Capitolul 1

Introducere n Topologia Molecular

Teoria grafurilor aplicat n studiul structurilor moleculare se constituie ca ramur

interdisciplinar numit Topologie Molecular. Caracterizarea topologic a structurilor chimice
permite ordonarea acestora dup criterii de simetrie i similaritate.
Din studii comparate, asupra unui set de molecule, topologia molecular descifreaz
factorii structurali implicai n relaia structur-proprietate/activitate biologic. Partiionarea
unor proprieti moleculare i recompunerea lor, prin modele aditive, cu ajutorul descriptorilor
moleculari i a analizei statistice, ca i modelarea de noi structuri, cu proprieti dorite,
reprezint unul din obiectivele topologiei moleculare. Inainte de detalierea problemelor
specifice toplogiei moleculare vor fi prezentate cateva definitii 1 de baz ale teoriei grafurilor.

1.1. Grafuri
Graf: G = G(V, E), este o pereche a dou mulimi V = V(G), unde V este o mulime finit i
nevid, iar E = E(G), reprezint o relaie binar definit pe mulimea V. Graful, obinuit, este
vizualizat reprezentnd elementele mulimii V prin puncte i unind fiecare pereche de puncte (vi,
vj) sau, mai simplu (i, j) cu o linie, ei,j, dac i numai dac (i,j)E(G). Dac perechea de vrfuri
(i, j) este neordonat, graful G este neorientat; punctele se cheam vrfuri iar liniile se numesc
muchii. Numrul vrfurilor n G se noteaz cu v i este egal cu |V| (cardinalitatea mulimii V(G))
iar numrul muchiilor cu e, care egaleaz |E| (cardinalitatea mulimii E). Graful G(v, e) are
ordinul v i dimensiunea e. Dac dou laturi distincte sunt incidente ntr-un punct, ele se numesc
laturi adiacente. Dac perechea de vrfuri (i, j) este ordonat, graful G se cheam orientat;
elementele mulimii E se cheam linii directe sau arce. 1 Termenul de graf a fost introdus de
Sylvester.2 Exist numeroase tipuri de grafuri, unele dintre ele fiind menionate mai jos.
ntr-un multigraf dou puncte pot fi unite prin mai mult de o linie. Figura 1.1 arat cele trei
tipuri de grafuri menionate mai nainte.

Figura 1.1.

Graf

Digraf

Multigraf

O cale P (path) este un lan (caten) neramnificat(). Un arbore T (tree), este o structur
ramnificat. O stea (star) este un set de vrfuri unite cu un vrf comun i se noteaz Sv' , cu v' =
v-1. Un ciclu C este un lan care pleac i revine n unul i acelai vrf. (Figura 1.2).

Figura 1.2.

Cale

Arbora

Stea

Ciclu

Un graf complet, Kv, este un graf cu oricare dou vrfuri adiacente. Numrul laturilor ntr-un
graf complet este v(v-1)/2. n Figura 1.3, sunt prezentate grafuri complete de la v=1 pn la 5.

Figura 1.3.

K1

K2

K3

K4

K5

Un graf bipartit este graful al crui set de vrfuri V poate fi mprit n dou subseturi: V1 V2
=V; V1 V2 = astfel nct orice latur (i,j) E(G) unete V1 cu V2.1,3 Un graf este bipartit
dac i numai dac toate ciclurile sale sunt pare. 4 Dac oricare vrf iV1 este adiacent cu
fiecare vrf jV2, atunci G este un graf bipartit complet i este simbolizat Km,n, cu m = |V1| i n
= |V2|. O stea este un graf bipartit complet K1,n. Este evident c Km,n are m n laturi. Figura 1.4
prezint cteva grafuri bipartite.

Figura 1.4.

Graf bipartit

K1.3

K2.3

K3.3

Un graf marcat, este garful n care heteroatomul sau atomul de carbon

cu un electron nemperechiat este matcat. 5,6(Figura 1.5)

N
Figura 1.5. Grafuri marcate

Un graf homeomorf este graful obinut prin inserarea unor vrfuri de valen 2 pe muchiile unui
graf G. (Figura 1.6)3

Figura 1.6. Grafuri homeomorfe ale tetraedrului

Un graf planar este graful care poate fi desenat n plan, astfel nct oricare dou laturi se
intersecteaz cel mult n punctele lor terminale. 7 Regiunile definite de un graf planar se numesc
fee, f, regiunea nemrginit fiind faa exterioar1(e.g., f4 in Figura 1.7). Pentru orice poliedru
sferic cu |V| vrfuri, |E| laturi i |F| fee este valabil formula lui Euler: 8 v e f 2 . Un graf
este planar dac i numai dac nu are subgrafuri homeomorfe cu K5 sau K3,3 (teorema lui
Kuratowski).9

f2
f1

f3 f4

Figura 1.7. Un graf planar i feele sale

Un graf-linie L(G) al grafului G se construiete punnd cte un punct pe liniile lui G i unind
dou astfel de puncte dac liniile corespunztoare n G sunt incidente ntr-un punct comun. Figura
1.8 ilustreaz aceast derivat a grafului.

Figura 1.8. Un graf i graful-linie corespunztor

Un graf complementar al unui graf G = (V, E) este graful G = (V, E ), avnd acelai set de
vrfuri unite prin legturi dac i numai dac ele nu exist n G. Valena fiecrui vrf n G este
egal cu diferena dintre valena vrfului n graful complet Kv i vrful corespunztor n G7 (Figura
1.9).
5
1
2

Figura 1.9. Un graf i complementul lui

Un graf G se cheam indexat (labeled), G(Lb), cnd punctele sale sunt indicate diferit de
acelea ale grafului abstract corespunztor.10 Exist v! posibiliti de numerotare a unui graf de
ordin v, G(Lbi); i = 1,2,...v!
Dou grafuri G=(V, E) i H=(V1, E1) sunt izomorfe, G H, dac exist o funcie f : V
V1
7,11,12
care s respecte condiiile:
(1) f este bijectiv
(2) pentru oricare dou vrfuri i, jV; (i,j)E (f(i), f(j))E1.
Funcia f se numete izomorfism. In grupul izomorfismelor, exist cel putin o numerotare
H(Lb), care pstreaz adiacena din G: H(Lb) = G(Lb).
1

10

3
8

10

Figura 1.10. Dou grafuri izomorfe

Un subgraf al unui graf G= (V, E) este un graf H = (V1, E1), unde V1 V i E1 E reprezint toate
muchiile care au ambele extremiti n V1. Altfel spus, un subgraf H al lui G se obine din G
eliminnd anumite vrfuri i pstrnd doar acele muchii care au ambele extremiti n mulimea
vrfurilor rmase. (Figura 1.11).

Figura 1.11. Un graf i un subgraf al su

Un arbore de deschidere (spanning tree) este un subgraf conex G1 = (V, E1) coninnd toate
vrfurile lui G dar E1 E (Figura 1.12.).

Figura 1.12. Un graf i civa dintre arborii lui de deschidere

Un graf G este conex dac ntre oricare dou vrfuri ale sale exist o cale. 11 (Figura 1.13).

Figura 1.13. Graf conex

1.2. Drumuri
Drum (walk) w: este o secven alternant de vrfuri i muchii, w(1,n) = (v1, e1, v2, e2, ..., vn-1, em,
vn), vi V(G ), ei E(G ), m n - 1, parcurs astfel nct oricare dou muchii succesive sunt
adiacente: (vi-1, vi) E(G).3,12 Este permis revizitarea vrfurilor i a muchiilor. Dac V(w(1,n)) =
{v1, v2, ..., vn-1, vn} este irul vrfurilor drumului w(1,n) iar E(w(1,n)) = {e1, e2, ..., em-1, em } este
irul muchiilor sale, atunci l(w(1,n))= E(w1,n) V(w1,n) - 1, reprezint lungimea
drumului, care este egal cu numrul muchiilor traversate. Dac nici o alt condiie nu este
impus, drumul se numete drum aleator. Condiii adiionale specific un anumit tip de drum: 1316

Drum nchis (Self-returning walk, srw) este drumul care pornete i sfrete n acelai
vrf, vn=v1 ; altfel drumul este deschis.
Cale (Self-avoiding walk, path p): este drumul care are toate vrfurile i muchile
distincte: vi vj, (vi-1, vi) (vj-1, vj), pentru oricare 1 i < j n. Altfel spus, calea viziteaz
vrfurile i muchiile o singur dat i nu se admite nici o ramificare. Lungimea cii este
l(p(1,n))= E(p(1,n)) = V(p(1,n)) - 1.
Drum Eulerian (trail): este drumul ale crui muchii e1,e2, ..., en sunt distincte, n timp ce
vrfurile pot fi revizitate.
Ciclu (circuit): este calea ale crei puncte de plecare i ntoarcere coincid.
Cale Hamiltonian: este calea deschis ce viziteaz o dat toate vrfurile din graf.
Circuit Hamilton: este o cale Hamiltonian nchis (Figura 1.14).

drum nchis

cale

trail

circuit

cale
Hamiltonian

circuit
Hamiltonian

Figura 1.14. Diferite tipuri de drumuri

Distan topologic d(i,j): este lungimea cii celei mai scurte (dac exist) care unete
vrfurile i i j: d (i, j ) min l ( p(i, j ) k ) , altfel d(i,j)= . Distana dintre dou vrfuri adiacente
este egal cu unitatea. Cea mai scurt cale este numit i geodezic.
Excentricitatea unui vrf i, ecc(i), ntr-un graf conex este distana maxim dintre i i
oricare vrf j al grafului: ecc(i) = max d(i,j).
Raza unui graf, r(G), este excentricitatea minim n G: r(G) = min ecc(i) = min max
d(i,j). Diametrul unui graph, d(G), este excentricitatea maxim n G: d(G) = max ecc(i) = max
max d(i,j). Mulimea tuturor distanelor (geodezicelor) n G se noteaz cu D(G).
Detur, (i,j), reprezint calea cea mai lung (dac exist) ce unete vrfurile i i j:
(i, j ) max l ( p(i, j )k ) , altfel (i,j)= . Setul tuturor detururilor n G se noteaz cu (G).
ntr-un graf conex, distana i deturul reprezint metrici, adic, pentru oricare vrfuri i, j, k:
m(i,j) 0; m(i,j)= 0 dac i= j
m(i,j) = m(j,i)
m(i,j) + m(i,k) m(j,k)
Distan metric: este distana, msurat n metri sau submultipli ai acestuia (nm,
Angstroms), dintre dou vrfuri i i j. Tabelul 1.1 illustreaz aceste noiuni.
Tabelul 1.1. Distane topologice i metrice
Graf
CH3-CH3
CH2=CH2
CHCH

Distan metric (Ao)

1.54
1.34
1.21

Distan topologic
1
1
1

Valena sau gradul vrfului i, vai: este numrul muchiilor incidente n vrful i.1 Dac
toate vrfurile au acelai grad, graful se numete regulat; altfel se numete neregulat (Figura
1.15).

(a)

(b)
3
3

3
3

1
3
1

2
1

3
1

Figura 1.15. Grafuri ponderate cu valena vrfurilor: 3-regulat (a) i neregulat (b)
Invariant: este o proprietate a grafului theoretic, care se pstreaz prin izomorfism. 14-16 Cu alte
cuvinte, valoarea numeric a proprietii rmne neschimbat indiferent de numerotarea sau
reprezentarea pictorial a grafului.

1.3. Grafuri Moleculare

Un graf molecular este un model al unui system chimic, utilizat pentru caracterizarea
interaciunii componentelor sale: atomi, legturi, grupuri de atomi sau molecule. Formula
structural a unei substane chimice poate fi reprezentat ca graf molecular, vrfurile lui fiind
atomii, iar laturile corespunznd legturilor covalente. n mod obinuit, atomii de hydrogen se
neglijeaz (Figura 1.16) i de asemenea unghiurile dintre legturi. Atomii grei alii dect
carbonul (heteroatomii) pot fi reprezentai ca n Figura 1.5. Similar, transformarea unei

molecule (o reacie chimic) poate fi vizualizat printr-un graf de reacie, ale crui vrfuri sunt
specii chimice iar laturile ci de reacie.

(a)

(b)

Figura. 1.16: O structur chimic (a) i graful molecular corespunztor acesteia (b).

Referine
1. Harary , F. Graph Theory, Addison - Wesley, Reading, M.A., 1969.
2. Sylvester, J. J. On an application of the new atomic theory to the graphical
representation of the invariants and covariants of binary quantics - with three
appendices, Am. J. Math. 1874, 1, 64-90.
3. Trinajsti, N. Chemical Graph Theory , CRC Press, Inc., Boca Raton, Florida, 1983.
4. Knig, D. Theorie der endlichen und unendlichen Graphen. Leipzig, 1936.
Reprinted Chelsea, New York, 1950.
5. Kier, L. B.; Hall, L.H. Molecular Connectivity in Chemistry and Drug Research,
Acad. Press, 1976.
6. Balaban, A. T.; Filip, P. Computer program for topological index J (average distance
sum connectivity), MATCH, Commun. Math. Comput. Chem., 1984, 16, 163-190.
7. Ionescu, T. Grafuri-Aplicaii, Ed. Ped. Bucharest, 1973.
8. Euler, L. Elementa doctrinae solidorum et demonstratio nonnularum insignium proprietatum
quibus solida heddris planis inclusa sunt praedita, Novi Comment. Acad. Sci. I.
Petropolitanae, 1758, 4, 109-160.
9. Kuratowski, K. Sur le problme des courbes gauches en topologie, Fund. Math.
1930, 15, 271-283.
10. Klin, M.H.; Zefirov, N.S. Group theoretical approach to the investigation of
reaction graphs for highly degenerate rearrangements of chemical compounds. II.
Fundamental
concepts. MATCH, Commun. Math. Comput. Chem., 1991, 26, 171-190.
11. Oprescu, D.; Bejan, L.; Patrascu, V. Informatic, Ed. Niculescu, Bucuresti, 2001
12. Cayley E. , Phil. Mag., 67 (1874) 444.
13. Berge, C. Teoria Grafurilor i Aplicaiile Ei, Ed. Tehnic , Bucureti , 1969.
14. Kier, L. B. ; Hall, L. H. Molecular Connectivity in Chemistry and Drug Research, Acad.
Press, 1976.
15. Diudea, M. V.; Gutman, I.; Jntschi, L. Molecular Topology, NOVA, New York, 2002.
16. Diudea, M. V.; Florescu, M. S.; Khadikar, P. V. Molecular Topology and Its Applications,
EFICON, Bucharest, 2006.