Sunteți pe pagina 1din 7

Universitatea de Vest dinTimișoara Facultatea de Chimie, Biologie, Geografie Specializarea Geografia Turismului

CORONIN -proiect la bionformatică-

Prof.coord:

Prof. dr. Adriana Isvoran

Student:Grumezescu Adriana Maria GT, anul 2, grupa 1

Baza de date cu structura de proteine-107620 (25 martie 2015)

Arhiva bazei de date cu structura de proteine ( PPB) este depozitul unic la nivel mondial de informații despre structurile 3D de molecule biologice mari, inclusiv proteine și acizi nucleici . Acestea sunt molecule ale vieții , care se găsesc în toate organismele , inclusiv bacterii, drojdie , plante, muste , alte animale , și la om . Înțelegerea formei unei molecule deduce o structură în sanatatea umana si a bolii , precum și în dezvoltarea de medicamente . Structurile din arhiva sunt dintr-o gamă largă, de la proteine mici și bucăți de ADN la masini moleculare complexe , cum ar fi ribozomul.

PDB a fost înfiinţată în 1971 la Laboratorul Naţional Brookhaven sub îndrumarea lui Walter Hamilton şi initial conţinând 7 structuri.După moartea lui Hamilton, Tom Koetzle a început să conducă PDB în 1973, apoi Joel Sussman în 1994.În 1998, RCSB a devenit resposabil pentru management-ul PDB.În 2003, wwPDB a fost format pentru a menţine o singură arhivă de structuri de date macromoleculare care este gratis şi liber pentru întreaga comunitate.

Utilizatorii RCSB PDB

RCSB PDB are o comunitate international de utilizatori, incluzând biologi (în domenii precum biologia structural, biochimie, geneticăm, farmacie) alţi savanti (in domenii precum bioinformatica, dezvoltatori de software pentru analiza datelor şi vizualizare) student şi profesori (toate nivelele), scriitori media, ilustratori, autori de cărţi, şi publicul în general.

Site-ul (rcsb.org) este accesat de 286,000 vizitatori unici pe lună din 190 de ţări.În jur de 1,3 terabiţi de date sunt transferaţi în fiecare lună de pe site.

Istoria RCSB PDB

Below is a time line of key PDB events and structural biology highlights, from 1971 to 2011. Left are the key events in the evolution of the PDB. Right are selected key structures in the field of structural biology. Taken from The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the Past to Prepare for the Future.

Opţiuni de analiză

Secvenţa şi structura aliniamentului

RCSB PDB's Comparison Tool calculates pairwise sequence (blast2seq, Needleman-Wunsch, and Smith-Waterman) and structure alignments (FATCAT, CE, Mammoth, TM-Align, TopMatch).

Comparisons can be made for any protein in the PDB archive and for customized or local files not in the PDB. Special features include support for both rigid-body and flexible alignments and detection of circular permutations.

Protein Symmetry

The Jmol Symmetry view highlights global, local, and helical symmetry among subunits. The view displays the symmetry axes, a polyhedron that reflects the symmetry, and a color scheme that emphasizes the symmetry.

Structure Quality

Structure Summary pages provide access to information about structure quality.

The slider graphic compares important global quality indicators for a given structure with the PDB archive. Global percentile ranks (black vertical boxes) are calculated with respect to all X- ray structures available prior to 2011. Resolution-specific percentile ranks (white vertical boxes) are calculated considering entries with similar resolution.

This graphic is from the wwPDB Validation Report, which provides a more detailed assessment of the quality of a structure and highlights specific concerns. These reports were created using the recommendations of wwPDB Validation Task Forces. PDFs of Ramachandran plots (created by MolProbity) are provided to offer an independent method to evaluate the conformational quality of protein structures.

For examples, view the Structure Summary pages for 1CBS (1.8Å structure of a small protein and a ligand) and 1FCC (a 3.2Å structure with worse overall quality relative to all X-ray structures).

COD 2AKF-coronin

Homo 3-mer - A3 Ligand Chemical Component

ZINC ION

Coronin este o proteină de legare a actinei care, de asemenea interacționează cu microtubuli și în anumite tipuri de celule este asociat cu fagocitoza. Proteinele Coronin sunt exprimate într -un număr mare de organisme eucariote de la drojdie până la om .

ZINC ION Coronin este o proteină de legare a actinei care, de asemenea interac ț ionează

Descoperire

Inițial , o proteină kDa 55 a fost izolată din complexul actomiozinei de Dictyostelium discoideum , care a fost demonstrat ulterior a lega actinăa in vitro .Această proteina de legare a fost numită Coronin după immunolocalisation puternică pe coroana bogată a actinei ca extensie a celulei cortexului in D. discoideum . Inițial aceasta proteina a fost admisă în clubul proteinei de legare cu puțin entuziasm , ca structura primară nu s-a potrivit cu alte ABPS . Dar mutație nulă de Coronin în D. discoideum a dus la afectarea cytokinesis , și multe procese precum endocitoza , motilitatea celulara etc. Ulterior , proteina a fost identificat în mai multe celule eucariote

Structură

Coronin aparține proteinele WD-repeat conțin, care formează o structură terțiară beta elice. Structura cristalină a Coronin 1A (a se vedea figura din dreapta) conține mare parte din proteina ce a fost rezolvată în 2006.

WD-repeta este un motiv structural cuprinzând aproximativ 40 aminoacizi, de obicei, se termină cu triptofan secvență de aminoacizi (W) -. Aspartic (D) și, prin urmare numele WD

ZINC ION Coronin este o proteină de legare a actinei care, de asemenea interac ț ionează

WD-40-domeniu proteinele -repeat sunt definite prin prezența a cel puțin patru repetitive WD amplasate central în proteine. Aceste domenii au fost descoperite în 1986 și se caracterizează printr-o domeniu conservat parțial de 40-60 aminoacizi, începând cu dipeptida GH 11-24 reziduuri de la N-terminal și se termină cu un acid aspartic triptofan (WD) dipeptide la C . Domeniul WD nu are activitate catalitică intrinsecă și este gandit pentru a servi ca o platformă stabilă de interacțiune simultană. WD proteine repetate au diverse functii celulare. Acestea joacă

un rol central în procesele fiziologice, cum ar fi transducția semnalului, reglementarea transcriptie, remodelare citoscheletului, și reglementarea traficului veziculei.

Coronin omologhează atât în vertebrate cât și nevertebrate şi formează o subfamilie printre WD proteine repetate. Coronin conține 3-5 WD ce formează domeniul nucleului central. Regiunea N- terminal conține 12 aminoacizi de bază care pot fi luate ca semnătură ce este preznta numail la Coronin. Un studiu recent arată că aceste reziduuri de bază sunt implicate în legarea actinei. Mai mult decât atât, fiecare Coronin conține o regiune unică divergentă între domeniul WD și C- terminală numită regiune bobina spiralată. Numărul de aminoacizi în această regiune variază foarte mult. Regiunea unică de Dictyostelium are 22 de aminoacizi în timp ce coronins mamifere conține aproximativ 50 aminoacizi. Proteinele-Coronin similar începând drojdie devenire Crn1 și unul dintre coronins în Caenorhabditis elegans are o regiune mult mai mică și anume 194 vs 144aa. Regiunea unic de Coronin drojdie prezinta omologii cu domenii de legare microtubuli a hărților și Coronin drojdie leagă atât actina și microtubuli și servesc drept punte de legătură între ele.

O a doua regiune de variabilitate există în al patrulea β-componenta a treia repetă WD.

Clasificare

Coronina convenționala scurta

Contin 450-650 aminoacizi cu C- terminal regiunea bobina spiralată de 30-40 aminoacizi care mediază dimerizarea și / sau olimerizaarea de coronina ( de exemplu , CRN1 , CRN2 ) homofilică . Coronin lung . Două domenii de bază , cu nici o regiune bobina spiralată - C-terminal . Regiunea semnatura N - terminal este redus la 5AA și apare în fața fiecare domeniu de bază WD - repeat ( de exemplu , CRN7 , POD - 1 )

Viaţa fără coronin

Toate coroninele examinate până în prezent ( cu excepția mamiferelor Coronin 7 ) se leagă la F - actina in vitro și localizează structurilor celulare - Actin bogate , subliniind conservarea și importanța interacțiunii Coronin - F - Actin . Perturbări genetice ale Coronin din S. cerevisiae , D. discoideum , C. elegans , D. melanogaster , X. laevis și mamiferele au demonstrat în continuare rolul importante pe care-l joacă coroninul într -o mare varietate de procese celulare bazate actin ( ex fagocitoză , endocitoză , cytokinesis , motilitatea celulară) și funcțiile fiziologice ( de exemplu , funcția de dezvoltare embrionară timpurie și limfocite ).

un rol central în procesele fiziologice, cum ar fi transduc ț ia semnalului, reglementarea transcriptie, remodelare

În specii de mamifere, cele șapte coronine diferite au profiluri de expresie distincte și / sau modele de localizare subcelulare și funcții, eventual diferite (revizuite de ref 3). Analiza genetică

este disponibil pentru trei coronine mamifere, inclusiv hematopoietic Coronin 1A și mai omniprezent exprimată Coronin 1B și 1C Coronin Coronin 1A se localizează la F-Actin protuberanțele membrană bogate de limfocite T activate, iar coronin la șoarece ,limfocitele întâmpină dificultăți în îndeplinirea mobilitattii celulare și nu reușesc să dezvolte uropods (structuri retractile la spatele celulei) 0.17 În plus, expresia unei dominante negativ Coronin 1A a neutrofilelor umane conduce la afectarea fagocitoza și redus de celule răspândire și adeziune.24,25 epuizarea Coronin 1B localizează la marginea din fibroblaste și ARNi mediate de reduce fluxul actină retrograd, cauzele retele subtiri si mai ramificate dens actina cu incandescență de la marginea de conducere și scade membrană ruffling și motilitatea celulara Coronin 1C localizează la lamellipodia și membrana Ruffles in fibroblaste și Celulele HEK293 și epuizarea ARNi-mediate produce defecte in vindecarea ranilor si migrarea celulelor. Impreuna, aceste observatii genetice din organismele diverse indica roluri conservate și importante pentru Coronin in reglementarea dinamicii Actin in vivo. În secțiunile de mai jos, vom explora mecanismele care stau la baza acestor funcții celulare

Tissue specificity

In the adult, widely expressed with highest levels in brain, thymus and kidney and low levels in skeletal and heart muscle. Not expressed in lung. In the eye, strongly expressed in the outer plexiform layer of the retina. In the intestine, expressed both in terminally differentiated epithelial cells and in crypt epithelium. In the embryo, strongest expression is seen in brain, thymus, intestine, apical epidermal layers of the skin and developing lens fibers of the eye

Secvenţa

10 20 30 40 50 MSRFKVSKFR HMEARPSRRE AWISDIRAVT TPTCGNHIKS SCSLIAFNSD 60 70 80 90 100 RPGVLGVISL
10
20
30
40
50
MSRFKVSKFR HMEARPSRRE AWISDIRAVT TPTCGNHIKS SCSLIAFNSD
60
70
80
90
100
RPGVLGVISL EGHEENKRHV TYLGCHSDLV TDLDFSPFDD FLLASGSADR
110
120
130
140
150
TIKLWRLSGT GEALPSVPGV VLGPEELPVE VLQFHPTVDG VLVSTAGKTV
160
170
180
190
200
KVWDVAKQQP LTELEAHKDL VQSAVWSRDG AIVGTACKDK QLRIFDPRAR
210
220
230
240
250
TQASQSTQAH ENNRDIRLAW TGIQEHLVST GFNQMREREA KLWDTRLFSS
260
270
280
290
300
ALASVTLDTS PGPLIPLLDP DSGLLVLAGK GENQLYCYEV TPQQPALSPV
310
320
330
340
350
TQCILENVLR GAALVPRRAL AVMSCEVLQV LQLSDTAIIP ISHHVPRKAV
360
370
380
390
400
EFHEDLFPDT AGSVPASDAH MWWAGDNQQV QKVSLNPARR PHPCFTSSLV
410
420
430
440
450
PTMEPAPDMV QPAEMPRADT DLSEGFSSPS SLMSPSTPSS LGPSLSSTSG
460
470
480
490
500
IGTSPSQRSL QSLLGPSSKF RHTQGSLLHR DSHITNLKGL NLTTPGESDG
510
520
530
540
550
FCANRLRVAV PLLSSGGQVA VLELQKPGRL PDTALPTLQN GTAVMDLVWD
560
570
580
590
600
PFDPHRLAVA GEDARIRLWR VPPGGLENVL TTPETVLTGH TEKIYSLRFH 610 620 630 640 650 PLAADVLASS SYDLTVRIWD LQTGAERLKL QGHQDQIFSL AWSPDGKQLA 660
PFDPHRLAVA GEDARIRLWR VPPGGLENVL TTPETVLTGH TEKIYSLRFH
610
620
630
640
650
PLAADVLASS SYDLTVRIWD LQTGAERLKL QGHQDQIFSL AWSPDGKQLA
660
670
680
690
700
TVCKDGHVRV YEPRSSPLPL QEGPGPEGGR GARIVWVCDG GCLLVSGFDS
710
720
730
740
750
RSERQLQLYI ADALAQGPSA LLGLDVAPST LLPSYDPDTG LVLLTGKGDT
760
770
780
790
800
RVFLYEVLPE APFFLECNSF TSPDPHKGFV LLPKTECDIQ DVEFARCLRL
810
820
830
840
850
RQTSLEPVAF RLPRVRKEFF QDDVFPDTAV TWEPALSAKA WFEGANGQPR
860
870
880
890
900
LLSLQPPGMT PVSQAPREVP ARRAPSSAQY LEEKSDQQKK EELLNAMVAK
910
920
LGNREDPLPQ DSFEGVDEDE WD

1.The RCSB Protein Data Bank: views of structural biology for basic and applied research and education (2015) Nucleic Acids Research 43(D1): D345-356 doi:10.1093/nar/gku1214