Genetica microorganismelor

CAP.2.1. C R O M O Z O M U L

BACTERIAN

A. Structura fizic i chimic a cromozomului bacterian

Modelul de mpachetare
Imensa majoritate a bacteriilor dein ca material genetic esenial o molecul ADN dublu
catenar circular covalent nchis, suprarsucit negativ i mpachetat. Dei complexarea cu proteine
i mpachetarea nu este identic cu cea din cromozomii de tip eucariot, totui aceast molecul
este denumit tot cromozom sau nucleoid. Cromozomul bacterian este ataat la membrana
plasmatic a celulei bacteriene n aproximativ 20 de puncte, dar o funcie deosebit pare s aib
punctul de ataare de lng regiunea ori C.
Cei mai mici cromozomi de tip procariot msoar mai puin de 1 Mpb i se ntlnesc mai
ales la bacteriile fr perete celular (bacteriile din genurile Mycoplasma i Ureaplasma au
cromosomi cu dimensiuni cuprinse ntre 600 i 800 kpb). La cealalt extrem se afl bacteriile din
genurile Myxococcus i Calothrix, care au cromozomi foarte mari (aproximativ 12-13000 kpb).
Escherichia coli are un cromozom de dimensiune intermediar: 4700 kpb.
n general, molecula ADN ce
formeaz cromozomul bacterian este
de aproximativ 1000 de ori mai lung
dect celula bacterian. Aceast
molecul este complexat cu proteine,
suprarasucit i mpachetat formnd
o structur conform cu modelul
elaborat de Pettijohn n 1974
(Fig.2.1.). Conform acestui model, prin
asocierea ADN cu proteine i cu ARN
(de regul, ARN nascent) se formeaz
aproximativ 50 de domenii topologice,
semi-independente, per genom de
E.coli. Fiecare domeniu (bucl) este
suprarsucit separat de celelalte
domenii i poate fi relaxat independent
de celelalte prin introducerea unei
rupturi monocatenare. Gradul de
suprarsucire negativ este dat de
balana dintre activitatea a doua
enzime - ADN giraza i ADN
topoizomeraza I amndou reglnd
densitatea helical a moleculelor de
ADN.
Una dintre cele mai importante
specii proteice cu rol n stabilirea i
meninerea arhitecturii cromozomului
bacterian este ADN giraza (enzim ce
face
parte
din
clasa
ADN
topoizomerazelor II). Aceast protein
se ataeaz la molecula cromozomului
bacterian ntr-un mod situs-specific (la
secvenele REP), ataarea fiind
stimulat de interaciunea cu proteina
HU (Helix Unwinding). Moleculele de
ADN giraz sunt distribuite la intervale
de aproximativ 100 kpb, ceea ce
corespunde la o molecul de ADN
giraz per domeniu topologic.

c r o m o so m
b a cter ia n

p l ier e

c i r ca 5 0 d o m e n i i
p e r c r o m o so m
b a cter ia n

REP

su p r a r a su c ir e
REP
d o m en i i
su p r a sp i r a l i z a t e
n ega tiv

A D N gir a z a

Fig.1.1. Modelul de mpachetare a cromozomului bacterian

[Petttijohn, 1974].

Cap.2 Genetica bacteriilor

Configuraii ADN n cromozomul bacterian

Principalul tip de structur secundar a ADN ce formeaz cromozomul bacterian este
forma B de dreapta, dar aceast configuraie nu se gsete uniform de-a lungul ntregului
cromosom bacterian. Alte configuraii, prezente pe distane scurte, sunt ADN-Z (n dublu helix de
stnga), structuri cruciforme (n regiunile cu secvene invers repetate) i regiuni triplu-catenare (n
zone extrem de bogate n purine sau pirimidine).
Este de reamintit faptul c, n general, expresia genic este afectat nu numai de
secvena primar a ADN (succesiunea de nucleotide), ci i de structura secundar i teriar a
acestuia.
Compoziia n nucleotide
n majoritatea cazurilor, compoziia global n nucleotide a unei molecule de ADN se
exprim prin procentul molar de guanin + citozin (%mol GC), restul pn la 100% fiind, evident,
reprezentat de adenin + timin (datorit criteriului de complemntaritate ntre cele dou catene
ADN, respectiv ntre bazele purinice i cele pirimidinice). Compoziia n nucleotide a cromozomului
bacterian variaz n limite foarte largi: 25 %mol GC la Mycoplasma capricolum i 75 %mol GC la
Micrococcus luteus.
Procentul molar de guanin + citozin este corelat i cu compoziia n codoni a
genomului. Aceasta variaz n sensul preferinei pentru 1-2 codoni dintr-un grup de codoni
sinonimi. Se constat astfel c la Mycoplasma capricolum este favorizat prezenta A/T n poziia 3a a codonilor sinonimi.
S-a mai constatat c n cromosomul bacterian exist i o serie de gene a cror activitate
poate afecta compoziia total n nucleotide a unei molecule de ADN. Astfel, la E.coli au fost
descrise dou gene (mut T i mut Y) care afecteaz frecvena transversiilor A-T / C-G i,
respectiv, C-G / A-T. Echilibrul ntre exprimarea acestor dou gene afecteaz compoziia global n
nucleotide a moleculei de ADN ce reprezint cromosomul de E.coli. n mod evident, codonii
favorizai se coreleaz cu abundena moleculelor de ARNt cognate din microorganismul respectiv.
Astfel, exist codoni optimi ce sunt cel mai corect i eficient recunoscui de ctre cele mai
abundente molecule de ARNt.
O alt problem o reprezint contextul de citire a unui anumit codon, n spe,
configuraia codonilor adiaceni. Numrul teoretic posibil de codoni (sens) adiaceni este foarte
mare (612 = 3721), dar, examinnd 237 de gene de la E.coli s-a constatat c perechile de codoni
adiaceni nu sunt distribuite randomizat, ci anumite perechi de codoni sunt mai abundente dect
altele. S-a dedus astfel c, compoziia n nucleotide a unui codon este corelat i cu compoziia
codonilor adiaceni, corelat probabil cu procesele de ataare la situsurile A (Aminoacil) i P
(Peptidil) ale ribozomilor. Se pare deci, c aparatul de traducere a informaiei genetice ar fi putut s
determine evoluia unor anumite trsturi ale matriei genetice.

B. Principalele clase proteice asociate cu cromozomul bacterian

n afar de ARN polimeraza, care datorit ratei nalte de transcriere la procariote, ramne
asociat cvasi-permanent cu moleculele de ADN, cromosomul bacterian este asociat cu o serie de
proteine bazice, similare cu histonele de la organismele eucariote i denumite proteine histonelike. La E.coli au fost descrise 9 specii moleculare de proteine bazice, cu g.m. ntre 9 i 28 kd, care
se ataeaz la ADN ntr-o manier situs-nespecific i care au funcii similare cu histonele de la
organismele eucariote.
Dintre cele 9 specii moleculare proteice, cea mai important este o protein denumit HU
care are caracter bazic i o g.m. de 9.7 kd. Proteina HU funcioneaz ca dimer, iar un monomer de
HU este format din dou polipeptide, denumite HU- i HU- i codificate de gene diferite: hup A
i, respectiv, hup B. Proteina HU are proprieti fizice i compoziie total n aminoacizi similar cu
histonele de la eucariote, dar secvena de aminoacizi este diferit de acestea. Ca i histonele de la
eucariote, proteina HU are un grad nalt de conservare n lumea bacterian. Exist aproximativ
25000 de molecule HU per genom de E.coli, dar aceste molecule nu sunt dispuse uniform de-a
lungul cromozomului bacterian, ci sunt mai dense la periferia nucleoidului (n zonele extrem de
active transcripional).
Din complexarea moleculelor HU cu ADN cromozomal bacterian se formeaz structuri
similare cu nucleosomii de la eucariote, denumite structuri nucleosom-like (chiar i n condiii n
vitro), n care sunt cuprinse circa 200 pb/nucleosom. Structurile nuclesom-like nu sunt statice, ci se
afl ntr-un echilibru dinamic. Studii mai ample au demonstrat faptul c proteina HU nu este o
2

Genetica microorganismelor

simpl protein structural a arhitecturii cromozmului bacterian, ci are rol foarte important n
diverse procese din celula bacterian n mod special n procese ce implic interaciuni ADNproteine, situaie n care moleculele HU favorizeaz ataarea altor proteine la ADN, favoriznd
inclusiv interaciunea girazei cu situsurile REP.
Alte proteine histone-like de la E.coli sunt proteina H (similar cu histona H2A de la
eucariote), proteina H1, proteina H-NS, proteina IHF. Proteina IHF (Integration Host Factor) a
fost descoperit n studiile privind integrarea genomului fagului n cromozomul de E. coli. Ulterior,
s-a constatat c aceast protein intervine i ntr-o serie de alte procese din celula bacterian.
Molecula de IHF (g.m.=20 kd) este format din 2 subuniti codificate de 2 gene distincte: him A i
him B. Spre deosebire de proteina HU i chiar de alte proteine histone-like, moleculele de IHF se
ataeaz la ADN ntr-o manier situs-specific. Moleculele de IHF nu sunt necesare pentru
recombinarea bacterian omoloag, dar par s intervin n fenomene de recombinare
neomoloag, specializat, cum sunt de altfel, procesele de transpoziie i de conjugare bacterian.
Dei proteinele histone-like au fost studiate extensiv la E.coli, totui au fost identificate
proteine cu funcii omoloage i la alte genuri i specii bacteriene. Pe de alt parte, s-a constatat c
o serie de microorganisme din grupul Archaea prezint proteine histone-like cu structur
intermediar ntre cele de la Bacteria i histonele de la Eukarya.

C. Secvene ADN repetate

n cromosomul bacterian au fost identificate secvene ADN repetate, dintre care unele nu
codific proteine/ARN (secvene repetate necodificatoare), iar altele codific o serie de proteine
sau specii moleculare de ARN (ARNr, ARNt) secvene repetate codificatoare.
1) Secvene repetate necodificatoare = ADN repetitiv
Acestea sunt reprezentate de secvene scurte ce apar de regul n afara ORF-urilor (Open
Reading Frames). n mare majoritate a cazurilor, asemenea secvene servesc ca situsuri de
interaciune ADN-proteine (inclusiv n procese de recombinare, inversie, excizie, transpoziie) i ca
situsuri modificate ce identific catena matri n timpul replicrii semiconservative a cromozomului
bacterian. Dintre cele mai cunoscute asemenea secvene sunt secvenele REP, Chi, Dam.
Secvene REP (Repeated Extragenic Palindromes)
Secvenele REP sunt formate din palindroame repetate, majoritatea aflate n regiuni
extragenice. O secven REP conine o secven consensus de 38 bp. Clusteri de 2-4
secvene REP separate ntre ele prin 20 pb formeaz un element REP (REPE = REP
Element, Fig.1.2.). La E.coli i Salmonella typhimurium exist 100-200 structuri REPE
(reprezentnd deci, aproximativ 0.5% din cromozomul bacterian), localizate nsa diferit.
La secvenele REP se leag molecule de protein HU i de ADN giraz, aceste secvene
avnd deci rol n mpachetarea nucleoidului. Tot la aceste secvene se leag i ADN
polimeraza intervenind n procese de replicare i reparare ADN.
R E P 38pb

20pb

R E P 38pb

20pb

R E P 38pb

R E PE
Fig.1.2. Organizarea elementelor REP la Escherichia coli.

Situsuri Chi Un situs Chi are o lungime de 8 pb: 5 GCTGGTGG 3

Datorit faptului c reprezint situsul de recunoatere i tiere a moleculelor ADN de ctre
endonucleaza RecBCD, secvenele Chi stimuleaz recombinarea omoloag mediat de
RecA i RecBCD. S-a mai constatat c efectul recombinativ al situsului Chi este polar:
stimuleaz recombinarea la capatul 5 al lui Chi, i nu la 3.
Situsuri Chi au fost identificate att pe cromosom, ct i pe unele plasmide de la E.coli.
Mai mult chiar, s-a constatat c secvenele Chi reprezint situsuri de stimulare a
recombinrii genetice la toi membrii familiei Enterobacteriaceae. n contrast, la
Pseudomonadaceae, complexul enzimatic RecBCD nu acioneaz la situsuri Chi.
In cromosomul de E.coli au fost identificate aproximativ 950 de situsuri Chi, ce par s fie
distribuite relativ uniform (1 situs Chi la 5 kbp), cu excepia zonei adiacente regiunii oriC,
unde exist un cluster de 22 de situsuri Chi.
Situsuri Dam sunt formate din 4 bp (5 GATC 3) i reprezint situsurile de metilare a
adeninei (adenina este metilat la poziia N6). Cromosomul de E.coli conine foarte multe
situsuri Dam (peste 18.000) care, dac ar fi dispuse randomizat ar exista 1 situs Dam/250
3

Cap.2 Genetica bacteriilor

bp. i n acest caz s-a constatat un numr foarte mare de situsuri Dam n, i n jurul,
regiunii oriC: n cele 245 bp ce definesc oriC la E.coli exist 8 situsuri Dam, iar n cele 350
bp ce flancheaza oriC exist nc 12 situsuri Dam.
2) Secvene repetate codificatoare au dimensiuni mult mai mari dect cele necodificatoare.
operoni rrn exist la toate bacteriile i cuprind secvene ce codific pentru molecule de ARN
ribozomal (ARNr). La cele mai multe dintre speciile bacteriene, linkage-ul n cadrul unui
operon rrn este 16S 23S 5S.
E.coli i S.typhimurium au cte 7 loci (operoni) rrn, localizai n poziii echivalente. Cei 7
operoni sunt notai rrnA.rrnG, fiecare cuprinznd secvene 16S-23S-5S cotranscrise
ntr-o molecul ARN de 30S. Numrul operonilor rrn variaz de la un gen/specie
bacterian la alta: Bacillus subtilis are 10 operoni rrn, Mycobacterium sp. are 1-2 operoni
rrn.
Chiar n cadrul aceleiai tulpini bacteriene, locii rrn pot diferi ntre ei n ceea ce privete
prezena/absena genelor pentru ARNt n regiunile spacer dintre genele ARNr. Astfel, toi
cei 7 operoni rrn de la E.coli au 1-2 gene pentru ARNt ntre secvenele pentru 16 i 23S, i
0-2 gene ARNt dup 5S.
Distribuia locilor rrn pe cromosom variaz la diverse specii bacteriene: la E.coli,
majoritateta locilor rrn sunt localizai n jumtatea cromosomal ce are n centru regiunea
oriC; la B.subtilis, locii rrn sunt grupai ntr-o zon ce reprezint 30% din cromosom.
genele pentru ARNt
Cromosomul de E.coli conine 41 de gene/operoni pentru ARNt distribuii n tot
cromosomul. Unii din aceti operoni codific pentru o molecul de ARNt, alii pentru mai
multe molecule de ARNt, iar alii au i secvene ce codific diverse proteine.
secvene rhs (rearrangement hot-spots) sunt capabile s genereze duplicaii genice prin
procese de crossing-over inegal ntre secvene repetate. La E.coli K-12 au fost identificate
4 secvene rhs, notate rhs A, B, C i D. Fiecare din aceste 4 secvene au dimensiuni ntre
8 i 9 kbp i sunt compuse dintr-o regiune core (miez) (cu secven conservat de
aproximativ 3700 bp) i din segmente flancatoare. Prin exprimarea regiunilor core ale
secventelor rhs A, B i C sunt sintetizate 2 proteine cu funcie deocamdat necunoscut. n
contrast cu E.coli K-12, la E.coli B i E.coli C, precum i la S.typhimurium, nu au fost
descrise secvene rhs.

D. Numrul de copii genice

La bacterii, n afar de genele sau operonii aflai n copii multiple, numrul de copii ale unei gene
cromosomale poate varia n funcie de urmtorii factori:
1. poziia genei pe cromosom, de-a lungul unui gradient pornind de la oriC spre regiunea ter. n
timpul replicrii cromosomului bacterian, n funcie de poziia lor pe cromosom, unele gene
sunt deja replicate, n timp ce altele nc nu. Astfel, unele gene se gsesc ntr-un numr mai
mare de copii dect altele.
2. copii ale unei gene cromosomale pot exista i pe plasmide.
n aceast situaie se folosete termenul de meroploidie parial, care se refer la o ploidie
parial ce afecteaz anumite gene, fr s existe multiplii de cromosomi ntregi (este cazul
genelor prezente i pe cromosom i pe un plasmid).
3. ntr-o celul bacterian pot exista mai multe copii ale ntregului cromosom.
La anumite specii bacteriene exist mai multe copii cromosomale n aceeai celul:
Desulfovibrio vulgaris (4 copii), D.gigas (17 copii), Azotobacter chroococcum (20-25 de copii),
A.vinelandii (40-80 de copii cromosomale).
Este de subliniat faptul c la majoritatea speciilor bacteriene cu copii cromosomale multiple exist
procese de inactivare cromosomal ce asigur funcionarea unui singur cromosom i inactivarea
celorlali.

Genetica microorganismelor

E. Densitatea informaiei n cromosomul bacterian

Densitatea informaiei biochimice, adic numrul de reacii biochimice catalizate per kb
de material genetic, este un parametru extrem de variabil n genomul bacterian, n primul rnd
datorit faptului c nu ntotdeauna genele au o relaie 1-la-1 cu reaciile biochimice. n mod uzual,
este valabil relaia 1 gen => 1 polipeptid => 1 reacie biochimic. Exist ns i foarte multe
excepii, de exemplu:
- enzime formate din mai multe lanuri polipeptidice: de exemplu, enzima succinat
dehidrogenaza este format din 4 polipeptide codificate de 4 gene diferite sdh A, B, C i D. n
acest caz, relaia este 4 gene =>1 reacie biochimic;
- enzime polifuncionale, ce catalizeaz mai multe reatii biochimice: de exemplu, complexul
enzimatic FAD ce oxideaz acizii grai este format din 2 polipeptide codificate de 2 gene diferite
fadA i fadB. Acest complex enzimatic catalizeaz 5 reacii biochimice (din care 4 sunt
catalizate de FadA). In acest caz, relaia este 1 gen => 4 reacii biochimice.
n cadrul genomului bacterian variaz i densitatea de citire a informaiei genetice prin
transcriere. Astfel, dei marea majoritate a genelor bacteriene sunt contigue, totui cromosomul
bacterian cuprinde i gene cu diverse grade de suprapunere:
- gene cu promotor plasat n regiunea terminal a genei upstream: trpA-trpB, ilvA-ilvD
- gene cu promotor plasat n interiorul genei upstream: mioA-mioD
- gene cu grad ridicat de suprapunere:
1. gene suprapuse total, codificate pe cele 2 catene ale ADN; de exemplu, locusul CysE
(codific serin-acetil-transferaza), ce este implicat n biosinteza cisteinei, are 2 ORF-uri (cys X i
cys E) codificate pe cele 2 catene ale locusului CysE (Fig.1.3.).
+1

cy sX
cy sE

+1

Fig.1.3. Organizarea ORF-urilor n locusul CysE.

2. secvene codificatoare ce sunt folosite de mai multe ori, pornind transcrierea din poziii
diferite; de exemplu, locusul McrB (restricia ADN la 5-metil-citozin) conine 3 ORF-uri pe aceeai
caten ADN, pornind din 3 situsuri diferite de iniiere a transcrierii (Fig.1.4.). Traducerea celor 3
transcripte duce la formarea a 3 proteine (de 51, 53 i, respectiv, 54 kdal) cu secven carboxiterminal identic, dar diferit n regiunea amino-terminal.
+1

+1

+1

O RF1

O RF2
Fig.1.4. Structura locusului mcrB.

O RF3

3. gene suprapuse total, cu molecule transcript identice, dar traduse diferit prin procese de
frameshift translaional (Fig.1.5.): de exemplu, gena trpR (codific 2 proteine, dintre care una
este TrpR ce are funcie de represor multiplu al exprimrii unor diverse gene, inclusiv pentru
operonul trp implicat n biosinteza triptofanului); alt exemplu l constituie gena dnaX, care
codific 2 subuniti (gamma i tau) ale ADN polimerazei III.
dna X

t r an sc r i er e
A RN m
f r a m e sh i f t
t r an sl ati o n al
su b u n i t a te a
g am m a

su b u n i t a te a
tau

Fig.1.5. Frameshift translaional n gena dnaX.

Cap.2 Genetica bacteriilor

Asemenea gene cu grad ridicat de suprapunere sunt foarte bogate n informaie

genetic (unele au chiar informaie dubl). Multe din ele (de exemplu, genele mcrB i dnaX) nu
sunt tipice pentru cromosomul de E.coli, n ceea ce privete procentul molar de guanin + citozin.
Astfel, gena mcrB are 48% mol GC, iar gena dnaX are 58 % mol GC, n timp ce cromosomul de
E.coli are, in toto, 51-51.5 % mol GC. S-a emis ipoteza c asemenea gene care prezint un
procent molar de guanin + citozin extrem de diferit fa de media cromosomal, ar fi fost
achiziionate de E.coli din alte genomuri, prin procese de transfer de material genetic pe orizontal
(transformare, conjugare, transducie).
Un alt parametru legat de densitatea informaiei biochimice n cromosomul bacterian este
determinat de redundana genelor i a produselor genetice. Astfel, la E.coli, pentru foarte multe
funcii celulare, exist cte 2 gene, ca i cum programul genetic al acestor bacterii ar avea sisteme
de backup (copii de siguran). Aceast redundan ar putea fi considerat ca fiind o densitate
redus a informaiei genetice. Cu toate acestea, cel puin n unele cazuri, aceast informaie este
reglat diferit i folosit n scopuri metabolice diferite. Astfel, n cromosomul de E.coli exist 58 de
perechi (2 gene) sau clusteri (mai mult de 2 gene), ce codific 125 de produse genice. Din acestea,
n 56 de perechi/clusteri reaciile catalizate sunt identice. n cazul anumitor grupuri genice, reglajul
exprimrii lor este diferit, de exemplu:
- genele aroF, aroG i aroH codific, toate trei, o aceeai enzim: 3-deoxi-D-arabinoheptulosonat 7 fosfat-sintetaza (DAHPaza). Enzima codificat de aroF este sensibil la
concentraia de tirozin, cea codificat de aroG este sensibil la concentraia de fenil-alanin, iar
cea codificat de aroH este sensibil la concentraia de triptofan ;
- genele glpA i glpD codific amandou glicerol-3-fosfat-dehidrogenaza. Enzima codificat
de glpA este sintetizat i folosit n condiii de anaerobioz, iar cea codificat de glpD n condiii
de aerobioz.
Unele din aceste gene pereche au secven similar una cu cealalt (i proteinele
corespunztoare au secven similar n aminoacizi) i este probabil c au aparut prin procese de
duplicaie genic, urmat de o oarecare divergen funcional.
Altele ns, dei enzimele desfaoar aceeai funcie, totui au secven diferit (att ca
proteine, ct i genele corespunztoare). Este posibil ca asemenea gene s fi aparut fie prin
evoluie convergent, fie prin transfer lateral de la ali repliconi bacterieni (aceast ultim situaie
poate fi identificat prin determinarea procentului molar de guanin + citozin).

F. Situsuri de inserie fagic n cromosomul bacterian

Muli bacteriofagi i inser genomul n cromosomul bacterian, fie prin transpoziie n
poziii randomizate n cromosom (bacteriofagul Mu), fie prin recombinare situs-specific numai n
anumite poziii (fagii lambdoizi).
Situsurile cromosomale n care fagul lambda (i fagii
lambdoizi) i inser genomul, sunt denumite situsuri attB
(attachment on Bacteria) i corespund unor situsuri attP
(attachment on Phage) pe genomul fagic. Fagul lambda
necesit un situs attB de minimum 21 bp, din care 15 sunt
identice cu 15 bp din attP (234 bp). Lambda are un situs
preferat attB n cromosomul de E.coli K-12 (dar i situsuri
secundare) ce e situat intergenic. Ali fagi lambdoizi (21, e14,
P22) se insereaz n situsuri attB cu localizare intragenic.
Pe cromosomul de E.coli K-12 au fost cartate
situsurile n care se integreaz genomurile a 15 fagi lambdoizi
i s-a constatat c ele sunt grupate ntre poziiile 6 min i 44
min (Fig.1.6.).
Fig.1.6. Localizarea situsurilor de
integrare pentru fagi lambdoizi pe
cromosomul E.coli K12.

Aceast organizare a situsurilor n care se inserer genomul fagilor lambdoizi reprezin

nc un argument n favoarea ipotezei conform creia cromosomul de E.coli (i nu numai) ar avea
o origine himeric, unul din segmente derivnd dintr-o gazd ancestral a fagilor lambdoizi.
Pe de alt parte, s-a constatat c foarte multe elemente genetice cu caracter mobil se
inser n genele pentru ARNt, fapt pentru care s-a sugerat c acestea ar fi reprezentat situsurile
folosite de fagii ancestrali.
6

Genetica microorganismelor

G. Localizarea cromosomal a genelor nrudite fiziologic

n cromosomul de E.coli, majoritatea genelor
(operonilor) par s fie distribuii randomizat (indiferent de
nrudirea lor fiziologic), cu excepia celor implicai n
catabolismul glucozei ce par s fie dispui n 4 zone
echidistante pe harta circular a cromosomului (Fig.1.7.).
Aceast randomizare a dispunerii operonilor a fost
verificat i prin rearanjamente cromosomale induse
experimental caz n care operonii au continuat s
funcioneze normal.
Totui, n treimea cromosomal ce are n centru
regiunea ter (ca, de altfel, i n regiunea oriC), poziia
operonilor pare s fie destul de fix, orice rearanjament
deranjnd total funcionarea acestora. Orice aranjament
nerandomizat al genelor duce la ipoteza c poziia
genelor ar putea afecta funcionarea lor, deducndu-se
astfel o organizare mai nalt dect operonul sau
reglonul.

Fig.1.8. Localizarea genelor housekeeping la

Pseudomonas.

Fig.1.7. Distribuia operonilor pentru

catabolismul glucozei in cromozomul E.coli.

La cele mai bine studiate specii de

Pseudomonas (P.aeruginosa, P.putida) s-a constatat c
genele cu funcii housekeeping (gene implicate n
metabolismul central al oricrei celule, precum i n
metabolismul anabolic) sunt grupate n jumtate din
harta circular a cromosomului. n acelasi timp, genele
implicate n metabolismul catabolic par s fie dispuse
randomizat n cealalt jumatate a cromosomului
bacterian (Fig.1.8.).
Acest mod de dispunere a genelor ar putea
reflecta istoria construciei cromosomului din pri
separate: genele pentru metabolismul esenial ar fi
existat probabil n acel genom ancestral mai mic, care a
fost ulterior mrit la actuala dimensiune prin fuziune cu
un alt element genetic sau prin transfer de material
genetic (transformare, conjugare, transducie).

La Streptomycetae s-a constatat c

genele ocup 2 regiuni opuse pe cromosomul
circular, iar celelalte 2 regiuni au o densitate
genetic foarte scazut, una dintre ele fiind
aproape goal (Fig.1.9.).
n general, s-a constatat c la foarte
multe bacterii clusterii genici din jurul regiunilor
oriC i ter sunt foarte similari ntre taxoni
bacterienei foarte indeprtai filogenetic, fapt ce
susine ipoteza c iniierea i terminarea replicrii
cromosomului bacterian sunt procese extrem de
vechi i sunt coordonate prin mecanisme similare
la marea majoritate a bacteriilor.

Fig.1.9. Organizarea cromozomului la Streptomycetae.