Dinamica moleculara: Introducere

In conditii fiziologice, biomoleculele sufera

mai multe miscari si modificari
Scara de timp a acestor miscari este intre
femtosecunde si secunde
Aceste miscari sunt esentiale pentru functia
biomoleculelor

Dinamica moleculara se bazeaza pe

legea a doua a dinamici (legea lui
Newton):

Miscarea atomilor x(t)

Se deduce din energia

potentiala V(x)

Energia potentiala V(x) a unei molecule

include termeni de legatura
Deformarea
legaturii
Indoirea unghiurilor
Rotatia de torsiune
Diedre improprii

 si termeni de nelegatura
Interactiuni
electrostatice
Interactiuni
van der Waals

Ecuatia pentru termenii de legatura din energia

potentiala

Vbonded ( R )

kl (l l0 )

bonds

k 0

angles

k ( 0 ) 2

impropers

A [1 cos(n )]
n

torsions

Ecuatia pentru termenii de nelegatura

min
ij
12

min
ij
6

qi q j

Vnonbonded ( R ) ( [(
) 2(
) ]
ij rij
rij
4 r 0 rij
i j

 Fiecare dintre aceste interactiuni exercita o

forta asupra unui atom dat din molecula
Forta rezultanta se calculaza din functia
energiei potentiale

Daca se cunoaste forta

asupra unui atom se
calculeaza miscarea:

Dinamica moleculara: Introducere

La un moment de timp, t trebuie cunoscute:
pozitia initiala a fiecarui atom

x1

viteza

v1 = dx1/dt

si acceleratia

a1 = d2x1/dt2 = m-1F(x1)

Pozitia x2 , a atomului dupa un interval de timp

t este,

x2 x1 v1t
iar viteza v2,

dV
v2 v1 a1t v1 m F ( x1 )t v1 m
dx
1

x1

Metoda diferentelor finite

Se bazeaza pe dezvoltarea in
serie Taylor.
Pozitia este: 1 1

1 4
r (t t) r (t) t v(t) t a (t ) t b (t ) t c (t ) ...
2
6
24
2

Viteza (prima derivata):

1 2
1 3
v(t t) v(t) t a(t) t b (t ) t c (t ) ...
2
6

Acceleratia (derivata a doua):

1 2

a(t t) a(t) t b(t) t c (t ) ...

2

Algoritmul Verlet [Verlet 1967]

1 2
r (t t) r (t) t v(t) t a (t ) ...
2

1 2
r (t t) r (t) t v(t) t a (t ) ...
2

Prin adunarea celor doua ecuatii

2
r (t t) 2 r (t) - r (t t) t a (t )

Vieza se poate calcula din

r (t t) - r (t t)
v(t)
2t
sau

1
r (t t) - r (t)
v(t t)
2
t

Avantaj:
Necesar scazut de memorie: doua
seturi de coordonate r(t) si r(t-t) si
acceleratia, a(t)

Dezavantaje:
Pozitiile r(t+t) sunt obtinute din adugarea unui termen mic
t2a(t) la o diferenta de termeni mult mai mare

2
r (t t) 2 r (t) - r (t t) t a (t )
Vitezele sunt disponibile numai dupa calcularea pozitiilor din
iteratia urmatoare

Dezavantaje:
Nu este un algoritm self-starting: poztiile sunt obtinute din pozitiile
actuale r(t) si pozitiile din iteratia precedenta r(t-t)

2
r (t t) 2 r (t) - r (t t) t a (t )
La t=0 exista doar un set de pozitii si este necesara o ipoteza
pentru pozitiile la t-t

Se poate folosi seria Taylor

r (t) r (0) - t v(0)

Algoritmul Verlet al vitezelor [Swope et a.

1982]

1 2
r (t t) r (t) t v(t) t a(t)
2

1
v(t t) v(t) t a(t) a(t t)
2

Algoritmul leap-frog [Hockney 1970]

1
r (t t) r (t) t v(t t)
2

1
1
v(t t) v(t - t) t a(t)
2
2

1
1
1
v(t) v(t t) v(t t)
2
2
2

Configuratia initiala:
- Date experimentale
(cristalografie de raze X, rezonanta magnetica nucleara)
- Modele teoretice
- Combinatie experiment-teorie

Vitezele initiale, distributia Maxwell-Boltzmann

mi

p(vix )
2k BT

1/2

1 mi v 2 ix

exp 2 k BT

Distrubutia Gauss (normala)

( x x ) 2

p( x)
exp 2
2
2
2

<x> este media si 2 varianta: 2 =<(x-<x>)2>

Echilibrare
Scop: aducerea sistemului din starea initiala
la echilibru teremodinamic
Se monitorizeaza diversi parametri (energia
cinetica, potentiala, totala, viteze,
temperatura, presiune)

Productie
Calcularea temperaturii:

E cinetica

2
| p|
k BT
3N N c

2
i 1 2mi
N

Nc: numarul de constrangeri

3N-Nc: numarul gradelor de libertate

Proprietati dependente de timp

Functii de corelatie. Coeficienti de corelatie. M
valori ale seturilor de date xi si yi

1
C xy
M

x y
i 1

xi yi

 sau normalizate (-1 ..+1)

c xy

1 M
x i yi
M i1
1 M 2 1 M 2
x i
y i

M i1 M i1

x i yi

x 2i y 2i

Cxy= 0: nu exista corelatie

Cxy= 1: grad inalt de corelatie

Intervalul de timp t pentru integrarea ecuatiilor de

miscare: 1 femtosecunda
Limitare datorata celei mai rapide forte
Scala de timp accesibila: 101-103 ns

Ipoteza ergodica:

A ansamblu A timp

Cum se modifica o molecula in timpul MD

In general, daca se cunosc valorile x1, v1 si

energia potentiala V(x), traiectoria
moleculara x(t) poate fi calculata din

xi xi 1 vi 1t
dV ( x)
vi vi 1 m
dx
1

t
xi 1

Scala de timp a miscarilor in proteine (1)

Miscarea

Extinderea
Tmpul
spatiala (nm) caracteristic (s)

Vibratia atomilor din

legaturi chimice

0.2 0.5

10-14 10-13

Vibratii elastice ale

domeniilor globulare

12

10-12 10-11

Rotatia laturilor
laterale de la
suprafata

0.5 1

10-11 10-10

Libratia de
torsiunea a gruparilor
din interior

0.5 1

10-11 10-9

Scala de timp a miscarilor in proteine (2)

Extinderea
spatiala
(nm)

Tmpul
caracteristic (s)

Miscarea realtiva a unor

regiuni diferite (hinge
bending)

12

10-11 10-7

Rotatia lanturilor laterale

din interior

0.5

10-4 1

Tranzitii alosterice

0.5 4

10-5 1

Denaturari locale

0.5 1

10-5 10

Plierea proteinelor

???

10-5 102

Miscarea

Parametri esentiale pentru

dinamica moleculara (setati de
utilizator)

Temperatura
Presiune
Pasul de integrare
Constanta dielectrica
Duratele echilibrarilor si ale productiei

Dinamica la temperatura constanta

Scop: studiul comportarii sistemului la
schimbarile de temperatura (tranzitii de
faza, folding si unfolding, simulated
annealing)

Temperatura este legata de energia cinetica

prin relatia:

2
| p|
k BT
3N N c

2
i 1 2 mi
N

E cinetica

Scalarea vietezelor [Woodcock, 1971]: daca

temperatura la timpul t este T(t) si vitezele sunt
multiplicate cu factorul , schimbarea de
temperatura poate fi calculata:
1 N 2 mi (vi ) 2 1 N 2 mi vi
T

2 i 1 3 Nk B
2 i 1 3 Nk B

T (2 1)T (t )

Tnew / T (t )

Model initial de ADN

Model de AND cu ioni

AND intr-o cutie de apa

Instantanee

lungimea

Rasucirea medie

Formarea unui helix

Helix din 30 AA

Plierea unei proteine

Canal ionic

Aquaporina

Bistrat lipidic