Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
16.11.2011
ENZIME
Caracteristici generale ale enzimelor
nsuiri caracteristice enzimelor
Complexul ES
Centrul activ al enzimelor
Ce sunt enzimele ?
catalizatori ai reaciilor chimice din
organismele vii
Structur:
a. enzime cu structura strict proteic:
ribonucleaza
chimotripsina
lizozimul din mucusul nazal i lacrimi;
CO2 + H2O
H2CO3
2 H2O2
2 H2O + O2
C.Specificitate
1. de reacie
2. de substrat:
-absolut
-relativ: -de grup
-mai larg
3. stereospecificitate
1.Specificitate de reacie
Substrat + Reactant
clasificarea enzimelor:
Oxido-reductaze;
Transferaze;
Hidrolaze;
Liaze;
Ligaze.
Produi
2.Specificitate de substrat
(selectivitate n alegerea substratului)
a.Specificitate absolut
E utilizeaz ca S un singur compus chimic:
-ureaza catalizeaz hidroliza ureei:
H2 N
CO
NH2 + 2 H2O
CO2 + 2 NH3
H2O
N+(CH3 )3
-anhidraza carbonic
H3 C COOH + H2 C
HO
CH2
N+(CH3 )3
b.Specificitate relativ:
de grup
E catalizeaz un tip de reacie pentru o familie de compui
R CH2 OH
Alcool dehidrogenaza
NAD+
R CH
NADH + H+
Vitamina PP
CONH2
CONH2
COOH
O
N
Acidul nicotinic
(niacina)
N
Amida acidului nicotinic
(niacinamida)
H2 C
O-
OH OH
O
O
NH2
N
P O
O
H2 C
OH OR
Nicotinamid-adenin dinucleotid (NAD+)
b.Specificitate relativ
mai larg
Glicozidazele
HO
CH2-OH
O
CH2-OH
O
OH
HO
CH2-OH
O
CH2-OH
O
O
OH
OH
(H, OH)
OH
OH
OH
(H, OH)
OH
OH
CH2-OH
O
OH
HO
HOH2C
2
OH
O
H
HO
CH2 OH
O
HO
Proteazele
Pepsin
NH CH CO
NH CH CO
R2
R3
R3 = fenilalanin, tirozin
metionin, leucin
Tripsin
NH CH CO
NH CH CO
R2
R3
R2 = lizin, arginin
Chimotripsin
NH CH CO
NH CH CO
R2
R3
Carboxil esterazele
O
R
C
O
R1
3.Specificitate stereochimic
Enzimele disting
-un enantiomer levogir de cel dextrogir;
-un izomer cis de cel trans.
COOH
HO
Lactat dehidrogenaza
CH3
Acid L-lactic
COOH
C
NAD+
NADH + H+
CH3
Acid piruvic
COOH
CH2
succinatdehidrogenaza
C
C
CH2
COOH
Acid succinic
COOH
FAD
FADH2
HOOC
Acid fumaric
Vitamina B2
Conine heterociclul numit izoaloxazin NH
CH2
H3C
H3C
CH CH CH CH2 O
P O
OH OH OH
O-
O-
O H2 C
N
O
N
N
OH OH
NH
adenozin
O
lumicrom
lumiflavin
riboflavin
(H)
(H)
(H)
(OH)
(H)
adenozin 5`-monofosfat
(AMP)
E + S
ES
E + Produsi
B
S S
-chimotripsina contine 5 legturi disulfurice
S
C
S
Triada Asp-His-Ser
Centrul activ
conine resturi aa
ce creaz o entitate tridimensional
complementar cu substratul
SH,
NH3+,
COO-
HN
NH
imidazol
Substrat
Enzim
Modelul lact cheie
Complexul ES
Substrat
Complexul ES
Enzim
Modelul centrului indus
Curs 8
23.11.2011
A
T
B
Energia liber
Stare de tranzitie
(reactie necatalizat)
Stare initial
Stare de tranzitie
(reactie catalizat)
Reactanti A + B
Energia total
eliberat
Stare final
Produsi C + D
Durata reactiei
Substrat
Produi
Cataliza covalent
Clasa serinei
Tripsina, Chimotripsina, Elastaza, Acetilcolinesteraza
Clasa cisteinei
Gliceraldehid 3P-dehidrogenaza, Papaina
Clasa histidinei
Glucozo 6-fosfataza, Succinil~CoA sintetaza
Clasa lizinei
D-aminoacid oxidaza, Transaldolaza
Triada Asp-His-Ser
Cataliza acido-bazic
Enzimele conin grupri funcionale care pot
aciona ca donori sau ca acceptori de protoni:
amino, carboxil, sulfhidril, imidazol, hidroxilul
fenolic.
Glucozo-6-fosfat izomeraza
Cinetica enzimatic
Cinetica studiaz reaciile chimice:
desfurarea n timp a reaciei;
factori care influeneaz viteza reaciilor;
etapele intermediare prin care trec
reactanii pn devin produi.
B
d[A]
v
dt
ecuaii cinetice
d[B]
v
dt
Pentru o reacie:
A
Produi
Pentru o reacie:
A+B
Produi
V = K [A]
V = K [A][B]
Activitatea enzimatic
U.I. (unitatea internaional) = activitatea enzimei care
transform 1 mol substrat/minut n cond standard de pH,
temperatur, cofactori
Activitatea molecular = nr. molecule de S transformate n
produs de ctre o molecul de E /secund.
Activitatea specific = nr. de uniti de activitate enzimatic /
mg de protein total.
Constanta catalitic (turn-over number) = nr. de transformri
S
P catalizate de fiecare CA al E n unitatea de timp.
Temperatura;
pH;
[E];
[S];
prezena inhibitorilor
Temperatura
T optim = temp. la care activitatea enzimelor
este maxim
activitatea
enzimatic
%
100
50
20
40 Toptim 60
temperatura
pH
pH-uri extreme denatureaz enzimele
Variaii mici de pH n zona de stabilitate a enzimei
modific v.
amilaza salivara
Pepsina
Fosfataza
alcalin
[E]
[S] = constant, v este proporional cu
cantitatea de enzim
activitatea
enzimatic
%
concentratia enzimei
K1
ES
K2
K3
E + Produs
saturatie
vmax
2
KM
concentratia substratului
K1
E+S
K2
Etapa rapid
ES
K3
Etapa lent
La echilibru
v 1 = v 2 + v3
K1[E][S] = K2[ES] + K3[ES]
K1[E][S] = [ES](K2 + K3)
E + Produs
KM
KM este o msur a afinitii dintre E i S
afinitile enzimelor pentru substraturile lor
sunt cu att mai mari
cu ct valorile KM sunt mai mici
[E ][S] K 2 K 3
KM
[ ES]
K1
Vmax .[ S ]
K M [S ]
activitatea
enzimatic
vmax
saturatie
vmax
2
KM
concentratia substratului
2
K M [S]
K M [S]
Vmax .[ S ]
K M [S ]
1 KM 1
1
V Vmax [ S ] Vmax
1/V
Panta = KM/Vmax
1/Vmax
- 1/KM
1/[S]
inhibitor
Inhibiia ireversibil
legturi covalente ntre E i I
E + I
EI
diizopropil-fluorofosfatului (DIFP)
inhib acivitatea serin enzimelor
NH CH
NH
CO
CH2
OH
+
F
CH3
HC
CH3
P
O
DIFP
CH CO
CH2
- HF
CH3
O CH
CH3
CH3
HC
CH3
O
O
P
O
CH3
O CH
CH3
CO
CN
Inhibiia reversibil
E + I
EI
Ce efecte are Ic
asupra celor doi parametrii cinetici
vmax i
KM ?
EI
ES
E + Produsi
+ Ic
1/V
vmax
saturatie
+ Ic
vmax
1/Vmax
2
KM K `
M
concentratia substratului
- 1/KM
- 1/KM` 0
1/[S]
Succinat dehidrogenaz
CH2
COOH
Acid succinic
COOH
FAD
FADH2
HOOC
Acid fumaric
Sulfanilamida
Folat sintetaza, la bacterii este pclit i sintetizeaz un
intermediar cu sulfanilamid n locul acidului para-aminobenzoic care nu se poate transforma n acid folic.
Cum acidul folic este indispensabil bacteriilor, acestea
mor.
NH2
NH2
OH
N
5
N
H2 N
10
9
CH2 NH
COOH
CO
NH CH
CH2
CH2
N
acid p-aminobenzoic
pterina
acid pteroic
COOH
acid glutamic
Metotrexat
N
H 2N
N
H
COO-
O
CH2 N
R
N
H
R=H
aminopterin
R= -CH3 metotrexat
CH
O
CH2 C
O-
Inhibiia reversibil
necompetitiv
Substratul i inhibitorul necompetitiv (In)
nu sunt analogi structurali
nu au dimensiuni comparabile
In nu se leag n centrul activ
E+S
+
I
ES
+
I
EI + S
ESI
E + Produsi
activitatea
enzimatic
1/v
vmax
v`max
+ Ic
vmax / 2
+ Ic
1/v`max
v`max / 2
1/vmax
KM
concentratia substratului
- 1/KM
1/[S]
Se modific Vmax
KM nu se modific n prezena inhibitorului
Pb inhib ferochelataza
E+S
ES
+
I
ESI
E + Produsi
Curs 9
30.11.2011
Enzime alosterice
Reglarea cantitativ a enzimelor
Reglarea eficienei catalitice
Complexe multienzimatice
Antienzime
Izoenzime
Enzime alosterice
Sunt proteine oligomere (dimeri, tetrameri,
etc.)
activitatea
enzimatic
vmax
vmax / 2
KM
concentratia substratului
centru izosteric
leag substratul
Activatori alosterici
Inhibitori alosterici
activitatea
enzimatic 100
%
50
vmax
3
1 2
KM
[S]
Alosteria
capacitatea unor liganzi de a modifica funciile
unor proteine
prin
inducerea unor tranziii alosterice (modificri
conformaionale).
ireversibile, cu Go < 0
-au structur cuaternar
Modelul simetric
Subunitile dimerului, pot avea dou
conformaii;
-R (relaxat) cu afinitate mare pentru
substrat
-T (tensionat) cu afinitate mic pentru
substrat.
La enzimele heterotrope:
Activatorii stabilizeaz starea R
Efectorii negativi stabilizeaz starea T
Modelul secvenial
Hemoglobina fixeaz
O2 prin cooperativitate (homotrop)
coordonat de factorii: H+; CO2; 2,3-DPG
(heterotrop)
eficiena enzimelor
Aminoacizi
Ks
Kd
Proteine
Enzimele constitutive: Ks = Kd
Catalizeaz procese fundamentale pentru
existena celulei.
Se gsesc n celule n cantiti relativ
constante.
Ele nu sufer fluctuaii mari n raport cu
factorii de mediu.
E1
E2
E3
E1
E2
E3
Produsi
Glucoz
ATP
ADP
Glucozo-6-fosfat
2
Etapa hexozelor
Fructozo-6-fosfat
ATP
ADP
Fructozo-1,6-bisfosfat
4
Gliceraldehid-3-fosfat
Dihidroxiaceton-fosfat
H3PO4
NAD+
5
NADH + H+
1,3-Bisfosfoglicerat
ADP
ATP
3-Fosfoglicerat
7
2-Fosfoglicerat
8
H2O
Fosfoenolpiruvat
ADP
ATP
Piruvat
Etapa triozelor
activitatea
enzimatic
vmax
vmax / 2
KM
concentratia substratului
Glucoz + ATP
Glucozo-6-P + ADP
Hexokinaza:
-prezent n toate esuturile extrahepatice,
-are afinitate mare pentru glucoza (KM = 0,15 mM)
-esuturile preiau glucoza din snge la orice valoare
a glicemiei
Glucokinaza:
-prezent numai n ficat
-are afinitate mic pentru glucoza (KM = 10 mM)
- este activ dup ingestia de glucide
CH=O
H
OH
HO
OH
C
H2C
OH
OH
Glucoz
H2C
CH=O
ATP ADP
Hexokinaza
Mg2+
HO
OH Glucozo-6-fosfat
OH
OH
OH
OH
HO
C
H2C
OH
izomeraza
OPO 3 H 2
Glucozo-6-fosfat
H2C
OPO 3 H 2
Fructozo-6-fosfat
E1
E1
E2
E2
E3
Produsi
E3
P1
E4
P2
Reglarea covalent
Apare la organismele superioare
i presupune activare prin
ruperea unor legturi covalente
enzime interconvertibile
ATP
proteinkinaze
Enzim (Ser-OH)
ADP
Enzim (Ser-OP)
forma defosfo
forma fosfo
fosfataze
Pi
H 2O
Activarea se face
sub influena factorilor de mediu i
Autocatalitic
printr-un proces ireversibil de rupere a unor legturi
peptidice specifice.
Transformarea
Tripsinogen
enteropeptidaz
tripsin
Transformarea
chimotripsinogen
chimotripsin
B
S S
-chimotripsina contine 5 legturi disulfurice
S
C
S
In intestin
Tripsinogen
Enteropeptidaz
Chimotripsinogen
Chimotripsin
Procarboxipeptidaza A
Tripsin
Carboxipeptidaza A
Procarboxipeptidaza B
Carboxipeptidaza B
Calea intrinsec
Calea extrinsec
Kalikrein, Kininogen
Traum tisular
Factor XII
Factor XIIa
Factor tisular
Factor XI
Factor XIa
Factor VIIa
Factor IX
Factor VII
Factor IXa
VIIIa
VIII
Factor X
Factor X
Factor Xa
Va
V
Protrombina
II
Trombin
Fibrinogen
I
Fibrin
Factor XIII
Factor XIIIa
Plasmin
Cheag de fibrin
Peptide solubile
a. tripsina
b. chimotripsina
c. elastaza
d. pepsina
e. carboxipeptidaza
Antienzimele
antitrombina III
1 antiproteaza
(denumit i 1 antitripsina)
Antitrombina III:
-prezent n plasm;
1-antiproteaza:
-protein plasmatic;
-este 1-globulin
inhib elastaza, tripsina i alte proteaze
1-antiproteaza sintetizat
de ficat
de monocitele i macrofagele alveolare
are rol n protejarea esuturilor de aciunea elastazei
Izoenzimele
Izoenzimele:
- proteine oligomere
-catalizeaz aceeai reacie n toate
esuturile;
-difer prin:
structur
distribuie tisular.
HM3,
sau
dup mobilitatea electroforetic
LDH1
LDH5
M4
Reacia catalizat:
Lactat dehidrogenaza
H3 C
H3 C
CH COOH
OH
Acid L-lactic
NAD+
NADH + H+
COOH
O
Acid piruvic
M4 i M3H
muchi scheletici i ficat
afinitate mare pentru piruvat
Fosfo-creatin + ADP
Activitatea CK2
n plasm la 24
ore dup infarct
Ore
Infarct
Activitatea LDH
n plasm la 36 40 ore de la
infarct
Complexe multienzimatice
Asamblri de proteine ntr-un complex, cu
scopul de a crete eficiena global a
procesului.
Rolul lor:
cataliza coordonat a unei succesiuni de
reacii;
minimalizarea unor reacii secundare.
Exempl: acid gras sintaz, complexul piruvat
dehidrogenazei, etc.
Curs 10
Denumirea enzimelor
Clasificarea enzimelor
Lipide
AG
TG
Fosfatide
7.12.2011
Clasificarea i denumirea
enzimelor
Denumirea enzimelor
se pot utilza trei modaliti:
-adugarea sufixului az la numele
substratului (zaharaz, ureaz, glucozidaz)
-denumire dup aciunea specific a enzimei
(guanilat ciclaz, lactat dehidrogenaz, glutation
reductaz)
-denumiri particulare fr legtur cu reacia
catalizat: pepsin, chimotripsin, tripsin.
Clasificarea enzimelor
Sunt 6 clase de enzime dup tipul de reacie
catalizat:
1.Oxidoreductaze
2.Transferaze
3.Hidrolaze
4.Liaze
5.Izomeraze
6.Ligaze
SH2 + Co
Sox + CoH2
Vitamina PP
CONH2
CONH2
COOH
O
N
Acidul nicotinic
(niacina)
N
Amida acidului nicotinic
(niacinamida)
H2 C
O-
OH OH
O
O
NH2
N
P O
O
H2 C
OH OR
Nicotinamid-adenin dinucleotid (NAD+)
H3C
H3C
Vitamina B2
Conine heterociclul numit izoaloxazin
NH2
N
CH2
CH CH CH CH2 O
OH OH OH
P O
O H2 C
-
OH OH
NH
adenozin
O
(H)
lumicrom
(H)
lumiflavin
riboflavin
flavin mononucleotid (FMN)
flavin adenin dinucleotid (FAD)
(H)
(OH)
(H)
adenozin 5`-monofosfat
(AMP)
Sox + CoH2
SH2 + Co
Oxidazele catalizeaz
transferul de echivaleni reductori de la un substrat
la dioxigen,
reducndu-l fie la ap, fie la peroxid de hidrogen:
SH2 + 1/2 O2
Sox + H2O
SH2 +
Sox + H2O2
O2
SH2 +
HOOH
Sox + 2 H2O
CH CH
+ O2
CH O + O
CH
H3 C
CH3
CH3
H3 C
CH3
CH3
-caroten
CH3
caroten dioxigenaza
H3 C
CH3
CH
CH3
CH3
CH3
Retinal (retinalaldehid)
Oxidare
Reducere
H3 C
CH3
CH3
H3 C
CH3
CH3
H3 C
CH3
CH3
CH2 OH
CH3
CH3
COOH
CH3
Acid retinoic
R1
Transferazele
catalizeaz reacii de transfer a unei grupri de la un donor ctre un
acceptor
AX + BY
AY + BX
Subclase:
Aminotransferaze (transaminaze) catalizeaz transferul
unei grupri amino ntre un amino i un cetoacid.
Coenzima participant este piridoxal fosfatul.
CH COOH + R2
NH2
COOH
R1
C
O
COOH + R2
CH COOH
NH2
HC
HC
CH2 OH
HO
ATP
ADP
HO
CH2 O P
O-
OH3 C
HO
piridoxal-kinaza
N
Piridoxal
H2 C NH2
CH2 OH
N
H3 C
Piridoxamina
ATP
ADP
H3 C
HO
N
Piridoxalfosfat
O
H2 C NH2
CH2 O P
O-
piridoxamin-kinaza
N
H3 C
Piridoxaminfosfatul
O-
COOH
H3 C CH COOH +
NH2
Alanin
COOH
GPT
CH2
CH2
C
H3 C C
O
COOH
Acid-cetoglutaric
COOH
Acid piruvic
CH2
CH2
HC
NH2
COOH
Acid glutamic
COOH
COOH
COOH
COOH
CH2
CH2
CH2
CH2
HC
NH2
COOH
Acid aspartic
GOT
CH2
C
COOH
Acid-cetoglutaric
COOH
Acid oxaloacetic
CH2
HC
NH2
COOH
Acid glutamic
R-CO-OR1 + CoA-SH
Coenzima A - SH
Acid pantotenic
NH CO
CH2
CH2
CH2 NH
C
O
CH C
CH2 O
CH3
ONH2
CH2
O
SH
ADP
Tioetanolamina
OH CH3
P O
O
H2 C
N
O
OH O
P
O-
O-
Glucoz + ATP
Glucozo-6-P + ADP
CH=O
H
OH
HO
OH
C
H2C
OH
OH
Glucoz
H2C
CH=O
ATP ADP
Hexokinaza
Mg2+
HO
OH Glucozo-6-fosfat
OH
OH
OH
OH
HO
C
H2C
OH
izomeraza
OPO 3 H 2
Glucozo-6-fosfat
H2C
OPO 3 H 2
Fructozo-6-fosfat
OH
N
5
N
H2 N
10
9
CH2 NH
COOH
CO
NH CH
CH2
CH2
N
acid p-aminobenzoic
pterina
acid pteroic
COOH
acid glutamic
Transport grupri:
metil (-CH3)
hidroximetil (-CH2OH)
formil (-CHO)
formimino (-CH=NH)
metilen (-CH2-),
H2 C
OH
HC
NH2
COOH
Serin
H
N
5
N
H
FH4
CH2
9
10
CH2 NH
serin hidroximetil
transferaz
N
H2 C
CH2
NH2 +
COOH
Glicin
N
H
N5-metil-FH4 + NAD+
CH3
H2 C
SH
H2 C
HC
+
NH2
COOH
Homocistein
N
5
CH2 NH
N
H
5
N -metil FH4
homocisteinmetiltransferaza
metilcobalamina
H2 C
H2 C
HC
H
N
CH3
+
NH2
COOH
Metionin
N
H
FH4
CH2 NH
transformarea deoxiuridilatului n
deoxitimidilat (folosit n sintez de ADN):
O
O
H3 C
NH
O
O P O H2C
O-
CH2
CH2
timidilat sintaza
+
N
OH H
dUMP
H
5
10
N , N -metilen FH4
NH
O P O H2 C
-
OH H
dTMP
O
+
FH4
Hidrolazele
A-B + H2O
A-H + B-OH
Subclase
Glicozidaze
Peptidaze
NH 2
N
O
-
P
O
O
-
O
-
P
O
O H 2C
HR
NH 2
Adenilatciclaza
H 2C
O
HO
ATP
HO
P
O
OH
AMPc
N
N
NH 2
N
N
O
H 2C
Metilxantine
N
N
N
Fosfodiesteraza
P
O
P
OH
AMPc
O
-
NH 2
Insulin
Ca2+-Calmodulin
O H 2C
-
N
O
HO
HO
5`-AMP
Liazele
catalizeaz reacii de adiie reversibile,
la legturi multiple.
Anhidraza carbonic catalizeaz
hidratarea dioxidului de carbon:
CO2 + H2O
H2CO3
COOH
H
C
C
H
HOOC
Acid fumaric
+ H2O
COOH
Fumaraza
HC
OH
CH2
COOH
Acid malic
Izomerazele
catalizeaz reacii de izomerizare:
Racemazele transform un enantiomer dextrogir
n enantiomerul levogir
(+)-Alanina
(-)-Alanina
D-Glucoz
D-Galactoz
HC
OH
HO
HO
HC
OH
HO
OH
H2C
OH
D-Galactoz
40
HC
HO
HO
OH
OH
OH
OH
H2C
OH
H2C
OH
D-Glucoz
20
D-Manoz
Acid fumaric
Acid maleic
COOH
HC
H2 C
OH
OPO3 H2
Acid 3-fosfogliceric
COOH
mutaz
HC
H2 C
OPO3 H2
OH
Acid 2-fosfogliceric
Ligazele
catalizeaz reacii de condensare cuplate cu scindare de
ATP
A-H + B-OH
A-B
ATP
ADP + Pi
Glutamin
ATP
ADP
COOH
CH2
NH3 +
Glutamin sintetaz
CH2
HC
NH2
COOH
Acid glutamic
NH 2
CH2
CH2
ATP
ADP+Pi
HC
NH2
COOH
Glutamin
aminolevulinat sintaza
glicogen sintaza
NOS - nitric oxid sintaza