Introduccin a la Relacin Estructura Actividad Cuantificada QSAR

Quantitative Structure Activity Relationship

Lucas Fabian Qumica Medicinal

Modificaciones del prototipo

Diseo racional - Sntesis dirigida Hallazgo casual - Screening Observacin de efectos secundarios

Nuevo compuesto

Optimizacin del prototipo

Farmacomodulacin
A partir del compuesto prototipo se busca establecer relacin cualitativa entre la estructura qumica y su actividad biolgica.

REA cuantificada
A partir del compuesto prototipo se busca establecer relacin cuantitativa entre la estructura qumica y su actividad biolgica.

Relacin estructura actividad cuantificada - QSAR

Objetivos del QSAR: 1. 2. 3. 4. 5. Predecir la actividad de compuestos de estructura similar an no sintetizados. Disear compuestos con actividad ptima. Estudiar mecanismos de accin. Estudios de toxicidad. Complemento de otros estudios.

Etapas del estudio de QSAR: A. Planeamiento de los objetivos.

B.
C. D. E.

Determinacin de la actividad biolgica de la serie de compuestos a estudiar.

Describir los parmetros a correlacionar con la actividad biolgica. Establecimiento de la correlacin estructura actividad y anlisis estadstico. Interpretacin de la relacin establecida y prediccin.

Optimizacin del prototipo empleando QSAR

Cabeza de serie: Proveniente de una va de hallazgo o derivado de farmacomodulacin.

Criterio de seleccin: Permite establecer que anlogos a preparar.

Sntesis de anlogos: Familia de compuestos con una caracterstica modificada.

Prueba biolgica: Ensayos de cada uno de los anlogos sintetizados.

Anlisis matemtico: Correlacin estructura actividad y anlisis estadstico.

Respuesta Biolgica = (parmetros)

Mtodos para realizar estudios de QSAR

rbol de decisin de Topliss

Diagramas de Craig Mtodos para el diseo de series de anlogos Series de Fibonacci

Mtodo de los conglomerados de Hansch

Mtodo Simplex

Mtodos para realizar estudios de QSAR

Mtodo extratermodinmico de Hansch Descriptores moleculares Cuantitativos QSAR 3D (GRID, CoMFA, todos computacionales)

Correlacin de descriptores

Mtodos para la evaluacin de QSAR Semicuantitativos

Mtodo de Free-Wilson

Descriptores biolgicos

rbol de decisin de Topliss

Descriptores

Descriptores utilizados en QSAR

Descriptores Biolgicos:
Concentracin necesaria para una respuesta fija (DE50, DL50, CI50, CE50 , etc.). Respuesta obtenida para una concentracin fija

Logaritmo de 1/(dosis o concentraccin) empleada para una respuesta determinada.

Logaritmo de la constante K de disociacin compuesto-enzima/receptor.

Logaritmo de la relacin de concentraciones control/prueba.

Descriptores utilizados en QSAR

Descriptores Moleculares:
Lipoflicos Electrnicos Estricos ndices de conectividad

1.

Fisicoqumicos

2.

Topolgicos

3.

Estructurales

Presencia de subestructuras (binarios) Repeticin de subestructuras

4.

Geomtricos

Clculos de superficie ngulos

Descriptores fisicoqumicos Lipofilia

Mide la tendencia de un compuesto X determinado a formar enlaces hidrofbicos. Expresado como el logaritmo de P, es obtenido experimentalmente, como la particin del compuesto X entre octanol y agua. [Compuesto X]octanol [Compuesto X]agua Hay otras metodologas para obtener el Log P de un compuesto pero requieren de transformacin matemtica.

P=

Log P

x = log PX - log PH Constante de los sustituyentes hidrofobicos: es contitutiva y aditiva.

Permite hallar el log P de un compuesto de forma matemtica con cierta aproximacin al valor real Tiene valor predictivo Log P fenol - Log P benceno = oh aromtico
OH

Los primeros estudios de QSAR desarrollados por Hansch y Fujita buscaban correlacionar la actividad biolgica con la lipofilia.

Descriptores fisicoqumicos Electrnicos

Constante de Hammet para sistemas aromticos: Hallada para las posiciones Meta y Para, indica para un sustituyente determinado la capacidad para ceder o donar, ya sea por efecto inductivo o mesomrico, electrones al sistema conjugado. < 0 donadores, > 0 atractores, = 0 para el H.
NH2 NO2 O OH O OH

= log KX - log KH
CH3 F O H3C O CH3 H3C O CH3 O

Constante de Taft * para sistemas alqulicos: Indica para un sustituyente determinado la capacidad para ceder o donar electrones a la cadena alqulica a la que esta unido.

Otros descriptores electrnicos: Densidad de carga HOMO-LUMO Potencial electrosttico Potencial redox Momento dipolar pKa Desplazamientos H-RMN Frecuencias IR.

Descriptores fisicoqumicos Estricos

Pueden describirse mediante el parmetro estrico de Taft ES Deriva de la hidrlisis cida de steres X-CH2-COOR Cuanto ms voluminoso es X ms negativo es ES

Sterimol: Tiene mejor en cuenta la forma del sustituyente. Un valor de longitud. Cinco valores de ancho.

Refractividad Molar (MR) est directamente relacionada al volumen molar (PM/d) por la ecuacin de Lorentz-Lorenz y MR es una propiedad aditiva de la molcula. MR = [(n2 - 1)/(n2 + 2)](PM/)

Otros descriptores estricos: Volumen molar, Volumen de Van der Waals, Peso molecular.

Descriptores topolgicos
El trmino "ndice topolgico" indica una caracterizacin matemtica de una molcula, donde los sitios ocupados por tomos son reemplazados por los "vrtices" y las conexiones entre ellos por "aristas:

Indice topolgico de Randi es la suma de aristas en un grafo molecular y se calcula mediante la ecuacin:

donde i y j son las valencias de vrtices i y j que define la arista ij, y las valencias se pueden calcular mediante la siguiente relacin:

donde Zvi es el nmero de electrones de valencia, Hi es el nmero de hidrgenos y Z es el nmero atmico.

Descriptores estructurales
Descriptores binarios: Indican presencia o ausencia de grupos funcionaleso estructurales especficos 1 = Presencia. 0 = Ausencia.

Marcadores enteros: 1 = Existencia o no de sustituyentes en una posicin determinada. 2 = Existencia o no de sustituyentes contiguos. 3 = Existencia o no de grupo formador de puentes hidrgeno. 0...n = Repeticin de un grupo determinado.

Descriptores geomtricos

Anlisis de superficie. Determinacin de ngulos Distancias entre grupos. + Descriptores fisicoqumicos

QSAR 3D

Mtodos para el diseo de series

Mtodos para el diseo de series de anlogos - Topliss

Mtodos para el diseo de series de anlogos - Craig

Mtodos para el diseo de series de anlogos - Hansch

El mtodo de los conglomerados de Hansch consta en agrupar sustituyentes de acuerdo a la similitud global de sus propiedades fisicoqumicas en 10 conjuntos.

Luego se toma un representante de cada grupo: Mxima variacin y mnima colinealidad entre ellos.

Mtodos para evaluar QSAR

Anlisis estadstico
Anlisis exploratorio: No tenemos prescrito un modelo y deseamos establecerlo. Los modelos lineales de regresin son los ms aceptados por su relativa sencillez: Mtodo de mnimos cuadrados. Simple: Variable cuantitativa explicada Y Variable cuantitativa explicativa X Y = X + Confirmacin del anlisis exploratorio: Suma de cuadrados residual: Q Coeficiente de correlacin: r o R2 Desvio estandard: s2 Suma de cuadrados de prediccin: PRESS (mide la capacidad predictiva del modelo). Determinante de la matriz de correlaciones: DET (indica nivel de ortogonalidad) Hiptesis: relacin significativa (95%) entre X y valores Y Test de Fisher: F (prueba de significacin global) Test de Student: t (prueba de significacin individual en la regresin multiple) Multiparamtrica: Variable cuantitativa explicada Y Dos o mas variables cuantitativas explicativas X Y = 1X1 + 2X2 + 3X3 + + nXn +

Mtodos semicuantitativos - Topliss

Mtodos cuantitativos - QSAR 3D

Son mtodos netamente computacionales. Todos los programas tienen en cuenta la estructura tridimencional de la molcula, como afectan stos a las propiedades fisicoqumicas.

Clculos del potencial molecular de interaccin (PIM): Calculan las energas de interaccin de la molcula en estudio con unas sondas moleculares (grupos funcionales como: aminos, carbonilos, carboxilato, fenilo, etc.) que simulan aquellos grupos funcionales con los que podra encontrarse la molcula en estudio con el receptor o enzima. Programa: GRID.

CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis): Se elaboran matrices de datos, donde se incluyen las medidas de actividad, propiedades moleculares y valores de PIM. Aplica un anlisis estadstico multivariante sobre los datos de la matriz.

LUDI: A partir de grupos funcionales identificados de una protena busca en una base de datos los posibles ligandos. Requiere de una buena biblioteca de compuestos de estructura optimizada.

Mtodos cuantitativos - QSAR 3D - Ejemplo

Columnas P1-Pn: Parmetros fisicoqumicos. Columna Bio: Medida de actividad. Filas: Compuestos.

PLS (Partial Least Square): Mtodo de regresin para modelos multivariantes

Mtodos cuantitativos - QSAR 3D - Ejemplo

Estudio de la afinidad por los canales de Ca++ de una serie de lactonas estructuralmente relacionadas con el nifedipina:

Log A = 0.067 (0.017))43.0(91.0+

X O

n=7 r = 0.88
O

:desviacin del ngulo respecto a 90 A: Actividad medida por el desplazamiento de 3H-nimodipina

O

O R H3C N H CH3

Se observa que la afinidad por los canales de calcio es en funcin del ngulo de torsin .

Mtodos cuantitativos - Free Wilson

Se considera en una serie de anlogos que la actividad biolgica es una propiedad aditiva de los sustituyentes diferenciales de cada molcula. Adems se supone que la introduccin de un sustituyente en una dada posicin en una molcula, cambia la potencia siempre en la misma magnitud independientemente de los otros sustituyentes presentes. Ecuacin general de correlacin:

RB = + aij Xij
Donde RB = log A/A0 (A y A0 son las actividades del compuesto sustituido y sin sustituir) Xi = 1 si el sustituyente i esta presente en la posicin j y 0 si no lo est ai es la contribucin del sustituyente i a la actividad en la posicin j es la actividad del esqueleto base sin sustituir.

La evaluacin del modelo de Free-Wilson se realiza aplicando anlisis regresin lineal multiple.

Mtodos cuantitativos - Free Wilson - Ejemplo

N,N-dimetil--bromofenetilaminas disustitudas evaluadas como betabloqueantes:

log (1/CE50) = - 0,30[m-F] + 0,27[m-Cl] + 0,434[m-Br] + 0,579[m-I] + 0,454[m-Me] + 0,340[p-F] + 0,768[p-Cl] + 1,020[p-Br] + 1,429[p-I] + 1,256[p-Me] + 7,821

Mtodos cuantitativos - Free Wilson

Ventajas: No requiere el conocimiento de propiedades fisicoqumicas. Permite estudiar variabilidad estructural (a lo largo de la serie se modifican las posiciones sustitudas). Requiere de un bajo nmero de compuestos.

Desventajas: Un nmero muy grande de parmetros impide el uso de regresin lineal mltiple. No diferencia desde el punto de vista fisicoqumico los sustituyentes y caractersticas estructurales. No da ideas de las razones fisicoqumicas porque un sustituyente puede ser favorable o desfavorable para la actividad. No tiene valor predictivo para posiciones diferentes a las estudiadas, ni tampoco para sustituyentes distintos a los empleados en la serie.

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico de Hansch

En la dcada del 60 Hansch y Fujita desarrollaron un mtodo para describir en forma cuantitativa relaciones entre la actividad biolgica y propiedades fisicoqumicas (descriptores).

Correlacin lineal de energa libre

Inicialmente estudiaron series homlogas utilizando como descriptor la lipofilicidad. Para una serie homloga de compuestos generalmente se obtienen relaciones parablicas entre la lipofilia y la actividad biolgica: log (1/C) = -k1(log P)2 + k2(log P) + k3

Respuesta biolgica = (descriptores moleculares) Log (1/C) = b + a1.X1 + a2.X2 + a3.X3 + ... + an.Xn

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico de Hansch

Posteriormente Hansch incluy otros parametros en su ecuacin: A = (descriptores lipofilos) + (descriptores electrnicos) + (descriptores estricos) Ejemplo: log (1/C) = - a.2 +b.+c.+d.Es+f

La ecuacin de Hansch busca alcanzar una correlacin estadsticamente significativa entre la actividad biolgica y ciertos parmetros fisicoqumicos de una familia de compuestos.

Consideraciones para aplicar el mtodo de Hansch:

A) Seleccin de variables ortogonales entre s. B) Justificacin estadstica de las variables independientes.

C) Principio de parsimonia.
D) Nmero significativo de compuestos. E) La mejor correlacin debe poder racionalizarse sobre la base de principios fisicoqumicos.

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico de Hansch

Ventajas: Permite predecir la estructura de nuevos compuestos. Brinda informacin para estudiar mecanismos de accin. Es un mtodo econmico y fcil de aplicar.

Las conclusiones se pueden aplicar a sustituyentes no includos en el estudio.

Desventajas: Disponer para cada sustituyente los parmetros elegidos. Requiere de un nmero alto de compuestos por variable para que las ecuaciones sean estadsticamente significativas.

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico - Ejemplos

Estudio de REA cuantificado + Estudio de toxicidad

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico - Ejemplos

Compuestos 1-14

Compuestos 1-20

La capacidad de los cidos 4-hidroxi-7sustituidos-3-quinolincarboxilicos de inhibir la respiracin celular se ve modifcada por el transporte a traves de la membrana.

Luego estudios en celulas tumorales con altos niveles de malato y lactato deshidrogenasa se vi una buena correlacin de la actividad con el descriptor de refractividad molar.

Mtodos cuantitativos - Extratermodinmico - Ejemplos

Estudio de CMR:

En base a estudios de QSAR se plentea la teoria de que existe una permeabilidad energa-dependiente que restringe el ingreso de la droga en la clula y discrimina segn peso molecular. CR = resistencia cruzada con actonomicina D. k1 = difusin simple. k2 = exocitosis. k3 = endocitosis.

Para moleculas pequeas: k1 >> k2 Para molculas de PM > 400: k3 >> k1 compite K2