Degradacin de Protenas

La degradacin de las protenas desempea importantes funciones, ya sea por la modulacin de los niveles intracelulares de protenas especficas (protelisis limitada), como por la eliminacin de protenas anormales. La degradacin de las protenas, y de los biopolmeros en general, no fue considerada por mucho tiempo como un mecanismo necesario en la homeostasis de clulas y tejidos. Actualmente se sabe que en la degradacin de determinadas protenas reside el control de diversos procesos biolgicos. Algunos fundamentales, como la progresin del ciclo celular.

Recambio
Las protenas de clulas y tejidos estn sujetas a una biosntesis y degradacin continua. Muchos de los aminocidos liberados durante ese recambio se reutilizan en la sntesis de nuevas protenas. Una persona de 70 Kg de peso, consume 100 g de protena al da y excreta una cantidad equivalente de productos nitrogenados. Sin embargo, estudios con marcadores radiactivos indican que se sintetizan 400 g y se degradan 400 g

La degradacin es ejecutada por proteasas, llamadas modernamente peptidasas

Se podran distinguir exopeptidasas y endopeptidasas

Clases de proteasas o peptidasas

LAS MS IMPORTANTES EN BIOCATLISIS SON: 1. SERINA PROTEASAS 2. ASPARTIL PROTEASAS 3. METALOPROTEASAS 4. CISTEIN PROTEASAS LAS SERINA PROTEASAS SON LAS MS UTILIZADAS: SE SUBDIVIDEN EN: GRUPO A: Tripsina; Quimotripsina; Elastasa; Trombina GRUPO B: Subtilisina y homlogos Los miembros de cada grupo tienen un ancestro comn, Los grupos A y B se han hecho similares a travs de un proceso de evolucin convergente

Peptidasas segn su accin

E.C.3.4.-.- Acting on peptide bonds (peptide hydrolases). There are 1582 PDB entries in enzyme class E.C.3.4.-.E.C.3.4.11.- Aminopeptidases. [ 46 PDB entries ] E.C.3.4.13.- Dipeptidases. [ 8 PDB entries ] E.C.3.4.14.- Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases. [ 4 PDB entries ] E.C.3.4.15.- Peptidyl-dipeptidases. [ 3 PDB entries ] E.C.3.4.16.- Serine-type carboxypeptidases. [ 27 PDB entries ] E.C.3.4.17.- Metallocarboxypeptidases. [ 35 PDB entries ] E.C.3.4.18.- Cysteine-type carboxypeptidases. [ 1 PDB entry ] E.C.3.4.19.- Omega peptidases. [ 6 PDB entries ] E.C.3.4.21.- Serine endopeptidases. [ 780 PDB entries ] E.C.3.4.22.- Cysteine endopeptidases. [ 122 PDB entries ] E.C.3.4.23.- Aspartic endopeptidases. [ 338 PDB entries ] E.C.3.4.24.- Metalloendopeptidases. [ 196 PDB entries ] E.C.3.4.25.- Threonine endopeptidases. [ 2 PDB entries ] E.C.3.4.99.- Endopeptidases of unknown catalytic mechanism. [ 14 PDB entries ]

Accin de serina proteasas

Accin de Metalo Proteasas

Sistemas Proteolticos
Existen evidencias de protenas degradadas en las mitocondrias, en los cloroplastos, en el lumen del retculo endoplsmico y en endosomas. Sin embargo, los sistemas principales de proteolisis caracterizados se encuentran en los lisosomas o vacuolas en el citosol .

Sistema lisosomal vacuolar

Funciones del lisosoma

Fagocitosis

Modos de captacin lisosomal

Seal KFERQ para transferencia directa al lisosoma Lys-Phe-Glu-Arg-Gln

KFERQ

Sistema citoplasmtico o neutro de CALPANAS

Calpanas: son una familia de proteasas dependientes de calcio relacionadas con el procesamiento de numerosas enzimas y protenas del citoesqueleto. El control de la actividad de estas proteasas est determinado por las concentraciones de calcio y por la presencia de calpastatina (su inhibidor endgeno). Cada calpana completa es una molcula heterodimrica. El monmero mayor presenta el dominio que produce la proteolisis y es variable segn su requerimiento de Ca. El monmero menor es la subunidad reguladora conservada en todas las calpanas. La calpana I acta con baja concentracin (M) de Ca2+. La II requiere ms Ca2+ (mM) . El nivel celular normal corresponde a Calpana I. La II sera activa cuando el influjo de Ca aumenta, como en la apoptosis.

Calpanas

micro

Seal PEST para calpana

PEST y Calpanas

Sistema neutro de proteolisis Ubiquitina > Proteasoma

AMP ATP
Ub

Ubiquitina (7)

E1 (1) (2)

Ub

E3 Protena

(3) E2
Ub Ub Ub Ub Ub Ub

E3 (4) E3 E2 Protena
Ub

Protena

Pptidos ADP (6) ATP Protena

Ub Ub Ub Ub Ub

(5)

Proteasoma 26S

Degradacin Mediada por Ubiquitina

Cuando son complejos proteicos, los E3 se denominan SCF, los cuales contienen una protena tipo F-box, Culin-1 y una protena con RING finger o HECT domain.

Ubiquitina

Unin isopeptdica

Las protenas E3 son capaces de transferir la Ubiquitina a un amino de Lys de la protena a degradar, por lo cual realizan un enlace isopeptdico

Poliubiquitinacin

Para que una protena sea eficientemente degradada debe unir al menos cuatro ubiquitinas

Proteasoma

Regla del N- terminal

Ubiquitina y N - terminal

Fases del proteasoma

La regla del N-terminal

Reconocimiento del N-terminal

Ubiquitinacin

Esquema del Proteasoma

El Proteasoma

Proteasoma 26S

Sitios del proteasoma

Degradacin en Ncleo

Lactacystin

Utilidad de los Inhibidores del Proteasoma

Ubiquitina y ATP

Degradacin Mediada por Ubiquitina

Esquema del Proteasoma

La progresin del ciclo celular depende de una protenas denominadas ciclinas especficas de cada fase. Las distintas ciclinas se degradan por ubiquitinacin
Fase 1
CdK ciclina1 ciclina1

Fase 2
ubiquitinacin

proteasoma

F-box protein
ubiquitinizacin represor

ciclina2

represor

F-box protein
CdK ciclina2

F-box protein

Divisin Celular

Modelo de percepcin de auxinas en plantas

SCF complex TIR-1 Aux-IAA
ARF

represor

Factor de transcripcin

SCF complex

auxin

TIR-1 Aux-IAA
ARF

transcripcin

proteasoma

ubiquitinacin

Recambio Proteico
Estn sujetos a una biosntesis y degradacin continua. Muchos de los aminocidos liberados durante el recambio son reutilizados en la sntesis de nuevas protenas. En una persona de 70 Kg de peso, consume 100 g de protena al da y excretar una cantidad equivalente de productos nitrogenados, sin embargo los estudios con marcaje radioactivo indican que se sintetizan 400 g y se degradan 400 g

Recambio
Las protenas presentan una enorme variabilidad en cuanto a su vida media que va de pocos minutos a meses. Ej albmina =21 das, Hb = 120 das Las que se segregan a un medio extracelular como las enzimas digestivas, las hormonas y los anticuerpos su recambio es rpido. En cambio las que son estructurales como el colgeno son ms estables.

Importancia del recambio

Constituye un camino para la adaptacin celular a las modificaciones del medio ambiente. Ej: esporulacin Enzimas: Proteasas intracelulares: Ej. Calpanas (Ca+2), proteasoma (ATP). P. Lisosmicas: Ej Catepsinas

Seales qumicas para la degradacin de protenas

Ubiquitinacin: la ubiquitina se une a los grupos de lisina formando complejos degradables por el proteasoma Oxidacin de determinados residuos catalizada por metales. El Fe+2 y el OH- a los residuos de prolina y arginina Secuencias PEST. Regiones de 12 a 60 residuos ricas en Pro, Glu, Ser y Thr. Hay residuos N- terminales que determinan vidas medias cortas. Por ejemplo: Phe, Leu, Tyr, Trp, Lys, Arg.