Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Definiie
substrat
Produs
NOMENCLATURA ENZIMELOR
NOMENCLATURA ENZIMELOR
NOMENCLATURA ENZIMELOR
prima cifr indic clasa de enzime
A doua cifr indic subclasa, respectiv gruparea sau legtura chimic interesat n
reacie:
CH2OH,
C O,
C CH ,
CH2 NH2
NADH,H+
NAD+
CH3 CH2 OH
ADH
CH3 CHO
CLASELE DE ENZIME
LDH
CH3 C COOH
O
CLASELE DE ENZIME
O C COOH
CH2 COOH
OAA
GOT
CH2
CH2
C O
COOH
-Kg
H2N CH COOH
+
CH2 COOH
Asp
CLASELE DE ENZIME
H3C
CO
+
CH2 CH2 N
Acetilcolina
CH3
CH3 + H2O
CH3
AcChE
H3C COOH + HO
Acid acetic
+
CH2 CH2 N
Colina
CH3
CH3
CH3
CLASELE DE ENZIME
Liazele sunt enzime care produc scindarea substratului prin alte
mecanisme dect cel al hidrolizei
HOOC CH OH
HOOC CH2
Acid malic
Fumaraz
HOOC
C
C
H
COOH
Acid fumaric
H2O
CLASELE DE ENZIME
TIM
H
H C OH
CH2 O
CH2 OH
C O
CH2 O
Gliceroaldehidfosfat
Dihidroxiacetonfosfat
(G-A-P)
(DHAP)
CLASELE DE ENZIME
Coenzima A
AMP + PPa
Acetil-CoAsintetaz
CH3 CO
SCoA
Acetil-CoA
STRUCTURA ENZIMELOR
Se pune problema: cum poate fi sczut nivelul energiei de activare pentru a se mri viteza de reacie ?
EST
S
ES
EP
T = starea de tranzitie
n concluzie putem afirma c enzimele, ca de
altfel toi catalizatorii, favorizeaz
desfurarea unei reacii prin scderea
barierei cinetice, fr a modifica bariera
termodinamic. O reacie termodinamic
Directia reactiei
ST
Centrul Activ
Regiunea din enzim unde se fixeaz moleculele substratului
i se produc reaciile chimice care transform aceste
molecule se numete centru activ.
+
CoE (1)
(4)
(3)
(2)
(1)
(2)
(3)
(4)
Stabilizeaza tranzitia
Expulzeaza apa
Grupari reactive
Coenzima helps
Fisher
Substratul se leag de enzim prin fore relativ slabe; complexul enzimsubstrat care se formeaz poate trece n produii de reacie cu eliberarea
enzimei, sau poate reface substratul iniial:
Pentru majoritatea enzimelor centrul activ apare sub forma unei despicturi
n apoenzim; aceast falie este cptuit cu aminoacizi hidrofobi, apa fiind
n mare parte exclus. Totui centrul activ conine i unii aminoacizi cu
resturi polare, eseniali pentru procesul de cataliz.
Pe lng resturile catalitice aflate n centrul activ, care particip direct la
transformarea substratului, apoenzima mai conine aa-numitele resturi de
specificitate, unde sunt prezeni aminoacizi cu rol n recunoaterea
substratului
+
Atracii electrostatice
SPECIFICITATEA ENZIMELOR
SPECIFICITATEA DE SUBSTRAT
Cnd o enzim acioneaz asupra unui singur substrat vorbim
de specificitate absolut; amintim ureaza, arginaza, etc
O C
NH2 ureaz
NH2
Uree
HN C
CO2 + 2NH3
HOH
NH2
arginaz
NH
HOH
(CH2)3
H2N CH COOH
Arginin
O C
NH2
NH2
Uree
+ H2N CH COOH
(CH2)3
NH2
Ornitin
Dac o enzim acioneaz asupra unui grup de substrate cu structur asemntoare vorbim de
specificitate relativ; n aceast clas intr proteazele, lipazele, fosfomonoesterazele, etc.
SPECIFICITATEA ENZIMELOR
SPECIFICITATEA DE ACIUNE
Un substrat poate suferi aciunea mai multor enzime, care vor
produce reacii diferite, avnd ca rezultat produi de reacie
diferii.
aa-oxidaz
R
H2N CH COOH
Aminoacid
aa-decarboxilaz
transaminaz
R C COOH + NH3
O Cetoacid
R CH2 NH2 + CO2
Amine
R C COOH
O Cetoacid
SPECIFICITATEA ENZIMELOR
STEREOSPECIFICITATEA
dac unele substrate se gsesc n una din formele D(+), D(), L(+)
sau L(), enzima transform numai una din ele. Prin urmare enzima
deosebete att izomerii optici (+,) (dextrogir, levogir), ct i
formele spaiale (D,L).
CH3
NAD+
NADH, H+
HO C H
COOH
CH3
C O
COOH
Acid L(+)-lactic
Acid piruvic
LDH
STEREOSPECIFICITATEA
HOOC
C
C
H
fumaraz
+ HOH
CH2 COOH
HO CH COOH
COOH
Acid fumaric
Acid L-malic
STEREOSPECIFICITATEA
Asimetria biologic
n acest caz enzima este capabil s diferenieze grupri care din
punct de vedere chimic sunt identice. Explicaia acestui fapt const
n aceea c dei un substrat apare ca fiind simetric, interaciunea E-S
este asimetric. Stereospecificitatea interaciunilor E-S a fost prima
dat demonstrat i explicat n cazul aconitazei, enzim al crui
substrat este acidul citric.
Reiese c aconitaza atac ntotdeuna numai partea din structura
acidului citric care provine din OAA, dei cealalt parte, identic, are
anse egale de a participa la reacie
14
CH3 CO SCoA
Acetil-CoA
H2O
+
CO COOH
CH2 COOH
OAA
CoA-SH
14
CH2 COOH
aconitaz
HO C COOH
H2O
CH2 COOH
Acid citric
14
14
CH2 COOH
Acid cis-aconitic
CO COOH
CH2 COOH
C COOH
CH2 COOH
CH2
-Kg
Stereospecificitatea
A
sp3
Suprafata enzimatica
Explicaia const n aceea c interaciunea E cu
S simetric se face ntr-o manier ce-i confer
acestuia (S) asimetrie; aceasta este posibil
deoarece legarea E cu S se face prin cel puin
trei puncte, fiind diferit n funcie de modul de
abordare a substratului de ctre enzim.
PROTEAZELE
Specificitatea Ser-Proteazelor
Trypsina
Taie la nivelul Lys, Arg
O
O
CNCCN
C
C
C
C
NH3
+
COOC
Asp
Chymotrypsina
T rp, Phe, Tyr
O
O
CNCCN
C
Elastaza
Taie la nivelul Ala,
Gly
O
O
CNCCN
CH3
Non polar
Non polar
Centrul activ
CH3
+
R CO O CH2 CH2 N CH3 + H2O
CH3
Ester al colinei
CH3
R COOH + HO CH2 CH2 N CH3
CH3
Colin
+
EXEMPLE DE SPECIFICITATE
ENZIMATIC
GLICOZIDAZELE
Sunt enzime care scindeaz legturile
glicozidice; frecvent aceste enzime sunt
specifice unei monozaharide particulare
(glucozidaz, galactozidaz, manozidaz, etc).
EXEMPLE DE SPECIFICITATE
ENZIMATIC
AMINOACIDOXIDAZELE
aminoacidoxidaz
R C COOH + NH3
O
Cetoacid
CONCLUZII
CINETICA ENZIMATIC
CONCENTRAIA ENZIMEI
B
A
C
[E]
80
Produs
Concentratia substratului
60
40
20
0
Substrat (mol)
S
+
E
K1
K 1
ES
K2
K 2
E+P
Dup cum reiese, K1, K1, K2 i K2 sunt constantele de vitez ale reaciilor considerate.
Vitezele de reacie corespunztoare acestor echilibre sunt:
V1=K1[E][S]
V-1=K-1[ES]
V2 =K2[ES]
V-2=K-2[E][P]
Km
K 1 K 2
K1
[S ]
V Vmax
K m [S ]
V Vmax
[S]n
K m [S]n
, sau
2 K m [S]
K m [S] 2[S]
Km = [S]
Semnificaia lui Km este bine definit; Km reflect afinitatea enzimei pentru substrat
i anume cu ct Km este mai mic cu att afinitatea enzimei pentru substrat este mai mare i invers. Explicaia
Vmax
este simpl: Km mic arat c la o valoare mic a concentraiei substratului
se atinge
2
, ceea ce bineneles demonstreaz afinitatea mare a acesteia pentru substrat i invers.
Din curba lui Michaelis-Menten nu poate fi determinat Vmax deoarece nu se pot atinge concentraii
infinite ale substratului, iar de aici nici Km. Pentru determinarea lor se procedeaz la linearizarea
ecuaiei lui Michaelis-Menten obinndu-se ecuaia lui Lineweawer-Burk; n aceast ecuaie 1/V este
exprimat n funcie de 1/S
Km
1
1
1
V
Vmax [S]
Vmax
1/V
1/Vmax
1/[S]
Concluzii
TEMPERATURA
temperatur 60o C
optim
TEMPERATURA
K
A
E
R
T
=
=
=
=
=
constanta de vitez
factor de frecven
energia de activare
constanta general a gazelor
temperatur absolut
K Ae
E
RT
E 1
ln K ln A
R T
lnK
lnA
tg
1/T
E
R
sau
E
, de unde
R
E R tg
tg
TEMPERATURA
pH-ul
Enzimele i desfoar activitatea la anumite valori ale pHului. Aceasta este firesc deoarece enzimele sunt proteine, iar
gruprile care fac parte din centrul activ pot fi disociate.
Rolul enzimelor n fixarea substratului, sau n cataliz poate
depinde de forma (disociat sau nedisociat) sub care se
afl. Substratul poate, de asemenea, s se afle ntr-o form
disociat sau nedisociat, ceea ce determin complexarea
enzimei aflat n una sau alta din forme.
n general enzimele sunt active ntr-un interval de pH. n
cadrul acestuia exist o valoare la care activitatea
enzimatic este maxim; acesta este pH-ul optim.
pH-ul
Vmax
pH optim
pH
Dac substratul este sub forma S+, el va putea interaciona cu forma A, prezent
numai n mediu bazic; dac substratul este sub forma S , el va putea interaciona
numai dac enzima este sub forma AH2+, iar aceasta este posibil numai n mediu
puternic acid.
COOH
NH
NH
= AH2
COO
NH
NH
COO
= AH
N
NH
=A
pH-ul
pH-ul
Pentru majoritatea enzimelor activitatea optim are loc la pH=5,09,0, dar se cunosc numeroase enzime a cror pH optim de aciune
este n afara acestor limite:
ENZIMA
pH-UL
OPTIM
LOCUL DE ACIUNE
pepsina
tripsina
chimotripsina
amilaza
lipaza
fosfataza alcalin
fosfataza acid
1,8
8,0
8,1-8,6
7,0
7,0-7,5
8,6-9,1
5,0-5,6
sucul gastric
sucul pancreatic
sucul pancreatic
sucul pancreatic
pancreas
oase
prostat
Cataliza covalenta
Cea mai comun cale n cataliza covalent implic
atacul unei grupri nucleofile a catalizatorului
asupra atomului de carbon electrofil al substratului.
Gruprile nucleofile conin atomi ce posed
electroni neparticipani capabili s-i pun n comun;
aceste grupri sunt catalizatori extrem de eficieni,
putnd cataliza reacii foarte diferite.
Cataliza covalenta
CH2 CH COOH
.
HN
N.
NH2
C
H
..
gruparea OH a Ser
CH2 ..
O H
H2N CH COOH
..
gruparea SH a Cys
CH S H
2 ..
H2N CH COOH
Cataliza covalenta
RX + H2O
R OH + X + H+
n absena catalizatorului
rapid
n prezena catalizatorului
RX + Y
R Y + X
nucleofil (Y):
rapid
R Y + H2O
R OH + Y + H+
rapid
Global:
RX
+
H
O
R OH + X + H+
lent
EFECTORII ENZIMATICI
INHIBITORII
INHIBIIE IREVERSIBIL
INHIBIIE IREVERSIBIL
INHIBIIE REVERSIBIL
competitiv,
necompetitiv.
INHIBIIE COMPETITIV
Inhibitorii competitivi prezint dou
particulariti:
- au o structur asemntoare cu
substratul;
- ntre inhibitor i substrat are loc o
competiie pentru a se lega de centrul
activ al enzimei.
INHIBIIE COMPETITIV
E + S
+ I
ES
E+P
[E] [I] =
Ki
[EI]
EI
[ES]
[Et]
V = Vmax
[E] [S] =
Km
[ES]
[S]
.
Km (1+ [ I ] ) + [S]
Ki
INHIBIIE COMPETITIV
Ecuaia lui Lineweawer-Burk
inhibiiei competitive
1
[S]
1 Km 1
1
V Vmax [S] Vmax
1 Km 1
[ I]
1
(1 )
V Vmax [S] K i Vmax
1
1
V
Vmax
INHIBIIE COMPETITIV
V
Vmax
a
Vmax
2
Kma Kmb
[S]
Kmc
b
a
1
Kma
1
Kmb
1
Kmc
1/[S]
INHIBIIE NECOMPETITIV
INHIBIIE NECOMPETITIV
INHIBIIE NECOMPETITIV
V
Vmax
a
Vmax
2
[S]
Km
1/V
1
Vmax
b
1
Vmax
a
1
Km
1/[S]
INHIBIIE NECOMPETITIV
n cazul inhibiiei necompetitive inhibitorul, chiar
dac nu se leag de centrul activ al enzimei,
acioneaz asupra acesteia deformnd-o, astfel nct
ea nu mai poate forma complexul ES la vitez
normal pe de o parte, iar pe de alt parte
complexul ES format nu se mai descompune cu
vitez normal pentru a forma produsul de reacie.
Este evident c n acest caz inhibiia nu poate fi
nlturat prin mrirea concentraiei substratului.
ENZIME ALOSTERICE
sunt proteine oligomere, alctuite din mai multe subuniti, identice sau diferite, de
regul n numr par: doi (mai rar), patru, ase, etc;
reaciile catalizate de aceste enzime sunt endergonice i ireversibile; ele imprim
sensul unic al cilor metabolice din care fac parte;
intervin de obicei n prima etap a unui lan de reacii, asigurnd prin aceasta
controlul intensitii procesului i ireversibilitatea lui;
fiecare monomer posed un centru activ, o molecul de enzim putnd lega
concomitent mai multe molecule de substrat; fixarea substratului pe una din
subuniti influeneaz legarea lui pe celelalte, existnd deci fenomenul de
cooperativitate;
pe lng centri activi monomerii prezint i centri alosterici, de care se vor lega
efectorii alosterici; sunt compui cu mas molecular mic, fr analogie cu
substratul i pot activa reaciile enzimatice (efectori pozitivi), sau le pot inhiba
(efectori negativi). Efectorii alosterici sunt, n general, prezeni la locul de aciune al
enzimelor, variind doar concentraia lor;
enzimele alosterice sunt inhibate de produsul final de reacie printr-un proces numit
retroinhibiie sau inhibiie feedback.
ENZIME ALOSTERICE
Succinil-CoA ALA-sintetaz
+
Gly
ALA-sintetaza = Amino-Levulinat-sintetaza
Hem
IZOENZIME
LDH
LDH
Interpretarea rezultatelor
Valori crescute
CREATINFOSFOKINAZA
CPK
CPK
Valori normale
CPK total femei : 24-170 UI/L
CPK total barbati: 24-195 UI/L
CPK MB < 24UI/L
CPK
Interpretarea rezultatelor
Pentru o exprimare unitar a activitii enzimelor a fost adoptat, dup recomandrile I.U.B.
(Uniunea Internaional de Biochimie), exprimarea n uniti internaionale (U.I. )
Unitatea internaional (U.I.) reprezint cantitatea de enzim care catalizeaz transformarea
unui mol de substrat, timp de un minut n condiii optime de pH, temperatur i concentraie a
substratului.
Alte modaliti de exprimare a activitii enzimatice:
Katalul reprezint cantitatea de enzim ce poate transforma un mol de substrat pe secund.
cel mai adesea activitile se exprim n subdiviziuni ale acestei activiti:
Kat = 10-6 Kat
nKat = 10-9 Kat
pKat = 10-12 Kat
se pot stabili corelaii ntre unitile enzimatice UI i Katal
1 Kat = 1 mol/s = 60 mol/min = 60 .106 mol/min = 6 .107 UI
1 UI = 1 mol/min = 1/60 mol/s = 1/60 Kat = 16,67 nKat
Pentru enzimele serice activitatea enzimatic se raporteaz la ml ser, sau l,
exprimndu-se n UI/ml, respectiv UI/l.