REFERAT

Disciplina: Principii de taxonomie i

biodiversitate microbian

NUME I PRENUME: VCIAN FLORICA

AN I, MASTER

ECOLOGIA MICROORGANISMELOR. MICROORGANISMELE N HABITATELE

LOR NATURALE
Cele mai multe cunotine referitoare la activitatea microorganismelor n natur au fost
deduse din studierea lor n condiii de laborator. Ulterior au fost efectuate studii n mediile
naturale cu metode progresiv perfecionate.
nelegerea proceselor realizate de microorganisme n natur implic efectuarea de studii
asupra microorganismelor aparinnd unei singure specii (efectul acesteia asupra mediului
nconjurtor, dar i impactul mediului asupra lor), dar i asupra populaiilor, comunitilor sau
sistemelor de microorganisme (complexul de microorganisme i asocierea speciilor cu
componentele abiotice ale mediului).
Solul ca mediu natural pentru microorganisme
Solul este considerat ca un complex de substane (surse de nutrieni i energie pentru
unele organisme), descris ca un sistem dinamic cu trei faze: solid, lichid i gazoas. El este
rezultatul dezagregrii rocilor sub aciunea factorilor fizici, chimici i biologici.
Faza solid a solului, care reprezint aproximativ 1/2 din volumul acestuia, e alctuit
din:
-

substane minerale: roci vulcanice (granit, bazalt), roci sedimentare (gresie, marn,
isturi argiloase, calcare), roci metamorfice (isturi cristaline);
- substane organice: resturi organice neanimate, provenite din litier, lemn, rdcini,
organisme i microorganisme, dar i fragmente aflate n diferite grade de
descompunere.
Diferitele substane cu rol de nutrieni se gsesc n stare solubil, insolubil sau sunt
adsorbite pe diferite substraturi.
Faza lichid e reprezentat de apa din porii solului i de pe suprafaa particulelor de sol,
care conine diferite substane organice sau minerale dizolvate ori n suspensie (soluia solului).
Faza gazoas corespunde aerului prezent n porii liberi din sol i are fa de aerul
atmosferic mai mult CO2 i mai puin O2.
Factorii de mediu care influeneaz numrul, activitatea i natura microorganismelor din
sol sunt:
- apa i umiditatea asigurat de aceasta; solurile foarte uscate i cele foarte umede
limiteaz dezvoltarea microorganismelor. Bacteriile devin inactive cnd solul argilos
conine mai puin de 12% ap. Fungii sunt mai rezisteni la uscciune (de aceea unele
boli fungice sunt limitate la anumite regiuni);
- aerarea nu este uniform n sol, de aceea solul este o colecie de microhabitate aerobe
i anaerobe;
- temperatura este variabil n straturile de la suprafaa solului, datorit razelor solare,
prezentnd variaii diurne i sezoniere;
- pH-ul solului este cuprins ntre 4,8 8,5 i este influenat de activitatea
microorganismelor din sol (de exemplu degradarea litierei poate determina un pH
acid);

adncimea solului influeneaz densitatea microorganismelor prin variaia

concentraiei de O2, CO2, a nutrienilor, a umiditii. Frecvena microorganismelor n
sol scade cu adncimea, cele mai multe se gsesc n stratul de suprafa.

Microbiota din sol

Solul constituie un habitat favorabil dezvoltrii microorganismelor (bacterii, fungi, alge,
protozoare), care se gsesc aici n numr mare. Multe dintre microorganismele din sol nu sunt
fiziologic active la un moment dat, datorit faptului c substanele nutritive din sol sunt limitate.
Microorganismele din sol intervin n aproape toate reaciile chimice care au loc la acest
nivel, jucnd un rol activ n fertilitatea solului, ca rezultat al implicrii lor n ciclul nutrienilor
necesari pentru creterea plantelor.
Unele microorganisme din sol sunt responsabile de descompunerea materiei organice
ajunse n sol i n reciclarea nutrienilor. Fungii din micorize cresc disponibilitatea nutrienilor
minerali pentru plante. Bacteriile fixatoare de azot mresc cantitatea de nutrieni din sol. Astfel
de microorganisme pot fi utilizate ca biofertilizatori.
Alte microorganisme sintetizeaz i elibereaz n sol substane de tipul vitaminelor, care
mbuntesc sntatea plantelor i productivitatea; aceste microorganisme sunt considerate
fitostimulatori.
Exist n sol i microorganisme duntoare pentru plante, pe care le infecteaz prin
rdcini. Fa de aceti ageni patogeni, microorganismele autohtone (considerate biopesticide)
au de obicei aciune antagonist, care se manifest prin competiia pentru nutrieni, prin
producerea de substane inhibitoare ca metabolii secundari sau enzime extracelulare, sau prin
sinteza de substane care stimuleaz mecanismele de aprare natural ale plantei i mresc
rezistena la patogeni.
Microorganismele din sol sunt capabile s supravieuiasc unor condiii extrem de
variabile de temperatur, umiditate, pH, resurse nutritive i de energie, de concentraii de sare i
de oxigen. Ele au un rol complex n formarea structurii solului, condiionat n esen de
capacitatea lor de a produce polizaharide sau alte materiale aderente, contribuind la n
stabilizarea structurii solului.
Habitatul microorganismelor este reprezentat de porii solului. Acetia pot fi pori fini (cu
diametrul mai mic de 0,2m), care rein apa inaccesibil plantelor, pori mijlocii (cu un diametru
ntre 0,2 10m), care nmagazineaz apa disponibil organismelor vii sau pori mari (cu
diametrul mai mare de 50m), care au un rol esenial n aeroreglare.
Micropopulaiile din sol sunt alctuite din bacterii (eubacterii, actinomicete,
cianobacterii), microfungi, alge i protozoare.
Winogradski (1949) a propus mprirea microorganismelor din sol n dou categorii:
-

microorganisme autohtone (permanente, constante, indigene), care sunt numeroase

i caracteristice unui anumit tip de sol. Ele cresc lent, fiind perfect adaptate la viaa
din solul lipsit de procese de fermentaie sau putrefacie a materiei organice. Nu
prezint fluctuaii numerice semnificative i nu depind de surse exogene de nutrieni.
microorganisme zimogene (temporare sau de fermentaie), care au o activitate
periodic, intermitent, cu faze de activitate i de repaus. Ele nu sunt capabile s
degradeze substane complexe din sol, dezvoltndu-se pe substane organice uor

utilizabile, provenite de la exterior. n mod obinuit sunt puin numeroase,

dezvoltndu-se luxuriant dac se adug substane organice exogene, dup epuizarea
crora numrul lor scade brusc.
Cele dou categorii de microorganisme nu pot fi ns cert separate. Unii cercettori susin
c microorganismele zimogene provin de la exterior odat cu resturile organice ajunse n sol, n
timp ce alii susin c ele ar fi microorganisme heterotrofe autohtone, care sunt permanent
prezente n sol n stare latent. Acetia din urm consider c microorganisme alohtone sunt
numai cele patogene pentru plante, animale i om, care ajung n sol odat cu esuturile animale
sau vegetale infectate i care nu gsesc aici dect condiii de supravieuire temporar, nu de
multiplicare.
Bacteriile sunt cele mai mici, mai numeroase i mai diverse microorganisme din sol (ca
form, modalitate de nutriie, condiii de supravieuire). Predomin bacteriile Gram negative.
Bacteriile prezint un pleomorfism accentuat fa de morfologia descris drept clasic. Valorile
medii determinate prin diverse metode ar fi de 106109 celule/g sol uscat prin tehnica de cultivare
a celulelor viabile, ajungnd pn la 1010 celule prin determinarea numrului total de celule (vii
i moarte).
De cele mai multe ori, bacteriile se gsesc sub form de microcolonii pe diferite resturi
vegetale, adsorbite pe argile i pe humus. Tehnicile de apreciere a numrului de bacterii din sol
prin cultivare n laborator reflect n general numai 1 10% din situaia real, deoarece nici un
mediu de cultur nu poate satisface enorma diversitate a exigenelor lor nutriionale (Mihescu,
2000).
n sol se gsesc bacterii implicate n circulaia carbonului, azotului (Nitrosomonas,
Nitrobacter, Azotobacter, Rhizobium), fosforului (Bacillus megaterium), sulfului (Thiobacillus
thiooxidans, Desulfovibrio), fierului (Gallionella, Siderocapsa), bacterii implicate n formarea i
degradarea humusului, n solubilizarea compuilor organici i anorganici, inaccesibili plantelor.
La acestea se adaug microorganisme heterotrofe, relativ constante n toate solurile:
Acinetobacter, Achromobacter, Agrobacterium, Alcaligenes, Arthrobacter, Bacillus,
Brevibacterium,
Cellulomonas,
Chromobacterium,
Clostridium,
Corynebacterium,
Flavobacterium, Micrococcus, Mycobacterium, Pseudomonas, Sarcina, Staphylococcus,
Streptococcus, Xanthomonas.
Bacteriile din sol particip la procesele de mineralizare, eseniale pentru nutriia plantelor
i asigurarea fertilitii solului. Prin polizaharidele extracelulare particip la agregarea
particulelor de sol i la formarea humusului.
Actinomicetele sunt n numr de 105 108 celule/g sol i sunt prezente n sol de regul
sub form de spori, fiind mai numeroase n straturile de la suprafaa solului. Sunt filamentoase,
nu se dezvolt dac pH-ul scade sub 5,0; prefer solurile bogate n substane organice.
Actinomicetele se caracterizeaz printr-o rezisten deosebit la uscciune.
Se dezvolt lent, heterotrof, utiliznd surse de carbon simple sau complexe (glucide, acizi
organici, polizaharide, hidrocarburi alifatice, aminoacizii, peptonele). Degradeaz celuloza
(Streptomyces violaceus, Streptomyces cellulosae), lignina, chitina, parafinele, fenolii. Cele mai
frecvente specii aparin genurilor: Actinomyces, Actinoplanes, Nocardia, Streptomyces.
Actinomicetele au rol n mineralizarea compuilor rezisteni la aciunea bacteriilor i
fungilor (chitina), contribuie la formarea humusului i produc o gam larg de substane

antibiotice (streptomicin, kanamicin, micostatin), contribuind ntr-o mare msur la echilibrul

microbian al solului. Unele dintre ele sunt fitopatogene.
Cianobacteriile se dezvolt n stratul superior, iluminat al solului. Se pot dezvolta i la
ntuneric, chemoorganotrof, transformnd compui organici simpli, eseniali pentru fertilitatea
solului. Dintre cianobacterii, mai frecvent ntlnite n sol sunt cele din genurile: Anabaena,
Calothrix, Chrococcus, Nodularia, Nostoc, Oscillatoria, Phormidium, Plectonema, Scytonema.
Fungii reprezint o parte important din biomasa microbian din sol, datorit creterii hifale, dar
numrul lor este mai mic dect cel al bacteriilor. Se apreciaz c numrul unitilor fungice variaz ntre
20.000 i 1.000.000/g de sol. Dup unii autori, fungii din sol aparin la peste 600 de specii, din clasele
Phycomycetes, Ascomycetes, Fungi Imperfecti; foarte frecveni sunt cei din genurile: Mucor, Rhizopus,
Pythium, Chaetomium, Morchella, Alternaria, Aspergillus, Cladosporium, Fusarium, Penicillium.
Ciupercile sunt microorganisme cu metabolism predominant aerob, adaptate s triasc pe
substraturi cu un coninut relativ mare de substan bogat n energie i coninut redus de azot mineral.
Sunt microorganisme libere sau asociate cu rdcinile plantelor. Degradeaz o gam larg de substane
organice (proteine, celuloz, lignin), printr-un proces mai lent dect cel bacterian, desfurat n mai
multe etape. Cnd nutrienii lipsesc, trec n stare de laten. Prefer mediile neutre sau acide. Unele
ciuperci sintetizeaz antibiotice active asupra bacteriilor, ciupercilor, chiar i substane toxice sau
cancerigene. Alte ciuperci sunt patogene pentru plante.
Algele sunt abundente n habitatele umede i iluminate de la suprafaa solului i pn la
adncimea de civa centimetri. Activitatea lor e puin semnificativ pentru transformrile biochimice din
sol. Algele verzi sunt mai frecvente n solurile acide (Chlorella, Chlamydomonas, Pleurococcus,
Ulothrix). Unele specii sunt specifice pentru sol (de exemplu Chlorococcus humicola).
Dezvoltarea intens a algelor pe suprafaa solului umed l mbogete n materie organic
rezultat prin fotosintez.
Protozoarele din microbiota permanent sunt prezente mai ales la suprafaa solului umed i n
stratul superficial (pn la 15 cm). Numrul lor variaz ntre 10.000 3.000.000/g sol, dar ca biomas
sunt mai importante dect bacteriile. Pot prezenta fluctuaii mari de la o zi la alta, n funcie de
temperatur, umiditate, disponibilitatea nutrienilor. Unele protozoare utilizeaz compui organici
solubili, altele au nutriie de tip animal, ingernd materie organic complex (bacterii, alge sau chiar
protozoare).
Cele mai rspndite protozoare din sol fac parte din clasa Sarcodina ( Acanthamoeba, Amoeba,
Nuclearia), clasa Flagellata (fitomastigofore i zoomastigofore) i din clasa Ciliata (Balantidium,
Colpidium, Oxytricha, Vorticella). Protozoarele au rol n meninerea echilibrului biologic al solului,
corelat cu capacitatea lor de a ingera i distruge o serie de bacterii.

Zona de interaciune ntre rdcinile plantelor i sol este reprezentat de rizosfer.

Rizosfera este definit cu ambiguitate, drept regiunea din sol care conine rdcinile unei plante
i microorganismele care le nsoesc.
Rizosfera se poate extinde cu 2 cm de la suprafaa rdcinii n teritoriul bogat n nutrieni
(aminoacizi, glucide, vitamine) pentru care competiioneaz microorganismele permanente din
sol. Limitele rizosferei depind de cantitatea de substane exudate din rdcini, de proprietile
fizice i chimice ale solului, care influeneaz numrul i natura microorganismelor. Rizosfera
este o regiune periradicular care conine un gradient de microorganisme i de activiti mai
importante n solul adiacent sistemului radicular, diminund progresiv pe msur ce distana fa
de acesta crete.
n rizosfer are loc o intens activitate microbian, care influeneaz creterea plantelor.
Frecvent bacteriile de pe rdcinile plantelor sunt asociate cu hifele fungilor. Rdcinile plantelor
elibereaz un exudat cu o compoziie complex, cu efect stimulator, descris sub denumirea de
efect de rizosfer. Cele mai frecvente substane din exudat sunt glucidele (glucoz, fructoz,
xiloz, maltoz, rafinoz, arabinoz, zaharoz), aminoacizii (alanin, acid aspartic, glicocol,
5

leucin, valin, serin, fenilalanin, cistein, metionin, lizin, triptofan, treonin), acizii
organici (acetic, propionic, butiric, oxalic, citric, tartric, fumaric, glicolic, malic, succinic),
vitaminele (biotin, tiamin, niacin, acid pantotenic, piridoxin, mezoinositol), factorii de
cretere (auxine). Prezena microorganismelor stimuleaz producerea de exudate. Rizosfera
stimuleaz multiplicarea bacteriilor i fungilor.
Bacteriile din rizosfer sunt reprezentate predominant de bacili Gram negativi i de un
numr mic de coci, bacili i bacterii pleomorfe Gram pozitive. Numrul bacteriilor din rizosfer
este estimat la 5x106 1x109 celule/g sol.
Microorganismele exercit asupra plantelor numeroase efecte, unele benefice, altele
negative.
Diferitele grupe de microorganisme din sol produc variate procese biochimice, care au o
influen direct asupra productivitii i dezvoltrii plantelor. Microorganismele faciliteaz
absorbia nutrienilor din sol, mai ales atunci cnd acetia sunt factori limitani pentru cretere.
Desfoar permanent o aciune de reciclare i solubilizare a nutrienilor minerali. n ceea ce
privete activitatea biochimic a bacteriilor din sol, pot fi descrise urmtoarele procese
biochimice:
- descompunerea aerob i anaerob a celulozei, de ctre bacterii celulozolitice;
- descompunerea aerob i anaerob a substanelor proteice i a altor compui
organici azotoi este realizat de bacterii i ciuperci din sol; se realizeaz de ctre
bacteriile nitrificatoare (nitribacterii i nitratbacterii);
- reducerea azotailor la azot molecular este realizat de ctre bacterii
denitrificatoare i are un efect negativ asupra plantelor, deoarece azotul asimilabil se
transform n azot atmosferic inaccesibil plantelor; pentru evitarea acestui proces
solul trebuie bine lucrat;
- fixarea azotului atmosferic este produs de bacteriile fixatoare de azot,care folosesc
drept surs de carbon substane organice fr azot, fixnd azotul din atmosfer i
utilizndu-l pentru sinteza diferitelor componente celulare. O parte din azotul fixat
este eliberat n mediul ambiant, iar o parte este mineralizat, dup moartea bacteriilor,
de ctre bacteriile de putrefacie i trece ntr-o form accesibil plantelor superioare.
Rolul bacteriilor fixatoare de azot n bilanul compuilor azotoi este deosebit de
mare. Bacteriile fixatoare de azot pot fi bacterii libere (Azotobacter, Clostridium) sau
simbiotice (Rhizobium).
- formarea i descompunerea substanelor humice din sol se realizeaz n urma
activitii vitale a diferitelor microorganisme din sol (bacterii, actinomicete, ciuperci),
care determin nu numai structura solului, ci i rezervele humice din sol.
- transformrile compuilor sulfului i fosforului sunt realizate n general de
bacterii, care descompun proteinele elibernd sulf sub form de hidrogen sulfurat i
fosfor sub form de acid fosforic. Aceti compui pot fi oxidai de sulfobacterii i de
tiobacterii, transformnd hidrogenul sulfurat toxic n sulfai accesibili plantelor.
- oxidarea hidrocarburilor se realizeaz sub aciunea microorganismelor pn la CO 2
i ap;
- metabolizarea polizaharidelor se realizeaz sub aciunea a numeroase enzime;
bacteriile secret la exterior enzime care scindeaz polizaharidele n molecule mai
mici, metabolizate apoi intracelular (amidonul sub aciunea amilazelor extracelulare
este transformat n maltoz, iar aceasta, sub aciunea maltazei, n glucoz). Enzimele
capabile s descompun mono i oligozaharidele sunt frecvente n lumea microbian,

mai rar se ntlnesc enzimele capabile s descompun polizaharidele. De exemplu,

amidonul este descompus de ctre o microbiot nespecific, n care bacteriile
anaerobe din genul Clostridium sunt foarte active.
Interaciunile nutriionale cele mai cunoscute dintre plante i microorganisme sunt cele de
tipul simbiozelor (simbioze fixatoare de azot i micorize). Fungii din micorize exercit un efect
benefic asupra plantelor prin stimularea creterii i ramificrii rdcinilor, creterea rezistenei la
infecii, explorarea unui volum mai mare de sol prin dezvoltarea hifelor.
Microorganismele pot exercita efecte negative asupra plantelor atunci cnd intr n
competiie cu acestea pentru factorii nutritivi minerali sau pentru oxigen, cnd intensific
activitatea unor ageni patogeni sau produc substane fitotoxice.
Rolul microorganismelor este determinat nu att de greutatea lor, ct de suprafaa lor
activ, care vine n contact cu solul.
Noiuni de microbiologia apelor
Mediile acvatice naturale se clasific n funcie de natura habitatelor caracteristice i n
funcie de concentraia n sruri.
n funcie de natura habitatelor caracteristice, apele se mpart n:
- ape de suprafa (medii adecvate pentru numeroase microorganisme):
ape dulci
stagnante (lentice): bli, lacuri, mlatini
curgtoare (lotice): izvoare, ruri, fluvii
ape marine i oceane
- ape subterane (freatice sau acvifere).
n funcie de concentraia n sruri, apele naturale se mpart n:
- ape dulci (0 1g/l)
- ape salmastre (1 25 g/l)
- ape srate (25 50 g/l)
- ape foarte srate (peste 50 g/l).
n apele deschise i la distan de sol sau sedimente, densitatea microorganismelor este
rareori semnificativ pentru o contribuie eficient n ecosistem. Cele mai multe bacterii nu
triesc libere n apele naturale, ci sunt legate de plancton, de detritusuri sau sunt agregate.
n apele marine microorganismele sunt rspndite pe suprafee mari datorit curenilor
orizontali i verticali i prin amestecul apelor de suprafa produs de vnt.
Microorganismele din apele dulci au mai multe caractere comune cu cele din sol dect cu
cele din apele marine. Apele curgtoare transport frecvent microorganisme din sol la distane
mari. Ajunse n mediul marin, acestea nu supravieuiesc, deoarece factorii de mediu le sunt
nefavorabili (salinitatea, temperatura, presiunea, diluia nutrienilor).
Apele freatice sunt lipsite de obicei de microorganisme, deoarece acestea sunt reinute n
straturile superioare ale solului.
Factorii care influeneaz prezena microorganismelor n mediile acvatice sunt:
1.
Lumina reprezint un factor esenial pentru asigurarea vieii n ecosistemele acvatice.
n funcie de gradul de turbiditate a apei, lumina poate fi util pentru fotosintez numai pe o
adncime de civa metri, iar n largul oceanelor pe o adncime pn la 200m. Zonele mai
puin iluminate sunt populate de bacterii fototrofe anaerobe purpurii i verzi, care fac

fotosintez anoxigenic, utiliznd H2S i diferii compui organici ca donori de H2 i cantiti

foarte mici de lumin.
Microorganismele fototrofe mobile i pot regla poziia n coloana de ap, datorit
fenomenelor de fototaxie. Lumina foarte intens poate produce efecte inhibitorii sau distructive
asupra microorganismelor din straturile superficiale ale apelor, care ar explica numrul redus de
bacterii la suprafaa apelor oceanice clare. Microorganismele care conin pigmeni carotenoizi
sunt protejate de efectele nocive ale radiaiilor.
2.
Temperatura este rspunztoare de ncetinirea activitilor metabolice. La suprafaa
apei mrii ea se apropie de 28C la tropice i de punctul de nghe la poli. n funcie de
nivelul termic s-a realizat o zonare ecologic a apelor: psihrosfera e reprezentat de
regiunile cu temperaturi sub 10C, iar termosfera cuprinde regiunile mai calde. Mediul
marin este populat cu microorganisme psihrofile, care cresc lent pe medii nutritive la 0 - 5C,
dar se dezvolt mai repede la 20 - 25C.
3.
Presiunea hidrostatic crete linear cu adncimea (1atm la fiecare 10m) i
influeneaz natura microorganismelor i procesele biologice din mediul marin, proprietile
fizico chimice ale apei (gradul de ionizare, pH-ul i vscozitatea), structura teriar i
cuaternar a proteinelor, morfologia bacteriilor, solubilitatea i viteza de transport a
nutrienilor prin membranele celulare.
Microorgansmele alohtone nu se pot dezvolta sub 200m. Bacteriile din marile abisuri (de
la 500m adncime) nu cresc la presiuni mai mici de 350atm. Barofilele sunt frecvente n
habitatele bogate n nutrieni (dejecii ale animalelor marine, carcasele lor n curs de
descompunere), mrind rata de descompunere a substanelor organice din adncuri, a cror
mineralizare este completat de microorganismele oligotrofe.
4.
Turbiditatea apei este determinat de materia vie i nevie aflat n suspensie i care
duce la formarea sedimentelor. Ea condiioneaz adncimea pn la care radiaiile solare
pot asigura procesul de fotosintez.
5.
Curenii determin importante efecte ecologice ale apelor, producnd amestecul unor
mase importante de ap, amestecul nutrienilor i o redistribuire a microbiotei.
6.
Gazele dizolvate n apele naturale sunt n concentraii mici i sunt reprezentate de
CO2, O2, N2 i uneori de H2S, H2, CO.
Dioxidul de carbon i are originea n atmosfer i n respiraia organismelor acvatice,
este necesar pentru fotosintez, variaiile sale fiind corelate cu valorile pH ale apelor naturale. Se
poate gsi n stare liber, sub form de carbonat i bicarbonat.
Oxigenul provine din atmosfer i este produs prin fotosinteza oxigenic a algelor i
cianobacteriilor. Concentraia sa este mare n apele curgtoare, scade cu adncimea i n apele
lente i stagnante. n lacurile adnci i n mri concentraia sa se coreleaz invers cu cea a CO2.
7.
Salinitatea difereniaz net apele dulci de cele marine i oceanice i influeneaz
natura microorganismelor care le pot popula. Puine microorganisme sunt comune ambelor
tipuri de ape. Concentraii extreme de sruri se gsesc n Marea Moart (n special sub form
de NaC i MgCl). Salinitatea apelor oceanelor este relativ constant. Aproximativ 99% din
srurile dizolvate sunt formate prin combinarea a 1012 ioni anorganici (Cl -, Na+, Mg2+, K+,
SO42-, HCO3-, CO32-), la care se adaug Fe, Mn, Cu, Zn, Mb.
Microorganismele din apele dulci sunt halofobe, care transferate n mediul marin mor
ntr-o perioad scurt de timp; cele halotolerante supravieuiesc n mediul marin, dar cresc mai
lent dect n mediul lor natural; microorganismele halofile, autohtone n mediul salin, nu se
dezvolt n apele dulci, prefernd o salinitate de 2,5 4%. Majoritatea microorganismelor

halofile nu au nevoie de o presiune osmotic crescut a mediului, ci unele au nevoie absolut de

Na+, iar altele de Cl-. Devierea de la salinitatea optim are consecine negative asupra bacteriilor,
producnd modificri morfologice sau fiziologice (celulele cocoide i cele bacilare devin
filamentoase, durata unei generaii este prelungit).
Halofilia este frecvent ntlnit la alge, cianobacterii i la bacteriile care fac fotosintez
anoxigenic. Bacteriile chemoheterotrofe marine autohtone sunt reprezentate de genuri ca:
Vibrio, Alteromonas, Alcaligenes, Pseudomonas.
Durata unei generaii n cazul bacteriilor oligotrofe este de 4 8 ore. Incapacitatea lor de
a se dezvolta pe medii bogate n nutrieni s-ar datora probabil producerii unor metabolii toxici.
Microbiota apelor curgtoare
n izvoare microbiota este foarte redus, format din microorganisme provenite din apele
freatice sau din straturile de sol splate n trecerea spre suprafa. Sunt prezente n special
bacterii Gram negative (Pseudomonas) i forme prostectae (Caulobacter).
Izvoarele termale, acide sau srate, au temperaturi de peste 50C, care permit
dezvoltarea numai a microorganismelor procariote.
Izvoarele minerale care conin, de exemplu, compui ai Fe, sunt populate de ferobacterii
(Gallionella).
Rurile prezint un numr mare de factori variabili (viteza de curgere, debitul,
adncimea, coninutul mineral). Cursul superior este mai pur i mai clar, cu grad ridicat de
oxigenare, rapid, cu temperatur i grad de productivitate reduse. n cursul mijlociu ncep s se
manifeste influene antropogene. Cursul inferior este lent, cu turbiditate crescut, depunere de
sedomente, putnd fi poluat cu pesticide, ape uzate, ngrminte, metale grele, compui toxici.
Dup gradul de poluare apele pot fi: oligosaprobe (cu coninut redus de substan
organic i concentraie mare de oxigen), mezosaprobe (cu grad mediu de poluare i diminuarea
concentraiei de oxigen), polisaprobe (cu grad mare de poluare i concentraie redus de oxigen).
Microbiota rurilor este heterogen, n funcie de condiiile locale. Microorganismele
alohtone provenite din sol i din diferite surse de contaminare se adaug celor autohtone. Cele
alohtone nu supravieuiesc deoarece nu se pot adapta la condiiile oligotrofe i sunt sensibile la
aciunea radiaiilor UV i a bacteriofagilor.
Lacurile sunt: oligotrofe, eutrofe (mai puin adnci i eutrofe -bogate n nutrieniconinnd un numr mare de organisme saprobionte; microorganismele aerobe sunt treptat
nlocuite cu cele anaerobe, bacterii sulfat reductoare i sulfuroase incolore), distrofice (ape cu o
cantitate mare de substane organice dizolvate i fragmente de esuturi vegetale).
Lacurile cu ap dulce au o microbiot heterogen: eubacterii, actinomicete, cianobacterii,
microfungi, microalge, protozoare. Lacurile cu ap srat sunt populate de un numr redus de
bacterii halotolerante i n special halofile, care conin frecvent vacuole cu gaze ce le permit
deplasarea pe vertical i pigmeni carotenoizi cu rol protector fa de intensitatea mare a luminii
solare.
Mediul marin este unic prin suprafaa i volumul foarte mari, salinitatea relativ mare,
temperatura sczut i un gradient de presiune n raport cu adncimea. Microbiota marin este
alctuit din:
- microorganisme autohtone, permanente, adaptate la condiiile mediului marin;
- microorganisme alohtone, temporare, care contamineaz mrile provenind din sol,
aflueni, ambarcaiuni, fiind frecvente n zonele litorale i supravieuind scurt vreme;

microorganisme ubicvitare, care sunt comune solului i mediului marin (de exemplu
Welchia perfringens).
Bacteriile marine nu se dezvolt sau se dezvolt slab n absena NaCl, sunt oligotrofe,
psihrofile, cu excepia celor din apele de suprafa. n funcie de habitat sunt barofobe,
barotolerante sau barofile, sunt frecvent cromogene. Majoritatea sunt Gram negative, mobile,
aerobe, facultativ anaerobe, iar cele din adncul sedimentelor sunt obligat anaerobe. Pot fi
fototrofe, chemoautotrofe sau heterotrofe.
Se ncadreaz n grupele funcionale de bacterii nitrificatoare i denitrificatoare, sulfoxidante i sulfat-reductoare, ferobacterii, bacterii proteolitice, chitinolitice, celulozolitice,
uneori patogene pentru organismele marine. Se ntlnesc frecvent bacterii din genurile:
Alcaligenes, Alteromonas, Corynebacterium, Flavobacterium, Bacillus, Pseudomonas, Sarcina,
Spirillum, Vibrio, Streptomyces.
Cianobacteriile marine sunt rspndite ubicvitar, foarte multe fiind halotolerante. Unele
dintre ele produc nfloriri n zonele eutrofizate (Anabaena flosaquae, Nodularia spumigena).
Fungii marini sunt reprezentai de specii autohtone halofile sau de specii terestre ori
limnetice halotolerante. Levurile sunt reprezentate de aproximativ 200 de specii (Candida,
Saccharomyces, Torulopsis).
Algele marine sunt productorii primari, eseniali pentru viaa din mediul marin.
Formeaz fitoplanctonul, majoritatea sunt fotoautotrofe, dar unele cresc i heterotrof la ntuneric.
Sunt clorofite, diatomee, dinoflagelate, rodoficee, euglenofite.
Protozoarele marine sunt flagelate, rizopode, ciliate, componente ale zooplanctonului,
cele autohtone cu un grad ridicat de halofilie.
Microorganismele din adncuri se caracterizeaz prin ritmul lent al metabolismului,
datorit disponibiulitii reduse a nutrienilor, presiunea hidrostatic mare i temperatura sczut
a mediului.
Microbiota organismului animal
Colonizarea organismului animal cu diferite specii de microorganisme ncepe la
natere, procesul fiind benefic att pentru microorganisme, ct i pentru gazd. Ftul este steril n
uter, dar se infecteaz n cursul naterii de la mam i de la orice surs din mediu la care este
expus. n cursul procesului de colonizare, multe microorganisme contaminante mor, deoarece nu
se pot adapta. La sugarul hrnit la sn primele bacterii din sistemul digestiv sunt cele din genul
Lactobacillus, urmate dup 1 2 zile de cele din genul Bifidobacterium, care devine
predominant numeric. Ulterior se instaleaz alte specii facultativ aerobe (Escherichia coli,
Streptococcus faecalis).
Modificarea microbiotei este important cnd se trece la alimentaia solid, aprnd n
intestinul gros bacterii strict anaerobe, numrul celor facultativ anaerobe scznd progresiv.
Mecanismele colonizrii sunt puin cunoscute; microorganismele trebuie s nving
sistemele de eliminare, fluxul unidirecional al lichidelor pe suprafaa epiteliilor, peristaltismul
intestinal, sistemele imunitare locale i variaia pH-ului, precum i competiia cu alte
microorganisme.
Microbiota normal a tractului respirator este reprezentat de un numr mic de
microorganisme. La nivelul cilor respiratorii superioare (nazofaringe) se ntlnesc n special
Staphylococcus aureus i specii coagulaznegative (Corynebacterium, Peptostreptococcus,
Fusobacterium). n nazofaringe predomin specii de Streptococcus (-hemolitici) i Neisseria.

10

Colonizarea cu N. meningitidis atinge un procent de pn la 95% la adulii tineri din aglomerrile

umane. n orofaringe predomin cocii Gram pozitivi i Gram negativi, cei anaerobi depindu-i
pe cei aerobi n proporie de 100/1. Cile respiratorii inferioare sunt sterile.
Microbiota tractului digestiv depinde de diferitele zone ale acestuia, care prezint
habitate caracteristice.
n saliv i pe suprafaa limbii se ntlnesc streptococi din grupul viridans (Streptococcus
salivarius). Suprafaa dinilor este colonizat cu S. sanguinis, S. mutans, iar mucoasa oral cu S.
vestibularis. S. pyogenes, care produce faringita streptococic, poate coloniza temporar
persoanele sntoase.
La nivelul orofaringelui se gsesc i ali coci Gram pozitivi (Peptostreptococcus), coci
Gram negativi anaerobi, bacili Gram pozitivi (Corynebacterium, Lactobacillus), bacili Gram
negativi anaerobi (Fusobacterium, Bacteroides, Haemophilus influenzae, H. parainfluenzae).
Din grupul fungilor, Candida albicans se gsete aproape la toi indivizii. Protozoarele din
orofaringe sunt reprezentate de Entamoeba gingivalis i Trichomonas tenax, dar nu produc boli.
Ecosistemul gastrointestinal este complex, deschis, integrat i format din mai multe
habitate pentru microorganisme. Fiecare habitat este colonizat de mai multe specii de
microorganisme autohtone.
Stomacul este considerat steril, deoarece este un habitat ostil dezvoltrii
microorganismelor. El poate conine ns microorganisme ingerate odat cu alimentele i apa (la
animalele coprofage acest fenomen este foarte accentuat). Bacteriile care pot fi prezente sunt
acidotolerante: Lactobacillus, Streptococcus, Helicobacter pylori, ultimul fiind cauza ulcerului
gastric i asociat cu malignitatea gastric.
n intestinul subire microbiota este limitat, predominnd anaerobii (Lactobacillus,
Streptococcus, Candida albicans, Bacteroides, Clostridium). n poriunea terminal (ileon) pot fi
gsite bacterii provenite din colon, mai ales dac are loc o obstrucie a tractului intestinal.
n intestinul gros microbiota este reprezentat de cteva sute de specii bacteriene
intolerante la O2, dintre care puine au fost cultivate in vitro i identificate. Microorganismele
alohtone devin semnificative dac depesc 106 celule/g de coninut intestinal i provin din
alimentele ingerate sau din etajele superioare ale tractului digestiv.
La om, numrul speciilor strict anaerobe este de peste 1011 celule/g, n care predomin
Bacteroides fragilis, Bifidobacterium, Enterococcus, iar coliformii sunt numai n proporie de 0,1
1%. n colonul normal nu se gsesc protozoare. Bacteriile coliforme din colon pot produce
infecii urogenitale.
Microbiota normal a intestinului realizeaz fermentaia bolului intestinal, grbete
tranzitul digestiv, are funcie de barier antiinfecioas, uneori furnizeaz vitamine din grupul B.
Tractul urogenital este steril cu excepia uretrei i a vaginului. Microorganismele pot
migra ascendent prin uretr, dar de obicei sunt rapid eliminate de anticorpii din secreii i de
fluxul urinar descendent.
Uretra feminin este colonizat de lactobacili, streptococi i stafilococi coagulaz
negativi. Microorganisme de origine fecal pot infecta uretra i dac ajung n vezica urinar
prolifereaz i determin infecii urinare (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Enterococcus
faecalis, Candida albicans).
Microbiota vaginal este abundent i diversificat. Predomin lactobacilii, deoarece sunt
acidotolerani. Ali anaerobi vaginali sunt: Bifidobacterium, Peptostreptococcus, iar dintre
aerobi: Staphylococcus, Streptococcus, Corynebacterium, Mycoplasma, Candida.

11

Microbiota pielii este reprezentat de un numr mic de microorganisme comparativ cu

alte habitate oferite de organismul animal. Unele sunt rezidente pe suprafaa pielii, altele sunt
tranzitorii, provenind din mediul extern, altele sunt endogene. Pe suprafaa pielii bacteriile
anaerobe sunt mai numeroase dect cele aerobe, predominnd bacteriile n raport cu levurile, n
special cele Gram pozitive: Staphylococcus, Micrococcus, Corynebacterium, Propionibacterium.
Bacteriile Gram negative sunt sensibile la aciunea detergenilor, de aceea colonizeaz
tranzitoriu suprafaa pielii. Microorganismele prolifereaz n mediul umed, de aceea pielea feei,
aria perirectal sau perigenital au o microbiot mai complex.
Microbiota din rumen este reprezentat de o comunitate microbian complex, alctuit
din bacterii specifice anaerobe, protozoare ciliate i flagelate, puini fungi anaerobi. Bacteriile
pot fi libere, imobile sau mobile, ori aderente la celulele mucoasei ruminale prin intermediul
fimbriilor, glicocalixului sau polizaharidelor extracelulare. Activitatea bacteriilor este de
degradare a materialului vegetal, fr a avea o eficien prea mare. Se ntlnesc: Bacteroides
amylogenes, B. ruminicola, Clostridium locheadii, Ruminococcus albus.

12