Sunteți pe pagina 1din 57

Biosinteza i dinamica

intracelular a proteinelor

Biosinteza proteinelor

Fromarea legturilor peptidice...

... n procesul de traducere a informaiei genetice

Codul genetic

Regula universal de traducere a codonilor


(grupuri de trei nucleotide) din ARNm n
aminoacizi din lanul polipeptidic
Este redundant codoni diferii sunt
tradui n acelai aminoacid
Codoni start (AUG) i stop (UAA, UAG sau
UGA)

ARN de transfer

Molecule adaptoare ntre ARNm i aminoacizi


~80 nucleotide
Structur teriar cu bucle: T, anticodon i D

ARN de transfer

Conin nucleotide neobinuite, rezultate prin


modificri chimice post-transcriere (pseudouridin
, dihidrouridin D, inozin I, etc.)
Pot exista mai multe molecule ARNt pentru acelai
aminoacid (48 anticodoni la om pentru 20 aa)

ARN de transfer

A treia baz azotat a codonului poate recunoate


nucleotide ambigue ale anticodonului (wobble
position) -> codul genetic este degenerat
Anticodoni pentru acelai aminoacid difer n poziia
a treia
Codon

Anticodon

A sau G sau I

G sau I

U sau I

C sau U

ARN de transfer

E sintetizat de ARN polimeraza III


E modificat covalent nainte de a prsi nucleul:
moleculele de ARNt precursor sunt scurtate
uneori exist introni care sunt excizai i ARNt e nndit
(splicing)

Realizarea modificrilor e dependent de


plierea corect a moleculei de ARNt

Aminoacil-ARNt sintetaze

Enzime care cupleaz moleculele ARNt de


aminoacidul corect (activarea aa)
Exist 20 de aa-ARNt sintaze, cte una pentru fiecare
aminoacid -> recunosc setul de ARNt corespunztor
acelui aa

aa-ARNt sintetaze

Att aa-ARNt sintetazele, ct i ARNt asigur


traducerea precis a codului genetic (adaptori)

Aminoacil-ARNt sintetaze

2 clase de aa-ARNt sintetaze:


I: ataaz restul aminoacil de radicalul hidroxil 2 din
adenozina
II: ataaz restul aminoacil de radicalul hidroxil 3 din
adenozina

Exist mecanisme care asigur funcionarea corect


a aa-ARNt-sintetazelor:
hidroliza aa recunoscui greit (editare hidrolitic)
interaciunea cu anticodonul i captul 3 al ARNt

Biosinteza polipetidelor

Sinteza unei noi legturi peptidice: adugarea


captului cacrboxi-terminal al lanului polipeptidic la
un nou aminoacil-ARNt
Energie eliberat prin hidroliza legturii macroergice
peptid - ARNt

Ribozomii

Sediul sintezei lanurilor polipeptidice


Complexe ribonucleoproteice mari
Formai din dou subuniti: mare i mic
Numr variabil n funcie de tipul celular i
activitatea metabolic celular (cteva
milioane / celul)
Subunitile ribozomale sunt sintetizate la
nivelul nucleolului

Ribozomii

Aspect ME: granule electronodense de 1530 nm


Localizare:
liberi: n citosol, n matricea mitocondrial
ataai membranei reticulului endoplasmic,
anvelopei nucleare

http://www.nobelprize.org

GE Palade Nobel Prize Lecture, 1974

Biosinteza proteinelor

Molecular Biology of the Cell. 4th edition. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. New York: Garland Science; 2002.

Ribozomii

Procariote: 70S; 2,7 MDa (subuniti 50S


i 30S)
Eucariote: 80S; 4,3 MDa (subuniti 60S i
40S)
Mitocondrii: 55S; ~3 MDa (subuniti 39S
i 28S)

Structura ribozomilor 80S

Subunitile 60S (stnga) i 40S (dreapta) ale


ribozomilor eucariotici cu eIF6, respectiv eIF1 ataate
https://www.mol.biol.ethz.ch/groups/ban_group/Ribosome
- 2011
Klinge S, Voigts-Hoffmann F, Leibundgut M, Arpagaus S, Ban N. (2011), Science 334(6058):941
Rabl J, Leibundgut M, Ataide SF, Haag A, Ban N. (2010), Science 331(6018):730

Subunitatea mare ribozomal 60S

Alctiut din 3 molecule ARN: 28S, 5,8S


(provenite dintr-un transcript comun de
45S) i 5S
Conine aprox. 50 lanuri proteice (notate
L1L50), cu greutate molecular mic

Subunitatea mic ribozomal 40S

Alctuit dintr-o molecul ARN: 18S


Conine aprox. 33 lanuri proteice (notate
S1S50), cu greutate molecular mic

ARN ribozomal

Genele pentru ARN ribozomal:


ARNr 28S, 5,8S i 18S se formeaz dintr-un
transcript iniial comun 45S. ADN-ul pentru
ARNr 45S se gsete n 5 regiuni de pe
cromozomii 13, 14, 15, 21 i 22. Transcris de
ARN polimeraza I.
ARNr 5S: gene n tandem rspndite n
genom (ex. cromozomul 1). Transcris de ARN
polimeraza III.

Ribozomii

Se gsesc cel mai frecvent grupai de-a


lungul unei molecule de ARNm, formnd
poliribozomi = polizomi
Molecular Biology of the Cell. 4th edition. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. New York: Garland Science; 2002.

Ribozomii

Molecular Biology of the Cell. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. New York: Garland Science; 1994.

Situsuri ribozomale

Situsuri pentru ARNt:


A (aminoacil-ARNt)
P (peptidil-ARNt)
E (exit)

Situs pentru ARNm

Ribozomii

Etapele sintezei lanului polipeptidic:


1.Iniierea sintezei
2.Alungirea lanului
3.ncheierea sintezei

Iniierea sintezei lanului polipeptidic

Se formeaz un complex
de preiniiere din:
subunitatea mic
ribozomal, primul
aminoacil-ARNt,
iniiator, (ntotdeauna
metionin-ARNt) i factorii
eucariotici de iniiere
eIF1 eIF4
Complexul se ataeaz
pe ARNm

Iniierea sintezei lanului polipeptidic

Complexul de preiniiere
detecteaz primul codon
start AUG
Se formeaz complexul
de iniiere prin legarea
subunitii ribozomale
60S i pierderea
factorilor de iniiere. MetARNt este situat n
situsul P al ribozomului

Iniierea sintezei lanului polipeptidic

Iniierea sintezei lanului polipeptidic poate


controla eficiena sintezei proteinelor sunt
importante secvenele din vecintatea
codonului start
Uneori, sinteza poate ncepe de la un alt
codon start, situat spre captul 3 (IRES
Internal Ribosome Entry Sites)

Alungirea lanului polipeptidic

1:
E - gol
P polipeptidil-ARNt
A primete un nou aaARNt conform codonului
urmtor

Alungirea lanului polipeptidic

2:
polipeptidul este adugat
aa din situl A i subunitatea
mare se mic =>
E ARNt fr aa/pp
P noul polipeptid
A - gol

Alungirea lanului polipeptidic

3:
subunitatea mic se mic
=>
E gol
P noul polipeptid
A gol, n dreptul
urmtorului codon de pe
ARNm

Alungirea lanului polipeptidic

ciclul se reia cu legarea


urmtorului aa-ARNt n
situl A

Alungirea lanului polipeptidic

Factori de elongare cu activitate de


GTP-aze sporesc rata sintezei i asigur
direcionalitate:
EF-Tu (legat de aa-ARNt ce ocup situl A)
EF-G (ocup situl A dup micarea subunitii
mari)

Terminarea sintezei lanului polipeptidic

n situsul A ajunge un
codon stop al ARNm
Acesta dicteaz fixearea
unui factor de eliberare
(Realease Factor RF),
de natur proteic

Terminarea sintezei lanului polipeptidic

Ca urmare, polipeptidul
se desprinde de ARNt
din situl P
Factori de reciclare
ribozomal contribuie la
dezasamblarea
subunitilor ribozomale
i detaarea lor de
ARNm

Ribozomii

Ribozomii

Eficiena sintezei proteice e mare: 2


aminoacizi / sec. pentru fiecare ribozom ->
o proteina e sintetizat n cteva minute
Mai muli ribozomi traduc simultan aceeai
molecul de ARNm
Rata de eroare la incorporarea de aa n
polipeptid e mic: 1 la 10.000 aa
Consumul de energie e mare: cel puin 4
legturi macroergice / aa incorporat

Ribozomii

Mecanisme de control al calitii sintezei


proteice (structura primar)
Activitate proofreading a aa-ARNt sintetazelor
Activitate de corectare a erorilor de
recunoatere a aa-ARNt de ctre ribozom
Asigurarea calitii moleculei de ARNm
traduse: recunoaterea existenei modificrilor
5 (cap) i 3 (coad poli-A)

Sinteza proteinelor

n timpul traducerii, lanul polipeptidic trece


printr-un canal hidrofil (de aprox. 10 nm
1.5 nm) din structura subunitii ribozomale
mari
Proteinele nu sunt pliate n acest tunel, ci
dup ieirea din subunitatea ribozomal
Plierea proteinelor poate ncepe chiar
nainte de sfritul sintezei lor

Sinteza proteinelor

Unele anibiotice interfer cu sinteza


proteinelor n ribozomii 70S:

Tetraciclina

Inhib legarea aa-ARNt n situsul A

Streptomicina

Inhib trecerea de la iniiere la elongare

Cloramfenicolul

Inhib activitatea de peptidil transferaz

Eritromicina

Blocheaz reacia de translocare a subunitii mici

Puromicina

Analog aa-ARNt, duce la clivarea prematur a


polipeptidului n curs de formare

Maturarea proteinelor

Polipeptidele nouformate nu sunt nc


funcionale
Sunt necesare:
adoptarea unei structuri
secundare corecte
modificri covalente
post-traducere
(glicozilare, fosforilare,
etc)
asamblarea subunitilor
roteinelor complexe

Plierea proteinelor

Primul pas pentru obinerea unei


conformaii spaiale funcionale
Secvena aminoacizilor e important:
aa polari (+, -, fr sarcin net) / nonpolari
dicteaz structura secundar (a helix, b pliuri)
dicteaz i viteza cu care structura secundar
e format

Plierea proteinelor

Domeniile proteinelor se formeaz imediat


dup ieirea din canalul subunitii
ribozomale mari (modificare co-traducere)

Plierea proteinelor

Stare intermediar: globul topit (molten


globule)

Plierea proteinelor

aperone
(chaperones):
clas de proteine
ce contribuie la
plierea corect a
altor proteine

aperone

ase familii dintre care dou importante:


hsp60 i hsp70 (Heat-shock proteins)
Diferite n citosol fa de matricea
mitocondrial
n lumenul RER: BIP (Binding
Immunoglobulin Protein) din familia hsp70
hsp70 ajut plierea iniial, co-traducere
hsp60 acioneaz mai trziu

aperone

hsp70
3 domenii: ATP-az, domeniu de legare a
substratului (aa hidrofobi sau neutri), i
domeniu c-terminal cu rol de reglare a
interaciunii cu substratul

aperone

hsp60 (aperonine)
oligomer, dou subunit.
heptamerice
hsp60 (mitocondrii), TCP-1
(citosol)

Plierea proteinelor

Plierea corect a proteinelor este esenial


pentru funcia acestora
Proteinele pliate incorect pot agrega i se
acumuleaz n celul
Patologii date de pliere incorect: boala
Creutzfeldt-Jacob, boala Alzheimer

Plierea proteinelor

Semnalul de pliere incorect: proteinele


expun resturi hidrofobe pe suprafa
Proteinele pliate incorect sunt degrdate
prin proteoliz
Aprox. 30% din proteinele nou formate,
greit pliate, sunt degrdate
Proteazomii: proteaze complexe ce distrug
proteinele n citosol

Proteazomii

Distrug proteine citosolice i proteine din


lumenul RE care au fost retrotranslocate
Structur cilindric (20S) cu capac (19S)

Proteazomii

Activitate ATP-azic
realizeaz proteoliza ntregului lan polipeptidic
capacul recunoate proteinele marcate cu
ubiquitin
marcarea cu ubiquitin reprezint semnalul
distrugerii unei proteine

Ubiquitina

Protein mic, 8,5 kDa


Capt globular hidrofob, coad C-terminal
cu care se leag de resturile lizin din
structura polipeptidelor

Ubiquitina

Se ataaz covalent de alte proteine sub


aciunea unui complex proteic numit
ubquitin-ligaz
E1: enzima de activare a ubiquitinei
E2: enzime de conjugare a ubiquitinei
Complexul E2-E3: ubquitin-ligaz

Ubiquitina

30 tipuri E2
sute de tipuri E3
Complexul E2-E3 recunoate diferite
semne de degradare a proteinelor:
denaturare
mpachetare greit
aa anormali (aa oxidai, etc)

Discerne proteinele greit pliate de cele


incomplet pliate (proteine imature)

Ubiquitina

Activarea ubiquitin ligazei se poate face


prin:
fosforilare
legarea unui ligand
formarea unui complex proteic

Marcarea cu ubiquitin se realizeaz i


pentru proteinele normale, dar cu durat
scurt de via; poate fi un rspuns la
decanarea unei ci de semnalizare
intracelulare.