CONCEPTOS BSICOS DE LA QUMICA COMPUTACIONAL

CONCEPTOS BSICOS DE LA QUMICA COMPUTACIONAL

La qumica computacional es una disciplina que se extiende mas all de los limites tradicionales que separan la qumica, la fsica, la biologa y la ciencia de la computacin, permitiendo la investigacin de tomos, molculas y macromolculas mediante un sistema de ordenadores o actualmente incluso con ordenador, cuando la investigacin de laboratorio sea inapropiada, impracticable o imposible.

La qumica computacional incluye aspectos como: El modelado molecular. Los mtodos computacionales. El diseo molecular asistido por ordenador. Las bases de datos qumicas. El diseo de sntesis orgnica. La bsqueda de datos en bases qumicas.

Aunque hay distintas definiciones de qumica computacional quizs las mas apropiada sea la dada por Lipkowitz y Boyd: Aquellos aspectos de la qumica que son explicados o realizados mediante ordenadores.

Mientras el modelado molecular nos da un modelo en 2D o 3D de la estructura de una molcula y sus propiedades, los mtodos computacionales calculan la estructura y los datos apropiados necesarios para realizar el modelo.

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MTODOS COMPUTACIONALES

La qumica computacional abarca un amplio rango de mtodos matemticos que pueden dividirse en dos grandes categoras: La mecnica molecular: que aplica las leyes de la fsica clsica al ncleo molecular sin considerar explcitamente a los electrones. La mecnica cuntica: se basa en la ecuacin de Schrdinger para describir una molcula con un tratamiento directo de la estructura electrnica y que se subdivide a su vez en dos clases, segn el tratamiento realizado, mtodos semiempricos y mtodos ab initio ("desde el principio").

Los mtodos que se utilizan se dividen segn la clasificacin que se muestra a continuacin:

Mtodos de la Qumica Computacional

Mtodos de Mecnica Molecular

Mtodos de Mecnica Cuntica

Mtodos Semiempricos

Mtodos Ab Initio

El programa Chem3D proporciona los siguientes mtodos: Mtodo de mecnica molecular: mtodo MM2 Mtodos semiempricos: mtodos Huckel extendido, MINDO/3, MNDO, MNDO-d, AM-1 Y PM3 (a travs de Chem3D y CS MOPAC). Mtodo ab initio: mediante la aplicacin Chem3D Gaussian.

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USOS DE LOS MTODOS COMPUTACIONALES

Los mtodos computacionales se basan en el calculo de las Superficies de Energa Potenciales (SEP) de las molculas. La superficie de energa potencial es la envoltura de las fuerzas de interaccin entre tomos de una molcula. De la Superficie de Energa Potencial se puede derivar informacin estructural y qumica de la molcula. Los diferentes mtodos computacionales difieren en el modo en el cual la superficie se calcula y como se derivan las propiedades moleculares de esta.

Los tipos bsicos de clculos que se realizan con los diferentes mtodos son: Calculo de la Energa en un Punto: La energa para una disposicin dada de los tomos en un modelo o el valor de la SEP para un conjunto de coordenadas atmicas. Optimizacin Geomtrica: Consiste en la modificacin sistemtica de las coordenadas atmicas de un modelo dando como resultado una geometra donde las fuerzas netas en la estructura son iguales a cero. En una disposicin 3D de los tomos, representa un mnimo de energa local (se encontrar una geometra molecular estable sin necesidad de cruzar una barrera de energa conformacional). Calculo de propiedades: es la prediccin de determinadas propiedades fsicas y qumicas, tales como la carga, momento dpolar o el calor de formacin.

Los mtodos computacionales pueden tambin realizar ms funciones especificas tales como bsquedas conformacionales y simulaciones dinmicas moleculares.

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ELECCIN DEL MEJOR MTODO Ni todos los tipos de clculos son posibles en todos los mtodos, ni hay un mtodo que sea el mejor para todo. As, para cada aplicacin, cada mtodo posee ventajas y desventajas que debemos conocer, dependiendo la eleccin del mtodo de una serie de factores como son: La naturaleza de la molcula con la que vamos a trabajar. El tipo de informacin que necesitemos. La disponibilidad para poder aplicar parmetros experimentales determinados, ya que algunos de los mtodos as lo requieren. Recursos de computacin.

Los tres criterios ms importantes son: Tamao del modelo: El tamao de un modelo puede llegar a ser un factor limitante para un mtodo en particular, de manera que el numero limite de tomos en una molcula se incrementa aproximadamente en un orden de magnitud entre mtodos distintos desde el ab initio a los de mecnica molecular. El mtodo ab initio esta limitado a decenas de tomos, los mtodos semiempricos a cientos y los mtodos mecnico moleculares a miles. Disponibilidad de parmetros: Algunos de los mtodos que se han indicando necesitan para sus clculos de una serie de parmetros experimentales que se les deben de haber proporcionados previamente. Si la molcula contuviera tomos de los que no hubiera sido posible obtener los parmetros, el modelo obtendr unas predicciones invalidas. Se ha de tener en cuenta que cualquier campo de fuerza particular es solo aplicable a la clase limitada de molculas para las cuales esta parametrizada.

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Recursos de ordenador: Las necesidades de computacin aumentan con relacin al tamao de modelo segn el mtodo elegido. Ab initio: El tiempo requerido para realizar los clculos se incrementa en el orden N4, donde N es el numero de tomos del modelo. Semiemprico : En este caso el tiempo de computacin se eleva segn la relacin N3 o N2. Mecnico Moleculares (MM2): Para este mtodo el tiempo de calculo aumenta del orden de N2. En general, los mtodos de mecnica molecular necesitan menos recursos de ordenador que los mtodos de mecnica cuntica.

Una visin general de las caractersticas de cada mtodo y sus aplicaciones podemos verla en la tabla 1.

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Tabla 1

Tipo Ventajas Es rpido. Utiliza pocos recursos de ordenador. Desventajas Mejores Aplicaciones

Caractersticas

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Mecnica Molecular (MM2)

Usa la fsica clsica Depende de campos de fuerza con parmetros obtenidos empricamente.

Grandes sistemas como enzimas (miles de tomos). Sistemas en los que no hay rotura ni creacin de enlaces.

Curso de Introduccin a la Qumica Computacional 3 Edicin Requiere menos recurso de ordenador que el mtodo ab initio. Es capaz de calcular estados de transicin y estado excitados. Campo de fuerzas solo aplicable a un limitado numero de molculas. No calcula propiedades electrnicas. Requiere de datos experimentales o del mtodo ab initio para pasarlos como parmetros Requiere de datos experimentales o del mtodo ab initio para pasarlos como parmetros. Menos riguroso que el mtodo ab initio en el procedimiento de clculo. Sistemas de tamao medio (cientos de tomos). Sistemas en los que se producen transiciones electrnicas. til para un amplio campo de sistemas. No utiliza datos experimentales. Capaz de calcular estados de transicin y estados excitados.

Semiemprico (MOPAC)

Usa la fsica cuntica. Utiliza parmetros empricos derivados experimentalmente. Usa aproximaciones extensivas.

Ab initio (Gaussian)

Usa la fsica cuntica Riguroso matemticamente y no utiliza parmetros experimentales.

Necesita

de muchos recursos de ordenador.

Pequeos sistemas (decenas de tomos). Sistemas en los que existen transiciones electrnicas. Molculas o sistemas sin datos experimentales (Qumica de Nuevos compuestos). Sistemas que requieran de una precisin rigurosa

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SUPERFICIE DE ENERGA POTENCIAL Una Superficie de Energa Potencial (SEP) puede describir: Una molcula o conjunto de molculas con una composicin atmica constante o tambin un sistema donde tiene lugar una reaccin qumica. Las energas relativas para distintos conformmeros (ejemplo: forma eclipsada y escalonada para el etano).

Se puede generar una Superficie de Energa Potencial diferente en los siguientes casos: Molculas que tienen diferente composicin atmica (etano y cloroetano). Molculas en estado excitado y en estado fundamental. Molculas con idntica composicin atmica pero con enlaces de diferente orden (propileno y ciclopropano).

Una representacin real de la Superficie de Energa Potencial necesitara una superficie multidimensional cuya dimensin se incrementa con el numero de variables

independiente. Ya que cada tomo tiene tres variables independientes (coordenadas x, y, z) la visualizacin de una SEP para un modelo multiatmico es imposible. Este inconveniente se solventa al generalizar el problema y examinar para cada tomo solo dos variables independientes.

Los puntos crticos de una Superficie de Energa Potencial son: Mnimo global: Es la energa mas baja y nos indica la conformacin ms estable. Solo existe un mnimo global para cada molcula. Mnimo local: Mnimo distintos del anterior, que constituyen regiones donde un cambio en la geometra en cualquier direccin nos da una geometra de mayor energa. Punto de silla: Es el punto entre dos energas extremas. El punto silla se define como un punto en la SEP en el cual hay un incremento de energa en todas las direcciones excepto una, y para el cual la pendiente (primera derivada) de la superficie es cero.

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Una representacin grfica de lo anterior podemos verlo en la figura 1.1.

Todos los mnimos de una SEP de una molcula representan puntos estacionarios estables donde la suma de las fuerzas sobre los tomos es igual a cero. El mnimo global representa la conformacin ms estable, mientras que los mnimos locales son conformaciones estables aunque menos que la global y los puntos silla representan conformaciones de transicin entre mnimos.

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ENERGA EN UN PUNTO NICO Los clculos de energa de un punto nico se utilizan para calcular las propiedades de la geometra actual de un modelo. Los valores de estas propiedades dependern de donde este situado el modelo en la superficie de potencial de acuerdo a las siguientes consideraciones:

El calculo de energa en un punto nico en un mnimo global nos dar informacin sobre el modelo en la conformacin ms estable. Cuando el calculo se realiza en un mnimo local la informacin que nos dar, corresponder a una de las muchas conformaciones estables. Si el calculo se realiza en un punto distinto de los dos anteriores entonces la Superficie de Energa Potencial nos dar informacin sobre esa geometra particular pero no sobre una conformacin estable o un estado de transicin representado por un punto de silla.

Los clculos de energa de punto aislado se pueden realizar antes o despus de una optimizacin. Sin embargo, lo que no se debe hacer es comparar valores obtenidos de diferentes mtodos ya que cada uno realiza diferentes suposiciones sobre una molcula.

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OPTIMIZACIN GEOMTRICA

La optimizacin geomtrica se utiliza para localizar la conformacin ms estable de un modelo. Esto se debera realizar antes de hacer cualquier anlisis o calculo adicional de la molcula.

La determinacin del mnimo de energa global y local se logra a travs de la minimizacin de la energa. La determinacin del punto silla nos lleva a un estado de transicin.

La capacidad de una optimizacin geomtrica para converger a un mnimo depende de la geometra de partida, de la funcin de energa de potencial usada, y de las condiciones impuestas para conseguir un gradiente mnimo aceptable entre pasos (es el criterio de convergencia).

La optimizacin geomtrica es un proceso iterativo y comienza con una geometra de partida que sigue el siguiente proceso:

1. El calculo de la energa en un punto nico se realiza sobre la geometra de partida. 2. Las coordenadas para un subconjunto de tomos se cambian y se recalcula un nuevo punto de energa aislado para determinar la energa de la nueva conformacin. 3. La primera o segunda derivada de la energa (segn el mtodo) con respecto a las coordenadas atmicas determina cuanto y en que direccin se debe cambiar el siguiente incremento de geometra. 4. Se realiza el cambio. 5. A continuacin se determina de nuevo la energa y sus derivadas y el proceso continua hasta que se alcanza la convergencia que se fij, terminando en ese momento el proceso de minimizacin.

La siguiente ilustracin muestra algunos conceptos del proceso de minimizacin. Para simplificar se muestra el proceso para una sola variable independiente y de esta manera poder representarlo en dos dimensiones.

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Como podemos ver en la figura, la geometra del modelo de partida determinar que mnimo ser el que finalmente se alcance. As por ejemplo, si comenzamos en el punto (b), el mnimo que se alcanzar ser el mnimo global. Sin embargo si partimos del punto (d) lo que alcanzaremos ser el mnimo local (f). Es posible que, si indicamos un valor del gradiente mnimo lo suficientemente grande, nos quedemos en el punto (e) y no en el (f). Esto se podr controlar disminuyendo el valor del criterio de convergencia (gradiente de energa). Otro punto critico lo tenemos en (c) ya que en un punto silla, tambin el valor de la derivada de la energa es igual a cero. Esto nos plantea el problema de que mediante el mtodo de minimizar la primera derivada no podemos pasar de un mnimo a otro, saltndonos un punto de silla.

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CONSIDERACIONES SOBRE LA MECNICA MOLECULAR La mecnica molecular describe la energa de una molcula en trminos de un conjunto de funciones de energa de potencial. Las funciones de energa potencial y los parmetros usado para su evaluacin se conocen como "campo de fuerza".

Los mtodos de la mecnica molecular se basan en los siguientes principios: El ncleo y los electrones estn juntos y se tratan como una nica partcula. Estas partculas se tratan como si fueran esferas. Los enlaces entre partculas se comportan como osciladores armnicos. Las interacciones no enlazantes entre estas partculas se tratan utilizando funciones de potencial derivadas de la mecnica clsica. Se utilizan funciones de potencial individuales para describir las diferentes interacciones: tensin de enlaces, flexin de ngulos y energas torsionales, as como interacciones no enlazantes. Las funciones de energa potencial se relacionan con parmetros derivados empricamente (constantes de fuerza y valores de equilibrio) que describen las interacciones entre los tomos. La suma de todas las interacciones determina la distribucin espacial (conformacin) de un conjunto de tomos. Las energas obtenidas en la mecnica molecular no son cantidades absolutas sino que solo se pueden utilizar para comparar energas estricas relativas entre dos o ms conformaciones de la misma molcula.

Resumiendo, la mecnica molecular trata a los tomos como esferas y a los enlaces como muelles, de manera, que utiliza la Ley de Hooke para el tratamiento matemtico a la hora de describir la capacidad de los enlaces para alargarse, comprimirse, flexionarse y girarse. Los tomos no enlaces, los que hay una distancia mayor de dos enlaces entre ellos, interaccionan a travs de atracciones de van der Waals, repulsiones estricas, y atracciones y repulsiones electrostticas.

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La energa total de una molcula E se puede describir por tanto, como suma de las diferentes interacciones:
Energa = Energa de Tensin + Energa de Flexin + Energa de Torsin + Energa de Interacciones no Enlazantes

En la siguiente figura se pueden ver la mayora de las interacciones.

Se han desarrollado diferentes campos de fuerza para aplicar estas interacciones, de manera que alguno de ellos incluso aaden algunos trminos de energa adicionales.

La fiabilidad de un campo de fuerza en la mecnica molecular depende de los parmetros y la funcin de energa potencial que se use para describir la energa total del modelo. Dichos parmetros estn optimizados para un conjunto particular de funciones de energa potencial, por lo que no es fcil transferirlos a otros campos de fuerza.

Los campos de fuerza ms utilizados son: MM2, MM3, AMBER, CHARMM, OPLS, etc.

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CONSIDERACIONES SOBRE LA MECNICA CUNTICA Los mtodos de la mecnica cuntica describen las molculas en trminos de interacciones explcitas entre ncleos y electrones. Tanto los mtodos ab initio como los semiempricos se basan en los siguientes principios:

Los ncleos y los electrones se distinguen unos de otros. Las interacciones electrn-electrn y electrn-ncleo son explcitas. Dichas interacciones estn dirigidas por el movimiento y las cargas de los electrones. Estas interacciones determinan la distribucin espacial del ncleo, los electrones y sus energas. Los mtodos de la mecnica cuntica se resuelven mediante aproximaciones de soluciones aproximadas de la ecuacin de onda de Schrdinger. H = E

El operador hamiltoniano H, contiene informacin que describe los electrones y el ncleo de un sistema. La funcin electrnica de onda describe el estado de los electrones en trminos de su movimiento y su posicin. La energa E es la energa asociada al estado particular del electrn. La ecuacin exacta de la ecuacin de Schrdinger solo es posible para un sistema de un ncleo y un solo electrn. Esta solucin es, sin embargo, la base para toda la mecnica cuntica.

Las distintas soluciones describen un conjunto de posibles estados para un electrn. La magnitud observable de estos estados se describe con una funcin de probabilidad, la cual es el cuadrado de la funcin de onda.

La funcin de probabilidad normalizada indica la probabilidad de encontrar un electrn en ese estado. Existen muchas soluciones posibles para esta funcin de probabilidad, siendo estas soluciones los orbitales atmicos, y sus energas, las energas de los orbitales. En una molcula con muchos electrones y ncleos el propsito de la mecnica cuntica es describir sus orbitales y energas de manera anloga a la ecuacin de Schrdinger.

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SIMPLIFICACIONES EN EL TRATAMIENTO DE LA TEORA MECANOCUNTICA La primera aproximacin que se utiliz fue la llamada aproximacin de BornOppenheimer, la cual consista en separar el tratamiento de las energas de los electrones de la de los ncleos. Esto era posible debido a la gran diferencia de masas entre el electrn y el ncleo, por lo que se poda considerar que el ncleo se mova tan lentamente con relacin al electrn, que no presentaba movimiento. De esta manera se considera que los electrones son los que estn en movimiento alrededor de un ncleo fijo con lo que es posible describir separadamente la energa del ncleo y del electrn en el Hamiltoniano, quedando la ecuacin de Schrdinger de la siguiente manera: Helectrnelectrn = Eelectrnelectrn

Otra aproximacin que se hizo fue el suponer que los electrones eran independientes unos de otros, o ms exactamente que era influenciado por un campo promedio creado por los otros electrones y el ncleo.

De esta manera, el Hamiltoniano electrnico se simplificaba quedando como la suma de Hamiltonianos de 1 electrn y la ecuacin de onda poda ser resuelta para un electrn individual de una molcula as como derivar una funcin de onda. Helectrn = Hi

Sin embargo, en un sistema molecular, este Hamiltoniano no tiene en cuenta la interaccin entre electrones con dos o ms centros de interaccin o la interaccin entre dos electrones. Por este motivo se modifico el operador Hamiltoniano, pasando a llamarse operador de Fock: F = E

El operador de Fock se compone de un conjunto de Hamiltonianos de un electrn que describen un nico electrn, un centro de interacciones y trminos adicionales que describe las interacciones entre dos electrones. Estos trminos incluyen una matriz de densidad P, e integrales de intercambio y culombianas.
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El operador de Fock quedara representado de la siguiente manera: Fuv = Huv + P[Integral de intercambio + culombiana] A partir de aqu se han ido sucediendo distintas aproximaciones que han intentado superar los problemas que tenan las aproximaciones que les antecedan Ejemplos de estas otras aproximaciones son:

Aproximacin de la Combinacin Lineal de Orbitales Atmicos (CLOA). Aproximacin de Roothaan-Hall.

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DINMICA MOLECULAR

En sentido amplio, podramos decir que la dinmica molecular es la simulacin del movimiento de las molculas.

La dinmica molecular utiliza la mecnica Newtoniana para simular el movimiento de los tomos, aadiendo o quitando energa cintica mediante la elevacin o disminucin de la temperatura del modelo.

El proceso de dinmica molecular nos permite determinar las conformaciones espaciales permitidas en una molcula mediante el anlisis posterior de las imgenes que se generan en la simulacin. Otra aplicacin importante es el estudio de las vibraciones locales. Esto es posible por que el proceso de simulacin altera los valores de los grados de libertad internos en cada paso de la simulacin de manera que cada uno de estos pasos representa el cambio de la posicin de los tomos en el tiempo debido al cambio de la energa cintica.

Se ha de tener en cuenta que antes de realizar la simulacin se debe haber minimizado la energa del modelo.

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