Utilizarea markerilor in cartarea

genomului la Oryza sativa

 Oryza sativa (2n = 24)
• Orezul,(2n = 24)
• aparţine familiei
Gramineae şi
subfamiliei
Oryzoidea ;
• Este un aliment de
bază pentru o treime
din populaţia lumii şi
ocupă aproape o
cincime din
suprafaţa totală de
teren acoperita de
cereale.;
• Este cultivată în condiţii culturale diverse şi
pe o larga zonă geografică ;
• Este o planta model ,ideala pentru studiul
geneticii şi pentru organizarea genomului ;
• Are un genom de dimensiuni relativ mici 430
Mb .
•Producţia de orez din lume s-a dublat
in ultimii 25 de ani. In mare parte ,ca
urmare a utilizării de tehnologie
îmbunătăţită, cum ar fi soiuri cu un
randament mare şi practici de
gestionare a culturilor mai bune
• Diversitatea bazata pe caractere morfologice
şi fenologice, de obicei, variază în funcţie de
mediul inconjurator şi evaluarea acestor
trăsături necesită creşterea plantelor pana la
maturitate deplină înainte de a fi identificate.
• Analiza de variaţie genetică, atât în interiorul
şi în rândul elitei materialelor de reproducere
este de interes fundamental pentru
cultivatorii de plante.
• Aceasta contribuie la monitorizarea
germoplasmei şi poate fi de asemenea
folosita pentru a prezice potentiale câştiguri
genetice.
•Acum, dezvoltarea rapidă a biotehnologiei
permite o analiza usoara a unui număr mare
de loci repartizati în întregul genom al plantei.
•Markerii moleculari au dovedit a fi
instrumente puternice în evaluarea variaţiei
genetice şi în elucidarea relaţiilor genetice în
cadrul speciilor şi între acestea.
•Mai multi markeri moleculari,si anume RFLP
RAPD, SSR, ISSR, AFLP si SNP sunt în
prezent disponibili pentru a evalua
variabilitatea şi diversitatea la nivel
molecular.
• Informaţii privind variabilitatea genetică
la nivel molecular ar putea fi utilizate
pentru a ajuta, identifica şi dezvolta
germoplasma unica ,genetica,pentru a
completa soiurile existente.
• Următoarele obiective au fost
studiate:evaluarea variabilităţii genetice
şi a diversităţii la nivel molecular între
15 genotipuri de orez de elita si
prelevarea amprentelor ADN de la 15
genotipuri de orez de elita folosind
markeri SSR pe cromozomii 7-14.
Amestecul de reactie PCR include
următoarele componente:
• 10 ng / μl ADN;
•solutie tampon 10X;
10 mM dNTPs ;
• 50 mM MgCl2;
•10 μM din fiecare primer forward şi
reverse
• Reactia PCR începe la 95°C timp de 5
minute, urmat de 35 de cicluri de
denaturare la 94 ° C timp de 1 min, legarea
primerilor la 55 ° C timp de 1
minut,extensie la 72 ° C timp de 2 min.
Sinteza ADN-ului la 72 ° C timp de 7 minute
• Produsii PCR au fost pusi sa migreze in gel
de agaroză 2% (pentru SSR) la 100 V
pentru 2-3 ore .Gelul a fost colorat cu
bromură de etidium, timp de 30 minute,
decolorare timp de 15-30 minute şi apoi
observat pe un transilluminator UV
 Rezultate si concluzii
• Evaluarea diversităţii genetice este o
componentă esenţială în caracterizarea
germoplasmei şi conservare.
• Rezultatele obţinute în cadrul studiilor
diversităţii genetice a cultivarii O.
sativa cu markeri RFLP şi RAPD indică
faptul că există o mai mare diversitate
genetică în tipurile indica şi japonica.
• Un total de 30 grunduri RM au fost
utilizate pentru a oferi diversitate
genetica în rândul elitei a 15 linii de de
orez aparţinând tipurilor indica şi
japonica.
• Toate cele 30 grunduri RM au arătat
polimorfism între cele 15 soiuri de orez.
• Un total de 462 benzi au fost marcate
şi dintre acestea nici una nu s-a
dovedit a fi monomorfica.
• Studiul a dezvăluit că primerul RM20 pe
cromozomul 12 are şapte alele în
comparaţie cu primerii RM536, RM320,
RM544, RM536, RM519, RM346, RM561
şi RM47 aparţinând unor cromozomi
diferiti, cu două niveluri de alela.
• Observaţii similare au fost făcute de
Akagi si colaboratorii in 1997, in care
primerii RM1 şi RM3 ,precum şi alti
patru markeri RM au fost mai puţin
polimorfici.
• Multe studii au raportat, de asemenea, o
mai mare diversitate allelica în mod
semnificativ a markerilor microsateliţi
decât a altor markeri moleculari