Conductor de doctorat
Prof. Univ. Dr. Luminia Smaranda Iancu
Doctorand
Ana Irina Vornicu (Mereu)
IAI
2013
CUPRINS
PARTEA GENERAL
1. Rezistena la carbapeneme.............................................
1.1. Scurt istoric.................................................................
1.2. Carbapenemele.......................................................
1.3. Mecanisme de rezisten la carbapeneme...............
2. Metalo--lactamazele.....................................................
2.1. Clasificarea metalo--lactamazelor........................
2.2. Metalo--lactamazele cromosomale.......................
2.3. Metalo--lactamazele transferabile.........................
2.4. Biochimia metalo--lactamazelor...........................
2.5. Metode de detectare a metalo--lactamazelor........
2.6. Inhibitorii de metalo--lactamaze...........................
2.7. Epidemiologia metalo--lactamazelor....................
2.8. Terapia infeciilor cu bacterii productoare de
metalo--lactamaze................................................
2.9. Concluzii.................................................................
PARTEA PERSONAL
Motivaia, scopul i obiectivele studiului doctoral.......
3. Material i metode......................................................
3.1. Selecia tulpinilor bacteriene...............................
3.2. Testarea sensibilitii la antibiotice.....................
3.3. Metode fenotipice de screening pentru
producerea de metalo--lactamaze.....................
3.4. Izolarea i purificarea ADN bacterian................
3.5. Detectarea prin PCR a genelor pentru
metalo--lactamaze.............................................
3.6. Determinarea spectrofotometric a activitii
enzimatice...........................................................
3.7. Investigarea suportului genetic al genelor pentru
metalo--lactamaze..........................................................
3.8. Metode de tipare molecular...............................
3.9. Analiza statistic.................................................
4. Rezultate....................................................................
1
1
2
3
3
3
6
7
32
33
37
37
39
40
41
42
42
44
47
52
56
63
65
71
76
77
77
77
84
88
90
98
99
103
108
108
113
115
121
123
126
128
Abrevieri
AIM
AK
AMA
ATM
bla
BLSE
bp
CAZ
CIP
CLSI
CMI
CT
DIM
DO
EDTA
ETP
EUCAST
FEP
FIM
GIM
GM
IMP
In
IPM
ISCR
kb
KHM
LEV
MBL
MEM
MLST
NDM
Omp
PCR
PFGE
PLP
Australian imipenemase
Amikacin
Acid mercaptoacetic
Aztreonam
Gena ce codific o -lactamaz
-lactamaze cu spectru extins
Perechi de baze
Ceftazidim
Ciprofloxacin
Clinical Laboratory Standards Institute
Concentraia Minim Inhibitorie
Colistin
Dutch imipenemase
Doxiciclin
Ethylenediaminetetraacetic acid
Ertapenem
European Comittee on Antimicrobial Susceptibility
Testing
Cefepim
Florence imipenemase
German imipenemase
Gentamicin
Imipenemase
Integron
Imipenem
Insertion Sequence Common Region
kilobaze
Kyorin Hospital metallo--lactamase
Levofloxacin
Metalo--lactamaze
Meropenem
Multilocus Sequence Typing
New Delhi metallo--lactamase
Protein din membrana extern (outer membrane
protein)
Polymerase Chain Reaction
Pulsed - Field Gel Electrophoresis
Proteine de Legare a Penicilinei
RAPD
SAM
SIM
SPM
ST
SXT
TE
TIC
TMB
***
PARTEA PERSONAL
Cuprinde capitolele 3, 4 i 5, respectiv, Material i
Metode, Rezultate i Discuii.
3. MATERIAL I METODE
3.1. SELECIA TULPINILOR BACTERIENE
Au fost incluse n studiu tulpini de bacili Gram-negativi
izolate n perioada 2004-2012 n laboratoarele unor spitale din
Iai, Bacu i Galai. Criterii de includere au fost: caracter
morfo-tinctorial de bacil Gram-negativ i certitudinea
semnificaiei clinice a izolatului n funcie de produsul
patologic. Identificarea bacteriilor a fost realizat pe baza
caracterelor microscopice, de cultur i biochimice.
Caracterele biochimice le-am determinat cu ajutorul sistemelor
multitest, TSI (Triple Sugar Iron), asociat cu MIU (Mobilitate,
Indol, Ureaz) i cu Simmons (citrat), i al celor microtest.
galeriile API 20E i API 20NE (bioMerieux, Marcy lEtoile,
Frana).
3.2. TESTAREA SENSIBILITII LA ANTIBIOTICE
Sensibilitatea la antibiotice a tulpinilor bacteriene
incluse n studiu a fost testat prin metoda difuzimetric la
urmtoarele antibiotice (Oxoid, Basingstoke, Marea Britanie):
amoxicilin+acid
clavulanic,
ampicilin
ampicilin,
+sulbactam, ceftazidim, cefepim, piperacilin+tazobactam,
aztreonam,
imipenem,
meropenem,
ciprofloxacin,
levofloxacin,
trimetoprim-sulfametoxazol,
tetraciclin,
doxiciclin, gentamicin, amikacin, tobramicin i colistin, n
funcie de identitatea bacteriei.
Prin metoda microdiluiilor n bulion am determinat
concentraia minim inhibitorie pentru ceftazidim i
imipenem. Interpretarea rezultatelor am efectuat-o pe baza
normelor CLSI (Clinical Laboratory and Standards Institute)
2004 - 2010. Controlul de calitate a fost asigurat cu tulpinile
3
DIA REV, VIM DIA FWD, VIM DIA REV, conform unei
metode descrise anterior (Docquier et al., 2003). O parte din
ampliconii purificai (Wizard PCR Purification Kit Promega
Corp., Madison WI, SUA) au fost trimii pentru secveniere la
Macrogen Inc. (Amsterdam, Olanda), restul fiind secveniai n
Laboratorul de Biologie Molecular al Facultii de Biologie
din cadrul Universitii "Al. I. Cuza", Iai. Identitatea MBL a
fost stabilit prin compararea cu baza de date NCBI cu
ajutorul programului BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
3.8. METODE DE TIPARE MOLECULAR
Metodele de tipare utilizate au fost PFGE i RAPD.
Tiparea prin RAPD a fost realizat, pentru tulpinile de P.
aeruginosa cu primerii 272PSE i 208PSE (Campbell et al.,
2000) i cu primerul ERIC2 (Versalovic et al., 1991), conform
protocoalelor descrise anterior, iar pentru tulpinile de
A. baumannii, cu primerul 1254, dup metoda lui Akopyanz
(Akopyanz et al., 1992).
Dou sau mai multe probe cu acelai pattern de benzi
(analizate vizual) au fost incluse n acelai tip RAPD, denumit
cu litere majuscule sau cifre. Probele care au diferit prin una
sau mai multe benzi au fost considerate tipuri diferite. Tipurile
RAPD care au diferit prin maxim o band major sau trei
minore au fost considerate posibil nrudite. Benzile au fost
clasificate n majore, dac intensitatea lor a fost mai mare sau
egal cea a fragmentului de 1000- bp a marker-ului de greutate
molecular 200-bp ladder (Promega Corp., Madison WI,
USA). Benzile minore au fost cele cu o intensitate mai mic
dect cea a fragmentului de 1000- bp.
3.9. ANALIZA STATISTIC
Datele au fost centralizate n baze de date EXCEL i
SPSS 13.0 i prelucrate testele ANOVA i 2. Am considerat
ca semnificative valorile lui p < 0,05.
4. REZULTATE
4.1. TULPINILE BACTERIENE
Lotul de studiu a inclus 2147 bacili Gram-negativi, nonduplicat, selectai aleator dintre tulpinile cu semnificaie
clinic izolate n urmtoarele spitale: Spitalul de Boli
Infecioase Sf. Parascheva Iai, Institutul de Boli
Cardiovasculare "Prof. Dr. G.I.M. Georgescu" Iai, Spitalul de
Copii Sf. Maria Iai, Spitalul Clinic Dr. C.I. Parhon Iai,
Spitalul Clinic Judeean de Urgene Sf. Spiridon Iai,
Spitalul Judeean de Urgene Bacu i Spitalul Judeean de
Urgene Galai, n perioada 2004-2012 (tabel 4.I).
4.2.
SENSIBILITATEA
TULPINILOR STUDIATE
LA
ANTIBIOTICE
PDR
60%
XDR
40%
MDR
modR
20%
0%
P. aeruginosa
A. baumannii
E. cloacae
K. pneumoniae
y = 13,3x + 132,5
200
100
< 2007
2008
2009
2010
2011/12
E. cloacae
K. pneumoniae
R non MBL
A. baumannii
MBL
P. aeruginosa
0%
20%
40%
60%
80%
100%
100%
80%
60%
Sensibil
Rezistent
40%
20%
0%
TZP
CAZ FEP
LEV
GM
TOB
AK
CT
13
100%
80%
60%
Sensibil
40%
Rezistent
20%
0%
TZP
CAZ FEP
LEV
GM
TOB
AK
CT
non MBL
15
MBL
10
5
0
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
CAZ
FEP
SAM
MEM
CIP
MBL
SXT
DO
GM
TOB
AK
CT
nonMBL
17
4.8.
RELAIILE
EPIDEMIOLOGICE
DINTRE
IZOLATELE PRODUCTOARE DE METALO-LACTAMAZE
Analiza RAPD a fost efectuat pentru a determina
nrudirea genetic a izolatelor care poart acelai determinant
de rezisten i modul de transmitere al acestuia.
Tulpina Pa247IS a fost comparat cu dou tulpini
(AV65 i OV160) de P. aeruginosa productoare de IMP-13,
izolate n Italia. Profilul de benzi al Pa247IS a fost identic cu
cel al tulpinii AV65, deci izolatul din Iai este nrudit clonal cu
cel responsabil de o izbucnire epidemic ntr-un spital din
sudul Italiei n 2003.
Cele 46 tulpini P. aeruginosa pozitive pentru blaVIM au
fost mprite n tipuri 7 RAPD, cu ajutorul primerului
272PSE, dup cum urmeaz: un tip major A (26 tulpini), tipul
B (14 tulpini), tipul C (2 tulpini) i tipurile D, E, F, G fiecare
cu cte o singur tulpin. Diferena dintre tipurile A, B i F
const ntr-o singur band, deci tulpinile sunt probabil
nrudite (fig. 14). Tulpinile din tipurile RAPD C, D, E i G
sunt diferite.
18
Prezena aceluiai integron de clas 1, IntI1-attI-aacA7blaVIM-2-qacE1, la tulpini din tipuri RAPD diferite sugereaz
transferul orizontal al materialului genetic.
Tulpina Pa16GL (tip RAPD G) productoare de VIM-2,
izolat n 2003 la Galai a fost diferit de tulpinile din Iai.
Prin RAPD cu primerul ERIC2, tulpinile P. aeruginosa
pozitive pentru blaVIM-2 au fost clasificate n tipuri 10 tipuri
RAPD, notate cu cifre arabe (fig. 15).
Nr. tulpini
RAPD tip A
RAPD tip F
RAPD tip B
RAPD tip C
RAPD tip D
RAPD tip E
BI
SS
UP
Ped
CCV
Nr. tulpini
18
16
14
12
10
8
6
4
2
0
RAPD tip 2
RAPD tip 3
RAPD tip 4
RAPD tip 5
RAPD tip 6
RAPD tip 7
RAPD tip 8
BI
SS
UP
Ped
CCV
RAPD tip 9
RAPD tip 10
20
29
30
GRADUL DE ORIGINALITATE
Originalitatea studiului de fa const n investigarea
pentru prima dat a prezenei metalo--lactamazelor la bacili
Gram-negativi izolai n spitale din regiunea Moldovei, fiind i
printre primele studii de acest fel din ar.
Acest studiu a semnalat pentru prima oar n ara
noastr enzimele VIM-2 i IMP-13 la tulpini de P. aeruginosa,
cu caracterizarea integronilor care adpostesc genele lor
codante. De asemenea am detectat gena blaVIM la tulpini de K.
pneumoniae.
Este un studiu care s-a desfurat pe mai muli ani i a
permis observarea creterii rezistenei la antibiotice, inclusiv
la carbapeneme a tulpinilor de P. aeruginosa, cu emergena
MBL.
n baza tiprii moleculare a tulpinilor de P. aeruginosa
productoare de MBL, teza a scos n eviden expansiunea
clonal, ca principal mecanism de transfer al genelor pentru
MBL. Prin compararea tulpinii productoare de IMP-13 cu
tulpini izolate n spitale din Italia i Argentina, a fost
demonstrat prezena unei clone cu diseminare internaional
ntr-un spital din Iai.
De asemenea, originalitatea studiului const i n
elaborarea unui algoritm de depistare a tulpinilor productoare
de MBL n laboratoarele de microbiologie.
PERSPECTIVE DE CERCETARE
Detectarea i caracterizarea altor mecanisme de rezisten
la imipenem (alte clase de carbapenemaze, deficit de porine,
pompe
de
eflux, hiperactivitatea
cefalosporinazei
cromosomale AmpC).
Continuarea studiului rezistenei la carbapeneme a
tulpinilor de Enterobacteriaceae i Acinetobacter spp.
Introducerea sistematic a metodelor moleculare de tipare
n ancheta epidemiologic a infeciilor nosocomiale.
31
Bibliografie selectiv
Akopyanz N, Bukanov NO, Westblom TU. DNA
diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori
detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids
Res 1992; 20: 5137-5142.
Arakawa Y, Shibata N, Shibayama K et al. Convenient
test for screening metallo--lactamase-producing gramnegative bacteria by using thiol compounds. J Clin Microbiol
2000; 38(1): 40-43.
Bonin RA, Poirel L, Licker M, Nordmann P. Genetic
diversity of carbapenem hydrolysing -lactamases in
Acinetobacter baumannii from Romanian hospitals. Clin
Microbiol Infect 2011; 17(10): 1524-1527.
Cabot G, Ocampo-Sosa AA, Angeles-Dominguez M et
al. genetic markers of widespread extensively drug-resistant
Pseudomonas aeruginosa high-risk clones. Antimicrob Agents
Chemother 2012; 56(12): 6349-6357.
Campbell M, Mahenthiralingam E, Speert DP.
Evaluation of random amplified plymorphic DNA typing of
Pseudomonas aeruginosa. J Clin Microbiol 2000; 38(12):
4614-4615.
Carvalhaes C, Picao R, Nicoletti AG, Gales A. Cloverleaf
test (modified Hodge test) for detecting carbapenemase
production in Klebsiella pneumoniae: be aware of false
positive results. J Antimicrob Chemother 2010; 65: 249-251.
Cernat R., C. Balotescu, Lazar V et al. Genetic
characterisation of highly prevalent MBLs and OXA
carbapenemases
in
multidrug-resistant
Acinetobacter
baumannii strains in a Romanian hospital. Clin Microbiol
Infect 2007; 13(s1): O436
Chu YW, Cheung T, Ngan J, Kam KM. EDTA
susceptibility leading to false detection of metallo-betalactamase in Pseudomonas aeruginosa by Etest and an
imipenem-EDTA disk method. Int J Antimicrob Agents 2005;
26(4): 340-343.
32
33
34
35
***
37
ANEX
Lista de articole din tematica tezei de doctorat
Articole n reviste cotate ISI
1. Mereu AI, Bdescu AC, Dorneanu OS, Iancu LS,
Tuchilu CG. Spread of VIM-2-metallo--lactamase in
Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii
clinical isolates from Iasi, Romania. Rev Romn Med Lab
2013; 21 (4): in press. Factor de impact 0,097.
2. Santella G, Pollini S, Docquier JD, Mereu AI, Gutkind
G, Rossolini GM, Radice M. Intercontinental
dissemination of IMP-13-producing Pseudomonas
aeruginosa belonging in sequence type 621. J Clin
Microbiol 2010; 48(11): 4342-4343. Factor de impact 4,068.
Articole n reviste B+
3. Mereu AI, Tuchilu CG, Bdescu AC, Iancu LS.
Rezistena prin metalo-beta-lactamaze la izolate clinice de
Pseudomonas aeruginosa rezistente la carbapeneme. Rev
Med Chir Soc Med Nat Iai 2011; 115(4): 1208-1213.
4. Mereu AI, Enache E, Dumitracu A, Vremer T, Coman
G. Emergena rezistenei la carbapeneme la tulpini
Klebsiella pneumoniae izolate din infecii ale tractusului
urinar. Rev Med Chir Soc Med Nat Iai 2011; 115(2): 531-535.
5. Mereu AI, Docquier JD, Rossolini GM, Buiuc D.
Detection of metallo-beta-lactamases in gram-negative
bacilli isolated in hospitals from Romania--research
fellowship report. Bacteriol Virusol Parazitol Epidemiol
2007; 52(1-2): 45-49. Citat de 3 ori.
6. Mereu AI, Poiat A, Tuchilu CG, Dorneanu O, Nistor
S, Copcianu B. Metode de screening al bacililor gramnegativi productori de metalo--lactamaze. Rev Med Chir
Soc Med Nat Iai 2005; 109(2): 387-391.
38