Anexo II - Bio-Rad PdQuest 8.

0 Advanced software

PdQuest ofrece el mejor rendimiento en el análisis

de geles de 2D y en la gestión de la información.
PdQuest es una potente herramienta de análisis
comparativo y está específicamente diseñada para
aquellos laboratorios que también necesitan
analizar muchos geles al mismo tiempo. Sus
sofisticadas herramientas de análisis permiten
desvelar sutiles diferencias entre los geles
comparados (por ejemplo el estudio del efecto de
variables como el medio de cultivo, golpes de
calor, respuesta a dosis o evolución temporal).

Con una larga trayectoria y un una ingente cantidad de referencias bibliográficas, PdQuest ha estado
siempre mejorando sus herramientas, aumentando la automatización y la integración de nuevas
fuentes de datos. PdQuest 8.0 Advanced es un nuevo hito en la gestión de la información del
experimento para procesar automáticamente los geles minimizando la intervención del usuario pero
manteniendo las herramientas de edición más potentes para perfilar el análisis.

Características principales

Fácil de usar

PdQuest se desarrolla bajo un

entorno gráfico sencillo e intuitivo
donde las guías rápidas resuelven
las tareas cronológicamente y en
detalle, y ofrecen ayuda
contextual vinculada al manual
completo de usuario.

Un asistente inicial permite la

configuración de todas las
variables del experimento –
incluyendo el análisis –
simplemente respondiendo, en el
lenguaje de la proteómica, las
cuestiones que describen el
experimento. Estas características se pueden almacenar en forma de plantillas que se pueden aplicar
fácilmente a uno o varios experimentos conjuntamente.
Adquisición y optimización de imágenes

PdQuest permite trabajar con una gran variedad de

formatos de imagen, incluyendo las generadas por todos
los equipo de Bio-Rad, los archivos TIFF e imágenes de
otros fabricantes.

Las herramientas de PdQuest permiten ajustar los

parámetros de visualización de la imagen, su libre
rotación y su color. Así mismo ofrece la representación
tridimensional, la superposición de hasta 3 imágenes y la
visualización secuencial.

Detección de Spots y Matching

La detección de spots se inicia a partir de la

sencilla intervención del usuario que indica los
parámetros de detección con sólo marcar un
spot representativo en la imagen. El asistente
maneja el resto para buscar, si es requerido, el
mismo número de spots en los demás geles así
como herramientas avanzadas para minimizar
el striking y las speckles producto de las
tinciones. El modelado Gaussiano minimiza la
edición manual al resolver el solapamiento de
spots y mejora la cuantificación.

El proceso de matching (identificación de los

spots en los diferentes geles) es automático y
contiene varios niveles de precisión para resolver migraciones anómalas entre geles.

Tanto el proceso de detección spots como el matching contienen herramientas complementarias de

edición manual y de filtrado de spots que permiten obtener resultados incluso en las primeras etapas
de optimización de un experimento de 2D.

El modo de visualización avanzado permite ver las imágenes corregidas donde se superponen los
spots comunes en los diferentes geles.

Herramientas de Normalización y Análisis

PdQuest permite varias estrategias de normalización para la cuantificación precisa que está en la
base del análisis comparativo de geles 2D. Cada estrategia se adapta al tipo de experimento
(m ultifluorescencia,D IG E,radioactividad,… ),altipo de tinción (tinción de plata,coom assie,
fluorescencia,… )y a la inform ación disponible (réplicas,diluciones,… ).
Las herramientas de análisis permiten análisis
estadísticos de conjuntos de réplicas y de clases
con índice de significancia ajustable por el
usuario. Las operaciones de lógica booleana
permiten combinar, discernir y profundizar en el
análisis comparativo de geles, conjuntos o
experimentos. El algoritmo de Wilcoxon ofrece
precisión estadística para el análisis de muestras
emparejadas. El análisis de clases permite un
número ilimitado de clases y atributos para
ajustarse a cualquier diseño experimental.

Informes y Visualización de resultados.

PdQuest permite superponer múltiples imágenes usando canales de color independiente que
reflejan spots únicos o proteínas modificadas post-traduccionalmente.

También permite crear Cyber-geles producto del solapamiento de rangos de pH estrechos para
aumentar la resolución de la técnica más allá de los límites físicos del tamaño del gel.

La representación de dispersión (scatter plot)

muestra dinámicamente los spots correctamente
identificados en función de su cuantificación
comparada para destacar aquellos spots
afectados por procesos de up- o down-regulation

PdQuest permite usar el gel como base de datos y

repositorio de todo tipo de información adicional
vinculada con los spots del experimento:
anotaciones, accesos a bases de datos de
Internet, archivos ejecutados por otras
aplicaciones,…

Integración con el esquema de trabajo de la proteómica

El análisis comparativo de geles de 2D es una etapa más de un

proceso que habitualmente requiere recuperar los spots de
interés de los geles para su identificación por espectrometría de
masas. Pdquest se posiciona en este esquema ofreciendo una
integración perfecta con el picador automático de spots Bio-
Rad ExQuest SpotCutter. Esta combinación permite usar la
elevada precisión y velocidad de la robótica del ExQuest con el
diseño inteligente que proporciona PdQuest para recuperar los
spots de interés: selección automática de qué geles son los adecuados por su concentración y
resolución, selección de spots manual o automática a partir del análisis, hidratación automática de
los geles, soporte para geles y/o membranas, múltiples cortes para recuperar el máximo de proteína,
alta productividad (hasta 4 geles y 4 microplacas de hasta 384 pocillos a una velocidad de 600
cortes/hora),…

PdQuest también está integrado con el

software Bio-Rad IDQuest para el análisis de
los datos obtenidos por espectrometría de
massas y con Bio-Rad FPQuest para el análisis
comparado de las relaciones biológicas con
datos de otra naturaleza experimental.