Sunteți pe pagina 1din 21

PROTEINE

(cursul II)

“proteios”= de primă importanţă

STRUCTURA FUNCŢIE

Funcţiile proteinelor
• Structura
• Cataliză
• Transport- metale, lipide, etc.
• Transfer informaţie
• Contracţie
• Hormoni

1
Clasificare proteine
I. Fct de formă: globulare, fibrilare

II. Fct de compoziţie: Simple, conjugate (apoproteină + gr.


prostetică)

Exemple de proteine conjugate:


• Fosfo-P- cazeina, enzime (grad fosforilare)
• Lipo-P- lipide amfipatice legate de P
• Cromo-P- hemoproteine
• Metalo-P- feritina, ceruloplamina
• Nucleo-P- AN legaţi prin leg. saline de P

Clasificare proteine (continuare)


• Glico-P – mz (Gal, Man, fucoză, ac sialic, Gal-NH2, Glc-NH2,
arabinoza, xiloza) sau oligoz (3-15 u)
– leg COV prin leg N- sau O- glicozidică de Prot
a) Oligoz simple (N-Ac Glc şi Man)
b) Oligoz complexe (+ ac. sialic)

COMUN Man
Asn- N-ac Glc - N-Ac-Glc - Man
Man
ROLURI Glico-P
- structural- colagen
- lubrefiere
- comunicare intercelulară
- hormonal (FSH, LH)
- transport (ceruloplasmina)
- apărare (Ig)
- canale ionice (glicoforine)

2
PROTEINE
Structura determină funcţia
Cataliza reacţii de către enzime Receptor hormonal
enzima A enzima

B
Potrivirea
Digestia lui
spaţială a
A!
lui A enzyme

Legarea lui A

Fiecare proteină poate adopta o structură spaţială unică!!!

Nivelele de organizare a structurii


proteinelor

3
Structura primară a proteinelor:

DEF. secventa, numărul si natura aminoacizilor din lantul


polipeptidic
F T D
A G N S K A
G S
-det de codul genetic

- Proteine omoloage = înrudite de-a lungul evoluţiei, derivă din


acelaşi strămoş; au structuri similare (formează FAMILII şi
SUPERFAMILII); sunt considerate proteine diferite

Structura primară a proteinelor

Omologie/Proteine omoloage Polimorfism molecular

Proteine DIFERITE cu structuri similare ACEEAŞI proteină cu mai multe forme


la specii diferite (insulina umană şi moleculare, la aceeaşi specie
insulina bovină) sau aceeaşi specie (Mb (ex. colagenul din piele şi colagenul din
şi lanţurile Hb) inimă)
Funcţii identice sau diferite Funcţii identice

Derivă din acelaşi strămoş (înrudite SP poate varia uşor:


evolutiv) - de la un individ la altul
Formează FAMILII şi SUPERFAMILII - de la un ţesut la altul la acelaşi individ
- de la o etapă de dezvoltare la alta.

4
Structura primară (SP) a proteinelor

Variaţiile în SP sunt rezultatul mutaţiilor genetice şi sunt tolerate (şi


nu produc boală) DACĂ:
-nu afectează zonele critice (esenţiale pentru rolul biologic, care în
general sunt denumite regiuni invariante), afectează zonele ne-esenţiale
(numite regiuni variante)
-substituire conservativă (a 1 sau mai mulţi aa cu alţii din acelaşi grup)
-oferă un avantaj (ex. creşte activitatea biologică a proteinei)

În restul cazurilor variaţia- produce boală!

ÎNTREBARE

• În anemia cu eritrocite în formă de seceră (sickle


cell anemia) hemoglobina anormală HbS are în
lanţurile β un rest de Glu înlocuit cu un rest de Val.
Este o substituire conservativă?

• Dar înlocuirea unui rest de Glu cu un rest de Asp?

5
Conformaţia proteinei = forma spaţială
a proteinei

Conformaţia unei proteine se referă la


structurile
secundară,
terţiară
şi
cuaternară.

Tipuri de interacţiuni care det.


conformaţia unei proteine
MAJORITATEA SUNT LEGĂTURI NECOVALENTE:
• Leg de H- frecvent COLINIARITATE (ex. între –OH de la
două resturi de Ser, Thr sau Tyr)
• Interacţiuni electrostatice
- leg. Ionice (ex. între –COO- de la Glu şi -NH3+ de
la Lys)
- între 1 aa cu R polar încărcat şi 1 aa cu R polar
neîncărcat
- între 2 aa cu R polar fără sarcină
• Interacţiuni hidrofobe
- între 2 aa cu R nepolar a.î. să scadă contactul cu
H2O la minim

RAREORI Punţi disulfurice S-S (in struc. terţ. şi cuater.)

6
Structura secundară a proteinelor (1):

Tipuri:
1. alpha-helix,
2. beta-foaie plisată,
3. random coil

1. ALFA-HELIX (ex. keratina, 70-75%


din Hb, Mb)
- Toate -NH- -CO- formează leg de H
- 2 leg de H/aa (excepţie Pro)
- Leg de H INTRACATENARE
- Aa destabilizatori: ex. Ser, Asp,
Lys, Leu
- Aa dezorganizatori: Pro şi Gly

Care aa sunt comuni pentru un anumit tip de


structură secundară?

De ce Pro şi Gly sunt


aa care nu favorizează
structura alfa-helix?

7
Structura secundară a proteinelor (2)
Beta- foaie plisată
ex. fibroina

Leg de H
INTERCATENARE
(exista excepţii: β-turn)

CE PROPRIETĂŢI DERIVĂ DIN ACEASTĂ STRUCTURĂ?

Rezistenţă şi flexibilitate

Structura secundară a proteinelor (2)


Beta- foaie plisată: lanţuri paralele sau
antiparalele
CE DIFERENŢĂ OBSERVAŢI?

Leg de H
perpendiculare pe
AX dacă lanţurile
sunt antiparalele!

8
Beta turn

Beta turn- lanţ îndoit asupra lui


înusuşi, 4 aa, frecvent Pro, Gly

Structura secundară a proteinelor (3)


Bucle/Ac de păr (hairpin loops), încolăciri aleatorii (random coil)-
au adesea semnificaţie funcţională

CARE ESTE DIFERENŢA


ÎNTRE UN β- turn şi o
buclă (loop)?

BUCLE/AC DE PĂR-
regiuni care conţin un nr
de aa mai mare decit nr.
MINIM necesar pentru a
conecta 2 regiuni
adiacente din structura
secundară

9
Structura secundară a
proteinelor(facultativ)
- Poate fi prezisă în funcţie de secvenţa aa în
structura primară
- http://coot.embl.de/SSCP//sscp_seq.html
- http://bioinformatics.weizmann.ac.il/hydroph/
Ex. (A)20(P)19 (A)16 (L)24

De ce scade probabilitatea alfa helix intre aa15 si aa30, iar


apoi creste iar pina la aa 50, pentru ca apoi sa scada iar?

Structura terţiară

-DEFINIŢIE: Raporturi între segmentele α, β şi segmentele


neorganizate (înglobează structura secundară, reprezentand un
nivel sup. de organizare)

-Varianta cea mai favorabilă energetic de împachetare

10
Structura terţiară

Scheletul hidrocarbonat Radicalii R


important pt. important pt.

Structura secundară Structura terţiară

TOTUŞI, structura terţiară nu poate fi prezisă deocamdată (cu


metode bioinformatice) doar pe baza secvenţei de aa, spre deosebire
de structura secundară
Factori necunoscuţi care influenţează structura 3D?

Ce factori stabilizează structura terţiară?


- cazuri speciale-

• Punţile disulfurice

INSULINA

11
Ce factori mai stabilizează structura terţiară?
- cazuri speciale-

• Chelarea metalelor Motivul “zinc finger”

12
Organizare intermediară domenială
-suprastructura secundară-
• Domeniu- o porţiune
continuă (în struct primară),
şi compactă a proteinei, cu
organizare proprie sec şi tert,
care se plicaturează
independent şi care este
suficientă pentru a
îndeplini a funcţie
(reprezintă o unitate
structurală şi funcţională).
- prezintă dinamică calmodulina
- semnificative evolutiv ( prot.
omoloage au cel puţin 1
domeniu în comun)

• Motiv –secvenţe conservate


dintr-un domeniu (ex.motive
trans-membranare; mai multe
motive alcatuiesc de obicei
un domeniu

Structuri suprasecundare?
Pattern-uri identificate în structura terţiară

13
Structura cuaternară
= doar la proteine multimere/oligomere

• Lanţurile pot fi identice (hetero-mer) sau diferite (homo-


mer), în general nr. par
• Fct manifestată doar la nivel de oligomer, nu şi protomer
• Protomerii interacţionează prin suprafeţe complementare

• Ex. Hemoglobina
α 2 β2 2αβ 2α + 2β
Tărie interacţiuni
α: β1 › β2 › α

Structura cuaternară (SC)-


caracteristici structurale care conferă avantaje funcţionale

• conferă stabilitate sporită proteinei

• cooperativitate între protomeri via interacţiuni alosterice


(la distanţă)- modificare unui protomer transmisă în
restul moleculei, primele interacţiuni fav formarea
celorlalte ex. Hb- legarea mai uşoară a O2

• co-localizarea mai multor activităţi- ex. aceeaşi enzimă


să prezinte două activităţi catalitice (fiecare localizată pe
un protomer diferit)- eficienţă catalitică sporită (produsul
primei activităţi enzimatice devine substratul celei de-a
doua activităţi enzimatice)

14
TABEL COMPARATIV !!!
Structura Definiţie, caracteristici Tipul de legături
participante la
formarea structurii
Primară Natura, secvenţa aa Leg covalente

Secundară -Aranjamentul spaţial al AXULUI Leg de H


-Rezultată din interacţiunile grupelor –CO-
şi –NH- din grupările peptidice
-PERIODICITATE
Terţiară Rezultată din interacţiunile între R de la C Leg de H
alfa Leg electrostatice
Interacţiuni hidrofobe
Punţi disulfurice S-S
Cuaternară Rezultată din interacţiunile între mai multe Leg de H
lanţuri polipeptidice Leg electrostatice
Interacţiuni hidrofobe
Punţi disulfurice S-S

Traditional Architecture Molecular Architecture

Form
fits
function
Caramizi Aminoacizi

Camere Domenii

Etaje Nivele de
organizare

15
Proprietăţile proteinelor
• Solubilitatea
• Punct izoelectric
• Denaturarea
• Împachetarea (rolul chaperonilor)

Punctul izoelectric
• pI < 7: proteine bogate în Glu, Asp
• pI > 7: proteine bogate în Lys, Arg

• La pH= pI
- solubilitatea minimă
- nu migrează în cîmp electric

16
Denaturarea proteinelor
-ex. keratina-

DENATURARE = distrugerea
SS, ST, SC cu conservarea SP

DENATURARE
1. rr chimice nonenzimatice

17
Formarea AGE (Advanced Glycosylation Endproducts)
via intermediar de tip bază Schiff
A (Short Term):

H Protein
Protein +
∗C=O + NH
+
(CH-OH)4 NH3 CH
CH2OH (CH-OH)4
Free
CH2OH
Glucose Amino
Group Schiff Base

B (Long Term):
Protein 1
Protein AGE
+ N
NH O
CH
O N
(CH-OH)4
CH2 OH Protein 2
Rx: Amino-
guanidine
Schiff Base Crosslinked Proteins

Proteine glicozilate şi AGE


• Concentraţia de Hb glicozilată subtipul HbA1c (N =
5.8-7.2%) reflectă glicemia medie pe ultimele 120 zile
DE CE?

• AGE ai colagen si elastinei cresc cu virsta (age),


scazind flexibilitatea tesuturilor.

• Colagenul glicozilat şi oxidat din ţesutul cardiac în


cazul diabeticilor conduce la instalarea
cardiomiopatiei, complicaţie frecventă a bolii

18
DENATURARE
2. fără reacţii chimice
(în prezenţa unor ff fizico-chimici)

• pH extreme (ex. pH suc gastric)

• Temperatură

• Compuşi cu caracter hidrofob (ex. AG- inhibitori


enzimatici nespecifici, prin denaturarea enzimelor)

• Compuşi capabili să formeze legături de H (ex. uree,


guanidină)

• Compuşi capabili să distrugă punţile disulfurice


(mercaptoetanol)

Denaturarea şi renaturarea
ribonucleazei

Lehninger Principles of Biochemistry, 4th Edition

19
Împachetarea lanţului polipeptidic
• Decisă termodinamic
• În trepte:
1. formarea leg de H (responsabile pt structura
secundară)
2. formarea leg hidrofobe (responsabile pt
structura terţiară)
• Ghidată de proteine auxiliare: chaperoni ex.
HSP70 (leagă aa hidrofobi şi previne agregarea
lanţurilor polipeptidice, ), HSP60

Boli neurologice =
„proteinopatii” conformaţionale (facultativ)
• B. Alzheimer- β-amiloid agregat, creşte ponderea
structurii β şi scade α

• Boala prionilor- b.Creutzfeldt Jacob, boala vacii nebune,


scrapie:
prion related protein PrP codificată de cromozomul 20
- PrP normală: monomerică şi bog. în α
- PrP patologică: creşte ponderea β şi scade α,
suferă două procese:
1) copierea matriţei: e ca un template/matriţă
pt alterarea conformaţiei PrP normale,
transmitere similară unei infecţii
2) polimerizare

20
ABC-ul cursului

• Definitie şi caracteristici- structura primară,


secundara, tertiara, cuaternară
• Forţele stabilizatoare ale fiecărui tip de structură
• Denaturarea –definiţie, exemple de agenţi
denaturanţi
• Definiţia chaperonilor

21