Universitatea de Vest dinTimioara

Facultatea de Chimie, Biologie, Geografie

Specializarea Geografia Turismului

CORONIN
-proiect la bionformatic-

Prof.coord:
Prof. dr. Adriana Isvoran

Student:Grumezescu Adriana Maria

GT, anul 2, grupa 1

Baza de date cu structura de proteine-107620 (25 martie 2015)

Arhiva bazei de date cu structura de proteine ( PPB) este depozitul unic la nivel mondial de
informaii despre structurile 3D de molecule biologice mari, inclusiv proteine i acizi nucleici .
Acestea sunt molecule ale vieii , care se gsesc n toate organismele , inclusiv bacterii, drojdie ,
plante, muste , alte animale , i la om . nelegerea formei unei molecule deduce o structur n
sanatatea umana si a bolii , precum i n dezvoltarea de medicamente . Structurile din arhiva sunt
dintr-o gam larg, de la proteine mici i buci de ADN la masini moleculare complexe , cum ar
fi ribozomul.
PDB a fost nfiinat n 1971 la Laboratorul Naional Brookhaven sub
ndrumarea lui Walter Hamilton i initial coninnd 7 structuri.Dup
moartea lui Hamilton, Tom Koetzle a nceput s conduc PDB n 1973, apoi
Joel Sussman n 1994.n 1998, RCSB a devenit resposabil pentru
management-ul PDB.n 2003, wwPDB a fost format pentru a menine o
singur arhiv de structuri de date macromoleculare care este gratis i
liber pentru ntreaga comunitate.

Utilizatorii RCSB PDB

RCSB PDB are o comunitate international de utilizatori, incluznd biologi (n domenii precum
biologia structural, biochimie, geneticm, farmacie) ali savanti (in domenii precum
bioinformatica, dezvoltatori de software pentru analiza datelor i vizualizare) student i profesori
(toate nivelele), scriitori media, ilustratori, autori de cri, i publicul n general.
Site-ul (rcsb.org) este accesat de 286,000 vizitatori unici pe lun din 190 de ri.n jur de 1,3
terabii de date sunt transferai n fiecare lun de pe site.

Istoria RCSB PDB

Below is a time line of key PDB events and structural biology highlights, from 1971 to 2011.
Left are the key events in the evolution of the PDB. Right are selected key structures in the field
of structural biology. Taken from The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the Past to Prepare
for the Future.

Opiuni de analiz

Secvena i structura aliniamentului

RCSB PDB's Comparison Tool calculates pairwise sequence (blast2seq, Needleman-Wunsch,
and Smith-Waterman) and structure alignments (FATCAT, CE, Mammoth, TM-Align,
TopMatch).

Comparisons can be made for any protein in the PDB archive and for customized or local
files not in the PDB. Special features include support for both rigid-body and flexible alignments
and detection of circular permutations.

Protein Symmetry
The Jmol Symmetry view highlights global, local, and helical symmetry among subunits. The
view displays the symmetry axes, a polyhedron that reflects the symmetry, and a color scheme
that emphasizes the symmetry.

Structure Quality
Structure Summary pages provide access to information about structure quality.
The slider graphic compares important global quality indicators for a given structure with the
PDB archive. Global percentile ranks (black vertical boxes) are calculated with respect to all Xray structures available prior to 2011. Resolution-specific percentile ranks (white vertical boxes)
are calculated considering entries with similar resolution.
This graphic is from the wwPDB Validation Report, which provides a more detailed assessment
of the quality of a structure and highlights specific concerns. These reports were created using
the recommendations of wwPDB Validation Task Forces. PDFs of Ramachandran
plots (created by MolProbity) are provided to offer an independent method to evaluate the
conformational quality of protein structures.
For examples, view the Structure Summary pages for 1CBS (1.8 structure of a small protein
and a ligand) and 1FCC (a 3.2 structure with worse overall quality relative to all X-ray
structures).

COD 2AKF-coronin
Homo 3-mer - A3
Ligand Chemical Component

ZINC ION

Coronin este o protein de legare a actinei

care, de asemenea interacioneaz cu
microtubuli i n anumite tipuri de celule
este asociat cu fagocitoza. Proteinele
Coronin sunt exprimate ntr -un numr
mare de organisme eucariote de la drojdie
pn la om .

Descoperire
Iniial , o protein kDa 55 a fost izolat din complexul actomiozinei de Dictyostelium
discoideum , care a fost demonstrat ulterior a lega actina in vitro .Aceast proteina de legare a
fost numit Coronin dup immunolocalisation puternic pe coroana bogat a actinei ca extensie a
celulei cortexului in D. discoideum . Iniial aceasta proteina a fost admis n clubul proteinei de
legare cu puin entuziasm , ca structura primar nu s-a potrivit cu alte ABPS . Dar mutaie nul
de Coronin n D. discoideum a dus la afectarea cytokinesis , i multe procese precum
endocitoza , motilitatea celulara etc. Ulterior , proteina a fost identificat
n mai multe celule eucariote

Structur
Coronin aparine proteinele WD-repeat conin, care formeaz o structur
teriar beta elice. Structura cristalin a Coronin 1A (a se vedea figura
din dreapta) conine mare parte din proteina ce a fost rezolvat n 2006.
WD-repeta este un motiv structural cuprinznd aproximativ 40
aminoacizi, de obicei, se termin cu triptofan secven de aminoacizi
(W) -. Aspartic (D) i, prin urmare numele WD
WD-40-domeniu proteinele -repeat sunt definite prin prezena a cel puin patru repetitive WD
amplasate central n proteine. Aceste domenii au fost descoperite n 1986 i se caracterizeaz
printr-o domeniu conservat parial de 40-60 aminoacizi, ncepnd cu dipeptida GH 11-24
reziduuri de la N-terminal i se termin cu un acid aspartic triptofan (WD) dipeptide la C .
Domeniul WD nu are activitate catalitic intrinsec i este gandit pentru a servi ca o platform
stabil de interaciune simultan. WD proteine repetate au diverse functii celulare. Acestea joac

un rol central n procesele fiziologice, cum ar fi transducia semnalului, reglementarea

transcriptie, remodelare citoscheletului, i reglementarea traficului veziculei.
Coronin omologheaz att n vertebrate ct i nevertebrate i formeaz o subfamilie printre WD
proteine repetate. Coronin conine 3-5 WD ce formeaz domeniul nucleului central. Regiunea Nterminal conine 12 aminoacizi de baz care pot fi luate ca semntur ce este preznta numail la
Coronin. Un studiu recent arat c aceste reziduuri de baz sunt implicate n legarea actinei. Mai
mult dect att, fiecare Coronin conine o regiune unic divergent ntre domeniul WD i Cterminal numit regiune bobina spiralat. Numrul de aminoacizi n aceast regiune variaz
foarte mult. Regiunea unic de Dictyostelium are 22 de aminoacizi n timp ce coronins mamifere
conine aproximativ 50 aminoacizi. Proteinele-Coronin similar ncepnd drojdie devenire Crn1 i
unul dintre coronins n Caenorhabditis elegans are o regiune mult mai mic i anume 194 vs
144aa. Regiunea unic de Coronin drojdie prezinta omologii cu domenii de legare microtubuli a
hrilor i Coronin drojdie leag att actina i microtubuli i servesc drept punte de legtur ntre
ele.
O a doua regiune de variabilitate exist n al patrulea -componenta a treia repet WD.

Clasificare
Coronina convenionala scurta
Contin 450-650 aminoacizi cu C- terminal regiunea bobina spiralat de 30-40 aminoacizi care
mediaz dimerizarea i / sau olimerizaarea de coronina ( de exemplu , CRN1 , CRN2 )
homofilic .
Coronin lung
. Dou domenii de baz , cu nici o regiune bobina spiralat - C-terminal .
Regiunea semnatura N - terminal este redus la 5AA i apare n faa fiecare domeniu de baz WD
- repeat ( de exemplu , CRN7 , POD - 1 )

Viaa fr coronin
Toate coroninele examinate pn n prezent ( cu excepia mamiferelor Coronin 7 ) se leag la F actina in vitro i localizeaz structurilor
celulare - Actin bogate , subliniind conservarea
i importana interaciunii Coronin - F - Actin .
Perturbri genetice ale Coronin din S.
cerevisiae , D. discoideum , C. elegans , D.
melanogaster , X. laevis i mamiferele au
demonstrat n continuare rolul importante pe
care-l joac coroninul ntr -o mare varietate de
procese celulare bazate actin ( ex fagocitoz ,
endocitoz , cytokinesis , motilitatea celular)
i funciile fiziologice ( de exemplu , funcia
de dezvoltare embrionar timpurie i
limfocite ).

n specii de mamifere, cele apte coronine diferite au profiluri de expresie distincte i / sau
modele de localizare subcelulare i funcii, eventual diferite (revizuite de ref 3). Analiza genetic

este disponibil pentru trei coronine mamifere, inclusiv hematopoietic Coronin 1A i mai
omniprezent exprimat Coronin 1B i 1C Coronin Coronin 1A se localizeaz la F-Actin
protuberanele membran bogate de limfocite T activate, iar coronin la oarece ,limfocitele
ntmpin dificulti n ndeplinirea mobilitattii celulare i nu reuesc s dezvolte uropods
(structuri retractile la spatele celulei) 0.17 n plus, expresia unei dominante negativ Coronin 1A
a neutrofilelor umane conduce la afectarea fagocitoza i redus de celule rspndire i
adeziune.24,25 epuizarea Coronin 1B localizeaz la marginea din fibroblaste i ARNi mediate de
reduce fluxul actin retrograd, cauzele retele subtiri si mai ramificate dens actina cu
incandescen de la marginea de conducere i scade membran ruffling i motilitatea celulara
Coronin 1C localizeaz la lamellipodia i membrana Ruffles in fibroblaste i Celulele HEK293 i
epuizarea ARNi-mediate produce defecte in vindecarea ranilor si migrarea celulelor.
Impreuna, aceste observatii genetice din organismele diverse indica roluri conservate i
importante pentru Coronin in reglementarea dinamicii Actin in vivo. n seciunile de mai jos,
vom explora mecanismele care stau la baza acestor funcii celulare
Tissue specificity
In the adult, widely expressed with highest levels in brain, thymus and kidney and low levels in
skeletal and heart muscle. Not expressed in lung. In the eye, strongly expressed in the outer
plexiform layer of the retina. In the intestine, expressed both in terminally differentiated
epithelial cells and in crypt epithelium. In the embryo, strongest expression is seen in brain,
thymus, intestine, apical epidermal layers of the skin and developing lens fibers of the eye

Secvena
10
MSRFKVSKFR
60
RPGVLGVISL
110
TIKLWRLSGT
160
KVWDVAKQQP
210
TQASQSTQAH
260
ALASVTLDTS
310
TQCILENVLR
360
EFHEDLFPDT
410
PTMEPAPDMV
460
IGTSPSQRSL
510
FCANRLRVAV
560

20
HMEARPSRRE
70
EGHEENKRHV
120
GEALPSVPGV
170
LTELEAHKDL
220
ENNRDIRLAW
270
PGPLIPLLDP
320
GAALVPRRAL
370
AGSVPASDAH
420
QPAEMPRADT
470
QSLLGPSSKF
520
PLLSSGGQVA
570

30
AWISDIRAVT
80
TYLGCHSDLV
130
VLGPEELPVE
180
VQSAVWSRDG
230
TGIQEHLVST
280
DSGLLVLAGK
330
AVMSCEVLQV
380
MWWAGDNQQV
430
DLSEGFSSPS
480
RHTQGSLLHR
530
VLELQKPGRL
580

40
TPTCGNHIKS
90
TDLDFSPFDD
140
VLQFHPTVDG
190
AIVGTACKDK
240
GFNQMREREA
290
GENQLYCYEV
340
LQLSDTAIIP
390
QKVSLNPARR
440
SLMSPSTPSS
490
DSHITNLKGL
540
PDTALPTLQN
590

50
SCSLIAFNSD
100
FLLASGSADR
150
VLVSTAGKTV
200
QLRIFDPRAR
250
KLWDTRLFSS
300
TPQQPALSPV
350
ISHHVPRKAV
400
PHPCFTSSLV
450
LGPSLSSTSG
500
NLTTPGESDG
550
GTAVMDLVWD
600

PFDPHRLAVA
610
PLAADVLASS
660
TVCKDGHVRV
710
RSERQLQLYI
760
RVFLYEVLPE
810
RQTSLEPVAF
860
LLSLQPPGMT
910
LGNREDPLPQ

GEDARIRLWR
620
SYDLTVRIWD
670
YEPRSSPLPL
720
ADALAQGPSA
770
APFFLECNSF
820
RLPRVRKEFF
870
PVSQAPREVP
920
DSFEGVDEDE

VPPGGLENVL
630
LQTGAERLKL
680
QEGPGPEGGR
730
LLGLDVAPST
780
TSPDPHKGFV
830
QDDVFPDTAV
880
ARRAPSSAQY

TTPETVLTGH
640
QGHQDQIFSL
690
GARIVWVCDG
740
LLPSYDPDTG
790
LLPKTECDIQ
840
TWEPALSAKA
890
LEEKSDQQKK

TEKIYSLRFH
650
AWSPDGKQLA
700
GCLLVSGFDS
750
LVLLTGKGDT
800
DVEFARCLRL
850
WFEGANGQPR
900
EELLNAMVAK

WD

1.The RCSB Protein Data Bank: views of structural biology for basic and applied research and
education
(2015) Nucleic Acids Research 43(D1): D345-356 doi:10.1093/nar/gku1214