Chapitre 1

Les bases de l’ANOVA

1.1 L’objectif d’une ANOVA

Mettre en avant des différence entre plusieurs moyennes.

1.2 Quand faire de l’ANOVA ?

Quand on dispose d’observations d’une variable quantitative Y, appelée réponse, et que
pour chacune de ces observations on dispose d’observations d’une ou plusieurs variables
qualitatives, appelées facteurs.

Si on dispose d’observations de Y et d’un facteur quantitatif X, il faut se tourner vers

l’analyse de la régression linéaire.

1.3 Comment faire une ANOVA

Une fois que l’on a décidé de faire de l’ANOVA, il faut successivement :
1. Identifier la réponse, les facteurs.
2. Déterminer si chaque facteur est à effets fixes ou à effets aléatoires.
3. Déterminer s’il y a des répétitions dans les observations.
4. Décider si on ajoute un terme d’interaction dans le modèle.
5. Écrire le modèle.
6. Lister les hypothèses du modèle et vérifier celles que l’on peut vérifier.
7. Observer le tableau d’ANOVA.
8. Éventuellement repérer les paramètres du modèle.
9. Le cas échéant faire les comparaisons multiples, les calculs de puissance,. . .
10. Conclure.

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4 CHAPITRE 1. LES BASES DE L’ANOVA

1.4 Comment identifier la réponse ?

Généralement, c’est une partie facile. Il s’agit du principal résultat des observations.

1.5 Comment identifier les facteurs ?

Il suffit de lister tous les paramètres sur lesquels on a une information et qui sont suscep-
tibles d’avoir une influence sur l’expérience.

1.6 Comment décider si un facteur est à effets fixes ou

à effets aléatoires
Il s’agit de regarder quelles peuvent être les modalités du facteur :
• si celles-ci sont en nombre fixé, et que l’on cherche à mettre en avant des différences
uniquement entre ces modalités (niveaux) là, alors le facteur est à effets fixes.
• si celles-ci sont en grand nombre, que l’on dispose d’observations pour certaines modalités
(niveaux) seulement, et que l’on cherche à mettre en avant des différence par rapport au
facteur de manière toute à fait générale, alors le facteur est à effets aléatoires.
Signalons qu’il n’est pas toujours évident de choisir ! Tout dépend de ce que l’on veut
mettre en avant. Est-ce que ce sont ces deux modalités qui sont différences, ou bien est-ce
que le choix de la modalité (en général) a une infuence sur la réponse ?

1.7 Comment voir s’il y a ou non des répétitions ?

Il faut lister les modalités de chaque facteur, en essayant si possible de faire un tableau. A
l’intersection de chaque ligne, colonne (etc) correspondant à une condition d’expérience,
on place la (ou les) valeur(s) de réponse. Si dans chaque case on a strictement plus d’une
valeur de la réponse, il y a répétitions.
Autrement dit, chaque expérience est répétée plusieurs fois dans les mêmes conditions !

Pour faire de l’ANOVA à un facteur, il est nécessaire d’avoir des répétitions !

Le nombre de répétitions n’est pas toujours le même dans tous les cas, mais il vaut mieux
que ce soit le cas, auquel cas on a un plan équilibré.

1.8 Quand ajouter un terme d’interaction ?

Généralement dès qu’il y a strictement plus qu’un facteur et des répétitions. Le modèle est
en effet plus précis.
1.9. QUELS SONT LES PARAMÈTRES DU MODÈLE ? 5

1.9 Quels sont les paramètres du modèle ?

Tout dépend du modèle. Il faut se souvenir des principes suivants pour les estimer :
– on les estime à l’aide coefficients que permet de calculer Minitab auxquels il faut ajouter
l’estimateur de la variance ; P
– on utilise les formules découlant des conventions de Minitab : αi = 0, . . ..

1.10 Quand faire des comparaisons multiples ?

On observe le tableau de l’ANOVA. On fait des comparaisons multiples (test de Tukey)
sur un terme de l’ANOVA quand plusieurs conditions sont remplies :
1. le test de l’ANOVA correspondant à ce terme est significatif (i.e. p-valeur < α ;
2. le terme ne fait pas intervenir de facteur aléatoire ;
3. le facteur en question a strictement plus de deux modalités (sinon, comme on a déjà
mis en avant une différence, elle est nécessairement entre ces deux modalités !).
On peut également faire des comparaisons avec un contrôle (test de Dunnett), dans le cas
où la problématique ne nécessite pas de comparer les niveaux du facteur deux à deux.

1.11 Quand calculer une puissance ?

Idéalement, à chaque fois qu’un test est non significatif (que l’on accepte H0 ), mais il n’est
pas toujours possible d’effectuer le calcul.

1.12 Degrés de liberté

Que ce soit pour les tests d’ANOVA ou les calculs de puissance, les degrés de liberté qui
interviennent sont toujours ceux donnés par Minitab dans le tableau de l’ANOVA.