.
27-29. Dac se va arta c P este strict inclus n NP, aa cum majoritatea
informaticienilor (dar nu toi!) cred, atunci nimic nu se va schimba la nivelul
informaticii practice. Dac egalitatea se va demonstra neconstructiv sau constructiv, dar
ntr-o manier nefezabil (vor fi gsite soluii polinomiale la probleme din NP, dar cu
polinoame de grade mari sau cu coeficieni uriai), urmrile practice vor fi
nesemnificative (dar va ncepe cursa pentru gsirea unor soluii ad-hoc, pentru care
timpul s fie msurat de polinoame mai cumsecade). Dac, ns, va fi obinut o trecere
necostisitoare de la NP la P, atunci urmrile pentru informatica practic pot fi
spectaculoase n bine, exceptnd criptografia, unde urmrile vor fi dramatice.
La nivelul software-ului n uz, mai exist o problem, pe care o menionez n
formularea lui Edsger W. Dijkstra (din The end of computer science?, articolul citat
mai devreme): Cele mai multe dintre sistemele noastre [de programe] sunt mult mai
complicate dect nivelul la care ar putea fi considerate sntoase, sunt prea haotice
pentru a fi folosite cu ncredere i confortabil. Clientul mediu al industriei informatice a
fost servit att de prost, c el se ateapt n fiecare moment ca sistemul lui s cad.
Lipsa de robustee a sistemelor informatice complexe este o preocupare la fel de actual
i azi precum era n anul 2000.
Pentru a ilustra faptul c nu prin progrese tehnologice putem face fa
complexitii exponeniale, s examinm un caz simplu: s considerm o problem a
crei complexitate este de tip 2
n
, o problem de grafuri, de exemplu, care poate fi
13

rezolvat de un calculator obinuit pentru, s zicem, 200 de noduri, n aproximativ un
sfert de or; s presupunem c tehnologia ne ofer un calculator de 1000 de ori mai
rapid, un pas nainte cu totul netrivial i nu tocmai frecvent. Este adevrat c problemele
pe care le rezolvam mai devreme ntr-un sfert de or (aproximativ o mie de secunde) se
vor rezolva acum ntr-o secund, dar, dac ncercm grafuri cu mai mult de 200 de
noduri, constatm c progresul este derizoriu: cu noul calculator, vom rezolva problema,
ntr-un sfert de or, numai pentru grafuri cu cel mult 210 noduri. Asta, pentru simplul
motiv c 2
10
este deja mai mare de 1000. Iar dac problema ar fi de complexitate 3
n
,
atunci ne-am opri pe la 206 noduri...

Promisiunile calculului natural
Pentru a face fa problemelor de complexitate exponenial, dar i pentru alte
motive pe care le voi aminti mai trziu, informatica are mai multe posibile soluii,
majoritatea legate de calculul natural, ba chiar de biocalculabilitate: (1) cutarea de
calculatoare masiv paralele, (2) cutarea de calculatoare/calcule nedeterministe, (3)
cutarea de soluii aproximative, (4) cutarea de soluii probabiliste.
Toate aceste patru direcii au fost explorate i n cadrul informaticii standard,
n teorie ca i n tehnologia de tip electronic. Calculatoare multiprocesor sunt deja
disponibile de mai muli ani dar fr a ajunge la paralelismul masiv de la care se
ateapt rezolvarea problemelor complexe. Dac un numr mare de procesoare sunt
puse mpreun, apar alte probleme, unele inginereti (disiparea de cldur), altele, mai
importante poate, teoretice, legate de sincronizarea procesoarelor. O ramur distinct a
complexitii calculului se ocup de complexitatea sincronizrii a se vedea, de
exemplu, monografia lui Juraj Hromkovic, Communication Complexity and Parallel
Computing, Springer-Verlag, 1997. Una dintre concluziile acestei teorii spune c, de la
un numr de procesoare n sus, sincronizarea (msurat prin numrul de bii necesari n
acest scop) devine mai costisitoare dect calculul propriu-zis, ceea ce sugereaz
renunarea la sincronizare, dar de aici apar alte probleme, pentru c nu suntem nc
obinuii cu programarea de calculatoare asincrone.
Cu att mai puin tim cum s construim i s folosim calculatoare
nedeterministe. Foarte atrgtoare sunt ns ultimele dou dintre cele patru soluii i
aici intervine fora brut a calculatoarelor. Ea se aplic mai ales problemelor
complexe de optimizare: explornd la ntmplare spaiul soluiilor posibile, suficient de
mult timp, cu o mare probabilitate putem da peste soluii optime sau aproape de cele
optime. Soluii aproximative, eventual cu o probabilitate cunoscut de a fi optime.
Aici intr promitor n scen calculul natural. M voi referi de acum nainte
numai la cel de inspiraie biologic.
ntr-o celul, un numr imens de chimicale (ioni, molecule simple,
macromolecule, proteine, molecule de ADN i ARN) evolueaz mpreun, n soluie
apoas, la un nalt nivel de paralelism i, n acelai timp, de nedeterminism, ntr-un mod
robust, coordonat, fcnd fa cu succes solicitrilor care vin dinspre mediu i cptnd
n timp caracteristici foarte atrgtoare, de tip adaptare, nvare, autoreparare,
reproducere. Multe alte detalii sunt de interes, cum ar fi reversibilitatea unor procese sau
eficiena energetic, cu numrul de operaii per Joule mult mai ridicat dect n cazul
procesrii electronice a informaiei (tergerea consum energie, de aceea sunt de interes
calculatoare reversibile, vezi R. Landauer, Irreversibility and heat generation in the
computing process, IBM Journal of Research and Development, vol. 5, 1961, pp. 183-
191, i C.H. Bennett, Logical reversibility of computation, Idem, vol. 17, 1973, pp.
525-532).
14

Se pare, deci, c natura a perfecionat de-a lungul a patru miliarde de ani de
evoluie procese (i suporturi materiale pentru acestea) care ateapt s fie identificate i
nelese de informaticieni, pentru a nva noi metode i paradigme de calcul, eventual
pentru a construi noi tipuri de calculatoare. Iar informaticienii au trecut de mult vreme
la lucru.
Doar civa pai pe acest drum, pe scurt: Algoritmii genetici, ca mod de a
organiza cutarea prin spaiul soluiilor, imitnd evoluia darwinian, pentru a rezolva
probleme de optimizare. Generalizarea la calculul evolutiv i programarea evolutiv
Reelele neurale, ncercnd s imite funcionarea creierului uman, tot pentru cutarea de
soluii aproximative, mai ales pentru probleme de recunoatere a formelor, de nvare.
Ceva mai trziu, calculul cu ADN, care a propus i un nou hardware, masiv paralel,
folosind ca suport de calcul molecula de ADN. i mai aproape de noi, calculul
membranar, lund ca punct de plecare celula ca atare i populaiile de celule.
La rndul su, calculul evolutiv, n general, zona algorimilor aproximativi
inspirai din biologie, s-a ramificat spectaculos, n direcii dintre cele mai diverse (i,
uneori, pitoreti; pstrez denumirile englezeti): immune computing, ant colony
algorithm, bee colony algorithm, swarm computing, water flowing computing, cultural
algorithm, cuckoo algorithm, strawberry algorithm i e foarte probabil s mai fi
aprut i altele ntre timp...
Este important s subliniem faptul c toate ramurile calculului natural
menionate mai devreme, cu excepia calculului cu ADN, sunt menite implementrii pe
calculatorul obinuit, spre mai eficienta lui folosire, ele propun noi tipuri de software,
nu modificarea arhitecturii, a hardware-ului.

Totul ncepe cu Turing
ntr-un anume sens i ntr-o anume msur, ntreaga istorie a informaticii
(teoretice) este legat de biologie, a cutat i a gsit surse de inspiraie n aceasta. Am
menionat deja c Turing, n 1935-1936, cnd a introdus maina care-i poart numele, a
ncercat s simuleze modul uman de a calcula.
Dup un deceniu, McCullock, Pitts, Kleene au fundamentat teoria automatelor
finite plecnd de la modelarea neuronului i a reelelor de neuroni. Ceva mai trziu,
acelai punct de plecare a condus la ceea ce astzi este numit calcul neural.
Interesant este c nceputurile acestei discipline pot fi identificate n lucrri
nepublicate ale aceluiai Alan Turing. Avem aici un episod interesant, care poate ilustra
influena psihologiei i sociologiei asupra tiinei, vorbind despre lideri de grup
neinspirai i despre cercettori interesai mai mult n cercetarea lor dect n publicarea
rezultatelor. Anume, n 1948, Turing a scris o scurt lucrare, intitulat Intelligent
machinery, care a rmas nepublicat pn n 1968, deoarece eful su de la National
Physical Laboratory din Londra, ironic, pe nume sir Charles Darwin, nepotul celebrului
naturalist omonim, a scris pe colul lucrrii schoolboy essay, eseu colresc, oprind
publicarea.
Aceast lucrare a fost primul manifest al inteligenei artificiale. n lucrare (...),
matematicienul britanic nu numai c a pus bazele conecionismului, dar a i introdus,
ntr-un mod strlucitor, multe dintre conceptele care ulterior au devenit centrale n
inteligena artificial, n unele cazuri dup ce au fost reinventate de alii... am citat
din B.J. Copeland, D. Proudfoot, Alan Turing's forgotten ideas in computer science,
Scientific American, aprilie 1999, pp. 77-81. Printre altele, lucrarea lui Turing introduce
dou tipuri de reele de neuroni conectai aleatoriu, ca un pas nspre crearea unei
maini inteligente, una dintre trsturile cheie ale acestor reele fiind aceea de a nva,
15

de a se antrena n vederea rezolvrii de probleme. Este calcul neural avant la lettre, cu
ideile redescoperite ulterior, fr referire la Turing. Detalii despre mainile
neorganizate ale lui Turing pot fi gsite i n C. Teuscher, ed., Alan Turing. Life and
Legacy of a Great Thinker, Springer-Verlag, 2003, i C. Teuscher, E. Snchez, A
revival of Turings forgotten connectionist ideas: exploring unorganized machines, din
Proc. Connectionist Models of Learning, Development and Evolution, Lige, Belgium,
2000 (R.M. French, J.J. Sougne, eds.), Springer-Verlag, 2001, pp. 153-162. De
asemenea, la adresa http://www.AlanTuring.net se pot afla mai multe despre
manuscrisele nepublicate ale lui Turing i despre eforturile recente de valorificare a lor.
Acelai Turing, n acelai an, 1948, a propus i cutarea genetic sau
evolutiv, primele idei ale calculului evolutiv de mai trziu, domeniu care sintetizeaz
acum mai multe ramuri propuse de-a lungul anilor: programare evolutiv (L.J. Fogel,
A.J. Owens, M.J. Walsh), algoritmi genetici (J.H. Holland), strategii evolutive (I.
Rechenberg, H.P. Schwefel), toate trei iniiate n anii 1960, i programarea genetic
(J.R. Koza, anii 1990). Primul experiment de optimizare prin evoluie i recombinare
pe calculator a fost efectuat n 1962, de ctre Bremermann. Detalii pot fi gsite n A.E.
Eiben, J.E. Smith, Introduction to Evolutionary Computing, Springer-Verlag, 2003.
N-ar fi cu totul surprinztor dac printre manuscrisele lui Turing s-ar descoperi
i idei legate de calculul cu ADN s ne amintim c Turing a murit n iunie 1954, iar
articolul din Nature, n care J.D. Watson i F.H.C. Crick descriau structura dublu
elicoidal a moleculei de ADN fusese publicat cu un an nainte (A structure for
deoxyribose nucleic acid, vol. 171, aprilie 25, pp. 737-738).
Merit menionate alte dou concepte care fac carier n informatic i care ne
dau dreptul s spunem c totul ncepe cu Turing. Turing nsui i-a pus problema i a
propus ci prin care... se poate calcula mai mult dect Turing, imaginnd maini Turing
cu oracol, subiect iari popular n computabilitatea de azi. De asemenea, el poate fi
considerat precursor nu numai al inteligenei artificiale, ci i al domeniului numit via
artificial: n ultimii si ani, Turing a fost interesat de morfogenez, de modelarea
evoluiei de la genele unui ovul fertilizat la structura unui animal.

Un exemplu ncurajator: algoritmii genetici
nainte de a trece la calculul cu ADN i la calculul membranar, subiecte la care
voi intra n mai multe detalii, s mai zbovim puin asupra unei ramuri a calculului
inspirat din biologie care, la prima vedere, este surprinztor de eficient. Este vorba
despre algoritmii genetici, folosii pentru rezolvarea de probleme de optimizare
complexe, pentru care nu exist algoritmi propriu-zii (determiniti) sau aceti algoritmi
nu sunt eficieni. Sloganul subneles poate prea derutant: atunci cnd nu tii ncotro s
mergi, mergi la ntmplare, cu meniunea c n cazul algoritmilor genetici
ntmplarea este direcionat, ea se face ca n natur, n evoluia speciilor.
Totul este o preluare metaforic a unor elemente din evoluia darwinian: s
presupunem c avem o funcie de dou variabile (reprezentarea ca o suprafa de teren,
cu vi i dealuri, este intuitiv) creia trebuie s-i gsim maximul (unul dintre ele, dac
exist mai multe). Dac nu putem aborda problema analitic, alegem s umblm la
ntmplare prin domeniul de definiie, cutnd maximul. Reprezentm punctele din
domeniu sub forma unor cromozomi, iruri binare de lungime constant. Alegem (la
ntmplare sau prin alt metod) un numr de puncte de plecare, calculm valoarea
funciei pentru ele. Trecem apoi la evoluie: lum cromozomii doi cte doi i i
ncrucim (crossover), adic i secionm la o poziie dat i recombinm
fragmentele, prefixul unuia cu sufixul celuilalt i invers. Obinem doi cromozomi noi,
16

descriind doi indivizi din generaia urmtoare. Calculm funcia pentru noii
cromozomi, amestecm generaiile i reinem numai o parte dintre indivizi, pe cei cu
valorile mai bune ale funciei. Repetm de un numr precizat de ori, alegem soluia cea
mai bun pe care am gsit-o pn atunci i ne oprim.
Nimic nu garanteaz c ajungem la soluia problemei, c nu ne blocm, de pild,
ntr-un maxim local, fr a mai putea iei din el, dar, i aici este surpriza (plcut), ntr-
un numr semnificativ de aplicaii practice, strategia funcioneaz. Sigur, exist
nenumrate variante ale scenariului anterior, se i spune c monografiile din domeniu
sunt un fel de cri de bucate, culegeri de reete, liste de ingrediente i sugestii de
mbuntire a algoritmilor: n afar de recombinare, tot ca n evoluie, se folosete i
operaia de mutaie local, trecerea de la o generaie la alta se poate face n multe feluri,
populaia de cromozomi se poate distribui, lucrnd local, cu o comunicare de un tip
sau altul ntre regiuni, criteriile de oprire se pot i ele modifica i multe altele.
Sunt puse la lucru fora brut a calculatorului, plus metafora evolutiv cu
rezultate, subliniez, neateptat de bune: soluii neintuitive, greu de imaginat altfel,
convergen rapid la nceput, adesea evitnd maximele locale. Iar singura explicaie
este cea bio-mistic: algoritmii genetici funcioneaz att de bine n att de multe
situaii pentru c milenii de-a rndul natura a perfecionat procese att de performante n
evoluia speciilor.
Toate acestea induc, la acelai nivel speculativ, o concluzie optimist: dac
algoritmii genetici sunt att de utili, n ciuda lipsei unui argument matematic pentru
aceasta, atunci s ncercm s imitm biologia i n alte aspecte ale ei, avnd bune anse
ca, dac suntem inspirai s extragem ideile potrivite, s obinem sugestii fertile pentru
mbuntirea folosirii calculatoarelor existente i, eventual, pentru realizarea unora i
mai performante.
Acest optimism trebuie ns temperat de observaia c un rezultat celebru al
calculului evolutiv, al domeniului algoritmilor aproximativi n general, este aa-numita
no free lunch theorem (teorema nu exist prnz gratuit), a lui David Wolpert i
William Macready (1997), care, informal, spune c oricare dou metode aproximative
de optimizare sunt la fel de bune, n medie, peste toate problemele de optimizare, ceea
ce poate fi citit i la fel de puin bune, pentru fiecare metod exist probleme pentru
care metoda nu poate da soluii satisfctoare.

O coinciden
nainte de a trece la calculul cu ADN, o precizare autobiografic. Eram la Graz,
n Austria, n aprilie 1994, la o conferin, atunci cnd am intrat n posesia lucrrii lui
Tom Head, de la State University of New York din Binghamton, SUA, ulterior prieten
i colaborator, Formal language theory and DNA: An analysis of the generative
capacity of specific recombinant behaviors, aprut n Bulletin of Mathematical
Biology, vol. 49, 1987, pp. 737-759. A fost o revelaie. M gseam dup aproape
douzeci de ani de lucru n teoria limbajelor formale i intuiam acum un domeniu
extrem de promitor de aplicaii. E adevrat, ar fi trebuit s am aceast revelaie mai
demult, pentru c parcursesem la vremea ei lucrarea acad. Solomon Marcus Linguistic
structures and generative devices in molecular genetics, din Cahiers de Linguistique
Thorique et Applique, vol. 11, 1974, pp. 77-104, dar probabil nu venise pe atunci
vremea trecerii la bioinformatic, nu parcursesem cei douzeci de ani de pregtire pe
care-i voi descrie pe scurt ntr-o seciune ulterioar. Tom Head introduce n lucrarea sa
o operaie cu iruri care formalizeaz operaia de recombinare a moleculelor de ADN
din genetic. O numete splicing i aa i voi spune n continuare, pentru a o distinge de
17

recombinarea de la algoritmii genetici, cu care seamn, fr a fi identic. Am imaginat
chiar atunci, n vremea conferinei, un fel de gramatic bazat pe aceast operaie, de
fapt, pe o variant mai simpl i mai apropiat de operaiile cu iruri dect operaia lui
Tom Head. Lucrarea a fost publicat n revista Discrete Applied Mathematics i a
consacrat versiunea de splicing pe care o propusesem. Peste puine sptmni, eram la
Leiden, n Olanda, unde am scris o lucrare mpreun cu Grzegorz Rozenberg i Arto
Salomaa, cel de-al doilea, de la Turku, Finlanda, locul unde aveam s petrec apoi mai
muli ani, dedicai iniial calculului cu ADN i apoi calculului membranar. Inspirat ca
totdeauna, G. Rozenberg a titrat lucrarea noastr Computing by splicing. Pentru c,
ncepnd de atunci, am numit sisteme H mecanismele de calcul bazate pe splicing,
amintind astfel de cel care a introdus (inventat sau descoperit?...) operaia cu pricina, i-
am trimis lucrarea, n manuscris, lui Tom Head. Acesta a rspuns imediat, prin telefon,
ntrebndu-ne excitat: tiai c tocmai s-a efectuat un experiment reuit de calcul cu
ADN?! Nu, nu tiam, a fost o coinciden pe care o trec la coincidene semnificative.

Primul calcul n eprubet
Tom Head se referea la experimentul lui Leonard Adleman, publicat chiar n
toamna lui 1994, n revista Science, nr. 226, nov. 1994, pp. 1021-1024: Molecular
computation of solutions to combinatorial problems. Despre posibilitatea de a folosi
molecule de ADN pentru a calcula s-a speculat nc din anii 1970 (Ch. Bennett, M.
Conrad, chiar i R. Feynman, cu mult citata sa fraz exist foarte mult loc acolo, jos,
cu referire la fizic, dar extins afirmaia i la biologie). Adleman a confirmat aceast
ateptare, rezolvnd n laborator problema dac exist un drum hamiltonian ntr-un graf
(am amintit-o ntr-o seciune anterioar). Problema este cunoscut ca fiind NP-
complet, deci, printre cele mai grele probleme nefezabile, de complexitate
exponenial (plecm de la premisa c nu avem P = NP), dar Adleman o rezolv ntr-un
numr de pai care este liniar n raport cu mrimea grafului. E adevrat, pai biochimici,
fcnd uz de un paralelism masiv, ba chiar i de nedeterminism, toate acestea posibile
datorit caracteristicilor moleculelor de ADN i biochimiei aferente.
Pe scurt, milioane de cpii ale unor secvene simple de nucleotide, codificnd
nodurile i arcele grafului, au fost puse mpreun n soluie apoas. Prin scderea
temperaturii, aceste secvene au format molecule dublu catenare, corespunztoare
drumurilor n graf. Pentru c au fost folosite suficient de multe cpii ale secvenelor
iniiale, cu mare probabilitate, au fost obinute toate drumurile din graf. Dintre acestea,
au fost selectate cele care treceau prin toate nodurile, prin proceduri obinuite de
laborator: electroforez pe gel pentru a separa moleculele de lungime potrivit lungimii
drumurilor, apoi selectare prin denaturare i amplificare prin PCR a drumurilor care
treceau prin toate nodurile (deci, hamiltoniene).
Procedura presupune un numr de operaiuni biochimice liniar n raport cu
numrul nodurilor grafului. Problema este NP-complet, deci realizarea este
extraordinar iar ecoul a fost pe potriv. Deja n anul urmtor, 1995, s-a organizat la
Princeton o ntlnire cu titlul DNA Computing, care s-a transformat n conferin i
continu i astzi. Da, dar...

Argumente pro i contra
A fost un pas istoric, demonstraia c se poate. Pe un graf cu 7 noduri, ns,
pentru care problema se poate rezolva printr-o simpl inspecie vizual. Calculatoarele
obinuite pot rezolva problema existenei dumurilor hamiltoniene n grafuri cu cteva
sute de noduri, suficient pentru aplicaiile practice curente.
18

Iar soluia a fost obinut printr-o tranzacie spaiu-timp, numrul de molecule a
fost exponenial de mare n raport cu numrul nodurilor. Juris Hartmanis, un clasic al
informaticii, dup ce i-a exprimat entuziasmul (Hartmanis compar informatica cu
fizica: a doua progreseaz n urma experimentelor cruciale, prima n urma
demonstraiilor c ceva se poate; Adleman a produs o asemenea demonstraie!), a
calculat cantitatea de ADN necesar pentru a aplica procedura lui Adleman la un graf cu
200 de noduri i a gsit c greutatea acestuia ar fi depit greutatea Pmntului...
Cam aici este i acum calculul cu ADN din punct de vedere practic. Numeroase
experimente, dar tot pe toy problems, mult teorie, priceperea n manevrarea
moleculelor de ADN n laborator a progresat foarte mult, s-au obinut i rezultate de
interes pentru tehnologia general de laborator (de pild, o versiune mbuntit a
reaciei de polimerizare n lan, PCR; unul dintre inventatori este matematician,
Vincenzo Manca, amintit nc de la primele pagini ale acestui text), dar pe total
domeniul s-a deplasat spre nanotehnologie, aplicaiile practice nu au aprut nc (dac
nu cumva exist aplicaii n criptografie, dar sunt clasificate).
i totui, lista posibilelor avantaje ale folosirii ADN-ului pentru a calcula este
lung: o foarte bun eficien ca suport de date, la nivelul unui bit pe o nucleotid;
eficien energetic; comportare paralel i nedeterminist, dou visuri ale informaticii
(cu meniunea c nedeterminismul aduce i probleme, de exemplu, posibile false
soluii); manevrabilitate deosebit n laborator, stabilitate, reversibilitatea unor procese.

Minunata dubl elice
Molecula de ADN are caracteristici surprinztoare la nivel informaional i
computaional. S ne reamintim, formulat n termeni sintactici: avem dou iruri de
litere A, C, G, T, cele patru nucleotide, aezate fa n fa, n perechi complementare
Watson-Crick, totdeauna A fcnd pereche cu T i C cu G. Cele dou iruri sunt
orientate diferit unul fa de cellalt, orientarea fiind indicat de biochimiti prin notarea
unui capt de ir cu 3 i a celuilalt cu 5. Iar aici apare deja o surpriz matematico-
informatic, semnalat de G. Rozenberg i A. Salomaa n Raportul Tehnic 96-28 al
Universitii din Leiden, Olanda (octombrie 1996), Watson-Crick complementarity,
universal computations, and genetic engineering: structura moleculei de ADN
ascunde, codificat, puterea de calcul a mainii Turing! Formularea este imprecis, ea
corespunde ns urmtoarei observaii. nc din 1980 s-a demonstrat (J. Engelfriet i G.
Rozenberg) c orice limbaj ale crui iruri pot fi recunoscute de o main Turing, poate
fi scris ca imaginea unui anume limbaj fixat, s-l notm cu TS(0,1), printr-un
traductor secvenial.
Limbajul anterior este aa-numitul twin-shuffle peste 0, 1: shuffle nu este
altceva dect operaia de amestecare a literelor a dou cuvinte, fr a le schimba ordinea
(exact ca la amestecarea crilor de joc din dou pachete de culori diferite). Aici,
amestecm literele a dou cuvinte gemene, un ir de simboluri 0 i 1 i unul identic
modulo schimbarea culorii acestor simboluri (le putem aduga o bar deasupra sau
semnul prim pentru a obine irul geamn). La rndul su, un traductor secvenial
este cel mai simplu traductor, care are o memorie finit i parcurge un ir de la stnga
la dreapta. De remarcat c lucrm cu patru simboluri, 0, 1 i perechile lor, s zicem, 0
i 1. Exact attea nucleotide avem, patru. S mai remarcm i c TS(0,1) este un limbaj
fixat. Dndu-se un limbaj oarecare, oricare ar fi el (recunoscut de o main Turing dat),
el se obine plecnd de la acelai unic TS(0,1), doar traductorul depinde de limbaj.
Surpriza interesant i semnificativ este c limbajul TS(0,1) se poate obine prin
citirea moleculelor de ADN, n felul urmtor: mergem de-a lungul celor dou iruri
19

complementare Watson-Crick, de la stnga la dreapta, avansnd la ntmplare pe cele
dou iruri i asociind celor patru nucleotide A, C, G, T simboluri 0, 1, dup regula: A =
0, G = 1, T = 0, C = 1. Ceea ce obinem, punnd la un loc toate aceste citiri, pentru
toate moleculele posibile de ADN, este exact TS(0,1)!
Prin urmare, orice limbaj care poate fi definit de o main Turing poate fi obinut
traducnd aceste citiri ale moleculelor de ADN cu ajutorul celui mai simplu traductor,
cel cu memorie finit. Traductorul depinde de limbaj, el extrage din TS(0,1)
rezultatul calculelor unei maini Turing. Puterea este acolo, rmne numai s-o punem n
eviden. (ntr-un anume sens, avem din nou cuplarea dintre un proces simplu, citirea
moleculei de ADN, i un observator de ordinul nti, simplu, traductorul secvenial, ca
n lucrrile aminite mai devreme ale lui M. Cavaliere i P. Leupold, cu rezultatul
egalnd nivelul maxim de calculabilitate, cel al mainii Turing.)
Apar n acest context dou chestiuni. Vorbeam, de exemplu, despre orientarea
diferit a celor dou catene ale moleculei de ADN, dar mai devreme le parcurgeam pe
amndou de la stnga la dreapta. Nicio problem, citirea irurilor duble poate s
porneasc din direcii diferite i rezultatul este acelai. Doi: natura este redundant, sunt
toate cele patru nucleotide (cele patru simboluri 0, 1, 0, 1) necesare pentru a acoperi,
n sensul anterior, puterea de calcul a mainii Turing? Nu, trei simboluri sunt suficiente
dar nu dou!
Demonstraii pentru toate aceste rezultate pot fi gsite n monografia (tradus n
japonez, chinez i rus) Gh. Pun, G. Rozenberg, A. Salomaa, DNA Computing. New
Computing Paradigms, Springer-Verlag, 1998.
Vorbind despre calcule i redundan, s ne amintim c o mare parte din ADN
este rezidual, nu codific gene i nu tim exact la ce folosete. Putem specula: dac n
celul, la nivel genetic, se efectueaz calcule (viruii sunt iruri de nucleotide, prin
urmare i recunoaterea lor este o operaie de analiz sintactic, deci un calcul), iar
aceste calcule este de presupus c sunt complexe, de ce nu?, chiar la nivelul mainii
Turing, atunci avem nevoie de spaiu de lucru, de o band care n final rmne n
mare parte goal, rezultatul este aezat la nceputul ei (n cazul benzii mainii Turing).
ADN-ul aparent fr funcie poate fi tocmai spaiul de lucru pentru calcule complexe, pe
care nu le nelegem nc.

Calculnd pe baza operaiei de splicing
Adleman nu a folosit operaia lui Tom Head n experimentul su, dar ingrediente
biochimice specifice splicing-ului au fost utilizate n multe alte cazuri: enzime
restrictive, care taie moleculele de ADN n contexte bine precizate, ligaze care leag la
loc moleculele, recombinarea pe baza capetelor lipicioase ale moleculelor cu cele
dou catene de lungimi diferite, deci cu nucleotide care nu-i au perechea Watson-Crick
n fa.
Nu intru nici n amnunte biochimice i nici n detalii matematice privind
operaia de splicing. Pe scurt, dou molecule (reprezentate ca iruri simple, pentru c
nucleotidele de pe o caten sunt identificate de perechile lor de pe cealalt caten) sunt
tiate n dou buci fiecare, la mijlocul unui context specificat printr-o pereche de
subiruri, iar fragmentele sunt recombinate ncruciat, obinndu-se dou iruri noi.
Plecnd de la o mulime iniial de iruri i aplicnd aceast operaie n mod repetat (n
raport cu o mulime dat de contexte, deci de reguli de splicing), obinem un dispozitiv
de calcul, un generator de limbaje, similar unei gramatici. Obinem un sistem H. Mare
parte din monografia DNA Computing. New Computing Paradigms menionat mai
devreme este dedicat studierii acestor sisteme: variante, putere generativ, proprieti.
20

Atunci cnd se introduce un nou model de calcul, prima chestiune care trebuie
clarificat privete puterea sa, n comparaie cu etaloanele teoriei automatelor i
limbajelor formale maina Turing i restriciile sale, gramaticile Chomsky, sistemele
Lindenmayer. S notm doar c cei doi poli ai calculabilitii sunt puterea mainii
Turing, prin teza Turing-Church fiind nivelul maxim al calculabilitii algoritmice, i
puterea automatului finit. n termeni de gramatici i limbaje, clasa maximal este cea a
gramaticilor Chomsky generale i a limbajelor recursiv enumerabile, iar cea minimal
corespunde gramaticilor i limbajelor regulate.
Sistemele H cu un numr finit de iruri de plecare i un numr finit de reguli de
splicing nu genereaz dect limbaje regulate. Insuficient ca putere, mai ales c un
calculator de acest nivel nu are proprieti (convenabile) de universalitate, deci nu e
programabil.
Interesant i atrgtor este ns c, adugnd un minim control asupra operaiei
de splicing, cu multe sugestii venind din zona gramaticilor cu restricii n derivare sau
din biologie (exemplu: fiecare regul de splicing are asociat un simbol i ea nu se aplic
dect irurilor care conin acest simbol; variant simbolul s nu apar), atunci obinem
sisteme H echivalente cu maina Turing. Demonstraia este constructiv, ca urmare, se
import astfel de la maina Turing i existena mainii universale, aadar, avem la
dispoziie un sistem H universal, programabil.
Cu o meniune: nu s-a putut realiza n laborator un asemenea calculator bazat
pe splicing. Saltul de la cazul din natur, cu operaia necontrolat (care se oprete la
puterea automatului finit), la cazul controlat, nu a putut fi fcut i nici nu este clar dac
se va putea face curnd. Realizarea calculatorului universal pe baz de splicing mai
trebuie s atepte...

Un detaliu important: funcionarea autonom
S nu uitm c un calculator universal, programabil, ar trebui s lucreze
autonom, n sensul c odat un program pornit, calculatorul continu fr intervenii din
afar cu totul altfel dect se ntmpl de obicei n experimentele de calcul cu ADN,
unde operatorul uman controleaz ntregul proces. De pild, n cazul experimentului din
1994, Adleman a fost, de fapt, calculatorul, el a folosit moleculele de ADN doar ca
suport de calcul, complexitatea de calcul s-a referit la paii de laborator efectuai de
biochimist, nu la paii interni, la operaiile cu ADN, efectuate n paralel.
Exist ns progrese promitoare spre realizarea de calcule autonome, cuvntul-
cheie, mult promovat n ultimii ani, fiind auto-asamblare (self-assembly). Realizri
remarcabile n aceast direcie au fost obinute de Erik Winfree i echipa sa de la
Caltech, Pasadena, SUA, iar abordarea sa este de semnalat i pentru c pleac
(reconfortant, printre altele, i pentru discuia privind utilitatea matematicii), de la un
capitol vechi al informaticii teoretice, calculul cu dominouri al lui Wang Hao, dezvoltat
pe la nceputul anilor 60 ai secolului trecut. Pe scurt, dominouri ptrate, cu laturile
colorate (marcate), pot fi folosite pentru a calcula (prin alturare, n aa fel nct
dominourile vecine s aib laturile de aceeai culoare), simulnd calculele unei maini
Turing. Obinem din nou un model de calcul care este universal.
Erik Winfree a realizat dominouri din ADN, cu laturile marcate cu secvene
potrivite de nucleotide, pe care le-a lsat libere n soluie, pentru a se altura conform
afinitii Watson-Crick a nucleotidelor care coloreaz laturile. Abordarea a funcionat,
experimentele au reuit dar totul a rmas, n termenii lui Hartmanis, tot la nivelul unui
demo. Este important s subliniem c de data aceasta nu este vorba despre rezolvarea
unei probleme anume, ca la Adleman i la majoritatea experimentelor din literatura
21

calculului cu ADN, ci de implementarea n laborator a unui model de calcul universal,
autonom de aceea, un demo, poate, mai important dect cel al lui Adleman (doar c
Adleman a fost primul...).
Exist i alte ncercri de a realiza n laborator calculatoare autonome.
Semnalez doar simularea unui automat finit, un succes al unei echipe de la Weizmann-
Rehovot i Tehnion-Haifa, Israel: Y. Benenson, T. Paz-Elizur, R. Adar, E. Keinan, Z.
Livneh, E. Shapiro, Programmable and autonomous computing machine made of
biomolecules, Nature, vol. 414, nov. 2001, pp. 430-434, cu meniunea c era vorba
despre un automat cu numai dou stri. Tot numai un demo...

Ce nseamn a calcula n mod natural?
Monografia DNA Computing are capitole dedicate i altor moduri de a calcula
inspirate din biochimia ADN-ului, de pild, prin inserare i tergere de subiruri (n
contexte date), printr-un fel de joc de domino cu molecule de ADN care se cupleaz
pe baza complementaritii Watson-Crick, diferit de modelul lui Wang Hao.
Splicing, inserare-tergere, prelungire de iruri. n calculul membranar ntlnim
procesarea de multiseturi. Evoluia nsi este bazat mai ales pe recombinare/splicing,
mutaiile locale apar doar accidental. n contrast, calculatoarele existente i modelele
teoretice de calcul folosesc, aproape toate, operaia de rescriere (rewriting). Se opereaz
local, asupra unui ir orict de lung. Acest lucru este adevrat pentru automate,
gramatici, sisteme Post, algoritmi Markov. Toate aceste operaii, i rescrierea i cele
naturale (splicing-ul doar cu un control suplimentar), att de diferite ntre ele, conduc
la modele de calcul care au puterea mainii Turing.
ntrebarea se impune: ce nseamn a calcula n mod natural? Cu multe
continuri: De ce informatica nu a considerat (dect sporadic) i alte operaii dect
rescrierea? Se pot concepe calculatoare (electronice) folosind operaii naturale?
Folosind recombinarea de tip splicing, de pild. Atunci cnd Hilbert a formulat
ntrebarea ce este calculabil mecanic?, el avea n minte sisteme formale, n care
substituia este o regul de inferen central, iar Turing a propus un rspuns n acelai
limbaj. Am fost oare astfel influenai, atunci cnd am proiectat calculatoarele, s
gndim n aceiai termeni? Nu am citit pe undeva ca inginerii s fi spus c nu se pot
imagina i calculatoare bazate pe altfel de operaii.
Rmne ntrebarea dac astfel de calculatoare vor fi sau nu mai bune dect cele
existente. Teoretic, vor avea aceeai putere, diferenele trebuie cutate pe alte
coordonate: eficien computaional, uurin n utilizare, posibiliti de nvare etc.
Spuneam mai devreme c sistemele H sunt fie de puterea automatelor finite, fie
echivalente cu maina Turing. Situaii similare ntlnim i n calculul membranar.
Putem atunci afirma c clasele de automate i gramatici intermediare ntre automatele
finite i maina Turing, i sunt multe astfel de clase studiate n informatica teoretic, nu
sunt naturale? ntr-un anume sens, acesta este cazul. De exemplu, limbajele
independente de context au o definiie cu motivare matematico-lingvistic, n timp ce
limbajele dependente de context au o definiie care ine de teoria complexitii
(referindu-se la spaiul de lucru necesar pentru a genera sau recunoate un ir).

S trecem la celul!
n ciuda acumulrilor teoretice, a numeroaselor experimente reuite (totui,
avnd de a face cu probleme de dimensiuni derizorii) i a perfecionrii continue a
tehnicilor de laborator, calculul cu ADN nu a confirmat entuziasmul de acum douzeci
de ani, de dup anunarea experimentului lui Adleman. Dac nu cumva, spuneam, vor fi
22

existnd aplicaii n criptografie despre care vom afla peste cteva decenii. Putem gsi
amnunte care sprijin aceast bnuial. De pild, la prima ediie a conferinei de DNA
Computing, Princeton, 1995, una dintre comunicri (D. Boneh, C. Dunworth, R. Lipton:
Breaking DES using a molecular computer) descria modul n care se putea sparge
Data Encryption Standard, DES, sistemul folosit de administraia american, folosind
ADN, n patru luni. Anul urmtor, subiectul a fost discutat de o echip din care fcea
parte i Adleman, iar experimentul propus putea sparge DES chiar n cinci zile, dac
operaiunile de laborator ar fi fost robotizate. A mai fost prezentat o lucrare de acest
gen i n 1997, an n care DES a fost spart i cu calculatoare electronice, drept care
sistemul a fost retras.
Oricum, la civa ani de la experimentul lui Adleman devenise clar c nu se
poate merge prea departe, mai era nevoie de nc o idee inovatoare, de nc o
strpungere, pentru a face un pas esenial spre aplicaii (spre o killer-app, cum spun
americanii), iar una dintre explicaii se referea la faptul c ADN-ul nu se comport in
vitro la fel de bine (robust, predictibil) ca in vivo. Ideea apare de la sine: s mergem spre
celul!
La nivel personal, momentul coincidea i cu scrierea monografiei DNA
Computing, un fapt care s-a repetat aproape sistematic n primele dou decenii ale
carierei mele de cercettor: dup aproximativ cinci ani de lucru ntr-o ramur a
informaticii, am adunat, singur sau n colaborare, rezultatele ntr-o monografie, apoi am
trecut la alt subiect rmnnd, totui, n cadrul informaticii teoretice, mai ales al
limbajelor formale i automatelor. Lips de tenacitate sau curiozitate? Poate din
amndou cte ceva, dar o combinaie norocoas: toate capitolele de informatic
teoretic pe care le-am frecventat nainte de a trece la calculul membranar au fost
folosite, uneori decisiv, n acest ultim domeniu cu care am ntrerupt definitiv tradiia
schimbrii la fiecare cinci ani: dup 17 ani dedicai aproape exclusiv calculului
membranar, chiar dac am scris, ca de obicei, o monografie dup aproximativ cinci ani
de la prima lucrare, nu a aprut nc niciun semn de ofilire a interesului.

Fascinanta celul
Celula este cu adevrat fascinant pentru un matematician-informatician.
Presupun c i pentru biolog. Cea mai mic entitate despre care toat lumea este de
acord c e vie. Subiectul este netrivial: la Institutul de la Santa Fe, New Mexico, SUA,
de studiu al complexitii, a fost iniiat pe la mijlocul anilor 1980 un nou domeniu de
cercetare, sub numele de via artificial, o extindere a inteligenei artificiale, care
dorea studierea vieii n sine, simularea ei pe suporturi nebiologice, pe calculator,
modelarea matematic. S-a nceput, desigur, cu cutarea unei definiii a ceea ce numim
intuitiv via, dar nu s-a ajuns prea departe: orice definiie fie lsa pe dinafar ceva viu,
fie ne asigura, de exemplu, c viruii de calculator sunt vii (au metabolism,
autoreproducere etc.). S ne reamintim c Erwin Schrdinger are o ntreag carte al
crui titlu se ntreab Ce este viaa?, tradus la Editura Politic, n 1980.
Celula trece ns acest test. Ea este o extraordinar de mic uzin, cu o
structur intern complex, ingenioas i eficient, n care evolueaz un numr enorm
de ageni, de la ioni la macromolecule precum cea de ADN, i unde procese
informaionale au loc la tot pasul. Unele celule triesc pe cont propriu (nu spun izolate),
n organisme unicelulare, altele formeaz esuturi, organe, organisme.
Este o discuie de interes aceea privind rolul celulelor n a face posibil viaa
nsi. Citez doar cartea de referin B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K.
Roberts, P. Walter, Molecular Biology of the Cell, 4th ed. Garland Science, New York,
23

2002, articolul lui Jesper Hoffmeyer: Surfaces inside surfaces. On the origin of agency
and life, Cybernetics and Human Knowing, vol. 5, 1998, pp. 33-42, important pentru
cele ce urmeaz fiindc ne propune sloganul viaa nseamn suprafee nuntrul altor
suprafee, cu referire la membranele care dau structura interioar a celulelor, i nchei
cu un paragraf din S. Kauffman, At Home in the Universe, Oxford University Press,
1995: Secretul vieii, izvorul reproducerii, nu este de gsit n frumuseea mperecherii
Watson-Crick, ci n realizrile nchiderii catalitice colective.
Adaug i o sugestiv ecuaie-slogan, pe care acad. Solomon Marcus a lansat-o la
unul dintre primele workshopuri de calcul membranar, cel de la Curtea de Arge, din
2002: Life = DNA software + membrane hardware.

Membrana. De la biologie la informatic
Am ajuns astfel la un ingredient fundamental membrana. Se poate vorbi foarte
mult despre aceasta, au fcut-o biologii, au fcut-o biosemioticienii. Celula nsi exist
pentru c este separat de mediul nconjurtor printr-o membran. Nu numai metaforic
vorbind, orice entitate autonom exist pentru c este delimitat de o membran, fie
ea i virtual, de lumea din jur.
Celula (eucariot) are un numr de membrane i n interior: cea care nconjoar
nucleul, complicatul aparat Golgi, vezicule, mitocondrii. Din punct de vedere
computaional, principalul rol al acestor membrane este acela de a delimita reactoare
protejate, compartimente n care are loc o biochimie specific. Mai sunt i alte
caracteristici-funcii ale membranei biologice care au importan pentru calculul
membranar: n membrane sunt plasate canale proteice care permit comunicarea selectiv
ntre compartimente; pe membrane sunt fixate enzime care controleaz multe dintre
procesele biochimice din jur; membranele sunt utile i pentru a crea spaii ct mai
reduse, n care moleculele aflate n soluie s aib ansa de a se ntlni pentru a
reaciona. Se spune c atunci cnd un compartiment este prea mare pentru ca biochimia
local s fie eficient, natura creeaz membrane, pentru a obine reactoare suficient de
mici (astfel nct, prin micare brownian, moleculele s se ntlneasc suficient de
frecvent, putnd astfel reaciona) i pentru a crea noi suprafee de reacie.
Subliniez c privesc celula, structura i procesele care au loc n ea cu ochelarii
informaticianului-matematician, ignornd o mulime de detalii biochimice (de pild,
structura nsi a membranelor) i interpretndu-le pe cele selectate conform
obiectivului acestui demers: definirea unui model de calcul.
S detaliem puin, ncepnd cu rolul esenial n comunicare. Dac, n celula
biologic sau n modelul pe care-l vom defini, compartimentele delimitate de membrane
ar evolua separat, nu am avea un reactor, ci un numr de reactoare alturate, dar
lucrnd independent. Membranele asigur ns integrarea acestora. Moleculele
polarizate sau de dimensiuni mari nu pot trece printre moleculele (fosfolipidice, cu un
cap polarizat i piciorue hidrofobe, ale) membranelor, dar pot trece dintr-o parte n
cealalt prin canalele proteice. Aceast trecere este selectiv, uneori fcndu-se
mpotriva gradientului, de la o concentraie mai mic la una mai mare. Cazul foarte
interesant este cel al trecerii simultane printr-un canal proteic a dou sau mai multor
molecule: moleculele respective nu pot trece separat, dar o pot face mpreun, fie n
aceeai direcie (simport), fie o molecul intrnd n compartimentul respectiv i cealalt
ieind (antiport). Un capitol important i extins al calculului membranar este bazat pe
aceste operaii, interesul venind i din specificul acestui proces: nu exist rescriere, ci
doar transport de obiecte peste graniele definite de membrane, nu exist tergere, exist
24

doar comunicare. Calcul prin comunicare. S ne reamintim n acest context ntrebarea
ce nseamn a calcula n mod natural.
Despre procesele informaionale care au loc n celul, eventual cu implicarea
membranelor, citim n multe locuri.
Multe proteine din celulele vii par a avea ca prim funcie a lor transferul i
procesarea de informaie, mai degrab dect transformarea intermediarilor metabolici
sau construirea de structuri celulare. Aceste proteine sunt legate funcional prin
mecanisme alosterice sau de alt natur n circuite biochimice care efectueaz o
varietate de sarcini computaionale simple, incluznd amplificarea, integrarea i
stocarea de informaie.
Acesta este chiar rezumatul articolului lui D. Bray, Protein molecules as
computational elements in living cells, aprut n Nature, vol. 376, iulie 1995, pp. 307-
312. La rndul lor, S.R. Hameroff, J.D. Dayhoff, R. Lahoz-Beltra, A.V. Samsonovich,
S. Rasmussen, ntr-un articol din Computer, nov. 1992, pp. 30-39, privesc citoscheletul
ca automat, n timp ce W.R. Loewenstein, n The Touchstone of Life. Molecular
Information, Cell Communication, and the Foundations of Life, Oxford University
Press, 1999, construiete o ntreag teorie plecnd de la aspectele informaionale ale
vieii celulei. Despre biosemiotica membranei a vorbit n multe locuri Jesper
Hoffmeyer, pe care l-am amintit i mai devreme. Citez aici doar lucrarea sa Semiosis
and living membranes, Seminrio Avanado de Comunicaao e Semitica.
Biossemitica e Semitica Cognitiva, Sao Paolo, Brasil, 1998, pp. 9-19.
n context, putem aminti rolul esenial al apei n viaa celulei, implicit, procesele
de comunicare transmembranar a acesteia, prin canale dedicate, acvaporinele n
descoperirea crora colegul Gheorghe Benga are contribuii de pionierat.

O parantez terminologico-istoric
nainte de a trece la descrierea rapid a calculului membranar, cteva precizri.
Mai nti, despre numele domeniului. I-am zis membrane computing, plecnd de
la rolul membranei n viaa celulei i n arhitectura modelului, dar alegerea nu a fost cea
mai potrivit. n primul rnd, nu se traduce fericit n limba romn. Calcul cu
membrane e prea concret, calculabilitate membranar este lung i nefiresc, am ales
aici calcul membranar, ca un compromis ntre cele dou. Calcul celular era,
probabil, alegerea cea mai comercial, dar era un pic prea cuprinztor.
Apoi, numele modelelor: n primele lucrri, vorbeam despre membrane
systems, dar foarte curnd cei care le-au preluat le-au numit P systems, continund
irul altor sisteme cu nume din informatic (Post, Lindenmayer i H sunt cele mai
apropiate), la nceput crendu-mi un oarecare disconfort public, la conferine, de
exemplu, dar iniiala s-a autonomizat rapid, devenindu-mi complet neutr. Interesant
este c exist deja lucrri care folosesc sintagma (uneori chiar n titlu) fr a mai cita
lucrri ale subsemnatului. Va fi, desigur, un mare succes dac ea va deveni
preponderent folcloric...
Domeniul a crescut rapid i e nc activ, dup aisprezece ani de la pornirea la
drum. M-am ntrebat uneori care sunt explicaiile evident, i pentru a vedea ce a
putea face pentru a-i sprijini creterea. Au concurat multe lucruri la interesul pentru
calculul membranar: contextul favorabil (moda calculului natural despre care am mai
vorbit); momentul potrivit, pe de o parte, n raport cu calculul cu ADN (care este, ntr-
un anume sens, nglobat n i generalizat de calculul membranar), pe de alt parte, n
raport cu informatica teoretic n general i teoria limbajelor formale n particular.
25

Aici sunt mai multe de spus. Dup patru decenii de la introducerea gramaticilor
Chomsky, teoria limbajelor formale se clasicizase, retrgndu-se din fluxul principal
al cercetrilor (aproape cu totul n SUA), chiar dac nc exist conferine specializate
(de pild, despre automate finite i aplicaiile acestora) sau mai generale (DLT
Developments in Language Theory). Calculul membranar a aprut ca o continuare i
extensie a acesteia: obiectul principal de studiu nu mai sunt irurile de simboluri i
limbajele, ci (anticipez) multiseturile de simboluri i mulimile de multiseturi. iruri,
fr a lua n seam ordinea simbolurilor, mai tehnic vorbind, iruri vzute prin funcia
lui Parikh, cea care spune cte apariii are fiecare simbol ntr-un ir, exact
multiplicitatea de la multiseturi. Urmarea a fost c un numr semnificativ de cercettori
n teoria limbajelor formale au fost interesai de noul domeniu. Printre ei, nc de la
nceput, nume mari, precum Arto Salomaa (Finlanda) i Grzegorz Rozenberg (Olanda),
Oscar H. Ibarra (SUA), Sheng Yu (Canada), Kamala Krithivasan (India), Takashi
Yokomori (Japonia), Mario J. Prez-Jimnez (Spania), plus cercettori foarte activi din
generaia mea, precum Jrgen Dassow (Germania), Erzsbet Csuhaj-Varj (Ungaria),
Jozef Kelemen (Cehia), Rudolf Freund (Austria), Gheorghe Marian i Gabriel Ciobanu
(Romnia), Yurii Rogozhin (Republica Moldova, disprut de curnd), Linqiang Pan
(China), muli dintre acetia coagulnd n jurul lor grupuri de cercetare dedicate
calculului membranar.
Oarecum surpriztor a fost numrul rapid cresctor al doctoranzilor azi,
doctorilor care au susinut teze n acest domeniu. Sunt peste 50 la ora aceasta, nu-i
menionez dect pe primii, Shankara Narayanan Krishna (India) i Claudio Zandron
(Italia), cu tezele susinute deja n 2001, respectiv, 2002. Din vara aceasta, Claudio este
preedintele comitetului de iniiativ (Steering Committee) al domeniului.
O bogat informaie despre calculul membranar se poate gsi la pagina internet
de la adresa http://ppage.psystems.eu, organizat la Viena (succesoarea unei pagini care
a funcionat mai muli ani la Milano, la adresa http://psystems.disco.unimib.it).
A contat mult, desigur, sociologia domeniului. S-a format curnd o
comunitate, lucru foarte important, nu numai n tiin, ci n cultur, n general. Au
contribuit la aceasta seniorii amintii mai devreme, conferinele anuale (nc din anul
2000, cu primele trei ediii organizate la Curtea de Arge, unde a revenit i ediia a
zecea i unde intenionez s o organizez i pe a douzecea) i, a sublinia cu deosebire,
o ntlnire de un tip inedit, pe care am organizat-o pentru prima dat la Tarragona,
Spania, n 2003, i de atunci, anual, la Sevilla, tot n Spania. Pentru c trebuia s poarte
un nume, am numit-o Brainstorming Week on Membrane Computing. O sptmn n
care cei interesai de calculul membranar lucreaz mpreun, departe de grijile curente,
sarcini didactice sau administrative. O idee util a fost colecionarea de probleme
deschise, circulate printre participani cu ceva vreme nainte de ntlnire i abordate
apoi, n colaborare, la Sevilla. ntlniri extrem de productive la pagina web a
domeniului pot fi gsite volumele anuale, cu lucrrile scrise sau doar ncepute la
brainstorming.
Extrem de util a fost, desigur, internetul. Primul articol, Computing with
membranes, a ateptat un an i ceva pn s apar n Journal of Computer and System
Sciences (vol. 61, 2000, pp. 108-143), dar, pentru c eram la Turku n toamna lui 1998,
am circulat lucrarea prin internet, sub forma unui raport intern al TUCS, Turku Center
for Computer Science (Report No. 208, 1998, www.tucs.fi). Pn n 2000, cnd a aprut
articolul tiprit, se scriseser deja cteva zeci de lucrri, fcnd posibil organizarea
primei ntlniri dedicate subiectului, cea de la Curtea de Arge.

26

O privire rapid asupra calculului membranar
S nu uitm: vrem s pornim de la celul i s construim un model de calcul.
Rezultatul (cel propus n toamna anului 1998) este ceva de genul urmtor. Privim celula
i abstractizm pn nu mai vedem dect structura de membrane, aranjate ierarhic,
definind compartimente n care sunt plasate multiseturi de obiecte (folosesc un termen
generic, abstract, eliberat de concreteea biochimic); aceste obiecte evolueaz conform
unor reacii. Un multiset este o mulime cu multipliciti asociate elementelor, deci
poate fi descris de un ir; de exemplu, aabcab descrie multisetul care conine 3 cpii ale
lui a, dou ale lui b i una a lui c. Toate permutrile irului aabcab descriu acelai
multiset. Reaciile sunt descrise de reguli de rescriere a multiseturilor, de forma u
, unde i sunt iruri care identific multiseturi. Iniial (la nceputul unui calcul),
n compartimentele sistemului nostru avem multiseturi date de obiecte. Regulile de
evoluie sunt puse la lucru aplicndu-se, precum reaciile biochimice, n paralel,
simultan tuturor obiectelor care pot evolua i astfel multiseturile se schimb.
Aplicarea unei reguli ca mai devreme presupune consumarea obiectelor din u i
introducerea obiectelor din v. De remarcat c i obiectele i regulile sunt localizate,
plasate n compartimente, regulile dintr-un compartiment se aplic numai obiectelor din
acel compartiment. Unele obiecte pot i s treac prin membrane. Continum pn ce
(ca la maina Turing) nu mai putem aplica nicio regul, calculul se oprete. n acel
moment, citim rezultatul calculului, de pild, sub forma numrului de obiecte dintr-un
compartiment specificat dinainte.
Procesare de multiseturi (de simboluri), n paralel, n compartimentele definite
de o structur ierarhic de membrane iat descrierea scurt a unui P system. O
gramatic distribuit, lucrnd cu multiseturi iat legtura direct cu teoria limbajelor
formale.
Iar antierul care ncepe de aici pare fr sfrit.
Mai nti, pot fi introduse un numr enorm de clase de sisteme, motivate
matematic, informatic, biologic sau dinspre aplicaii.
Din punctul de vedere al matematicii, modelele trebuie s fie minimaliste, s
conin minimul necesar de ingrediente. Pentru informatic, un model de calcul este
bine s fie ct mai puternic, dac se poate, echivalent cu maina Turing, i eficient, dac
se poate, s rezolve probleme NP-complete n timp polinomial.
Biologia i aplicaiile furnizeaz o lung list de variante, ncepnd de la modul
de aranjare a membranelor (ierarhic, ca ntr-o celul, sau n nodurile unui graf arbitrar,
ca n esuturi sau alte populaii de celule), la tipul obiectelor (simboluri, ca mai
devreme, iruri sau alte structuri de date, mai complexe, cum ar fi grafuri sau array-uri
bidimensionale), tipul regulilor de evoluie, strategia de aplicare a acestora, modul de
definire a rezultatului unui calcul.
Am menionat mai devreme regulile de rescriere a multiseturilor. Ele pot fi
arbitrare, necooperative (cu multisetul stng format dintr-un singur obiect, ceea ce
corespunde gramaticilor Chomsky independente de context) sau, caz intermediar,
catalitice (de forma ca , unde c este un catalizator care asist obiectul a n
transformarea lui n obiectele din multisetul v). Vin apoi regulile de simport i de
antiport, care doar mut obiecte dintr-un compartiment n altul (exemplu: regula (u, out;
v, in), asociat unei membrane, mut obiectele indicate de u din membran n
compartimentul imediat superior i pe cele indicate de v n sens invers), sau regulile
care modific membranele nsele. Foarte importante sunt regulile de divizare a
membranelor, care mresc, exponenial chiar, numrul de membrane din sistem. Multe
alte reguli au fost investigate (de pild, cu control asupra aplicrii lor cu promotori sau
27

inhibitori), dar nu le mai menionez, am depi prea mult cadrul informal al prezentrii
de fa.
Atunci cnd obiectele din compartimente sunt iruri, ele evolueaz prin operaii
specifice irurilor: rescriere, inserare i tergere de subiruri, sau, pentru a face modelul
i mai unitar biologic, operaia de splicing, de la calculul cu ADN.
O situaie interesant este cea n care n sistem lucrm cu obiecte-simbol, deci cu
numere, dar rezultatul este citit n afara sistemului, sub forma irului obiectelor care
prsesc sistemul. A se observa diferena calitativ dintre structura de date din interior,
multisetul, i cea din exterior, irul, care poart i informaie poziional.
Aplicaiile, la rndul lor, au nevoie de o cu totul alt strategie de construire a
modelelor deloc minimalist, ci adecvat realitii modelate, i unde nu puterea de
calcul este de interes, ci evoluia n timp a sistemului. Voi reveni la aplicaii.
Peste aceast mic jungl de modele se suprapune programul de cercetare
sugerat de informatica clasic: putere de calcul, forme normale, complexitate
descriptiv, complexitate de calcul, programe de simulare etc.

Clase de rezultate (i probleme)
Evident, nu voi relua teoreme precise, ci voi meniona doar cele dou clase
principale de rezultate i stilul lor.
Universalitate computaional: majoritatea claselor de sisteme P sunt
echivalente cu maina Turing, sunt computaional complete i, prin demonstraii, pentru
c acestea sunt constructive, mprumut i proprietatea de universalitate n sensul lui
Turing. Adesea, acest lucru se obine pentru sisteme de o form redus, particular, cu
un numr mic de membrane. De pild, sisteme P de tip celul, cu dou membrane, cu
reguli catalitice (deci nu de forma general) pot calcula tot ce poate calcula maina
Turing.
Important: sunt suficieni numai doi catalizatori. Este o problem deschis de
peste un deceniu dac sistemele cu un singur catalizator sunt universale. Conjectura este
c rspunsul este negativ, dar demonstraia ntrzie s apar. Acesta este unul dintre cele
mai interesante tipuri de probleme (multe deschise nc) n calculul membranar:
identificarea graniei dintre universal i sub-universal.
Eficien: clasele de sisteme P care pot crete (exponenial) numrul de
membrane pot rezolva n timp polinomial probleme NP-complete. Ideea este generarea
n timp polinomial a unui spaiu de lucru exponenial i folosirea lui, n paralel, pentru
examinarea soluiilor posibile ale unei probleme. Divizarea de membrane ajut, la fel
crearea de membrane, la fel i alte operaii. Ca n cazul lui Adleman, avem din nou o
tranzacionare spaiu-timp, cu meniunea c aici spaiul este construit de-a lungul
derulrii calculului, prin mitoz sau prin alte operaii biologice, realiste, nu este
furnizat dinainte.
Exist i n aceast zon probleme deschise privind grania dintre eficient i
neeficient, dar mai greu de formulat n cuvinte.
Interesant este ns un fapt oarecum neateptat. Cu reguli de forma a ,
aplicate n paralel, putem produce un numr exponenial de cpii ale lui a ntr-un numr
liniar de pai. (n n pai, obinem 2
n
cpii ale lui a.) Totui, un asemenea spaiu de lucru
exponenial nu ajut pentru a rezolva n timp polinomial probleme de complexitate mare
este ceea ce ne spune aa-numita teorem Milano, din teza de doctorat a lui Claudio
Zandron. Dac, ns, aceste obiecte sunt localizate, plasate ntr-un numr exponenial de
membrane, atunci lucrurile se schimb. Altfel spus, nu numai dimensiunea spaiului de
28

lucru conteaz, ci i structura acestuia, posibilitatea de a aplica reguli diferite n locuri
diferite. O diferen subtil, care nu tiu s fi fost sesizat i pn acum, n alte contexte.
Pentru detalii, trimit la monografia Membrane Computing. An Introduction,
publicat la Springer-Verlag n 2002 i tradus recent n chinezete, i, mai ales, la
Oxford Handbook of Membrane Computing, editat mpreun cu G. Rozenberg i A.
Salomaa, la Oxford University Press, n 2010.

Semnificaii pentru informatic i pentru biologie
Un model de calcul de puterea mainii Turing este un lucru bun, un calculator de
acest nivel este universal nu numai n sens intuitiv, ci i programabil. n plus, avem un
calculator distribuit, paralel, cu un mare grad de nedeterminism controlat n diferite
moduri inspirate din biologie.
S observm ns asemnrile i diferenele dintre un program uzual de
calculator, un set de instruciuni ale unei maini Turing i un set de reguli de evoluie
dintr-un sistem P. n limbajele de programare, programele sunt formate din instruciuni
precis nlnuite, eventual etichetate i apelate prin intermediul etichetelor. La maina
Turing, secvena de instruciuni de aplicat este determinat de strile mainii i de
coninutul benzii. n cazul celulei, reaciile sunt poteniale, mulimea lor complet
nestructurat, iar aplicarea lor depinde de moleculele disponibile. Regulile de evoluie
ateapt datele crora s se aplice, au o comportare concurenial n raport cu acestea.
Diferenele sunt vizibile i ele ne sugereaz din nou ntrebarea cum se calculeaz
n mod natural, adugndu-i acum ntrebarea dac se poate lucra cu programe de forma
unor mulimi complet nestructurate de instruciuni.
La prima vedere, probabil c reacia biologului la rezultate de genul echivalenei
cu maina Turing este ridicarea din umeri. Alt domeniu, alt limbaj, alt carte. i totui:
dac celula este att de puternic din punct de vedere computational, atunci, conform
unei teoreme vechi, a lui Rice (orice problem netrivial care are i instane cu
rspuns afirmativ i instane cu rspuns negativ asupra unui model de calcul
echivalent cu maina Turing este nedecidabil algoritmic), nicio ntrebare netrivial
asupra celulei nu poate fi rezolvat algoritmic, printr-un program. Iar biologul
formuleaz zilnic asemenea ntrebri: Care este evoluia n timp a unei celule, a unei
culturi de celule, a unui organism? Exist o substan care se acumuleaz peste o
anumit limit, ntr-un anume compartiment? Dac adugm un anumit multiset de
molecule (un medicament), se mbuntete starea unui organ (din puncte de vedere
specificate)? i aa mai departe. Dac un model al celulei ar fi decidabil, am putea afla
rspunsul la asemenea ntrebri examinnd (algoritmic) modelul, la o stare dat, iniial.
Pentru c acest lucru nu este posibil (nu se poate n principiu, nu numai c nu putem
noi, acum, aici), ne rmne experimentul de laborator (costisitor i de durat),
experimentul pe calculator (ieftin, rapid, dar a crui relevan depinde de calitatea
modelului) i, teoretic, abordarea nealgoritmic, ad-hoc.
Paragraful dinainte poate fi vzut i ca o pledoarie pentru biologie de a nva
limbaje noi, n particular, informatic teoretic, avnd astfel posibilitatea de a ridica
probleme i de a gsi soluii care n limbajul dinainte nu apruser, poate nici nu se
puteau formula. Acesta ar fi un pas esenial spre infobiologie.

Trei probleme informatice inedite
n ceea ce privete semnificaiile pentru informatic, s semnalm un aspect
remarcabil: calculul natural n general, cel membranar n particular, ridic probleme
29

teoretice care nu au fost avute n vedere n informatica tradiional. Iat trei dintre
acestea, toate trei innd de teoria complexitii.
ncepnd cu Adleman, majoritatea experimentelor de calcul cu ADN au plecat
de la o instan a unei probleme i au construit un calculator asociat instanei. Teoria
complexitii calculului nu permite aa ceva, ci cere soluii uniforme, programe care
pleac de la problema ca atare i care, primind o instan ca intrare, o rezolv. Ideea este
c n timpul programrii se poate deja lucra la rezolvare, pretinzndu-se apoi c soluia
a fost gsit mult mai rapid dect este cazul. De aceea, i n soluiile uniforme se
limiteaz timpul alocat programrii. S-l limitm atunci i n cazul n care se pleac de
la o instan a problemei, pentru a nu putea tria nici aici. Problema relaiei dintre soluii
uniforme i semi-uniforme (cu timpul de programare limitat) nc nu este complet
rezolvat, n ciuda importanei pentru calculul natural. Pentru calculul membranar s-au
obinut o serie de rezultate a se vedea, n special, lucrri recente ale lui Damien
Woods (Caltech, SUA), Niall Murphy (Microsoft Research, Cambridge, UK), Mario J.
Prez-Jimnez (Universitatea Sevilla, Spania).
Apoi, n calculul cu ADN i la fel n multe modele de calcul membranar, parte
dintre paii unui calcul sunt nedeterminiti, dar n final experimentul/calculul ne
furnizeaz un rezultat univoc. Ideea este de a organiza calculul n aa fel nct el s fie
confluent, cu dou variante: fie sistemul s evolueze nedeterminist, dar s convearg
spre o configuraie unic, apoi s se comporte determinist, fie s convearg logic,
indiferent cum evolueaz, s dea acelai rezultat. Iari, teoria complexitii nu ia n
seam o asemenea comportare, intermediar ntre determinism i nedeterminism.
n sfrit, biologia prezint situaii n care resurse extinse stau n ateptarea unor
solicitri care activeaz poriunea necesar din resurs. Cazurile creierului i ficatului,
din care folosim n fiecare moment doar o parte dintre celule, sunt cele mai la ndemn.
Putem atunci imagina calculatoare de pild, sisteme neurale cu un numr arbitrar
de mare de neuroni, dar care nu conin dect o cantitate limitat de informaie; dup ce
introducem o problem n sistem, acesta activeaz numrul necesar de neuroni pentru a
o rezolva. O teorie adecvat acestei strategii nu exist. Cum trebuie s fie reeaua de
neuroni pentru a conine o cantitate limitat de informaie, cum trebuie definit i
msurat aceast informaie, cnd un sistem cu resurse pre-calculate este
acceptabil/onest, nu ascunde soluia problemei n structura sa?
Calculul natural nu numai c face necesar mbuntirea unor rezultate vechi
din informatic, dar motiveaz i dezvoltri noi, care nu apruser pn acum.

Despre tehnicile folosite n calculul membranar
Pentru a sublinia nc odat relaiile dintre ramuri aparent deprtate ale
informaticii teoretice, unitatea acesteia, i faptul c n calculul membranar, n calculul
natural n general, sunt valorificate foarte multe tehnici i rezultate anterioare din
informatic, amintesc cteva episoade din experiena personal.
n prima demonstraie de universalitate a sistemelor P am folosit rezultatul lui
Yuri Matijasevich, invocat i mai devreme, de caracterizare a mulimilor de numere
calculate de o main Turing ca soluii de ecuaii diofantice. Am realizat apoi c o
demonstraie ceva mai simpl se poate obine pornind de la caracterizarea acelorai
mulimi de numere cu ajutorul gramaticilor matriciale. Lucrarea a fost publicat n
aceast form. n context, a aprut necesitatea mbuntirii unor rezultate vechi din
acest domeniu. Dup o vreme, i gramaticile matriciale au fost nlocuite n demonstraii,
anume cu mainile cu regitri, studiate nc din anii 60.
30

O tehnic i mai veche mi-a fost util n prima demonstraie de universalitate a
sistemelor H, anume modul de funcionare a sistemelor Post, ntroduse pe la nceputul
anilor 1940. Transpus la operaia de splicing, acesta a dus la tehnica numit rotete-i-
simuleaz, aproape standard pentru sisteme H i variante ale acestora.
De gramatici matriciale m-am ocupat din primii ani de cercetare i am ncheiat
cu o monografie (publicat n 1981, rmas n limba romn), extins la o carte n
colaborare cu Jrgen Dassow, de la Magdeburg, Germania (aprut la Springer-Verlag,
n 1989), dedicat tuturor restriciilor n derivare. La fel s-a ntmplat cu alte domenii,
care au fost utile din plin calculului membranar; gramaticile contextuale Marcus i
sistemele de gramatici sunt cele mai importante.
n matematic i n informatica teoretic nu se poate spune apriori dac i cnd
un subiect sau un rezultat va fi util...

Spiking neural P (SNP) systems
Merit o semnalare separat o clas de modele inspirate din modul de
funcionare a creierului, introdus ceva mai trziu (M. Ionescu, Gh. Pun, T. Yokomori:
Spiking neural P systems, Fundamenta Informaticae, vol. 71, 2006, pp. 279-308), dar
care, se pare, va ajunge la implementri hardware utile informaticii mai repede dect
alte clase de sisteme P (detalii despre acest lucru pot fi gsite n lucrarea The stochastic
loss of spikes in spiking neural P systems: Design and implementation of reliable
arithmetic circuits, de Zihan Xu, Matteo Cavaliere, Pei An, Sarma Vrudhula, Yu Cao,
n curs de apariie n Fundamenta Informaticae).
n cteva cuvinte, este vorba despre neuroni legai prin sinapse, de-a lungul
crora circul impulsuri electrice, produse n neuroni de reguli specifice. La fel ca n
cazul neuronilor reali (vezi, de exemplu, W. Maass: Networks of spiking neurons: The
third generation of neural network models, Neural Networks, vol. 10, 1997, pp. 1659-
1671), comunicarea ntre neuroni este asigurat de impulsuri electrice identice, pentru
care frecvena este relevant, codificnd informaie. Altfel spus, abstractiznd,
important este distana n timp ntre impulsuri. La fiecare moment, axonii sunt un fel
de coduri de bare, secvene de 0 i 1 care se deplaseaz de la un neuron la altul.
Evident, n model sunt ignorate multe detalii neurobiologice, dar, chiar i la acest nivel
reducionist, putem formula unele ntrebri/sugestii privind relevana pentru
informatic. ntr-un anumit sens, sistemele SNP folosesc timpul ca suport de informaie.
Distana ntre dou evenimente, dou impulsuri aici, codific un numr. Se poate
construi un calculator cu o asemenea memorie? Consemnm ntrebarea ca speculaie
doar provocatoare ns la nivel teoretic.
Un rezultat ce merit amintit se refer la cutarea de sisteme SNP care s fie
universale n sensul lui Turing, adic s poat fi programate n aa fel nct s simuleze
oricare alt sistem SNP. Din echivalena cu maina Turing, rezult imediat c asemenea
sisteme exist, problema de interes privete numrul de neuroni dintr-un astfel de
creier universal, apt s simuleze orice calcul posibil n orice sistem particular. Iar
acest numr nu este deloc mare. n lucrarea Small universal spiking neural P systems,
BioSystems, vol. 90, 2007, pp. 48-60, de Andrei Pun i Gh. Pun, sunt folosii 50 80
de neuroni, depinznd de tipul de reguli de producere a impulsurilor electrice, dar aceste
numere au fost ulterior micorate. n termeni gazetreti, se poate spune c exist
creiere universale computaional formate din numai cteva zeci de neuroni. Putem
trage fie concluzia c un model de calcul de tipul sistemelor SNP este foarte puternic, de
fapt, c neuronii din aceste sisteme sunt prea puternici, fie c nivelul Turing de
calculabilitate nu este prea cuprinztor fie ambele concluzii. Evident, creierul uman nu
31

funcioneaz ca o main Turing chiar dac paradigma computaional este util, la un
anumit nivel, n modelarea funcionrii sale.

Despre implementri
Calculul cu ADN a debutat prin introducerea operaiei de splicing n 1987, dar
despre posibilitatea de a calcula folosind molecule de ADN s-a vorbit cu un deceniu i
ceva mai nainte, iar domeniul a devenit popular dup experimentul lui Adleman din
1994. S-a creat astfel un precedent, drept care ntrebarea dac exist implementri ale
sistemelor P este fireasc i frecvent. Se nelege, este vorba despre implementri pe un
substrat biologic. Rspunsul este negativ. Au existat ncercri, dar nc nu s-a raportat
un experiment reuit.
Un asemenea experiment a fost proiectat n grupul profesorului Ehud Keinan, de
la Institutul Tehnion din Haifa, unde am petrecut o sptmn n 2006, tocmai cu acest
scop. Trebuiau depite dou probleme principale, corelate: identificarea unui sistem P
care s fac posibil reproducerea n laborator a funcionrii lui i, desigur, gsirea
tehnicilor biochimice de implementare. Nu am intenionat rezolvarea unei probleme
NP-complete, nu am ntrezrit una abordabil, ci am cutat un sistem a crui
comportare s fie ilustrativ pentru calculul membranar (compartimente, multiseturi,
procesare paralel) i ne-am oprit la generarea de numere din irul lui Fibonacci.
Realizarea n laborator prea doar o chestiune de timp i bani, pentru achiziionarea
aparaturii de laborator i a... moleculelor de ADN. Membranele se doreau simulate prin
microcamere ntr-o instalaie reconfigurabil de laborator, iar obiectele urmau s fie
molecule de ADN.
Primele ncercri nu au reuit, apoi... sociologia tiinei i-a spus iar cuvntul:
cele dou doctorande care aveau ca sarcin experimentul s-au mutat n SUA. E
adevrat, ntre timp a aprut un patent SUA pe numele lui Ehud Keinan (un cercettor
de mare anvergur, specialist n chimie i biologie deopotriv), de implementare a unui
sistem P, dar folosind o alt tehnic, bazat pe trei lichide nemiscibile plasate ntr-un
spaiu comun. Din cte tiu, e o implementare de principiu, nu s-a fcut cunoscut
niciun experiment reuit.
ntrebarea care se pune este dac un asemenea experiment ar aduce ceva cu
adevrat util din punctul de vedere al aplicaiilor. Repetnd o vorb a lui Benjamin
Franklin, este imposibil de spus ce va ajunge un nou-nscut, dar, avnd n minte
situaia de la calculul cu ADN, probabil c nu va fi dect tot un demo, la nivelul unor
calcule simple.
Cu totul alta este situaia implementrilor pe hardware electronic. Exist multe
implementri promitoare pe hardware paralel (pe plci NVIDIA, la Sevilla), pe
hardware special proiectat pentru calcul membranar (la Madrid i Adelaide, Australia),
pe reele de calculatoare, pe web chiar. Toate acestea reuesc n mare msur s prind
caracteristica esenial a sistemelor P, paralelismul. Avnd n vedere paralelismul, nu
numesc implementri, ci simulri, cazurile n care se folosesc calculatoare obinuite,
secveniale.
Pe de alt parte, i simulrile i, cu att mai mult, implementrile sunt utile n
aplicaii.

Aplicaii
Calculul membranar confirm o observaie fcut n multe alte situaii: atunci
cnd o teorie matematic, pornit de la un fragment precis de realitate, se dezvolt
suficient de mult la nivel abstract, teoretic, sunt toate ansele ca ea s se aplice i n
32

domeniul de plecare, dar i n alte locuri, unele deprtate, la prima vedere, de cel de
unde teoria a plecat (dar cu o structur de adncime comun). Este, foarte pregnant,
cazul de aici.
Revenirea la celul era fireasc. Biologia duce lips de modele, celula nu este
uor de modelat. S-a i afirmat c, dup ncheierea citirii genomului uman, principala
provocare pentru bioinformatic este modelarea i simularea celulei (M. Tomita:
Whole-cell simulation: A grand challenge of the 21st century, Trends in
Biotechnology, vol. 19, 2001, pp. 205-210). Spuneam, multe modele folosite n biologie
sunt bazate pe ecuaii difereniale. n unele locuri ele sunt adecvate, n altele nu.
Ecuaiile in de matematica continuului, se potrivesc populaiilor foarte mari de
molecule, uniform distribuite. n celul, multe molecule se gsesc n numere mici, drept
care aproximarea finitului prin infinit, pentru a aplica ecuaii difereniale, duce la
rezultate viciate. De aici, fireasc, necesitatea modelelor discrete, n particular, a
sistemelor P, care mai au i alte caracteristici atrgtoare pentru biolog: vin din biologie,
sunt deci uor de neles, aspect ce nu trebuie deloc subestimat; sunt modele algoritmice,
direct programabile, pentru a fi simulate pe calculator; pot fi uor extinse (sunt
scalabile), adugarea de componente, de orice tip ar fi acestea, nu schimb programul
de simulare; comportarea este de tip emergent, nu poate fi prezis pe baza
componentelor.
Sunt numeroase aplicaiile n biologie i biomedicin. De la celula individual s-
a trecut la populaii de celule (bacterii), s-a trecut apoi la... ecosisteme. Doar un titlu,
pentru c este sugestiv: Modeling ecosystems using P systems: The bearded vulture, a
case study, de Mnica Cardona, M. Angels Colomer, Mario J. Prez-Jimnez, Delfi
Sanuy i Antoni Margalida, ultimii doi fiind specialiti n ecologia vulturului brbos i
protecia animalelor, din Lleida, Spania. Evident, ecosistemul este o celul metaforic,
moleculele care interacioneaz fiind vulturii, caprele slbatice, lupii, vntorii toate
acestea n cantiti discrete, numere cunoscute, fr nicio ans de a fi modelate cu
instrumente ale matematicii continue. Alte ecosisteme studiate privesc urii panda din
China i scoica dungat din lacurile de acumulare ale hidrocentralelor spaniole.
Aplicaii plauzibile pn aici. Mai puin ateptate sunt cele n grafica de
calculator (dar avem precedentul sistemelor Lindenmayer), criptografie (n organizarea
atacului asupra unor sisteme criptografice), optimizare aproximativ (calcul evolutiv
distribuit, cu distribuirea organizat ca ntr-o celul; numrul lucrrilor de acest gen este
foarte mare, subiectul fiind popular n China, iar rezultatele sunt surprinztor de bune
cu meniunea c faimoasa no free lunch theorem cenzureaz i aici entuziasmul),
modelare economic (o extensie metaforic similar celei la ecosisteme), controlul
roboilor.
Aceste din urm dou arii de aplicaii sunt parte a uneia potenial mai ample,
care se bazeaz pe folosirea aa-numitelor sisteme P numerice, unde, ntr-un cadru
celular evolueaz nu molecule, ci variabile numerice, pe baza unor programe
constituite dintr-o funcie de producie i un protocol de repartiie. Inspiraia vine din
economie (Gh. Pun, Radu Pun: Membrane computing and economics: Numerical P
systems, Fundamenta Informaticae, vol. 73, 2006, pp. 213-227). Sistemele de acest tip
calculeaz funcii de mai multe variabile, n paralel, iar acest calcul este extrem de
eficient, de aceea este de ateptat ca aceast clas exotic de sisteme P s-i afle i alte
aplicaii.
Detalii despre aplicaii pot fi gsite la pagina web a domeniului, n Handbook,
precum i n volumele colective Applications of Membrane Computing (editat de G.
Ciobanu, Gh. Pun, M.J. Prez-Jimnez) i Applications of Membrane Computing in
33

Systems and Synthetic Biology (editat de P. Frisco, M. Gheorghe, M.J. Prez-Jimnez),
ambele aprute la Springer-Verlag, n 2006, respectiv, 2014.

ndoieli, dificulti, nempliniri
n momente festive, cum este i cel de fa, sau cu ocazia periodicelor raportri,
este neuzual, poate i nepotrivit, s vorbim i despre nempliniri i momente de
cumpn chiar dac acest lucru poate fi instructiv pentru asculttor i util pentru
domeniu.
Pe de alt parte, ezitrile i ndoielile l nsoesc continuu pe cercettor. A
putea, de pild, face o list lung de momente n care ateptrile au fost de un fel,
rezultatele de un alt fel.
ncepnd cu rezultatele matematice. De exemplu, la nceput nu am crezut c
sistemele P catalitice sunt universale, cu att mai mult cele cu numai doi catalizatori. La
fel, am tot sperat n gsirea de clase de sisteme pentru care numrul de membrane s
induc o ierarhie infinit. n schimb, mai mereu universalitatea este obinut cu una sau
dou membrane. O membran este ca i cnd n-ar exista nicio structurare a sistemului, o
arhitectur trivial. Sigur, putem vedea partea plin a paharului: procesarea (catalitic) a
multiseturilor este suficient de puternic pentru a simula maina Turing.
Pentru c am n minte situaia de la calculul cu ADN, nu trec la nempliniri lipsa
unei implementri biologice dect pentru valoarea publicitar a unui asemenea
eveniment, dar sunt nc n ateptarea unei implementri pe hardware dedicat care s fie
de interes practic. Este nevoie de aa ceva i, cred, este i posibil. De pild, acum civa
ani, o echip de biologi i informaticieni din Nothingham, Sheffield i Sevilla au
ncercat s simuleze pe calculator comunicarea ntre bacterii, modelnd aa-numitul
quorum sensing. Simulatoarele puteau lucra cu sute de bacterii, biologii doreau s treac
la populaii de mii de bacterii. M atept ca implementrile pe hardware paralel (pe
plci NVIDIA, de exemplu) s accead curnd la acest ordin de mrime cerut de
biologi.
Apropo de aplicaii, chiar dac acestea nu m interesau la nceput, a devenit la
un moment dat evident c domeniul nu poate trece de un anumit nivel de dezvoltare i
notorietate fr aplicaii reale. Aplicaii apreau, dar de tip postdicie, nu predicie.
Scenariul clasic este urmtorul: se ia un fenomen biologic discutat ntr-o lucrare sau
ntr-o carte, se formalizeaz ca sistem P, se scrie un program (sau se folosete unul aflat
n circulaie acum, avem i un limbaj de programare specializat, P-lingua, realizat la
Universitatea din Sevilla), se fac experimente cu datele din carte i, dac rezultatele sunt
similare celor obinute n laborator sau folosind alte modele, ne bucurm. Postdicie,
nimic nou pentru biologie, doar creterea ncrederii n noul model. Pentru a trece de
acest stadiu este nevoie de un biolog, care s vin cu o problem de cercetare, cu ipoteze
care trebuie testate, i care s fac echip cu informaticianul n aplicarea calculului
membranar. La rndul su, informaticianul trebuie s vin cu modele suficient de
versatile i cu programe suficient de eficiente, pentru a face fa complexitii biologice.
Dup aisprezece ani de calcul membranar, bibliografia aplicaiilor de tip predicie este
consistent a se vedea referinele din seciunea anterioar chiar dac este nc nevoie
de biologi care s vin spre informatician, eventual s nvee calcul membranar, sau
mcar s nvee s foloseasc instrumentele software pe care informaticianul le-a
realizat deja.
Spuneam mai devreme c m-a preocupat formarea unei comuniti iniial
intuitiv, apoi contient, era un mod de a stabiliza domeniul n faa fluctuaiei cadrelor,
a dinamicii grupurilor. E un aspect care pare exterior, dar nu trebuie deloc subestimat
34

efectul psiho-sociologiei asupra tiinei, n special n cazul ramurilor tinere. Un grup
care se sparge poate nsemna un grup n minus (depinde unde ajung membrii lui, dac
i continu sau nu activitatea de cercetare) sau apariia unor grupuri noi, multiplicate, n
locuri inedite. Am asistat la ambele tipuri de urmri. Din fericire, comunitatea de calcul
membranar are la ora aceasta dimensiuni care-i dau o inerie confortabil dar care nu
garanteaz c domeniul nu se va dizolva n infobiologie, ba chiar dimpotriv, lucreaz
n acest sens...

La frontiera dinspre SF
Principala promisiune a calculului natural este eficientizarea folosirii
calculatorului existent, mpingerea frontierei fezabilitii, furnizarea de soluii, fie ele i
aproximative, la probleme care nu se pot rezolva prin tehnici tradiionale. Calculul cu
ADN a venit cu un scop mai ambiios, inedit: furnizarea unui nou tip de hardware, a
unor cipuri biologice, cipuri ude, eficiente nu numai n termeni computaionali, ci i
n ceea ce privete consumul de energie, sau fcnd plauzibile caracteristici deosebit de
atrgtoare, cum ar fi autorepararea, adaptarea, nvarea. Biologia poate sugera i noi
arhitecturi de calcul sau idei de realizare a altor dorine ale informaticii, cum ar fi
calculul paralel, nesincronizat, controlul proceselor distribuite, calculul reversibil etc.
Toate acestea sunt ateptri oarecum standard, dar exist i altele care trimit spre
tiina de mine, dac nu direct spre science-fiction.
Una dintre direcii este cea care intete spre hipercalculabilitate aa sunt
numite cercetrile care vizeaz calcularea necalculabilului, trecerea dincolo de bariera
Turing. Domeniul este bine dezvoltat, exist vreo duzin i ceva de idei care conduc la
modele de calcul mai puternice dect maina Turing iar fizica nu interzice niciuna
dintre acestea, ba chiar sugereaz idei cu adevrat SF, cum ar fi folosirea unui timp
interior modelului care s conin bucle sau s fie bidimensional. E adevrat, Martin
Davis le consider pe toate trucuri, prin care puterea de calcul se introduce de la
nceput, deghizat, n modelul despre care apoi se arat c trece dincolo de maina
Turing (de exemplu, sub forma unor numere reale, care pot codifica n irul lor infinit
de zecimale toate calculele posibile), dar exist unele idei mai realiste dect altele.
Una este cea a accelerrii, o idee discutat de mult, nu numai n informatic: B.
Russell (1936), R. Blake (1926), H. Weyl (1927) i-au imaginat procese care au nevoie
de o unitate de timp (msurat de un ceas exterior) pentru primul pas, de o jumtate de
unitate de timp pentru al doilea i aa mai departe, la fiecare pas, pe jumtate ca la pasul
dinainte. n acest fel, n dou uniti de timp (insist: exterior, msurai de observator)
sunt executai un numr infinit de pai. O main Turing accelerat astfel poate rezolva
problema opririi, deci este mai puternic dect mainile Turing obinuite.
S ne amintim acum observaia c natura creeaz membrane pentru a realiza
reactoare mici, n care reaciile s fie favorizate, datorit posibilitilor ridicate de
ciocnire a moleculelor. Prin urmare, mai mic nseamn mai repede. Biochimia dintr-o
membran interioar este mai rapid dect cea din membrana de deasupra. S ducem
speculaia pn la capt i s presupunem c viaa dintr-o membran este de dou ori
mai rapid dect cea din membrana care o conine. Exact accelerarea de care vorbeam
mai devreme. Se poate demonstra (C. Calude, Gh. Pun: Bio-steps beyond Turing,
BioSystems, vol. 77, 2004, pp. 175-194) c, exact ca la maina Turing accelerat, un
sistem P accelerat poate decide problema opririi.
Hipercalculabilitatea poate prea doar un exerciiu matematic, dar se estimeaz
c trecerea dincolo de bariera Turing ar putea avea consecine mai importante dect
gsirea unei demonstraii, chiar eficiente, pentru egalitatea P = NP; a se vedea, de
35

exemplu, B.J. Copeland: Hypercomputation, Minds and Machines, vol. 12, 2002, pp.
461-502.
S ne apropiem ns de laborator. Am amintit de implementarea unui automat
finit, cu funcionare autonom. Un automat face analiza sintactic a unor iruri. Genele
sunt iruri, viruii sunt iruri (de nucleotide). O speran a medicinii este s vindece boli
prin editarea genelor, s elimine viruii prin identificarea i apoi tierea lor n
fragmente. O idee mult mai eficient dect introducerea de medicamente n corp este
construirea unei mainrii care s recunoasc i s editeze secvenele dorite de
nucleotide, fie ele gene sau virui, iar pentru asta e necesar un vector care s duc
editorul de gene la locul potrivit. Identificarea acestui loc poate fi asigurat de un
automat, eventual finit, vectorul ca atare poate fi un fel de nano-cru care poate fi
construit tot din molecule de ADN. Pe total, un nano-robot multiplicat corespunztor,
care s umble din celul n celul, vindecnd ce este de vindecat. Un preproiect al
acestui nano-robot a fost prezentat n 2004, de Y. Benenson, E. Shapiro, B. Gill, U.
Ben-Dor, R. Adar (Molecular computer. A smart drug in a test tube), la cea de a
zecea ediie a Conferinei DNA Computing, Milano, Italia. Era n mare msur aceeai
echip care a implementat automatul finit autonom.
Mai sunt multe lucruri de pus la punct, posibilitatea de a avea corpul scanat
ncontinuu de un robot reparator de gene nu este deloc aproape. (Un asemenea robot ar
putea avea i sarcini malefice, ar putea fi o arm se poate deschide aici o discuie
despre etica cercetrii, exist destule dezbateri de acest gen, inclusiv n bioinformatic.
Despre bioetic vorbete i Francis S. Collins, n Limbajul lui Dumnezeu, cartea citat
mai la nceput.) Exist ns numeroase nano-construcii din ADN, motoare, roboi
etc., nano-tehnologia pe baz de ADN este spectaculos de dezvoltat. A se vedea, de
exemplu, J.H. Reif, T.H. LaBean, S. Sahu, H. Yan, P. Yin: Design, simulation, and
experimental demonstration of self-assembled DNA nanostructures and motors,
Proceedings of the Workshop on Unconventional Programming Paradigms, UPP04, Le
Mont Saint-Michel, septembrie 2004, Springer, 2005.
Merit amintit aici i o observaie fcut de Jana Horkov i Jozef Kelemen n
Capek, Turing, von Neumann, and the 20th century evolution of the concept of
machine, din Proceedings of the International Conference in Memoriam John von
Neumann, Budapest Polytechnic, 2003, pp. 121-135, privind evoluia calculatoarelor,
oarecum n paralel cu evoluia ideii de robot, de la organic la electromecanic, apoi la
electronic i revenirea plauzibil la organic.
Alte speculaii? Fr limite, adesea plecnd de la fapte cu suport tiinific solid.
Spre latura extrem, ar putea fi menionat Frank Tipler, cu controversata sa via etern,
n termeni informaionali ceea ce nu este altceva dect via artificial la scara
universului (F. Tipler: The Physics of Immortality, Doubleday, New York, 1994). n
orice caz, trebuie s fim contieni c mai toate acestea sunt planuri pentru mine, dar
formulate n limbajul de ieri, pentru a relua o spus a lui Antoine de Saint-Exupry.
Progresele n bioinginerie ar putea s aduc surprize pe care nu ni le putem imagina
acum.

Nu cumva sperm prea mult?
S coborm ns cu picioarele pe pmnt, la calculul natural aa cum l avem
astzi i aa cum este plauzibil s-l avem n viitorul apropiat, adoptnd o poziie lucid,
dac nu chiar sceptic, contrar entuziasmului din seciunea anterioar i entuziasmului
multor autori. (Nu m refer i la jurnaliti, care folosesc prea des cuvinte mari atunci
cnd este vorba despre bioinformatic.)
36

Pentru a promova o ramur tiinific tnr, entuziasmul este de neles i este
util dar calculul natural nu mai este deloc tnr. S opunem, deci, optimismului de
pn acum, o poziie mai realist, pornind de la diferenele, numeroase i semnificative,
ntre informatic i biologie, de la dificultile de a implementa bio-idei n informatic i
calcule n celule: scopul vieii este viaa, nu calculul, noi, informaticienii, vedem calcule
pretutindeni i ncercm s le folosim pentru noi; ntr-un anume sens, viaa are timp i
resurse nelimitate, i permite s experimenteze repetat, s renune la rezultatele
nepotrivite toate acestea sunt greu de extins la calculatoare, fie ele i bazate pe
biomolecule. La fel, viaa are un mare grad de redundan, de nedeterminism. Apoi,
procesele biologice au un grad mare de complexitate, mai mult, par a folosi mai ales
matematica aproximrilor, probabiliti, mulimi vagi, care sunt mai greu de prins ntr-
un model de calcul, cu att mai greu de implementat.
i mai important: poate c vism prea mult i la nivel teoretic. n primul rnd,
tranzacionarea spaiu-timp nu poate redefini clasele de complexitate, cel mult mrete
spaiul fezabilitii (a se revedea remarca lui Hartmanis cu privire la experimentul lui
Adleman).
Exist, apoi, o teorem a lui Michael Conrad (The price of programmability,
n volumul The Universal Turing Machine: A Half-Century Survey, R. Herken, ed.,
Kammerer and Unverzagt, Hamburg, 1988, pp. 285-307) care ne spune c trei
caracteristici dorite ale unui calculator, programabilitatea (universalitatea), eficiena i
evolvabilitatea (capacitatea de adaptare i nvare), sunt contradictorii, nu exist un
calculator care s le posede pe toate trei n acelai timp. Putem interpreta acest rezultat
ca o no free lunch theorem general pentru calculul natural.
O teorem similar de limitare a ceea ce se poate face n principiu este
teorema lui Robin Gandy, doctorand i colaborator al lui Turing, care i ofer argumente
matematice generale lui Martin Davis: hipercalculabilitatea este un lucru extrem de
dificil de obinut (a se vedea, de exemplu, articolul lui Gandy Churchs thesis and
principles for mechanisms, n volumul The Kleene Symposium, J. Barwise et al., eds.,
North-Holland, Amsterdam, 1980, pp. 123-148). Gandy a dorit s elibereze teza Turing-
Church de orice tent antropic (n nelegerea lui Turing, teza spunea c tot ce poate fi
calculat de o fiin uman abstract care lucreaz algoritmic poate fi calculat de o
main Turing) i, pentru aceasta, a definit o noiune general de main, descris de
patru proprieti formulate matematic, pe care orice calculator, fizic sau teoretic, ar
trebui s le aib. El a demonstrat apoi c orice main cu aceste patru proprieti poate fi
simulat de o main Turing.
S trecem de la informatic la aplicaii n biologie i s ncepem tot prin a
sublinia c exist limitri serioase i n aceast privin. Sunt chiar convins c, dac s-ar
face liste cu dorinele pe care le avem de la modele i simulri (adecvare, acuratee,
eficien, inteligibilitate, programabilitate, scalabilitate i multe altele), vor aprea
teoreme de imposibilitate de genul teoremelor lui Arrow, Conrad, Gdel privind
modelarea celulei nsei spre simularea creia ne chema M. Tomita.

Spre o nou biologie?
Cu toate acestea, exist o preocupare tot mai vizibil privind modelarea celulei,
ba chiar s-a propus o direcie dedicat de cercetare, biologia sistemic (systems
biology), cu numeroase articole programatice aprute n reviste de mare vizibilitate,
precum Science and Nature. Principalul promotor a fost H. Kitano (Systems biology: A
brief overview, Science, vol. 295, martie 2002, pp. 1662-1664, Computational
systems biology, Nature, vol. 420, nov. 2002, pp. 206-210), care are n vedere un
37

model general al celulei, care s fie simulat pe calculator i apoi folosit, n relaie i cu
alte instrumente informatice i biologice, pn la transformarea biologiei i medicinei
ntr-o inginerie precis. Scopul este important i probabil fezabil pe termen mediu-
lung, dar insistena cu care s-a vorbit despre systems biology ca despre o noutate l-a
fcut pe Olaf Wolkenhauer s se ntrebe nc din titlul articolului su din Briefings in
Bioinformatics (vol. 2, 2001, pp. 258-270) dac aceasta nu este cumva doar
reincarnarea aplicrii teoriei sistemelor n biologie. Lucrarea amintete eforturile n
acest sens din anii 1960, cu dezamgirile aprute atunci, datorate, printre altele,
limitelor calculatoarelor din acea vreme (dar i limitelor biologiei: s ne amintim c
modelul Singer-Nicolson al membranei ca mozaic fluid dateaz abia din 1972). Dar,
n afar de puterea de calcul, poate c mai lipsea ceva, care probabil lipsete i acum, n
informatic i biologie deopotriv. Ultimul paragraf din lucrarea lui Olaf Wolkenhauer
l invoc pe Mihailo Mesarovic, un clasic al teoriei sistemelor, care spunea, n 1968, c
n ciuda considerabilului interes i a eforturilor, aplicarea teoriei sistemelor n biologie
nu a rspuns ateptrilor. (...) Unul dintre motivele principale pentru care exist acest
decalaj este c teoria sistemelor nu a abordat direct probleme de interes vital pentru
biologie. Sfatul su pentru biologi, adaug Olaf Wolkenhauer, este c un asemenea
progres se poate obine numai printr-o mai direct i puternic interaciune cu
cercettorii n teoria sistemelor. Un avans real n aplicaiile teoriei sistemelor n
biologie va aprea numai atunci cnd biologii vor ncepe s formuleze ntrebri care
sunt bazate pe concepte sistemice i nu atunci cnd aceste concepte sunt folosite pentru
a reprezenta ntr-un mod nou fenomene care sunt deja explicate n termeni biofizici sau
biochimici. (...) n acel moment nu vom avea doar o aplicare a principiilor inginereti la
probleme biologice, ci un domeniu nou, al biologiei sistemice, cu propria-i identitate.
(M.D. Mesarovic: System theory and biology view of a theoretician, n System
Theory and Biology, M.D. Mesarovic, ed., Springer, New York, 1968, pp. 59-87.)
Cuvintele lui Mesarovic pot fi luate ca motto al infobiologiei pentru care
pledeaz ntreg textul de fa.
Transformarea biologiei i medicinei ntr-o inginerie precis poate fi pus n
legtur i cu dificultile curente de a nelege ce este viaa, materializate, printre altele,
n limitele curente ale inteligenei artificiale i vieii artificiale. Se spune, de exemplu,
c, pn acum, calculatoarele sunt remarcabile n AI, amplificarea inteligenei, dar nu la
fel de spectaculoase n IA, inteligen artificial. Toate acestea sugereaz, n termenii lui
Rodney Brooks (The relationship between matter and life, Nature, vol. 409, ian. 2001,
pp. 409-411) c probabil ne lipsete ceva fundamental i greu de imaginat la ora
aceasta n modelele noastre biologice. Calculatoarele sunt bune la a lucra cu numere,
dar nu la a modela sisteme vii, fie ele mai mici sau mai mari. Intuiia este c viaa este
mai mult dect biofizic i biochimie, dar ce altceva este poate fi ceva inimaginabil,
care ne este invizibil la ora aceasta. Nu este complet imposibil c vom descoperi noi
proprieti ale biomoleculelor sau noi ingrediente. Un exemplu de asemenea altceva
pot fi efectele cuantice din microtubulele celulelor nervoase, care, conform lui Penrose,
pot fi locul contiinei la nivelul celulei (citat de R. Brooks).
O opinie similar a fost exprimat de un alt clasic al inteligenei artificiale, John
McCarthy (Problems and projection in CS for the next 49 years, Journal of the ACM,
vol. 50, 2003, pp. 73-79): Inteligena de nivel uman este o problem tiinific dificil
i probabil are nevoie de idei noi. Acestea sunt mai plauzibil s fie imaginate de o
persoan de geniu dect ca parte a unui proiect guvernamental sau industrial.
n orice caz, progresele legate de colaborarea dintre informatic i biologie nu
trebuie subestimate. Dac o facem, ne asumm un risc care nu a ocolit nume mari ale
38

tiinei i culturii. Ca picanterie de final, s-l dm ca exemplu pe Auguste Comte, cu
dou fraze hazardate care i se pun n seam (datate ca fiind de pe la 1830): Orice
ncercare de a folosi metode matematice n studiul chestiunilor biologice trebuie
considerat profund iraional i contrar spiritului biologiei. Dac matematica va avea
vreodat un loc proeminent n biologie o aberaie care este, din fericire, aproape
imposibil aceasta va prilejui o rapid i generalizat degradare a acestei tiine...
Slav Domnului, nu a avut deloc dreptate dar ne-au trebuit aproape dou sute de ani
pentru a ne convinge de acest lucru...

ncheiere (provizorie)
Sper c aceast descriere succint a convins c drumul de la biologie la
informatic i napoi la biologie este fascinant intelectual i util ambelor tiine. Cteva
lucruri merit reinute: (i) n toat istoria sa, informatica a ncercat s nvee din
biologie, (ii) iar acest efort a adus beneficii importante informaticii i deopotriv
biologiei; (iii) progresele n aceast direcie nu pot fi supraestimate, (iv) dar, n general,
este plauzibil c ateptm prea multe (i prea repede) de la simbioza informatic-
biologie, (v) pentru c ignorm diferenele eseniale dintre cele dou universuri, limitele
inerente ale calculabilitii i faptul c biologia nu este o tiin matematizat, (vi) cu
meniunea c este posibil s avem nevoie de o nou matematic pentru a modela i
simula viaa i inteligena; n sfrit, (vii) fie-mi permis s anticipez o nou vrst a
biologiei, dincolo de bioinformatica i de calculul natural de azi, i s propun un termen
care s o numeasc, infobiologie.
S ne dm un rgaz de nc dou decenii pentru a o vedea conturndu-se?

Din punct de vedere intelectual, cei patruzeci de ani despre care a vorbit acest
text i-am petrecut n preajma domnului academician Solomon Marcus, un mare copac
care invalideaz fraza cu care Brncui i-a motivat refuzul de a lucra cu Rodin:
profesorul Solomon Marcus nu i-a umbrit niciodat pe mulii studeni i colaboratori pe
care i-a avut i-i are n juru-i, ba dimpotriv. Repet, pentru a ntri: dimpotriv. Depun
mrturie n acest sens i-i nchin cu recunotin prezentul discurs de recepie,
mulumindu-i nc o dat.