SAS en la industria farmacutica

Septiembre de 2011

Ferran Chuecos Almirall Statistical Programmer

SAS en la industria farmacutica SAS en el anlisis de datos en un desarrollo farmacutico

ndice Gestin de datos Desarrollo farmacutico
CDISC Manipulacin de datos Anlisis de datos

Business Analytics and Business Inteligence

Gestin de datos B.A. & B.I. Desarrollo farmacutico

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Gestin de datos

Qu es la gestin de datos? Definicin de los formatos de los datos Diseo de las bases de datos clnicas Gestin e informatizacin de los datos de los ensayos clnicos y proyectos de desarrollo clnico para el anlisis de los mismos Optimizacin de los Sistemas de Informacin de Gestin de Datos, SGID (DBMS), como son Clinitrial, Oracle Clinica, eDM, SAS

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Gestin de los datos de los ensayos clnicos

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Sistemas de Informacin de Gestin de Datos (SGID / DBMS)

Definicin: is a software package with computer programs that control the creation, maintenance, and the use of a database. It allows organizations to conveniently develop databases for various applications by database administrators (DBAs) and other specialists. (wikipedia)

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Sistemas de Informacin de Gestin de Datos (SGID / DBMS)

Componentes de un DBMS:
Motor: mantiene la integridad de los subsistemas Definicin: de la base de datos Manipulacin: cambios en la base datos (aadir, borrar, modificar) Generacin de aplicaciones: rutinas de programacin para permitir realizar tareas sobre la base de datos (entrada de datos) Administracin: manejo de la seguridad de la base de datos

Ejemplos: Clintrial, Oracle Clinica,

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SAS como DBMS?

De manera directa (poco recomendable) Utilizando el DBMS engine for SAS

SAS ACCESS to ORACLE Software especfico para llevar a cabo la gestin de datos

A travs de SAS Enterprise Guide

Directa Engine DBMS Enterprise Guide

Definicin
Manipulacin Aplicaciones Administracin SAS en la industria farmacutica 8

SAS como DBMS!

Ejemplo de ETL studio

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Desarrollo farmacutico

Funciones del SAS en un desarrollo clnico Manipular y analizar los datos clnicos en los ensayos / desarrollos clnicos de manera eficiente y eficaz
Informe final Anlisis OnGoing Integracin de estudios

Creacin de bases de datos de anlisis cumpliendo estndares internacionales listas para la sumisin de una molcula a la par que los resultados.

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Por qu SAS? Opinin

Recomendado por las autoridades Potencia User-friendly

SAS dice
Is the de facto industry standard for clinical data analysis and reporting in the life sciences industry. For more than 34 years, life sciences companies have used SAS to derive greater insight from information. Has been a CDISC member and a leader in the definition and implementation of CDISC standards since 2000.

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Manipulacin de los datos clnicos

Base de datos clnica
(Raw Data) Conforme a su metadata Datos originales

Limpia
Integrable para la unin de estudios

pero dnde estn los pacientes con sobrepeso?

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Manipulacin de los datos clnicos

Base de datos de anlisis (Derived Data, SDTM, ADaMs)

Conforme a su metadata (y a la de CDISC) paneles independientes

Datos originales y derivados (ya tenemos a los pacientes con sobrepeso) Sin errores de programacin (validacin)

Integrable para el anlisis conjunto de diferentes estudios

Lista para enviarse a las autoridades
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CDISC

SAS en el cumplimiento CDISC CDISC (Clinical Data Interchange Standards Consortium

Clinical Data Interchange Standards Consortium (CDISC) is a nonprofit organization, whose mission is "to develop and support global, platform-independent data standards that enable information system interoperability to improve medical research and related areas of health-care". Their main project, the described data standard, bears the same name. The data standards are defined as a series of Models, which can be expressed using an underlying electronic format. The preferred electronic format is XML, using the Operational Data Model (ODM) as a base XML Schema.

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SAS en el cumplimiento CDISC Modelos CDISC obligatorios para una sumisin en USA
SDTM: Submission Data Tabulation Model
ADaM: Analysis Data Model

Otros modelos
ODM: Operation Data Model LAB: LAboratory Data Model

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SAS en el cumplimiento CDISC Ayudas SAS para el cumplimiento CDISC

SAS est orientado a su cumplimiento (SAS CDISC member since 1997) PROC CDISC creado especialmente para la revisin de la base de datos Metadata Valores y formato de las variables Valores y formato de las etiquetas Herramientas como SAS Clinical Data Integration incorporan mtodos para el control de los modelos CDISC
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Manipulacin de los datos

SAS en la manipulacin de datos

Siempre traduciendo decisiones tomadas por el Estadstico y/o Clnico responsables del estudio o del proyecto y que deben estar reflejadas de manera precisa (sin llevar a dudas de interpretacin) en el protocolo o en el Plan de Anlisis Estadstico. No hablamos de Gestin de Datos sino de manipulacin. El caso del sobrepeso: Clasificacin en funcin del IMC en obesos, preobesos, peso adecuado faltos de peso. No hay herramientas propias especificas.
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SAS en la manipulacin de datos

Una de SAS Input / put function

Reconversin de variables a texto (SDTM dixit) o a numrica

subjid=put(patno,$4.)

Data step Creacin de nuevas variables (cambio respecto al basal, AUCs mediante la regla trapezoidal hasta scores inimaginables de cuestionarios)
dif=result-bas;

Imputacin de datos missing (interpolacin lineal)

result.=before + (after - before )*(timing - timebefore ) / (timeafter - timebefore );
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SAS en la manipulacin de datos

Otra de SAS If then function Categorizacin de variables continuas (el sobrepeso)
if . < bmi < 18.5 then bmi_grn=1;

Creacin de nuevas variables

if contact='YES' and stucomp='YES' then stucomp2='YES';

Imputacin de datos missing (LOCF)

if v4=. then v4=v3;

Seleccin de registros para el anlisis (eliminacin de visitas no planeadas)

if visitno<9
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SAS en la manipulacin de datos

Y otra de SAS proc sql Seleccionar registros para el anlisis (eliminacin de visitas repetidas)
proc sql; create table new as select *, min as anavisit from old; quit;

Clculo de nuevas variables (media de dos registros)

proc sql; create table new as select *, mean (res) as res2 from old; quit;
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SAS en la manipulacin de datos

Y la ltima de SAS (podramos poner muuuuuchas ms)
do while Conteo de acontecimientos mientras dura la fase experimental
%do %while(contador. ne 0); * Select onset; proc sql; create table onset as select pid, min(day) as dia

retain Conteo de das seguidos con un acontecimiento

retain oldpid 'LAS34273.34.0163.XX' cum 0; if oldpid ne pid then do; oldpid=pid; if dif>=9 then cum=1; else cum=0; end;
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Anlisis de los datos

SAS en el anlisis de datos

Siempre traduciendo decisiones tomadas por el Estadstico y/o Clnico responsables del estudio o del proyecto y que deben estar reflejadas de manera precisa (sin llevar a dudas de interpretacin) en el protocolo o en el Plan de Anlisis Estadstico. Cambio del change from en baseline en el trough FEV1 despus de 12 semanas de tratamiento con l frmaco A comparado a Placebo Hay herramientas propias especificas (JReview, Enterprise Guide) El cdigo SAS debe ser preparado para la sumisin.
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SAS en el anlisis de datos

Una de SAS proc means / univariate Anlisis descriptivos de variables contnuas (edad, peso,)
proc means data=&enter.; var &var.; by &paramete.; run;

proc freq Anlisis descriptivos de variables categricas (sexo, raza,)

proc freq data=&enter.2; by &paramete.; tables &var.2*tr1 / missprint; run;
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SAS en el anlisis de datos

Otra de SAS proc sql Conteo de acontecimientos adversos, sujetos enrolados,
proc sql; create table nombre as select count(*) as num3, tr1, trd1 from demogv group by tr1, trd1; quit;

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SAS en el anlisis de datos

Y otra de SAS proc mixed Modelos mixtos para medidas repetidas
proc mixed data=mrmm; by paramet; class tr1 pid visitno sex; model orres=orbas tr1 visitno tr1*visitno age sex / cl ddfm=satterth; repeated visitno / subject=pid(tr1) type=un; lsmeans tr1*visitno / diff cl pdiff; run;

ANCOVAs (variables continuas ajustadas por factores)

proc mixed data=enter; class tr1 &factor.; model &var.=&basal. tr1 &factor. / s cl ddfm=satterth; SAS en la industria farmacutica lsmeans tr1 / diff cl pdiff;

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SAS en el anlisis de datos

Y otra de SAS proc tphreg & proc lifetest Anlisis de supervivencia y curvas de Kaplan-Meyer
proc tphreg data=&enter.; class &factor. tr1; model &var. &censor. = &bas. &factor. tr1 / rl; run; quit; proc lifetest data=&enter.; time &var. &censor.; strata tr1; run;

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SAS en el anlisis de datos

Y la ltima de SAS (podramos poner muuuuuchas ms)
proc genmod Ratios de acontecimientos durante un periodo de tiempo (Distribucin de Poisson)
proc genmod data=numero; class tr1 bas sex; model ene=tr1 bas sex age / offset=fora dist=poisson link=log dscale type3 wald; lsmeans tr1 / cl diff; run;

proc logistic Variables dicotmicas Odds ratio (Reduccin de los sntomas)

proc logistic data=&enter. desc; class trd1 (ref="Placebo") &factor. / param=ref; model &var.=trd1 &bas. &factor. / expb;
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Presentacin de los datos

Consideraciones a la entrega de resultados

Una vez realizada (o no) la gestin de datos Despus de haber manipulado los datos Y tras haber realizado el anlisis estadstico El output directo no sirve en la industria farmacutica ods, html, proc report, Manipulacin de los outputs de SAS proc transpose, data steps, Figuras (proc gplot, proc univariate,) Tenemos un output de SAS

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Business Analytics and Business Inteligence

SAS. De software a systems. Statistical Analysis Software

Statistical Analysis Systems

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Statistical Analysis Systems Herramientas con base SAS base:

Direccin estratgica Gestin del riego financiero Minera de datos

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Herramientas SAS utilizadas en la industria farmacutica. SAS Enterprise BI Server SAS Forecast Server SAS Enterprise Miner SAS Demand-Driven Forecasting

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Herramientas SAS utilizadas en casa. Herramientas casolanes RAET: RAndomizacin (y ETiquetaje) de pacientes en un ensayo clnico Anlisis de estabilidades: determinacin de la fecha de caducidad de un frmaco

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RAET.

Mantiene el ciego (si es necesario) durante el estudio a la vez que genera una lista que asigna a cada paciente a una medicacin segn el esquema del estudio:
Nmero de pacientes Tipo de estudio (paralelo, cruzado) Nmero de tratamientos Tamao de bloque

A su vez permite (mediante otro perfil) crear las etiquetas para el ensayo clnico Se basa en proc plan, y control de permisos a las bases de datos que se generan
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RAET.

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AEESTAB.

Permite extrapolar la degradacin de los parmetros indicados por el departamento de anlisis hasta que cruzan los lmites de aceptabilidad. Pedir a las autoridades la fecha de caducidad de cada producto.
Se basa en un proc glm (ajustando por intercept, lote y tiempo) Todo definido por normativa ICH.
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AEESTAB.

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?
ferran.chuecos@almirall.com

grcies