Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Nume,prenumebursier
BCANUMANUELAGIANINA
Titlulproiectului
TEHNICI DE BIOLOGIE MOLECULR APLICATE N ANALIZA COMUNITILOR
TEHNICIDEBIOLOGIEMOLECULRAPLICATENANALIZACOMUNITILOR
MICROBIENENSISTEMELERECIRCULANTEDEACVACULTUR
Directiatematica
i
i
i
BIOTEHNOLOGIIPENTRUPROTECIAMEDIULUINCONJURTOR
Tutore
Conf.Dr.RODICADINIC
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Relevanaioportunitateatemeincontextultiinific
actual la nivel naional iinternaional
actuallanivelnaional
i internaional
Tendina actual de a exclude medicamentele de orice fel (scop
alimentar, terapeutic) din administrarea la animale n vederea obinerii
unui aliment ecologic necesit descoperirea unor mijloace naturale ce
pot fi utilizate n acest scop. n ultimii ani de cercetare sa descoperit c
microbiota intestinal la animale joac un rol foarte important n
pstrarea echilibrului sntii i a performanelor de cretere.
Microbiota intestinal este o comunitate dens microbian ce
colonizeaz tractul intestinal contribuind totodat la meninerea
funciilor metabolice ale organismului gazd i avnd rol de protecie
mpotriva agenilor patogeni.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Relevanasioportunitateatemeincontextultiintific
actuallanivelnaionaliinternational
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Obiectiveiactivitipropuseirealizate
PROBA
Izolare ADN
Secveniere
DGGE
A B C D
identificare
diversitate
dinamica
manipulare
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
O1. INFLUENACONDIIILORDEMEDIUIAFACTORILORTEHNOLOGICIASUPRA
MICROBIOTEI DIN AP HRAN I INTESTINUL PETILOR
MICROBIOTEIDINAP,HRANIINTESTINULPETILOR
A 1.1. Caracterizarea ncrcturii microbiene a apei
1.1.1. Determinarea UFC/ml
1.1.2. Analiza statistic a datelor obinute
n cadrul acestei activiti sau calculat unitile formatoare
de colonii (UFC/ml) si raportul de cretere rapid al bacteriilor
(PV3). Rezultatele au fost prezentate sub form de grafice i au aratat o diferen major
ntre numrul de colonii din RAS1 fa de RAS2.
RAS2
A1.2. Extracia ADNului din probele de ap, hran, mucus i coninut intestinal
1.2.1. Analiza condiiilor de realizare a metodelor de extracie
1.2.2. Evaluarea i compararea concetraiilor de ADN
nprimaetapafostextrasANDulpentruap,furajuliintestinul
petilor.ToateprobeledeANDgenomicafostverificatecalitativpe
gel de agaroza iar concentraiile au fost msurate la nanodrop
geldeagarozaiarconcentraiileaufostmsuratelananodrop
prezentandvaloricuprinseintre34,691032,1ng/l.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultate obinute
Rezultateobinute
O1. INFLUENACONDIIILORDEMEDIUIAFACTORILORTEHNOLOGICIASUPRA
MICROBIOTEIDINAP,HRANIINTESTINULPETILOR
A1 3 Realizarea reaciei de polimerizare n lan (PCR) la probele de ap,
A1.3.
ap hran,
hran
mucus i coninut intestinal
1.3.1.Identificarea, analiza i compararea rezultatelor obinute n urma amplificrii
n aceast etap toate probele de ADN genomic au fost multiplicate prin reacia de
PCR si apoi verificate pe gel de agaroz. Un procent de 90% din probe au amplificat.
A1.4. Realizarea gelului DGGE (Denaturation Gradient Gel Electrophoresis)
1.4.1.Evaluarea profilului bacterian a fiecarei probe analizate n gel (Bionumerics)
Sa studiat structura i dinamicii populaiei microbiene cu ajutorul Electroforezei n
Gel cu Gradient de Denaturare. Profilele DGGE au fost analizate cu imagini software
realizanduse clustere ce au artat o grupare a probelor n funcie de provenina lor.
S constatat c microbiota
Sa
i bi
di ap este divers
din
di
ii relativ
l i stabil
bil ii tinde
i d s se
grupeze n funcie de perioada recoltrii. Probele de furaj prezint o microbiot
complex. Iar coninutul i mucusul intetinal prezint o diversitate sczut a
microorganismelor.
g
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
O2. EXPERIMENTRI PRIVIND EFECTUL DIFERITELOR TIPURI DE HRAN
COMUNITILOR MICROBIENE DIN SISTEMELE RECIRCULANTE DE ACVACULTUR
ASUPRA
A 2.1.
2 1 Caracterizarea ncrcturii microbiene a apei
2.1.1. Determinarea UFC/ml
2.1.2. Analiza statistic a datelor obinute
n cadrul acestei activiti sau calculat unitile formatoare de colonii
(UFC/ml) si raportul de cretere rapid al bacteriilor(PV3). Rezultatele
au fost finalizate sub form de grafice constnduse diferene
nesemnificative pe tot parcursul experimentului.
A2.2. Extracia ADNului din probele de ap, hran, mucus i coninut intestinal
2.2.1. Analiza conditiilor de realizare a metodelor de extracie
2.2.2.EvaluareaicomparareaconcetratiilordeADN
nprimaetapafostextrasANDulpentruap,furajuliintestinul
f
l
f
l
l
petilor.ToateprobeledeANDgenomicafostverificatecalitativpegeldeagaroza
iarconcentraiileaufostmasuratelananodropprezentndvaloricuprinseintre
,
,
g/
23,72i218,71ng/l.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultate obinute
Rezultateobinute
O2. EXPERIMENTRI PRIVIND EFECTUL DIFERITELOR TIPURI DE HRAN ASUPRA
COMUNITILOR MICROBIENE DIN SISTEMELE RECIRCULANTE DE ACVACULTUR
A2.3. Realizarea reactiei de polimerizare in lan (PCR) la probele de ap, hran, mucus i
coninut intestinal
2.3.1.Identificarea, analiza si compararea rezultalor obinute n urma amplificrii
Toate probele de ADN genomic au fost multiplicate prin reacia de PCR si apoi verificate pe
gel de agaroz.
A2.4. Realizarea gelului DGGE (Denaturation Gradient Gel Electrophoresis)
2.4.1. Evaluarea profilului bacterian al fiecarei probe analizate n gel (Bionumerics)
Sa studiat caracterizarea structurii i dinamicii populaiei microbiene cu ajutorul
Electroforezei n Gel cu Gradient de Denaturare. Profilele DGGE au fost analizate cu imagini
software
f
realizanduse
l
d
clustere
l
ce au artat
o grupare a probelor
b l n
funcie
f
d provenina lor,
de
l
la fel ca la primul experiment.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
l
b
O3. CERCETRIPRIVINDBIOSECURIZAREASISTEMELORRECIRCULANTEDEACVACULTUR
A3.1.
3 Stabilirea
S bili
structuriiii cantitative
i i ii calitative
li i a microbiotei
i bi i din
di ap,
hran
h ii tubul
b l digestiv
di
i all
petilor
3.1.1.Secventierea tuturor p
probelor cu p
profil microbilogic
g reprezentativ
p
Secvenierea ADNului reprezint indentificarea tipului i succesiunii nucleotidelor dintrun
fragment ADN de analizat. Pentru secvenierea probelor sa utilizat metoda Roche 454
p roseq encing Aceasta este o metod nou
pyrosequencing.
no de evaluare
e al are a diversitii
di ersitii microbiotei utiliznd
tili nd
combinaii de mai multe seturi de primeri pentru amplificarea genei 16S ARNr . n acest
experiment secventierea sa realizat pentru probele de ap, hran, coninut i mucus
intestinal (O1=32 probe; O2=36 probe).
n urma rezultatelor obinute sa constatat o real diferen ntre profilul microbian al
probelor de ap, hran i coninut intestinal fiind ns apropiate pentru acelai tip de prob.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
l
b
O3. CERCETRIPRIVINDBIOSECURIZAREASISTEMELORRECIRCULANTEDEACVACULTUR
3.1.2. Analiza datelor obinute n urma secvenierii
n analiza datelor obinute n urma secvenierii sau folosit urmatoarele programe:
QIIME este utilizat n ecologia microbian n analiza cantitativ a microbiotei. Proceseaz
date pentru studiul secvenierii genei 16S ARNr crend profile taxonomice i filogenetice.
CANOCO este cel mai utilizat instrument cu aplicaii ecologice.
statistic
i i solid
lid de
d date
d
ecologice.
l i
Permite o modelare
PRIMER V6 Este utilizat pe scara larg n analiza statistic a datelor multivariate. Este folosit
ca "standard" p
pentru comunitatea marin;; n domeniul biodiversitii.
Rezultatele au fost
exprimate sub forma de clusterizare ierarhic, de scalare multidimensionala (MDS) si sub
form de componente principale (PCA).
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Simiilaritate%
Rezultateobinute
Probe
Probelesuntgrupatenfunciedeprovenienalor.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Sim
milaritate%
%
Rezultateobinute
Probe
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
O3. CERCETRI PRIVIND BIOSECURIZAREA SISTEMELOR RECIRCULANTE DE ACVACULTUR
3.2.1.Identificarea microorganismelor existente
nurmasecvenieriisaartatcexistomicrobiotcomunpentrutoateprobeleanalizateceeacenseamncexistocorelaientreele.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Rezultateobinute
O3. CERCETRI PRIVIND BIOSECURIZAREA SISTEMELOR RECIRCULANTE DE ACVACULTUR
3.2.1.Identificarea microorganismelor existente
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Tematicadecercetare:
Analiza microbiologic a unor probe de : intestin de pete,
corali, sediment i ap de mare, folosind tehnici de
secveniere de ultim generatie (454 pyrosequencing i
Illumina). Prelucrarea datelor
obinute n urma
secvenierii
i ii folosind
f l i d o suit
i de
d pachete
h
software
f
(Qii
(Qiime,
Canoco i Primer).
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Contribuiioriginalealecercetrilorladezvoltarea
cunoaterii n domeniu i perspective de continuare
cunoateriindomeniuiperspectivedecontinuare
Pe parcursul acestei cercetri sa extins studiul microbiotei intestinale a petelui, a
apei din sistemul de cretere i a furajului administrat utiliznd tehnici de biologie
molecular
Pentru prima dat sau comparat microbiotele acestor probe ntre ele pentru a
gsi corelaii i a putea descrie interrelaiile dintre ele
Studiile finalizate deschid noi perspective de cercetare.
Rezultatele obinute dau informaii complete specialitilor interesai s
manipuleze
p
microbiota existent n RAS n vederea obinerii
unor p
performane
f
n
creterea petilor.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
Diseminarearezultatelor
1. Lucrri publicate n reviste ISI
1.LucrripublicatenrevisteISI
Differences in the gut microbiota between wild and domestic Acipenser ruthenus evaluated by Denaturing Gradient
Gel Electrophoresis
Autori: M. Gianina Bcanu, Lucian Oprea Revista: Romanian Biotechnological Letters
2.Lucrripublicatenrevisteindexatenbazededateinternaionale
p
Aspects regarding the profile of intestinal microbiota on wild populations of starlet (Acipenser ruthenus, Linnaeus,
1758)
Autori: M. Gianina Bcanu, Lucian Oprea, Georgiana Calin Sandu, Gabriela Bahrim, Rodica Dinica, Marilena Maereanu, Dumitru Maereanu
Revista: Analele Universitii Dunrea de Jos Galai
ParticiparealaSimpozionulInternationaldeBiologiesiNutritieBucuresti2012
Participarea
la Simpozionul International de Biologie si Nutritie Bucuresti 2012 culucrarea:,,Theinfluenceoffood
c l crarea The influence of food
qualityongrowthperformanceandintestinalmicrobiotaofsterlet(Acipenserruthenus,Linnaeus,1758)
Prezentareposter
Autori:BcanuM.Gianina,OpreaL.,BahrimG.,DinicR.,BdalanC.,ClinS.G.
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
Contribuiastagiuluipostdoctoralla
dezvoltarea n cariera i perspective viitoare n
dezvoltareancarieraiperspectiveviitoaren
evoluiaprofesional
Stagiulpostdoctoralacontribuitladezvoltareapersonaliacariereiprin:
g p
p
p
Perfecionareandomeniul,,Biotehnologieaplicatntiinaiingineriaalimentelor
prinparticiparealaprogramuldepregtireteoretic
Dezvoltarea
De voltarea unei cariere n domeniul biologiei moleculare privind analiza
anali a complex a
microorganismelor
Integrare n circuitul tiinific internaional, participri la conferine internaionale,
organizate n ar sau strintate
CretereavizibilitiiprinpublicarenrevisteISI
Participarealaunstagiudecercetarenstrintate
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI
POSDRU/89/1.5/S/52432
USAMV Cluj Napoca
UNIVERSITAS
GALATIENSIS
USAMV
CLUJ-NAPOCA
UNIVERSITATEA
POLITEHNICA
BUCURESTI
UNIVERSITATEA
DUNAREA DE JOS
DIN GALATI