Sunteți pe pagina 1din 101

Aminoacizi si Proteine

Proteinele sunt macromolecule din sistemele vii care indeplinesc functii majore pentru celula: rol de catalizatori; rol de transport si depozitare a anumitor molecule (O 2 ), in sustinerea mecanica, in imunitate, in transmiterea impulsului nervos, in coordonarea cresterii si diferentierii celulare.

Proteinele sunt polimeri constituiti din unitati monomerice numite aminoacizi.

aminoacizi

aminoacid

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Aminoacizi

= acizi aminaţi, sunt compuşi chimici cu masă moleculară mică, ce conţin în molecula lor două funcţii caracteristice: o

grupare carboxilică (-COOH) şi o grupare aminică (-NH 2 ) si un radical (R) alifatic sau aromatic care contine diferite grupari functionale: hidroxil, sulfhidril, carboxil, amino, guanidino, fenil, indol, imidazol etc.

În natură se întâlnesc peste 150 aminoacizi, dintre care 20 sunt universal

răspândiţi.

Aminoacizii din constituţia proteinelor prezintă totdeauna gruparea aminică în poziţia faţă de gruparea carboxilică.

O Acid Amina H 2 N C OH C ? R H
O
Acid
Amina
H 2 N
C
OH
C
?
R
H

Proprietati fizice ale aminoacizilor

Solubilitatea aminoacizilor în apă este variată (între 162 g % pentru prolină şi 0.01 % pentru cisteină). Toţi

aminoacizii se dizolvă în baze şi acizi diluaţi.

Cu excepţia glicocolului, aminoacizii sunt substanţe optic active, datorită existenţei în molecula lor a cel puţin unui atom de carbon asimetric (C).

Stereoizomerii aminoacizilor

Se disting două serii sterice. Seria L şi seria D, în funcţie de dispoziţia grupării α-aminice: spre stânga - pentru seria L (sau configuraţia S, "sinister"), sau spre dreapta - pentru seria D (sau configuraţia R, "rectus"), dacă în formula de proiecţie plană

(Fischer) carboxilul este figurat în partea de sus.

Sensul de rotaţie a planului luminii polarizate nu depinde de apartenenţa la seria sterică. Activitatea optică se notează şi la aminoacizi cu (+) - spre dreapta ("dextrogir"), şi (-) - spre stânga ("levogir").

H 2 N

COOH

CH

CH

H

R

L

COOH

C

C

NH 2

R

D

Stereoizomerii

aminoacizilor

L-aminoacizii

Majoritatea aminoacizilor naturali fac parte din seria L ("levo"). Proteinele animale sunt formate numai din L- aminoacizi, legaţi între ei prin legături peptidice: -CO- NH-.

La microorganisme, precum şi în unele tumori maligne au fost găsiţi şi aminoacizi cu configuraţia D (“dextro").

Clasificarea aminoacizilor

Dupa polaritatea si sarcina radicalului:

1) Aminoacizi cu radical R nepolar 2) Aminoacizi cu radical R polar 3) Aminoacizi acizi (monoamino-dicarboxilici)

4) Aminoacizi bazici

1) Aminoacizi cu radical R nepolar

Au catena laterală alcatuita din hidrocarbură pură: glicocol (glicină), alanină, valină, leucină, izoleucină, fenilalanină, prolină, metionina;

cistina Sunt hidrofobi

Au rol de a stabiliza structura proteinelor prin interactiuni hidrofobe.

1) Aminoacizi cu radical R nepolar • Au catena laterală alcatuita din hidrocarbură pură: glicocol (glicină),

2) Aminoacizi cu radical R polar

Au un radical polar cu grupări neionizate în catenă: serină, treonină, cisteină, triptofan, tirozină, asparagină, glutamină.

Sunt mai hidrofile, deoarece gruparile functionale ale radicalului polar stabilesc punti de H cu apa.

Triptofanul si tirozina sunt partial hidrofobe si mult mai polare decat fenilalanina. Intra in constitutia centrilor activi ai unor enzime. Cei doi aminoacizi aromatici absorb lumina UV la ~280 nm.

2) Aminoacizi cu radical R polar • Au un radical polar cu grupări neionizate în catenă:

3.Aminoacizi acizi (monoamino-dicarboxilici)

conţin în radicalul R o a doua grupare carboxilică, ce le conferă caracter acid: acidul aspartic (asparaginic), acidul glutamic.

3.Aminoacizi acizi (monoamino-dicarboxilici) • conţin în radicalul R o a doua grupare carboxilică, ce le conferă

4. Aminoacizi bazici

conţin în radicalul R o grupare bazică suplimentară:

lizină, arginină, histidină.

4. Aminoacizi bazici • conţin în radicalul R o grupare bazică suplimentară: lizină, arginină, histidină.

Aminoacidul

Denumirea chimică

Prescurtarea

Denumirea

radicalului

Conform nomenclaturii biochimice stabilite de IUB şi IUPAC, simbolurile aminoacizilor sunt din 3 litere, sau dintr-o singură

literă. Simbolul din 3 litere se foloseşte când se compară secvenţa

aminoacizilor cu codificarea

lor genetică, sau când se

compară între ele secvenţe

unor peptide; simbolul cu o

singură literă este utilizat în studiile secvenţei

aminoacizilor din proteine.

IUB ("International Union of Biochemistry"); IUPAC ("International Union of Pure and Applied Chemistry").

1.

Alanină

2.

Valină

3.

Leucină

4.

Izoleucină

5.

Prolină

6.

Fenilala-

nină

7.

Triptofan

8.

Metionină

9.

Glicocol

(glicină)

10.

Serină

11.

Treonină

12.

Cisteină

13.

Tirozină

14.Aspara-gină

15.Glutamină

16.

Acid

aspartic

17.

Acid

glutamic

18.

Lizină

19.

Arginină

20.

Histidină

Acid -aminopropionic

Acid

-

Ala

Val

aminoizovalerianic

Acid -aminoizocaproic

Acid

-amino --

Leu

Ile

metilvalerianic

Acid

carboxilic

pirolidin-2 -

Acid -amino --

Pro

Phe

fenilpropionic

Acid -amino --3 indolil-

propionic

Acid -amino --tiometil-

n butiric

Acid -aminoacetic

Acid

-amino --

Trp

Met

Gly

Ser

hidroxipropionic

Acid -amino --

Thr

hidroxibutiric

Acid -amino --

mercaptopropionic

Acid -amino --p -

Cys

Tyr

hidroxifenilpropionic

Acid -monoamida

Asn

acidului aminosuccinic

Acid monoamida

Gln

acidului glutamic

Acid -aminosuccinic

Acid -aminoglutaric

Acid , -diaminocaproic

Acid

-amino --

Asp

Glu

Lys

Arg

guanidino valerianic

Acid -amino --

His

imidazolpropionic

A

V

L

I

P

F

W

M

G

S

T

C

Y

N

Q

D

E

K

R

H

alanil

valil

leucil

izoleucil

prolil

fenilalanil

triptofanil

metionil

glicil

seril

treonil

cisteinil

Tirozil

Asparagini

l

Glutaminil

Aspartil

Glutamil

lizil

arginil

histidil

Aminoacizi esentiali pentru organismul uman

= aminoacizii pe care organismul uman, ca şi cel al

majoritătii animalelor nu îi poate sintetiza din lipsa unor

sisteme enzimatice adecvate sau a unor precursori disponibili.

Valina, izoleucina, leucina, treonina, metionina,

fenilalanina, triptofan, lizina, arginina, histidina

Aminoacizi care intră doar în structura unui

grup restrâns de proteine

In afara celor 20 aminoacizi,

există şi aminoacizi aminoacizi intră doar în structura unui grup restrâns de proteine, cum sunt 5- hidroxiprolina şi 5-hidroxilizina, care intră în structura colagenului, sau N-metillizina,care intră în structura actinei (o proteină musculară).

Aceşti aminoacizi provin din aminoacizii naturali prolină şi lizină, cu structură modificată “postsintetic”.

Aminoacizi care intră doar în structura unui grup restrâns de proteine • In afara celor 20

Aminoacizi care nu intra in structura

proteinelor

Aminoacizii care nu intră niciodată în structura

proteinelor dar care au un rol

metabolic si structural important pentru organism:

β-alanina (intră în structura coenzimei A), acidul γ- aminobutiric (prescurtat GABA, este un mediator chimic la nivelul sistemului nervos central), 5- hidroxitriptofanul (precursor al serotoninei - o "amină biogenă"), ornitina şi citrulina (intermediari în sinteza ureei), homocisteina şi homoserina (intermediari în metabolismul unor aminoacizi).

Aminoacizi care nu intra in structura proteinelor Aminoacizii care nu intră niciodată în structura proteinelor dar

Proprietăţile acido-bazice ale aminoacizilor

Având în moleculă atât grupări acide cât şi bazice, aminoacizii au caracter amfoter, acţionând astfel fie ca acid (donor de protoni), fie ca bază (acceptor de protoni).

În soluţie, gruparea carboxilică poate să disocieze de H + , căpătând sarcină negativă (COO - ), iar gruparea aminică, bazică, poate prelua

ioni de H + (poate fi protonată), căpătând sarcină pozitivă (-NH

3

+ ).

Dacă ambele grupări funcţionale ale unui aminoacid au sarcini, se

obţin zwitterioni (din germana ioni hibrizi )=amfiioni.

 

COOH

+ H N

+

H 3 N

CH

R

Cation

(mediu acid)

+ H +

COO - + H 3 N CH R Ion hibrid
COO -
+
H 3 N
CH
R
Ion hibrid

(amfion)

 

COO -

+ OH -

H N

H 2 N

CH

R

COO + OH H N CH R H O

H 2 O

Anion (mediu bazic)

Caracterul amfoter al aminoacizilor

In mediul acid (exces de ioni H + ), gruparea carboxilică negativă a unui amfiion (-COO - ) este ocupată de H + , pierzându-şi sarcina (-COOH); rămâne astfel încărcată cu sarcină pozitivă doar

gruparea aminică (-NH

+

3

). În

mediul acid, aminoacidul este

încărcat pozitiv.

In mediul bazic (exces de ioni

OH - ), gruparea aminică (-NH + ) a unui amfiion eliberează H + , care se va combina cu OH - pentru a

3

forma H

2

O. Gruparea aminică îşi

pierde sarcina, rămânând încărcată negativ doar gruparea carboxilică. In mediul bazic

aminoacidul este încărcat

negativ.

 

COOH

+ H N R

+

H 3 N

R

CH

Cation

(mediu acid)

 

COOH

+ H N

+

H 3 N

CH

R

Cation

(mediu acid)

+ H +

COO - + H 3 N CH R Ion hibrid
COO -
+
H 3 N
CH
R
Ion hibrid

+ H +

(amfion) COO - + H 3 N CH R
(amfion)
COO -
+
H 3 N
CH
R
 

COO -

+ OH -

H N R

H 2 N

R

CH

CH

H 2 O

 

Anion (mediu bazic)

 

COO -

+ OH -

H N

H 2 N

CH

R

COO + OH H N R CH H O Anion (mediu bazic) COO + OH H

H 2 O

Ion hibrid

(amfion)

Anion (mediu bazic)

•Disocierea grupărilor acide şi bazice ale aminoacizilor este

guvernată de legea acţiunii maselor, ca şi în cazul bazelor şi acizilor

slabi; fiecărei grupări funcţionale îi corespunde o constantă de disociere (K), a cărei logaritm negativ este numit pK. Valoarea pK1 a grupării acide este 2,0-2,5; pentru gruparea aminică pK2 este 9,0-

9,5.

Forma zwitterionica Ambele grupari deprotonate Ambele grupari protonate concentratie
Forma zwitterionica
Ambele grupari
deprotonate
Ambele grupari
protonate
concentratie

Punctul izoelectric al aminoacizilor

Aminoacizii dizolvaţi în medii ionizate prezintă fenomenul de migrare în câmp electric, fenomen ce poartă numele de ionoforeză.

În soluţii acide, moleculele ionizate vor migra spre catod (-), iar în soluţii alcaline spre anod (+).

Pentru fiecare dintre aminoacizi există o valoare de pH, numit pH izoelectric sau punct izoelectric (notat pI), la care molecula este neutră, iar fenomenul de migrare electroforetică încetează. La

punctul izoelectric, numărul sarcinilor pozitive şi negative sunt egale

(aminoacidul este deci electroneutru), disocierea lui ca acid fiind

egală cu disocierea ca bază.

În medii cu pH mai mic decât pI, aminoacidul se va comporta ca bază, iar la pH mai mare decât pI el se va comporta ca acid. Astfel, aminoacizii pot îndeplini funcţia de tampon acido-bazic în organism, proprietate manifestată mai pregnant în jurul valorii pK1 şi pK2.

Valorile de pK si pI ale aminoacizilor
Valorile de pK si pI ale aminoacizilor

Proprietăţile spectrale ale aminoacizilor

Aminoacizii aromatici ca: fenilalanina, tirozina şi triptofanul sunt responsabili de absorbţia în UV (cu un maxim

cuprins între 275 nm şi 285 nm) a majorităţii proteinelor. Dintre cei trei

aminoacizi, triptofanul absoarbe cel

mai intens radiaţia UV.

Aceste proprietati spectrale ale aminoacizilor aromatici (absorbtia in

jur de 280 nm) sunt utilizate pentru

determinarea spectrofotometrică a concentraţiei unor proteine în soluţii.

Fenilalanina, tirozina şi triptofanul prezintă şi fenomenul de fluorescenţă, emiţând lumina absorbită la lungimi de undă superioare domeniului UV.

Proprietăţile spectrale ale aminoacizilor • Aminoacizii aromatici ca: fenilalanina, tirozina şi triptofanul sunt responsabili de absorbţia

Spectrul de absorbţie în UV

a aminoacizilor, la pH 8

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare,proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Legatura peptidica

Legătura peptidică este legătura formată in urma reactiei de condensare între gruparea carboxilică (-COOH) de la C1 a unui aminoacid şi gruparea aminică (-NH 2 ) de la C2 a altui aminoacid, cu eliminarea unei molecule de apă.

H H H 2 N C COOH H N C 2 R R 2 2
H
H
H 2 N
C
COOH
H
N
C
2
R
R
2
2

COOH

-H 2 O

Legatura peptidica • Legătura peptidică este legătura formată in urma reactiei de condensare între gruparea carboxilică

H 2 N

H H C CO NH C R R 1
H
H
C
CO
NH
C
R
R
1

COOH

2

Gruparea -CO-NH-, caracteristică legăturii peptidice, alternând cu grupări metinice formează "coloana vertebrală“ (din engl. backbone)

a catenei polipeptidice.

Legatura peptidica • Legătura peptidică este legătura formată in urma reactiei de condensare între gruparea carboxilică

Reprezentarea grafica a legaturii peptidice

Reprezentare grafică se poate realiza printr-o linie în zig zag, atunci când configuraţia ei este determinată numai de unghiurile de valenţă ale atomilor de carbon. De acest schelet se fixează la nivelul carbonilor metinici resturile R caracteristice aminoacizilor constituenţi, orientate alternativ de-o parte şi de alta a lanţului. Perioada de identitate este de 0,723 nm, între carbonul α al unui aminoacid şi carbonul α a celui de al treilea aminoacid

Reprezentarea grafica a legaturii peptidice • Reprezentare grafică se poate realiza printr -o linie în zig

0.723 nm

Formarea şi geometria legăturii peptidice

Mezomeria lactam-lactimică se datoreaza oscilarii dublei legături dintre atomul de carbon şi oxigen, la atomul de carbon şi azot,

datorită transportului alternativ al unui electron între NH şi CO. Rolul mezomeriei lactam-lactimica: determina structura peptidelor şi proteinelor.

C
C

O

H N   + C - O
H
N
+
C
-
O

H

N

Formarea şi geometria legăturii peptidice • Mezomeria lactam- lactimică se datoreaza oscilarii dublei legături dintre atomul

Dispunerea in plan a atomilor legaturii peptidice

Atomii legăturii peptidice sunt într-un plan, ceea ce conferă rigiditate legaturii amidice (peptidice). Aceasta orientare a legaturii peptidice are importanţă pentru conformaţia spaţială a

catenei polipeptidice.

Legatura peptidica
Legatura
peptidica

Legătura peptidică poate să existe în două forme: "cis" şi "trans". Forma "cis" este foarte rar întâlnită în structura proteinelor. Forma "trans" este mai stabilă din punct de vedere energetic, deoarece este mai săracă în energie - aproximativ 2 kcal/mol (respectiv 8,36 kJ/mol).

Flexibilitatea atomilor legaturii peptidice

Catena polipeptidică are flexibilitate numai la nivelul legăturilor ce implică participarea carbonilor metinici, capabile să execute astfel de rotiri. Astfel, se pot efectua rotiri la nivelul legăturilor dintre C2 (C) şi CO (notată Psi () ), precum şi dintre C2 şi NH (notata cu Phi () ).

Psi () Phi () Rigiditatea legaturii peptidice
Psi ()
Phi ()
Rigiditatea legaturii peptidice

Diagrama Ramachandran

Conform acestei diagrame (contine 4 cadrane), atomii nelegati chimic din structura aminoacizilor adiacenti se pot apropia intre ei pana la o distanta maxima egala cu suma razelor van der Waals.

Pentru un numar mare de proteine se calculeaza diagrama Ramachandran care arata in 3 cadrane combinatiile posibile ale celor doua unghiuri Psi () ), si Phi () ). Pentru fiecare aminoacid se obtin zone de maxima densitate notate cu α, β si L.

L α β
L
α
β

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice

Puntea de hidrogen

- Puntea de hidrogen (numită şi legătura de hidrogen) se poate realiza

în situaţia în care un atom de hidrogen este amplasat între doi

atomi, ambii electronegativi. De exemplu, in catena polipeptidică, potenţialul de donare de hidrogen este reprezentat de grupările NH, iar cel de acceptare de către grupările C=O ale aceleiaşi catene,

sau a unor catene învecinate. Cu alte cuvinte, puntea de hidrogen ar

reprezenta o acţiune de schimb dintre atomul de azot şi cel de oxigen, a hidrogenului aparţinând grupărilor NH şi CO.

Donor de

Acceptor de

Hidrogen

Hidrogen

•Puntea de H este mai slabă decât o legătură covalentă,

având doar 1/10 din energia de

legare; energia (entalpia de

formare) unei legături de

hidrogen este 2,39 kcal/mol (10

kJ/mol). Distanţa dintre atomul

de azot şi cel de oxigen nu trebuie să depăşească 0.28 nm, pentru ca între cei doi atomi să

se poată stabili o legătură de

hidrogen.

Alte legaturi din moleculele proteice

Puntea disulfurică

se formează între două grupări sulfhidrice aparţinând la două resturi de cisteină, prin dehidrogenare. Această legătură covalentă foarte puternică, având energia de legare de 50-100 kcal/mol (respectiv 208-418 kJ/mol), este rezistentă la hidroliza proteinei.

cisteina cistina cisteina
cisteina
cistina
cisteina

Alte legaturi din moleculele proteice

- Legătura ionică se realizeaza între o grupare -COOH liberă a unui aminoacid dicarboxilic dintr-o catenă polipeptidică şi o grupare -NH2 liberă a unui aminoacid

diaminic din aceeaşi catenă sau dintr-o catenă învecinată. Formarea şi menţinerea legăturilor ionice depind de pH-ul mediului. Energia de atracţie dintre cele două grupări încărcate cu sarcini de semn opus (NH 3 + şi COO - ), realizând o aşa-zisă punte salină, poate ajunge la cel mult -10 kcal/mol (respectiv -42 kJ/mol), la o

distanţă a sarcinilor egală cu 0,3 nm. Această energie

este de zece ori mai mare decât cea a forţelor van der Waals.

- Legătura eterică se realizează prin eliminarea unei molecule de apă dintre două grupări alcoolice aparţinând unor aminoacizi ca serina din catena polipeptidică.

Alte legaturi din moleculele proteice

  • - Forţele van der Waals. Între resturile aminoacizilor din catena polipeptidică se pot stabili legături apolare prin forţe van der Waals. Aceste forţe sunt de natura unor atracţii electrostatice şi sunt invers proporţionale cu puterea a 6-a a distanţei dintre atomi. Ele acţionează numai la distanţe foarte mici.

  • - Efect al forţelor van der Waals sunt aşa numitele "forţe hidrofobe" cu care catenele laterale ale aminoacizilor din lanţurile peptidice se atrag reciproc, orientându-se adesea spre interiorul macromoleculei proteice şi împiedică pătrunderea apei în anumite spaţii ale edificiului proteic. Forţele hidrofobe influenţează puternic structura spaţială a moleculelor proteice în soluţii apoase.

Alte legaturi din moleculele proteice - Forţele van der Waals . Între resturile aminoacizilor din catena

Peptide

Doi sau mai multi aminoacizi legati intre ei prin legaturi peptidice formeaza un peptid cu eliminarea de apa.

Asocierea a aminoacizilor prin legaturi peptidice: tripeptid, tetrapeptid, pentapeptid etc.

Structurile formate din putini aminoacizi legate prin legaturi peptidice= oligopeptide (<50).

Polipeptide: 50 si 2000 aminoacizi.

In general cand polipeptidele au greutati moleculare mai mari de 10 kDa se numesc proteine.

Extremitate Extremitate C-terminala N-terminala
Extremitate
Extremitate
C-terminala
N-terminala

Daltonul

Daltonul (Da) este o unitate de masă, apropiată cu cea a atomului de hidrogen (mai precis, este egală cu 1,0 pe

scala maselor atomice). A fost numită după John Dalton (1766-1844), care a dezvoltat teoria atomică a materiei.

Un kilodalton (1 kDa) este egal cu 1.000 daltoni.

Noţiunea de dalton este utilizată în biochimie pentru a

exprima masa moleculară a macromoleculelor (proteine,

acizi nucleici).

Masa moleculara medie a unui aminoacid este de aprox. 110 Da.

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Structura proteinelor

Proteinele prezintă patru nivele de organizare:

1) structura primară

2) structura secundară;

3) structura terţiară;

4) structura cuaternară. Structura Structura Structura Structura primară secundara tertiara cuaternara Aminoacizi legati prin legaturi peptidice
4) structura cuaternară.
Structura
Structura
Structura
Structura
primară
secundara
tertiara
cuaternara
Aminoacizi legati
prin legaturi
peptidice
Catena polipeptidica
Subunitatile proteice
asamblate

Nivele de organizare

structurala ale

proteinelor

Nivele de organizare structurala ale proteinelor • Elementele structurii secundare se combina si formeaza structura tertiara

Elementele structurii

secundare se combina si

formeaza structura tertiara

Structura cuaternara este caracteristica complexelor enzimatice.

Multe proteine sunt active in stare de homodimeri, homo/ heterotetrameri, etc

Structura proteica primara= Succesiunea aminoacizilor din structura proteinei

aminoacizi

Structuri β

α helix

Structura proteica secundara determinata de legaturi de H intre aminoacizi ai lantului polipeptidic

Structuri β

α helix

Structura proteica tertiara cand au loc diferite interactiuni (legaturi) intre elementele structurii secundare

Structura cuaternara care este prezenta cand proteina contine mai multe catene polipeptidice

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Structura primară a proteinelor

Structura primară este definită ca fiind succesiunea (secvenţa) aminoacizilor în lanţul polipeptidic. Această structură va determina în mod esenţial celelalte

planuri de organizare a macromoleculei proteice.

Prima secvenţă cunoscută a fost cea a insulinei, un polipeptid alcătuit din 51

aminoacizi; a fost realizată de Sanger în

1953.

Lanţul polipeptidic, înşiruire de aminoacizi

Structura primară a proteinelor • Structura primară este definită ca fiind succesiunea (secvenţa) aminoacizilor în lanţul

legaţi între ei prin legătură peptidică, are

la o extremitate o grupare -NH

2

liberă

(extremitatea amino-terminală sau N- terminală), iar la extremitatea cealaltă o grupare -COOH liberă (extremitatea

carboxi-terminală sau C-terminală).

Resturile R libere ale aminoacizilor din lanţul polipeptidic pot detine

grupari functionale care contribuie în ansamblu atât la stabilirea structurii

proteice, cât şi la realizarea interacţiunilor specifice dintre proteine sau

dintre proteine şi alţi compuşi organici (acizi nucleici, substratul

enzimatic, etc).

Denumirea unui lant oligo/polipeptidic

Prin convenţie, ordinea de prezentare a secvenţei începe întotdeauna cu aminoacidul care are gruparea aminică liberă (care devine astfel aminoacidul nr.1) şi se termină cu acela care are gruparea carboxilică liberă (care devine aminoacidul n). Altfel spus, prezentarea unei secvenţe începe cu extremitatea N-terminală.

Denumirea unui polipeptid se face enumerând radicalii aminoacizilor în ordinea secvenţei, începând cu cel de la extremitatea N- terminală; în această enumerare vor avea sufixul "-il" toţi aminoacizii a căror carboxil este legat peptidic, cu excepţia aminoacidului C- terminal care îşi va păstra terminaţia neschimbată.

Siclemia sau anemia falciforma (anemia cu

hematii in forma de secera)

Activitatea biologică

a proteinelor depinde de

particularităţile lor

structurale.

Modificarea

secvenţei,

înlocuirea, pierderea

(deleţia) sau

introducerea

(inserţia) unor

aminoacizi poate duce la modificarea

activităţii biologice.

Siclemia sau anemia falciforma (anemia cu hematii in forma de secera) • Activitatea biologică a proteinelor
Siclemia sau anemia falciforma (anemia cu hematii in forma de secera) • Activitatea biologică a proteinelor

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry (International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p301

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Structura secundară a proteinelor

Structura secundară este definită de poziţiile spaţiale pe care le au resturile R ale aminoacizilor, unul faţă de altul, de-a lungul aceleiaşi catene polipeptidice.

Poate un lant polipeptidic sa se plieze in mod regulat intr-o structura repetitiva?

In 1951, Linus Pauling si Robert Corey- 2 structuri repetitive: α helix si structura in foaie β pliata.

Ulterior, s-au evidentiat alte structuri nerepetitive:

structuri in “agrafa de par” (engl. "β-turn" sau "hairpin turn"), bucle (engl. loop), regiuni de intoarcere (engl. turn).

Toate aceste structuri repetitive si nerepetitive contribuie la formarea nivelului de organizare secundar al proteinei.

Structura α-spirală -helix)

Structura α-helicoidală se întâlneşte atât la proteinele fibrilare, cât şi la cele globulare.

Este cea mai raspandita

structura secundara prezenta in organizarea proteinelor. De exemplu, in cazul feritinei (proteina cu rol in depozitarea fierului) aprox. 75% din

structura este de tip α-helix.

Are forma unui tirbuson care se rasuceste spre dreapta.

Este formata din 4-40 aminoacizi.

resturi
resturi

Proprietatile α-helixului

Catena polipeptidică este înfăşurată pe o spirală. Fiecare spiră conţine 3,6 aminoacizi, iar distanţa dintre spire (perioada mică de identitate)

este de 0.54 nm, unui aminoacid revenindu-i 0.15 nm în pasul helixului. Gruparea CO a fiecarui aminoacid formeaza punti de

hidrogen cu hidrogenul grupării NH

a celui de al 4-lea aminoacid, care

urmeaza in structura lantului dupa

aminoacidul cu gruparea CO. Gruparea CO a unui aminoacid va

forma punti de H la o depărtare de 0,28 nm, distanţă ce asigură realizarea unei punţi de hidrogen.

Energia legăturilor de hidrogen

intracatenare asigură o deosebită

stabilitate structurii helicoidale a

catenei polipeptidice.

Stabilitatea α-helixului

Stabilitatea helixului poate fi influentata de compozitia structurii primare a proteinei.

Anumiti aminoacizi favorizeaza structura spiralata: Ala, Glu, Leu, Met. Alti aminoacizi intrerup structura helicala: Pro, Gly, Tyr, Ser.

Stabilitatea helixului este mult micşorată în stare dizolvată a proteinei. Acidul poliglutamic, de natură sintetică, are înfăţişare α-

helix în mediul acid, în timp ce în mediul bazic, datorită ionizării

grupărilor carboxilice laterale, respingerea lor electrostatică rupe legăturile de hidrogen şi molecula capătă o înfăşurare întâmplătoare

(din engl. "random coil").

Structura în “foaie pliată” (structura β)

Structura în “foaie pliată” (structura β) este asigurată tot prin punţi de

hidrogen realizate între mai multe

regiuni dintr-o catena polipeptidica

avand orientare paralelă sau antiparalelă.

Distanţa între 2 aminoacizi adiacenti

este de 0.35 nm.

În esenţă, modelul poate fi reprezentat

ca o foaie de hârtie pe care s-au desenat catene polipeptidice paralele

şi apoi pliată alternativ în sus şi în jos,

în dreptul carbonilor alfa. Catenele

laterale R ale aminoacizilor sunt

aşezate alternativ, de-o parte şi de alta a foii pliate, perpendicular pe crestele cutelor.

Structura în “foaie pliată” (structura β ) • Structura în “foaie pliată” (structura β ) este

Proprietatile structurii în “foaie pliată”

Un lant al unei structuri pliate este format din 5-10 sau mai multi aminoacizi.

Structurile secundare β pot fi formate din lanturi orientate paralel sau antiparalel (A) sau mixt (B).

Lanturile in structurile β pot avea o orientare plata (B) sau rasucita (C).

C O HN C O H N CO H N HCR HCR R C H O
C
O
HN
C
O
H
N
CO
H N
HCR
HCR
R C H
O
C
NH
O
C
N H
OC
N H
H
H CR
RC
RC
H
CO
HN
CO
HN
CO
HN

ANTIPARALEL

C O C O C O H H N N H N HCR HCR HCR O
C
O
C
O
C
O
H
H N
N
H N
HCR
HCR
HCR
O C
O C
O C
N H
N H
N H
RC H
RC H
RC H
CO
CO
CO
HN
HN
HN

PARALEL

(A)

Proprietatile structurii în “foaie pliată” • Un lant al unei structuri pliate este format din 5-10

Structuri nerepetitive

Pentru conectarea catenelor antiparalele aparţinând unei structuri în foaie pliată, în punctele de cotitură există aşa-numitele "structuri în agrafă de păr" (engl. "β-turn" sau "hairpin turn"). În acest caz, gruparea -CO a restului n a polipeptidului stabileşte o punte de hidrogen cu grupare -NH a restului n+3 din aceeaşi catenă. Astfel, catena polipeptidică poate realiza inversarea direcţiei.

• Pentru conectarea catenelor antiparalele aparţinând unei structuri în foaie pliată, în punctele de cotitură există

Pentru conectarea helixurilor apar regiuni nerepetitive numite bucle (din engl. loop) formate din ~12 aminoacizi sau portiuni de intoarcere (din engl. turn) formate din 2-5 aminoacizi.

Cand conecteaza un helix de o foaie pliata, buclele pot fi mai lungi (formate din 2-100 aminoacizi).

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Structura terţiară a proteinelor

Structura terţiară se referă la atitudinea spaţială pe care o au, una faţă de alta, diferitele regiuni ale aceleiaşi catene polipeptidice. Această structură variază foarte mult de la o proteină la alta.

Cristalografia cu raze X sau rezonanta magnetica

nucleara au pus in evidenta structura tridimensionala a

mii de proteine.

Mioglobina- exemplu de organizare

tridimensionala

1958, John Kendrew

1962 -Premiul Nobel in chimie- John Kendrew si Max Perutz pentru caracterizarea structurii 3D a unor globuline (hemoglobina).

Mioglobina- exemplu de organizare tridimensionala 1958, John Kendrew 1962 -Premiul Nobel in chimie- John Kendrew si

Mioglobina constă în mare măsură din structuri α-helix. Grupul hem specific este reprezentat în negru iar atomul de fier printr-o sferă.

Resturi de aminoacizi hidrofili la exterior si resturi de aminoacizi hidrofobi la interior

Porina - exemplu de organizare tridimensionala

Canal Exterior hidrofilic la preponderent interior hidrofob
Canal
Exterior
hidrofilic la
preponderent
interior
hidrofob

Resturi de aminoacizi hidrofili la interior si resturi de aminoacizi hidrofobi la exterior

Factorii de care depinde structura terţiară

1) structura primară a proteinei;

2) prezenţa grupărilor -SH ale cisteinei;

3) natura resturilor aminoacizilor din catena

polipeptidică.

1) Structura primară a proteinei

- Prezenţa prolinei, aminoacid care nu conţine o grupare aminică liberă, va altera structura unui α -helix, prin întreruperea structurii regulate şi modificarea orientării spaţiale a restului catenei.

2) Prezenţa grupărilor -SH ale cisteinei

  • - Între grupările -SH aparţinând la două resturi de cisteină situate în zone diferite ale catenei se pot stabili punţi disulfurice (-S-S-), ce obligă catena polipeptidică să se plieze şi să adopte o anumită conformaţie spaţială.

Rolul determinant al structurii terţiare a fost prima dată demonstrat pe ribonucleaza pancreatică bovină, enzimă ce are în stare nativă 4 punţi disulfurice intracatenare.

3) Natura resturilor aminoacizilor din catena

polipeptidică

- Resturile R hidrofile ale unor aminoacizi ca: Ser, Thr, Tyr, Asn,

Gln, Asp, Glu, Lys, Arg şi His, se orientează spre exterior, pentru a lega moleculele de apă, în timp ce resturile R hidrofobe ale aminoacizilor Gly, Ala, Val Leu, Ile,

Phe, Cys, Met şi Trp, se vor

orienta spre interior, obligând

catena polipeptidică să adopte o conformaţie de ghem.

Structura terţiară a proteinei tinde spre aranjamentul spaţial cel mai

favorabil din punct de vedere

energetic (conformaţia de minimă

energie)=aranjamentul spatial cel mai stabil.

Regiune hidrofoba
Regiune hidrofoba

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry (International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p302

Structuri suprasecundare si domenii

Asigura edificarea structurii tertiare

ce apare în diferite domenii; o combinaţie simplă, specifică, de

Structuri suprasecundare =motiv

Motive= O substructură regulată, cu proprietăţi distincte, specifice,

structuri secundare.

Domeniile= motive cu identitate structurala si functionala din structura proteinelor. Domeniile pot avea o functionalitate distincta in cadrul catenei polipeptidice (pot functiona ca o unitate proteica distincta). Un domeniu poate conţine între 30 şi 400 de aminoacizi.

In unele cazuri, domeniile si motivele se suprapun (nu exista inca in literatura de specialitate o distinctie clara intre domenii si motive).

Clasificarea structurală a proteinelor

Baza de date: The Structural Classification of Proteins (SCOP) (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop) - pe baza structurilor suprasecundare si a motivelor -4 clase de proteine

Clasa

Caracteristici

Exemple

α- helix

Structuri secundare exclusiv

Albumina serica (om),

“all α”

sau aproape numai α- helix

feritina, mioglobina

Foi β pliate “all β”

Structuri secundare exclusiv

Colagenaza-3 (om)

sau aproape numai Foi β pliate

UDP N-acetilglucosamin aciltransferaza (Escherichia coli)

α+ β

α- helixuri si foi β pliate separat distribuite in

Triozfosfat izomeraza (muschi- puiul de gaina),

molecula

Proteine fluorescente: green fluorescent protein GFP meduza (Aequorea victoria)

α/ β

Helixuri si foi asamblate in unitati βαβ

Ribonucleaza A (pancreasul bovin)

Motive

Clasificare:

simple: formate din mai multe structuri sunt de tipul: αα, ββ, βαβ.

complexe: formate din succesiuni numai de structuri α (all α), din succesiuni numai de structuri β (all β), din structuri α+β, α/β

Motive simple

Motivul αα sau helix-bucla-helix

Este alcatuit din doua helixuri unite printr-o portiune nehelicala.

Exemple: in structura proteinelor care interactioneaza cu ADN-ul, a

proteinelor care leaga ionii de

calciu: parvalbumina din muschi, calmodulina, troponina C.

Motive simple Motivul αα sau helix-bucla-helix Este alcatuit din doua helixuri unite printr-o portiune nehelicala. Exemple:
Motive simple Motivul αα sau helix-bucla-helix Este alcatuit din doua helixuri unite printr-o portiune nehelicala. Exemple:

Exemplu de motiv helix-bucla-helix:

Motivul “mana EF(din engl. EF Hand)

Este format din

helixuri aproape

perpendiculare (fomate fiecare din cate 10-12

aminoacizi) unite

printr-o bucla fomata din 12 aminoacizi.

Exemplu de motiv helix-bucla-helix: Motivul “mana EF ” (din engl. EF Hand) • Este format din

Exemplu de motiv helix-bucla-helix:

Motivul “mana EF(din engl. EF Hand)

Este prezent la proteinele care leaga Ca 2+

La nivelul unui astfel de motiv se gaseste un singur situs de legare a Ca 2+ . Ionii de Ca se leaga de bucla de obicei prin intermediul a doua grupari carboxil provenite de la un

rest de acid aspartic si respectiv acid

glutamic, de o grupare carbonil din

regiunea de bucla si de o molecula de apa.

• Dupa anumiti autori “motivul mana EF” este considerat un domeniu

functional.

Exemplu de motiv helix-bucla-helix: Motivul “mana EF ” (din engl. EF Hand) • Este prezent la

Calmodulina cu rol in

reglarea Ca-ului celular, modularea unor enzime si a unor proteine de transport

Motivul helix-intoarcere-helix (din engl. Helix Turn Helix)

Este alcatuit din 2 a helixuri si o portiune de intoarcere (din engl. turn) formata dintr-un lant scurt de aminoacizi Extremitatile C-terminale ale helixurilor interactioneaza cu ADN-ul la nivelul adanciturii mari a ADN-ului. Este specific proteinelor de legare a ADN (proteine reglatoare): represorul bacteriofagului λ, represorul triptofanului, proteina activata de catabolit (din engl. catabolite activator protein (CAP))

Motivul fermoarului de leucina (din engl. Leucine zipper)

Acest motiv este format din 2 helixuri cu portiuni amfipatice care prezinta aminoacizii hidrofobi dispusi la nivelul suprafetei de contact dintre helixuri. In aceasta zona, cele doua regiuni

polipeptidice formeaza o regiune de dimer. La

nivelul suprafetei hidrofobe fiecare al 7-lea rest de aminoacid este leucina. Initial s-a crezut ca resturile de leucina din fiecare helix se intercaleaza cu resturile de leucina din cel de-al

doilea helix formand un fermoar de leucina la

nivelul suprafetei hidrofobe. Ulterior s-a constatat ca resturile de leucina se dispun unul dupa altul in urma rasucirii celor doua helixuri unul in jurul celuilalt. Sunt caracteristice proteinelor reglatoare ale

Motivul fermoarului de leucina (din engl. Leucine zipper) Acest motiv este format din 2 helixuri cu

ADN-ului (factori de transcriere). Motivul “leucine

zipper” este prezent atat la proteine eucariote cat

si cele procariote.

Motivul ββ sau agrafa sau cotul β

Este constituit din doua structuri de tip β legate printr-o intoarcere formata din 2-5 aminoacizi.

O varianta a acestui motiv este motivul “cheie greceasca”. Este intalnit la nucleaza de la genul Staphylococus, in structura plastocianinei (o proteina din lantul

transportor de electroni de la

organismele fotosintetizante), in structura anticorpilor.

Motivul ββ sau agrafa sau cotul β • Este constituit din doua structuri de tip β
Motivul ββ sau agrafa sau cotul β • Este constituit din doua structuri de tip β

Motivul “cheie greceasca”

Denumirea provine de la motivele decorative folosite in Grecia antica in constructii si imbracaminte.

Motivul “cheie greceasca” • Denumirea provine de la motivele decorative folosite in Grecia antica in constructii

Motivul “butoiul β”

Motivul “butoiul β” (din engl. β barrel) este format din foi β torsionate ca si doagele unui butoi formand o structura cilindrica. Sunt caracteristice proteinelor

membranare in care 20 sau mai multe regiuni transmembranare formeaza foi β organizate intr-un cilindru. Regiunile de aminoacizi hidrofobe ale foilor β interactioneaza cu regiunile hidrofobe ale lipidelor membranare.

Exemplu: porinele prezente in membrana externa a bacteriilor Gram negative si care permit trecerea substantelor polare prin porul creat in membrana externa, α hemolizinele de la Staphylococus aureus care penetreaza celulele animale.

Motivul “butoiul β” • Motivul “ butoiul β ” (din engl. β barrel) este format din
Motivul “butoiul β” • Motivul “ butoiul β ” (din engl. β barrel) este format din

Vedere de sus a motivului” β barrel”

Motivele 

Realizeaza jonctiunea intre doua foi paralele prin intermediul unui α helix. Cel mai raspandit motiv βαβ este “macrostructura”de dreapta fiind prezent in toate proteinele care poseda foi β paralele. Helixul este paralel cu foile β si mascheaza regiunile cu aminoacizi hidrofobi ale acestora. Regiunile de bucla au lungimi diferite (2-100 aminoacizi). Bucla care leaga capatul C-terminal al foii β de capatul N-terminal al helixului are de obicei functie de recunoastere.

N
N

Macrostructura de stanga

prezenta de exemplu la enzima proteolitica subtilizina de la Bacilus subtilis

C
C

Macrostructura de dreapta

Structuri derivate din motivul 

Butoiul α/β” (din engl. α/β barrel) este format dintr-o succesiune de structuri βα. Catenele β au orientare paralela precum doagele unui butoi, helixurile de legatura fiind plasate spre exteriorul structurii tridimensionale. Intra in structura unor enzime (piruvat kinaza-enzima din

calea de degradare a

glucozei)

Structuri derivate din motivul  “ Butoiul α / β ” (din engl. α / β

Domenii

Domeniile pot fi structurale si functionale.

Domenii structurale: domeniile constante si variabile din structura anticorpilor si care diferentiaza diferite clase de

anticorpi.

Domenii functionale: domeniile proteinelor de legare a ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare a ADN-ului.

Domenii structurale -exemple

IgY IgG IgE
IgY
IgG
IgE

Reprezentarea schematică comparativă a structurii IgY (anticorpi de pasare), IgG (anticorpi serici de mamifere) şi IgE . VL şi VH sunt domeniile variabile ale lanţurilor uşoare (L), respectiv grele (H); CL sunt domeniile constante ale lanţurilor uşoare (L) iar, CH1, CH2, CH3, CH4 sunt domeniile constante ale lanţurilor grele (H). Domeniile anticorpilor sunt formate din foi β pliate. Domeniile constante sunt formate din aceeasi secventa de aminoacizi pentru toti

anticorpii apartinand aceleiasi clase de anticorpi. De exemplu, la mamifere exista 5 clase principale de anticorpi IgA, IgD, IgE, IgG si IgM . In clasa IgG exista mai multe subtipuri: IgG1, IgG2, IgG3, IgG4. Toti anticorpii apartinand clasei IgG au domenii constante de acelasi tip.

Domenii functionale-exemple

Domenii functionale-exemple Domeniile functionale: domeniile proteinelor de legare a ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare

Domeniile functionale: domeniile proteinelor de legare a ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare a ADN-ului.

Domeniul “degetului de zinc”(din engl. zinc finger).

Proteinele pot contine unul sau mai multe degete de Zn. Fiecare motiv este format din 2 foi β antiparalele urmate de un α helix Un ion de Zn este legat prin 4 legaturi coordinative

de doua resturi de histidina si doua de

cisteina.

Aceste domenii sunt prezente in structura factorilor de transcriere (Zif268) asigurand legarea de ADN.

Aceste proteine interactioneaza cu ADN-ul la

nivelul marii adancituri (depresiuni) astfel incat

fiecare α-helix din structura unui “zinc finger” sa se intinda in jurul moleculei de ADN.

Aminoacizi si Proteine

Aminoacizi

Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare

Structura primară Structura secundară Structura terţiară Structura cuaternară

Structura cuaternara

Multe proteine, ca de exemplu enzimele, sunt alcătuite din două sau mai multe lanţuri polipeptidice numite subunităţi, legate între ele prin diferite legături necovalente ca: punţi de hidrogen, legături ionice şi

forţe van der Waals.

Structura cuaternară descrie relaţiile spaţiale stabilite între diferitele catene polipeptidice ce intră în alcătuirea unei proteine (are în vedere existenţa a cel puţin două catene polipeptidice independente ce intră în asamblarea unei proteine funcţionale).

Structura cuaternară prezintă distribuţia spaţială a subunităţilor şi stabileşte ansamblul interacţiunilor şi contactelor dintre subunităţile

unei proteine.

Rolul structurii cuaternare

Structura cuaternară are consecinţe asupra activităţii biologice a proteinelor active. Subunităţile ce alcătuiesc proteina enzimatică se intercondiţionează reciproc. Modificările în conformaţia spaţială a uneia din subunităţi, ca urmare a legării unei molecule de substrat, coenzimă, activator sau inhibitor, pot induce modificări conformaţionale celorlalte subunităţi ale proteinei. Asemenea interacţiuni stau la baza fenomenului de alosterism.

Numarul de subunitati ale unei proteine

În general, numărul de subunităţi ale unei

proteine este număr par:

dimer tetramer hexamer octamer decamer dodecamer etc.

Exemplu de proteine cu numar impar de subunitati:

Proteinele G

Există însă şi proteine cu număr

impar de subunităţi, ca de exemplu proteinele G membranare care sunt alcătuite din trei subunităţi (trimer). Proteinele G sunt heterotrimeri αβγ alcătuiţi din trei subunităţi diferite: α, şi . Subunitatea α prezintă un situs de legare pentru GDP/GTP.

Proteina G inactivă este sub formă de trimer: Gα -GDP-GβGγ, în timp ce proteina G activă se găseşte sub formă de monomer legat de GTP:

Gα-GTP. Procesul de activare/inactivare este reversibil.

Exemplu de proteine cu numar impar de subunitati: Proteinele G • Există însă şi proteine cu

Exemplu de proteina formata din catene polipeptidice diferite structural şi funcţional: Protein-kinaza A (PKA)

Protein-kinaza A (PKA) este formată din patru subunităţi:

două cu rol catalitic şi două cu

rol reglator. Când acestea sunt asociate, proteina nu

manifestă activitate

enzimatică, în timp ce

disocierea lor, cu îndepărtarea subunităţilor reglatoare, conduce la câştigarea activităţii enzimatice a

subunităţilor catalitice.

Exemplu de proteina formata din catene polipeptidice diferite structural şi funcţional: Protein-kinaza A (PKA) • Protein-kinaza

Exemplu de complex enzimatic: complexul acid gras sintetazic

  • - Pot fi asociate catene polipeptidice având mai multe tipuri de

structuri şi funcţii.

De exemplu: La procariote (Escherichia coli) si la plante, sintetaza acizilor graşi este un complex enzimatic multifuncţional format din şase enzime diferite şi o proteină de transport ,ACP (din engl. “Acyl Carrier Protein”).

Exemplu de complex enzimatic: complexul acid gras sintetazic - Pot fi asociate catene polipeptidice având mai

Proprietăţile proteinelor

Proteinele sunt substanţe solide, incolore, stabile la

temperatura camerei.

La temperaturi mai mari de 50-60°C, proteinele se

denaturează.

Unele proteine pot fi obţinute în stare cristalină, altele numai în stare amorfă.

Solubilitatea proteinelor

Proteinele se deosebesc unele de altele prin gradul lor de

solubilitate. Unele proteine sunt solubile în apă distilată, altele în

soluţii saline diluate, iar altele în soluţii diluate de acizi sau baze;

toate proteinele sunt însă insolubile în solvenţi organici.

Există şi proteine insolubile în mod normal, cum sunt cele fibrilare,

care intră în structura ţesuturilor de susţinere sau de protecţie a

organismului (unghii, copite, cioc, coarne etc.).

Moleculele proteice pot fixa mari cantităţi de apă (până la 0,3 g/g) prezentând caracter de coloizi hidrofili reversibili.

Unele proteine cu structură fibrilară, cum este gelatina, se îmbibă puternic cu apa formând geluri. Imbibiţia este influenţată de ionii anorganici absorbiţi. Gradul de îmbibare şi de stabilitate a proteinei este minim la punctul izoelectric, unde proteinele precipită foarte uşor.

Punctul izoelectric al proteinelor

Majoritatea proteinelor sunt electroliţi amfoteri, având atât proprietăţi ale bazelor, cât şi ale acizilor. În fiecare proteină există numeroase grupări aminice (-NH2) şi carboxilice (-COOH) libere, aparţinând aminoacizilor diaminomono-carboxilici, respectiv

monoaminodicarboxilici.

În cursul titrării unei proteine apare o valoare de pH la care încărcarea aparentă este zero; acest pH se numeşte punct izoelectric (pI) şi se evidenţiază experimental prin lipsa migrării în câmpul electric. La punctul izoelectric, sarcina netă a moleculei proteice este nulă, iar solubilitatea proteinei este minimă.

Din cauza numărului mare de sarcini purtate, proteinele sunt polielectroliţi. La trecerea unui curent electric, ionii se vor deplasa spre polul de semn contrar, fenomen numit electroforeză. Combinarea electroforezei cu precipitarea la punctul izoelectric

("isoelectric focussing") constituie o metodă modernă şi extrem de sensibilă pentru separarea şi izolarea diverselor proteine din

amestecuri.

Denaturarea proteinelor

=pierderea proprietăţilor caracteristice stării native a unei proteine, sub acţiunea unor agenţi chimici, fizici şi mecanici. Denaturarea presupune dezorganizarea structurii spaţiale (cuaternare, terţiare şi secundare) a moleculei proteice, datorită ruperii legăturilor necovalente inter- şi intracatenare, a deplierii lanţului polipeptidic şi, în unele cazuri, a scindării legăturilor disulfurice.

Denaturarea se poate manifesta prin: pierderea activităţii biologice, creşterea

reactivităţii unor grupări chimice din moleculă, micşorarea solubilităţii, precipitare sau

coagulare, schimbarea formei sau a dimensiunii moleculei, schimbarea activităţii

optice specifice.

Dintre agenţii denaturanţi menţionăm: ureea, clorura de guanidină, detergenţii, alcoolii, modificările drastice de pH, de tărie ionică şi de temperatură.

Denaturare poate fi reversibilă, proteina recăpătându-şi proprietăţile ei native când agentul denaturant a fost îndepărtat. Renaturarea este operaţia inversă denaturării. Când însă denaturarea persistă şi după îndepărtarea agentului denaturant, procesul este considerat ireversibil. În cazul denaturării ireversibile are loc ruperea legăturilor chimice propriu-zise (în special a legăturilor disulfurice inter- şi intracatenare).

Denaturarea proteinelor • =pierderea proprietăţilor caracteristice stării native a unei proteine, sub acţiunea unor agenţi chimici,

Precipitarea proteinelor

Reprezintă trecerea din stare dizolvată în stare solidă (precipitat). Proteinele precipită la punctul izoelectric.

Precipitările pot fi reversibile sau ireversibile.

Ionii anorganici în concentraţie mare precipită proteinele prin spargerea sferei de hidratare care înconjoară şi stabilizează molecula proteică dizolvată, pentru a se

dizolva ei înşişi în apa extrasă. Fenomenul acesta se

numeşte salifiere.

Sare (sulfat de amoniu)
Sare (sulfat
de amoniu)
Precipitarea proteinelor • Reprezintă trecerea din stare dizolvată în stare solidă (precipitat). Proteinele precipită la punctul

Precipitarea proteinelor

Concentraţia salină de precipitare variază de la o proteină la alta, ceea ce permite fracţionarea proteinelor dintr-un amestec neomogen. Sărurile de sulfat de amoniu, de sulfat de magneziu şi sulfat de sodiu, precipită în mod reversibil

proteinele, cu păstrarea activitaţii biologice. Unele săruri pot produce

precipitarea ireversibilă a proteinelor, ca în cazul sărurilor metalelor grele:

acetatul de plumb, sulfatul de zinc, azotatul de argint, clorura mercurică etc.

O clasă de precipitanţi proteici des utilizaţi în laborator include acizi ( acidul

tricloracetic, acidul percloric, acidul sulfosalicilic, acidul fosfotungstic

(fosfowolframic), acidul picric) sau baze care pot desface puntile saline din

structura lanturilor polipeptidice.

Precipitarea proteinelor • Concentraţia salină de precipitare variază de la o proteină la alta, ceea ce

Funcţia tampon a proteinelor

Proteinele, ca şi aminoacizii, au capacitate tampon datorită existenţei grupărilor aminice (slab acide) protonate şi a grupărilor

carboxilice (slab acide) disociate. Sistemele tampon realizate de

proteine sunt foarte sensibile şi eficiente; circa 75% din capacitatea

de tamponare a plasmei sanguine este asigurată de hemoglobină.

Proteinele au putere de tamponare la două valori de pH, corespunzătoare valorilor pK1 şi pK2 corespunzătoare grupărilor -

COOH şi -NH

2

libere, măsurate pe scara de pH. Deoarece

moleculele proteice pot cuprinde numeroase grupări carboxilice şi aminice libere, având pK diferite, se poate uşor deduce că

proteinele au capacitate de tamponare în mai multe regiuni de pH,

astfel încât, în orce domeniu de pH, adăugarea unor cantităţi apreciabile de acid sau bază determină variaţii minime de pH ale

soluţiei proteice.

Clasificarea proteinelor

După structura chimică:

1. Holoproteine ("Proteine simple")

  • 1.1. Scleroproteine ("Proteine fibrilare“)

  • 1.2. Sferoproteine ("Proteine globulare")

2. Heteroproteine ("Proteine conjugate")

Proteine simple (holoproteine)

Holoproteinele dau prin hidroliză numai α-aminoacizi.

În funcţie de aspectul exterior, se împart în:

proteine fibrilare ("scleroproteine") proteine globulare ("sferoproteine").

Proteinele fibrilare

Sunt de origine animală, sunt insolubile în apă şi au rezistenţă mare la

acţiunea enzimelor proteolitice.

Datorită insolubilităţii lor, nu li se poate

determina cu precizie masa

moleculară. Au molecula alungită, filiformă: două sau trei catene polipeptidice (helix triplu) se răsucesc una în jurul celeilalte formând o fibră lungă.

Se găsesc în firul de mătase, în pânza de paianjen, în firul de lână şi cel de păr, în piele, coarne, ţesut conjunctiv şi

oase.

Se subdivid în: colageni, elastine şi

cheratine.

Proteinele fibrilare • Sunt de origine animală, sunt insolubile în apă şi au rezistenţă mare la

Proteinele globulare

Lanţurile polipeptidice au structura terţiară ce le conferă aspectul globular (de ghem). Cuprind proteine cu funcţie biologică dinamică cum sunt enzimele, hormonii proteici, proteinele de transport. Sunt solubile în apă sau în soluţii de săruri minerale, acizi, baze. Sunt de origine animală şi vegetală.

a)

Albuminele

Albuminele de origine animală : serumalbumina (în plasma sanguină), lactalbumina (în lapte), ovalbumina (în albuşul de ou), miogenul (în ţesutul muscular).

Albuminele vegetale : faseolina (în fasole), legumelina (în mazăre), leucozina (în orez, grâu, secară).

b) Globulinele: Globulinele de origine animală: miozina (în muşchi), globulinele serice, fibrinogenul (în plasma sanguină), ovoglobulina (din ou), lactoglobulina (din lapte). Globulinele vegetale menţionăm: legumina (în mazăre şi linte) şi edestina (în seminţele de cânepă).

c) Protaminele conţin mari cantităţi de aminoacizi bazici (până la 80 %), aşa cum sunt lizina, histidina şi, în special, arginina. Din compoziţia lor lipsesc

 

complet aminoacizii cu sulf cum este cisteina. Au caracter bazic, sunt

solubili în apă şi în soluţii diluate de acizi sau baze. Protaminele intră în

compoziţia celulelor germinale mature la animale.

d)

Histonele sunt proteine mai complexe decât protaminele. Sunt alcătuite în cea mai mare parte din aminoacizi bazici, în special din arginină. Nu conţin triptofan şi nici aminoacizi cu sulf. Au punctul izoelectric în jurul valorii de pH 10. În celulă, histonele sunt asociate cu ADN.

Proteine conjugate (heteroproteine)

Dau prin hidroliză, pe lângă proteină şi o componentă neproteică, numită grupare prostetică. Au proprietăţi asemănătoare proteinelor simple. În funcţie de natura grupării prostetice, heteroproteinele se pot clasifica în:

metalo-, fosfo-, lipo-, nucleo-, glico-, cromoproteine.

-

a) Metaloproteinele au ca grupare prostetică un metal fixat prin legături complexe de molecula proteică simplă. Conţin fier, cupru, zinc, mangan, cobalt, molibden, magneziu etc. Spre deosebire de unele cromoproteine ce conţin metale în grupările prostetice, în metaloproteine metalul este legat de resturile de aminoacizi din proteină. Dintre metaloproteinele de natură animală, un interes deosebit îl prezintă cele care au rol de depozitare cum este feritina - pentru fier, de transport de metale cum sunt transferina (“siderofilina”) - pentru fier şi ceruloplasmina - pentru cupru, precum şi unele enzime ca ascorbatoxidaza (ce conţine cupru) şi anhidraza carbonică (ce conţine zinc).

-

b) Fosfoproteinele au ca grupare prostetică acidul fosforic ce esterifică permanent grupările alcoolice ale serinei şi treoninei unor proteine de constituţie. Fosfoproteinele au caracter acid, sunt insolubile în apă şi în acizi, dar sunt solubile în soluţii bazice, în special în bicarbonat. Cele mai importante fosfoproteine de origine animală sunt: cazeina(din lapte), vitelina şi fosfovitina din gălbenuşul de ou.

Proteine conjugate (heteroproteine)

  • - c) Lipoproteinele pot fi clasificate pe baza densităţii lor sau pe baza mobilităţii lor electroforetice. Densitatea particulelor lipoproteice este determinată prin centrifugare în soluţie de NaCl cu densitatea 1,063. Lipoproteinele au densitate mică şi o constantă de flotaţie proprie (constanta de flotaţie definindu-se ca fiind inversul constantei de sedimentare).

  • - Se pot distinge cinci fracţiuni: 1) lipoproteine cu densitate ridicată (HDL - „high-density lipoproteins”); 2) lipoproteine cu densitate scăzută (LDL - “low-density lipoproteins”); 3) lipoproteine cu densitate intermediară (IDL - “intermediate-density lipoproteins”); 4) lipoproteine cu densitate foarte scăzută (VLDH - “very low-density lipoproteins”); 5) Chilomicroni.

Exemplu de lipoproteine-chilomicroni

Trigiceridele, colesterolul impreuna cu lipoproteine

(ApoA, B, C, E) sunt impachetate in chilomicroni care le

transporta in sistemul limfatic si apoi in sange.

Exemplu de lipoproteine-chilomicroni • Trigiceridele, colesterolul impreuna cu lipoproteine (ApoA, B, C, E) sunt impachetate in

Rolul chilomicronilor

Membrana celulei mucoasei intestinale Celula epiteliala intestinala Trigliceride Alte lipide, proteine lipaze Sistemul chilomicroni limfatic Acizi
Membrana celulei
mucoasei
intestinale
Celula epiteliala
intestinala
Trigliceride
Alte lipide,
proteine
lipaze
Sistemul
chilomicroni
limfatic
Acizi grasi
Trigliceride
Monogliceride
micelii

Proteine conjugate (heteroproteine)

  • - d)Glicoproteinele au ca grupare prostetică glucide. Au fost tratate in capitolul de Glucide (glicocalix, antigenele ABO).

Proteine conjugate (heteroproteine)

- f) Cromoproteinele au ca grupare prostetică substanţe colorate, uneori şi un metal. După natura grupării prostetice se clasifică în:

cromoproteine porfirinice şi neporfirinice. După rolul lor biologic, se subdivid în: pigmenţi cu funcţie respiratorie şi pigmenţi fără funcţie

respiratorie.

Cromoproteinele porfirinice sunt: hemoglobina, citocromii, citocromoxidaza, catalaza, peroxidaza, cloroplastinele (clorofile), ficocianinele (la algele albastre) şi ficoeritrinele (la algele roşii).

Cromoproteinele neporfirinice sunt: hemeritrina (colorant sanguin la unele nevertebrate), hemocianinele (coloranţi sanguini având cupru din hemolimfa moluştelor şi crustaceelor), rodopsina (pigment vizual – purpura retiniană din celulele cu bastonaşe ale retinei), flavoproteinele (enzime oxidoreducătoare), carotenproteinele.

Clasificarea functionala a proteinelor

Ortologi si paralogi

Specia A Specia B Gena 1 In decursul evolutiei mutatiile genelor duc la aparitia de specii
Specia A
Specia B
Gena 1
In decursul evolutiei
mutatiile genelor duc la
aparitia de specii noi.
Gena 1*
Functia 1
Functia 1
Duplicatia genei
datorita unei greseli in
replicarea genomului
speciei A
Gena 1 si gena 1* sunt ortologi,
proteinele pe care le codifica
determina aceeasi functie la specii
diferite.
Ortologi (proteine sau gene):
Gena 1
Copie a genei 1
provin dintr-un strămoş comun ,
fără duplicaţie genică.
Functia 1
Functia 1
Mutatiile in gena 1 duce la aparitia
genei 2 care codifica o protena, cu o
functie noua, diferita de cea a genei
care codifica proteina 2
Gena 1
Gena 2
Functia 1
Functia 2
Proteinele codificate de gene rezultate in
urma duplicarii determina functii diferite.
Paralogi (proteine sau gene): provin dintr-un
strămoş comun în urma unei duplicaţii genice.

Ortologi si paralogi

Ortologi si paralogi

Exemplu de clasificare funcţională

COGs Cluster Orthologous Groups

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/palox.cgi?fun=all) Baza de date COGs clasifică proteinele codificate de genomuri în 18 clase funcţionale. Fiecare clasă cuprinde un numar variabil de proteine, de la câteva zeci până la câteva sute

Exemplu de c lasificare funcţională COGs – Cluster Orthologous Groups (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/palox.cgi?fun=all) Baza de date COGs clasifică