Laborator imagistica

Imagini in format DICOM

In manipularea imaginilor medicale (obtinute prin tomografie computerizata, rezonanta magnetica nucleara, ecografii
etc.) sunt utilizate doua formate specifice: ANALYZE si DICOM.
Formatul ANALYZE este specific programului cu acelasi nume, produs de firma Biomedical Imaging Resource. Un
document ANALYZE este format din doua fisiere: unul contine o serie de informatii referitoare la pacient, institutie
etc., (se numeste header si are extensia .hdr); celalalt fisier contine infomatiile de imagine si are extensia .img.
Standardul DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) a fost creat de National Electrical
Manufacturers Association (NEMA) cu scopul reglementarii distributiei si vizualizarii imaginilor obtinute in urma
investigatiilor medicale. Este superior formatului ANALYZE prin faptul ca un document DICOM este continut intr-un
singur fisier, compus din doua parti:
- un header, ce contine informatii despre pacient, data prelevarii imaginilor, institutia, dispozitivul utilizat, tipul de
imagini etc.;
- continutul de imagine propriu-zis
Datorita faptului ca in urma investigatiilor CT si RMN se rezulta serii de imagini succesive ("sectiuni"), se obtin
grupuri de imagini DICOM, fiecare dintre acestea continand header-ul corespunzator.
Imaginile in format DICOM pot fi gasite sub doua forme:
- un director ce contine toate fisierele respective;
- o baza de date ce contine fisierele si un index (DICOMDIR).
Imaginile se pot deschide individual (fisier cu fisier) sau in serie, selectand tot directorul respectiv.
Pentru citirea si vizualizarea imaginilor DICOM se utilizeaza programe dedicate, care ofera si o serie de facilitati
suplimentare, cum ar fi:
- citirea si interpretarea header-ului;
- navigarea prin seria de imagini;
- efectuarea de masuratori pe imagine;
- efectuarea de notatii pe imagine;
- modificarea contrastului si luminozitatii imaginii;
- aplicarea unor filtre pe imagine;
- calcularea unor marimi statistice la nivel de pixel;
- recontructia 3D a corpului investigat.
In general nu se pot regasi toate facilitatile intr-un singur program, din acest motiv trebuie evaluate mai multe
variante. Variantele free au, deasemenea, specificatia utilizarii numai in scop de vizualizare si nu in scop medical
(diagnostic etc.)

AGNOSCO DICOM VIEWER

Permite vizualizarea imaginilor DICOM, vizualizarea
header-elor, efectuarea de masuratori, navigarea prin seria de
imagini, exportarea imaginilor prin copiere in clipboard.
Pentru deschiderea unei serii de imagini DICOM se utilizeaza
comanda OPEN DIRECTORY, din bara de unelte HOME. In
fereastra aparuta (fig.1) se cauta directorul ce contine
imaginile. Se observa existenta unei ferestre ce afiseaza
principalele informatii din header
Dupa importare se poate naviga prin seria de imagini folosind
comanda SLICE NAVIGATION din bara HOME.
In partea dreapta a ferestrei principale (fig.2) sunt
disponibile informatiile din header, in doua variante: cele
principale (in tab-ul INFO), complete (tab-ul ALL) si cele
referitoare doar la imagine (tab-ul IMAGE).
Pentru manipularea imaginii sunt disponibile o serie de
comenzi in zona VIEW din bara HOME (fig.3), precum si doua
cursoare pentru contrast WW (window width)si luminozitate
WL (window length-c enter), amplasate in partea dreapta jos.

Fig.1

Fig.2

Fig.3
Programul ofera si doua comenzi de optimizare a vizualizarii (COLOR SCHEME si LUT PRESETS)
care permit aplicarea unei culori artificiale asupra imaginii, respectiv aplicarea unor combinatii
prestabilite de contrast-luminozitate.
In bara TOOLS (fig.4) sunt disponibile o serie de comenzi pentru manipularea imaginii si pentru
efectuarea de masuratori pe imagine.

Fig.4

Exercitii
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "BRAINIX" si sa se vizualizeze seriile.
Sa se efectueze masuratori liniare si unghiulare si sa se observe modul de afisare al rezultatelor.
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "Vasculaire ANGIO_AORTE (Adulte)" si sa se observe
calitatea imaginilor.

MITO - Medical Imaging Toolkit

Permite vizualizarea imaginilor DICOM, vizualizarea header-elor
(numai cu valorile etichetelor nu si a semnificatiei acestora),
efectuarea de masuratori, navigarea prin seria de imagini,
reconstructia 3D a obiectului investigat.
Fereastra principala (fig.5) contine trei zone:
- principalele informatii din header;
- imaginea curenta;
- un browser in care sunt vizible toate imaginile din serie.
Fig.5
Pentru deschiderea unei serii de imagini DICOM se utilizeaza comanda
IMPORT STUDY, din bara de unelte. Fereastra aparuta este clasica (fig.6),
oferind posibilitatea cautarii directorului ce contine imaginile.
MITO permite exportarea imaginilor atat in format .bmp si DICOM, cat si crearea
secventelor tip baza de date cu indexul DICOMDIR. Se foloseste una din
comenzile FILE - EXPORT - BMP / DICOM / DICOMDIR
Pentru vizualizarea completa a header-ului se foloseste comanda FILE - SHOW
DICOM HEADER. Spre deosebire de Agnosco, aici nu sunt vizibile
semnificatiile etichetelor din header, ci doar valorile acestora, fig.7.
Este disponbila si posibilitatea modificarii informatiilor, considerate private, din
header folosind comanda FILE ANONYMIZE. In fereastra aparuta (fig.8) sunt
amplasate campurile respective.
Pentru investigarea si modificarea 2D a imaginii este disponibila comanda 2D
VIEWER amplasata in bara principala de unelte.
La activarea comenzii se deschide o noua fereastra ce contine instrumente
pentru manipularea imaginii, efectuarea de masuratori pe imagine, definirea ROI
(Region Of Interest - zone din imagine care odata definite sunt regasite pe toate
imaginile din serie)

Fig.6

Fig.7

Pot fi personalizate butoanele de la mouse, fig.9.

Fig.9
Pentru vizualizarea 3D se activeaza comanda 3D DIRECT VR
din bara principala de unelte sau 3D VIEWER - DIRECT
VOLUME RENDERING, din fereastra 2D Viewer. Se obtine o
reconstructie a obiectului original, fig.10.

Fig.8

Este posibila si vizualizarea

unor sectiuni prin
reconstructia 3D, folosind
comenzile din meniul
INTERACTION - CROP /
PAN. Actionand asupra
punctelor de manipulare, se
pot obtine diferite pozitii ale
planelor de sectionare, fig.11.

Fig.10

Fig.11

Exercitii
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "BRAINIX" si sa se vizualizeze seriile (2D).
Sa se efectueze masuratori liniare si unghiulare si sa se observe modul de afisare al rezultatelor.
Sa se afiseze reconstructia 3D si sa se execute sectionari folosind comanda CROP
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "Vasculaire ANGIO_AORTE (Adulte)" si sa se observe
calitatea imaginilor (aceste imagini nu pot fi vizualizate 3D deoarece ele deja reprezinta un volum).

Weasis
Permite vizualizarea imaginilor DICOM, vizualizarea
header-elor, efectuarea de masuratori, navigarea prin seria de
imagini, modificarea atributelor imaginii.
Fereastra principala (fig.12) contine trei zone:
- bara de unelte;
- un explorer in cre sunt afisate seriile deschise;
- imaginea curenta.

Fig.12
Pentru deschidera unei serii de imagini DICOM se utilizeaza fie butonul din explorer (IMPORT), fie
comanda FILE - OPEN / IMPORT DICOM.
In fereastra aparuta se identifica directorul ce contne seria de imagini si se apasa butonul IMPORT
AND CLOSE.
Navigarea prin imaginile seriei se face cu ajutorul cursorului vertical amplasat in partea dreapta a
imaginii.

Instrumentele de masurare sunt disponibile in tab-ul MEASUREMENT, amplasat in partea dreapta-sus a ferestrei
principale.
In aceeasi zona sunt dispuse tab-urile:
- DISPLAY: selectarea atributelor afisate pe imagine
- IMAGE TOOL: modificarea contrastului (WINDOW) si a luminozitatii (LEVEL), aplicarea unei scheme de culoare
(LUT), modificarea scarii de afisare, rotatia imaginii, precum si vizualizarea navigarii automate prin seul de imagini.
- MINI TOOL: pastrarea in fereastra doar a cursorului
Afisarea informatiilor din header este disponibila prin particularizarea vederii principale, cu ajutorul butonului:
amplasat in bara principala de unelte.

Este posibila personalizarea comenzilor de la butoanele mouse-lui, fig.13.

Fig.13
Weasis permite exportul catre formatele: JEG, PNG, TIFF. Deasemenea, poate exporta imaginilesi in
baze de date indexate DICOMDIR.
Interfata grafica se poate personaliza prin comanda FILE - PREFERENCES. In fereastra aparuta se pot
alege diferite limbaje (General-Region&Language - este disponibila si limba romana), diferite scheme
grafice (General -Look&Feel), sensibilitatea de actionare a mouse-ului (2D-DICOM VIEWER), valorile
afisate pe imagine la masuratori pentru diferite instrumente (Labels on image), valorile statistice calculate
la nivel de pixeli (Labels on image - pixel statistics) etc.

Exercitii
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "BRAINIX" si sa se vizualizeze seriile (2D).
Sa se efectueze masuratori liniare si unghiulare si sa se observe modul de afisare al rezultatelor.
Sa se deschida seturile de imagini din folderul "Vasculaire ANGIO_AORTE (Adulte)" si sa se observe
calitatea imaginilor..