Protein

----------------------------------------------------------------------------------------------------------Structura insulinei. Hormon pancreatic secretat de celulele Langerhans, cu rol de reglare a nivelului glucozei n snge. n stnga este redat monomerul insulinei, cela care se crede ca este activ biologic. Carbonul verde, hidrogenul alb, oxigenul rou, iar azotul albastru. Partea dreapt reprezint hexamerul, forma de stocare. Unitatea monomerului este format din lanul A (albastru) i lanul B cian. Galbenul reprezint punile disulfurice, iar sferele violet, ionii de zinc.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------Proteinele sunt substane organice macromoleculare formate din lanuri simple sau complexe de aminoacizi; ele sunt prezente n celulele tuturor organismelor vii n proporie de peste 50% din greutatea uscat. Toate proteinele sunt polimeri ai aminoacizilor, n care secvena acestora este codificat de ctre o gen. Fiecare protein are secvena ei unic de aminoacizi, determinat de secvena nucleotidic a genei.

Etimologie
Prima menionare a cuvntului protein a fost fcut de ctre Jakob Berzelius, descoperitorul acestora, n scrisoarea sa ctre Gerhardus Johannes Mulder din 10 iulie 1838, scrisoare n care menioneaz: "The name protein that I propose for the organic oxide of fibrin and albumin, I wanted to derive from [the Greek word] , because it appears to be the primitive or principal substance of animal nutrition". (Numele de protein pe care l propun pentru denumirea compusului organic rezultat prin oxidarea fibrinei sau albuminei, l-am derivat din grecescul (proteios) deoarece pare a fi substana primitiv sau principal din nutriia animalelor).

Generaliti Sinteza proteinelor

Biosinteza La nivelul ribozomilor se realizeaz translaia informaiei genetice de la ARNm n lanul polipeptidic. n nucleu ARN m copiaz informaia genetic de la ADN nuclear iar apoi migreaz n citoplasm. Fiecare molecul de ARNt posed la mijlocul lanului su un anticodon a cror 3 baze consecutive se pot asocia prin legturi de hidrogen cu 3 baze complementare de un codon ARNm

Pe baza acestui anticodon aminoacizii vor fi poziionai conform mesajului genetic din ARNm. Aceast poziionare a aminoacil-ARNt se realizeaz la suprafaa ribozomului la nivelul a 2 situsuri stereospecifice: situl "P" (peptidil) i situl "A" (aminoacil), situate la suprafaa subunitilor

Biosinteza proteinelor este un proces prin care fiecare celul i sintetizeaz proteinele proprii, prin intermediul unui proces care include multe etape, sinteza ncepnd cu procesul de transcripie i terminnd cu procesul de translaie. Procesul dei similar, este diferit n funcie de celul: eucariot sau procariot. Transcripia Procesul de transcripie necesit prezena unei singure molecule de ADN dublu catenar, numit ADN ablon, molecul care intr n procesul de iniiere. Aici acioneaz enzima ARN polimeraza, enzim care se leag de o anumit regiune din molecula de ADN, regiune (denumit promoter), de unde va ncepe transcripia. Pe msur ce ARN polimeraza se leag de promoter, lanurile de ADN vor ncepe sa se desfac. Urmtorul proces n care intr ADN este procesul de elongaie (alungire a catenei). Pe msur ce

ARN polimeraza se mic de-a lungul catenei de ADN, are loc sinteza ribonucleotidelor complementare (ARNm - ARN mesager). Acest ARN, dup cum i arat i numele, se poate deplasa i n alte pri ale celulei cum aar fi reticulul endoplasmatic sau citoplasma. -----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Gruparea 5' se gsete n captul 5' final al moleculei de ARNm, i este format din guanosin grefat printr-o legtur de tip 5'- 5' de molecula de ARN prin intermediul unei legturi trifosfat.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------Are loc adiia unei grupri 5', grupare dinucleotidic care are rolul de a asigura stabilitatea ARN i de a-l transforma n ARN matur. O secven de aminoacizi este grefat n poziia 3' terminal pentru protecie dar i pentru a sluji drept ablon pentru procesele urmtoare.Mai departe are loc formarea ARN, care este apoi utilizat in ribozomi pentru sinteza proteinelor. La procariote legarea ARN de ribosomi are loc dup ce acesta este ndeprtat de nucleoid; n contrast la procariote acest proces are loc chiar n membrana nuclear i apoi translocat n citoplasm. Rata sintezei proteic poate ajunge la circa 20 aminoacizi la procariote, mult mai puin la eucariote. Translaia n timpul translaiei ARNm transcris din ADN este decodat de ribozomi pentru sinteza proteinelor.Acest proces este divizat n 3 etape:

Iniierea Elongarea Faza terminal.

Ribozomul are situsuri de legare care permit altei molecule de ARNt (ARN de transfer), s se lege de o molecul de ARn m, proces nsoit de prezena unui anticodon. Pe msur ce ribozomul migreaz de-a lungul moleculei de ARNm (un codon o dat) o alt molecul de ARNt este ataat ARNm. Are loc eliberarea ARNt primar, iar aminoacidul care este ataat de acesta este legat de ARNt secundar, care l leag de o alt molecul de aminoacid. Translaia continu pe msur ce lanul de aminoacid este format. La un moment dat apare un codon de stop, o secven format din 3 nucleotide (UAG, UAA),

care semnaleaz sfritul lanului proteic. Chiar dup termminarea translaiei lanurile proteice pot suferi modificri post-translaionale i plierea lanului proteic, responsabil de structura secundar i cea teriar. Modificrile post-translaionale se refer la posibilitatea formrii de legturi disulfidice, sau de ataarea la scheletul proteic a diferite grupri ca rol biochimic: acetat, fosfat etc. Sinteza chimic Procesul de sintez chimic poate avea loc n laborator, dar pentru lanuri mici de proteine. O serie de reacii chimice cunoscute sub denumirea de sinteza peptidelor, permit producerea de cantiti mari de proteine. Prin sinteza chimic se permite introducerea n lanul proteic a aminoacizilor ne-naturali, ataarea de exemplu a unor grupri fluorescente. Metodele sunt utilizate n biochimie i in biologia celulei. Sinteza are la baz cuplarea gruprii carboxil -COOH (carbon terminus) cu gruparea -amino -NH 2 (segmentul N terminus). Se cunosc 2 metode de sintez pe cale chimic_

Sinteza n faz lichid, metoda clasic, care a fost nlocuit cu sinteza n faz solid. Sinteza n faz solid (Solid-phase peptide synthesis SPPS), a crei baz a fost pus de Robert Bruce Merrifield. Prin aceat metod, se pot sintetiza proteine D, cu aminoacizi D. n prima faz Merrifield a folosit metoda tBoc (ter-butil-oxicarbonil). Pentru nlturarea acestuia din lanul peptidic se folosete acidul fluorhidric (HF), care este foarte nociv, periculos, iar din acest motiv, metoda nu se mai utilizeaz. Atunci cnd este vorba de sinteza analogilor peptidici nonnaturali de tip baz (depsi-peptidele) este necesar.

O alt metod este cea introdus de R.C. Sheppard n anul 1971, i are la baz folosirea Fmoc (fluorenil metoxi carbonil), iar pentru neprtarea acesteia se folosete de obicei mediu bazic asigurat de o soluie 20% piperidin/DMF (dimetil formamid). ndeprtarea gruprii din lanul proteic se face prin incubare n acid trifluoracetic (TFA). -------------------------------------------------

Aceast grup de protejare cu simetrie ortogonal se folosete n multe sinteze chimice.

-------------------------------------------------

Protejarea gruprii prin intermediul Fmoc este de obicei lent, deoarece anionul nitro produs la sfritul reaciei nu este un produs favorabil desfurrii reaciei.

Rol
Datorit compoziiei, fiind formate exclusiv din aminoacizi se ntlnesc alturi de ali compui importani de tipul polizaharidelor, lipidelor i acizilor nucleici ncepnd cu structura virusurilor, a organismelor procariote, eucariote i terminnd cu omul.Practic nu se concepe via fr proteine.Proteinele pot fi enzime care catalizeaz diferite reacii biochimice n organism, altele pot juca un rol important n meninerea integritii celulare (proteinele din peretele celular), n rspunsul imun i autoimun al organismului. Nutriia Majoritatea microorganismelor i plantelor pot sintetiza toi cei 20 aminoacizi standard, n timp ce organismele animale obin anumii aminoacizi din diet (aminoacizii eseniali). Enzime cheie, cum ar fi de exemplu aspartat kinaza, enzim care catalizeaz prima etap n sinteza aminoacizilor lisin, metionin i treonin din acidul aspartic, nu sunt prezente n organismele de tip animal. La aceste organisme aminoacizii se obin prin consumul hranei coninnd proteine. Proteinele ingerate sunt supuse aciunii acidului clorhidric din stomac i aciunii enzimelor numite proteaze, proces n urma cruia lanurile proteice sunt scindate (denaturate). Ingestia aminoacizilor eseniali este foarte important pentru sntatea organismului, deoarece fr aceti aminoacizi nu se poate desfura sinteza proteinelor necesare organismului. De asemenea, aminoacizii sunt o surs important de azot; unii aminoacizi nu sunt utilizai direct n sinteza proteic, ci sunt introdui n procesul de gluconeogenez, proces prin care organismul asigur necesarul de glucoz n perioadele de nfometare (mai ales proteienele aflate n muchi). Tipuri de proteine n funcie de compoziia lor chimic ele pot fi clasificate n:

Holoproteine cu urmtoarele clase de proteine o Proteine globulare (sferoproteine) sunt de regul substane solubile n ap sau n soluii saline: protaminele, histonele, prolaminele, gluteinele, globulinele, albuminele. o Proteinele fibrilare (scleroproteinele) caracteristice regnului animal, cu rol de susinere, protecie i rezisten mecanic: colagenul, cheratina i elastina. Heteroproteinele sunt proteine complexe care sunt constituite din o parte proteic i o parte prostetic; n funcie de aceast grupare se pot clasifica astfel: o Glicoproteine o Lipoproteine o Nucleoproteine

Proprieti fizico-chimice
Mas molecular
Datorit formrii aproape n exclusivitate din aminoacizi, putem considera proteinele ca fiind de fapt nite polipeptide, cu mas molecular foarte mare, ntre 10.000 i 60.000.000. Masa molecular se determin prin diferite metode, mai ales n cazul proteinelor cu masa molecular foarte mare ca de exemplu proteina C reactiv. Masa molecular a diferitelor proteine Denumirea proteinei Lactalbumin Gliadina Insulina Hordeina Hemoglobina Hemocianina Miozina Pepsin Peroxidaza Sursa din lapte gru pancreas orz globule roii molute(snge) artropode(snge) muchi stomac rinichi , proteinei/Izolat Masa molecular 17000 27.500 12,000 27.500 68.000 2.800.00 850.000 36.000 44.000 17.000.000

Virusul mozaicului tutun tutunului (capsida)

Deoarece la multe proteine masa molecular apare ca un multiplu de 17,500, mult vreme s-a mers pe ipoteza c particulele proteice sunt formate prin unirea mai multor molecule de baz ce au masa molecular n jurul valorii de 17,500. Aceste molecule de baz s-ar putea uni ntre ele prin aa numitele valene reziduale, ducnd la formarea de agregate moleculare. Atunci cnd are loc ruperea acestor valene reziduale ar avea loc doar modificarea proprietilor fizice ale proteinelor, n timp ce dac are loc ruperea legturilor principale (legturile peptidice), proteina i modific proprietile fizico-chimice.

Solubilitatea proteinelor
Proteinele sunt substane solide, macromoleculare, solubile n general n ap i insolubile n solveni organici nepolari. Unele proteine sunt solubile n ap dar insolubile n alcool, altele sunt solubile n soluii apoase de electrolii, acizi organici. Datorit gradului diferit de solubilitate n diferii solveni, proteinele se pot izola, identifica i separa. Solubilitatea lor depinde foarte mult de legturile care se stabilesc ntre gruprile libere de la suprafaa macromoleculelor i moleculele solventului. La suprafaa macromoleculelor proteice se gsesc grupri libere de tip polar,-COOH, -NH2, -OH, -SH, -NH, grupri cu caracter hidrofil care favorizeaz dizolvarea proteinelor n ap. De asemenea exist grupri de tip apolar, hidrofobe, de regul radicali de hidrocarburi -CH3, -C6H5, -C2H5, care favorizeaz dizolvarea proteinelor n alcool. ns n marea lor majoritate predomin gruprile polare, determinante pentru caracterul hidrofil. n contact cu apa proteinele greu solubile manifest fenomenul de gonflare, datorit tendinei de hidratare datorat gruprilor polare. Gelatina de exemplu se mbib foarte puternic cu apa dnd natere prin rcire la geluri. La dizolvarea proteinelor n ap, are loc fenomenul de formare a coloizilor hidrofili. S-a constatat c n soluii diluate se gsesc macromolecule proteice izolate, iar n cazul soluiilor concentrate se formeaz agregate de macromolecule proteice. Soluiile coloidale ale proteinelor, coaguleaz prin nclzire, prezint efectul Tyndall (dispersia fasciculului de lumin).

Punctul izoelectric i caracterul amfoter

Caracter amfoter Proteinele, la fel ca i aminoacizii, sunt substane amfotere i formeaz n soluii apoase

amfioni: n prezena H2O

n mediu acid proteinele se comport ca baze slabe, ele primind protoni i fomnd cationi proteici:

, cation al proteinei. Reacia st la baza electroforezei proteinelor, datorit incrcrii pozitive cationii migreaz spre catod, fenomen numit cataforez, proteina fiind n acest caz electropozitiv.

n mediu bazic proteinele se comport ca acizii slabi, ele cednd protoni, se formeaz astfel anioni proteici, care migreaz spre anod fenomenul fiind denumit anaforez, proteina avnd ncrcare electronegativ.

, anion al proteinei. Datorit caracterului amfoter proteinele pot neutraliza cantiti mici de substan acid sau bazic, avind n acest fel rol de soluie tampon, prin acest lucru contribuind la meninerea echilibrului acido-bazic al organismului. n general caracterul amfoter este imprimat de cele gruprile -NH2 i -COOH libere care nu sunt implicate n legaturile peptidice. Dac n molecula proteinei exist mai muli aminoacizi dicarboxilici atunci molecula se va comporta ca un acid slab, iar n cele n care predomin aminoacizii diaminai se comport ca baze slabe. Chiar dac ntr-o molecul exist un numr egal de grupri amino si carboxil, deci teoretic molecula ar trebui sa fie neutr, n realitate datorit gradului de ionizare mult mai mare a gruprii carboxil fa de gruparea amino, molecula proteinei va avea un caracter slab acid, n soluia ei ntlnindu-se amfiioni proteici, anioni proteici i protoni (H+ ). Punct izoelectric Prin acidulare echilibrul reaciei se deplaseaz spre formarea de cationi proteici. La o anumit concentraie a H+, proteina devine neutr deoarece gruparea aminic i cea carboxilic sunt la fel de disociate i deci molecula este neutr din punct de vedere electric. n acel moment se vor gsi n soluie amfiioni, H+, ioni hidroxil -HO; pH-ul la care soluia unei proteine conine anioni i cationi n proporie egal poarta denumirea de punct izoelectric, se noteaz cu pHi, fiind o constant foarte important a proteinelor. Fiecare protein la punctul izoelectric are un comportament specific, avnd o solubilitate si reactivitate chimic minim; de asemenea hidratarea particulelor coloidale, vscozitatea i presiunea osmotic sunt de asemenea minime. Precipitarea proteinei la punctul izoelectric este n schimb maxim, dar nu se deplaseaz sub influena curentului electric. De obicei valorile punctului izoelectric variaz ntre 2,9 i 12,5 i se determin prin diferite metode: poteniometrice, electroforetice. Precipitarea proteinelor Sub aciunea diferiilor factori fizici (ultrasunete, radiaii cu diferite lungimi de und, cldur), factori chimici (acizi, baze, diferii solveni organici), sau mecanici (agitare), are loc fenomenul de precipitare a proteinelor, precipitarea care poate fi reversibil sau ireversibil. Precipitare reversibil

Precipitarea reversibil se poate produce sub aciunea soluiilor concentrate ale srurilor alcaline dar i n prezena unor dizolvani organici miscibili cu apa n orice proporie, cum sunt de exemplu acetona i alcoolul. n cadrul acestei precipitri molecula proteinei sufer unele modificri fizico-chimice, dar nu are loc afectarea structurii moleculare. Puterea de precipitare a proteinelor de ctre diferii ioni este data de seria liofil a lui Hofmeister. Dac anionul rmne acelai, puterea de precipitare a cationilor scade n urmtoarea ordine: Li+>Na+>NH4+> cnd cationul ramne acelai anionii se comport astfel: SO42->PO43->CH3COO->Citrat->tartrat->Cl->NO3->ClO3->Br->I->SCN-. Solvenii de tipul alcoolului sau acetonei, n funcie de concentraia lor, pot forma fie precipitate reversibile, fie ireversibile. Srurile alcaline au un comportament diferit fa de proteine, n soluii diluate mrind solubilitatea proteinelor, iar n soluii concentrate determinnd precipitarea lor reversibil. De altfel soluiile srurilor alcaline de diferite concentraii se folosesc pentru precipitarea fracionat a proteinelor din amestecuri. Precipitare ireversibil n cursul acestei precipitri molecula proteinei sufer modificri fizico-chimice ireversibile avnd loc i modificarea structurii moleculare. De regul se produce la adugarea de soluii ale metalelor grele (Cu,Pb, Hg, Fe), a acizilor minerali tari (HNO3, H2SO4) acidul tricloracetic, a soluiilor concentrate de alcool sau aceton, sau, n cazul anumitor proteine, n prezena cldurii. Prin precipitare ireversibil proteinele i pierd activitatea biologic (enzimatic, hormonal, etc.), are loc o descretere a solubilitii, modificarea activitii optice i, de asemenea, sunt mai uor de degradat sub aciunea unor enzime proteolitice. Prin ndeprtarea factorilor care au dus la precipitare, proetienele nu revin la forma lor iniial i nu ii pot reface structura molecular. Proteinele precipitate i pierd din proprietile hidrofile "obnnd" proprieti hidrofobe.

Proprieti chimice
Aminoacizi standard
Din punct de vedere chimic, proteinele sunt heteropolimeri constituii din 20 de L- aminoacizi (aa numiii aminoacizi standard, vezi tabelul), n care gruprile carboxil se pot combina cu gruprile amino formnd legturi peptidice i rezultnd lanurile peptidice. Aminoacizii standard au proprieti variate, proprieti care sunt direct responsabile de structura tridimensional a proteinei, dar i de proprietile acesteia. Denumirea (Residue) cod 3-litere Alanin Arginin Asparagin Aspartat Cistein Acid glutamic ALA ARG ASN ASP CYS GLU cod 1 liter Abunden />(%) E.C. code A 13.0 R 5.3 N 9.9 D 9.9 C 1.8 E 10.8

Glutamin Glicin Histidin Isoleucin Leucin Lizin Metionin Fenilalanin Prolin Serin Treonin Triptofan Tirosin Valin

GLN GLY HIS ILE LEU LYS MET PHE PRO SER THR TRP TYR VAL

Q G H I L K M F P S T W Y V

10.8 7.8 0.7 4.4 7.8 7.0 3.8 3.3 4.6 6.0 4.6 1.0 2.2 6.0

(4) n lanul polipeptidic aminoacizii formeaz legturile peptidice prin cuplarea grupei carboxil cu o grup amino; odat legat n lanul proteic aminoacidul se "transform" n aminoacid "rezidual" iar atomii de carbon, azot, hidrogen i oxigen implicai n legturi formeaz "scheletul" proteinei. Atunci cnd lanul proteic se tremin cu o grup carboxil poart denumirea de carboxi-terminus (sau C -terminus), n timp ce, dac se termin cu gruparea amino, devine amino-terminus (N-terminus). Responsabile de proprietile chimice sunt aceleai grupri carboxil i amino libere, neimplicate n formarea legturilor peptidice, ns mai intervin i diferiii radicali grefai pe scheletul proteinei.

Datorit gruprilor carboxil i amino libere ele dau aceleai reacii ca i la aminoacizi. Caracterul amfoter este responsabil de formarea de sruri att cu bazele ct i cu acizii Legtura peptidic este responsabil de formarea de combinaii complexe denumie chelai. Prezena diferiilor radicali alchilici, sau arilici determin formarea unor derivai ai substanelor proteice (derivaii halogenai i nitrici sunt cei mai importani).

Reacii de culoare
Datorit existenei anumitor aminoacizi n molecula proteinelor, a legturilor peptidice formate n molecula proteinei dar i gruprile funcionale libere sunt responsabile de reaciile de culoare. Denumirea reaciei Reactivul folosit Culoarea rezultat Tipul de identificat aminoacid

Xantoproteic

acid azotic,hidroxid de portocalie amoniu

aminoacizii aromatici (formeaz nitroderivai) ciclici cu hidroxil

Millon

precipitat rou aminoacizi azotat de mercur n crmiziu sau grupare acid azotic/azotit coloraie roie (tirosina)

Sulfurii de plumb

precipitat negru aminoacizi cu sulf n Acetat sau azotat de de sulfur de molecul : cistein, plumb n mediu alcalin plumb metionin cistin naftol i hipoclorit de sodiu n mediu roie carmin bazic acid acetic glacial/acid glioxilic/acid sulfuric violet fumans carbonat de sodiu i acid diazobenzen roie viinie sulfonic ninhidrin albastr arginin cu guanidinic grupare

Sakaguchi

AdamkiewiczHopkins

aminoacid cu nucleu indolic (triptofan)

Pauly

histidin i tirosin caracteristic att pentru aminoacizi ct i pentru proteine legatura peptidic i se datoreaz formrii de combinaii complexe legtura peptidic aminoacizi cu grupre tiol (-SH) liber

Ninhidrinei

Biuretului Biuretului Nitroprusiatului de sodiu

soluie diluat de sulfat de cupru n mediu albastr violet bazic nichel n mediu bazic portocalie

nitroprusiat de sodiu n roie soluie amoniacal

Structura tridimensional

Structura proteinelor

Dup cum s-a vzut mai sus lanurile peptidice sunt formate de gruprile carboxil i aminice a aminoacizilor; exist de fapt 2 forme pentru fiecare protein, numite forme de rezonan:

una datorat dublei legturi care asigur rigiditatea i nu permite rotaia n jurul axei sale; a doua form de rezonan este dat de unghiul diedru (planul atomilor C'-N-C C'), (planul atomilor N-C-C'-N), (planul atomilor C-C'-N-C), unghiurile i pot avea diferite valori fiind responsabile de gradul de libertate a proteinelor, controlnd structura tridimensional a lanului proteic.

Structura substanelor proteice este nc insuficient cunoscut datorit dinamicitii structurii proteinelor, deoarece ele sunt n permanen supuse unor procese de sintez i de degradare. Pentru evidenierea succesiunii aminoacizilor n structura proteinelor se folosesc 2 metode:

Degradarea Edman

Prin degradarea Edman se poate identifica o secven de pn la 30 aminoacizi, cu o eficien de 98%/aminoacid. Un alt avantaj ar fi cantitatea de numai 10-100 picomoli de peptid necesari pentru determinare. Degradarea Edman folosete ca reactiv izotiocianatul de fenil care evideniaz selectiv aminoacidul. Grupa amino terminal se adiioneaz la izotiocianat trecnd printr-un derivat de tiouree. Dup ce se trateaz cu un acid slab, aminoacidul marcat sub form de feniltiohidantoin se detaeaz de restul polipeptidei. Aceasta cu noul su aminoacid terminal poate fi supus la un nou ciclu de tratri pentru identificarea urmtoarei grupe amino.

Degradarea Sanger are la baz tratarea polipetidei cu fluoro-2,4-dinitrobenzen, avind loc atacul reactivului asupra gruprii amino a aminoacidului N-terminal. Metoda Sanger are dezavantajul degradrii complete a polipeptidei.

Unghiul legturii ntre C1 i N este aproape de 1800, similar cu unghiul valenei din molecula apei S-a ajuns la concluzia c exist 4 niveluri (structuri), care alctuiesc edificiul proteic.

Structura primar
Structura primar este dat de aminoacizii care intr n lantul proteic prin formarea legturilor pepetidice.

n structura primar se observ lanul de aminoacizi n proteinele naturale legtura peptidic se stabilete ntre gruparea carboxilic de la C1 i gruparea aminic de la C2, nct lanul peptidic va fi format dintr-o succesiune de uniti CO-NH-CH, legate cap-cap.

La unul din capetele lanului peptidic se gsete o grupare -NH 2 liber, iar la cellat capt seafl o grupare -COOH liber Legtura peptidic -CO-NH- se gsete n acelai plan, iar carbonul -CH- se poate roti, putnd s apar n planuri diferite. Datorit lungimii relativ mici a catenelor laterale, ele se pot aranja de o parte i de alta a lanului proteic, astfel c lanul proteic nu este ramificat.

Datorit deplasrii altrenative a unui electron de la gruparea -NH la C=O se produce oscilarea dublei legturi de la atomul de carbon i oxigen la atomul de azot, fomrndu-se astfel cele 2 forme mezomere. Datorit numrului relativ mic de aminoacizi care intr n structura proteinelor, teoretic ar trebui s se formeze proteine cu masa molecular n jur de 4200. ns n realitate masele moleculare ale proteinelor au valori de peste 10,000 ceea ce a dus la concluzia c cel puin o parte de aminoacizi se repet de mai multe ori n cadrul unei molecule. Ipoteza c proteinele sunt formate din lanuri lineare de aminoacizi a fost fomulat pentru prima dat n anul 1902, la a 74-a reuniune a Societii Oamenilor de Stiin din Germania, inut n oraul Karlsbad, de ctre Franz Hofmeister (innd cont de reacia biuretului) i Emil Fischer (care aduce clarificri asupra scheletului proteic). Ipoteza c n molecula proteinelor exist legturi amidice fusese elaborat de chimistul francez E Grimaux nc din anul 1882. n ciuda evidenelor care demonstrau faptul c proteinele supuse aciunii proteolitice se scindeaz n oligopeptide, ideea c lanul proteic este liniar, au fost idei greu de "digerat". n perioada respectiv, numeroi savani (William Astbury, Hermann Staudinger), punnd la ndoial acest lucru, prin argumentarea c legturile amidice nu sunt ndeajuns de puternice pentru a susine o molecul proteic lung. Cu timpul au aprut diverse ipoteze:

Ipoteza coloidal care susinea ca proteinele sunt ansambluri moleculare coloidal formate din molecule mai mici - ipotez contrazis de msurarea ultracentrifugrii de ctre Svedberg care arat faptul c proteinele sunt molecule bine definite, au greutate molecular, iar prin electroforez Arne Tiselius demonstreaz c proteinele sunt molecule unice. Ipoteza a 2-a, numit ipoteza ciclol, avansat de Dorothy Wrinch, are la baz 3 elemente: o Ciclol reaction n care gruparea carbonil i gruparea amino a 2 peptide se incrucieaz C=O + HN C(OH)-N (aa numita legtur n cruce); aceste legturi sunt de tip covalent, similare cu legturile covalente de

o o

hidrogen propuse de William Astbury, pentru a explica stabilitatea structurii proteice. Lanurile beta vecine au la baz o serie de reacii de tip ciclol Structura proteinelor mici corespund aa numitelor "solid de tip Platon ", fr ca s existe coluri libere.

Alte ipoteze au fost lansate de ctreEmil Abderhalden (modelul dicetopiperazinic),sau Troesengaard n anul 1942 (modelul pirol/piperidin). Toate aceste modele au fost infirmate de Frederick Sanger care reuete s identifice secvena aminoacizilor din insulin, dar i de determinrile cristalografice efectuate de Max Perutz i John Kendrew asupra mioglobinei i hemoglobinei.

Structura secundar

Imaginea alfa helixurilor mioglobinei, a crei structur a fost determinat de ctre Max Perutz i Sir John Cowdery Kendrew n 1958 folosind cristalografia cu raze X Structura secundar se refer la forma i la lungimea lanurilor polipeptidice, proprieti induse de legturile de hidrogen. Cele mai ntlnite tipuri de structura secundar sunt alpha helixul i lanurile beta.

Elicea alpha se formeaz prin rotaia unui lan polipeptidic n jurul propriei axe

Alte helix-uri cum ar fi helixul 310 i helixul sunt, din punct de vedere energetic, favorabile formrii legturilor de hidrogen, dar sunt rareori observat n proteinele naturale exceptnd prile terminale ale helixului n timpul formrii scheletului proteic (de obicei centrul helixului). Aminoacizii au un comportament diferit vis-a-vis de posibilitatea formrii structurii secundare. Prolina i glicina sunt cunoscui ca aa numiii "helix breakers" (sprgtori de helix), deoarece afecteaz configuraia scheletului proteic; ambii aminoacizi au abiliti conformaionale neobinuite i de regul se gsesc n colurile scheletului proteic. Aminoacizii care prefer s adopte conformaia helixului proteic fac parte din aa numita serie MALEK (codurile formate din 1 liter a aminoacizilor: metionin, alanin, leucin, acid glutamic i lizina); prin contrast aminoacizii aromatici (triptofanul, tirosina i fenilalanina, dar i aminoacizii cu legare prin carbonul beta (izoleucina, valina i treonina, adopt configuraia . Structura secundar cunoate cteva ipoteze privind formarea ei:

Teoria polipeptidic formulat de ctre E. Hoffmeister n 1902 i dezvoltat ulterioe de ctre E.Fischer, are la baz conceptul conform cruia moleculele proteice sunt formate din lanuri polipeptidice foarte lungi. Teoria are cteva dezavantaje: o nu explica diferenierea biologic a anumitor proteine o unele proteine sunt rezistente la aciunea enzimelor proteolitice (dei datorit lungimii lanului nu ar trebui) Teoria plierii i rsucirii lanului polipeptidice a fost elaborat de ctre Corey i Pauling n 1943 i a fost confirmat prin spectrele de difracie cu raze X, microscopului electronic , prin msurarea unghiurilor de valen, a distanelor interatomice, au confirmat faptul c lanul polipeptidic se gsete sub form pliat. o Structura n foaie pliant. Plierea catenei are loc prin formarea legturilor de hidrogen ntre gruparea carboxilic a unui aminoacid i gruparea aminic a aminoacidului vecin. Lanul polipetidic pliat se prezintz ca o panglic ndoit alternativ la dreapta i la stnga, plierea avnd loc n dreptul carbonilor metinici. Mai multe lanuri pliate polipeptidice pliate dau natere unei reele, ntre aceste lanuri pliate putndu-se de asemenea forma legturi de hidrogen, acestea fiind n numr mai mare cnd gruprile terminale a 2 lanuri sunt aranjate diferit (-NH2 i COOH, sau HOOC-i -NH2). Catenele polipeptidice pliate predomin n proteinele fibrilare i mai puin n cele globulare. Dup valoarea perioadei de identitate se cunosc mai multe tipuri de proteine cu structur pliat. Prin perioada de identitate se nelege distana cea mai mic la care se repet aminoacizii identici din molecul. o Structura elicoidal, ipotez lansat de Corey i Pauling, ipotez conform creia lanul polipeptidic se poate prezenta i nfurat sub form de spiral. n acest model, fiecare spir conine de obicei 27 aminoacizi, iar distana ntre spire este de 5,44 A0. Fiecare aminoacid mrete spira cu 1,47 A0. n faa fiecrei grupri -CO- va apare la o distan de 2,8A0. o grupare NH de la al treilea aminoacid. ntre aceste grupri se stabilesc

punile de hidrogen care asigur stabilitatea helix-ului. n acest model lanul polipeptidic se prezint sub forma unui surub cu pasul fie spre dreapta, fie spre stnga. n cazul proteinelor naturale, acestea datorit coninutului n L-aminoacizi, pasul helixului va fi spre dreapta, catenele laterale ies n afara corpului propriu-zis putnd reaciona fie cu moleculele solventului fie cu alte catene polipeptidice. Canalul format n interiorul helixului este foarte ngust, n el nu poate ptrunde molecula solventului. Legturile peptidice sunt plane, iar 2 planuri consecutive -CO-NHformeaz un unghi de 1800, rotirea lanului se face la carbonul (metinic).

Structura teriar
Prin intermediul cristalografiei cu raze X s-a dovedit faptul c macromoleculele proteice au o conformaie tridrimensional, realizat de obicei prin intermediul cuplrii mai multor lanuri polipeptidice scurte ntre ele, cuplare care duce la formarea fibrelor proteice;legturile intercatenare pot fi principale sau secundare:
o

Legturi de hidrogen, sunt legturi coordinativ heteropolare care se stabilesc cu uurin ntre gruparea carbonil C=O (electronegativ) i gruparea NH- (electropozitiv), din 2 lanuri polipeptidice alturate, sau n cazul formelor lactam-lactim ntre gruparea -OH i azotul iminic =NH

Legturile de hidrogen au lungimea cuprins ntre 2,7-3,1A i energia de 3-7Kcal/mol la peptide, iar la ap 2-3Kcal/mol .Legturile de hidrogen se pot stabili i ntre catenele lateralecare au grupri carboxil, hidroxil, amino sau tiolice. Din punct de vedere energetic [17]legtura de hidrogen nu este puternic dar datorit rspndirii relativ uniforme de-a lungul scheletului proteic ofer proteinei stabilitatea necesar.
o

Legturi disulfidice

Legtura disulfidic este foarte puternic ,50-100kcal/mol i are un rol foarte importantn stabilizarea arhitecturii spaiale a moleculei proteice . Legtura este rezistent la hidroliz, ns se poate desface iar prin reducere formeaz tioli(SH), iar prin oxidare formeaz acizi. n general legtura sulfidic se ntlnete la proteinele transformate, care au o rezisten mecanic mare. n afar de aceste legturi se mai pot stabili alte tipuri de legturi: legturi ionice (stabilite de obicei ntre gruprile aminice i cele carboxilice ionizate), legturi de tip van der Waals (legturi electrostatice slabe care se stabilesc ntre radicalii hidrofobi), legturi fosfodiesterice (ntre 2 resturi de serin i acid fosforic), legturi eterice (stabilite la nivelul aminoacizilor cu grupri hidroxilice).

Structura cuaternar
Structura cuaternar se refer la modul n care se unesc subunitile proteice. Enzimele care catalizeaz asamblarea acestor subuniti poart denumirea de holoenzime, n care o parte poart denumirea de subuniti reglatoare i subuniti catalitice.

Vedere 3 D a hemoglobinei cele 4 subuniti rou i galben, iar unitatea hemic verde.numele de hemoglobin vine este format din hem i globin, denumire ce denot faptul c hemoglobina are la baz proteine globulare cuplate cu o grupare hem . Proteine care au structura cuaternar :hemoglobina, ADN polimeraza i canalele ionice, dar i nucleozomi i nanotubuli, care sunt complexe multiproteice.Fragmentele proteice pot suferi transformri n structura cuaternar, transformri care se reflect fie n structurile individuale fie n reorientrile fiecrei subuniti proteice. Numrulsubunitilor din oligomerice sunt denumite prin adugarea sufix-ului -mer (grecescul pentru subunitate), precedat de numele subunitii.

1 = monomer 2 = dimer 3 = trimer 4 = tetramer 5 = pentamer 6 = hexamer

7 = heptamer 8 = octamer 9 = nonamer 10 = decamer 11 = undecamer 12 = dodecamer

13 = tridecamer 14 tetradecamer 15 pentadecamer* 16 hexadecamer 17 heptadecamer*

= = = =

19 = nonadecamer 20 = eicosamer 21-mer 22-mer 23-mer etc.

18 = octadecamer