CANCERUL SI GENOMICA

P. Andrew Futreal, Arek Kasprzyk, Ewan Birney, James C. Mullikin, Richard Wooster & Michael R. Stratton

SCOPUL EXPERIMENTULUI
Unul din scopurile principale ale cercetarii cancerului este identificarea genelor care dau nastere la oncogene Au fost cautate astfel de gene pornind de la secventa genomului uman dar nu au fost descoperite noi oncogene S-au cautat modificari oncogenice ale secventelor genelor in celule canceroase, comparand secventele genomice din celule canceroase cu secvetele genomului uman. Metoda prezinta un grad mare de rezultate fals pozitive

CANCERUL
Toate tipurile de cancer sunt provocate de anomalii la nivelul secventelor genelor De-a lungul vietii ADN din celulele umane este supus la mutatii si la greseli in replicare, ceea ce provoaca modificari subtile Ocazional una din aceste mutatii somatice modifica functionarea unei gene critice, ceea ce furnizeaza un avantaj de crestere celulei in care se produce si conduce la nasterea unei clone pornind de la aceasta celula. Au fost identificate in jur de 30 gene supresoare tumorale si mai mult de 100 oncogene dominante

Identificarea genelor implicate in cancer

Singura metoda de a identifica astfel de gene era localizarea lor intr-o anumit regiune din genom prin diferite tehnici de cartare, apoi screeningul genelor din aceasta regiune. Informatile obtinute astfel erau adesea confuze si uneori gresite

Numeroase gene ale cancerului nu lasa identificatori in genom deci, nu pot fi detectate pe aceasta cale

Utilizarea secventei genomului uman pentru identificarea de noi gene ale cancerului
1
Generarea unei liste mai lungi de posibili candidati prin cautarea asemanarilor cu genele cunoscute ale cancerului Nivelul de stringenta al acestei cercetari la nivelul proteinelor a fost o identitate a aminoacizilor de 50% sau mai mult pentru un minim de 50 aminoacizi Nu au fost descoperite noi gene implicate in cancer; acest lucru s-ar putea datora unui deficit in setul de proteine In mod previzibil, atunci cand a scazut stringenta cercetarii, numarul de potriviri a crescut, dar multe din acestea sunt discutabile.

 Pentru a confirma rezultatele s-a realizat o cautare exhaustiva a unei gene (TP53) fata de schita generala a genomului uman, luand in considerare orice posibila predictie genica sau orice cadru de citire Nici aceasta cercetare aditionala nu a condus la detectia de noi asemanari. Lipsa de noi oncogene poate reflecta importanta medicala si biologica a familiilor genice implicate in cancer. Asemanari si paralele ar putea fi ascunse in regiuni inca nesecventiate ale genomului uman sau au reusit sa scape detectiei datorita deficientei predictiei genice

2
S-a incercat utilizarea bibliotecilor de secvente ADNc (programul CGAP) in conjunctie cu secventa genomului uman pentru a cauta un tip nou de alterare in cancer. Rearanjamentele genelor care duc la activarea oncogenelor pot aparea ca rezultat al translocarilor cromosomale. Au fost studiate toate secventele de ADNc obtinute din probe de tesut normal si din probe neoplazice. Au fost selectate clonele din care s-au obtinut doua secvente (215.889 clone normale si 25.446 clone cancer). S-a cautat apoi in secventa genomica pentru potriviri ale acestor secvente pereche de ADNc care ar permite localizarea lor cromosomala.

 Majoritatea perechilor de secvente din aceeasi clona de ADNc au fost cartate in aceeasi pozitie in genom. Dar au fost cateva perechi derivate dintr-o singura colna ADNc care au fost localizate in doua regiuni diferite ale genomului care ar putea reprezenta transcripti ai genelor chimerice

Analizele efectuate au evidentiat proportii egale de transcripti aparent chimerici atat in tesuturile normale cat si in cancer (3% din clone in ambele cazuri), indicand un grad semnificativ de rezultate fals pozitive

CONCLUZII
Secventa genomului uman nu va releva imediat natura anomaliilor genomice implicate in cancer este nevoie de secventa finala a genomului uman, care va furniza un cadru de lucru pentru o noua generatie de comparatii la scara mare intre celulele canceroase si genomul normal Sunt necesare noi tehnologii; in prezent nu exista nici o tehnologie care sa detecteze toate tipurile de anomalii (deletii mari, rearanjamente, substitutii, insertii si deletii mici, amplificari, modificari epigenice precum metilarea) prezente in celulele canceroase.

CONCLUZII
noi strategii diferite de cele care depind de localizarea genomica primara si va permite studierea sistematica a genomului pentru descoperirea de mutatii. Sunt necesare eforturi si costuri foarte mari pentru acoperirea rezonabila a intregului genom.