5/19/2015

Caracterele i markerii

Biotehnologii
M k ii genetici
Markerii
ti i

caracter
proprietate/insuire/trstur/calitate
observabil dobandit sau motenit

Caracterele i markerii

Caracterele i markerii

polimorfism mai multe forme

polimorfism mai multe forme

Caracterele i markerii

Caracterele i markerii

polimorfism mai multe forme

caracter
proprietate/insuire/trstur/calitate
observabil dobandit sau motenit

ca rspuns la
aciunea
mediului
nconjurtor

ca rspuns la
aciunea
mediului
nconjurtor

determinat
genetic

determinat
d
t
i t
genetic

polimorfism mai multe forme

marker genetic
morfologic (fenotipic)
biochimic
molecular

5/19/2015

Markerii genetici
Tipuri

Markerii (genetici) moleculari

Definiie

Markerii (genetici) moleculari pot fi definii n mai multe feluri:

(a) a chromosomal landmark or allele that allows for the tracing of a specific
region of DNA;

morfologici

(b) a specific piece of DNA with a known position on the genome;

biochimici

hormoni, enzime (izoenzime/aloenzime), anticorpi

(c) a fragment of DNA that is associated with a certain location within the
genome; molecular markers are used in molecular biology and biotechnology to
identify a particular sequence of DNA in a pool of unknown DNA;
(d) a gene whose phenotypic expression is usually easily discerned, used to
identify an individual, species or a cell that carries it, or as a probe to mark a
nucleus, chromosomes, or locus;
(e) a short DNA sequence, such as a sequence surrounding a single base-pair
change (single nucleotide polymorphism, SNP), or a long one, like minisatellites;

moleculari

(f) are regions in the genome that are heritable as simple Mendelian traits, are
easy to document and can be used to quickly detect genetic variation.

Markerii (genetici) moleculari

Definiie
Markerul molecular este reprezentat de un fragment (regiune) din
molecula de ADN care permite deosebirea/identificarea
unui individ (separarea de ali indivizi sau apartenena la un anumit
grup sau categorie)
unui caracter fenotipic (anatomic, morfologic)
unui caracter biochimic
unui caracter molecular (alt fragment/regiune de ADN).
Practic, se poate afirma c markerul molecular este asociat individului/
caracterului.
Fragmentul de ADN poate avea
mrime (numr de nucleotide)
structur (secven nucleotidic)
rol genetic (codificator sau ne-)
localizare la nivelul genomului (poziie/locus)
foarte variabile.
Poziia markerului la nivelul genomului poate sau nu s fie cunoscut.
Metodele de studiu/analiz bazate pe markeri moleculari sunt de
asemenea foarte variate.

Markerii genetici
Caracteristici

Markerii (genetici) moleculari

Aplicaii
Analiza diversitii genetice i nrudirii
ntre sau n cadrul populaiilor, speciilor
sau indivizilor
analize/studii/discipline comparative
anatomie, morfologie, embriologie,
psiohologie

+
molecular
polimorfismul ADN-ului i proteinelor
aplicaii n filogenie(-genetic),
taxonomie, ecologie, genetic,
ameliorare, medicin

Markerii genetici
!

polimorfism moderat, nalt

transmitere codominant
posibilitatea de discriminare precis a alelelor
stabilitate
repetabilitate i reproductibilitate
transferabilitate
detectare/observare uoar, ieftin, automatizare
creare/dezvoltare uoar, ieftin

Locus
Gen
Alele (variante)
Genotip (combinaia de alele)
Fenotip (caracter, combinaia de...)

identificarea
deosebirea
discriminarea

5/19/2015

Markerii genetici
Transmitere

Makerilor biochimici i moleculari le sunt caracteristice

dou modele de transmitere:
((1)) dominant/recesiv
/
(2) codominant.
n cazul n care structura genetic homozigot poate fi
deosebit de cea heterozigot, markerul este
codominant, iar acest tip este cel mai informativ.

+
interaciunea dintre gene i
mecanismele de formare a
caracterlor

Markerii biochimici

alozime enzime produse de alele (forme) diferite ale aceleiai

gene
izoenzime enzime produse de gene diferite dar care catalizeaz
aceeai reacie

n trecut, au reprezentat cea mai utilizat clas de markeri (cost redus,

simplitate i expeditivitate dpdv. tehnic, uor de dezvoltat), dar au fost
surclasai de markerii moleculari, care sunt mai informativi (pot evidenia
un grad mai ridicat de polimorfism i la nivelul mult mai multor loci) i mai
stabili (nu sunt influenai de vrst sau anatomie)
se bazeaz pe mobilitatea electroforetic diferit determinat de mici
diferene n secvena de aminoacizi
variabilitatea/diversitatea evideniat astfel este cea de la nivelul funcional
al genelor
caracteristici: transmitere simpl, exprimare codominant, penetran
complet, lipsa interaciunilor epistatice i pleiotropice

Markerii biochimici

Markerii biochimici,
allozymes isozymes

Secvenierea

Markerii moleculari

Markerii moleculari au revoluionat domeniul analizelor

moleculare genetice, depind limitrile markerilor biochimici.
n prezent, exist un mare numr de astfel de sisteme ce
permit evaluarea direct a informaiei genetice i la nivelul
ntregului genom.
Influena factorilor de mediu i stadiului ontogenetic este
neglijabil.
Exist dou mari grupuri de markeri moleculari:
(1) bazai pe hibridarea molecular (ADN-ADN) (ex. RFLP)
(2) bazai pe reacia PCR amplificarea fragmentelor de ADN
(ex. RAPD, ISSR, SSR, SCAR, AFLP, SNP, CAPS)
(3) secvenierea.

5/19/2015

Markerii moleculari

Fiecare tip de markeri (moleculari i genetici) prezint

avantaje i dezavantaje, de aceea, utilitatea i aplicabilitatea
unui sistem de markeri nu au caracter universal.
Alegerea markerilor depinde, n principal, de sopul urmrit.
De ex.:
(1) sistemul RFLP este destul de mult utilizat, dar necesit
ADN de foarte bun calitate i caracterizare molecular
prealabil
(2) markerii AFLP au un grad mare de reproductibilitate, dar
prezint dezavantaje tehnico-materiale
(3) sistemele RAPD i ISSR sunt preferabile n cazul lipsei
caracterizrii moleculare i a resurselor materiale
(4) markerii SCAR necesit o foarte bun caracterizare
molecular (i.e. secveniere)
(5) CAPS, SSR, SNP etc.

Markerii moleculari

Amprentare genetic/molecular
Profil genetic
Genotip(iz)are
Testare genetic
DNA profiling
DNA fingerprinting
DNA (geno)typing
Genetic testing

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #1

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #2

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #2

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #3

5/19/2015

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #3

Tipuri de markeri markeri

moleculari

Tipuri de markeri markeri

moleculari ex. #3

Markerii genetici
Aplicaii
Variabilitate genetic genetica populatiilor (+ gen. evoluionist +
filogen. molecular etc.)
studiul frecvenei genelor/alelelor i a interaciunilor dintre acestea sub
influena principalelor procese evolutive: selecia natural, driftul genetic,
mutaia, fluxul genelor
Selecia
S
l i asistat
i t t de
d markeri
k i (+ ameliorarea
li
asitat
it t de
d markeri)
k i)
selecia indirect a formelor ce prezint o caracteristic genetic dorit (i
implicit un fenotip dorit)

Variabilitatea genetic

Variabilitatea
genetic i modele
de diversitate
genetic intra- i
interspecific i
intra- i
interpopulaional

Studiul variabilitii genetice i modelelor de diversitate

genetic intra- i interspecific i intra- i inter
populaional ajut la dezvoltarea metodologiilor de
(1) ameliorare (selecie)
(2) domesticire
(3) conservare

Pentru atingerea acestor obiective este necesar

selectarea (i utilizarea) unor
markeri genetici (moleculari) corespunztori.

n funcie de:
numrul locilor studiai
gradul de polimorfism detectabil
costuri (resurse)

5/19/2015

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic evaluabil cu ajutorul markerilor

este reprezentat de diferenele de la nivelul moleculei de
ADN, determinate de mutaii inserii, deleii, duplicri,
inversii.
Mutaiile pot determina modificri de natur funcional,
ce determin, la rndul lor, schimbri metabolice sau
fenotipice, sau pot fi neutre.

Variabilitatea genetic

Provocarea const n alegerea celor mai

potrivii markeri moleculari, pentru
identificarea/evidenierea variaiei din cadrul
populaiilor.

Variantele mutante pot:

(1) avea eficien metabolic sporit sau redus
(2) avea diferite niveluri sau tipare de expresie genic n
diferite stadii fizologice sau de dezvoltare
(3) s i piard complet funcionalitatea
(4) s capete funcii noi.

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic

5/19/2015

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic

Variabilitatea genetic

Selecia asistat de
markeri
k i

Selecia asistat de markeri

Aplicaiile poteniale ale markerilor moleculari:

selecia asistat de markeri selecia indivizilor ce
prezint caracteristici dorite, pe baza analizei
genotipice moleculare; se poate utiliza singur sau n
combinaie cu metode de selecie clasice;
ameliorarea asistat de markeri orice aplicaie a
markerilor moleculari n cadrul programelor de
ameliorare, n vederea eficientizrii acestora.
Selecia asistat de markeri poate fi:
selecia indirect bazat pe markeri QTL
selecia direct bazat pe genele codificatoare a
caracterelor de interes.

Selecia asistat de markeri

QTL quantitative trait locus locus asociat unui caracter

cantitaitv (!poligenic)
QTL l reprezint
QTL-ul
i t o regiune
i
cromozomal
l n
cadrul
d l creia
i
este situat o gen
sunt situate mai multe gene
ce influeneaz semnificativ (controleaz) un caracter
cantitativ. De obicei, regiunile QTL identificate includ mai
multe gene asociate unui caracter cantitaiv, dar nu pe
toate.

5/19/2015

Selecia asistat de markeri

SELECIA INDIRECTA BAZAT PE MARKERI QTL

Toate formele de selecie indirect presupun selecia unui caracter (i.e.
markerul) corelat cu o variant superioar a altui caracter (caracterul int
sau de interes).
Principiu:
populaii corespunztoare (i.e. segregante) sunt utilizate pentru identificarea
asocierilor
i il (nlnuirea/linkage)
( l
i
/li k
) dintre
di
markeri
k i moleculari
l
l i (de
(d obicei
bi i
necunoscui) i QTL-uri;
asocierea nseamn c anumite alele ale locusului ce reprezint markerul
corespund unei frecvene ridicate a alelelor QTL favorabile;
practic, corelaia (asocierea) markerului i caracterului de interes este
determinat de linkarea markerului cu o regiune cromozomal pe care
este prezent i o gen ce influeneaz semnificativ caracterul
int (i.e. QTL)
sunt prezente mai multe gene care influeneaz caracterul int
(i.e. QTL).
De obicei, markerii QTL se pot utiliza cu succes doar n cadrul familiilor n
care au fost identificai; n cadrul altor familii, s-ar putea ca nlnuirea
iniial (ntre alele) s nu existe.
Selecia asistat de markeri indirect reprezint o extindere a seleciei
indirecte clasice.

Selecia asistat de markeri

SELECIA DIRECT BAZAT PE GENELE CODIFICATOARE A

CARACTERELOR DE INTERES
Aceast form de selecie asitat de markeri presupune selecia
direct a alelelor individuale specifice unuia sau mai multor loci
ce influeneaz caracterul poligenic. Pentru aceasta, este necesar
cunoaterea, la nivel molecular, a uneia sau mai multor gene
implicate n controlul caracterului de interes. Practic, markerii
sunt reprezentai de polimorfisme (variante) ale genelor ce
controleaz direct caracterul poligenic.
Pentru a fi eficient, selecia molecular direct trebuie aplicat
mai multor (tuturor) loci ce controleaz caracterul poligenic de
interes.
Toate formele de selecie asistat de markeri pot fi utilizate
separat sau mpreun cu metodele de selecie clasic.

Ameliorarea asistat de markeri

Selecia asistat de markeri

SELECIA INDIRECTA BAZAT PE MARKERI QTL

Se ncrucieaz doi indivizi cu forme extreme ale
fenotipului de interes. Acetia sunt caracterizai
dpdv. genetic (i.e. structura genetic pentru cei trei
markeri este cunoscut).
Din generaia F1, se ncrucieaz dou forme cu
fenoptip intermediar i structur genetic
g
heterozigot.
n generaia F2 are loc segregarea,
att fenotipic, ct i genotipic.

Fiecare descendent este genotipat

pentru cei trei markeri.
Markerul B-b este codominant.

Cu ajotorul testelor statistice se identific o

asociere ntre clasele genotipice (markerul B-b) i
formele fenotipului de de interes:
genotipul BB este asociat dimensiunii mari
genotipul Bb este asociat dimensiunii intermediare
genotipul bb este asociat dimensiunii reduse.

Selecia asistat de markeri

AVANTAJE I DEZAVANTAJE
Selecia asistat de markei prezint numeroase beneficii, fie utilizat mpreun
cu metodele clasice, fie singur:
(1) posibilitatea reducerii duratei ciclui de ameliorare;
(2) reducerea costurilor legate de testarea populaiilor de descendeni;
(3) creterea intensitii seleciei;
(4) creterea eficienei de selecie a caracterelor cu heritabilitate
redus.
Exist i cteva dificulti semnificative n utilizarea eficient a seleciei asistate
de markeri, care se ntlnesc la orice tip de organisme (i.e. plante agricole i
horticole, animale, specii forestiere).
Cel mai important aspect se refer la structura genetic a caracterului de interes.
Dac acesta se afl ntr-adevar sub controlul a zeci/sute/mii de loci, fiecare cu
avnd un mic efect fenotipic, atunci este imposibil detecia tuturor locilor, iar
identificarea unor markeri asociai poate fi de asemenea imposibil, sau foarte
dificil.
Un alt factor ce limiteaz eficiena selecei bazate pe markeri QTL, este
posibilitatea variabilitii caracterului de interes n funcie de factorii de mediu
sau de genomul analizat.

Selecia asistat de markeri

Eucalyptus grandis
Eucalyptus urophylla

AMELIORAREA ASISTAT DE MARKERI

Dei au fost obinute realizri importante cu ajutorul
metodelor clasice de ameliorare, selecia asistat de
markeri ofer potenialul de sporire a eficienei acestora.
Ameliorarea asistat de markeri se refer deci la diferite
aplicaii ale markerilor moleculari n cadrul programelor
de ameliorare.
ameliorare
Astfel, pe lng procesul de selecie, markerii moleculari
pot fi utilizai i n alte etape/faze ale acestor programe:
alegerea schemelor de hibridare
testarea (genetic a) descendenei (genotipare)
management i controlul calitii
etc.
Se dorete:
sporirea valorii genetice,
reducerea costurilor,
scurtarea intervalul dintre generaii i
eficientizarea controlului calitii.

E. grandis x E. urophylla
F1

E. urograndis

distan de izolare

5/19/2015

Selecia asistat de markeri

E. urograndis
vrst 6 ani
A circumferina trunchiului
n1 ndeplinesc criteriul A
n2 alei la ntmplare
n3 nu ndeplinesc criteriul A

Markeri moleculari microsatelii

Selecia asistat de markeri

Analiza E. grandis
nu toi descendeni provin din clona
utilizat n plantaie
Analiza E. urophylla
dou dintre clonele utilizate ca
polenizatori sunt identice
nu toi descendeni provin din clonele
utilizate n plantaie
n1 cea mai mare p
parte dintre descendeni

provin doar din trei clone

autopolenizare lipsete n n1; proporie
mic n n2; proporie mare n n3

validarea sistemului
mbuntirea managementului

distan de izolare

distan de izolare

Selecia asistat de markeri