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Le reticulum endoplasmique –
Le réticulumendoplasmiqueestprésentdans les cellules eucaryotes. Il est attaché à la
membrane extérieure du noyaudontilprolongel'enveloppenucléaire. Il estconstitué d'un
réseaud'espacesentourés de membranes contenant du liquideappeléciternes. On
trouvedeux types de réticulumendoplasmique : le lisse et le rugueux.
Réticulumendoplasmiquerugueux
Réticulumendoplasmiquelisse
Le réticulumendoplasmiquelisse ne contientpas de ribosomes à sa surface. Il participe à la
biosynthèse des lipides (phospholipidesmembranaires, acidesgras, stéroïdes...) qui
engendrent le complexegolgien et les vésiculesd'exocytose qui elles, régénèrent la
membrane cytoplasmique. Il joueégalement un rôle important dans le métabolisme des
glucides (dégradation du glycogènedans les cellules du foie), la détoxification des
cellules (dans le foie et les reins) et le stockage du calcium.
Les ribosomes
Les ribosomes se retrouvent à la fois chez les cellules eucaryotes et procaryotes.
Leurrôleest de synthétiser les protéines à l'aide de l'informationcontenuedansl'ARNm.
Ilssontconstituésd'ARNribosomique (ARNr) et de protéinesribosomiques et
sontfabriquésdans le nucléole chez les eucaryotes. Les ribosomes sontconstitués de deux
sous-unités, une plus petite qui «lit» l'ARNm et où se fixent les ARNt et une plus grosse
qui catalyse les liaisons peptidiques entre les acidesaminés.
Leribosomesedéplacelelongdel'ARNm.
Mythocondries -
La fonctionprincipale des mitochondriesest de récupérerl'énergiefournie par les
moléculesorganiques et de la stocker sous formed'ATP par le processus de
phosphorylation oxydative. Les mitochondriessontentourées de deux membranes de
phospholipides. La membrane externeestlissetandisque la membrane interne porte de
nombreuxreplis (crêtes) qui augmentent la surface de membrane (làoù se réalise la
phosphorylation oxydative). L'espace entre les deux membranes se
nommeespaceintermembranaire et tout ce qui se trouve à l'intérieur de la membrane
interne se nommematrice.
Chloroplastes
Les chloroplastes se retrouventdans les cellules végétales et chez les algues. Ilspossèdent
un pigment photosensible, la chlorophylle, qui leurpermet de transférerl'énergievéhiculée
par les photons à des moléculeschimiques (eau et gazcarbonique) et de fabriquer des
moléculesorganiques (sucres) grâce à un mécanismenomméphotosynthèse. La plupart des
parties aériennes des végétauxcontiennent des chloroplastes (surtout les feuilles).
Le paroicellulaire –
Les cellules végétales, les champignons et les bactériespossèdentuneparoi qui les protège,
maintientleurforme et prévientl'absorption excessive d'eau.
Paroivégétale
Paroiprimaire
Paroisecondaire
Les lysosomes :
- Agents de la digestion intra-cellulaire.
- Petits sacs bourresd’enzymes digestives, servant а la digestion par phagocytose des substances
capturees par la cellule.
2.Protéines et amino-acides. Tanea
2.1. Les amino-acides.
Les amino-acides sont des composés qui possèdent une fonction amine (basique) et une
fonction acide carboxylique (acide). On note plusieurs familles d'amino acides. Les a-amino-
acides (les fonctions amines et acides carboxyliques sont portés par le même carbone), les b-
amino-acides (la fonction acide est en b de la fonction amine). Dans le monde vivant, on
distingue 2 catégories:
-Comprend 20 a-aminoacides constitutifs de toutes les protéines; les fonctions aminés et
carboxyles sont donc portées par le même atome de carbone dit a.
- Rassemble tous les autres aminoacides, ceux que l’on trouve à l’état libre et qui jouent
souvent un rôle métabolique important.
Les vingts alfa-aminoacides constitutifs des protéines jouent également des rôles
métaboliques important en tant que précursurs d’autres constituants cellulaires. Ils peuvent être
classés soit selon leur nature chimique, soit selon le caractère hydrophyle ou hydrophobe de leur
chaîne latérale R.
2.2. Structure et classification des aminoacides.
D’après Anisimov les AA se classifient en 3 groupes par la chaîne hydro carbonique.
- AA aliphatiques
- AA cycliques
- AA hétérocycliques
Classification chimique d’après le nombre des groupements carboxylique et aminique.
- les AA monoaminomonocarboxylique
- les AA dicarboxylique
- les AA tricarboxylique
- les AA diaminocarboxylique
La classification biologique est suivante :
1. Les AA essentiels – parce que ces Aa ne se synthétise pas dans l’organisme humain et il faut
faire un apport journalière de ces Aa. Valine, leucine, isoleucine, lysine, phénylalanine,
thréonine, tryptophane, méthionine.
2. Les AA non-essentiels dispensable pour l’homme. Ils se synthétisent dans l’organisme humain.
Glycine, alanine, sérine, cystéine, proline, tyrosine, acide aspartique, glutamique, asparagine,
glutamine.
3. Les AA conventionnellement indispensable – pour les enfants- histidine, arginine.
Dans les tissus des organes existent beaucoup d’AA en état libre, en composant des peptides ou en
composant des autres substances organiques.
Les acides α-aminés jouent un rôle fondamental en biochimie comme constituants élémentaires des
protéines : ils polymérisent en formant des liaisons peptidiques qui aboutissent à de longues
chaînes macromoléculaires appelées peptides :
H2N–CHRa–COOH + H2N–CHRb–COOH → H2O + H2N–CHRa–CO–NH–
CHRb–COOH, où Ra et Rb sont deux chaînes latérales.
Selon leur polarité:
1. Aminoacides non-polaires ou hydrophobes- Ce groupe rassemble les aminoacides à chaîne
latérale exclusivement hydrocarbonée, aliphatique ou aromatique, avec par ordre croissant de
compléxité structurale, la glycine, alanine, la valine, la leucine, isoleucine, phénylalanine, le
tryptophane, la méthionine.
2. Aminoacides polaires ou hydrophiles
a) Chaîne latérale hydrophile neutre
La serine, la thréonine, l’asparagine, la glutamine et la tyrosine, la cystéine. Les groupements
thiol de la cystéine et phénol de la tyrosine peuvent s’ioniser négativement par perte d’un proton
en milieu alcalin: ces 2 aminoacides pourraient donc être classés dans la sous-groupe c.
b) Chaîne latérale hydrophile basique- cette catégorie d’aminoacides hydrophiles contient deux
aminoacides à chaîne latérale aliphatique, la lysine et arginine ainsi qu’un aminoacide
aromatique, histidine.
c) Chaîne latérale hydrophile acide - les acides aspartiques et glutamiques
Autres aminoacides - A côté de ces vingt a-aminoacides constitutifs de toutes les protéines; on
trouve de nombreux autres aminoacides, soit à l’état libre et ils jouent alors un rôle métabolique
important, soit dans des peptides de petite taille
3.Enzymes. Dana
Une enzyme est une protéine qui a dans la cellule une fonction de catalyseur. Les
enzymes ont des propriétés communes aux catalyseurs chimiques:
- ne se consomment pas et ne se transforment pas durant les réactions catalysées,
- ne catalysent que les réactions possibles thermodynamiquent,
- ne modifient pas l’état d’équilibre final de la réaction, mais augmentent seulement la
vitesse de réalisation de l’équilibre
Il existe des caractéristiques specifiques des enzymes:
- toutes les enzymes sont des polyprotides supérieures,
- sont des catalyseurs très efficaces qui actionnent en quantités inférieures que les
catalyseurs chimiques,
- ont une haute spécificité en ce que concerne les substrats et le type de réaction
- se reglent facilement, de telle facon, coordonnent les processus métaboliques,
- le rendement des réactions enzymatiques est de presque 100 % (ne se forment pas des
produits secondaires)
Les enzymes ont un role fondamental dans les processus de la vie. Ils provoquent les
réactions nécessaires à la digestion des aliments, à la formation et à la décomposition de l'ADN
et de l'ARN, ainsi qu'à de nombreux autres processus vitaux.
Les ferments sont aussi très importants pour l’industrie alimentaire. Les enzymes ont
une action spécifique sur certains composés. Elles permettent la transformation rapide et
efficace de ceux-ci à des températures modérées. Au cours des fermentations alimentaires, ce
sont les multiples enzymes des cellules microbiennes qui provoquent les modifications
complexes observées. Il est également possible de faire intervenir des enzymes seules, en
l'absence de toute cellule vivante.
Ces enzymes jouent plusieurs rôles dans les productions alimentaires industrielles :
● Faciliter le procédé de préparation (exemple : les jus de fruits ou de légumes sont
plus faciles à filtrer après hydrolyse enzymatique des macromolécules en suspension)
● Améliorer la texture (exemple : la formation de gel dans certains jus de fruits
concentrés sucrés est évitée en hydrolysant la pectine naturelle par des pectinases)
● Provoquer une insolubilisation de certaines molécules (exemple : l'utilisation de
la présure bovine ou microbienne pour la coagulation de la caséine du lait dans la
fabrication des fromages)
● Clarifier et stabiliser certains liquides en vue de la conservation (exemple:
l'emploi de cellulases et de pectinases permet de clarifier le vin et les jus de fruits)
● Améliorer les qualités organoleptiques (exemple : l'ajout de lipases à certains
fromages améliore leur saveur)
● Augmenter le rendement (exemple : la saccharification du moût de céréales peut
être amplifiée par l'addition d'amylases au cours de la préparation de la bière)
● Améliorer la digestibilité (exemple : l'hydrolyse enzymatique du lactose du lait
permet d'éviter les symptômes d'intolérance au lactose)
● Permettre la production de nouveaux produits ou la mise au point de nouveaux
procédés de fabrication (exemple : la valorisation du lactosérum, la préparation de sirops
ou d'alcools à partir d'amidon de céréales ou de cellulose...)
et en remplaçant E,
On a
Exemple:
On a:
[S]mol Vµmol/min
1 0.1
1.33 0.125
2 0.166
4 0.25
1/[S] 1/V
1 10
0.75 8
0.5 6.02
0.25 4
-1/km=-0.25
km=4
1/Vmax=2
Vmax=0.5
y=ax+b
4=a*0.25+b
8=a*0.75+b
a=-13
b=0.75
y=-13x+0.75
y=0, x=0.06
x=0, y=0.75
x=-1/km, km=16.66
y=1/Vmax, Vmax=1.33
4.Glucides. Liuda
4.1. Structure, classification et nomenclature des glucides
4.2. Nomenclature des glucides.
4.3. Les oses.
4.4. Les osides.
4.5. Les glycoprotéines.
4.6. Principaux propriétés physiques et chimiques des glucides.
4.1 Structure, classification et nomenclature des glucides
1. Les Glucides sont des molécules organiques dont les carbones sont porteurs
— de fonctions alcools (alcool secondaire, alcool primaire)
— d’une fonction aldéhyde ou cétonique (fonction carbonylique)
— parfois d’une fonction acide ou aminée.
Leur formule générale est Cn(H2O)n.
2. Au total, il s’agit d’aldéhyde ou de cétone polyhydroxylées car un carbone est porteur soit
d’un aldéhyde soit d’une cétone, tous les autres étant porteurs de fonctions alcools.
Structure
A. Structure linéaire
1. Nomenclature.
● ce sont des composés de formule brute Cn(H20)p, d'où l'ancienne appellation
d'hydrates de carbone.
● ils sont caractérisés par la présence dans la même molécule d'une fonction réductrice
aldéhyde ou cétone et d'au moins une fonction alccol.
● les oses qui possèdent une fonction aldéhydique sont appelés des ALDOSES et ceux
qui possèdent une fonction cétonique sont appelés des CÉTOSES.
● la nomenclature des atomes de carbone des aldoses attribue le numéro 1 à celui qui
porte la fonction aldéhyde. Dans le cas des cétoses, le carbone qui porte la fonction
cétone porte le numéro 2.
Le plus petit composé répondant à la définition des oses est l'aldéhyde glycolique, mais ce
composé n'a pas de carbone chiral et pas de rôle biochimique à l'état libre.
Les premiers oses qui ont un rôle sont des oses en C3 ou triose, il s'agit du glycéraldéhyde et la
dihydroxyacétone.
Il faut noter que sous leur forme phosphorylée ces deux composés correspondent à une étape
importante de la voie de la glycolyse, puisqu'il s'agit du passage d'un sucre en C6 (le fructose 1,
6 diphosphate) à 2 sucres en C3.
B. Structure cyclique
1. Hémiacétal et mutarotation.
La structure linéaire ou structure à chaîne ouverte des oses ne rend pas compte de toutes leurs propriétés dés
que le nombre des atomes est supérieur à 4.
En premier lieu les propriétés réductrices qui ne sont pas tout à fait celles des aldéhydes et des cétones :
● par exemple si on traite du glucose avec du méthanol, on ne fixe pas 2 molécules d'alcool pour
former un acétal comme avec un aldéhyde, mais on ne fixe qu'une seule molécule de méthanol
pour former un hémiacétal
● c'est un premier indice que la fonction aldéhydique des oses n'est pas aussi réductrice que les
aldéhydes vrais.
En second lieu, selon le mode de solubilisation du glucose on obtient 2 solutions appelées respectivement a et
b-glucose :
● ces deux solutions dévient la lumière polarisée mais se distinguent par leur pouvoir rotatoire
spécifique [a]20D mesuré sur des solutions fraîches ;
● cependant, si on laisse viellir ces solutions, leur pouvoir rotatoire évolue pour se stabiliser à une
valeur identique de + 52.5°.
Ce phénomène a été appelé mutarotation par Lowry
1. Oxydation
Les oses sont des réducteurs plus faibles que les aldéhydes ou les cétones vrais. Le résultat de l'oxydation
dépend des conditions de cette oxydation.
a) Par oxydation douce des aldoses avec Br2 ou I2 en milieu alcalin, on obtient les acides aldoniques :
● le glucose donne l'acide gluconique
● le mannose donne l'acide mannonique
● le galactose donne l'acide galactonique
La réaction est stoechiomètrique et permet le dosage spécifique des aldoses car les cétoses ne sont pas
oxydés dans ces conditions.
b) Par oxydation plus poussée avec l'acide nitrique à chaud on obtient les acides aldariques qui sont des
diacides possédant une fonction carboxylique sur le carbone 1 et le carbone 6:
● le glucose donne l'acide glucarique
● le galactose donne l'acide galactarique
Les cétoses sont dégradés dans ces conditions. La chaîne est rompue au niveau de la fonction cétone. On
obtient un mélange d'acides carboxyliques.
c) Enfin, si la fonction aldéhyde est protégée pendant l'oxydation, on obtient les acides uroniques oxydés
uniquement sur la fonction alcool primaire :
● le glucose donne l'acide glucuronique
● le galactose donne l'acide galacturonique
2. Réduction
Les réactions de réduction se font par hydrogénation catalytique, soit par action d'un borohydrure alcalin
tel que LiBH4 ou NaBH4.
● on obtient le polyalcool correspondant à l'aldose de départ.
● en ce qui concerne les cétoses, on obtient 2 polyalcools épimères.
Il faut mentionner d'autres réactions de réduction utilisées pour le dosage des sucres et leur caractérisation.
Notamment :
● les sels cuivriques (la liqueur de Fehling)
● le nitrate d'argent
● les sels de tétrazolium
B. Propriétés liées aux fonctions alcooliques
1. Méthylation
Les agents méthylants tels que le sulfate de méthyle ((SO4(CH3)2) en présence de soude (Haworth) ou
l'iodure de méthyle ICH3 avec Ag2O (Purdie) agissent en substituant tous les hydrogènes des
groupements hydroxyles par un -CH3 formant ainsi un groupement éther.
Si le groupement réducteur de l'ose est libre, il réagira en formant un dérivé O-méthylé.
Cependant, cette liaison est une liaison osidique qui n'a pas la même stabilité en milieu acide où elle est
facilement hydrolysée.
Il faudra donc la distinguer des liaisons ether en la spécifiant dans la nomenclature de l'ose.
2.Proprietes physiques
5.Lipides. Ghena + Vlad
5.1. Structure et nomenclature des lipides.
Les lipides constituent un groupe plus hétérogène que les glucides et les protides. Ils peuvent etre
subdivisés en :
1. Lipides proprement dits (esters ou amides d'un acide gras - acide carboxylique formé d'au moins 4
atomes de carbone - et d'un alcool).
2. Lipoїdes (substances ayant les caractères de solubilité des lipides).
2.1 Lipoїdes isopréniques (caroténoїdes et quinones).
2.2 Stérols libres.
2.3 Hydrocarbures.
Nous rappellerons en premier lieu, les propriétés des acides gras. Ensuite, nous étudierons les deux
catégories de lipides vrais 1.1 et 1.2 ; enfin, nous envisagerons les lipoїdes isopréniques et les stérols. Nous
noterons tout de suite que la catégorie des glycérides est très fortement dominante dans les corps gras ali-
mentaires.
5.3. Glycérolipides.
Les triglycérides sont tres prédominants. Les di- et monoglycérides ne sont en général présents
qu'а moins de 2 p. cent du total lipidique.
Les trois positions ne sont pas identiques dans la molécule du glycérol, puisqu'il existe deux
positions primaires et une position secondaire. En outre, les deux positions primaires ne sont pas
absolument équivalentes ; l'image suivante précise la numérotation des carbones :
R2 " OC u ~
0 CH2 ~ o - CO - R3
Si R1 est différent de R3, il y a asymétrie de substitution du carbone n° 2. On n'a cependant pas
observé de glycérides optiquement actifs dans les produits naturels.
La distribution des acides gras sur les trois positions du glycérol a été beaucoup discutée. Il
semble que l'hétérogénéité maximale soit un principe approximatif (distribution régulière selon
Hilditch) : un acide gras est aussi largement distribué que possible parmi les différents glycérides ;
un triglycéride homogène n'apparaоtra que lorsqu'un acide gras représente les 2/3 du total (en
molécules d'acides gras). Mais on observe beaucoup d'exceptions, par exemple, la présence de
triglycérides homogènes dans des corps gras qui contiennent moins glycérol de 66,6 p. cent d'un
acide gras donné. L'analyse directe des triglycérides est très utile : elle permet d'établir des relations
entre les propriétés physiques et la composition des corps gras. Elle est pratiquée aujourd'hui en
complément de la détermination des acides gras séparés
5.4. Sphingolipides.
C'est une liaison amide qui unit l'acide gras а la substance qui correspond au glycérol. Il y a
cependant deux groupes OH dans cette molécule, mais l'un n'est jamais substitué (alcool
secondaire), alors que l'autre est lié а l'ester phos- phorique de la choline, comme dans la lécithine
(fig. 4.3 (B)). La substance permettant la liaison amide est la sphingosine, qui est un dialcool aminé
insaturé, а 18 atomes de carbone.
Ces substances sont comparables aux lécithines, avec lesquelles elles sont liées.
N.B. - Il existe d'autres dérivés naturels non phosphorylés de la sphingosine, les glycolipides qui
portent des résidus glycosylés en position R2 (cérébrosi- des, gangliosides et phytoglycolipides).
5.5. Céérides.
Ce sont des monoesters d'un acide gras et d'un alcool, tous deux а longue chaоne (jusqu'а 40
atomes de carbone). Ces deux éléments d'une molécule sont le plus souvent d'inégale longueur. Les
acides gras sont en général saturés, rarement insaturés et très rarement hydroxylés.
On les rencontre dans tous les règnes. Ils sont presque toujours solides а température ordinaire.
Les animaux supérieurs ne métabolisent pas les cires, contrairement а certains insectes. Nous
prendrons trois exemples :
- le blanc de baleine est une cire presque pure ; il renferme plus de 90 p. cent de
palmitate de cétyle, qui est un exemple de constituants saturés d'égale longueur (C15H31COOH,
C16H33OH).
- La cire d'abeille est au contraire de composition complexe : la cire dominante est le
palmitate de myricyle (C15H31COOH, C30H61OH) ; ensuite se trouve Tester d'un acide gras
insaturé (Ci6:i A2), l'hypogéate de myricyle.
|Lk Dans les bactéries, des.molécules analogues par leur constitution apportent des propriétés
particulières ; ainsi le dimycolate de tréhalose, constituant du cordfactor, confère le caractère
toxique, ainsi que l'acidorésistance hMycobacte- rium tuberculosis.
Les indiens d'Amérique s'enduisent le corps d'un produit gras, l'huile de Jojoba, qui est en réalité
une cire végétale.
Un nucléotide est un nucléoside sur lequel un phosphate (diacide) est fixé sur le sucre : P-S-B.
Les phosphates étant les mêmes pour les deux acides nucléiques, s'il y avait 8 nucléosides
différents (4 pour chacun), il y aura 8 nucléotides différents (4 pour chacun).
Des associations de nucléotides apparaissent dans les hydolysats plus incomplets dans
lesquelles deux nucléotides voisins sont associés par une liaison entre le sucre de l'un et le
phosphate (devenu alors monoacide) de l'autre : cela donne des chaînes
phosphoglucidiques (acides) - S-P-S-P...-S-P - portant sur chaque sucre une base.
Rôle de l'ADN
L'ADN est le support de tous les codes - les gènes - qui détermineront les activités des cellules
et, par là, les caractéristiques de toute nature de l'individu auquel elles appartiennent.
Notamment l'ADN contient les codes de la synthèse des protides et, donc, des enzymes qui
appartiennent à ce groupe de molécules : comme les enzymes permettent les réactions du vivant,
celles-ci ne pourront avoir lieu que si le code de l'ADN correspondant permet la synthèse de
l'enzyme.
Rôle de l'ARN
Pour la synthèse des protides, les codes se trouvent dans le noyau alors que le site de la synthèse
est le cytoplasme : c'est l'ARN messager, noté ARNm, qui réalise le transfert des codes du
noyau vers le cytoplasme. Cela nécessite une "copie" du code par l'ARN messager et un
transfert du noyau au cytoplasme.
La synthèse des protides se fait au niveau du ribosome. L'ARN qui compose les ribosmes est
l'ARN ribosomal, noté ARNr. Des ARN particuliers les ARN de transfert, noté ARNt, prennent
en charge chacun un acide aminé qu'ils mettent en bonne place sur l'ARNm.
Ensemble, l'ADN et l'ARN jouent un rôle essentiel : ils stockent, entretiennent et traduisent
l'information génétique. Ils assurent le maintien du génotype et du phénotype en synthétisant
des protéines grâce aux gènes.
3) Propriétés de l’ADN
a) Solubilité :
L’ADN devient un sel d’acide en milieux aqueux et est ainsi soluble. Il précipite en présence
d’éthanol et d’une forte concentration saline. Cette propriété permet sa purification.
b) Absorption UV :
Les nucléotides absorbent dans les UV et cette absorption dépend de l’angle d’incidence des
rayons UV : l’absorption est maximale lorsque les rayons d’incidence sont perpendiculaires et
minimale lorsque les rayons d’incidence sont parallèles, l’empilement des bases freinant
l’accessibilité.
L’ADN absorbe moins que ne le fait des nucléotides libres en même quantité, on qualifie ce
phénomène d’hypochrome.
c) Dénaturation thermique
La dénaturation thermique correspond au fait que les deux brins de l’hélice se dissocient par
l’action de la chaleur.
La température de fusion ou Tm est la température à laquelle la molécule d’ADN est à moitié
désappariée. Elle dépend de la longueur de la molécule d’ADN, en effet les petites molécules
sont moins stables et ont donc une température de fusion plus faible. Elle dépend également de
la richesse en paires de bases C-G (40% du génome humain) étant plus stable que les paires de
bases A-T, ce qui augmente la température de fusion. Le Tm humain est de 86°C et la
dénaturation complète est à 95°C.
ARN
Les ARN procaryotes et eucaryotes sont de différents types, on met en évidence les ARN
messagers (ARNm), les ARN de transfert (ARNt), les ARN ribosomiques (ARNr) et les micros
ARN.
Les ARN de transfert sont constitués de 75 à 85 nucléotides. Les ARNt possèdent des
extrémités spécifiques constantes : extrémité 5’ G et extrémité 3’ CCA ; ils possèdent également
une structure secondaire en feuille de trèfle ainsi qu’une structure tertiaire en forme de L à
l’envers. Les acides-aminés se fixent sur l’extrémité 3’OH par leurs fonctions COO- par une
fonction carboxy-ester qui est riche en énergie, grâce à l’amino-acyl-tRNA-synthétase.
Les ARN-ribosomiques rentrent dans la constitution des ribosomes, dans lesquels ils sont
associés à des protéines. Leur taille est définie en unité Svedberg. Les procaryotes ont trois
ARNr (ARN 5s, 16s et 23s) et les eucaryotes ont quatre ARNr (5s, 5,8s, 18s et 28s) .
La structure primaire d'une biomolécule non-ramifiée comme un brin d'ADN, d'ARN ou une
protéine, est la séquence de nucléotides ou d'acides aminés du début à la fin de la molécule.
Autrement dit, la structure primaire identifie l'exact composition chimique et la séquence de ses
sous-unités monomériques.
La structure primaire d'un polymère biologique détermine largement la forme tridimensionnelle
connue sous le nom de structure tertiaire. Les acides nucléiques ne sont ni plus ni moins que des
polymères de nucléotides (nucléosides mono-phosphates).
La liaison entre deux nucléotides successifs se fait grâce à des liaisons 3'-5' phosphodiester-
dans les acides nucléiques, les différents nucléotides sont positionnés bout à bout et liés les uns
aux autres par des liens 3'- 5' (prononcé 3 prime – 5 prime) phosphodiester. Ces chiffres
donnent le sens de la liaison ; le phosphate se lie au carbone 5 du sucre du premier nucléotide et
au carbone 3 du sucre du nucléotide suivant. Les liaisons phosphodiester sont des liens
covalents, c'est-à-dire qu'il y a partage d'électrons entre les atomes. Le phosphate est par
conséquent le lien (ou le pont) entre chaque sucre.
Dans cet exemple, on a du ribose (OH sur le carbone C2') donc ceci est une partie d'un brin
d'ARN, sans OH sur le C2', on aurait alors du désoxyribose donc de l'ADN.
Lorsque que l'on écrit une séquence nucléotidique c'est toujours dans le sens 5'->3', ici le
premier A est en haut et le troisième en bas.
L'ARN peut former une hélice identique à celle de l'ADN grâce à 3 liaisons H entre C et G et 2
entre A et U. La différence avec l'ADN est la présence d'un seul brin (l'ADN par contre est
formé de 2 chaînes), donc il peut se replier sur lui même. La plupart du temps on a des liaisons
H dites Watson Crick qui sont à l'origine des structures en tige boucle. Watson et Crick sont les
biologistes qui ont découvert la structure en double hélice d'ADN en 1958.
On peut aussi avoir des liaisons H de type Hoogsteen, mais c'est plus rare, on les trouve
principalement dans des tRNA, par exemple entre les boucles t phi et d :
Les structures secondaires de l'ARN permettent d'obtenir des molécules plus stables, ayant une
structure tertiaire donnée, donc d'avoir une fonction catalytique donnée.
7. Vitamines. Inga
7.1. Caractéristique des vitamines.
7.2. Les vitamines liposolubles.
7.3. Les vitamines hydrosolubles.
L’acétyl-CoA libéré peut ensuite être catabolisé au niveau d’un cycle métabolique complexe : le
cycle de Krebs ou cycle de l’acide citrique.
Au cours du cycle de Krebs, l’acétyl-CoA est complètement oxydé en CO2 et H2O.
L’oxydation de l’acétyl-CoA pendant le cycle de l’acide citrique permet la formation de 12
liaisons phosphates riches en énergie supplémentaire (= 12 ATP).
-Les acétyl-CoA peuvent également être utilisés pour la cétogenèse.
-Ils peuvent également servir pour la synthèse des dérivés isopréniques (cholestérol,…)
-Enfin, ils peuvent servir pour re-synthétiser d’autres acides gras (lipogenèse).
I. L’acétyl-CoA carboxylase
L’acétyl-CoA carboxylase utilise la biotine (B8)
comme coenzyme.
C’est l’étape clé de la lipogenèse, facilement régulée. Elle est inhibée par le palmitate et les
catécholamines. Elle est au contraire stimulée par le citrate et par l’insuline.
II. L’acide gras synthase
Toutes les activités enzymatiques nécessaires à la biosynthèse des acides gras sont
regroupées au sein d’une même chaîne peptidique qui constitue donc une protéine multi-
enzymatique géante : L’acide gras synthase.
Le regroupement des différentes activités sur une même protéine permet un meilleur
rendement (proximité des différents sites…).
Dans un premier temps, le malonyl-CoA se fixe sur un groupement pantothénique (PAN
analogue du CoA) de l’acide gras synthase.Ce groupement PAN est situé sur un bras flexible
qui va permettre la présentation du malonyl aux différents sites présents sur le complexe multi-
enzymatique.
Les groupements acétyls (ou acyls) se fixent quant à eux sur un deuxième site de liaison de
l’enzyme correspondant à un groupement cystéine.
Ce second groupement est situé à proximité du groupement PAN.
Le bicarbonate est libéré lors de la réaction de la condensation.
Ainsi, bien qu’il soit nécessaire à la réaction, le bicarbonate n’apparaît pas dans le
produit final.
Tous les carbones des acides gras biosynthétisés dans l’organisme proviennent de l’acétyl-CoA.
Ces trois réactions enzymatiques sont inverses de celles de la β-oxydation.
Les deux réactions de réduction utilisent le NADPH, H+ et non le NADH, H+.
De façon générale, le NADPH, H+ est utilisé de
manière préférentielle dans les voies anaboliques.
Ces trois réactions enzymatiques sont inverses de celles de la β-oxydation.
Les deux réactions de réduction utilisent le NADPH, H+ et non le NADH, H+.
De façon générale, le NADPH, H+ est utilisé de
manière préférentielle dans les voies anaboliques.
L’acide gras synthase active est formé de dimères de cette protéine associées de façon
anti-parallèle.
Cette association permet la proximité moléculaire de deux groupements PAN et CYS des deux
enzymes.
L’unité fonctionnelle de l’acide gras synthase est en
fait constituée de deux demi-enzymes associées.
III. L’élongation des acides gras
L’élongation des acides gras (> à 16 carbones) s’effectue au sein du réticulum endoplasmique.
Les étapes sont identiques à celles du complexe de l’acide gras synthase, mais il n’y a pas de
fixation des acides gras sur l’enzyme.
Les enzymes d’élongation permettent la synthèse de stéaryl-CoA et d’acides gras à très longue
chaîne (pour le cerveau).
IV. Les acides gras insaturés
Les animaux ont la capacité de produire des acides gras mono-insaturés à l’aide d’une
désaturase spécifique : La Δ-9 désaturase.
Cette enzyme est présente au sein du réticulum endoplasmique (c’est une enzyme microsomale).
Chez les animaux, les doubles liaisons additionnelles à la Δ-9 sont toujours introduites entre la
double liaison existante et le carboxyl.
Il est donc impossible de biosynthétiser des acides gras ayant des doubles liaisons au-delà de la
position Δ-9.
Les acides linoléique et linolénique possèdent des doubles liaison au-delà de la position 9. ils ne
peuvent donc pas être biosynthétisés chez l’homme. Ils doivent donc être apportés par les
aliments. Ils sont donc appelés acides gras essentiels.
Les acides gras poly-insaturés sont synthétisés par une combinaison de réaction de dénaturation
et d’élongation.
-->Tous les acides gras qui dérivent de l’acide oléique auront leur dernière double liaison en
oméga 9 : c’est la famille des ω9.
-->Tous les acides gras qui dérivent de l’acide linoléique auront leur dernière double liaison en
oméga 6 : c’est la famille des ω6.
-->Tous les acides gras qui dérivent de l’acide linolénique auront leur dernière double liaison en
oméga 3 : c’est la famille des ω3.
9. Photosynthèse et
chimiosynthèse.Lena(realizat)
9.1. Le rôle de la photosynthèse.
La photosynthèse est le processus bioénergétique qui permet aux plantes et à certaines
bactéries de synthétiser de la matière organique en exploitant la lumière du soleil. Les besoins
nutritifs de ces organismes sont du dioxyde de carbone, de l’eau et des sels minéraux. La
photosynthèse est à la base de l'autotrophie de ces organismes. La photosynthèse est la
principale voie de transformation du carbone minéral en carbone organique. La photosynthèse
se déroule dans les membranes des thylakoïdes, chez les plantes, les algues et les
cyanobactéries, ou dans la membrane plasmique chez les bactéries photosynthétiques. Une
conséquence importante est la libération de molécules de dioxygène. À l’échelle planétaire, ce
sont les algues et le phytoplancton marin qui produisent le plus d’oxygène, suivi des forêts. En
tout, les organismes photosynthétiques assimilent environ 100 milliards de tonnes de carbone en
biomasse, chaque année. La photosynthèse comprend trois phases :
● De l’énergie électromagnétique, sous forme de lumière, est absorbée grâce à l’action de
pigments dont le plus connu est la chlorophylle.
● Cette énergie est transformée en énergie chimique, sous forme de potentiel d'oxydo-
réduction.
● L’énergie chimique est utilisée pour réduire le CO2 et incorporer le carbone dans des
composés organiques riches en énergie qui permettent grâce à l’anabolisme (synthèse
organique) la croissance des êtres vivants et grâce au métabolisme (transformation)
énergétique un apport en énergie.
Les premiers éléments ainsi fabriqués, via le cycle de Calvin, sont des sucres (glucose). Ce
processus est représenté par l'équation suivante :
6CO2 + 12H2O + lumière → C6H12O6 + 6O2 + 6H2O.
On rencontre également souvent, cette équation sous la forme d'un simple bilan de matière, ce
qui masque le fait que les atomes du dioxygène produit ne proviennent que de l’eau :
6CO2 + 6H2O + lumière → C6H12O6 + 6O2
9.2. Le mécanisme de la photosynthèse.
Il y a trois mécanismes connus de fixation du dioxyde de carbone au cours de la photosynthèse :
C3, C4 et CAM. Ces trois mécanismes diffèrent par l'efficacité de cette étape. Le type de
photosynthèse de la plante est déterminé par le nombre d'atomes de carbone de la molécule
organique formée en premier lors de la fixation du CO2. Le mécanisme en C3 correspond au
mécanisme « de base », c'est celui de 98% des plantes vertes [Hopkins]. Les types en C4 et
CAM sont plus rares, mais on les trouve dans des espèces connues : le maïs est une plante C4,
l'ananas une plante CAM. Ces deux adaptations sont apparues chez de nombreux groupes de
plantes, vraisemblablement (et principalement) comme adaptation au stress hydrique ou à une
réduction de disponibilité de CO2 pendant la journée ; l'amélioration du rendement
photosynthétique apparaît être, dans les deux cas, un sous-produit, et non le facteur de pression
évolutive.
La première des étapes du cycle de Calvin-Benson consiste en une carboxylation (fixation d'une
molécule de CO2) sur le ribulose 1,5 bisphosphate, catalysée par la RubisCO, pour donner deux
molécules d'un composé à 3 atomes de carbone (Acide 3-phosphoglycérique, APG). Une grande
majorité des plantes, dont tous les arbres, fonctionnent selon ce mécanisme. Le CO2 fixé par la
RubisCO provient de la diffusion du CO2 atmosphérique au travers des stomates dans un
premier temps puis, sous forme dissoute, au travers des cellules de la feuille jusqu'au stroma des
chloroplastes.
La RubisCO est capable de catalyser une réaction en utilisant l'oxygène au lieu du CO2, c'est le
phénomène de photorespiration, qui diminue le taux de photosynthèse nette mais présente peut-
être une utilité encore mal comprise.
Une des adaptations de la plante qui évite la photorespiration est d'augmenter la pression
partielle en CO2 autour de la RubisCO.
Le métabolisme C4 dissocie dans l'espace, les phases photochimique et non photochimique. Les
plantes qui l'utilisent captent le CO2 atmosphérique, non directement par RubisCO, mais par
l'action de la phospho-énol-pyruvate-carboxylase (PEP-carboxylase) qui produit un composé à
quatre atomes de carbone (un acide dicarboxylique : oxaloacétate, puis malate ou aspartate). Ces
réactions ont lieu dans le mésophylle (assise cellulaire entre les nervures).
Ce composé à 4 atomes de carbone est ensuite transporté vers les cellules de la gaine
périvasculaire où une enzyme se charge de le décomposer, libérant ainsi le CO2 et recyclant le
transporteur. Le CO2 est donc concentré dans ces cellules et est fixé par la RubisCO, selon le
mécanisme des plantes en C3 mais avec un meilleur rendement.
Ce type de photosynthèse existe notamment chez des graminées d'origine tropicale et aride,
comme la canne à sucre ou le sorgho. La fermeture de leurs stomates plus longtemps permet à
ces plantes de limiter les pertes d'eau, mais cela présente l'inconvénient d'abaisser rapidement la
pression partielle en CO2 dans la feuille, car il est prélevé par la photosynthèse. Le métabolisme
en C4 permet de compenser, et au-delà, cette baisse de pression et de maintenir le
fonctionnement de la photosynthèse et même de l'améliorer. La photorespiration est nulle ou
très faible chez ces plantes, du fait de l'enrichissement en CO2.
De nombreuses espèces dans différentes familles sont en C4. Opuntia ficus-indica est un
exemple chez les Cactaceae. Le maïs est une plante C4, bien qu'il ne soit pas adapté à un milieu
sec (c'est une des cultures les plus gourmandes en eau) ; ce caractère a été hérité de la plante
ancêtre, la téosinte, qui, elle, est adaptée à un milieu chaud et sec. Il a été maintenu par la
sélection artificielle car il assure de bons rendements.
Ces plantes possèdent les deux types d'enzymes carboxylantes comme les plantes de type C4.
Elles diffèrent de ces dernières du fait que la fixation du carbone n'est pas séparée dans l'espace
(mésophylle/gaine périvasculaire) mais dans le temps (nuit/jour). Durant la nuit, lorsque les
stomates sont ouverts, un stock de malate est produit, puis stocké dans la vacuole des cellules
photosynthétiques. Au cours de la journée, ces malates sont retransformés en dioxyde de
carbone et le cycle de Calvin peut s’effectuer, le CO2 restant disponible pour la photosynthèse
malgré la fermeture des stomates. Ainsi les pertes d'eau par transpiration sont limitées. Ce
mécanisme est observé notamment chez les Crassulaceae (« plantes grasses », comme le
cactus).
Ce mécanisme existe aussi dans des milieux aquatiques, lorsque la disponibilité en CO2 est
réduite pendant la journée (par exemple du fait de la consommation par les plantes).
Fermentation- processus de dissimilation anaerobe des glucides. Est une reaction biochimique
realisee par les microorganisms comme les levures ou les bacteries.Il se produit des substances
chimiques diverses.
La fermentation renforce la teneur en elements nutritifs des aliments moyennat la biosynthese
des vitamines,des acide amines essentiels et des proteins, en ameliorant la digestibilite des
proteins et de fibres, en renforcant l’assimilabilite des micronutriments et en reduisant les
facteurs antinutritionnels.
La fermentation renforce la salubrite des aliments en reduisant les composants toxiques tells que
les aflatoxines et en produisant des agent anti-microbiens comme acide lactique,les
bacteriocines,le dioxide de charbon, l’alcool ethylique qui facilitent l’inhibition ou l’elimination
des agents pathogens d’origine alimentaire.
Le Bilan energetique:
Glu+2ATP+2ADP+2NADH+=2 ac.piruvique+4ATP+2NADH+2H+
Zaprometov a propose de diviser les substances phenoliques d’apres leur squelet des chaines
carboniques en 3 groupes:
● subst.phen.(C6-C1) qui contient un noyau benzenique et un atom de C en chaine lateral.
● subst.phen.(C6-C3) qui contient un noyaux benzenique et 3 atoms de C en chaine
laterale.
● subst.phen.(C6-C3-C6) deux noyaux benzeniques qui sont lies avec un heterocycle
pyranique qui contient O2 .
b) Les Tannins Condensees, par chauffage avec les ac. diluees se transforme en polymers. Ne
contienent pas la glucose et ont une structure chimique semblable aux antocianidol.
Les tannines ou les copolimers de ces 2 type des substances flavonoidiques se trouve dans
l’escorce du sapin, acatia. Par le chauffage en presence des bases s’elibere la pirocatechine.
Les tannines condensees ont les proprietes des tannines natuelles.
Lignine - subst. aromatique macro-moleculaire qui occupe tout l’espace libre entre les fibres de
cellulose. Elle se contient dans le sapin (29-33%) et penplier (18-24%). Une grande quantite de
lignine se separa du cellulose pendant la production du papier.
Seulement 5-10% de lignine peut se dissoudre dans les solvents organiques. La lignine est
resistante a l’action des microorganisme. Se detrouise lantement.
Du point de vue chimique la lignine presente un polimer de nature phenolique qui contient
15-22% OCH3 (gr. methoxylique) et ~0,6% (OH).
Par l’oxydation douce de lignine de l’arbre de conifere a une temperature de 160oC avec
nitro-benzen en milieu alcalin, la lignine se detruit en formant 3 aldehides aromatiques:
vaniline, aldehide siringilique, aldehide parahydroxy-benzyque. La quantite des aldehides
depend du type des arbres. En coniferes se contienent beaucoup de vaniline, dans la lignine des
feuilles luces - l’aldehide sirigilique.
Pour la synthese de lignine s’utilise les substances phenolique monomeres:
● alc. cynamique
● alc. coniferilique
● alc. parahydroxybenzenique,
qui permetant la copolimerisation par les reactions de dehydrogenisation.
Melanines - subst. phenolique de couleur brun-noir qui se trouve dans l’ecorce des bannanes et
grains du the et caffe.
Par la hydrolise en milieu alcalin les melanines se transform en substances phenoliques
simples:
● pirocatechine
● ac. protocatechinique
● ac. salicilique
● et une petite quantite de 5,6-dioxynidol (subst. non-phenolique)
Les melanines semblables a celles naturelles peuvent etre obtenues par oxydation de la
pirocatechine et tyrosine avec les enzymes polyphenoloxydases.