Sunteți pe pagina 1din 2

INTRODUCERE N GENOMICA Conceptul de genom: Pentru o definitie corecta a notiunii de genom trebuie sa tinem cont de urmatoarele: -celulele eucariote

e con t in mai multe feluri (tipuri) de genomuri : nucleare, plastidiale si/sau mitocondriale (criteriul localizarii compartimentale specifice) la care se adauga moleculele ADN miniaturale (plasmidele); exceptnd plasmidele, fiecare genom eucariot a reprezentat cndva, n evolutie, zestrea genetica a unei celule singulare; -n conditii normale, fiecare genom reprezinta o unitate structural- func t ional a care se transmite, ca atare, de la o celul a la alta , de la un organism la altul, prin mecanisme specifice: mitoza, meioza, diviziunea organitelor (mitocondrii si plastide), autoreplicarea urmata de schimbul intercelular de plasmide

Genomurile virale: Constau n ADN (dezoxiribovirusuri) sau ARN (ribovirusuri) si sunt reprez de fragmente liniare sau circulare, mono- sau dublu-catenare, chiar si segmentate. Pentru a putea fi transcrise n celula-gazda, multe genomuri virale au aceeasi preferentialitate de utilizare a codonilor ca aceasta Polimerazele virale nu au activitate exonucleazica, astfel nct genomurile acumuleaza mutatii cu o frecventa foarte mare (n special dezoxiribovirusurile monocatenare). Unele genomuri ale ribovirusurilor au regiuni poliA la capatul 3, ceea ce face ca celula gazda sa le considere ARNm, si sa le traduca n proteine Ribovirusurile au att la capatul 3 ct si 5 regiuni care nu sunt traduse, cu rol n replicare, iar altele sunt sens-pozitive, adica pot fi traduse n proteine imediat dupa infectie. Exista si ribovirusuri sens-negative, materialul lor genetic trebuind sa fie copiat ntr-o catena de ARN complementara, sau revers-transcris ntr-o molecula de ADN. Exista ribovirusuri ambisens, cu regiuni sens si ambisens n acelasi genom Dezoxiribovirusurile au genomuri liniare(au la capete segmente palindromice, pentru formarea acelor de par) sau circulare. Unele genomuri foarte mici (2-5 Kb) contin toate genele necesare virusului, codificnd proteine cu ambele catene. Genomurile herpesvirusurilor sunt mari (pna la cca 230 Kb), si contin o regiune lunga si o una scurta, ncadrate de secvente repetate invers , iar fiecare gena a herpesvirusurilor este exprimata cu ajutorul propriului sau promotor, de aici si marimea mare a genomurilor Genomurile adenovirusurilor au marime medie (30-40 Kb), sunt liniare si au 30-40 gene. Contin un numar limitat de promotori, sinteza proteinelor efectundu-se prin splicing alternative. Unele virusuri au genomul segmentat , materialul genetic fiind mpartit n doua sau mai multe fragmente aflate n aceeasi capsida (nvelisul proteic al virusului) insa ex si virusuri multipartite (bipartite, tripartite etc), acestea avnd genomul segmentat n doua sau mai multe fragente, fiecare fragment fiind mpachetat ntr-o particula virala separata

Genomurile procariotelor: Difera foarte mult de la un grup la altul, unele includ plasmide, nsa n general acestea nu sunt vitale pentru celula. n general sunt reprez de un singur cromozom de ADN circular; genele sunt grupate n operoni; genomurile contin foarte putine secvente repetate sau fragmente neinformationale, avnd n schimb asa-numitele segmente de insertie (IS), care denota prezenta elementelor genetice transpozabile n general genele procariotelor sunt mai scurte dect genele similare eucariote si pot dobndi gene noi prin transfer genic lateral (ex. prin conjugare, prin intermediul virusurilor) Genomurile eucariotelor : Sunt n general foarte mari, continnd peste 90% ADN neinformational (care nu se traduce n proteine), si sunt structurate n cromosomi; genele sunt transcrise separat (nu sunt grupate n operoni), si marea majoritate contin introni (segmente necodificatoare) ADN genomic este reprezentat, pe lnga ADN nuclear, de catre ADN mitocondrial (ADNmt) si ADN cloroplastidial (ADNcl) (organismele fotosintetizante) ce sunt reprez de cte o molecula circulara de AND si sunt de tip procariot (contin foarte putin ADN neinformational), si inclusiv preferentialitatea de utilizare a codonilor este diferita de ADN nuclear Proiecte genomice: Initiative stiintifice care urmaresc cunoasterea, prin secventare a genomului unui anumit org de importanta speciala, fie virus, procariot sau eucariot Exemple: Proiectul Genomului Uman; Proiectul Genomului musculitei de otet, Drosophila melanogaster; Proiectul Genomului drojdiei de bere, Saccharomyces cerevisiae; Selectia genomurilor pentru secventare si face pe baza: Marimea genomului; Costuri ; Relevanta pentru

bolile/afectiunile umane ; Relevanta pentru agricultura ; Relevanta pentru elemente de baza n biologie

Strategii de secven t are Secventarea Shotgun: Folosita pentru secventarea genomurilor mici : ADN genomic este taiat cu enzime de restrictie n fragmente mici de 2-20 Kb, cu care se obtin bibliotecile de clone; clonele sunt secventate de la ambele capete (ambele catene), iar secventele sunt asamblate; prin suprapunere, fragmentele de ADN sunt nlantuite, dnd nastere secventei ntregului genom Secventarea focalizata pe anumite regiuni este folosita n cazul genomurilor mari, utilizeaza biblioteci BAC : ADN genomic este fragmentat, fragmentele obtinute fiind incluse n BAC. Diferenta fata de WGS: clonele secventate provin din anumite regiuni, cunoscute, ale cromosomului, secventarea este focalizata pe regiuni mici ale genomului Pentru secventarea unui genom, clonele folosite sunt alese la astfel, un fragment de ADN poate sa fie secventat de 23 ori, n timp ce alte fragmente sa fie omise. Se impune secventarea unui numar de clone mai mare dect acela care ar acoperi ntregul genom o singura data. Daca un genom este acoperit o singura data prin secventarea clonelor, doar 63% va fi secventat, restul fiind reprezentat de secventari duble, triple etc ale acelorasi clone Formula lui Clarke si Carbon (1976)

X = gradul de acoperire al genomului L = lungimea fragmentului secventat (al clonei) (pb) N = Numarul de clone secventate G = lungimea genomului (pb

Asamblarea unui genom- este o problema dificila chiar si pentru programele de calculator: multe genomuri contin un mare numar de secvente repetate, identice; Secventele repetate pot fi formate, uneori, din mii de nucleotide, si ele pot fi localizate n mii de regiuni diferite, situatie ntlnita n genomurile mari (plante si animale); Rezultatul asamblarii unui genom: secven ta genomic a brut a (draft genomic sequence) = se combina informatia din secventele contigue (fragmentate), apoi se genereaza informatia de legatura pentru a se crea un schelet (scaffolds). Aceste schelete de secvente continue sunt apoi pozitionate de-a lunul unei h a r t i fizice a cromosomului, formnd o harta preliminara Hart a fizic a vs. Hart a genetic a Harta fizic a a unui cromosom indica pozitia (distanta fizica) unei anumite gene fata de o alta gena. Harta genetic a a unui cromosom este construita pe baza frecventei de recombinare a genelor, si nu pe distanta fizica dintre gene

Adnotarea unui genom : Este procesul prin care se adaug a informa t ia biologic a unei anumite secven t e de ADN draft si are doua etape principale: Adnotarea structurala = Identificarea elementelor genomice; Adnotarea functionala = Atasarea informatiei biologice acestor elemente genomice; .