Dinmica molecular La Dinmica Molecular (DM) es una tcnica de simulacin en la que se permite que tomos y molculas interacten por

un perodo, permitiendo una visualizacin del movimiento de las partculas. Originalmente fue concebida dentro de la fsica terica, aunque hoy en da se utiliza sobre todo en biofsica y ciencia de materiales. Su campo de aplicacin va desde superficies catalticas hasta sistemas biolgicos como las protenas. Si bien los experimentos de cristalografa de rayos X permiten tomar "fotografas estticas" y la tcnica de RMN nos da indicios del movimiento molecular, ningn experimento es capaz de acceder a todas las escalas de tiempo involucradas. Resulta tentador, aunque no es enteramente correcto, describir a la DM como un "microscopio virtual" con alta resolucin espacial y temporal. En general, los sistemas moleculares son complejos y consisten de un gran nmero de partculas, por lo cual sera imposible encontrar sus propiedades de forma analtica. Para evitar este problema, la DM utiliza mtodos numricos. La DM representa un punto intermedio entre los experimentos y la teora. Puede ser entendida como un experimento en la computadora. Sabemos que la materia est constituida de partculas en movimiento e interaccin al menos desde la poca de Boltzmann en el siglo XIX. Pero muchos an se imaginan a las molculas como los modelos estticos de un museo. Richard Feynman dijo en 1963 que "todo lo que hacen los seres vivos puede ser entendido a travs de los saltos y contorsiones de los tomos."1 Una de las contribuciones ms importantes de la dinmica molecular es crear conciencia de que el DNA y las protenas son mquinas en movimiento. Se le utiliza para explorar la relacin entre estructura, movimiento y funcin. La dinmica molecular es un campo multidisciplinario. Sus leyes y teoras provienen de las Matemticas, Fsica y Qumica. Emplea algoritmos de las Ciencias de la Computacin y Teora de la informacin. Permite entender a los materiales y las molculas no cmo entidades rgidas, sino como cuerpos animados. Tambin se le ha llamado "estadstica mecnica numrica" o "la visin de Laplace de la mecnica Newtoniana", en el sentido de predecir el futuro al animar las fuerzas de la naturaleza. Para utilizar esta tcnica de forma correcta, es importante entender las aproximaciones utilizadas y evitar caer en el error conceptual de que estamos simulando el comportamiento real y exacto de un sistema molecular. La integracin de las ecuaciones de movimiento estn mal condicionadas, lo cual genera errores numricos acumulativos, que pueden ser minimizados seleccionando apropiadamente los algoritmos, pero no eliminados del todo. Por otro lado, las interacciones entre las partculas se modelan con un campo de fuerza aproximado, que puede o no ser adecuado dependiendo del problema que queremos resolver. De cualquier forma, la dinmica molecular nos permite explorar su comportamiento representativo en el espacio fsico. En la DM, hay que balancear el costo computacional y la fiabilidad en los resultados. En la DM clsica se utilizan las Ecuaciones de Newton, cuyo costo computacional es mucho menor que el de las de la mecnica cuntica. Es por ello que muchas propiedades que pueden resultar de inters, como la formacin o ruptura de enlaces no puedan ser estudiadas mediante este mtodo ya que no contempla estados excitados o reactividad. Existen mtodos hbridos denominados QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics) en los que un centro reactivo es tratado de modo cuntico mientras que el ambiente que lo rodea se trata de modo clsico. El desafo en este tipo de mtodos resulta en la definicin de manera precisa de la interaccin entre los dos formas de describir el sistema... El resultado de una simulacin de dinmica molecular son las posiciones X y velocidades V de cada tomo de la molcula, para cada instante en el tiempo discretizado. A esto se le llama trayectoria. A) INTRODUCCIN. ECUACIONES FUNDAMENTALES La simulacin computacional basada en la Dinmica Molecular (MD) es una poderosa herramienta para el estudio de sistemas complejos de la materia. Esta tcnica permite calcular las trayectorias (las diferentes posiciones de las partculas en funcin del tiempo) de los tomos o partculas que forman la materia y esto nos permite simular el comportamiento microscpico del sistema. A partir de ese conocimiento se pueden obtener los valores de diferentes propiedades macroscpicas (tanto estticas como dinmicas). En las simulaciones de MD se asume que la dinmica de las partculas (tomos, molculas,...) est gobernada por las leyes de la mecnica clsica, es decir el movimiento de las partculas se realiza de acuerdo con las leyes de Newton del movimiento. Para un sistema aislado de N partculas, la segunda ley de Newton indica: El rea dedicada al estudio de movimiento de tomos y molculas es conocida como Dinmica Molecular (DM). En la DM los tomos y molculas interactan por ciertos periodos de tiempo, la modelacin incluye el uso de las representaciones matemticas de la fsica (por ejemplo, leyes de movimiento clsicas) dando lugar al movimiento de los tomos. Cuando se incluyen un gran nmero de tomos la(s) computadora(s) enfrentan grandes dificultades, sin embargo con el constante avance en la computacin las simulaciones moleculares son cada vez ms rpidas y complejas. Richards y Krauss [1], han mostrado la extraordinaria capacidad de la dinmica molecular en simular un flujo a gran escala, ellos utilizaron 9 mil millones de tomos (cobre y aluminio a una temperatura de 2000 K) en una geometra cuasi-bidimensional, en ella se estudio la llamada inestabilidad de Kevin-Helmholtz. La inestabilidad de Kevin-Helmholtz ocurre cuando existe una velocidad de corte entre la interfase de dos fluidos, esto resulta en una estructura compleja de vrtices que da lugar a fenmenos de mezcla. Cabe agregar que aun cuando la dinmica molecular es muy til, el uso de recursos es prohibitivo en simular problemas a escala humana, adems de hacer difcil el trazar las relaciones entre los diferentes parmetros del problema MECANICA Y DINMICA MOLECULAR Sin embargo mediante el uso de modelizaciones de estados de transicin, se podrn proponer determinados modelos para una reaccin, modelos que derivan de un clculo ab-initio previo y de los que pondremos un ejemplo La mecnica molecular, considera que los electrones generan un campo fijo, y lo que calcula es la dinmica de los ncleos en dicho campo resolviendo las ecuaciones de Newton .Es importante notar la diferencia entre esto y la aproximacin de Born-Oppenhaimer . Un enlace qumico podemos tratarlo segn el modelo del oscilador armnico , que establece:

V = V0 +
V q

q
i

qi +

1 2

( qq ) qiqj + ..
i

= 0 Condicin de mnimo de la curva de energa potencial, se desprecian las derivadas, de orden 3 o superior.

V = Kij ; Conociendo las constantes de fuerza , y la forma del potencial de la molcula podemos obtener su estructura, por un proceso de minimizacin del potencial . q q
El potencial de una molcula cualquiera tiene que tener: 1) Una serie de trminos que incluyan la tensin existente entre ncleos no enlazados ( Vt ) para as minimizar las distancias de enlace .2) Otra parte que corresponda a los ngulos de enlace para hacer minimizar los ngulos

Vt=

1 2

enlaces

kt(q i-q 0 )

V=

1 2

ngulos

k ( q i-q 0 ) .

3) Un trmino asociado a las rotaciones restringidas. 4) Un ltimo trmino que incluya las interacciones no enlazantes tipo Van der Walls , dipolares , inicas , etc . Los mtodos ms utilizados en mecnica molecular en sistemas orgnicos son los conocidos como MM2, MM3 y MM4, son rpidos, eficientes y proporcionan buenos resultados, podemos obtener estructuras, magnitudes termodinmicas, frecuencias de vibracin, etc. El mtodo de Amber est optimizado para tratar aminocidos, pptidos, protenas y cidos nucleicos, permitiendo tratar los enlaces por puentes de hidrogeno tan importantes en estos sistemas biolgicos, de forma eficiente.

Los parmetros van a hacer diferir unos mtodos de otros, por ejemplo en Vt debemos de conocer la constante de fuerza y la distancia de enlace de todos los tomos involucrados, esto puede obtenerse por mtodos espectroscpicos, clculos ab-initio sencillos, o de cualquier otra forma, pero constituye una limitacin importante del mtodo. Conocidos todos los parmetros, se conoce el campo de fuerzas completo, que puede minimizarse informticamente, para obtener la estructura ms estable de la molcula. Modelizacin de estados de transicin. Ilustraremos esta tcnica con un ejemplo, la reduccin de aldehdos o cetonas con hidruro de litio y aluminio. A) Comenzamos tratando un modelo sencillo de la reaccin por un mtodo ab-initio, como puede ser la reduccin de la acetona con hidruro de litio, la construccin de este modelo es el paso ms importante, ya que nosotros suponemos que las caractersticas electrnicas de la reaccin no se ven influidas por los grupos R1, R2, y son aplicables a otras reacciones. B) Localizamos el estado de transicin por cualquier mtodo terico, para esta reaccin se utiliza HF/3-21G. La geometra del TS no debe de cambiar mucho con el nivel de clculo empleado ya que esto causara problemas al generalizar la reaccin

dC-H = 2.035 A >> d 0 HCO = 96.2 dC-O = 1.296 A .

* *

0 C-H =

1.1 A

C) Se modifica el campo de fuerzas, reparametrizandolo para ello se aaden las siguientes ecuaciones al campo de fuerzas inicial.

V C-H = 0.5 K C-H ( q-2.035 ) ; V HCO = 0.5 K HCO ( -96.2 ) ; V =>Las constantes de fuerza se obtienen como parmetros libres

* CO

= 0.5 K

CO(

q-1.296 )

* C-H

= 2.0 ; K

CO=5.3

;K

HCO=

0.25

Se hace un ajuste emprico que reproduzca la geometra ab-initio. D) Se modifican los grupos R1, R2 de forma que se estudien un montn de reacciones de este tipo. JACS 1987 908 . JOC 1991 56 3656 Modelado molecular El Modelado molecular es un trmino general que engloba mtodos tericos y tcnicas computacionales para modelar o imitar el comportamiento de molculas. Las tcnicas son utilizadas en los campos de la Qumica computacional, Biologa computacional y Ciencia de materiales para el estudio de sistemas moleculares que abarcan desde pequeos sistemas qumicos a grandes molculas biolgicas y disposiciones materiales. Los clculos ms simples pueden ser realizados a mano, pero inevitablemente se requieren computadoras para realizar el modelado molecular de cualquier sistema medianamente complicado. La caracterstica particular de las tcnicas de modelado es la descripcin a nivel atmico de los sistemas moleculares; el menor nivel de informacin es por tomos individuales (o un pequeo grupo de tomos). Esto es lo contrario a la Qumica cuntica (tambin conocida como "clculos de estructura electrnicos) donde los electrones son considerados explcitamente. El beneficio del modelado molecular es que reduce la complejidad del sistema, permitiendo que muchas ms partculas (tomos) sean considerados durante las simulaciones. Los mtodos de modelado molecular son usados rutinariamente en la actualidad para investigar la estructura, dinmica y termodinmica de sistemas inorgnicos, biolgicos y polimricos. Los tipos de actividad biolgica que han sido investigados usando modelado molecular incluyen plegamiento proteico, catlisis de enzimas, estabilidad de protenas, cambios conformacionales asociados con la funcin biomolecular, y reconocimiento molecular de protenas, ADN, y complejos de membranas. Mecnica molecular La Mecnica molecular es una parte del modelado molecular, ya que implica el uso de mecnica clsica/mecnica newtoniana para describir las bases fsicas tras los modelos. Los modelos moleculares describen normalmente tomos (ncleos y electrones en conjunto) como cargas puntuales con una masa asociada. Las interacciones entre los tomos vecinos son descritas por interacciones tipo oscilador armnico, "resortes", que (representando enlaces qumicos) y Fuerzas de van der Waals. El Potencial de Lennard-Jones es mayormente usado para describir las Fuerzas de van der Waals. Las interacciones electrostticas son calculadas por la Ley de Coulomb. A los tomos se les asignan coordenadas en el espacio cartesiano o en Coordenadas internas, y tambin se les pueden asignar velocidades al realizar simulaciones dinmicas. Las velocidades atmicas estn relacionadas a la temperatura del sistema, una cantidad macroscpica. La expresin matemtica completa se conoce como una Funcin potencial y est relacionada a la energa interna del sistema (U - Entropa), una cantidad termodinmica igual a la suma de las energas potencial y cintica. Los mtodos que minimizan la energa potencial, son conocidos como tcnicas de disminucin energtica (como, steepest descent y Gradiente conjugado), mientras que los mtodos que recrean el comportamiento del sistema con el correr del tiempo son conocidos como Dinmica molecular.

E = Ebonds + Eangle + Edihedral + Enon bonded Enon bonded = Eelectrostatic + EvanderWaals

Esta funcin, llamada Funcin potencial, calcula la energa potencial molecular como una suma de cantidades de energa que describen la desviacin del largo de los enlaces, los ngulos de enlace y los ngulos de torsin fuera de los valores de equilibrio, ms cantidades para los pares de tomos no enlazados, ayudando a describir las interacciones de van der Waals y las electrostticas. El conjunto de parmetros que incluye las distancias de enlace equilibradas, los ngulos de enlace, valores de carga parciales, constantes de fuerza y parmetros de van der Waals; son conocidos de manera conjunta como un campo de fuerza. Distintas aplicaciones de la mecnica molecular usa expresiones matemticas que difieren ligeramente y, por ende, distintas constantes para la Funcin potencial. Los campos de fuerza de uso corriente en la actualidad han sido desarrollados usando clculos cunticos de alto nivel y/o ajustndose a los valores experimentales. La tcnica conocida como Disminucin Energtica es usada para encontrar posiciones de "gradiente cero" para todos los tomos; en otras palabras, un mnimo local de energa. Estados de menor energa son ms estables y son comnmente investigados por su funcin en los procesos qumicos y biolgicos. Una simulacin de Dinmica molecular, por otro lado, calcula el comportamiento de un sistema en funcin del tiempo. Esto implica resolver las leyes de Newton de movimiento, principalmente la segunda ley, F = ma. La Integracin de las leyes de Newton del movimiento, usando diferentes algoritmos de integracin, conduce las trayectorias atmicas en el espacio y el tiempo. La fuerza de un tomo es definida como el gradiente negativo de la funcin potencial de energa. La tcnica de disminucin de energa es til para obtener una imagen esttica para comparar entre los estados de sistemas similares, mientras que la dinmica molecular provee informacin sobre los procesos dinmicos con el agregado intrnseco de los efectos de la temperatura Dinmica molecular. Como el anterior es un mtodo clsico que resuelve las ecuaciones del movimiento de Newton, en estos clculos se pueden modificar los sustratos en un intervalo pequeo de tiempo, que con una pequea variacin, aumenta el tiempo de calculo de forma exponencial

t 10-15 s

F = - V i = mi

r t

=> Conjunto de ecuaciones diferenciales que permiten obtener la ecuacin del movimiento.

V es similar al empleado en mecnica molecular, paras tratar sistemas biolgicos se emplea el mtodo de Amber .Las coordenadas inciales en estos sistemas podemos darlas mediante un Rayo-X y observar el plegamiento de acuerdo a las interacciones hidrofbicas, entre los diferentes grupos y el entorno. La dinmica molecular es una tcnica computacional donde se modela las interacciones de los tomos bajos la influencia de un campo de fuerza que es obtenido de un potencial (funcin escalar) que depende por lo general de las posiciones de los tomos. Por medio de la dinmica molecular es posible estudiar las transiciones elstico-plstico en materiales bajo compresiones extremas y en donde la velocidad de deformacin es del orden de pico a nano segundos!. Los avances recientes en tcnicas experimentales de alta presin, especialmente en las reas de diamond anvil cell (DAC), Laser shock compresin, difraccin de rayos X y espectroscopia de fotoelectrones, han aumentado dramticamente el estudio de las transiciones de fase mediante presin inducida en la ltima dcada tanto en los campos tericos y experimentales. Fuerzas de Van der Waals O DE DISPERCION

En fisicoqumica, las fuerzas de Van der Waals (o interacciones de Van der Waals), denominada as en honor al cientfico neerlands Johannes Diderik van der Waals, es la fuerza atractiva o repulsiva entre molculas (o entre partes de una misma molcula) distintas a aquellas debidas al enlace covalente o a la interaccin 1 electrosttica de iones con otros o con molculas neutras. El trmino incluye: Las fuerzas de Van der Waals definen el carcter qumico de muchos compuestos orgnicos. Tambin definen la solubilidad de los alcoholes inferiores. Las propiedades del grupo polar hidrxilo dominan a las dbiles fuerzas intermoleculares de Van der Waals. En los alcoholes superiores, las propiedades del radical alqulico apolar (R) dominan y definen la solubilidad. Las fuerzas de Van der Waals crecen con la longitud de la parte no polar de la sustancia. Fuerza en simulaciones dinmicas Las simulaciones dinmicas moleculares requieren de las contribuciones electrostticas para la fuerza de los tomos o grupos. El principal problema en estas simulaciones es la descripcin del agua y del apantallamiento de los iones. Una variedad de mtodos han sido introducidos para imitar la respuesta dielctrica del ambiente. Apantallamiento del solvente adems del de los electrones y los dipolos en la macromolcula, debe ser tomada en cuenta una constante dielctrica > 1 y varias funciones dielctricas dependientes de la distancia.En simulaciones en el DNA, repulsiones entre fosfatos han sido minimizados por la omisin o reduccin de la escala de sus cargas, se ha sugerido una aproximacin alternativa en la determinacin emprica basada en la derivacin de la constante dielctrica efectiva por clculos por el mtodo de FDPB. Un problema adicional en muchas simulaciones en que la energa de solvatacin no es tenida en cuenta. De manera similar, el factor intramolecular de los puentes de hidrgeno o formacin de pares de iones, que ocurre a expensas de interacciones de magnitud comparable con el agua, es frecuentemente ignorado. En ausencia de una gran escala de simulaciones de solventes es importante el desarrollo de mtodos para la medida del termino de solvatacin, que puede ser un factor dominante en las energas conformacionales.

Ley de Coulomb
Ley de Coulomb expresando los signos de cargas de diferente signo, y de carga del mismo signo. Enunciado de la ley La ley de Coulomb es vlida slo en condiciones estacionarias, es decir, cuando no hay movimiento de las cargas o, como aproximacin cuando el movimiento se realiza a velocidades bajas y en trayectorias rectilneas uniformes. Es por ello que es llamada fuerza electrosttica. En trminos matemticos, la magnitud expresa como: de la fuerza que cada una de las dos cargas puntuales y ejerce sobre la otra separadas por una distancia se

Dadas dos cargas puntuales

separadas una distancia

en el vaco, se atraen o repelen entre s con una fuerza cuya magnitud est dada por:

Ley de Coulomb La ley de Coulomb, que establece cmo es la fuerza entre dos cargas elctricas puntuales, constituye el punto de partida de la Electrosttica como ciencia cuantitativa. Fue descubierta por Priestley en 1766, y redescubierta por Cavendish pocos aos despus, pero fue Coulomb en 1785 quien la someti a ensayos experimentales directos. Entendemos por carga puntual una carga elctrica localizada en un punto geomtrico del espacio. Evidentemente, una carga puntual no existe, es una idealizacin, pero constituye una buena aproximacin cuando estamos estudiando la interaccin entre cuerpos cargados elctricamente cuyas dimensiones son muy pequeas en comparacin con la distancia que existen entre ellos. La Ley de Coulomb dice que "la fuerza electrosttica entre dos cargas puntuales es proporcional al producto de las cargas e inversamente proporcional al cuadrado de la distancia que las separa, y tiene la direccin de la lnea que las une. La fuerza es de repulsin si las cargas son de igual signo, y de atraccin si son de signo contrario". Es importante hacer notar en relacin a la ley de Coulomb los siguientes puntos: a) cuando hablamos de la fuerza entre cargas elctricas estamos siempre suponiendo que stas se encuentran en reposo (de ah la denominacin de Electrosttica);

Ntese que la fuerza elctrica es una cantidad vectorial, posee magnitud, direccin y sentido. b) las fuerzas electrostticas cumplen la tercera ley de Newton (ley de accin y reaccin); es decir, las fuerzas que dos cargas elctricas puntuales ejercen entre s son iguales en mdulo y direccin, pero de sentido contrario:
Fq1 q2 = Fq2 q1 ;

Representacin grfica de la Ley de Coulomb para dos cargas del mismo signo.

En trminos matemticos, esta ley se refiere a la magnitud F de la fuerza que cada una de las dos cargas puntuales q1y q2 ejerce sobre la otra separadas por una distancia r y se expresa en forma de ecuacin como:

k es una constante conocida como constante Coulomb y las barras denotan valor absoluto. F es el vector Fuerza que sufren las cargas elctricas. Puede ser de atraccin o de repulsin, dependiendo del signo que aparezca (en funcin de que las cargas sean positivas o negativas). - Si las cargas son de signo opuesto (+ y ), la fuerza "F" ser negativa, lo que indica atraccin - Si las cargas son del mismo signo ( y + y +), la fuerza "F" ser positiva, lo que indica repulsin.

En el grfico vemos que, independiente del signo que ellas posean, las fuerzas se ejercen siempre en la misma direccin (paralela a la lnea que representa r), tienen siempre igual mdulo o valor (q1 x q2 = q2 x q1) y siempre se ejercen en sentido contrario entre ellas. Recordemos que la unidad por carga elctrica en el Sistema Internacional (SI) es el Coulomb. c) hasta donde sabemos la ley de Coulomb es vlida desde distancias de muchos kilmetros hasta distancias tan pequeas como las existentes entre protones y electrones en un tomo.

Ley de Hooke:
La cantidad de estiramiento o de compresin (cambio de longitud), es directamente proporcional a la fuerza aplicada.

F=Kx
Cuando un objeto de somete a fuerzas externas, sufre cambios de tamao o de forma, o de ambos. Esos cambios dependen del arreglo de los tomos y su enlace en el material. Cuando un peso jala y estira a otro y cuando sele quita este peso y regresa a su tamao normal decimos que es un cuerpo elstico. Elasticidad: Propiedad de cambiar de forma cuando acta una fuerza de deformacin sobre un objeto, y el objeto regresa a su forma original cuando cesa la deformacin. Los materiales no deformables se les llama inhelsticos (arcilla,plastilina y masa de repostera). El plomo tambin es inhelstico, porque se deforma con facilidad de manera permanente. Si se estira o se comprime ms all de cierta cantidad, ya no regresa a su estado original, y permanece deformado, a esto se le llama lmite elstico. *Cuadno se tira o se estira de lago se dice que est en tensin (largas y delgadas). *Cuadno se aprieta o se comprime algo se dice que est en compresin (cortas y gruesas).

Dinmica Qumica Molecular

La simulacin a travs de la dinmica molecular consiste en una tcnica para calcular las propiedades de equilibrio y de transporte de un sistema clsico de muchos cuerpos. Dado un sistema de N-cuerpos que no posee una solucin analtica, la nica salida es la solucin numrica. El fundamento para la simulacin de dinmica molecular es el conocimiento de la ecuacin del movimiento para el sistema considerado. El algoritmo de un programa de dinmica molecular, consiste de la solucin numrica de estas ecuaciones de movimiento, otorgando una trayectoria (coordenadas y momentos conjugados en funcin del tiempo) del sistema en estudio. Eligindose el paso de integracin, la resolucin temporal y la extensin de la trayectoria pueden ser adaptadas a los ejes de relajacin temporal para los procesos dinmicos. A partir de la trayectoria, propiedades de equilibrio y grandezas dinmicas pueden ser calculadas en un cdigo para dinmica molecular. Una cuestin importante es la relacin entre las propiedades de la materia sea en estado slido, lquido o gaseoso y la interaccin entre los tomos o molculas que constituyen este material. Al contrario de intentar deducir el comportamiento microscpico directamente del experimento, el mtodo de dinmica molecular intenta reproducir el comportamiento utilizando un sistema modelo. Los mtodos de dinmica molecular estn basados en los siguientes principios: * Ncleos y electrones son tratados como partculas tipo tomos * Estas partculas tipo tomos son esfricas (los rayos son obtenidos de medidas o tericamente) y tienen una carga lquida (obtenida de la teora). * Las partculas interactan como resortes y las interacciones son representadas por potenciales clsicos * Estas interacciones deben ser predefinidas para conjuntos de tomos especficos * Las interacciones determinan la distribucin espacial de las partculas y sus energas. El modelo de la dinmica qumica molecular considera los tomos como esferas y los enlaces como resortes. La matemtica de deformacin de resortes puede ser utilizada para describir la habilidad de los enlaces en estirarse torcerse y voltearse El objetivo de la dinmica qumica molecular es predecir la energa asociada a una dada conformacin de una molcula. Con todo, las energas de la dinmica molecular no tienen significado de cantidades absolutas. Solamente diferencias de energa entre dos o ms conformaciones tienen significado fsico. La ecuacin para la energa total de un dado sistema en estudio (potencias de interaccin) conjuntamente con los datos (parmetros) necesarios para describir el comportamiento de diferentes tipos de tomos y enlaces, es llamado campo de fuerza Modelado de un sistema fsico

El principal ingrediente de una simulacin es un modelo fsico. Para una simulacin de dinmica molecular, esto significa elegir un potencial o campo de fuerza: una funcin V(r1, rN) de las posiciones de los ncleos, representando la energa potencial del sistema cuando los tomos son acomodados en una configuracin

especfica. Las fuerzas son entonces deducidas como el gradiente del potencial respecto al movimiento atmico, esto es:

La eleccin ms sencilla para V es escribirlo como una suma de interacciones de pares.

El ndice de la segunda sumatoria j > i, nos indica considerar cada par apenas una vez. La eleccin del campo de fuerza depende, en gran parte, del sistema a ser estudiado y de las propiedades del mismo que sern investigadas. Ms all una descripcin refinada de las vibraciones atmicas sea relevante, las conformaciones de las macromolculas dependen ms de las torciones, de las repulsiones, atracciones de van der waals y de las interacciones electrostticas.

Optimizacin de la Geometra Molecular Calculndose la energa para diversos valores de coordenadas de un dado sistema molecular dependiendo del campo de fuerza al cual est sometido, se puede explorar la superficie de energa potencial para el mismo. Dependiendo de las dimensiones y caractersticas del sistema, la superficie presentar un gran nmero de mnimos locales de energa que corresponden a puntos en el espacio de configuraciones donde todas las fuerzas sobre los tomos del sistema son balanceadas. Debido al elevado nmero de grados de libertad de las macromolculas biolgicas, una exploracin completa de la superficie multidimensional de energa es prcticamente imposible. Una forma de explorar tal superficie se da por la minimizacin de la energa potencial molecular. La optimizacin de la geometra es una tcnica que busca encontrar un conjunto de coordenadas que minimizan la energa potencial del sistema de inters. El procedimiento bsico consiste en caminar sobre la superficie potencial en la direccin en que la energa decrece de manera que el sistema es llevado a un mnimo de energa local prximo. Generalmente la configuracin final, luego este proceso, no difiere mucho de la inicial. La minimizacin de la energa hace uso solamente de una pequea parte del espacio de configuraciones. Sin embargo, por los ajustes en las posiciones atmicas, se relajan las distorsiones en los enlaces qumicos, en los ngulos entre enlaces y en los contactos de van der Waals. La minimizacin de energa o atomizacin de la geometra es un proceso interactivo que en coordenadas cartesianas, puede ser representado por:

En la cual n es el nmero de iteraciones y r i , n es el ensimo incremento en las coordenadas del tomo i. convergencia.Existen diferentes maneras de determinar el mdulo y la direccin del paso ( r i , n), los mtodos ms comunes usan la primer derivada de la funcin energa potencial, mtodos divergentes, en tanto, los mtodos ms sofisticados usan tambin la segunda derivada para mejorar la tasa de Ley de Hooke Cuando una fuerza externa acta sobre un material causa un esfuerzo o tensin en el interior del material que provoca la deformacin del mismo. En muchos materiales, entre ellos los metales y los minerales, la deformacin es directamente proporcional al esfuerzo. No obstante, si la fuerza externa supera un determinado valor, el material puede quedar deformado permanentemente, y la ley de Hooke ya no es vlida. El mximo esfuerzo que un material puede soportar antes de quedar permanentemente deformado se denomina lmite de elasticidad.

Movimiento Armnico Simple Es un movimiento rectilneo con aceleracin variable producido por las fuerzas que se originan cuando un cuerpo se separa de su posicin de equilibrio. Un cuerpo oscila cuando se mueve peridicamente respecto a su posicin de equilibrio. Se llama armnico porque la ecuacin que lo define es funcin del seno o del coseno

Elasticidad y resortes La fuerza electromagntica bsica a nivel molecular se pone de manifiesto en el momento de establecerse contacto entre dos cuerpos. La vida diaria est llena de fuerzas de contacto como por ejemplo cuerdas, resortes, objetos apoyados en superficies, estructuras, etc. En todos los cuerpos slidos existen fuerzas contrarias de atraccin y repulsin, pero entre las propiedades ms importantes de los materiales estn sus caractersticas elsticas . Si un cuerpo despus de ser deformado por una fuerza, vuelve a su forma o tamao original cuando deja de actuar la fuerza deformadora se dice que es un cuerpo elstico . Las fuerzas elsticas reaccionan contra la fuerza deformadora para mantener estable la estructura molecular del slido. Ley de Hooke: Cuando se trata de deformar un slido, este se opone a la deformacin, siempre que sta no sea demasiado grande

Fue Robert Hooke (1635-1703), fsico-matemtico, qumico y astrnomo ingls, quien primero demostr el comportamiento sencillo relativo a la elasticidad de un

cuerpo. Hooke estudi los efectos producidos por las fuerzas de tensin, observ que haba un aumento de la longitud del cuerpo que era proporcional a la fuerza aplicada. Hooke estableci la ley fundamental que relaciona la fuerza aplicada y la deformacin producida. Para una deformacin unidimensional, la Ley de Hooke se puede expresar matemticamente as:

= -k

K es la constante de proporcionalidad o de elasticidad. es la deformacin, esto es, lo que se ha comprimido o estirado a partir del estado que no tiene deformacin. Se conoce tambin como el alargamiento de su posicin de equilibrio. es la fuerza resistente del slido. El signo ( - ) en la ecuacin se debe a la fuerza restauradora que tiene sentido contrario al desplazamiento. La fuerza se opone o se resiste a la deformacin. Las unidades son: Newton/metro (New/m) Libras/pies (Lb/p).

Si el slido se deforma mas all de un cierto punto, el cuerpo no volver a su tamao o forma original, entonces se dice que ha adquirido una deformacin permanente. La fuerza ms pequea que produce deformacin se llama lmite de elasticidad. El lmite de elasticidad es la mxima longitud que puede alargarse un cuerpo elstico sin que pierda sus caractersticas originales. Ms all del lmite elstico las fuerzas no se pueden especificar mediante una funcin de energa potencial, porque las fuerzas dependen de muchos factores entre ellos el tipo de material.

Para fuerzas deformadoras que sobrepasan el lmite de elasticidad no es aplicable la Ley de Hooke.
Por consiguiente, mientras la amplitud de la vibracin sea suficientemente pequea, esto es, mientras la deformacin no exceda el lmite elstico, las vibraciones mecnicas son idnticas a las de los osciladores armnicos. Modulo de elasticidad La relacin entre cada uno de los tres tipos de esfuerzo (tensor-normal-tangencial) y sus correspondientes deformaciones desempea una funcin importante en la rama de la fsica denominada teora de elasticidad o su equivalente de ingeniera, resistencias de materiales. Si se dibuja una grfica del esfuerzo en funcin de la correspondiente deformacin, se encuentra que el diagrama resultante esfuerzo-deformacin presenta formas diferentes dependiendo del tipo de material.

En la primera parte de la curva el esfuerzo y la deformacin son proporcionales hasta alcanzar el punto H , que es el lmite de proporcionalidad . El hecho de que haya una regin en la que el esfuerzo y la deformacin son proporcionales, se denomina Ley de Hooke . De H a E , el esfuerzo y la deformacin son proporcionales; no obstante, si se suprime el esfuerzo en cualquier punto situado entre O y E , la curva recorrer el itinerario inverso y el material recuperar su longitud inicial. En la regin OE , se dice que el material es elstico o que presenta comportamiento elstico, y el punto E se denomina lmite de elasticidad o punto cedente. Hasta alcanzar este punto, las fuerzas ejercidas por el material son conservativas; cuando el material vuelve a su forma original, se recupera el trabajo realizado en la produccin de la deformacin. Se dice que la deformacin es reversible. Si se sigue cargando el material, la deformacin aumenta rpidamente, pero si se suprime la carga en cualquier punto ms all de E , por ejemplo C , el material no recupera su longitud inicial. El objeto pierde sus caractersticas de cohesin molecular. La longitud que corresponde a esfuerzo nulo es ahora mayor que la longitud inicial, y se dice que el material presenta una deformacin permanente . Al aumentar la carga ms all de C , se produce gran aumento de la deformacin (incluso si disminuye el esfuerzo) hasta alcanzar el punto R , donde se produce la fractura o ruptura. Desde E hasta R , se dice que el metal sufre deformacin plstica . Una deformacin plstica es irreversible. Si la deformacin plstica entre el lmite de elasticidad y el punto de fractura es grande, el metal es dctil. Sin embargo, si la fractura tiene lugar despus del lmite de elasticidad, el metal se denomina quebradizo.

La mayor parte de las estructuras se disean para sufrir pequeas deformaciones, que involucran solo la parte lineal del diagrama esfuerzodeformacin, donde el esfuerzo P es directamente proporcional a la deformacin unitaria D y puede escribirse: P = Y.D. Donde Y es el mdulo de elasticidad o mdulo de Young.