Sunteți pe pagina 1din 42

II.1.

Generaliti
ZNi = 28 : 1s22s22p63s23p63d84s2
Compuii :
naturali : oxizii i carbonaii,
de sintez :
Ni(CO)4
compleci ai Ni(II) cu tiosemicarbazone sau proguanil

asp = acid aspartic


tiosemicarbazone

proguanil

compleci ai Ni(II) cu aciune


antineoplazic

Ni(asp)Cl,
Ni(asp)2Cl,
Ni(asp)2ClOH

Spectroscopie Mssbauer
Spectroscopie RPE
Spectroscopie atomic
(AAS Atomic absorption spectroscopy AES Atomic Emission spectroscopy),
Msurtori magnetice (SQUID)
Spectroscopia RPE asupra izotopului 61Ni mbogit
1960 : Ni - component necesar pentru creterea unor bacterii anaerobe;
1975 : Ni - evideniat drept component al ureazelor din plante

astzi : Ni - prezent n 4 tipuri de enzime eseniale


Ureazele : Ni(II) penta sau hexacoordinat de liganzi cu N sau O donori,
Ni-Fe hidrogenaze mai multor bacterii anaerobe conin Ni coordinat de S
Ni-tetrapirol coenzim (coenzima F430) - prezent n Metil coenzima
M reductaza bacteriei metanogene,
Complex tetrapirolic cu o funcie nespecificat : tuniclorinul
izolat din tunicate.

Colonii de tunicate

Ascidie roie (Halocynthia papillosa)


(Croaia)

Tunicate Bluebell

II.2. Ureaze
Ureaza din Canavalia ensiformis
Ureazele catalizeaz degradarea ureei la CO2 i NH3
H2N-CO-NH2 + H2O

ureaz

H2N-COO- + NH4+ 2NH3 + CO2

necatalizat : 3,6 ani la 38oC

NH3 + H2O + H-N=C=O


(acid izocianic)
Formarea legturii Ni-substrat

Schema mecanismului de degradare a ureei sub aciunea catalitic a


ureazelor ce conin nichel (mecanism push-pull).
(mpinge trage)

II.3. Hidrogenaze
Hidrogenazele : enzime care catalizeaz oxidarea reversibil a hidrogenului
molecular cu implicarea n proces a doi electroni
H2
2H+(aq) + 2e-

Hidrogenaze
Ni/Fe-hidrogenaze : conin un atom de Ni n plus de clusterului Fe-S
Ni/Fe/Se-hidrogenaze : prezint Ni i Se (Ni este coordinat de selenocistein)
n raport echimolecular cu cel al clusterilor Fe-S.
Componentele anorganice ale hidrogenazelor : rezervor de e- i centri catalitici

Dispunerea complexului
proteic ce conine
hidrogenaze, n
cianobacteria Anacystis
nidulans

Schema general de degradare a hidrogenului molecular sub


aciunea catalitic hidrogenazelor

II.3.1. Structura i activitatea catalitic a centrului activ de


Ni din Ni/Fe hidrogenaze
RPE (Rezonana Paramagnetic Electronic )
prezena Ni(III) paramagnetic (spin sczut d7, S = 1/2)
XANES (X-ray Absorption Near Edge Structure)
i

EXAFS (Extended X-Ray Absorption Fine Structure)

Geometria centrilor
activi de Ni

Ni : nconjurat de 2 1 liganzi cu sulf


lungimea medie a legturii Ni-S : 223 pm
3 1 din atomii de coordinare pot fi oxigen sau azot
distana dintre Ni - cel mai apropiat ion de Fe : 430 pm
strile de oxidare : Ni(I), Ni(II), Ni(III)

Ni/Fe hidrogenaze : existena n sfera de coordinare a 5 sau 6 liganzi


dispui dup o geometrie de dipiramid trigonal
sau de octaedru deformat.

Hidrogenazele - enzime care catalizeaz conversia reversibil, a


protonilor la hidrogen

2H+ + 2 e- = H2
Hidrogenaza cu masa 88 kDa din bacteria Desulfovibrio gigas
ENDOR (Electron nuclear double resonance)
protein periplasmatic heterodimeric
dou subuniti de 28 kDa i 60 kDa
conine : ionul Ni, un cluster stabil 3Fe-4S, 2 clustere 4Fe-4S

Structura i geometria clusterului 3Fe-4S din bacteria Desulfovibrio gigas


(lungimea legturilor este dat n pm)

S-au obinut complecii model NiS4, NiS4N2 sau NiN6


Enzima accelereaz schimbul H/D n ap :
H2 + D2O

HD +

HDO

Fe/Ni hidrogenazele prezint o competiie n realizarea legturii cu H2 i CO


Modelul legrii i scindrii heterolitice a H2 la compuii de coordinaie
ai nichelului cu liganzi cu sulf

Centrul activ pentru [NiFe] hidrogenaza

Complex model pentru NiFe hidrogenaza

Mecanism catalitic - rolul legturii NiFe

Structura centrului activ NiFe i mecanismul hidrogenazei


(* - stri active n RPE)

A simplified scheme showing the reactions of standard [NiFe]-hydrogenases. Active hydrogenase


molecules catalyze H2/H+cycling, and are subject to aerobic inactivation, forming either the Ready
or Unready forms, depending on the availability of electrons and protons. The Ready form can also
be formed anaerobically at oxidizing potentials (recovery = regenerare)

II.3. Nichel superoxid dismutaza (SOD)


II.3.1. Funcionare apare n cianobacteria Streptomyces

II.3.2. Structura de ansamblu

II.3.3. Centrul activ

Ni este coordinat de :
gruparea amino a His-1,
gruparea amino a Cys-2,
gruparea tiolat (S) a Cys-2 si cys-6.
Accesibilitatea la centrul activ este limitat de Pro-5 i Tyr-9

II.3.4. Mecanismul de aciune

II.4. Metil-coenzima M reductaza i Ni corfina sa coenzima F430


II.4.1. Funcionare apare n Archaea metanogenic

corfina (corphin)

II.4.2. Structur

Heterohexamer de tipul
''', sub form de
pliu.

Structura pentru F430 din centrul activ MCR

II.4.3. Mecanism
Etapele mecanismului :
atacul nucleofil al
gruprii CH3 a CoM
asupra Ni2+, formnd
specia metil - Ni(III) ;
specia
puternic
oxidanta Ni3+ atrage un
e- de la specia CoM
protonat ;
radicalul tiol CoM
(RS) se cupleaz cu
gruparea tiolat din CoB
i surplusul de electroni
a radicalului disulfur
generat se ntoarce la
Ni(II) ;
CH4 i CoM-S-S-CoB
sunt eliberate.

atacul nucleofil al gruprii CH3 a CoM asupra Ni2+

specia CH3 - Ni(III) ;

specia puternic oxidant Ni(III) atrage 1 e-

radicalul thyl CoM (RS) se cupleaz cu gruparea tiolat din


CoB i surplusul de electroni a radicalului disulfur generat se
ntoarce la Ni(II) ;

CH4 i CoM-S-S-CoB sunt eliberate.

Mecanismul de formare a metanului

1) Ni(I) reacioneaz cu metil-SCOM la S clivajul a legturii C-S


radical metil, formnd cu sulful din CoM un aduct Ni(II)-tiol.

2) radicalul metil extrage un atom de H de la CoBSH CH4 i radical thiyl pe COB


3) formarea de Ni(II) i anion radical disulfur
4) se regenereaz starea Ni(I) activ i heterodisulfura
Mecanismul I : intermediari organometalici : metil-nichel
Mecanismul II : rolul major al nichelului este de a usura clivajul C-S printr-un proces
redox i de a stabiliza produsul de clivaj homolitic al legturii C-S
formnd un complex de coordinare cu sulful din CoM.

Dou mecanisme catalitice sunt implicate


Mecanismul I : intermediari organometalici-metil-nichel
Mecanism II : un radical metil.
Mecanismul I
etapa 1 : Ni(I) - atac nucleofil la CH3-CoM metil-Ni (III) i CoM
etapa 2 : transferul de e- de la CoM la alchil-Ni (III) alchil-Ni(II) i un radical CoM
etapa 3 : radicalul CoM reacioneaz cu CoBSH
radical anion disulfur coordinat la Ni(II) i metan.
etapa 4 : anionul radical reduce Ni(II),
heterodisulfur CoMSS-COB i enzima n forma activ Ni(I)

Mecanismul II
etapa 1 : Ni(I) reacioneaz cu metil-SCOM la S clivajul a legturii C-S
radical metil, formnd cu sulful din CoM un aduct Ni(II)-tiol.
etapa 2 : radicalul metil extrage un atom de H de la CoBSH
CH4 i un radical thiyi pe COB
etapa 3 : formarea de Ni(II) i anion radical disulfur
etapa 4 : regenereaz starea Ni(I) activ i heterodisulfura.
Mecanismul II : rolul major al nichelului este de a usura clivajul C-S printr-un proces redox i
de a stabiliza produsul de clivaj homolitic al legturii C-S formnd un complex de
coordonare cu sulful din CoM.

II.5. CO Dehidrogenaza =
CO Oxidoreductaza = Acetil - coenzima A sintaza

II.5.1. Funcionare apare n : Metanogenic Archaea


bacterii acetogenetice
catalizeaz reducerea reversibil a CO la CO2
CO + H2O
CO2 + 2 H+ + 2 e-

Modelul mecanismului de coordinare reversibil a CO la Ni

II.5.2. Structur

heterotetramer (310 kDa) : C0


subunitate : cluster [Fe4-S4] i cluster [Ni-Fe4-S5]
- : unite prin cluster [Fe4-Fe4]
fiecare subunitate a conine un singur
metalic ntru-un cluster (cluster A)

centru

II.5.2.1. Centrii activi cu Ni : Clusteri de tip A

dou subuniti de ti : C i 0
cluster AC
- tip cuban [Fe4-S4]
- legat prin tiolat Cys de ion Zn
- ion Zn legat de un ion Ni ("Nid") prin dou
legturi suplimentare de Cys
cluster A0 : - Ni n loc de Zn
Zn - distorsionat tetraedric ; Ni : plan ptrat
Nid plan ptrat : - dou Cys-SH (din puni)
- doi N din catenele principale Gly596 i Cys 597

II.5.2.2. Centrii activi cu Ni : Clusteri de tip C

"colivie' (cage) de Ni-Fe4-S4


Ni : - NC = 4,
- distorsionat tetragonal
- 3 L endogeni
(Cys550-SH + 2S din 3 n punte)
- 1 L exogen neidentificat
(modelare cel mai probabil CO)
Fe coordinat de :
- His283,
- Cys317
-rest din ionul sulfur n punte

II.6. Compui model pentru centri activi de Ni ai metaloenzimelor


Compui de coordinaie ai Ni(III) cu liganzi :
amidele chelatizante
peptidele deprotonate
oxime
tioli
Compui de coordinaie ai Ni(III) : geometria este restrictiv

Ni : 1s22s22p63s23p63d84s2
Ni(II) : 1s22s22p63s23p63d8
Ni(III) : 1s22s22p63s23p63d7

liganzi donori bogai n electroni :


RS- ; S2-- ; R2N-

Compus model al Ni(III) cu Gly-Gly-Gly3-

glicin (Gly)

Ni /Ni
II

III

= -0,9V

II.6.1. Modelarea Ni - hidrogenazelor

H2

2 H+ + 2 e-

Modelarea hidrogenazei din Desulfovibrio gingas

X = S sau O ; Y = O sau N

compusul de coordinaie al Ni(II) cu


N,N-dimetil-N,N-bis(- mercaptoetil) etilendiamin
Exemplu de reacie templat pentru modelarea centrului activ cu Ni
din hidrogenaz

Liganzi model pentru simularea structurii i


funcionalitii hidrogenazelor pe baz de Ni

S-au izolat
Ni3(L1)4(anion)2 anion : BF4- sau B(Ph)4Ni(L2) BF4

Ni,Fe-hidrogenaze
Liganzi chelatizani, modele pentru hidrogenaz
(1) tiosemicarbazona plan derivat din compui carbonilici
aromatici orto-hidroxi-substituii
(2) sisteme N, O, S - tripodal

R3Si-H + H-O-R H2 + R3Si-O-R

Tipuri de liganzi tridentai ONS2-

L : imidazol, piridin sau fosfin ;


X : O sau S
R = 1,2 fenilen sau etilen

Et3Si-H + HO-R

H2 + Et3Si-OR

X = S i R = 1,2 fenilen
activitate catalitic crete n seria: 1f < 1e < 1d < 1a 1b < 1c
R = etilen i X = O - inactivi

A simplified scheme showing the reactions of standard [NiFe]-hydrogenases. Active hydrogenase


molecules catalyze H2/H+cycling, and are subject to aerobic inactivation, forming either the Ready
or Unready forms, depending on the availability of electrons and protons. The Ready form can also
be formed anaerobically at oxidizing potentials (recovery = regenerare)