Structura primara a acizilor nucleici 

 Acizii nucleici sunt substante polimere, macromoleculare, alcatuite din unitati

structurale care se repeta, numite nucleoide.
 O nucleoida este alcatuita dintr-o molecula baza azotata (purinica sau
purimidinica), o molecula de glucid (pentoza) si o molecula de radical acid
fosforic.
 Nucleosidita, este alcatuita dintr-o molecula baza azotata si o molecula
pentoza. Principalele tipuri de baze azotate purinice din molecula de acizi
nucleici sunt adenina si guanina, iar dintre bazele azotate pirimidinice sunt
citozina si uracilul la ARN si citozina si timina la ADN.
 Pentoza din ADN este 2’-dezoxi-riboza, obtinuta prin eliminarea unui atom de
oxigen din pozitia C2’. In molecula de pentoza, atomii de carbon se noteaza cu
specificarea prim, respectiv de la C1’ la C5’

 Deoarece in fiecare tip de acid nucleic exista 4 tipuri de baze azotate, rezulta ca
fiecare tip de acid nucleic contine 4 tipuri de nucleotide. La nivelul bazelor
azotate purinice sau purimidinice este prezent fenomenul de izomerie de pozitie
–tautomerie. Bazele azotate purinice prezinta un atom de hidrogen la N9, iar
bazele azotate pirimidinice prezinta un atom de hidrogen la N3. Aceasta
dispozitie fovorizeaza formarea moleculei de nucleosida. In cazul unei baze
azotate pirimidinice, formarea unei nucleoside are loc prin legarea atomului C1’
al pentozei la atomul N3 al bazei pirimidinice. In cazul bazei azotate purinice,
formarea unei nuclesoide are loc prin legarea atomului C1’ al pentozei la atomul
N9 al bazei azotate si eliminarea unei molecule de apa
 Nucleotida se obtine prin atasarea radicalului fosfat la atomul C5’ al pentozei sau
la atomul C3’ al pentozei cu eliminarea unei molecule de apa.
 Legatura dintre doua nucleotide se realizeaza cu ajutorul grupului fosfat care
uneste moleculele de pentoza a doua nucleotide alaturate in pozitiile C5’-C3’ sau
C3’-C5’. Astfel daca radicalul fosfat este legat la propria pentoza in pozitia C5’,
se leaga de atomul C3’ al nucleotidului vecin, iar daca este legat la atomul C3’ al
pentozei proprii, se leaga la atomul C5’ al pentozei alaturate, cu eliminarea unei
molecule de apa. Se obtin astfel catene macromoleculare.

 Acizii nucleici sunt polimeri de nucleotide, avand greutatea moleculara de 10000

daltoni.

Structura secundara a ADN 

ADN-ul a fost descoperit in anul 1896, in nucleii celulelor albe ale sangelui. Functia lui
era necunoscuta. Acest compus, denumit acid nucleic, a fost izolat din nucleii diferitelor
tipuri de celule. Analizele chimice, efectuate in anul 1910 au identificat doua clase de
acizi nucleici ADN si ARN. In anul 1924, studiile micrascopice si utilizarea colorantilor
specifici pentru ADN si proteine au demonstrat ca amandoua substantele se gasesc in
cromozomi.

 Structura secundara a ADN a fost stabilita in anul 1953 de catre J.D. Watson,
F.H.C. Crick si M.H.F. Wilkins si corespunde tipului B de ADN, prezent in
regiunile de eucromatina, cu gene active metabolic. Conform acestui model,
molecula de ADN este alctuita din doua catene macromoleculare, antiparalele cu
directie diferita de inaintare, rasucite in jurul unui ax comun avand forma unei
scari in spirala.
 
 
 
 
 Cele doua balustrade ale scarii sunt reprezentate printr-un schelet glucido-
fosforic, treptele scarii fiind reprezentate prin bazele azotate intre care se
stabilesc punti de hidrogen de tipul A=T, respectiv G≡C. Prin asezarea in interior
a bazelor azotate, acestea sunt protejate la actiunea diferitilor factori de mediu,
asigurandu-se stabilitatea moleculei si implicit a informatiei genetice, conferita de
ordinea nucleotidelor dintr-o catena. Datorita faptului ca pot exista numai patru
tipuri de legaturi de hidrogen, A=T, G≡C, respectiv T=A, C≡G, se asigura
reproducerea cu mare fidelitate a informatiei genetice in urma procesului de
replicare. Pasul elicei este de 34 Ǻ. Deoarece la un pas al elicei se afla 10
perechi de nucleotide, distanta dintre doua perechi alaturate de nucleotide este
de 3,4 Ǻ. Diametrul elicei, la tipul B al ADN, este de 19 Ǻ fata de 20 Ǻ stabilita
initial. Dublul helix prezinta rasucirea spre dreapta, fiind usor asimetric avand
doua scobituri: cobitura mare si scobitura mica. Acestea reprezinta locurile unde
actioneaza factiorii mutageni.

 
  Fenomenul de denaturare-renaturare Hibrizi moleculari. 
 Prin incalzirea unei solutii de ADN la o temperatura de 850-950oC, sau prin
mentinerea la o concentratie mare de saruri, legaturile de hidrogen dintre cele
doua catene complementare se pot rupe. Procesul este numit denaturare,
rezultand ADN denaturat. Fig.1
 Renaturarea reprezinta capacitatea catenelor complementare de a reface dublul
helix. Procesul are loc printr-o racire treptata, lenta, care permite refacerea
puntilor de hidrogen si reasocierea catenelor rezultand ADN renaturat
 Temperatura de denaturare difera de la o specie la alta, fiind dependenta de
procentul de legaturi triple de hidrogen, fiind proportionala cu procentul acestora
in molecula de ADN. Fig.2

 Procesul de renaturare se produce in doua etape. In prima etapa, catena de ADN din
solutie se imperecheaza cu alta catena, la intamplare, formandu-se scurte regiuni
bicatenare. In etapa urmatoare regiunea de baze imperecheate se extinde de-a lungul
moleculei, intreaga molecula devenind bicatenara.
 Hibridizarea implica refacerea unui dublu helix, pornind de la catene de ADN de
origine diferita, sau de la o catena de ADN si o catena de ARN. Hibridizarea se
poate realiza pe doua cai: hibridizare lichida si hibridizare de filtru
o Hibridizarea lichida, se face atunci cand doua preparate de ADN
monocatenar sunt amestecate in solutie. Procesul de hibridizare poate fi
stabilit prin determinarea schimbarilor in densitatea optica sau cu ajutorul
unor izotopi radioactivi, prin determinarea cantitatii de ADN care contine
izotopi radioactivi.
o Hibridizarea de filtru, se utilizeaza pentru a stabili daca una din catenele
originale de ADN, hibridizeaza cu alte secvente. Pentru aceasta, dupa
denaturarea ADN are loc imobilizarea unei catene pe un filtru de
nitroceluloza. Apoi, o alta catena de ADN, marcata cu izotopi radioactivi
este absorbita pe filtru. Aceasta va ramane pe filtru numai daca va forma
legaturi de hidrogen cu prima catena. Hibridizarea are loc prin secvente
complementare, fomandu-se duplexuri imperfecte, care sunt intrerupte in
regiunile unde nu exista corespondenta de baze azotate.
  Pe baza acestor proprietati ale moleculei de ADN, se pot stabili relatiile
filogenetice dintre specii, precum si modalitatile utilizate in tehnologia ADN-
recombinat.
 Astfel s-a stabilit ca procentul de ADN comun dintre diferite specii este
dependent de distanta separarii filogenetice dintre specii: omul are in comun cu
cimpanzeul 75% din ADN, cu soarecele 25% si numai 5% cu pestii.

 
  Tipuri de ADN  
 Forma clasica de ADN descrisa de Watson, Crick si Wilkins, reprezinta tipul B de
ADN. In alte conditii, duplexul de ADN se poate gasi si sub alte forme
structurale.

 Tipul A
 Este foarte apropiat de conformatia regiunilor dublu catenate din molecula de
ADN, unde prezenta grupului hidroxil-2’ impiedica adoptarea formei B
Duplexurile hibride ADN-ARN apartin structural formei A.
 Tipul B
 Reprezinta structura generala a macromoleculei de ADN in celule active
metabolic.Aceasta forma prezinta o scobitura principala mare si o scobitura mica.
Diferentele dintre baze sunt de obicei usor de evidentiat in scobitura principala,
care reprezinta locul principal de contact pentru proteine, care leaga specific
secventekle de ADN.
 Tipul C
 Nu se afla in conditii in vivo.
 A lte doua forme, tipul D si E pot reprezenta variante extreme ale aceleiasi
forme. Ele contin mai putine elemente pe pas ale elicei, fiind prezente in vivo
numai la secventele de ADN din care lipseste guanina.
 Tipul Z, singurul cu rasucire la stanga, este in contrast cu forma clasica,
respectiv cu tipul B. Este o forma compacta, avand cele mai multe perechi de
baze pe rotatie. Numele ii este dat de la forma in zig-zag a catenei fosfo-
glucidice. Scobitura mica este adanca si ingusta, iar scobitua mare este practic
absenta. Este intalnit la polimerii care au secvente de baze purinice si
pirimidinice alterate.

 Replicarea ADN 

    Replicarea ADN bicatenar. 

 Procesul de replicare a ADN, constituie functia autocatalitica a materialului

genetic, care are loc in timpul fazei S a ciclului celular mitotic. Watson si Crick,
au emis ipoteza replicarii ADN dupa modelul semiconservator. Initial are loc
ruperea puntilor de hidrogen, rezultand ADN monocatenar. Ulterior, fiecare
catena originala serveste ca matrita pentru sinteza unei catene noi. Vor rezulta
doua molecule noi, fiecare avand o catena veche si o catena nou sintetizata.
 Datorita puntilor de hidrogen complementare de tipul A=T, G≡C si invers,
secventa nucleotidelor din cele doua molecule rezultate, este identica cu
secventa de nucleotide din molecula originala. Astfel, cele doua molecule,
respectiv cele doua fiice, vor avea aceeasi baza ereditara.
 Replicarea ADN incepe de la punctul de origine al repliconului.
 Aceasta constituie o regiune in care are loc o trecere de la duplexul parental la
noile duplexuri fiice replicate.
 Originea replicarii este reprezentata printr-o secventa scurta de ADN, pana la 300
perechi de baze, constituind furca de replicare, bogata in A=T. Apoi actioneaza
enzima helicaza, care desface puntile de hidrogen dintre cele doua catene. Regiunea
monocatera rezultata, este camplexata cu o proteina denumita single-standard
binding-protein, care stabilizeaza regiunea cu ADN-monocatenar, impiedicand
refacerea puntilor de hidrogen. Sinteza celor doua catene fiice noi, este diferita de cele
doua catene matrita.
 Catena veche 3’-5’, serveste ca matrita pentru sinteza unei catene
complementare noi, 5’-3’, denumita catena leading. Catena initiala 3’-5’, are
liber grupul 3’-OH, la care se pot adauga nucleotide complementare noi. Sinteza
unei catene noi, are loc la capatul 3’-OH, sub actiunea enzimei ADN-polimeraza
III. Sub actiunea enzmei ADN-giraza are loc rasucirea catenei nou formate fata
de cea originala formand structura bicatemara.
 Catena initiala 5’-3’, serveste ca matrita pentru sinteza unei catene noi, catena
3’-5’, denumita catena lagging (catena discontinua, segmantara sau intatziata).
Intrucat catena matrita nu are liber capatul 3’-OH, siteza este discontinua, avand
loc dupa un alt mecanism, de la furca de replicare spre capatul liber al catenei.

 
 
 
 
 Primaza este inlocuita cu ADN-polimeraza III, sub actiunea careia se ataseaza
nucleotide noi, de la furca de replicare spre capatul liber al catenei lagging,
formandu-se un fragment Okazaki.
 Fragmentul Okazaki este un fragment de ADN, alcatuit din cateva mii de
nucleoide la procariote si 100-200 nucleoide la eucariote. Dupa sinteza unui
fragment Okazaki, ADN-polimeraza III este inlaturata. Imediat actioneaza ADN-
polimeraza I,avand loc atasarea ultimului nucleoid. Dupa aceasta sub actiunea
unei exonucleaza are loc indepartarea primerului ARN, proces umat d
indepartarea ADN-polimeraza I. Doua fragmente Okazaki alaturate sunt legate
sub actiunea enzimei AND-ligaza, dupa care sub actiunea girazei, are loc
rasucirea fragmentului nou format in jurul matritei.
 Viteza de atasare a noilor nucleotide, respectiv viteza de replicare a AND este
de 1000 nucleotide pe secunda. La aceasta viteza au loc erori de imperechere,
respectiv de atasare a unor nucleotide noi, intr-un procent de 1eroare/100000
perechi de nucleotide. In acest fel, bacteriile care au 3x10 6 perechi de baze
azotate in molecula de ADN, contin 300 erori pe celula.ADN-ul din celula umana
contine circa 3x109 perechi de baze, numarul de erori fiind 30000 nucleotide pe
celula.
 Topoizomerazele, sunt enzime care regleaza procesul de de replicare. Ele au
rolin taierea uneia dintre catenele moleculei de ADN.

 
 
 
 

Repararea ADN 

 Cand procesele de replicare si reparare a ADN esueaza, apar schimbari

permanente in structura si functiile ADN. Aceste schimbari nucleotidice
 permanente sunt numite mutatii. Uneori o mutatie care afecteaza o singura
pereche de nucleotide poate sa distruga un organism, daca are loc intr-o pozitie
vitala a secventei ADN.
 Celula are un sistem de siguranta numit sistem de reparare a nepotrivirilor
ADN, care corecteaza eventualele graseli de copiere. Dispozitivul de reparare
face o greseala la 107 nucleodide copiate; sistemul de reparare a nepotrivirilor
corecteaza 99% dintre aceste erori, crescand precizia totala la o eroare din 109
nucleotide copiate (Kolodner 1995).
 Ori de cate ori masina de replicare lasa un nucletid gresit imperecheat. Daca
aceasta nepotrivire nu este corectata la urmatoarea replicare a ADN se va
transforma in mutatie. Fig.1
 Un complex de reparare recunoaste aceste nepotriviri, indeparteaza una sin cele
doua catene ADN implicate si reinsereaza catena lipsa. Fig.2

 Mecanismele de deteriorare a ADN

 Ca orice alta molecula a celulei, ADN sufera continuu coliziuni termice cu alte
molecule. Acestea determina modificari chimice importante la ADN. Reactia de
depurinare nu rupe scheletul fosfodiesteric, dar da nastere unor leziuni care
seamana cu dintii lipsa. O alta schimbare majora este dezaminare consta in
pierderea spontana a unor grupari amino, din citoza ADN care se transforma in
uracil. Unii produsi de metabolism reactioneaza cu bazele ADN alterandu-le,
astfel incat proprietatile lor de imperechere se modifica. Daca aceste modificari
n-ar fi reparate multe dintre ele ar duce – dupa replicarea ADN - fie la
substituirea unei perechi de baze, ca rezultat al imperecherii incorecte a bazelor
in timpul replicarii, fie la deletia unora sau mai multor perechi nucleotidice din
catena ADN fiica.

 
Etapele mecanismului de reparare a ADN
 Majoritatea mecanismelor de reparare sunt dependente de existenta a doua copii
ale informatiei genetice, cate una in fiecare catena a dublului helix de ADN.
Mecanismul de baza pentru repararea ADN implica trei etape :
 ADN deteriorat este recunoscut si indepartat de catre o nucleaza, care cliveaza
legaturile covalente ce leaga nucleotidele « avariate» de restul moleculei de ADN
lasand un mic spatiu intr-o catena din dublul helix al ADN din aceasta zona ;
 O ADN polimeraza reparatorie se leaga la capatul lui 3’OH al catenei de ADN
taiat. Apoi ea umple spatiul gol prin sinteza unei copii complementare a
informatiei din catena intacta.
 Cand ADN polimeraza reparatorie a umplut spatiul gol, in scheletul dezoxiriboza-
fosfat al catenei reparate ramane o crapatura care este astupata de catre AND
ligaza.

 
 Datorita mecanismelor de reparare care conserva secventa ADN, modificarile
inmolecula ADN se acumuleaza extrem de incet in cursul evolutiei. Rata de modificari in
ADN-ul unei specii depinde de selectia naturala: erorile de copiere ale ADN – care au
un rezultat daunator pentru organism – sunt eliminate din populatie prin moartea sau
infertilitatea indivizilor care poarta ADN replicat gresit. Multumita acuratetei replicarii si
repararii ADN, in peste o suta de milioane de ani s-a schimbat foarte putin in continutul
acestor procese esentiale. Deci, in genomurile noastre, noi si animalele inrudite purtam
sau primim un mesaj din timpuri stravechi.